4RW2A

Hen egg-white lysozyme structure from a spent-beam experiment at lcls: refocused beam
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Characterization and use of the spent beam for serial operation of LCLS.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4rw2A00
1IWUA 2DQDY 3GXKA 2D4JA 5KXMA 3AGHA 1B7NA 1VDPA 4WL6A 4LT0A 1HMLA 2DQJY 1HEWA 4GCBA 4H8ZA 1KXYA 1HSXA 1IR8A 1IP2A 3IJUA 4NGOA 3AJNA 3WW6A 1LSCA 4H9HA 1NMMA 4YF2A 2BQHA 1YQVY 3WULA 5A3EA 2H9KA 4BAPA 4II8A 4OWHA 1VATA 1FBIX 4WM1A 1GBWA 2RSCA 2G4PA 4WG1A 2W1XA 4QEQA 1H6MA 1GFRA 1LSGA 1UIDA 1LSDA 1GFKA 5I4XA 5KXXA 5APCA 5FCPA 1BHZA 1G7JC 2XTHA 1IC5Y 1VDQA 1O23A 3OK0A 193LA 1HEOA 4LYOA 1NHEA 1LSYA 4DD9A 1DZBX 1REMA 1C46A 1LZNA 4NGIA 1KIQC 1LMNA 1P2CC 3P64A 4EOFA 5I5QA 3QE8A 1GF5A 2BQIA 3WU8A 4DD3A 4WLXA 1DI5A 4CFPA 4ML7A 4RW1A 4XADA 2HEAA 5HMVA 5HNCA 1OUFA 4ETDA 4MR1A 3WXUA 5FDJA 2I25L 2F30A 4PHIA 3WUMA 1F6SA 3SP3A 1WQQA 1C10A 3LYOA 4N1EI 1WQOA 1QTKA 4RLMA 1JKBA 2DBTA 3RW8A 3TXIA 1AT6A 1AT5A 4A7DA 4PPOA 1OUGA 1JKCA 1VEDA 1LSZA 1D6QA 1BB4A 5B1GA 5KKJA 3P4ZA 4NSJA 4NGLA 1TCYA 1WVVA 3W6BA 5II3A 1F6RA 2BQDA 3ATOA 4NEBA 1I56A 4HTNA 4B4IA 1GB2A 4GLAA 1IP5A 1HERA 2DQCY 5KXNA 1IIZA 1DI4A 3LYTA 2ZIJA 2Z2FA 5F16A 1XGTC 2FBBA 1AKIA 1GHLA 1LSPA 4QDNA 4CJ2A 3P68A 4GN4A 4NSIA 2IFFY 5KXSA 4ZEEA 4I8SA 5KKIA 3WU9A 4AXTA 4DD2A 2H5ZA 6LYTA 1RFPA 4LYCA 1D9UA 1UICA 1LZSA 4U3XB 4NGWA 3TXFA 1GE0A 4W94A 1LAAA 2ZNWY 2ZWBA 4FJRA 1JITA 1D0LA 1GF9A 1NDGC 1BB7A 1LZDA 2MEFA 2ZYPA 3AW7A 1YAPA 2ZIKA 5I54A 1UUZC 1GBOA 1B7SA 3CT5A 3LYZA 4L41A 1HFXA 135LA 1FDLY 5LVKA 6LYZA 1UCOA 1GBXA 4PRQA 1GE1A 2IHLA 3A8ZA 3AB6A 3WUAA 5C6LA 1F0WA 4WMGA 1A2YC 2Y8PA 5DN4A 3D3DA 3TXBA 4OWEA 1GFAA 1YANA 2MEDA 4B49A 4WO6A 1HELA 4LGKA 4LYZA 5KXWA 1GF6A 3P65A 2BLYA 5B1FA 3CSRA 3LHMA 4Z46A 1CJ6A 1GBZA 4ETAA 