4R0FA

Structure of lysozyme dimer at 318k
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization of heat induced spherulites of lysozyme reveals new insight on amyloid initiation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4r0fA00
1HHLA 4YEOA 4ANRA 4BADA 1N4FA 1KIQC 2EPEA 3P4ZA 5FDJA 2BQHA 4RDSA 4RLNA 5D5FA 2X0AA 1LZEA 1KXWA 1JIYA 5LVKA 3D3DA 4LYOA 4KL7A 2EIZC 1VEDA 4ET8A 3WU9A 3ZEKA 1C10A 3G3AB 4MCKA 1QIOA 4LFPA 3ZVQA 3LYTA 4DYGA 5LINA 1DPXA 1OUBA 1GFJA 4LYMA 1JPOA 1OUFA 5AMYA 1SQ2L 1GWDA 4CHXA 1XGTC 1GB8A 1GE4A 1HEPA 2LYZA 2YVBA 2BQOA 4ML7A 1LZ4A 1LSEA 1XSFA 3D9AC 1C08C 1LZGA 1XGPC 3B72A 4GCCA 1UCOA 1LJNA 2ZYCA 1BWJA 1LJHA 1GAYA 1P2CC 1BB5A 4GCDA 4E3UA 1V7SA 4DDCA 5KXKA 2MEIA 3WUMA 1DKKA 1JUGA 4H9HA 5HNCA 1LJIA 3A8ZA 3EO5A 2D6BA 4H9AA 1FKVA 4WG7A 4QGZA 1FLQA 2BPUA 1UBZA 1CKFA 1GE1A 1NKHA 4XJFA 1JKCA 3TXDA 5DN5A 1GFEA 4WL6A 1GB9A 4NGJA 2ZNWY 1NBZC 3P65A 1UA6Y 2BQIA 1LZTA 1REZA 4I8SA 1LHLA 1B2KA 4KXIA 2ZILA 4J1BA 1NQIA 3TMUA 5LYMA 5F14A 1IP1A 1EL1A 4ETAA 135LA 3WXUA 1G7LC 1JHLA 4X3BA 4DWXA 4GN3A 2LHMA 1GFAA 3M3UA 4B0DA 2W1LA 2DQCY 1QUSA 4KPMA 4I0CA 1G7HC 3BKHA 1BB7A 1WVVA 1XEJA 1RCMA 4EMNA 1LMTA 3HFMY 1D0LA 1B7QA 1C43A 4HTKA 1MLCE 1GE3A 1LMOA 3A6CY 2YBJA 6LYTA 3A96A 4DC4A 8LYZA 4PHIA 2H5ZA 5KXMA 4LGKA 5LVGA 1JEFA 4ZEEA 1XEKA 208LA 5II3A 1B7PA 2I25L 1G7IC 3OK0A 1WQRA 1OUCA 1AM7A 4HTQA 1GF8A 1OUAA 4N5RA 3WW6A 5HMJA 1OUHA 4WO9A 2C8PA 3IWRA 2XBSA 4B4JA 1OUGA 4DD0A 2HU3A 1BWHA 1OUJA 1IORA 1QQYA 4LT0A 3WVYA 1HFZA 3LZTA 4HP0A 4ETCA 3AZ4A 2ZNXY 4A7DA 1GF0A 4LFXA 4NG1A 2BQBA 1GDXA 1YL1X 3LYZA 5LXWA 4J7VA 3W6FA 2HEFA 3A67Y 1F6SA 4EOFA 1REYA 1LKRA 2H9KA 4G4CA 4NGZA 3MGWA 2YBLA 5B1GA 3WL2A 1NMMA 1JJ3A 134LA 3CT0A 1YAOA 2IHLA 4H8XA 3TMWA 3CT5A 4NGKA 1LJFA 1NDMC 3IJVA 1ZV5L 1GBSA 1H6MA 2Z2FA 4PRQA 3WPJA 1GFVA 1YAPA 4LZTA 3AW6A 1CJ7A 1C46A 1CKHA 5FCPA 4XJIA 1LZ9A 1VATA 2ZWBA 1IP6A 1FDLY 2FBDA 4NFVA 3B6LA 3HBDA 3TXFA 2CGIA 1GBXA 3WMKA 4Z98A 1GFKA 3AGHA 4NHTA 2D4IA 4N0JA 1AT5A 1KXYA 2LYOA 3OJPA 3CSRA 4M4OA 1LHHA 4C3WA 1BWIA 