4TTDA

Structure of a lysozyme antibody complex
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a lysozyme antibody complex
rcsb
molecule tags Immune system
source organism Homo sapiens
molecule keywords Lysozyme C
total genus 42
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4ttdA00
3CB7A 4EMNA 3TXKA 207LA 2MEDA 4XENA 1ZVYB 2LYMA 4B4JA 1IP4A 1AZFA 2IFFY 2YBIA 4C5FA 1GF5A 2CGIA 4KPMA 3WYHA 3FI7A 1IWVA 1DXJA 3A3RX 4OWCA 1BWHA 1OP9B 4HTQA 1HEQA 3TXIA 5IHGA 1TBYA 4G49A 2AUBA 1GB2A 4GCFA 4N8ZA 2FYDA 1BVKC 1GBYA 1GF9A 1T6VL 5LXWA 1GD6A 1EQEA 1LMTA 1UACY 4HSFA 5L3IA 4LGKA 1RI8B 1VEDA 5KXYA 4NGKA 2HUBA 4H8ZA 5LA5A 1B2KA 1LSMA 2W1MA 4HJZA 5KXZA 4YM8A 1JTTL 4B4IA 1LMAA 3AZ5A 3WU7A 7LYZA 5A3ZA 1GF4A 1B5YA 1IOSA 1G7MC 1GBXA 2MEBA 1WVVA 2EIZC 4WL6A 2ZYCA 4NHQA 4NSGA 4DD2A 5I4XA 1GB8A 2I26L 3D3DA 5AMYA 5KXMA 1UICA 1LJEA 1HNLA 1GB6A 2LYZA 2BQBA 3HBHA 1LKSA 3N9AA 4WLTA 133LA 4NWEA 1LJIA 3TXGA 4OWEA 4NGOA 1DPWA 3LYOA 3RZ4A 4L41A 3TXDA 3VWOA 2N5ZA 1IY4A 2HEAA 1HEMA 4ANRA 1VFBC 5FEKA 1HEOA 2BLYA 3AZ7A 1IC7Y 4B0DA 1OUHA 3P4ZA 5T3FA 4XJBA 3A3QA 1AKIA 5B07A 1SQ2L 4WLYA 5FHWA 1FN5A 1NKHA 3A95A 1B7SA 1C45A 1CJ7A 3A96A 4LT3A 3TMUA 5KKIA 1YQVY 3OJPA 1LSFA 1IX0A 3P66A 5DM9A 5FELA 4NG1A 2LYOA 1NF5A 3RNXA 1GFJA 1GPQC 2ZQ4A 4NHPA 1TCYA 4HV1A 1QTEA 1LZ8A 5L3HA 1RE2A 3W6FA 4LYMA 1IP7A 4NG8A 1V7SA 3WU9A 1IWZA 4Z98A 3B6LA 4G4HA 2PC2A 1CKFA 2DQHY 2ZWBA 2BQFA 4RDSA 3W6BA 3WPLA 5HQ1A 1D9UA 3GXRA 3N9CA 4G9SA 4HPIA 3HFMY 2YSSC 1QUSA 1D6QA 5HLLA 6LYTA 4DYGA 4B49A 3LZ2A 1LKRA 3BKHA 1GF0A 1RJCB 1GWDA 1P2CC 1YAOA 3K3TA 1HSWA 1TAYA 2Q0MX 135LA 3J4GA 3KAMA 4YEOA 5KY1A 4NSHA 2H5ZA 3J6KA 5LVKA 4DD0A 4H1PA 1LMOA 4PRQA 4W94A 5HMJA 4ML7A 2FYCA 4XJFA 2CDSA 4ZEEA 2BQLA 4XJIA 5DLAA 5LA8A 1YKXX 1FLQA 3D9AC 2YBNA 2VB1A 1IC5Y 1F0WA 1INUA 1GFEA 4GCCA 5KXOA 1HMLA 1DZBX 1KIQC 4WL7A 1LSBA 208LA 1UIAA 3A94A 4GN3A 4GCEA 3A67Y 3OK0A 1LYOA 2YVBA 2BQIA 4FDYA 2D91A 1IWXA 4NHIA 1NDGC 2CJLA 5DN5A 1JHLA 5LIOA 4GN5C 1B5UA 3WUAA 2DQEY 1WVUA 5IDDA 2ZIKA 3HBEX 1EQ4A 5FDJA 4GN4A 2MEEA 1F10A 