2BQAA 1IP3A 2EQLA 2MEIA 2BAAA 1LZCA 1LJJA 1OUAA 1HEQA 1D6PA 2LYZA 1BGIA 4LFPA 1LYSA 1XGQC 3AZ4A 4CFOA 1GFGA 3B0IA 1J1XY 3N9AA 4YENA 1JJ1A 1IP6A 4B1AA 4PGJB 1WTMA 1MLCE 1GFTA 4IATA 207LA 1LZ5A 2WARA 2HEEA 1CJ9A 1I1ZA 4FDYA 3A67Y 4WM6A 3W6CA 1YKXX 2YBNA 1CKHA 4UWVA 1UIEA 1INUA 1FLUA 1QUSA 2ZQ3A 4H94A 4WL7A 4YEMA 5JENB 1LJGA 1IOCA 1YL0X 1GF8A 4XJBA 1ZVHL 154LA 1LZ1A 1UC0A 4XENA 2EIZC 5KXYA 1LYZA 1QSWA 1OUIA 4GLVA 4DDAA 1BQLY 2Z39A 5KXRA 4TX7A 4GCCA 1JJ0A 4NG8A 2DQHY 1EL1A 4GN5C 4XN6A 2BQOA 3CSZA 1IEEA 1IOTA 2D91A 4Z3MA 3FE0A 5E9RA 1PS5A 1B0DA 2CWIA 2W1YA 4B0DA 4MCKA 2BQKA 1HEPA 4NGKA 4N5RA 1BVKC 2F4GA 1GF7A 5B07A 4B4EA 5KY1A 1B5VA 4DC4A 1Z55A 3TXHA 4DT3A 5I4YA 1B5YA 4RW2A 3W3EA 1GB7A 4RDSA 4LYBA 1IO5A 5LAGA 3VWOA 1GE3A 3GXRA 4G4HA 1N4FA 2CJLA 4H9AA 1NBZC 2DQGY 4NFVA 1YKZX 1QSAA 1KXWA 3CQLA 1CKFA 1B2KA 1LHIA 2YBHA 2ZQ4A 2HTXA 4H1PA 5DN5A 1JUGA 3W6DA 1TBYA 2BQGA 1YROA 1QIOA 5IELA 3FI7A 4LT1A 1DPXA 1FLYA 4WLYA 1B5XA 1JISA 5I4WA 5B59A 4LZTA 4G9SA 1J1OY 5A3ZA 4N1CC 5LINA 1OQMA 2DQFC 3TXKA 1QDTA 2MEEA 3AGIA 4QGZA 4XJIA 2Z37A 3WVXA 2Z19A 4XYYA 1YKYX 3B0OA 4R6CA 1LSAA 4X3BA 3BKHA 3D9AC 1D0KA 1IWVA 1GB5A 1UA6Y 1LJIA 1BB5A 4I0CA 1LZGA 1GB9A 1ZVYB 4G4BA 4YEOA 4GCDA 2F4AA 5J7CA 5LYZA 5KXOA 1JTOL 1FN5A 1LCNA 1QDRA 1B5ZA 1XGRC 4XJHA 5L3HA 1IP1A 1GF3A 2YSSC 5DL9A 1NDMC 1LJHA 4H8XA 1IY4A 1LJNA 1IVMA 1LZ4A 4HPEA 4GCEA 1DPWA 2PC2A 1GFVA 1XEKA 2DQAA 5LVJA 1UIAA 1HENA 2MEBA 5APDA 3A96A 1GXV2 2MEHA 4WM2A 1B7QA 1JSEA 4NHSA 5HLLA 4NGZA 1NQIA 4ETCA 1IP7A 1LMPA 1TDYA 4H90A 4UWUA 1GF4A 4B4JA 4TTDA 1QQYA 4KT3A 5KXKA 4OWCA 4PRUA 5HQ1A 1UIBA 2Z2EA 1C08C 1GD6A 1XGUC 1JIYA 1XEIA 2W1LA 2EKSC 4TUNA 4HJVA 1J1PY 4D9ZA 2LYMA 3TMWA 4XJFA 1LHJA 3B6LA 2G4QA 4NSGA 1GWDA 4KPMA 4BADA 1B7LA 1IWXA 3QY4A 2GV0A 1RE2A 4OOOA 3WU7A 4UWNA 1TEWA 4DYGA 1HMKA 1LOZA 1T6VL 1OUHA 