4LT3A 1B5ZA 4PPOA 4NGYA 2H9JA 1XFPL 4Z46A 1F10A 4H8ZA 4CFPA 2LZTA 4DDBA 1IOSA 2MEFA 3N9CA 4OWAA 1V7TA 4TX7A 5E4PA 5M1YA 2ZYPA 1DQJC 1DI5A 1GAZA 1ALCA 1IOTA 4II8A 3A91A 2EQLA 4NGVA 2BQGA 4LT1A 5KXRA 2NWDX 1IY4A 1GF7A 2XBRA 3CSZA 1LZ5A 1GB2A 1GE2A 5IELA 3T36A 1GB6A 1H87A 2DQJY 2BQJA 1JKDA 3A3RX 3B0IA 4FJRA 1LPIA 1LZDA 1WVUA 3TXHA 2ZIJA 1IVMA 1B5YA 1JJ0A 1QTKA 4G49A 4YOPA 1BQLY 4PJ2C 4RW2A 4ETEA 1AKIA 1GF3A 1VAUA 3ATOA 1GFTA 3B0OA 4M6DA 4AXTA 5DLAA 1GXXA 1LZ6A 4WMGA 1LSYA 4DD2A 1CKCA 2Z38A 3WUNA 1PS5A 4NWEA 1GDWA 1HSXA 5KKJA 1KIRC 1LTMA 3GXRA 4DD7A 4O34A 3WUAA 4NEBA 1LMCA 1DI3A 3RU5A 1HENA 3TXJA 1IWTA 1JITA 1EQEA 1QSAA 4NHQA 2EKSC 4XADA 3W6EA 132LA 3AZ5A 1B7NA 1XGUC 4NSHA 4CJ2A 1LSMA 2YBMA 1FBIX 1CNSA 5LVJA 4GCFA 4HSFA 2HEAA 4MR1A 3SP3A 1IO5A 1UIHA 1WQQA 3LZ2A 3T6UA 4DD1A 1HMKA 1YQVY 4YM8A 3A3QA 4H91A 1BB4A 4H9EA 2CDSA 1JISA 2YBIA 1IWVA 3QY4A 5LYZA 1IOCA 1LYYA 1IWYA 4NY5A 2PC2A 1G7MC 1VDQA 1QDTA 4NG8A 2MEHA 3RT5X 1RJCB 4IASA 2DQIY 2XJWA 6LYZA 1IWWA 194LA 4OWHA 5LAGA 2Z37A 4DD9A 5APFA 4LYZA 4TSCA 1GFGA 1SLYA 3J6KA 5F81A 1JKBA 4IATA 3AJNA 4FDYA 2N5ZA 1FLYA 1IEEA 4NGLA 4XJDA 5FHWA 3QNGA 4ZFPA 4B1AA 4N1EI 3AGGG 2YDGA 2DQAA 1IOQA 1BB3A 2BQKA 1BVKC 4C5FA 3EMSA 2W1XA 4GN5C 4GLAA 1RFPA 3LYOA 1ZVYB 1W6ZA 3A92A 1LSDA 5E9RA 193LA 1LKSA 1B9OA 1LMQA 4R6CA 1JTPL 1IWXA 2MEBA 4H9BA 1PZYA 2ZIKA 1LZ8A 3ATNA 5LA5A 1GHLA 4OOOA 1LOZA 4NSIA 1IX0A 2YSSC 2BAAA 4WM2A 4UWVA 4WLDA 5KXYA 1GB3A 1LSAA 1IP2A 1GEVA 3P66A 4QDNA 1B7LA 1GF5A 1WQMA 3IJUA 2A7DA 5KXPA 1DZBX 4NHSA 1LCNA 2D4KA 1DKJA 1BB6A 5DM9A 2W1MA 3A34A 4WLTA 1LSGA 2D91A 4N9RA 1O23A 1JJ1A 154LA 3AW7A 4IJ4A 1IC4Y 3WU7A 1NWGA 1BHZA 1LJJA 1LYSA 4LYTA 5I5QA 1FN5A 4ETDA 4HJYA 1A2YC 2HECA 2LZ2A 5A3ZA 4G9SA 1GBZA 1LSZA 2MEGA 2G4QA 1LJKA 2CWIA 1GXV2 5KXOA 4WM3A 5FELA 5KY1A 4WM5A 1J1OY 1WTMA 1BVXA 4WOAA 3ZVQB 1UIDA 5LYTA 1YKZX 4OW1A 4XN6A 2CJLA 5HLLA 4GLVA 1JTOL 1UIBA 5ILCA 1C7PA 1LYOA 1I1ZA 4BAFA 2F4GA 1B5UA 5LA8A 4RLMA 1YILA 1DXJA 4B4EA 4UWNA 1GD6A 2FYDA 3AGIA 3W6AA 4Z41A 1NHEA 5HQ1A 5KXTA 1GF6A 2RSCA 