4TWSA

Gadolinium derivative of tetragonal hen egg-white lysozyme at 1.45 a resolution
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The R-factor gap in macromolecular crystallography: an untapped potential for insights on accurate structures.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-07-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4twsA00
2DKVA 1C46A 4ANRA 4LFPA 1JPOA 2BQBA 1CJ8A 2HEFA 4WM5A 2MEAA 3GXRA 5E4PA 3W6DA 1D0MA 4HP0A 5C6JA 2BQOA 5HQ1A 5KY1A 2BLXA 1JIYA 1H87A 1DKJA 2A7FA 1IWVA 1JKDA 1LJ3A 4TSCA 4NEBA 1IY4A 3VWOA 1IO5A 4B49A 4TTDA 1GF7A 1CNSA 1LSCA 2YBIA 4NSJA 4GN4A 8LYZA 4AXTA 3RZ4A 5D5FA 4LYTA 1UA6Y 3RNXA 1FBIX 3M18B 1H6MA 2BQMA 4B4JA 1F10A 1LSZA 194LA 1OP9B 1WQMA 2W1YA 1OUJA 4LT0A 4QY9A 4QEQA 4ZFPA 1REYA 1IIZA 5AMYA 4H9EA 4IATA 1UIAA 3CSQA 3TMUA 4NFVA 1OUDA 2FYDA 1IP7A 1LJJA 2ZQ3A 1BWIA 4YM8A 1LMTA 1D6PA 1QQYA 3CSZA 3A90A 4YENA 1KXYA 2I25L 4EOFA 1GB0A 1GXXA 1KIQC 2RSCA 3A6CY 1LZ4A 1UUZC 1LZDA 2EPEA 2X0AA 3A95A 2YBJA 5F16A 1YIKA 1LYZA 3E3DA 1DPXA 1OUAA 1XSFA 5C6LA 4NGYA 2DQFC 4WMGA 5I53A 2ZIKA 5LVKA 4DD2A 5LA5A 1ZV5L 3W3EA 3AGIA 2HECA 4BADA 4PRUA 1LYYA 2D6BA 1B5XA 2BQCA 4DT3A 5KXXA 3W6CA 1WTMA 4N9RA 4NGKA 1CJ9A 1LZ8A 1UICA 6LYZA 1YAOA 1DI4A 1GF6A 4CFPA 3ATOA 134LA 1IP6A 1F6RA 3QY4A 4G4BA 2Z39A 5I4YA 1EQEA 2YBLA 3N9AA 4KXIA 1BVXA 1IY3A 3RU5A 3CSRA 4CJ2A 2B5ZA 1AKIA 3LYMA 4L41A 4NWHA 1YL1X 2Z2FA 4WM6A 4LYOA 1LYOA 1LZ1A 1HERA 4R6CA 1VDQA 4XN6A 3AJNA 4J0LA 1OUFA 4FDYA 4G4CA 4NGZA 4HTKA 1LJIA 2I26L 3CB7A 1YILA 1NBYC 3B72A 193LA 5APFA 5A3ZA 4WLYA 1AT5A 1FLQA 5L9JA 3RT5X 1KIRC 1V7TA 1B7QA 2CWIA 1AT6A 1HMLA 2EIZC 3TXKA 3B6LA 1P2CC 1VEDA 3A91A 4ET8A 5KKJA 2BQDA 3QE8A 1IC5Y 5B06A 5IHGA 1LJ4A 3N9CA 4WOAA 4CHXA 1WVVA 135LA 1LSEA 1YROA 2C8OA 2YBHA 2AUBA 4GN5C 1OUGA 5KJ9A 4C3WA 4XADA 4DWXA 1GF3A 2HU3A 1BWHA 1LZ6A 4HJVA 4PGJB 3WUNA 5F81A 4DD0A 1HENA 3AGHA 1LSDA 2BQKA 1YL0X 3WPKA 5EBHA 2PC2A 4TSBA 3A94A 4WLXA 2I6ZA 1LZYA 1IWTA 4LT3A 4BAFA 5LAFA 3LN2A 1LYSA 3B0OA 2MEHA 1GFJA 1LSAA 2BQJA 4GCFA 4FJRA 1G7IC 1IR7A 1G7JC 1GB7A 3B0IA 