4PK0A

Crystal structure of t4 lysozyme-peptide in complex with teicoplanin-a2-2
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
166
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray Crystal Structure of Teicoplanin A2-2 Bound to a Catalytic Peptide Sequence via the Carrier Protein Strategy.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/antibiotic
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords TEICOPLANIN-A2-2
total genus 61
structure length 165
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4pk0A00
3ODUA 5LZMA 4PJZA 236LA 1K28A 216LA 3HTGA 1LYJA 3DNAA 1DYGA 1LWKA 4I7SA 1PQIA 190LA 1DYFA 1C6DA 1I6SA 1WTHA 243LA 1LYIA 1SWYA 1G0QA 2B6TA 3SB9A 185LA 250LA 1P46A 4ARLA 1C69A 157LA 2NTGA 2ANVA 1CU0A 122LA 1L34A 4EXMA 1D2YA 3DN8A 1QTHA 1G0GA 224LA 3F8VA 2B75A 162LA 151LA 1L75A 1L70A 127LA 1JTNA 4ARPA 195LA 183LA 1C6JA 1L98A 3CDRA 1C62A 1L16A 1QTZA 165LA 1LGXA 1QT7A 144LA 2B72A 1EPYA 1L80A 178LA 4YXCA 1L86A 169LA 1QT5A 112LA 1L14A 4GRVA 1L66A 1L50A 149LA 1D3MA 1P6YA 3V2YA 3HTBA 3HH5A 1C6HA 2OEAX 4I7TA 1L94A 3G3WA 3HUQA 3GUNA 1L57A 223LA 1LI6A 252LA 213LA 3GULA 259LA 1L43A 175LA 1KW7A 173LA 3HDFA 1C67A 1CV0A 1L74A 1L13A 1CV1A 4W55A 1C6CA 2L78A 1L46A 1L81A 1L0JA 1PQJA 3HT8A 4LZMA 1QTBA 1P37A 2O79A 1L30A 3V2WA 113LA 2RBOA 1XJTA 3HT7A 200LA 3HWLA 1G0JA 1L06A 2OTZX 4W58A 4YX7C 3DKEX 5I14A 2RBPA 254LA 1C6LA 3JR6A 1L71A 1LYGA 2B6XA 1L21A 228LA 4E97A 2B70A 214LA 1SWZA 3C7ZA 1QT8A 1ZURA 1L87A 2F2QA 1OWZA 201LA 1L84A 196LA 156LA 217LA 1L22A 4IAPA 2HUKA 2NTHA 109LA 4GBRB 4W51A 1L39A 1C64A 1DYCA 1L33A 1ZWNA 1L15A 2QB0B 164LA 129LA 4EKPA 1L31A 260LA 4I7JA 1OVJA 4DAJA 2F47A 1L72A 1G0KA 4ARQA 1CX7A 1L62A 102LA 3HH6A 4PK0A 2B6ZA 1L04A 2B7XA 1L0KA 4ARJA 1D3JA 1OVKA 1KNIA 3GUOA 1QT4A 1L63A 2OU8A 138LA 2OE9X 3FA0A 3RZEA 1KY1A 3FADA 1L60A 4EKSA 1JTMA 1C6MA 2QARC 3OE0A 1QSQA 198LA 137LA 1G0PA 1L18A 3DMZA 242LA 3LZMA 3HT6A 176LA 4ARQB 1L08A 167LA 1L25A 1L00A 3EMLA 4EPFA 3CDQA 197LA 3GUPA 1P2LA 261LA 2RH1A 1L38A 3DN2A 225LA 3DN4A 1L93A 1P36A 1LYFA 1L35A 6LZMA 1PQMA 160LA 1C63A 2Q9DA 248LA 1CU2A 126LA 1L68A 1QTVA 4I7MA 1D3NA 1L12A 1L27A 143LA 103LA 1L51A 1L64A 1G0MA 145LA 