3AZ6A 1IIZA 4B4IA 1QTEA 1WQNA 3WU8A 4GCEA 3A95A 5B05A 3FE0A 5LVIA 4WM1A 3N9AA 1IY3A 1NBYC 1CJ8A 4NHPA 1GF9A 4WL7A 1BGIA 5F9XA 2VB1A 5KXSA 1LHMA 3W6DA 4HTNA 4WM4A 5I4WA 5I53A 2ZQ3A 4HPIA 1GB5A 4WLYA 1LMAA 2G4PA 4XJGA 4CGEA 1TBYA 2Q0MX 4DT3A 3FI7A 4UWUA 1OP9B 1GF4A 3TXIA 2D4JA 4NSGA 1LZAA 4XJBA 4ET9A 5KXWA 1HFYA 2HTXA 1GB7A 1YANA 1HEOA 1LHKA 1G7JC 4H94A 4HJVA 1KIPC 1FKQA 2Z2EA 1GBOA 1GFUA 1B5XA 1LZYA 1OUIA 1T6VL 3CT1A 1YIKA 1YL0X 1UICA 4N1CC 5D5CA 5L3HA 3TMVA 4NGOA 1E8LA 5F16A 2DQHY 2HUBA 4BS7A 3P68A 1OQMA 4G4HA 1LHIA 3HBHA 1DI4A 4H90A 5IHGA 3TXGA 1IWZA 1GB0A 1LHJA 4OWCA 2I6ZA 4Z3MA 1XEIA 1LJ4A 5L3IA 1HEWA 2MEDA 1Z55A 5APEA 4NGIA 1UIFA 1VFBC 1TDYA 2GV0A 2WARA 1LZBA 4HPEA 1GPQC 1RE2A 5FSTA 4OOTA 1OUEA 3E3DA 3K3TA 5B1FA 4NWHA 2FYCA 3WPLA 4ZIXA 1EQ4A 3WW5A 3A6BY 3W6CA 4H8YA 5JENB 2F30A 4H9FA 1YROA 1B5VA 2BQCA 5LVHA 1HF4A 3W3EA 1AT6A 3GXKA 5I4XA 4DDAA 7LYZA 3WXTA 4W94A 2BQDA 2ZQ4A 4WO6A 1UACY 1HNLA 4YENA 3WH1A 4QY9A 5B59A 5I4YA 1JTTL 1HELA 2W1YA 1J1XY 3LHMA 1IWUA 2DKVA 2HEDA 1B7SA 2DQFC 1TEWA 5B07A 1UIEA 1YKYX 2DQEY 2MEEA 1LYZA 1B7OA 1UIAA 1JWRA 3A93A 4HV1A 1CKGA 1T3PA 2HEEA 4TUNA 5T3FA 3AYQA 4WLXA 2BQNA 4G4BA 1HSWA 5KJ9A 3M18B 3TXBA 2G4NA 1HEQA 2BQEA 5KKIA 4TSBA 1UIGA 1IR7A 3EBAB 4H1PA 5KXXA 4WG1A 4PGJB 1LZSA 4H9CA 3W6BA 4XYYA 1QDRA 4D9ZA 2BLYA 1F0WA 1XGQC 1TCYA 3HBEX 2DBTA 4NGWA 1W08A 1LJGA 3A94A 3LYMA 5LIOA 1VDSA 1GFHA 4P2EA 4BAPA 1IC5Y 1CJ9A 1HERA 2DQGY 1IP3A 1LAAA 1D0MA 1REMA 1LJ3A 1TAYA 1WTNA 1LZNA 4WM6A 4NIJA 5DN4A 3TMXA 4L41A 2I26L 2BQLA 4DD3A 4OWEA 5KXLA 3RZ4A 5A3EA 3B0KA 1GBYA 4MSTA 1LMNA 3BKVA 1WQOA 1FLWA 4H92A 1HEMA 3RNXA 4W96A 5F9UA 1IC7Y 1I56A 1NF5A 207LA 2Z12A 1EQ5A 2BLXA 4QEQA 2YBHA 1HC0A 1LZ1A 1QSWA 3CQLA 1FLUA 1CKDA 4AGAA 2Z18A 4KT3A 3WPKA 3VWOA 2Z39A 4R0FA 2A7FA 4NSJA 5KXZA 3N9EA 1IP7A 1OUDA 1YAQA 3AB6A 1B5WA 2BQFA 5EBHA 3WYHA 3WULA 5HMVA 5KXNA 1D0KA 3G3BB 1GFRA 2B5ZA 3ULRA 1NDGC 4ETBA 1LSBA 4HJZA 1CJ6A 4J0LA 1UC0A 1INUA 1IR8A 5L9JA 1WQPA 1XGRC 1ZMYL 2C8OA 3QE8A 1J1PY 1GE0A 2AUBA 4GN4A 5FEKA 4B49A 2YBNA 