4W53A

T4 lysozyme l99a with toluene bound
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Endolysin
total genus 60
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w53A00
4EKQA 2OTZX 1L95A 125LA 130LA 187LA 2LCBA 3DKEX 3GUMA 1L48A 3HT6A 1C6AA 3HTFA 1C68A 1L35A 3DN6A 1C6IA 254LA 246LA 1L55A 3JR6A 4GBRB 1C6TA 1CX7A 2IGCA 1L27A 2RBQA 1P64A 1CU3A 1PQOA 1L29A 1P2RA 4W53A 1L96A 1L68A 3C82A 1C6HA 108LA 151LA 1L23A 1WTHA 1KNIA 113LA 3CDQA 4ARLA 1LI2A 156LA 1QSQA 213LA 3DN1A 1SX7A 147LA 222LA 3HUAA 1CVKA 2B6ZA 3HH5A 4IAPA 1CX6A 1L59A 1LYFA 6LZMA 4W59A 1OWYA 1KY1A 1KY0A 1L21A 1C6KA 2B6TA 1C6BA 3C7YA 1G0MA 1I6SA 155LA 1C6CA 167LA 3HU8A 209LA 4I7PA 139LA 1L76A 1K28A 236LA 2ANVA 165LA 1C62A 2B6WA 1CU5A 2OE9X 2F47A 1SSYA 3C8SA 1L31A 2Q9EA 3HUKA 164LA 3SN6R 1C63A 1DYBA 1C6LA 2RBPA 1C66A 1CTWA 3F8VA 1QT7A 183LA 119LA 161LA 114LA 3L64A 3DMVA 1QTZA 243LA 3HT8A 142LA 1T8AA 1L03A 1P7SA 1G07A 1L51A 3OE9A 2RB2X 4W51A 3PDSA 260LA 1QT8A 1L15A 1G0GA 145LA 2RBNA 1L57A 1L90A 250LA 1L43A 3G3VA 1KW7A 240LA 4DKLA 4E97A 1G0KA 126LA 3V2YA 227LA 3GUNA 3V2WA 3CDVA 3GUOA 1L85A 171LA 4K5YA 1L74A 4EXMA 3SB5A 2O4WA 3G3XA 3HTBA 160LA 258LA 1C64A 4YX7C 2LC9A 1DYAA 1P5CA 1OVKA 3F9LA 1G0JA 163LA 1T6HA 1QUOA 4W52A 1QUHA 1L22A 2RB0X 115LA 107LA 2HUMA 4ARJA 1L67A 5I14A 1L05A 1C61A 3PBLA 175LA 1L14A 251LA 2HUKA 4YXCA 1L81A 1C6QA 1CV3A 1L36A 1LGXA 2O7AA 4EKSA 3GUJA 3C80A 1ZURA 1G1WA 1C6EA 219LA 1C6DA 1OV7A 2RAZX 1LGWA 197LA 2Q9DA 3OE6A 1PQJA 3G3WA 1L98A 2B70A 150LA 172LA 1L18A 1L17A 223LA 2RBRA 249LA 4I7JA 4GRVA 3GUKA 255LA 1CU0A 1PQMA 1PQDA 1T8GA 201LA 1CV5A 1L38A 235LA 2NTGA 1CU2A 157LA 1L47A 191LA 3C83A 2RB1X 244LA 1LYJA 228LA 1L65A 103LA 1ZYTA 2A4TA 2RBSA 3VW7A 3QAKA 1C69A 1L72A 3RUNA 1CV6A 1L01A 1G06A 3RZEA 221LA 1LYDA 3SB7A 1L93A 1P36A 2CUUA 1L52A 1OV5A 1C6NA 1L99A 1L61A 2F2QA 1L50A 140LA 173LA 1L25A 226LA 1L09A 2OTYX 2O79A 1D3NA 3HTGA 3GUPA 178LA 1P56A 1L54A 4I7KA 1C6GA 210LA 1QUGA 3FADA 4EKRA 2L78A 1P3NA 1DYCA 3DN4A 189LA 1L87A 3HH3A 4DJHA 1L41A 211LA 1L49A 3EMLA 3HH4A 1CUPA 1L60A 1LI6A 248LA 4DAJA 1L66A 