4W52A

T4 lysozyme l99a with benzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Endolysin
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w52A00
108LA 1OV7A 1L14A 159LA 4I7KA 1L30A 4W55A 1OWZA 1G07A 1SWYA 1QT6A 1T8AA 3HU9A 1L01A 166LA 1L19A 262LA 1L63A 3HUKA 1L22A 1L61A 120LA 1LYEA 1QT4A 1CU6A 1G0QA 4EKRA 1G0KA 1QTZA 1L33A 1C6FA 1KY0A 4I7SA 4EXMA 1LI3A 3UONA 1L08A 184LA 1L89A 1G0MA 1ZWNA 259LA 1T97A 3GULA 4W54A 3C7ZA 1L03A 4LDEA 211LA 2RBQA 4W57A 218LA 1P3NA 157LA 167LA 1CU0A 4W56A 4W58A 3NYAA 4W51A 1C63A 3G3XA 151LA 104LA 3HH6A 1D2YA 3DN2A 3GUNA 1KS3A 1L84A 147LA 2HUKA 3NY8A 1L88A 145LA 1L94A 148LE 1L29A 188LA 1P46A 4PK0A 4ARQB 3CDOA 1D9WA 1C6CA 1L39A 3SN6R 162LA 3L2XA 195LA 256LA 1L53A 1D3JA 2B75A 2RBOA 1L64A 3RUNA 1L83A 4DJHA 102LA 1C64A 3SB7A 261LA 1L36A 181LA 1CX7A 2B6YA 4W59A 1CU2A 1L18A 2RB0X 4I7OA 2RBPA 1K28A 3CDVA 4I7TA 1LI2A 1L52A 3HT7A 1CUPA 1C67A 2A4TA 119LA 1CV0A 3HT8A 3GUKA 1C6QA 1L25A 1CV4A 1L59A 2QARC 3C80A 183LA 155LA 140LA 2B7XA 1C6HA 6LZMA 3RZEA 4ARLA 1C6KA 2LCBA 214LA 4YXAC 1L79A 142LA 2OTYX 1QS5A 109LA 1P37A 4GBRB 2F47A 4I7JA 1L60A 3G3VA 2NTGA 2OE7X 260LA 131LA 3NY9A 1L17A 1L73A 161LA 1C60A 4PJZA 1OV5A 4ARPA 2B70A 1DYAA 1G0JA 2RB2X 1T8FA 4W53A 1SX2A 171LA 1L32A 1L91A 1QTHA 2B74A 1L55A 3SB5A 1P36A 2Z6BA 220LA 2O4WA 1L96A 190LA 3G3WA 1L70A 3PBLA 1L67A 2O79A 4EKQA 2B6ZA 1CV6A 4ARJA 249LA 223LA 2OEAX 4GRVA 3HDFA 1OVKA 1CTWA 232LA 2OU8A 4I7PA 125LA 1P2RA 1L68A 240LA 253LA 2B6WA 1LGXA 169LA 3SB8A 127LA 3HTDA 213LA 111LA 227LA 1D2WA 1JQUA 175LA 1L81A 1LGUA 239LA 3C8RA 1QSQA 1XJTA 1L07A 1L56A 237LA 4E97A 246LA 254LA 252LA 1SSWA 1L41A 4IAPA 1CX6A 1C66A 1L04A 1DYFA 1XEPA 1L23A 248LA 1L98A 2Q9DA 1L65A 1OVJA 3LZMA 1C61A 1CU3A 123LA 1NHBA 143LA 180LA 1L20A 2F32A 3F9LA 1PQKA 3F8VA 1C62A 4YXCA 174LA 3SB6A 1D3FA 3GUOA 4EJ4A 1CV5A 1SWZA 1CV1A 3GUMA 3QAKA 1C6BA 1QT8A 129LA 1L87A 170LA 1L38A 3CDQA 1PQIA 1LYHA 3DNAA 1QSBA 137LA 177LA 1JTMA 2RH1A 1LYDA 209LA 172LA 1P56A 1C6MA 257LA 4I7MA 3C81A 1L58A 118LA 130LA 1L47A 1QUOA 110LA 228LA 178LA 1L85A 1L75A 2OU9A 3OE8A 3HWLA 