4W55A

T4 lysozyme l99a with n-propylbenzene bound
Total Genus 62
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
62
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Endolysin
total genus 62
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w55A00
1D2WA 196LA 1L37A 1L28A 234LA 1L92A 147LA 2RB1X 1CU3A 260LA 189LA 3SN6R 3OE0A 1KW7A 158LA 2RH1A 2RBQA 2B70A 1L63A 1XEPA 1L52A 5LZMA 224LA 1C6AA 1D2YA 1L67A 1LYEA 3HT8A 247LA 1LYGA 4E97A 1L62A 2HUMA 228LA 110LA 223LA 169LA 3RUNA 1L53A 3CDOA 118LA 178LA 1LLHA 1C6DA 3C83A 1DYDA 1L87A 1QUOA 1L18A 1LYDA 1G0JA 1OVJA 4OO9A 1LPYA 1LYIA 3DMXA 155LA 181LA 3GUJA 1D3FA 1L65A 2ANVA 4ZPUA 123LA 1KY0A 128LA 1P64A 1G0LA 236LA 2ANXA 1T8FA 3D4SA 1C6FA 108LA 139LA 3FA0A 3HDFA 1LGXA 1L94A 4W56A 1LGUA 6LZMA 1KNIA 1C6HA 4EPFA 255LA 177LA 2OU8A 4ARPA 172LA 1P5CA 261LA 3K2RA 3GUKA 1P36A 1L24A 1L99A 1TLAA 1SX7A 2B6TA 3NYAA 1P2LA 2B75A 3NY9A 170LA 3PDSA 4IAPA 3V2WA 3GULA 1C64A 1L93A 206LA 232LA 113LA 1QT7A 209LA 256LA 2B7XA 4W55A 2CUUA 1L33A 4K5YA 1L86A 1L02A 1T8GA 3DMZA 1G0MA 1QUHA 1C68A 222LA 4ARLA 156LA 1L56A 205LA 3G3WA 3GUPA 2B72A 3C7ZA 2B73A 4W59A 1CV3A 1L74A 143LA 2RB2X 1L04A 1JTNA 1L03A 1C6JA 111LA 1QT6A 218LA 2OE4X 1P2RA 1LWGA 3CDTA 239LA 1L73A 102LA 1CX7A 1G0GA 1DYAA 1L0KA 1L85A 1XJUA 1QT5A 1QTDA 167LA 1L09A 168LA 1L70A 2NTGA 4EXMA 1L38A 1SWYA 4ARMA 3DN2A 1CU5A 1L19A 1K28A 3L64A 2OE9X 1PQKA 180LA 5I14A 227LA 3V2YA 1C6IA 1L29A 3DMVA 4I7SA 4YXCA 1QUDA 1L07A 1P46A 115LA 2OE7X 235LA 171LA 1L00A 2HUKA 1SSYA 129LA 1L01A 188LA 183LA 3FI5A 1SWZA 2RAZX 3HTGA 3DN4A 3HTBA 1DYCA 175LA 2F47A 1L72A 173LA 2LZMA 1QTBA 3FADA 3GUNA 1L22A 211LA 3SB9A 199LA 1L49A 210LA 1P6YA 251LA 2F2QA 1L25A 2RBNA 160LA 1L14A 4I7OA 240LA 1DYBA 1L57A 1QTHA 114LA 1LI2A 4GRVA 2B6ZA 3OE6A 1L08A 1D9WA 1L42A 4I7MA 252LA 142LA 1L41A 2RBPA 3SB6A 1L46A 1L36A 3HT7A 1L88A 150LA 214LA 3EMLA 2OTZX 148LE 186LA 3HU8A 1QSQA 