1L26A 1DYEA 141LA 4DKLA 1P5CA 205LA 1PQOA 3CDTA 3L2XA 3VW7A 3SB8A 1DYAA 4EKQA 1LGWA 1P7SA 4ZPUA 1L47A 3F9LA 1LLHA 1C6QA 123LA 231LA 189LA 4I7PA 1CV5A 1P3NA 4W53A 104LA 170LA 3PDSA 3HU8A 114LA 2RB0X 1L88A 230LA 3C8SA 4LDLA 2RAZX 2LCBA 1QUDA 3HUKA 3DN1A 3G3VA 4I7LA 3SN6R 3HTFA 1L37A 4I7QA 1TLAA 1QUHA 1C6TA 3OE6A 3CDVA 2RBNA 111LA 1L54A 1G06A 1L65A 246LA 1L92A 7LZMA 1L76A 1L89A 247LA 1L17A 1P56A 3K2RA 2F32A 1L05A 4I7RA 206LA 3OE9A 240LA 3SBAA 210LA 4AQNA 2RAYX 1LI2A 1QSBA 1L97A 241LA 199LA 227LA 1XEPA 1L73A 1KY0A 130LA 1C6NA 2RB1X 1L69A 3CDOA 1QS9A 4W54A 1CTWA 226LA 1CV6A 235LA 3UONA 191LA 1C6BA 3HH3A 1B6IA 159LA 1L52A 3HTDA 1L32A 1C65A 1C61A 186LA 1LYHA 1LPYA 3HT9A 1L44A 1JQUA 4W56A 1C6IA 3C7YA 1C6EA 262LA 1SX7A 2CUUA 3C83A 158LA 233LA 4EKRA 1DYBA 4I7KA 1L29A 3RUNA 1OYUA 1OVHA 177LA 3GUKA 1PQDA 2B74A 1LYDA 146LA 1LYEA 131LA 1T6HA 4OO9A 2B6WA 2OE4X 1ZYTA 139LA 1QT6A 257LA 1L23A 1T97A 3G3XA 4EPIA 3SB7A 3C80A 215LA 249LA 4DJHA 1C68A 1L07A 1L11A 3HH4A 1L09A 1T8GA 4S0WA 1L90A 2O7AA 110LA 4LDEA 253LA 3DMXA 1QS5A 1DYDA 120LA 1L01A 1T8FA 2OU0X 119LA 1C6AA 107LA 3C82A 128LA 3HU9A 3SBBC 1QUGA 232LA 2B73A 1D2WA 1L24A 3DN3A 1L91A 1L36A 1G1WA 1NHBA 1L61A 1L28A 3DMVA 1L79A 4I7NA 1G1VA 2IGCA 125LA 3OE8A 4EJ4A 1CUQA 1LW9A 3DN6A 1KW5A 181LA 1QTCA 3QAKA 180LA 1P2RA 188LA 1L58A 1L19A 1L82A 1L41A 1L42A 1L96A 1PQKA 1CX6A 2RBQA 2HULA 1L53A 3DN0A 3C7WA 1G0LA 108LA 1C6PA 118LA 4I7OA 3SB6A 1LWGA 3D4SA 1D3FA 255LA 2LZMA 187LA 3C81A 1OWYA 3L64A 1L56A 3GUMA 220LA 229LA 168LA 1L55A 1L67A 4YXAC 1L10A 1L02A 148LE 4ARMA 1LI3A 1D9WA 2RBRA 182LA 219LA 1CUPA 166LA 1C66A 1CVKA 3GUJA 3C8RA 1T8AA 238LA 1LGUA 163LA 2B6YA 2OTYX 251LA 152LA 2A4TA 244LA 161LA 1L40A 172LA 234LA 1L85A 1CU3A 1SSWA 2OU9A 142LA 1KS3A 211LA 1L83A 115LA 3GUIA 239LA 1L99A 1QUOA 4ARMB 4LDOA 1L59A 1OV5A 1CV4A 1L03A 1L77A 1C60A 245LA 212LA 4W52A 1C6FA 3SB5A 1OV7A 1P64A 256LA 258LA 3C8QA 1C6KA 1G07A 4W59A 209LA 2LC9A 218LA 3PBLA 222LA 3FI5A 1SX2A 1L20A 2RBSA 155LA 4K5YA 1XJUA 1SSYA 192LA 221LA 147LA 150LA 184LA 1CU6A 2O4WA 4W57A 174LA 3HDEA 1CU5A 1L48A 3NY8A 1C6GA 3NY9A 1L45A 237LA 2OE7X 140LA 2RB2X 2Q9EA 1CV3A 1QT3A 171LA 3HUAA 3NYAA 1L95A 1QTDA 