1QTDA 219LA 231LA 4ARMA 1C6IA 210LA 3OE0A 3OE9A 4LDLA 4EKSA 250LA 2IGCA 1C65A 3VW7A 1L93A 4DAJA 1L82A 1G0GA 1G0PA 206LA 251LA 115LA 3HTBA 1L49A 4YX7C 3GUIA 2ANXA 2NTHA 3GUPA 201LA 3HH3A 158LA 103LA 185LA 2B6XA 1XJUA 5LZMA 1L99A 4LDOA 235LA 1L92A 1LYIA 1P5CA 243LA 1L0KA 1ZYTA 3ODUA 1L21A 1L97A 141LA 222LA 1P6YA 216LA 165LA 1C6DA 1L11A 4I7RA 3HU8A 1QTCA 3DN8A 1G06A 2RAYX 1L54A 1G1VA 2LC9A 150LA 224LA 2OTZX 1L02A 1QUDA 1L69A 1C6LA 126LA 215LA 1LGWA 245LA 1L10A 233LA 163LA 1SSYA 4K5YA 122LA 1KW7A 1LPYA 3V2YA 1C6PA 1L31A 3SBAA 2L78A 1L35A 3EMLA 1L62A 1PQDA 3C8QA 176LA 197LA 1P64A 1L74A 1ZURA 1CUQA 1L28A 3DN0A 3CDRA 1LWKA 4ZPUA 1L90A 241LA 189LA 1L27A 3DKEX 3HUAA 1C6AA 1CV3A 4OO9A 2B73A 1C6GA 4S0WA 226LA 152LA 212LA 1D3NA 1L13A 1PQJA 1I6SA 1L00A 1QT5A 1DYCA 1G1WA 1L15A 3K2RA 1LI6A 3DN1A 3PDSA 1P2LA 2RBSA 236LA 4W52A 3SB9A 4ARQA 1DYEA 3DN4A 1L42A 200LA 2HULA 2OE4X 234LA 1L40A 3CDTA 1LWGA 198LA 1PQOA 3D4SA 1L50A 4LZMA 4EPFA 1L66A 1L26A 1L37A 3FA0A 1LYGA 244LA 3GUJA 3DN3A 144LA 1PQMA 3L64A 138LA 1L12A 1L44A 182LA 1T8GA 1G0LA 2RBRA 128LA 229LA 1WTHA 192LA 1L16A 1TLAA 4AQNA 247LA 1P7SA 187LA 3C7WA 1QT7A 3C83A 2RB1X 3HTFA 2B72A 258LA 225LA 1CU5A 3HDEA 1L72A 1L0JA 168LA 113LA 1LW9A 1T6HA 2Q9EA 160LA 1DYGA 3C8SA 1L77A 3SBBC 2B6TA 2QB0B 3DN6A 255LA 3JR6A 107LA 1L05A 3C7YA 3HTGA 3HH4A 1DYDA 1QTBA 173LA 1L95A 230LA 4I7QA 217LA 1LYJA 196LA 199LA 1KY1A 1JTNA 114LA 1C69A 4EPIA 1L06A 191LA 4I7NA 1OWYA 3FI5A 242LA 1KNIA 221LA 2CUUA 1C6TA 1C6JA 1L09A 1L86A 2LZMA 1B6IA 149LA 1L34A 1D3MA 112LA 3DMZA 2OE9X 5I14A 3C82A 1OYUA 1QT3A 1L80A 1L24A 1EPYA 156LA 1CVKA 2F2QA 4DKLA 1C6NA 4I7LA 2OU0X 2HUMA 3HT6A 1L48A 2RBNA 4EKPA 4ARMB 1L43A 1QTVA 3HUQA 1C6EA 2RAZX 7LZMA 1C68A 146LA 1DYBA 1L71A 3HH5A 1LLHA 1L57A 164LA 3OE6A 1L46A 1QUGA 1L76A 3FADA 3V2WA 1L45A 3HT9A 1QS9A 2O7AA 186LA 205LA 2ANVA 3DMVA 139LA 1KW5A 1LYFA 238LA 1SX7A 1L51A 1QUHA 3DMXA 1OVHA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H9JA 5KXLA 1DKKA 3ZEKA 166LA 1L19A 1NHEA 1LYEA 1G0QA 1C6FA 3EXDA 1L89A 1ZWNA 4BS7A 4EMNA 3TXKA 4HJZA 1LSMA 1CU0A 