219LA 1C6MA 1C6PA 3HH5A 3LZMA 1L20A 3CDQA 1C63A 1P7SA 2Q9DA 1CV0A 4I7KA 1CV6A 249LA 1G0PA 1L82A 1L90A 1PQOA 1C69A 1C61A 141LA 248LA 126LA 2Z6BA 245LA 1CUPA 1L06A 1L81A 1C60A 1L75A 4GBRB 1QSBA 1OYUA 1OV7A 242LA 3HWLA 3RZEA 3G3VA 127LA 197LA 1PQDA 3C8QA 1C6QA 3DN3A 4PK0A 2RBSA 1QT3A 258LA 2O4WA 1OVKA 2IGCA 3ODUA 1C6NA 1L95A 213LA 1L16A 3C82A 163LA 1L91A 1L51A 198LA 1L55A 1JQUA 2OTYX 1DYGA 1CTWA 1ZYTA 3HUKA 1L96A 4LDEA 3HU9A 4DAJA 250LA 1KW5A 1L31A 2RBOA 1D3NA 2RAYX 1ZURA 2B74A 1CUQA 4ARJA 146LA 1C6LA 103LA 3OE8A 1T97A 1L84A 1CV5A 104LA 233LA 1C6EA 4EPIA 3VW7A 200LA 1L98A 1L47A 166LA 1QUGA 1L97A 2LCBA 3GUOA 1G1VA 2OEAX 1L34A 1CVKA 1LYHA 152LA 149LA 4EKSA 1C67A 159LA 2LC9A 3G3XA 125LA 225LA 1C6TA 3GUIA 1QT4A 3HTDA 3F9LA 1L83A 192LA 201LA 2B6YA 2O7AA 1PQJA 165LA 1L58A 130LA 122LA 4LDLA 1B6IA 1L50A 1L60A 131LA 1LWKA 4I7JA 212LA 215LA 151LA 1L59A 1OV5A 1LGWA 4YXAC 1JTMA 3DN8A 1CU2A 220LA 1L77A 3GUMA 2F32A 4EJ4A 3C81A 3SB7A 1C62A 112LA 2QARC 3UONA 1LW9A 4W54A 182LA 3F8VA 3DKEX 246LA 2L78A 3HUQA 3SBAA 1L61A 259LA 226LA 1LYJA 1CV1A 243LA 1D3MA 1L05A 1P56A 4W52A 1L80A 4ARMB 2B6WA 1C6CA 1KY1A 4PJZA 4I7NA 1OWZA 7LZMA 262LA 4ARQA 1ZWNA 1P3NA 2NTHA 4YX7C 161LA 3C7WA 244LA 1I6SA 4I7TA 254LA 1C65A 1L40A 3JR6A 3DN6A 1G0KA 1LI3A 1T6HA 3HDEA 253LA 1DYEA 3DN1A 190LA 2OU9A 1CX6A 1L69A 2QB0B 4W57A 144LA 1G1WA 1CU0A 216LA 3OE9A 195LA 3DN0A 1L30A 3SB8A 1L13A 1L43A 140LA 1CU6A 1L32A 1L79A 109LA 107LA 1QT8A 1WTHA 217LA 1L76A 185LA 138LA 1L68A 1L11A 257LA 3HH3A 4DJHA 2B6XA 3C7YA 3C80A 4S0WA 1C6GA 1L71A 4EKPA 3SBBC 1L54A 1L64A 1QS5A 2A4TA 1SSWA 119LA 2HULA 3HH4A 1CV4A 3HT6A 1NHBA 3PBLA 1L35A 3HUAA 1L21A 3NY8A 1L23A 1L66A 1LI6A 3DNAA 4I7QA 4ARQB 1KS3A 4EKQA 1C6KA 231LA 2RB0X 2OU0X 145LA 1QTVA 1PQMA 2RBRA 229LA 4I7LA 4I7PA 157LA 4DKLA 1DYFA 1G0QA 241LA 237LA 3C8RA 187LA 174LA 3SB5A 176LA 1D3JA 1C6BA 3CDVA 1L48A 3HH6A 4EKRA 1L26A 1OWYA 120LA 