2ZILA 1BB5A 4HTKA 1GB3A 1KIRC 2BPUA 9LYZA 134LA 2MEGA 5LVJA 2YBLA 1HFYA 3BKVA 5B59A 3WUMA 4TX7A 5LYZA 1D0KA 1IEEA 4NY5A 2BQMA 2HEDA 4M4OA 3B0KA 1QDTA 4PRUA 4G4BA 1LZ1A 4TWSA 2H9KA 4H94A 4WLXA 1AT5A 4CFPA 4J0LA 3N9EA 1YIKA 5J7CA 1C43A 1GAYA 1KXYA 4TUNA 1D0LA 3LYMA 4NGYA 1LHKA 1O23A 1VAUA 4RW1A 2BQHA 1IVMA 2BQDA 1UC0A 1XGQC 4N0JA 2EKSC 4I8SA 1LOZA 1GF8A 3B72A 4LYTA 4UWVA 4E3UA 1CKGA 1GF6A 1DKKA 3WULA 5FCPA 1JWRA 1LSPA 1B7RA 1C7PA 1CKCA 2A7FA 4ETCA 4QY9A 1JUGA 2IHLA 3CSRA 4HV2A 3A90A 1IR8A 3F6ZA 5E4PA 1YAPA 4LZTA 4BADA 4GLAA 1UCOA 1OUFA 3W6AA 5LYTA 1GE2A 2F30A 3RT5X 4N1CC 1WQQA 5LVIA 1UUZC 1KIPC 1REXA 1XEKA 2LZTA 3WXUA 5I4YA 4AGAA 1QUTA 2HU1A 1LJHA 1NMMA 3A6CY 1V7TA 5ILCA 1HERA 1B7MA 3T6UA 4ET9A 1C10A 2HEEA 3QE8A 4QEQA 2EQLA 1LYZA 1LSYA 2Z38A 4PPOA 3WU8A 4B4EA 4DDBA 4J1BA 3CT5A 4HTNA 1VDSA 2WARA 4H8XA 1H87A 1BGIA 2FBBA 3A8ZA 5B05A 1BWJA 1GB5A 1LSEA 1BB3A 1QSAA 2DQJY 2YBHA 4N1EI 3RW8A 1IC4Y 1YKYX 2Y8PA 2F2NA 3TMWA 153LA 4LYCA 1BB6A 1CJ6A 2MECA 3G3BB 4IATA 4H93A 4ETBA 1WQPA 5I54A 5F14A 5I4WA 5KKJA 3ZEKA 1HFZA 2W1LA 4HP0A 3A92A 1NDMC 3TXJA 1GBSA 4DWXA 2B5ZA 2Z37A 1I56A 2Z19A 3QY4A 4II8A 4WOAA 1I1ZA 132LA 1JISA 1GE4A 1GE0A 1FLWA 1LSDA 1PZYA 1G7LC 1XGTC 3AB6A 2DQAA 1VDPA 4IJ4A 3WXTA 1LSZA 4OWAA 4WM5A 1LSGA 4LFPA 4RLNA 2H9JA 1JKCA 1GF3A 4MSTA 1ZMYL 5KXKA 1NWGA 1IR9A 1UIEA 2XBRA 4NGWA 4D9ZA 4UWNA 5HNCA 1F6RA 2W1YA 3WW5A 1WQOA 4ETDA 4CFOA 5ILFA 5KXPA 3M3UA 4G4CA 4LYOA 8LYZA 2YDGA 1HHLA 1UIDA 1YANA 5I5QA 1FLYA 1GE3A 1LZSA 1ZVHL 4LT2A 1WTMA 3CSQA 3AW6A 1GFTA 1IP6A 1WQMA 1CJ8A 3TXEA 1GHLA 1QSWA 5II3A 1LZ6A 4J1AA 1J1XY 5KXRA 5HMVA 4NFVA 2W1XA 4A7DA 1LSCA 2D4IA 3A91A 1Z55A 4WMGA 2DQIY 2F4AA 1AM7A 4WO9A 3ULRA 1GFAA 1WQRA 5DL9A 1XFPL 1DPXA 4GLVA 1UBZA 1JJ3A 3M18B 2D4KA 4UWUA 5F9XA 2HTXA 1J1PY 3FE0A 4H9AA 5EBHA 1UIBA 3W6EA 3CQLA 3CSZA 1IP1A 1REZA 1W08A 1WQNA 4NHSA 3LZTA 4I0CA 1KXWA 1EL1A 1NHEA 2Z18A 4RLMA 4WO6A 1QQYA 1UA6Y 5KXSA 4DD1A 2Z12A 5D5CA 4NHTA 1TEWA 1XGPC 3AZ4A 2MEAA 1YAMA 4IASA 4OOTA 2BQAA 1B7OA 1JTPL 4NIJA 5LAFA 3ZVQA 1HC0A 2XJWA 4W96A 3G3AB 