2DQAA 4W56A 4Z98A 5LYMA 5EBHA 1D2YA 1IOSA 1JISA 4DD7A 1LJ3A 1FLUA 147LA 1TEWA 1AZFA 4LYOA 145LA 1L29A 1GXV2 1OUCA 2FBDA 4DD1A 1C6CA 4WLYA 3SN6R 162LA 256LA 3LYMA 2G4PA 261LA 1L36A 2BQOA 1L18A 2RB0X 4I7OA 4LFPA 3CDVA 6LYZA 4I7TA 5B07A 1LI2A 3IJVA 1C67A 3HT8A 4LFXA 1HEQA 4H9EA 1REMA 2ZQ3A 8LYZA 1IWUA 1L25A 1LAAA 4OWEA 1L59A 9LYZA 3AGHA 1B7NA 140LA 1IVMA 3ZVQB 4ET8A 1C6KA 1YAOA 214LA 3WUNA 2ZQ4A 2D91A 1L60A 3G3VA 2NTGA 2OE7X 4XYYA 1L17A 4PJZA 5KKJA 1OV5A 1DYAA 2DQGY 1GFVA 4DQJA 1L32A 1LJKA 1QTHA 1KXWA 1P36A 1OUDA 5LYTA 4EKQA 2LZTA 2B6ZA 249LA 2F30A 5LIOA 4GRVA 1OVKA 1CJ8A 1CJ6A 2OU8A 1QDTA 1GF7A 3AJNA 3TMVA 1LGXA 2YBIA 4DD9A 4XADA 3HTDA 5B1GA 132LA 1YKZX 2F2NA 1D0KA 3B0KA 3A90A 4H8XA 1GFTA 1XGTC 3C8RA 1QSQA 1SSWA 3WUMA 1GF4A 5LVIA 1L04A 4WO9A 248LA 1CKCA 4H91A 1OUGA 2W1LA 1LTMA 4HTQA 4TSBA 4DDAA 1NHBA 4Z41A 180LA 1CKGA 1IY4A 3F8VA 1H87A 1UIAA 1B7RA 3AZ4A 1A4VA 3A95A 1CV5A 1C6BA 4BAPA 1QT8A 3A96A 5FELA 1LZBA 1I20A 1BB6A 4PHIA 1LYHA 137LA 2RH1A 1LZEA 1SLYA 1C6MA 3C81A 118LA 1HEMA 3N9CA 110LA 1LSBA 178LA 1L85A 1L75A 3WUAA 4ARMA 1WQQA 1LZ6A 5F14A 4XJGA 1HELA 1FLWA 1GE0A 2EKSC 115LA 4IATA 4B4IA 1GFRA 2ANXA 5B1FA 103LA 1XJUA 4CJ2A 2YSSC 1B0DA 3W6DA 4UWUA 4H9CA 4LYBA 1HEOA 1P5CA 3WPLA 1JJ3A 2YBHA 5KXWA 1C45A 1GBZA 1P6YA 216LA 5KXOA 2A7FA 1C46A 3DN8A 1BQLY 1L54A 4P2EA 1L69A 1D6PA 215LA 4OWCA 1L10A 233LA 1SSYA 3A67Y 2MEBA 3EMLA 1VATA 176LA 4DC4A 1ZURA 3CDRA 2C8OA 4NGYA 1JIYA 1DPXA 4NGZA 3HUAA 4DD3A 4WL6A 1C6GA 5JENB 2N5ZA 212LA 1DQJC 1L13A 1L00A 1DYCA 3CT1A 3BKHA 4W52A 1DYEA 3J6KA 1IX0A 3TXEA 2BQAA 1PQOA 2I6ZA 4WO6A 1WQNA 3CSRA 3TMWA 4W94A 3FA0A 1PZYA 3GUJA 1T8GA 1LKRA 4DDBA 4AQNA 1TLAA 1L16A 1GF6A 4GLVA 1JITA 1BB5A 2B72A 1NQIA 4XJHA 1CU5A 1D0MA 4E3UA 1WTNA 3ZVQA 1LYSA 160LA 3LZTA 1DYGA 3A3RX 3WU8A 1L77A 1C43A 5E4PA 1GE2A 1J1OY 5ILFA 3DN6A 3JR6A 4KXIA 3C7YA 1JJ1A 2ZYCA 4XJBA 3OK0A 1LYJA 1GBYA 5DM9A 5A3EA 1L06A 5FDJA 1KNIA 2CUUA 1C6JA 1L09A 2LZMA 4XENA 2BQDA 1L34A 2Z39A 4NEBA 3DMZA 1LYYA 2OE9X 1GD6A 2NWDX 3WVXA 3SP3A 2LYZA 1P2CC 1L80A 4LT1A 4NGLA 1IEEA 2F2QA 1LZ8A 2DQDY 1I56A 1AM7A 1N4FA 2HUMA 