4WM2A 4Z3MA 2DQAA 1HC0A 1KIPC 2BQIA 1C43A 3WPJA 7LYZA 1DI5A 3A93A 1A4VA 1JHLA 2H9JA 4LT1A 4LZTA 3ZVQB 2YVBA 4WL6A 1HELA 2ZIJA 4H90A 4Z41A 1LSPA 3RW8A 1D0LA 1LHMA 5IDDA 4EMNA 3ATNA 3G3AB 2Z38A 1IR8A 3LZTA 4DC4A 5KXTA 2MEGA 1QDRA 4LT2A 4H8YA 3WUAA 4H9AA 1W08A 1F6SA 4RLNA 1VDSA 2BQNA 2ZNXY 4MR1A 1YAQA 3EBAB 1J1OY 3G3BB 3LZ2A 1JJ3A 4TX7A 1LZRA 1DXJA 2H5ZA 5LVHA 4WM1A 1HFZA 3WH1A 3CT0A 4H94A 5LVJA 4H91A 5FCPA 2C8PA 6LYTA 1IX0A 1LHLA 1B7MA 1GE0A 1LJEA 1HEOA 2XBSA 4NHQA 4OWEA 1XGRC 1XEJA 5ILFA 2LYMA 5FELA 4GLAA 5DN4A 4DDAA 2YBMA 4KT3A 3A3RX 4C5FA 2Q0MX 4CFOA 4Z98A 3TMWA 1DZBX 4E3UA 1UIGA 3T6UA 1LHJA 4HV1A 5T3FA 3SP3A 2CDSA 1GE2A 1IOQA 1B7SA 1JISA 1HFYA 1B5ZA 1J1XY 4M6DA 4G4HA 1QTEA 4MSTA 2F2NA 1UIHA 3BKVA 1JJ1A 1XFPL 1GB2A 1JSEA 1B5WA 3AB6A 1ALCA 4H8XA 4ML7A 5F14A 1LSGA 1LZ9A 1IC7Y 3A8ZA 3AZ5A 4QGZA 1W6ZA 1VAUA 4NY5A 4NGVA 1JEFA 4H8ZA 3D9AC 2DQDY 3AZ7A 4NG8A 4G49A 4WG7A 4N5RA 1V7SA 3FI7A 4ETAA 1JTOL 4GN3A 1GFEA 1DI3A 1GFRA 2XTHA 5FEKA 5I54A 1IORA 1KXXA 3TXBA 1LHIA 1I20A 1LHHA 5DN5A 1D6QA 4UWVA 4DYGA 5KXRA 1YKYX 4BAPA 4OW1A 2MEEA 1LMNA 207LA 1LMCA 4XJGA 1FKVA 1C10A 3CT1A 1CKCA 4NHPA 5B1GA 5HNCA 1B5VA 3QNGA 2YDGA 1VDTA 1WQNA 5LA8A 3TXIA 1IOCA 5APEA 2BQEA 4N1EI 1BWJA 4XJDA 5HNLA 4NSIA 2Z2EA 4R0FA 1GBZA 5II3A 3LYZA 1BB4A 1GAZA 4WM3A 2ZNWY 4HJYA 3AZ4A 1LSFA 1JKCA 1HSWA 1HF4A 2D91A 2G4NA 1Z55A 5I5QA 1JWRA 4RW1A 2DQEY 1LZGA 4PRQA 2HEEA 3WPLA 4WO9A 1JKBA 2BPUA 4ETBA 3B0KA 1TDYA 2ZYPA 4H9IA 4WLDA 3WXTA 4NHIA 1IOTA 1QIOA 5DLAA 1YANA 1GF8A 1GFAA 5I4WA 1PS5A 4QDNA 1NQIA 3OK0A 1GB8A 1IR9A 1FKQA 2A7DA 1G7HC 4WLTA 1NWGA 1JKAA 5F9XA 3W6BA 5I4XA 1FLWA 4O34A 1REZA 1WQRA 2LYZA 4W94A 1BB6A 4XJFA 3IJVA 1B7LA 1QTKA 3ZEKA 4UWUA 2DQIY 1HEWA 5LXWA 1WQOA 1DQJC 3GXKA 3AGGG 1GXV2 5LYZA 2ZILA 1N4FA 2MEFA 1BGIA 1LZEA 2F4AA 2IFFY 2ZYCA 1YKZX 2GV0A 1GE1A 3AYQA 4PJ2C 4D9ZA 1B7RA 9LYZA 1GFUA 1IC4Y 1UIDA 1OUIA 4H9CA 5FDJA 3A67Y 5ILCA 1XEKA 3WVXA 1GHLA 2DBTA 5LINA 4HTQA 5LYTA 3CT5A 1CJ7A 1GBOA 4XENA 3HBDA 1JJ0A 3IJUA 2Z18A 1RCMA 2EKSC 4U3XB 1OUBA 1GFHA 1XGUC 2FBDA 1HEPA 5A3EA 4NIJA 4H9HA 