4W56A

T4 lysozyme l99a with sec-butylbenzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Endolysin
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w56A00
1P2RA 183LA 3DN3A 3DMXA 4DAJA 4YXCA 119LA 169LA 1L16A 1DYGA 3HT6A 1L68A 205LA 4S0WA 3HUAA 2B72A 3C8RA 1PQJA 4W53A 224LA 3EMLA 1P37A 1CV4A 2QARC 110LA 206LA 1C6JA 1LGUA 177LA 3QAKA 180LA 1G1VA 3HDEA 1L98A 2RBNA 1L25A 3D4SA 228LA 1WTHA 3HUQA 2Q9DA 2RB1X 1L14A 1D9WA 1CU6A 1L53A 2B6WA 1CV0A 130LA 2LCBA 2B74A 3C7WA 4IAPA 3C82A 3NY8A 1LGXA 1ZWNA 198LA 1JTNA 1L76A 167LA 1JQUA 3LZMA 147LA 1L57A 1CVKA 3HH6A 1DYBA 1QT3A 4DJHA 122LA 1DYFA 1L0KA 4LDLA 229LA 1OVJA 1QUHA 2Q9EA 4I7QA 199LA 1SX2A 3C8SA 3FI5A 1QT4A 1L61A 3DN6A 1OWYA 114LA 1PQOA 1SSWA 2NTHA 123LA 1K28A 3OE8A 4LDOA 1KY0A 1LYEA 160LA 3C83A 1L28A 192LA 250LA 3CDQA 210LA 1L35A 1G0LA 1L45A 1L77A 2OU8A 2OE4X 260LA 1L04A 211LA 1L73A 1L42A 1L39A 1C65A 2RBOA 255LA 3ODUA 1C60A 164LA 1OVKA 1L55A 1L79A 3SB7A 1L30A 3FADA 2A4TA 1P6YA 1SX7A 1L00A 1QT7A 1D3NA 4I7JA 1CV1A 4W59A 1P5CA 1L08A 115LA 1L64A 1XJTA 4I7LA 2O4WA 3RZEA 2F32A 3DN0A 251LA 1G1WA 1PQIA 1L66A 1L48A 1C6AA 2OU0X 4PK0A 3CDTA 4EKPA 103LA 241LA 195LA 170LA 254LA 1L52A 1L75A 1LI3A 1C61A 2RBSA 1QTZA 120LA 1XEPA 1L88A 1DYAA 261LA 1I6SA 1QTBA 1KW7A 171LA 245LA 239LA 4LDEA 1C6IA 4K5YA 4ARPA 1CX6A 128LA 262LA 3G3VA 1L33A 1JTMA 222LA 3RUNA 1QTVA 1CU2A 1LYIA 258LA 1L74A 1L94A 2RAZX 118LA 1C6MA 1LI6A 1D3MA 3HH5A 221LA 3UONA 3OE0A 3GUMA 5I14A 2F47A 3NYAA 3GUOA 3HH3A 4LZMA 4YX7C 1KS3A 2OU9A 3SBBC 4I7NA 176LA 1T8AA 145LA 1G0GA 1L13A 1NHBA 4YXAC 2OTYX 3F9LA 1L0JA 2OEAX 1QSQA 3PBLA 3VW7A 4ARLA 172LA 3CDOA 4W54A 3HU8A 4PJZA 4AQNA 3SB9A 2B73A 2RBQA 151LA 218LA 1L36A 1L81A 1L82A 1L09A 1L24A 238LA 1LWGA 4I7KA 1L72A 4EKQA 2RAYX 142LA 4EPFA 1L23A 4GRVA 