1LZRA 3RW8A 4NHIA 5J7CA 1QUTA 1VDPA 153LA 1GEZA 4PRUA 2Y8PA 5K7OA 3TXEA 2Z19A 9LYZA 1LSFA 3AZ7A 1B7MA 4H93A 1IR9A 1JSEA 3KAMA 1I20A 4OWBA 3J4GA 3EXDA 1B0DA 1LSNA 1A4VA 2DQDY 2BQAA 1DPWA 1GBWA 1KXXA 3CB7A 1LSPA 3CSQA 1HFXA 2BQMA 4LYCA 5ILFA 1D6PA 4YEMA 2XTHA 1ZVHL 3F6ZA 5APDA 1IP5A 2F2NA 3TXKA 1YKXX 1B7RA 2IFFY 1LZCA 1LMPA 2LYMA 4RW1A 1JSFA 4GCBA 1RI8B 2HEBA 2FBBA 1IP4A 5C6JA 2HU1A 4LYBA 4N8ZA 3WVXA 1LSCA 1AZFA 2MECA 4TTDA 4XJHA 4CFOA 133LA 1JKAA 1HMLA 5APCA 1MELL 1VDTA 4J1AA 5HNLA 1LJEA 4TWSA 3P64A 1D6QA 1REXA 1UUZC 5IDDA 3A90A 4LT2A 4YF2A 4HV2A 2MEAA 1D9UA 5DL9A 5C6LA 4H9IA 1C45A 1F6RA 1YAMA 4U3XB 5C6IA 5I54A 3LN2A 4XENA 5B06A 5LAFA 2F4AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BADA 1N4FA 1KIQC 206LA 2EPEA 2B6TA 2BQHA 4I7TA 210LA 5LVKA 3D3DA 1VEDA 3WU9A 1C6PA 3DN1A 1L45A 3DN2A 1GFJA 4I7LA 3GUMA 1JPOA 4LYMA 5AMYA 3F8VA 223LA 2RH1A 2LYZA 1HEPA 4ML7A 3DN0A 3D9AC 1XGPC 4GCCA 1UCOA 1L01A 1LJHA 1JUGA 3A8ZA 3EO5A 1NKHA 5DN5A 1L12A 4WL6A 4LDLA 3P65A 1LZTA 1LHLA 1B2KA 4KXIA 2ZILA 1QSQA 2HULA 1CV5A 1EL1A 4X3BA 4B0DA 4EPFA 2DQCY 1QUSA 1G7HC 3BKHA 4EMNA 1RCMA 1QUHA 235LA 1QT4A 1MLCE 3A6CY 2YBJA 172LA 1G7IC 155LA 1OUCA 4N5RA 1L92A 1L46A 239LA 3ODUA 1P64A 4EPIA 2HU3A 3WVYA 3LZTA 1L98A 2ZNXY 4A7DA 1GF0A 3HT7A 4LFXA 3LYZA 3V2YA 3W6FA 2HEFA 4EOFA 3HH3A 3CT0A 1YAOA 231LA 2B70A 2IHLA 3TMWA 3CT5A 4W54A 1LJFA 3IJVA 1ZV5L 3SBBC 1GFVA 2LC9A 3AW6A 1I6SA 1CJ7A 1CX6A 4NFVA 4Z98A 1GFKA 212LA 2D4IA 2LYOA 4M4OA 4C3WA 158LA 1QSBA 4NGYA 246LA 1L43A 1GAZA 1DI5A 5KXRA 4NGVA 211LA 1SSWA 1L93A 1GB6A 1CU0A 1H87A 2B74A 1LPIA 1WVUA 1PQDA 1L73A 4ETEA 4K5YA 1AKIA 1JQUA 4AXTA 1DYDA 4I7QA 4WMGA 1LSYA 1CKCA 2Z38A 4W53A 162LA 1L62A 4NWEA 1L02A 1GDWA 1L77A 148LE 1L54A 4O34A 4NEBA 3RU5A 197LA 4ZPUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HHL A;  4YEO A;  4ANR A;  4BAD A;  1N4F A;  1KIQ C;  2EPE A;  3P4Z A;  5FDJ A;  2BQH A;  4RDS A;  4RLN A;  5D5F A;  2X0A A;  1LZE A;  1KXW A;  1JIY A;  5LVK A;  3D3D A;  4LYO A;  4KL7 A;  2EIZ C;  1VED A;  4ET8 