1B7OA 1YAMA 5LVIA 3J4GA 4ETCA 1BHZA 4HTNA 4NGWA 1SLYA 3EXDA 3LYOA 2BQHA 3AW6A 4W96A 1YAPA 1LZSA 4P2EA 1GBXA 1ZVYB 3WVYA 4M4OA 1IP3A 4GCBA 1GF5A 4H9FA 4YOPA 5K7OA 2F30A 4XJIA 1NF5A 1LSYA 3WU9A 2BQGA 4LFXA 2MECA 2BQAA 2Z19A 4UWNA 133LA 154LA 5HLLA 5HMVA 1GBYA 4HJZA 1E8LA 1AM7A 5LVGA 3W6AA 5KXKA 1JTTL 3P64A 1OQMA 5APCA 2FYCA 1B7NA 5APDA 3A34A 4WL7A 1LMPA 3K3TA 4IJ4A 4NGIA 1GFGA 1A2YC 2G4QA 5KXPA 2BLYA 4OOOA 1B9OA 3TXFA 3A96A 4DD1A 1XGTC 3HFMY 1GE3A 5JENB 4PHIA 5KXNA 4DD7A 1HSXA 2F4GA 3LHMA 4N0JA 1VDPA 5LAGA 4OWHA 5DL9A 1CKFA 3AZ6A 1LSBA 1WQQA 2HEAA 4NHSA 1IWYA 3OJPA 3LYTA 1G7MC 4I8SA 2WARA 2XBRA 1JSFA 1FN5A 1RE2A 3A6BY 4ZIXA 4N8ZA 1RFPA 2D4IA 4LGKA 1YQVY 3TXDA 1INUA 4NGJA 2N5ZA 1IP5A 1UIEA 3P65A 4RLMA 1XEIA 4TWSA 1I1ZA 1QSWA 4GCDA 1PZYA 1CJ6A 5B59A 1HEQA 4NGOA 4N1CC 3WL2A 1SQ2L 1LJKA 4GCEA 4Z46A 1QUTA 4B4EA 5IELA 2H9KA 4NSGA 3WW5A 1LJNA 2MEBA 3FE0A 1DKKA 3W6EA 1GD6A 3EMSA 2W1XA 1JUGA 1LHKA 1IWUA 1GB5A 3A92A 1B2KA 1GB9A 5C6IA 1LMOA 1JITA 4IASA 3J6KA 1UC0A 1B0DA 3IWRA 1NBZC 1GDXA 3P66A 1T3PA 1LJGA 5J7CA 1UIFA 4H92A 5B05A 4NWEA 1GWDA 3T36A 3BKHA 1GEVA 3F6ZA 4KL7A 4YEOA 1GAYA 5LIOA 1YKXX 4B1AA 4LYMA 4DD9A 2BAAA 2BQFA 2HU1A 1IP4A 1VATA 3M3UA 1F0WA 1RJCB 4LYCA 2DQGY 2ZWBA 4WG1A 4YF2A 1GBWA 1T6VL 1HEMA 3AW7A 3CQLA 1OUHA 5FSTA 5FHWA 3ZVQA 3WU8A 5L3IA 3P68A 1LJHA 4H1PA 1BQLY 4I0CA 1IP1A 2Z37A 4DD3A 1QUSA 4NHTA 1MLCE 1C08C 1HNLA 1IP2A 1HFXA 1FLYA 1NHEA 1C7PA 2LYOA 2HEBA 3EO5A 4G9SA 4II8A 1TCYA 3WUMA 1I56A 4ZEEA 3TXHA 1UACY 1GPQC 3W6FA 2HUBA 3TXGA 1IWWA 2BQLA 2NWDX 4NG1A 1LCNA 1LAAA 1B7PA 1TBYA 1LZTA 5KXYA 4OWAA 3WW6A 1LZBA 1DPWA 4OWBA 1ZMYL 1GB3A 4ET9A 2LZTA 4J1AA 4GCCA 1WQPA 2DQCY 2ZQ4A 1CKGA 3N9EA 1NKHA 1GF0A 4MCKA 1LJFA 2G4PA 5HMJA 1HMKA 5KXMA 2LHMA 4DDBA 4XJBA 1LSNA 132LA 1FLUA 153LA 4J7VA 2D4KA 4BS7A 4HV2A 1GFKA 1NDGC 1HHLA 5D5CA 1NMMA 4XJHA 3TXEA 1D9UA 3WULA 4H93A 5B07A 1GF9A 1RI8B 2MEIA 1GE4A 3WMKA 5KXZA 1UCOA 1G7LC 5KKIA 4RDSA 5LYMA 1EQ4A 1GFTA 2MEDA 4KPMA 4XYYA 2YBNA 1JTPL 1OUEA 3A3QA 3KAMA 2D4JA 3TMVA 1LPIA 1LZNA 2CJLA 4X3BA 4H9BA 1NDMC 1UBZA 1IWXA 