3AYQA 1JUGA 4R0FA 2D4JA 1HMLA 1L48A 2RBNA 5C6JA 1C6EA 7LZMA 1C68A 1LZ5A 3TXGA 3LZ2A 1L71A 3T36A 1YAPA 2A7DA 3RT5X 1MELL 3HT9A 1QS9A 186LA 2ANVA 139LA 1ZV5L 1LYFA 2DQCY 1HENA 1SX7A 1GBOA 4J0LA 4RDSA 3AGGG 108LA 159LA 4I7KA 4PPOA 3WXUA 1LCNA 4W55A 4ZFPA 4NGIA 2XBRA 5IHGA 1VDPA 1T8AA 3HU9A 2YBNA 1LMTA 1L63A 3HUKA 1L61A 2YVBA 4H9BA 1LZSA 1LKSA 4BADA 1G0KA 1KY0A 5J7CA 1GFUA 193LA 4NG8A 3C7ZA 3TMXA 2YBJA 1HF4A 5F9XA 5HLLA 2RBQA 1LJHA 4W57A 157LA 4AGAA 3NYAA 4NGWA 1C63A 4W51A 1RE2A 3HH6A 5T3FA 4NFVA 3DN2A 3GUNA 1KS3A 4YM8A 2HUKA 4UWNA 3A34A 3ULRA 1B7OA 1JTPL 3CDOA 1CJ7A 1GB6A 195LA 1DXJA 4LYTA 4H8YA 2B75A 2RBOA 1L64A 4DJHA 1C64A 181LA 1T3PA 3LYOA 4W59A 1CU2A 1K28A 3B6LA 1GE3A 3W6AA 3HT7A 1V7TA 3GUKA 4NGKA 1CV4A 4A7DA 4CHXA 155LA 6LZMA 1LZRA 3RZEA 4ARLA 5F9UA 4FDYA 3EMSA 1YKXX 1RI8B 1FKVA 2F47A 5F16A 4HJVA 131LA 2XJWA 1L73A 1INUA 2XTHA 3BKVA 4ARPA 1OQMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2H9J A;  5KXL A;  1DKK A;  3ZEK A;  166L A;  1L19 A;  1NHE A;  1LYE A;  1G0Q A;  1C6F A;  3EXD A;  1L89 A;  1ZWN A;  4BS7 A;  4EMN A;  3TXK A;  4HJZ A;  1LSM A;  1CU0 A;  2DQA A;  4W56 A;  4Z98 A;  5LYM A;  5EBH A;  1D2Y A;  1IOS A;  1JIS A;  4DD7 A;  1LJ3 A;  1FLU A;  147L A;  1TEW A;  1AZF A;  4LYO A;  145L A;  1L29 A;  1GXV 2;  1OUC A;  2FBD A;  4DD1 A;  1C6C A;  4WLY A;  3SN6 R;  162L A;  256L A;  3LYM A;  2G4P A;  261L A;  1L36 A;  2BQO A;  1L18 A;  2RB0 X;  4I7O A;  4LFP A;  3CDV A;  6LYZ A;  4I7T A;  5B07 A;  1LI2 A;  3IJV A;  1C67 A;  3HT8 A;  4LFX A;  1HEQ A;  4H9E A;  1REM A;  2ZQ3 A;  8LYZ A;  1IWU A;  1L25 A;  1LAA A;  4OWE A;  1L59 A;  9LYZ A;  3AGH A;  1B7N A;  140L A;  1IVM A;  3ZVQ B;  4ET8 A;  1C6K A;  1YAO A;  214L A;  3WUN A;  2ZQ4 A;  2D91 A;  1L60 A;  3G3V A;  2NTG A;  2OE7 X;  4XYY A;  1L17 A;  4PJZ A;  5KKJ A;  1OV5 A;  1DYA A;  2DQG Y;  1GFV A;  4DQJ A;  1L32 A;  1LJK A;  1QTH A;  1KXW A;  1P36 A;  1OUD A;  5LYT A;  4EKQ A;  2LZT A;  2B6Z A;  249L A;  2F30 A;  5LIO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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