1OUCA 4NEBA 4DT3A 5IELA 1LJGA 1LZ9A 1REYA 1LHJA 2DBTA 3SP3A 4CGEA 1LZYA 1LZBA 1QTKA 5A3EA 1JJ1A 4CHXA 4NGZA 1HEWA 4Z46A 4NWHA 4TSCA 1HF4A 3W6CA 154LA 1B5VA 4WM3A 1HMKA 1LSNA 2YBJA 1OQMA 1LJKA 4ZIXA 5KXLA 3GXKA 1JIYA 3TXBA 2G4QA 1XGUC 1GFKA 1B0DA 1IIZA 4DDCA 1CJ9A 193LA 1B7QA 2BLXA 2DQFC 1DI5A 4NGLA 1GEVA 2MEIA 1IORA 4NGJA 4WM1A 5JENB 3A6BY 1VATA 4N5RA 5F9UA 1XEJA 1EQ5A 1TDYA 2GV0A 1LZGA 1IP5A 4WM2A 5LINA 5KJ9A 2C8PA 1B7NA 1JSEA 4N9RA 4ZFPA 4MR1A 1GDWA 1LHIA 2NWDX 3EO5A 1LZDA 5HNLA 1LJJA 4DD3A 4WG1A 2HECA 3T36A 1GFHA 5F16A 2MEFA 4KXIA 4WG7A 1B7LA 1LMQA 3MGWA 4YOPA 3TXFA 4BAFA 4YEMA 4R6CA 1FLUA 1LHMA 2YBMA 4XJHA 1GBOA 4H9IA 1HSXA 3A93A 1IWWA 2Z2FA 1JEFA 5B1GA 5B1FA 4BS7A 1IP2A 1DI3A 5L9JA 4B1AA 3AGIA 1XEIA 2DQCY 1NBZC 5D5FA 4X3BA 3TMVA 4OOOA 6LYZA 4H90A 5APCA 2BQNA 1OUAA 2I25L 3LN2A 4CJ2A 4H9EA 1IOCA 1LAAA 1RFPA 1FDLY 4MCKA 4QDNA 2HEBA 1FKQA 1GBWA 1GDXA 1HFXA 4XN6A 3RU5A 3B0OA 5LVGA 2BQOA 4Z41A 4H8YA 2BQJA 2RSCA 5B06A 1YKZX 3A34A 4ETAA 4BAPA 1BHZA 1JSFA 2HU3A 1XSFA 1JKAA 1LYYA 4EOFA 3LYTA 1DQJC 5KXNA 1IOTA 4ETEA 1AT6A 5LYMA 2BQEA 1BB4A 1D0MA 1G7IC 194LA 1JKBA 2ZIJA 1LZ4A 1ALCA 4LT1A 1GXXA 2XBSA 4OWHA 1VDQA 1B5XA 3IWRA 4LYZA 3W3EA 4GCDA 5KXTA 1IY3A 4TTDA 1GFGA 1LSAA 1LZEA 4NGVA 2DKVA 1XGRC 3CT1A 1IWTA 5LAGA 2CWIA 4PJ2C 1LJ3A 1LCNA 1YAQA 4ET8A 3P64A 1YROA 1IO5A 4R0FA 1IWUA 5M1YA 1CKDA 2MEHA 5FSTA 1F6SA 4FJRA 2C8OA 2G4NA 3P68A 1HELA 2BQKA 4M6DA 3WUNA 1DI4A 2BQCA 1LHHA 3LHMA 4GCBA 3AGHA 1LZNA 4H9HA 1GEZA 1LPIA 1PS5A 1BVXA 1T3PA 1FKVA 4KL7A 4LYBA 1LJ4A 4WM6A 1GAZA 3WVYA 4AXTA 2FBDA 5APDA 5APFA 1OUIA 4OW1A 5C6LA 5C6IA 1MELL 1NQIA 2Z2EA 4H9FA 3TMXA 2DQGY 1GBZA 5LVHA 3EBAB 1GFVA 4LFXA 3E3DA 3B0IA 3HBDA 4HJYA 1ZV5L 4NGIA 1I20A 1C08C 1GB7A 2G4PA 1LTMA 1QDRA 2DQDY 4O34A 4XJGA 3AYQA 4C3WA 2D4JA 1JKDA 1OUGA 2D6BA 1LZ5A 4QGZA 4U3XB 4H9BA 1VDTA 3IJUA 1GFRA 3AGGG 5KXXA 1B5ZA 1JJ0A 1LZTA 1LYSA 3AW7A 4H91A 5F81A 3WMKA 4DDAA 1RCMA 4Z3MA 4RW2A 1LJNA 2Z39A 1HENA 4WLDA 1E8LA 4KT3A 1YILA 2EPEA 1BB7A 1HEPA 1GB9A 2HEFA 1B7PA 4P2EA 1N4FA 3EMSA 4YENA 1CKHA 