1OWZA 1P36A 148LE 3C81A 1L54A 1LYHA 1C6HA 1L85A 1C6CA 232LA 1TLAA 1QSBA 217LA 236LA 213LA 189LA 1C63A 196LA 1CU0A 108LA 2L78A 1L46A 231LA 225LA 1LW9A 1DYDA 244LA 2RBRA 4W55A 162LA 1L91A 1C6FA 1L63A 1QT8A 243LA 1G0QA 1L37A 1C6GA 1OYUA 247LA 138LA 1CV3A 4ARQA 163LA 1L99A 257LA 109LA 1L50A 4I7TA 1QTCA 1D2WA 129LA 3HTGA 3V2WA 3HTBA 3SN6R 1C6LA 1EPYA 2RBPA 190LA 3GUKA 1G06A 4ARQB 1LWKA 2B6YA 1OV5A 3FA0A 1ZYTA 3DN1A 2B7XA 1QUDA 186LA 4ARMA 1LYGA 155LA 1T8GA 1L43A 1L05A 104LA 127LA 1L67A 1CUPA 3G3XA 1P3NA 1C6NA 1L02A 4W51A 237LA 1KY1A 1QUOA 2CUUA 1L59A 3GUIA 1L22A 165LA 1PQMA 4ZPUA 1C67A 3DKEX 1QT6A 3V2YA 3GUJA 1QS5A 4ARJA 1CUQA 1DYEA 201LA 1L86A 4I7PA 1CV5A 1L60A 1C62A 1L69A 168LA 188LA 1G07A 1L92A 1L32A 1T97A 1L40A 1CX7A 1L51A 2B70A 3HDFA 1P2LA 1LYJA 2OE9X 2QB0B 1C64A 2B6TA 1L56A 1L89A 240LA 1P64A 141LA 3DN2A 1P56A 3HWLA 1L10A 3HT7A 1SWYA 1C6QA 1L97A 1T8FA 2HULA 1C6KA 1C6DA 1L18A 1PQKA 140LA 1L01A 185LA 219LA 220LA 178LA 1L31A 137LA 4OO9A 1CTWA 1L44A 2RH1A 1QS9A 150LA 1C6BA 3OE6A 1CU3A 143LA 1L83A 2LZMA 1LPYA 2IGCA 156LA 246LA 2B6XA 3DMVA 3HT8A 1L20A 259LA 1SSYA 1OVHA 3C80A 166LA 3CDVA 131LA 4EXMA 209LA 7LZMA 174LA 3DMZA 1D3FA 3C7ZA 3NY9A 1L19A 3HT9A 126LA 161LA 4I7SA 216LA 4W52A 3HTDA 2Z6BA 3L64A 1OV7A 3HU9A 2ANVA 149LA 223LA 2HUMA 5LZMA 1G0MA 1C69A 1C68A 3C7YA 1L17A 3GULA 1L65A 3SB5A 187LA 3PDSA 3SB6A 1KW5A 184LA 4EKSA 1SWZA 191LA 6LZMA 1QUGA 2ANXA 2HUKA 242LA 4W58A 1QTHA 181LA 1L29A 1L49A 3SB8A 3C8QA 4E97A 1L03A 1ZURA 2RB2X 1L06A 1L71A 1QT5A 3CDRA 3GUNA 1G0KA 249LA 4GBRB 1L70A 113LA 1C6TA 1QTDA 2O7AA 3DN8A 230LA 144LA 173LA 3DN4A 3SBAA 4I7OA 2O79A 1CV6A 2OE7X 1C6EA 1L07A 1G0PA 3G3WA 3JR6A 1LYDA 1PQDA 1LYFA 3F8VA 4W56A 1L95A 1C6PA 1CU5A 3DNAA 2F2QA 3K2RA 1KNIA 3GUPA 3OE9A 4EPIA 248LA 1L90A 1D3JA 