4LDOA 152LA 138LA 4ARPA 3UONA 1L40A 1QSBA 4I7TA 1G0QA 2B7XA 3ODUA 1CV0A 1B6IA 2ANXA 3CDTA 144LA 1SWZA 237LA 4EJ4A 1CU6A 1L06A 1LLHA 2LZMA 1L77A 182LA 168LA 1G0PA 1L04A 1L34A 3HU9A 1T97A 1L45A 4W58A 1KW5A 180LA 2OE7X 4AQNA 205LA 177LA 5LZMA 198LA 1QT5A 1SSWA 3D4SA 170LA 104LA 1L79A 1LYHA 1L32A 239LA 3SB6A 3FA0A 1P46A 4EPIA 3OE0A 1L70A 148LE 3C81A 1DYGA 1L91A 3HDEA 4W57A 4S0WA 4EKPA 1D2WA 3HUQA 215LA 1L13A 1C65A 2OU8A 131LA 1DYFA 2B75A 3DN0A 1QTCA 4I7OA 123LA 128LA 1L56A 2OEAX 1DYEA 253LA 1T8FA 118LA 3CDRA 196LA 120LA 3DN3A 141LA 129LA 2NTHA 1L08A 1L24A 1L19A 1L88A 2RH1A 2RAYX 1XJUA 1OWZA 2Z6BA 3SB8A 3SB9A 3HT9A 1QTBA 3C8RA 1L0JA 1ZWNA 1QUDA 159LA 1L97A 176LA 143LA 169LA 1SWYA 2B72A 4ARMB 3DMZA 4I7NA 1QT6A 1LGUA 3HT7A 1PQIA 3C7ZA 2HULA 1NHBA 3DN2A 220LA 188LA 1L46A 4ARQB 238LA 1OVJA 4LZMA 1L92A 3HDFA 1L62A 1L86A 1EPYA 137LA 1LI3A 1L64A 1P6YA 1PQKA 2RBOA 3C7WA 233LA 206LA 112LA 2OU9A 1QTDA 185LA 4ZPUA 1D9WA 1L16A 7LZMA 1QTVA 261LA 3SBBC 127LA 2OE4X 3DMXA 3OE8A 1LWGA 146LA 4I7RA 242LA 122LA 1G1VA 1L58A 1QT4A 110LA 184LA 214LA 190LA 4ARMA 1DYDA 1L12A 1L33A 3CDOA 2QB0B 192LA 1C6PA 1L75A 1L10A 3K2RA 1L11A 1LW9A 1QTHA 1CV4A 1LYGA 200LA 1L80A 4ARQA 1C60A 3NYAA 1L82A 1LWKA 1D3MA 174LA 1L89A 252LA 1L83A 1L73A 186LA 1XEPA 181LA 3HWLA 1C67A 2QARC 241LA 229LA 4YXAC 4I7SA 111LA 1D3JA 247LA 2B6XA 1KS3A 1L71A 1L63A 257LA 2B6YA 1JTMA 102LA 262LA 1L69A 3L2XA 3C8QA 4LDLA 1L53A 2B73A 1QS9A 2B74A 3SBAA 3LZMA 1C6MA 1L26A 3HH6A 1LYEA 3NY9A 1QT3A 4W54A 259LA 216LA 3DN8A 1L28A 3HTDA 212LA 158LA 3NY8A 1C6FA 4EPFA 1L44A 1JTNA 1G0LA 231LA 166LA 1OYUA 162LA 195LA 2OU0X 217LA 3FI5A 1LPYA 1L07A 2F32A 149LA 1L39A 1P37A 234LA 3DNAA 1L37A 4W56A 4I7QA 1L94A 1CV1A 4PK0A 1L02A 1D2YA 1L42A 232LA 109LA 3GULA 1SX2A 199LA 1C6JA 1JQUA 256LA 4LDEA 4OO9A 1L0KA 230LA 1L30A 1TLAA 1QS5A 218LA 1L00A 1CUQA 1LYIA 4I7MA 1L84A 224LA 1XJTA 1P2LA 4I7LA 1OVHA 4W55A 3GUIA 245LA 1L20A 1D3FA 4PJZA 225LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NEBA 1LSAA 4NHIA 125LA 130LA 1GF6A 4OOOA 1C6AA 1LSPA 1XEKA 1C68A 3P64A 4CHXA 