A;  3WU9 A;  3ZEK A;  1C10 A;  3G3A B;  4MCK A;  1QIO A;  4LFP A;  3ZVQ A;  3LYT A;  4DYG A;  5LIN A;  1DPX A;  1OUB A;  1GFJ A;  4LYM A;  1JPO A;  1OUF A;  5AMY A;  1SQ2 L;  1GWD A;  4CHX A;  1XGT C;  1GB8 A;  1GE4 A;  1HEP A;  2LYZ A;  2YVB A;  2BQO A;  4ML7 A;  1LZ4 A;  1LSE A;  1XSF A;  3D9A C;  1C08 C;  1LZG A;  1XGP C;  3B72 A;  4GCC A;  1UCO A;  1LJN A;  2ZYC A;  1BWJ A;  1LJH A;  1GAY A;  1P2C C;  1BB5 A;  4GCD A;  4E3U A;  1V7S A;  4DDC A;  5KXK A;  2MEI A;  3WUM A;  1DKK A;  1JUG A;  4H9H A;  5HNC A;  1LJI A;  3A8Z A;  3EO5 A;  2D6B A;  4H9A A;  1FKV A;  4WG7 A;  4QGZ A;  1FLQ A;  2BPU A;  1UBZ A;  1CKF A;  1GE1 A;  1NKH A;  4XJF A;  1JKC A;  3TXD A;  5DN5 A;  1GFE A;  4WL6 A;  1GB9 A;  4NGJ A;  2ZNW Y;  1NBZ C;  3P65 A;  1UA6 Y;  2BQI A;  1LZT A;  1REZ A;  4I8S A;  1LHL A; 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 5KXZ A;  3N9E A;  1IP7 A;  1OUD A;  1YAQ A;  3AB6 A;  1B5W A;  2BQF A;  5EBH A;  3WYH A;  3WUL A;  5HMV A;  5KXN A;  1D0K A;  3G3B B;  1GFR A;  2B5Z A;  3ULR A;  1NDG C;  4ETB A;  1LSB A;  4HJZ A;  1CJ6 A;  4J0L A;  1UC0 A;  1INU A;  1IR8 A;  5L9J A;  1WQP A;  1XGR C;  1ZMY L;  2C8O A;  3QE8 A;  1J1P Y;  1GE0 A;  2AUB A;  4GN4 A;  5FEK A;  4B49 A;  2YBN A;  1LZR A;  3RW8 A;  4NHI A;  5J7C A;  1QUT A;  1VDP A;  153L A;  1GEZ A;  4PRU A;  2Y8P A;  5K7O A;  3TXE A;  2Z19 A;  9LYZ A;  1LSF A;  3AZ7 A;  1B7M A;  4H93 A;  1IR9 A;  1JSE A;  3KAM A;  1I20 A;  4OWB A;  3J4G A;  3EXD A;  1B0D A;  1LSN A;  1A4V A;  2DQD Y;  2BQA A;  1DPW A;  1GBW A;  1KXX A;  3CB7 A;  1LSP A;  3CSQ A;  1HFX A;  2BQM A;  4LYC A;  5ILF A;  1D6P A;  4YEM A;  2XTH A;  1ZVH L;  3F6Z A;  5APD A;  1IP5 A;  2F2N A;  3TXK A;  1YKX X;  1B7R A;  2IFF Y;  1LZC A;  1LMP A;  2LYM A;  4RW1 A;  1JSF A;  4GCB A;  1RI8 B;  2HEB A;  2FBB A;  1IP4 A;  5C6J A;  2HU1 A;  4LYB A;  4N8Z A;  3WVX A;  1LSC A;  1AZF A;  2MEC A;  4TTD A;  4XJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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