4HSFA 5E9RA 1KXWA 5KXSA 208LA 2DQHY 1LZCA 1GEZA 5F9UA 3TXJA 1CKDA 4A7DA 1QDTA 4CGEA 1GFVA 1IVMA 4WM4A 1LOZA 1LKSA 2HEDA 3WYHA 1D0KA 1XGQC 4ETDA 1LZAA 4LYZA 4GLVA 1ZVHL 1AZFA 1WTNA 2DQJY 1IEEA 3WXUA 1B5YA 3WU7A 1LKRA 1GBSA 1LMQA 4RW2A 1LTMA 1IOSA 2XJWA 4AGAA 3HBHA 1BB7A 4ETEA 4B0DA 4B4IA 4NSHA 2Z12A 2Y8PA 1GDWA 4YEMA 5DM9A 3TMXA 2LZ2A 3HBEX 1BVKC 3P4ZA 1IWZA 1CKHA 1LSMA 4HPEA 4DDCA 1TEWA 1J1PY 1FDLY 2W1MA 4WO6A 1BB3A 2IHLA 4OOTA 5B1FA 1LZ5A 4PPOA 1EL1A 4LYBA 1REMA 1VFBC 1EQ5A 1LMAA 4NGLA 1BB5A 2FBBA 1UIBA 3MGWA 4J1BA 3D3DA 5M1YA 4TUNA 1REXA 1O23A 2W1LA 1GB6A 5KXLA 1MELL 1GF4A 1TAYA 3ULRA 1WVUA 1C45A 2EQLA 1OUCA 2VB1A 5KXOA 2HTXA 1B5UA 5L3HA 5KXWA 2CGIA 1XGPC 4HPIA 1QSAA 2YSSC 4OWCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1CJ8A 2HEFA 5C6JA 2B7XA 5HQ1A 2BLXA 3JR6A 4TSCA 1IY4A 2YBIA 4LDEA 4LYTA 1UA6Y 1FBIX 3M18B 1H6MA 242LA 1WQMA 1OP9B 4ZFPA 1REYA 4IATA 4YM8A 1P6YA 4YENA 4I7KA 3GUJA 1C6TA 3A6CY 1LZ4A 2X0AA 4W51A 1QTBA 5F16A 3E3DA 1XSFA 2DQFC 3HT8A 5LVKA 1QT4A 2HECA 4BADA 2D6BA 1B5XA 4DT3A 3W6CA 1WTMA 1L17A 4NGKA 1CJ9A 6LYZA 1OV7A 1GF6A 1IP6A 209LA 3CSRA 1AKIA 1L76A 1LZ1A 1HERA 1L94A 233LA 3DMVA 3AJNA 1OUFA 4ARMA 157LA 1LJIA 1L30A 3B72A 1L16A 4WLYA 1FLQA 1V7TA 1B7QA 2EIZC 2B75A 1P2CC 3A91A 2BQDA 1IC5Y 1L21A 213LA 3GULA 182LA 1L36A 2C8OA 1OUGA 4DWXA 1GF3A 2HU3A 4HJVA 4PGJB 3WUNA 5F81A 1LSDA 1TLAA 1G0GA 1L68A 1LYSA 2BQJA 173LA 1GB7A 4Z3MA 1QTZA 1P56A 7LYZA 2H9JA 2L78A 1L71A 4Z41A 1LHMA 1L88A 3V2YA 215LA 3G3AB 3LZTA 4DC4A 107LA 192LA 4H9AA 1VDSA 171LA 4MR1A 3G3BB 1L56A 110LA 1JJ3A 1DXJA 3WH1A 3CT0A 2NTGA 3HT7A 165LA 2C8PA 1L62A 6LYTA 1L51A 201LA 2XBSA 4W57A 3PDSA 4CFOA 3OE8A 3T6UA 1LHJA 1G0JA 2CDSA 1IOQA 1B7SA 1JISA 1B5ZA 1J1XY 4G4HA 3HDFA 4GRVA 1UIHA 1QUHA 1XFPL 1GB2A 1L37A 3AB6A 4H8XA 5F14A 1LSGA 1IC7Y 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DKV A;  1C46 A;  4ANR A;  4LFP A;  1JPO A;  2BQB A;  1CJ8 A;  2HEF A;  4WM5 A;  2MEA A;  3GXR A;  5E4P A;  3W6D A;  1D0M A;  4HP0 A;  5C6J A;  2BQO A;  5HQ1 A;  5KY1 A;  2BLX A;  1JIY A;  