3DN6A 254LA 1L55A 1CU3A 1P2RA 1L96A 2CJLA 4LT0A 151LA 4D9ZA 4ARLA 4A7DA 1VATA 1QSQA 2ZIJA 3DN1A 147LA 222LA 5C6IA 207LA 2ZNWY 2MEDA 1C6BA 1G0MA 2G4NA 4N8ZA 209LA 4H9FA 1L76A 1K28A 165LA 1RI8B 1GPQC 4H9CA 1IY3A 3A90A 1L31A 1GE0A 1C6LA 1XGRC 2ZILA 3F8VA 5KXKA 1XFPL 114LA 1GB9A 5KKJA 1MELL 142LA 1G07A 5DLAA 1L51A 4GLVA 2BQAA 3PDSA 260LA 1QT8A 5LYZA 1QSAA 5IDDA 1LSYA 1L57A 1LZRA 2DQJY 2YBNA 3TMXA 1IORA 3G3VA 1JEFA 1G0KA 4R0FA 227LA 3CDVA 3GUOA 171LA 1OUCA 1YAQA 1HSXA 3G3XA 3HTBA 1C64A 5ILCA 2LC9A 1DYAA 1IP5A 3D9AC 3P65A 163LA 1B7SA 3ZVQB 4TX7A 2CGIA 2MEFA 2HEFA 1IR9A 2EIZC 1SLYA 1L67A 1H87A 3PBLA 1L14A 3D3DA 5HLLA 133LA 2CDSA 4NWHA 1CV3A 1LGXA 3ATOA 1WTMA 1KIRC 2O7AA 2DQDY 4NSIA 5F14A 4H90A 2RAZX 1IP1A 1PQJA 5B05A 2BQJA 3ZVQA 2B70A 5I53A 1L18A 5I54A 249LA 4GRVA 3TXKA 3P66A 5L3HA 1GAYA 235LA 3M3UA 4O34A 1IC7Y 157LA 1L47A 4NGKA 2DKVA 3TXGA 5HMJA 3LN2A 5APCA 3HBHA 1B7RA 3VW7A 1QTKA 1Z55A 1B9OA 194LA 2I26L 1CV6A 4LYTA 1UICA 1L01A 1G06A 1JTTL 1BVXA 3RZEA 1L93A 1CKDA 3AJNA 1T6VL 2CUUA 1JISA 2YSSC 1OV5A 1L99A 1L61A 4H91A 1L25A 1YROA 3J6KA 1WQNA 4H92A 3GUPA 1P56A 1L54A 1YIKA 3CQLA 4EKRA 2HEAA 2L78A 3EO5A 3W6BA 3A34A 1L41A 1GB5A 1L60A 3B0KA 4H1PA 4DAJA 4LDOA 5LYTA 1FDLY 3QY4A 1B6IA 1AKIA 3CDTA 1SWZA 1WQOA 2LZMA 3IJUA 1LYZA 4YOPA 1L04A 4WM3A 180LA 2OE7X 4AQNA 205LA 4OOTA 177LA 1G7MC 5LZMA 1GXXA 198LA 1GFUA 3LYZA 1UACY 4DD1A 4NHPA 3SB6A 1LTMA 3WVXA 4HP0A 3WYHA 3C81A 4WM5A 4S0WA 1GF3A 215LA 4B4IA 4WM2A 2OU8A 1IWZA 131LA 5IHGA 2B75A 4YEOA 4I7OA 1GDWA 4C5FA 1GB8A 5I4YA 120LA 141LA 129LA 1F6SA 2FBDA 4N9RA 2RH1A 4GCFA 5LVKA 3FE0A 4KXIA 1ZWNA 1NDMC 2D4JA 1PQIA 1QSWA 4ZFPA 2HULA 1HFZA 1F10A 4YEMA 4ARQB 4LZMA 3IWRA 4XN6A 3HBDA 1L86A 137LA 2ZWBA 1IC5Y 1L64A 3C7WA 1CKHA 1QTDA 185LA 4ZPUA 1L16A 261LA 3OE8A 3DMXA 1L58A 1GXV2 110LA 4HTKA 4GLAA 4WL6A 190LA 1L12A 3LZ2A 2QB0B 192LA 1L75A 4NGJA 200LA 1B7QA 4ARQA 1D9UA 4HV2A 2Z37A 2EKSC 2F30A 1L83A 186LA 3FI7A 3P68A 2QARC 241LA 1JIYA 4YXAC 1OUAA 4XADA 247LA 2B6XA 1LHJA 2B6YA 1LHLA 102LA 3W6AA 1HEWA 1YANA 4LDLA 1XGUC 1QIOA 2B73A 5LINA 3G3AB 1LYEA 1QT3A 2LZ2A 