4I7MA 1L12A 1L84A 1L11A 125LA 1L80A 1LLHA 4W57A 1P7SA 4I7RA 146LA 3L2XA 1L87A 226LA 1XJUA 4ARMB 1L47A 152LA 253LA 3HH4A 175LA 233LA 4EKRA 1LI2A 1L26A 252LA 1L21A 1L38A 1C66A 159LA 235LA 1L15A 102LA 139LA 2B6ZA 1L27A 215LA 3HUKA 1L62A 112LA 158LA 2LC9A 2B75A 107LA 1L96A 1DYCA 214LA 2NTGA 111LA 1L34A 1LGWA 1B6IA 182LA 197LA 1L58A 234LA 157LA 3HTFA 200LA 1G0JA 1T6HA 4DKLA 1D2YA 212LA 1L41A 1L93A 2OTZX 4EJ4A 227LA 2RB0X 256LA 1P46A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3GXKA 4YXCA 5KXMA 169LA 1B7NA 3C8RA 3WW6A 1IP2A 1P37A 1CV4A 4YF2A 1C6JA 1YQVY 1LGUA 1VATA 2RBNA 1UIDA 5APCA 3HUQA 193LA 2RB1X 1NHEA 1LSYA 1P2CC 4EOFA 3QE8A 1GF5A 2BQIA 4IAPA 4DD3A 4WLXA 198LA 5HMVA 4ETDA 4MR1A 3WXUA 3LZMA 4PHIA 3WUMA 1WQQA 1C10A 3LYOA 3HH6A 4N1EI 1WQOA 1QTKA 4LDLA 1L0KA 229LA 3TXIA 1AT5A 1JKCA 1LSZA 3C8SA 1L61A 114LA 5II3A 1F6RA 3OE8A 1KY0A 160LA 3C83A 4B4IA 250LA 3LYTA 210LA 1AKIA 1L35A 1LSPA 4QDNA 4ZEEA 4DD2A 2H5ZA 1D9UA 1BB7A 1LZDA 2ZYPA 2A4TA 1YAPA 2ZIKA 1SX7A 3CT5A 1D3NA 3LYZA 4I7JA 135LA 1UCOA 1F0WA 3TXBA 1L64A 2F32A 4LGKA 4LYZA 5KXWA 2BAAA 1LZCA 1OUAA 1BGIA 1LYSA 3AZ4A 3B0IA 1IP6A 1L75A 1C61A 1GFTA 4IATA 207LA 120LA 1L88A 4DQ7A 1I6SA 2YBNA 1CKHA 4UWVA 171LA 4H94A 4YEMA 1IOCA 154LA 4XENA 2EIZC 4K5YA 1CX6A 2Z39A 5KXRA 1JJ0A 2DQHY 1IEEA 1JTMA 4Z3MA 1LYIA 1PS5A 1B0DA 2CWIA 5B07A 1GF7A 1B5VA 3TXHA 5I4YA 3W3EA 1GB7A 3UONA 3NYAA 3GUOA 4LZMA 3CQLA 1QSAA 4H1PA 1CKFA 1LHIA 5DN5A 1TBYA 1YROA 1NHBA 3FI7A 2OTYX 1J1OY 3VW7A 2DQFC 1QDTA 2MEEA 3AGIA 3HU8A 2B73A 3B0OA 4X3BA 218LA 1IWVA 1L09A 1L24A 1BB5A 1LZGA 4I7KA 1L72A 1GB9A 1L23A 4GRVA 1IP1A 1IY4A 1C6CA 1LJNA 4GCEA 2PC2A 1XEKA 1HENA 1L46A 1LW9A 1JSEA 4W55A 4TTDA 4KT3A 1C6GA 1OYUA 138LA 5HQ1A 1UIBA 2Z2EA 1GD6A 1JIYA 2W1LA 4TUNA 1J1PY 2LYMA 257LA 2G4QA 4KPMA 1L50A 