5IHGA 3A6CY 2ZILA 3M3UA 4NHQA 1W6ZA 3RZ4A 1LMAA 1GE2A 4NHPA 1UACY 1B7RA 4R0FA 1C7PA 3A3RX 4IJ4A 4XJDA 1CJ7A 4IASA 1NBYC 3QNGA 2Z18A 3IJVA 1IWYA 1XSFA 3AZ6A 4ET9A 5K7OA 2HEBA 1OP9B 3A34A 3P66A 4Z41A 4TSCA 4DDBA 1HEMA 5IDDA 4J1AA 1IOSA 1AM7A 5FSTA 3WH1A 3A94A 3LN2A 1LMQA 3N9CA 4O34A 2HUBA 4H9BA 4NGYA 1LZBA 2BQFA 3ZEKA 1EQ5A 1LZ9A 1REZA 3LZ2A 5C6JA 5HMJA 1HFYA 1LMOA 1IC4Y 3EO5A 3K3TA 1CKCA 5DLAA 2DQIY 3T36A 1JEFA 4QY9A 4CGEA 1LHLA 1LSNA 3HBHA 4NHTA 2Z12A 4AGAA 1GBSA 2ZYCA 5B05A 2X0AA 1FLQA 5F81A 3A91A 1V7SA 3WPKA 3KAMA 1QTEA 5KXTA 1LSEA 4WO9A 2Z38A 2BQCA 4YM8A 1G7MC 1LSBA 3AYQA 3LYMA 3A92A 4M6DA 3WL2A 4J0LA 5LXWA 1BWJA 1GE4A 1B7PA 1B5WA 1LHMA 4KL7A 1H87A 5AMYA 4W96A 1LMTA 1GFJA 1YL1X 2BQMA 1BB3A 4H9FA 1XEJA 2G4NA 4E3UA 4ETEA 1SQ2L 5LYMA 1LMCA 4XJGA 4OWBA 2MEAA 5LAFA 3TXJA 1LZ8A 4G4CA 4DD0A 3B0KA 2HECA 1JTTL 1G7LC 1LKRA 1QUTA 2BPUA 2CDSA 2YBIA 5E4PA 1IR9A 1JKDA 4HSFA 2EPEA 2BLXA 3AZ7A 3W6FA 5APEA 1B9OA 4DDCA 1AZFA 3TXGA 4LT2A 2I26L 4N8ZA 1OUCA 2AUBA 1OUBA 1D0MA 1LJKA 4H92A 1LZAA 2C8OA 4H91A 3WVYA 1OUJA 1BWIA 1VDSA 2HU3A 4P2EA 3W6AA 1RI8B 4CHXA 1VAUA 1WQNA 1LZEA 3HFMY 4LYTA 134LA 4NG1A 2FBDA 1WTNA 1BWHA 3RU5A 1LZ6A 3A3QA 1JWRA 4WG7A 5D5FA 1JSFA 2YDGA 4LFXA 4OWAA 4OOTA 3G3BB 2D6BA 4RLNA 1JPOA 5I53A 3CT1A 2I6ZA 2B5ZA 4KXIA 2BQJA 132LA 1DI3A 4NWEA 1NWGA 4HJZA 3TXEA 2ZNXY 5LA8A 1LJ4A 194LA 3EBAB 4LYMA 1W08A 1EQEA 1OUEA 2A7DA 4HV1A 2W1MA 5FEKA 4BAFA 1LZRA 1EQ4A 4H8YA 4HJYA 4ANRA 2LHMA 4N9RA 2A7FA 5LVGA 4NHIA 1GB0A 4ET8A 1RCMA 4PJ2C 3WPLA 2H9JA 1IWWA 2DKVA 1KIPC 1B5UA 1REXA 1IORA 1ZV5L 4HTKA 3TMXA 1ALCA 1IOQA 1LJEA 2LZ2A 3A95A 3TMUA 1CKGA 1I20A 4EMNA 1BVXA 1GFHA 1LPIA 2LZTA 3WUNA 2CGIA 1GBYA 1UIFA 2BQEA 4BS7A 1HHLA 1IR7A 3TMVA 3M18B 1T3PA 2HEFA 3AZ5A 5F9UA 4M4OA 2F2NA 1ZMYL 1JJ3A 4N0JA 3W6EA 3ZVQA 5LVHA 1V7TA 5DM9A 5HNLA 1GPQC 