3LYZA 1GB0A 3QNGA 4XADA 4DD7A 1QIOA 4DC4A 1IR7A 2ZQ3A 1J1OY 1OUEA 3ATOA 5I53A 1LZAA 2ZYPA 1UIGA 1OUJA 3ZVQB 1LZCA 1WTNA 4LT0A 3TXHA 2BQGA 4XYYA 4TSBA 1JITA 4XJDA 5DN4A 1YL0X 4NSIA 4NSJA 1A4VA 1JPOA 4OWBA 1A2YC 4WM4A 1DKJA 2LHMA 1B5WA 2I6ZA 4H9CA 4PGJB 2X0AA 3WL2A 5E9RA 1BWIA 1IWYA 3AZ6A 1OUBA 1LZRA 1GFUA 1REMA 1B9OA 3W6DA 5APEA 3WVXA 2ZNXY 4DD9A 1LMPA 1MLCE 1LHLA 1BQLY 3CT0A 3P65A 4HPEA 1G7JC 2BAAA 1UIHA 1G7HC 2A7DA 2F4GA 2XTHA 5KXWA 1UIFA 1CNSA 1W6ZA 4J7VA 3WPKA 1H6MA 1GF7A 3AJNA 4HJVA 1D6PA 1FBIX 1LMCA 3ATNA 1KXXA 1JTOL 1SLYA 1OUDA 3EXDA 2ZNWY 4PHIA 3WPJA 3WH1A 1C46A 4YF2A 3WW6A 5C6JA 5K7OA 1IP3A 1LJFA 1GXV2 2LZ2A 1YL1X 1IOQA 1LMNA 1NBYC 3IJVA 1GE1A 4H92A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TXKA 4W57A 2MEDA 2LYMA 1XEPA 2IFFY 1QT4A 4KPMA 3FI7A 3WYHA 1D3NA 1OP9B 148LE 1HEQA 4HTQA 3TXIA 5IHGA 4GCFA 1GB2A 1GF9A 1T6VL 4W56A 1EQEA 5L3IA 5KXYA 2HUBA 4H8ZA 3GUIA 3C7WA 1LSMA 5KXZA 4YM8A 1JTTL 1P64A 1GF4A 1OYUA 1B5YA 1L11A 1G7MC 4WL6A 4NHQA 4NSGA 3CDRA 1GB8A 5KXMA 1UICA 185LA 1HNLA 3HBHA 4WLTA 1P3NA 4NWEA 3TXGA 167LA 3RZ4A 4L41A 2RAZX 5FEKA 1HEOA 2BLYA 1C6MA 1AKIA 225LA 3DKEX 1FN5A 231LA 1CJ7A 4LT3A 3C80A 3OJPA 1G1WA 1G1VA 1PQIA 3P66A 5DM9A 4NG1A 2LYOA 1GFJA 1JQUA 2ZQ4A 1TCYA 3W6FA 1IP7A 1V7SA 171LA 4I7JA 1D9UA 242LA 4G9SA 3HFMY 6LYTA 4DYGA 1LKRA 1L67A 1L65A 4PK0A 3HUAA 1TAYA 2Q0MX 135LA 3J4GA 3D4SA 4DD0A 4H1PA 4XJIA 221LA 1L01A 1L96A 2YBNA 2VB1A 108LA 1QT3A 246LA 5KXOA 1L12A 1L27A 208LA 1UIAA 1LYOA 2O4WA 4FDYA 4LZMA 3WUAA 4DQ5A 2ZIKA 1EQ4A 1F10A 238LA 1GB3A 1KIRC 2BPUA 134LA 1KNIA 4M4OA 3B0KA 1LZ1A 4TWSA 4WLXA 4H94A 2OU9A 3N9EA 1C43A 4TUNA 3LYMA 2F2QA 1L83A 4N0JA 4I8SA 1GF8A 3HWLA 1SSWA 4UWVA 2HUKA 3WULA 4QY9A 3CSRA 4LZTA 1LI2A 180LA 3RT5X 1WQQA 1KIPC 1REXA 1C6DA 2LZTA 1LLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CB7 A;  4EMN A;  3TXK A;  207L A;  2MED A;  4XEN A;  1ZVY B;  2LYM A;  4B4J A;  1IP4 A;  1AZF A;  2IFF Y;  2YBI A;  4C5F A;  1GF5 A;  2CGI A;  4KPM A;  3WYH A;  3FI7 A;  1IWV A;  1DXJ A;  3A3R X;  4OWC