1P37A 2O79A 1G06A 3CDRA 1QTZA 1L45A 164LA 1QTCA 1SX2A 230LA 184LA 238LA 4AQNA 2Q9EA 1OVHA 4W58A 4LZMA 3C8SA 1L44A 221LA 3HTFA 1L89A 1EPYA 1L0JA 3HT9A 1L12A 1PQIA 1L27A 1XJTA 4LDOA 4W53A 1G07A 137LA 1LYFA 1L15A 4W51A 162LA 1T8AA 3L2XA 1L39A 1QS9A 1C66A 191LA 1L10A 4I7RA 1L17A 3QAKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HTKA 4GN5C 3WPKA 147LA 1YKXX 1IP3A 3SN6R 2Z37A 3OE0A 2RBQA 1HEMA 5HNCA 4TSCA 5LZMA 224LA 1IWWA 5FEKA 5L3IA 228LA 110LA 2HEFA 4WG7A 3N9CA 178LA 2MEEA 3A94A 3B0IA 1O23A 1HF4A 1QUOA 1L18A 1LYDA 4NG1A 1OVJA 4N1CC 3DMXA 4WL6A 155LA 1ZV5L 1JKBA 4CHXA 4ZPUA 1C45A 128LA 1AM7A 1LYYA 4HPIA 4NHQA 1LSMA 1B7QA 1I56A 4BAFA 2ANXA 1F10A 1T8FA 3A91A 3W3EA 5A3ZA 4OWHA 1UIBA 1C6HA 2RSCA 172LA 1FLUA 1F6SA 5KKJA 2CWIA 1SX7A 2B6TA 5KXMA 1P2LA 3NY9A 4IAPA 3V2WA 4NGZA 1IIZA 113LA 1QT7A 1DPWA 4WM5A 1AKIA 4WG1A 3A34A 4QGZA 4WL7A 2B7XA 1HEWA 1J1PY 4K5YA 1L86A 4ARLA 156LA 1L56A 1F0WA 205LA 4RW2A 5KXOA 2B73A 4W59A 4FJRA 3BKVA 1GFHA 1L03A 3A3RX 4II8A 218LA 2OE4X 102LA 4RDSA 1WQNA 1DYAA 1L0KA 1QT5A 1B7SA 2NTGA 4NGIA 1GBSA 4ARMA 3P4ZA 1JJ1A 4XENA 2OE9X 3B0KA 180LA 1E8LA 3CSRA 5I14A 1LZ5A 5C6LA 3WYHA 4YXCA 1QUDA 1J1OY 4NGYA 2OE7X 235LA 1L00A 1LSGA 1BGIA 1SWZA 3AGIA 1OUEA 1GF3A 1L72A 1XGTC 1TBYA 1GF8A 5KXPA 5LVHA 1LJJA 1YIKA 4DD0A 3QE8A 2EPEA 251LA 5HLLA 160LA 1LHIA 3EMSA 1DYBA 1L57A 1QTHA 4PGJB 1LI2A 3OE6A 4ZFPA 5KY1A 4I7MA 252LA 4XADA 1JKAA 4H9IA 1B7RA 3LYTA 3HT7A 3A8ZA 1WQMA 1HHLA 1LCNA 3EMLA 1D9UA 3MGWA 5KXYA 148LE 1QSQA 2MEFA 2HU1A 3CDQA 1P7SA 1LAAA 2Q9DA 3WXTA 1CV6A 2MECA 5LVKA 1PQOA 2EIZC 3P68A 1C61A 4DD7A 141LA 126LA 1IWVA 2Z6BA 1LSEA 1GD6A 4OWCA 2I25L 5KKIA 242LA 3G3VA 1REMA 1IWYA 4TUNA 197LA 3DN3A 1IOQA 2B5ZA 2O4WA 2IGCA 213LA 3ATNA 3C82A 4H8XA 1L51A 1LYSA 1LZ1A 1GF0A 4LYTA 3A6BY 3HUKA 1KW5A 1L31A 3TXJA 3TXEA 1LHLA 146LA 1JJ0A 5C6IA 103LA 3OE8A 5E4PA 1T97A 1CKGA 4Z41A 1C6EA 200LA 1L98A 3B6LA 1UIFA 166LA 1L97A 