1LHHA 4OW1A 3WW5A 4ZFPA 4GCFA 3HBDA 1GF0A 1WQPA 4H9CA 3WXTA 3EMSA 3J4GA 3F6ZA 4NWHA 1YAOA 4WLDA 1LSMA 2XBRA 5KJ9A 1C43A 1C45A 1GAZA 1LYYA 2BQBA 3G3AB 1XGPC 4GN3A 1BB6A 4H9EA 5FELA 1WVUA 2VB1A 3EXDA 3J6KA 5LVIA 3WPJA 3WYHA 4HTQA 3ZVQB 5LYTA 1LJFA 1HSWA 2XBSA 4WM3A 5KXZA 5LIOA 2YBMA 2FYCA 3A6BY 1RJCB 1JHLA 1SLYA 2HEDA 1KXXA 5ILFA 1REYA 1DKKA 3CB7A 4DWXA 3A90A 4ZIXA 1YIKA 2YBJA 4J1BA 4NY5A 4Z98A 4J7VA 1F10A 1DQJC 4DD1A 1HNLA 9LYZA 2D4IA 4WLTA 5T3FA 3MGWA 1GXXA 1NKHA 2YVBA 1PZYA 3T6UA 1G7HC 1CNSA 2FYDA 2XJWA 3CSQA 3IWRA 5F14A 5L3IA 5ILCA 4TSBA 4WOAA 1IWTA 1FKQA 1UIGA 208LA 1YILA 2BQLA 2N5ZA 3TXDA 1IWZA 3B72A 1FKVA 1VFBC 2BQNA 4HPIA 1E8LA 3AW6A 1IP4A 1TAYA 1UBZA 2YBLA 1KIRC 1JTPL 4H9IA 1GB3A 4HP0A 5APFA 5L9JA 8LYZA 1GFEA 1GAYA 1DXJA 1HFZA 4DD7A 1VDTA 1LHKA 1GDWA 5LA5A 4TWSA 4NGJA 1B7MA 1LSFA 1A4VA 3BKVA 7LYZA 3RT5X 4G49A 1B7OA 4YOPA 1WQRA 1CKDA 1XFPL 1MELL 4NSHA 5C6IA 3RNXA 3ULRA 3E3DA 3CT0A 1LKSA 5EBHA 3A93A 4LT3A 1DKJA 1HF4A 2DQEY 1WQMA 5FHWA 1G7IC 2LYOA 3N9EA 2MECA 1GB6A 2C8PA 5KXLA 3HBEX 3AGGG 5F9XA 5M1YA 1YAQA 1LZYA 1IX0A 2D4KA 1LZTA 3ATNA 153LA 4HV2A 2MEGA 4WM4A 1FLWA 1LJ3A 1LYOA 4ETBA 3WMKA 1CJ8A 1NF5A 4H93A 4C5FA 4C3WA 133LA 3LZTA 3OJPA 1GDXA 1YAMA 2HU1A 4MSTA 1IC7Y 1GEVA 2NWDX 5B06A 1GEZA 4NGVA 1GB8A 1OUDA 4NIJA 1JKAA 2Q0MX 1HC0A 1IY3A 5D5CA 1LTMA 4WM5A 1GFUA 1UIHA 5KXPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GXKA 4YXCA 5KXMA 169LA 1B7NA 3C8RA 3WW6A 1IP2A 1P37A 1CV4A 4YF2A 1C6JA 1YQVY 1LGUA 1VATA 2RBNA 1UIDA 5APCA 3HUQA 193LA 2RB1X 1NHEA 1LSYA 1P2CC 4EOFA 3QE8A 1GF5A 2BQIA 4IAPA 4DD3A 4WLXA 198LA 5HMVA 4ETDA 4MR1A 3WXUA 3LZMA 4PHIA 3WUMA 1WQQA 1C10A 3LYOA 3HH6A 4N1EI 1WQOA 1QTKA 4LDLA 1L0KA 229LA 3TXIA 1AT5A 1JKCA 1LSZA 3C8SA 1L61A 114LA 5II3A 1F6RA 3OE8A 1KY0A 160LA 3C83A 4B4IA 250LA 3LYTA 210LA 1AKIA 1L35A 