A;  1BWH A;  1OP9 B;  4HTQ A;  1HEQ A;  3TXI A;  5IHG A;  1TBY A;  4G49 A;  2AUB A;  1GB2 A;  4GCF A;  4N8Z A;  2FYD A;  1BVK C;  1GBY A;  1GF9 A;  1T6V L;  5LXW A;  1GD6 A;  1EQE A;  1LMT A;  1UAC Y;  4HSF A;  5L3I A;  4LGK A;  1RI8 B;  1VED A;  5KXY A;  4NGK A;  2HUB A;  4H8Z A;  5LA5 A;  1B2K A;  1LSM A;  2W1M A;  4HJZ A;  5KXZ A;  4YM8 A;  1JTT L;  4B4I A;  1LMA A;  3AZ5 A;  3WU7 A;  7LYZ A;  5A3Z A;  1GF4 A;  1B5Y A;  1IOS A;  1G7M C;  1GBX A;  2MEB A;  1WVV A;  2EIZ C;  4WL6 A;  2ZYC A;  4NHQ A;  4NSG A;  4DD2 A;  5I4X A;  1GB8 A;  2I26 L;  3D3D A;  5AMY A;  5KXM A;  1UIC A;  1LJE A;  1HNL A;  1GB6 A;  2LYZ A;  2BQB A;  3HBH A;  1LKS A;  3N9A A;  4WLT A;  133L A;  4NWE A;  1LJI A;  3TXG A;  4OWE A;  4NGO A;  1DPW A;  3LYO A;  3RZ4 A;  4L41 A;  3TXD A;  3VWO A;  2N5Z A;  1IY4 A;  2HEA A; 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 4U3X B;  4H9B A;  1VDT A;  3IJU A;  1GFR A;  3AGG G;  5KXX A;  1B5Z A;  1JJ0 A;  1LZT A;  1LYS A;  3AW7 A;  4H91 A;  5F81 A;  3WMK A;  4DDA A;  1RCM A;  4Z3M A;  4RW2 A;  1LJN A;  2Z39 A;  1HEN A;  4WLD A;  1E8L A;  4KT3 A;  1YIL A;  2EPE A;  1BB7 A;  1HEP A;  1GB9 A;  2HEF A;  1B7P A;  4P2E A;  1N4F A;  3EMS A;  4YEN A;  1CKH A;  3LYZ A;  1GB0 A;  3QNG A;  4XAD A;  4DD7 A;  1QIO A;  4DC4 A;  1IR7 A;  2ZQ3 A;  1J1O Y;  1OUE A;  3ATO A;  5I53 A;  1LZA A;  2ZYP A;  1UIG A;  1OUJ A;  3ZVQ B;  1LZC A;  1WTN A;  4LT0 A;  3TXH A;  2BQG A;  4XYY A;  4TSB A;  1JIT A;  4XJD A;  5DN4 A;  1YL0 X;  4NSI A;  4NSJ A;  1A4V A;  1JPO A;  4OWB A;  1A2Y C;  4WM4 A;  1DKJ A;  2LHM A;  1B5W A;  2I6Z A;  4H9C A;  4PGJ B;  2X0A A;  3WL2 A;  5E9R A;  1BWI A;  1IWY A;  3AZ6 A;  1OUB A;  1LZR A;  1GFU A;  1REM A;  1B9O A;  3W6D A;  5APE A;  3WVX A;  2ZNX Y;  4DD9 A;  1LMP A;  1MLC E;  1LHL A;  1BQL Y;  3CT0 A;  3P65 A;  4HPE A;  1G7J C;  2BAA A;  1UIH A;  1G7H C;  2A7D A;  2F4G A;  2XTH A;  5KXW A;  1UIF A;  1CNS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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