2LCBA 2BLXA 8LYZA 1L34A 1CVKA 3LN2A 2HEEA 4EKSA 3LYOA 159LA 3G3XA 5HMVA 1LKRA 5K7OA 4YF2A 1C6TA 3F9LA 4WLXA 2EQLA 192LA 2DBTA 165LA 1QIOA 1L50A 1YAMA 5LYTA 1OV5A 1LZ6A 1YQVY 2F32A 3C81A 1HEPA 1RCMA 3UONA 1OUJA 1LW9A 2DQGY 4W54A 1DQJC 3F8VA 2YBIA 246LA 2L78A 2FBBA 1LYJA 1CV1A 1IP6A 1IY3A 5KXLA 4W52A 2X0AA 4ARMB 2B6WA 1C6CA 4PPOA 1FKQA 2DQAA 1GB0A 4YX7C 161LA 3WUAA 4I7TA 1GWDA 1GFJA 254LA 2LYMA 1JTOL 1G0KA 3HDEA 4XJGA 3DN1A 3VWOA 1NWGA 5B05A 1HSWA 4GN4A 3OE9A 1CU0A 1T6VL 2BQMA 3LYMA 1OUDA 1L43A 1CU6A 1LJFA 107LA 1B2KA 4LZTA 257LA 1NHEA 1C6GA 4EKPA 1L54A 1L64A 3SP3A 1GFVA 3HH4A 1NHBA 4RLNA 1L35A 1HEQA 3NY8A 1QDRA 1C08C 4GCFA 1YKYX 4GCBA 4I7QA 1KS3A 2BAAA 2RB0X 1IORA 1LMTA 1AT6A 2H9KA 1DZBX 1GBZA 4DKLA 1UIGA 2YBNA 176LA 1C6BA 4W94A 1GB7A 2HEBA 1C10A 1TEWA 4MCKA 1OWYA 120LA 2O79A 1G06A 3CDRA 1QTZA 1L45A 1SX2A 1GXV2 184LA 4H94A 4OOTA 4N0JA 2IFFY 2W1MA 4DD1A 1L44A 4DQ7A 4NGLA 1L89A 1EPYA 1L27A 1LPIA 2IHLA 2MEIA 4W51A 162LA 2CJLA 2Z12A 4NG8A 1L39A 1QS9A 1L10A 4I7RA 5B06A 3QAKA 4C5FA 3HBHA 2C8OA 1L28A 3WVYA 1JUGA 260LA 5DL9A 3WH1A 1KW7A 158LA 2RH1A 4H93A 1XEPA 4MR1A 1L52A 3A95A 3CB7A 3CT5A 3WUMA 1C6AA 1LYEA 4E97A 1DKKA 1L62A 2HUMA 1GFGA 1GEZA 1OUBA 2Z2FA 1GFUA 1LMNA 4NHPA 1BWJA 4NHSA 1IC5Y 1C6DA 1LLHA 5KXSA 1DYDA 1WQRA 1B7NA 1JEFA 2D4JA 4OO9A 1GF9A 3QNGA 1D3FA 1L65A 1G7HC 1I20A 4HV2A 108LA 1N4FA 3FA0A 4DWXA 3T36A 1LGXA 1GB9A 1L94A 4W56A 1KNIA 1GE2A 3F6ZA 4EPFA 255LA 2OU8A 4DQJA 1IR7A 4ARPA 1H87A 3G3BB 2F4GA 1P5CA 4Z46A 3AZ4A 1XGQC 5KXKA 1TLAA 1GE4A 3P66A 170LA 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2WARA 2LC9A 125LA 1JKDA 4H91A 1TCYA 1CKFA 5F9UA 1L83A 2B6YA 1F6RA 1GE1A 1XFPL 4B4JA 4QEQA 4H1PA 1B6IA 1L60A 215LA 1OUAA 5DLAA 4J7VA 1LZ4A 4O34A 4M4OA 1JTMA 5F16A 220LA 4EJ4A 3TXDA 112LA 3BKHA 4LT2A 1GHLA 2BQLA 1GB6A 3DKEX 1XEJA 1DI4A 3SBAA 2DQDY 4LYBA 1GFKA 5LIOA 1D3MA 1GB2A 4TX7A 3WW6A 1BVKC 1UCOA 3WW5A 4DD3A 