1LSPA 4QDNA 4ZEEA 4DD2A 2H5ZA 1D9UA 1BB7A 1LZDA 2ZYPA 2A4TA 1YAPA 2ZIKA 1SX7A 3CT5A 1D3NA 3LYZA 4I7JA 135LA 1UCOA 1F0WA 3TXBA 1L64A 2F32A 4LGKA 4LYZA 5KXWA 2BAAA 1LZCA 1OUAA 1BGIA 1LYSA 3AZ4A 3B0IA 1IP6A 1L75A 1C61A 1GFTA 4IATA 207LA 120LA 1L88A 4DQ7A 1I6SA 2YBNA 1CKHA 4UWVA 171LA 4H94A 4YEMA 1IOCA 154LA 4XENA 2EIZC 4K5YA 1CX6A 2Z39A 5KXRA 1JJ0A 2DQHY 1IEEA 1JTMA 4Z3MA 1LYIA 1PS5A 1B0DA 2CWIA 5B07A 1GF7A 1B5VA 3TXHA 5I4YA 3W3EA 1GB7A 3UONA 3NYAA 3GUOA 4LZMA 3CQLA 1QSAA 4H1PA 1CKFA 1LHIA 5DN5A 1TBYA 1YROA 1NHBA 3FI7A 2OTYX 1J1OY 3VW7A 2DQFC 1QDTA 2MEEA 3AGIA 3HU8A 2B73A 3B0OA 4X3BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IWU A;  2DQD Y;  3GXK A;  2D4J A;  5KXM A;  3AGH A;  1B7N A;  1VDP A;  4WL6 A;  4LT0 A;  1HML A;  2DQJ Y;  1HEW A;  4GCB A;  4H8Z A;  1KXY A;  1HSX A;  1IR8 A;  1IP2 A;  3IJU A;  4NGO A;  3AJN A;  3WW6 A;  1LSC A;  4H9H A;  1NMM A;  4YF2 A;  2BQH A;  1YQV Y;  3WUL A;  5A3E A;  2H9K A;  4BAP A;  4II8 A;  4OWH A;  1VAT A;  1FBI X;  4WM1 A;  1GBW A;  2RSC A;  2G4P A;  4WG1 A;  2W1X A;  4QEQ A;  1H6M A;  1GFR A;  1LSG A;  1UID A;  1LSD A;  1GFK A;  5I4X A;  5KXX A;  5APC A;  5FCP A;  1BHZ A;  1G7J C;  2XTH A;  1IC5 Y;  1VDQ A;  1O23 A;  3OK0 A;  193L A;  1HEO A;  4LYO A;  1NHE A;  1LSY A;  4DD9 A;  1DZB X;  1REM A;  1C46 A;  1LZN A;  4NGI A;  1KIQ C;  1LMN A;  1P2C C;  3P64 A;  4EOF A;  5I5Q A;  3QE8 A;  1GF5 A;  2BQI A;  3WU8 A;  4DD3 A;  4WLX A;  1DI5 A;  4CFP A;  4ML7 A;  4RW1 A;  4XAD A;  2HEA A;  5HMV A;  5HNC A;  1OUF A;  4ETD A;  4MR1 A;  3WXU A;  5FDJ A;  2I25 L;  2F30 A;  4PHI A;  3WUM A;  1F6S A;  3SP3 A;  1WQQ A;  1C10 A;  3LYO A;  4N1E I;  1WQO A;  1QTK A;  4RLM A;  1JKB A;  2DBT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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