2ANXA 2HUMA 1L49A 2Z6BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4PJZA 4E3UA 4WLTA 3DNAA 3CSRA 5B1FA 1DYFA 1VDPA 1C6DA 1VAUA 1WTHA 1XFPL 243LA 1LZ4A 3SB9A 3AGGG 4RW2A 122LA 1L34A 1JJ0A 4LYCA 1GBSA 2IFFY 127LA 1JTNA 3EBAB 1WQRA 195LA 1GE0A 3WPJA 1HFXA 1HMLA 144LA 2B72A 2DQGY 1EPYA 1L80A 4YXCA 3A90A 1L14A 4GRVA 1DQJC 3V2YA 1PS5A 2HEAA 5LAFA 2OEAX 4RW1A 1OUAA 4NHPA 213LA 4ET9A 4GCDA 1L43A 2Z19A 1VATA 4QGZA 1F10A 1L74A 2DQAA 1EQ4A 2HUBA 2F2NA 4W55A 2HU1A 4XN6A 2ZILA 1G7MC 3HT8A 3ATOA 4HJYA 5FDJA 5E4PA 1XJTA 1G0JA 3B0IA 1L06A 4NWEA 1F6SA 3IJVA 254LA 4WMGA 1E8LA 1L71A 1LMNA 1CJ8A 4DC4A 2GV0A 1NHEA 2BQCA 4B4IA 1YL0X 4LYBA 1YL1X 4WL6A 1YAMA 1UC0A 2F2QA 2MEDA 196LA 156LA 1L22A 5HMVA 1GBWA 1L39A 1DYCA 1ZWNA 2ZYPA 2QB0B 1LSMA 1YQVY 260LA 4H9BA 5C6IA 4WM1A 5LVKA 2MEIA 1OUJA 1G0KA 1CX7A 1NQIA 1IC4Y 2MEEA 1GB5A 2B7XA 5KXYA 4ARJA 4B4EA 1LHIA 1OVKA 1HMKA 1XSFA 2DQJY 1L63A 1CKDA 5LYTA 3RZEA 1L60A 3BKVA 5FSTA 4EKSA 1JTMA 3OE0A 3HBEX 4OWBA 137LA 1LCNA 3DMZA 2BLXA 2AUBA 1GF9A 2CDSA 1CKFA 4IATA 5LVHA 197LA 3GUPA 3HBDA 261LA 1L38A 3DN2A 1L93A 1BB4A 6LZMA 1LZAA 3W6CA 1TDYA 3E3DA 3AGIA 1OUGA 2Q9DA 2BQEA 2EQLA 1KXXA 126LA 1LOZA 1D3NA 4R6CA 1L27A 4RLNA 2HTXA 4DKLA 1J1XY 205LA 2BQKA 1PQOA 4QY9A 3BKHA 1G7IC 1C6QA 1GEVA 3WU8A 5T3FA 4W53A 2D4KA 1HF4A 3PDSA 3HU8A 4HV2A 2D6BA 4LDLA 2RAZX 1JTTL 2LCBA 4G4CA 2XQOA 1IP7A 3HTFA 1L37A 4NSGA 3TXGA 1C6TA 1JIYA 2H9KA 5B1GA 1LZRA 2YBNA 3CDVA 1LZNA 1DI3A 1L54A 3AZ4A 7LZMA 1L76A 1NBYC 1LHLA 1TAYA 3B0KA 1L17A 4OW1A 2RAYX 1LI2A 1KY0A 1AT6A 2D91A 1QS9A 226LA 1IOCA 1IOTA 2LYZA 3CB7A 5D5CA 1IORA 4TTDA 4FJRA 1L32A 3K3TA 4NSIA 1LPYA 1KIRC 1QTKA 2ZIKA 4H90A 1WVVA 3WU7A 3C7YA 4Z3MA 1QIOA 1IWVA 5L3HA 2CUUA 1V7SA 1GFEA 4P2EA 1TBYA 1J1OY 4EKRA 4I8SA 1GXXA 3RUNA 5DN4A 1DPXA 2I25L 177LA 3GUKA 1PQDA 1GF3A 146LA 3SP3A 4YEMA 1RJCB 1LYEA 4KT3A 131LA 4OO9A 139LA 2I6ZA 1LYYA 257LA 3G3XA 4EPIA 3WL2A 3C80A 215LA 3GXKA 5FCPA 2YBMA 1L09A 2BQLA 2O7AA 4LDEA 253LA 1JPOA 1QS5A 120LA 3HU9A 1QUGA 4TWSA 1D2WA 1L24A 1LSBA 1G1WA 1UIDA 1L61A 3DMVA 1RCMA 4EJ4A 1GFJA 4XJFA 4KPMA 3DN6A 2YBLA 1QTCA 1LZ6A 3QAKA 1WQQA 1L19A 4DD7A 4YENA 4TX7A 4WG7A 3ULRA 1C43A 1G0LA 108LA 5F9XA 4NGYA 1TCYA 4GLVA 1D3FA 