4KT3A 1ZWNA 4B4EA 2NTHA 3W6CA 1GE0A 1L40A 253LA 1DYEA 1QTKA 1L69A 4DT3A 193LA 2HU3A 4UWUA 1G1WA 216LA 2VB1A 2FYDA 1YAOA 1L30A 4I0CA 5FHWA 1L79A 109LA 1QT8A 138LA 3A90A 3HH3A 134LA 2B6XA 1HFZA 1LJIA 3W6DA 1OUCA 1B7PA 1L71A 4YM8A 1OP9B 4RW1A 1SSWA 119LA 5E9RA 1L21A 1BQLY 2A7DA 1L23A 1L66A 3B72A 4ARQB 1MELL 1QUTA 4WM6A 5LVJA 3WPJA 2OU0X 145LA 1QTVA 1PQMA 3FI7A 1VDTA 4I7PA 4I7LA 157LA 4XJIA 5I4XA 4H9HA 241LA 3CDVA 4G4BA 1FLQA 1L48A 3AZ7A 3HH6A 1LMAA 1LSZA 4ZIXA 2Q0MX 1ZVHL 4EKRA 1GF5A 2Z39A 3A93A 4NHIA 1QTCA 2ZWBA 1NF5A 4LYCA 4NGJA 1LSAA 2D91A 5APCA 4AQNA 1LZ8A 3A67Y 1OVHA 4LZMA 2CGIA 3A3QA 4OW1A 1L12A 1PQIA 4LDOA 2MEHA 1LYFA 1JISA 4WLYA 1LSCA 1RE2A 1W08A 1L17A 1JQUA 1WQOA 1KXXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HTK A;  4GN5 C;  3WPK A;  147L A;  1YKX X;  1IP3 A;  3SN6 R;  2Z37 A;  3OE0 A;  2RBQ A;  1HEM A;  5HNC A;  4TSC A;  5LZM A;  224L A;  1IWW A;  5FEK A;  5L3I A;  228L A;  110L A;  2HEF A;  4WG7 A;  3N9C A;  178L A;  2MEE A;  3A94 A;  3B0I A;  1O23 A;  1HF4 A;  1QUO A;  1L18 A;  1LYD A;  4NG1 A;  1OVJ A;  4N1C C;  3DMX A;  4WL6 A;  155L A;  1ZV5 L;  1JKB A;  4CHX A;  4ZPU A;  1C45 A;  128L A;  1AM7 A;  1LYY A;  4HPI A;  4NHQ A;  1LSM A;  1B7Q A;  1I56 A;  4BAF A;  2ANX A;  1F10 A;  1T8F A;  3A91 A;  3W3E A;  5A3Z A;  4OWH A;  1UIB A;  1C6H A;  2RSC A;  172L A;  1FLU A;  1F6S A;  5KKJ A;  2CWI A;  1SX7 A;  2B6T A;  5KXM A;  1P2L A;  3NY9 A;  4IAP A;  3V2W A;  4NGZ A;  1IIZ A;  113L A;  1QT7 A;  1DPW A;  4WM5 A;  1AKI A;  4WG1 A;  3A34 A;  4QGZ A;  4WL7 A;  2B7X A;  1HEW A;  1J1P Y;  4K5Y A;  1L86 A;  4ARL A;  156L A;  1L56 A;  1F0W A;  205L A;  4RW2 A;  5KXO A;  2B73 A;  4W59 A;  4FJR A;  3BKV A;  1GFH A;  1L03 A;  3A3R X;  4II8 A;  218L A;  2OE4 X;  102L A;  4RDS A;  1WQN A;  1DYA A;  1L0K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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