1H87 A;  1DKJ A;  2A7F A;  1IWV A;  1JKD A;  1LJ3 A;  4TSC A;  4NEB A;  1IY4 A;  3VWO A;  1IO5 A;  4B49 A;  4TTD A;  1GF7 A;  1CNS A;  1LSC A;  2YBI A;  4NSJ A;  4GN4 A;  8LYZ A;  4AXT A;  3RZ4 A;  5D5F A;  4LYT A;  1UA6 Y;  3RNX A;  1FBI X;  3M18 B;  1H6M A;  2BQM A;  4B4J A;  1F10 A;  1LSZ A;  194L A;  1OP9 B;  1WQM A;  2W1Y A;  1OUJ A;  4LT0 A;  4QY9 A;  4QEQ A;  4ZFP A;  1REY A;  1IIZ A;  5AMY A;  4H9E A;  4IAT A;  1UIA A;  3CSQ A;  3TMU A;  4NFV A;  1OUD A;  2FYD A;  1IP7 A;  1LJJ A;  2ZQ3 A;  1BWI A;  4YM8 A;  1LMT A;  1D6P A;  1QQY A;  3CSZ A;  3A90 A;  4YEN A;  1KXY A;  2I25 L;  4EOF A;  1GB0 A;  1GXX A;  1KIQ C;  2RSC A;  3A6C Y;  1LZ4 A;  1UUZ C;  1LZD A;  2EPE A;  2X0A A;  3A95 A;  2YBJ A;  5F16 A;  1YIK A;  1LYZ A;  3E3D A;  1DPX A;  1OUA A;  1XSF A;  5C6L A;  4NGY A;  2DQF C;  4WMG A;  5I53 A; 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 4H93 A;  5B07 A;  1GF9 A;  1RI8 B;  2MEI A;  1GE4 A;  3WMK A;  5KXZ A;  1UCO A;  1G7L C;  5KKI A;  4RDS A;  5LYM A;  1EQ4 A;  1GFT A;  2MED A;  4KPM A;  4XYY A;  2YBN A;  1JTP L;  1OUE A;  3A3Q A;  3KAM A;  2D4J A;  3TMV A;  1LPI A;  1LZN A;  2CJL A;  4X3B A;  4H9B A;  1NDM C;  1UBZ A;  1IWX A;  4HSF A;  5E9R A;  1KXW A;  5KXS A;  208L A;  2DQH Y;  1LZC A;  1GEZ A;  5F9U A;  3TXJ A;  1CKD A;  4A7D A;  1QDT A;  4CGE A;  1GFV A;  1IVM A;  4WM4 A;  1LOZ A;  1LKS A;  2HED A;  3WYH A;  1D0K A;  1XGQ C;  4ETD A;  1LZA A;  4LYZ A;  4GLV A;  1ZVH L;  1AZF A;  1WTN A;  2DQJ Y;  1IEE A;  3WXU A;  1B5Y A;  3WU7 A;  1LKR A;  1GBS A;  1LMQ A;  4RW2 A;  1LTM A;  1IOS A;  2XJW A;  4AGA A;  3HBH A;  1BB7 A;  4ETE A;  4B0D A;  4B4I A;  4NSH A;  2Z12 A;  2Y8P A;  1GDW A;  4YEM A;  5DM9 A;  3TMX A;  2LZ2 A;  3HBE X;  1BVK C;  3P4Z A;  1IWZ A;  1CKH A;  1LSM A;  4HPE A;  4DDC A;  1TEW A;  1J1P Y;  1FDL Y;  2W1M A;  4WO6 A;  1BB3 A;  2IHL A;  4OOT A;  5B1F A;  1LZ5 A;  4PPO A;  1EL1 A;  4LYB A;  1REM A;  1VFB C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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