4WM1A 216LA 4QGZA 2DQEY 1L28A 3BKVA 212LA 2A7DA 3B0OA 1LJ4A 5KXTA 231LA 2Z2FA 166LA 1LCNA 1BB4A 1GF4A 2OU0X 2MEEA 3TXHA 1P37A 1YL1X 232LA 109LA 1KXXA 1C6JA 2DQAA 2BQBA 1LSEA 1L0KA 4N0JA 1VDTA 1WVVA 4XJGA 224LA 4YENA 4GCDA 1P2LA 1V7TA 1LZ8A 2W1XA 1LHIA 1CJ9A 1LZDA 225LA 1WQMA 4EKQA 4HSFA 5KJ9A 1L95A 2EQLA 5KXPA 187LA 1IP7A 1L48A 3HT6A 3HTFA 1LJEA 1XEIA 3A96A 3JR6A 4GBRB 2IGCA 1IIZA 1PQOA 4LGKA 4W53A 1UA6Y 1L23A 1WTHA 1KIQC 4ET9A 3AZ6A 3BKHA 4P2EA 3HUAA 4W96A 3N9EA 1OWYA 3IJVA 3HFMY 1C6KA 3C7YA 1YKZX 5DN4A 4DDAA 1DPWA 1PZYA 1C6CA 1FLYA 3HU8A 1TEWA 3WMKA 4I7PA 4LYOA 236LA 2ANVA 1HEOA 1JKAA 4H8XA 1BB3A 1VEDA 2Q9EA 3HUKA 1JSEA 164LA 3SN6R 1DYBA 2RBPA 1C66A 1KXWA 2CWIA 1CTWA 4NGVA 1QT7A 183LA 1UIEA 3DMVA 4ANRA 1LJFA 2FYCA 1T8AA 1IWWA 3OE9A 4W51A 1GF0A 4GCEA 5KXOA 3WU7A 3ULRA 4NG8A 5B1FA 2DQHY 1LMAA 1KW7A 4DKLA 1IOSA 1VAUA 5FELA 4DQJA 2BQHA 3V2WA 5KXLA 160LA 132LA 2XJWA 4YX7C 2DQIY 4WO9A 1NQIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NEB A;  1LSA A;  4NHI A;  125L A;  130L A;  1GF6 A;  4OOO A;  1C6A A;  1LSP A;  1XEK A;  1C68 A;  3P64 A;  4CHX A;  3DN6 A;  254L A;  1L55 A;  1CU3 A;  1P2R A;  1L96 A;  2CJL A;  4LT0 A;  151L A;  4D9Z A;  4ARL A;  4A7D A;  1VAT A;  1QSQ A;  2ZIJ A;  3DN1 A;  147L A;  222L A;  5C6I A;  207L A;  2ZNW Y;  2MED A;  1C6B A;  1G0M A;  2G4N A;  4N8Z A;  209L A;  4H9F A;  1L76 A;  1K28 A;  165L A;  1RI8 B;  1GPQ C;  4H9C A;  1IY3 A;  3A90 A;  1L31 A;  1GE0 A;  1C6L A;  1XGR C;  2ZIL A;  3F8V A;  5KXK A;  1XFP L;  114L A;  1GB9 A;  5KKJ A;  1MEL L;  142L A;  1G07 A;  5DLA A;  1L51 A;  4GLV A;  2BQA A;  3PDS A;  260L A;  1QT8 A;  5LYZ A;  1QSA A;  5IDD A;  1LSY A;  1L57 A;  1LZR A;  2DQJ Y;  2YBN A;  3TMX A;  1IOR A;  3G3V A;  1JEF A;  1G0K A;  4R0F A;  227L A;  3CDV A;  3GUO A;  171L A;  1OUC A;  1YAQ A;  1HSX A;  3G3X A;  3HTB A;  1C64 A;  5ILC A;  2LC9 A;  1DYA A;  1IP5 A;  3D9A C;  3P65 A;  163L A;  1B7S A;  3ZVQ B;  4TX7 A;  2CGI A;  2MEF A;  2HEF A;  1IR9 A;  2EIZ C;  1SLY A;  1L67 A;  1H87 A; 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