255LA 1AZFA 1OWYA 2A7FA 229LA 1L67A 1LI3A 2RBRA 4M6DA 4YM8A 1IC5Y 238LA 1LGUA 4HPIA 1W6ZA 251LA 244LA 161LA 1YIKA 2YDGA 4OWAA 2G4QA 1LJKA 3T6UA 142LA 4DT3A 1L83A 1PZYA 5KXNA 1HC0A 1LZCA 239LA 1L99A 4HTNA 4B4JA 4LDOA 1GE2A 1OUIA 2BQIA 1OQMA 1CV4A 1GFUA 1L03A 3M18B 1C60A 4IJ4A 5F16A 212LA 4W52A 1C6FA 194LA 4LYZA 4NGWA 5DLAA 1P64A 4CHXA 2B5ZA 4A7DA 1GFVA 3AB6A 4W59A 4OOOA 3PBLA 5LVJA 4WG1A 4NIJA 1OUFA 221LA 1MELL 1IVMA 1LYSA 4B0DA 1UIAA 5AMYA 1CU5A 1LSEA 1L48A 1WQPA 3TMWA 1REYA 4N9RA 1HHLA 3EMSA 2RB2X 1QT3A 3ATNA 4ZEEA 171LA 3P65A 4GCFA 1CKCA 3D3DA 5LVGA 236LA 1G7JC 1LYJA 1DYGA 1REXA 1PQIA 190LA 4NFVA 1I6SA 1SWYA 3A96A 1G0QA 1IWWA 2B6TA 4ARLA 1C69A 3QY4A 1G7LC 5KJ9A 1LMQA 1G0GA 2B75A 4HPEA 1REZA 2HU3A 3LN2A 3TXBA 2I26L 3WW5A 1L75A 1L70A 4ARPA 3AW7A 1LZ1A 3P4ZA 1LHHA 1I56A 1QTZA 1AKIA 1JSFA 1LGXA 1QT7A 4XYYA 1HSXA 1XEKA 1L66A 4ETEA 149LA 1JKCA 5APCA 1UIFA 1C6HA 1L94A 1IR8A 1L57A 5FELA 1DKJA 252LA 259LA 173LA 3HDFA 1C67A 1CV0A 1GB6A 1L13A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PJZ A;  4E3U A;  4WLT A;  3DNA A;  3CSR A;  5B1F A;  1DYF A;  1VDP A;  1C6D A;  1VAU A;  1WTH A;  1XFP L;  243L A;  1LZ4 A;  3SB9 A;  3AGG G;  4RW2 A;  122L A;  1L34 A;  1JJ0 A;  4LYC A;  1GBS A;  2IFF Y;  127L A;  1JTN A;  3EBA B;  1WQR A;  195L A;  1GE0 A;  3WPJ A;  1HFX A;  1HML A;  144L A;  2B72 A;  2DQG Y;  1EPY A;  1L80 A;  4YXC A;  3A90 A;  1L14 A;  4GRV A;  1DQJ C;  3V2Y A;  1PS5 A;  2HEA A;  5LAF A;  2OEA X;  4RW1 A;  1OUA A;  4NHP A;  213L A;  4ET9 A;  4GCD A;  1L43 A;  2Z19 A;  1VAT A;  4QGZ A;  1F10 A;  1L74 A;  2DQA A;  1EQ4 A;  2HUB A;  2F2N A;  4W55 A;  2HU1 A;  4XN6 A;  2ZIL A;  1G7M C;  3HT8 A;  3ATO A;  4HJY A;  5FDJ A;  5E4P A;  1XJT A;  1G0J A;  3B0I A;  1L06 A;  4NWE A;  1F6S A;  3IJV A;  254L A;  4WMG A;  1E8L A;  1L71 A;  1LMN A;  1CJ8 A;  4DC4 A;  2GV0 A;  1NHE A;  2BQC A;  4B4I A;  1YL0 X;  4LYB A;  1YL1 X;  4WL6 A;  1YAM A;  1UC0 A;  2F2Q A;  2MED A;  196L A;  156L A;  1L22 A;  5HMV A;  1GBW A;  1L39 A;  1DYC A;  1ZWN A;  2ZYP A;  2QB0 B;  1LSM A;  1YQV Y;  260L A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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