1B7LA 4I7TA 1HMKA 2ZILA 4ARQB 1B7RA 3DN1A 1CJ7A 4IASA 2Z18A 1LYGA 127LA 1L67A 1IOSA 1L02A 1AM7A 1KY1A 1QUOA 4O34A 1L22A 4H9BA 2BQFA 3LZ2A 1C67A 3T36A 1JEFA 1QT6A 3V2YA 1CUQA 1GBSA 2X0AA 4I7PA 3A91A 3WPKA 3KAMA 1QTEA 5KXTA 4WO9A 1G7MC 3WL2A 168LA 1G07A 4J0LA 1P2LA 1YL1X 1GFJA 4H9FA 141LA 1P56A 1L10A 4XJGA 3TXJA 2HECA 1L97A 1LKRA 5E4PA 1JKDA 4HSFA 1C6KA 3W6FA 1C6DA 5APEA 140LA 4N8ZA 219LA 1LZAA 178LA 3WVYA 1OUJA 4P2EA 3W6AA 1RI8B 1WQNA 3OE6A 150LA 1QS9A 143LA 1LPYA 1WTNA 246LA 1JWRA 4WG7A 1SSYA 5D5FA 1JSFA 2YDGA 4LFXA 4OWAA 3CDVA 131LA 7LZMA 1JPOA 3DMZA 132LA 4NWEA 4HJZA 194LA 2Z6BA 1W08A 1EQEA 4BAFA 1LZRA 3GULA 3C7YA 1RCMA 4PJ2C 2H9JA 2DKVA 1REXA 1ZV5L 1KW5A 2LZ2A 3A95A 4EKSA 1LPIA 181LA 2HEFA 5F9UA 1ZMYL 5LVHA 1G0KA 249LA 1GPQC 1L70A 4H9CA 1WQPA 1C6TA 1LSMA 1C45A 5FELA 5LVIA 1C6EA 1L07A 1WVUA 2VB1A 3J6KA 1LYDA 1LJFA 1HSWA 2XBSA 2FYCA 3F8VA 1C6PA 1REYA 1DKKA 4DWXA 3A90A 3K2RA 1YIKA 4NY5A 1L80A 1LLHA 5T3FA 3MGWA 1P7SA 2YVBA 1PZYA 5L3IA 3TXDA 1IWZA 3B72A 1FKVA 2BQNA 4HPIA 152LA 253LA 175LA 1LI2A 1GB3A 8LYZA 1GFEA 1GAYA 1HFZA 4DD7A 1VDTA 235LA 1B7MA 1B7OA 4YOPA 3ULRA 3RNXA 112LA 2LC9A 1LKSA 3A93A 1HF4A 1DYCA 214LA 2LYOA 3N9EA 2MECA 5F9XA 2D4KA 1LZTA 4WM4A 1FLWA 4H93A 4C3WA 3LZTA 212LA 1GDXA 4MSTA 1L41A 1IC7Y 1GEZA 1GB8A 4EJ4A 2Q0MX 2D4JA 119LA 1L16A 1L68A 4S0WA 4LT0A 1HMLA 4GCBA 4H8ZA 4WL6A 3HUAA 1KXYA 1HSXA 1IR8A 1PQJA 4NGOA 3EMLA 2QARC 206LA 2H9KA 1G1VA 4II8A 4OWHA 1FBIX 1GBWA 4WG1A 1L98A 4QEQA 1LSDA 1L25A 5KXXA 228LA 1BHZA 1WTHA 1VDQA 3OK0A 1REMA 1L53A 4NGIA 1KIQC 3C7WA 1LGXA 1ZWNA 4RW1A 2HEAA 1JQUA 5FDJA 2I25L 1DYBA 1QT3A 4DJHA 1DYFA 2DBTA 4A7DA 1AT6A 4PPOA 1OUGA 199LA 1VEDA 1SX2A 3DN6A 4NGLA 1K28A 3ATOA 4NEBA 1LYEA 2XQOA 1HERA 1XGTC 1G0LA 1L77A 4NSIA 1L73A 4I8SA 5KKIA 1L39A 3ODUA 1RFPA 1UICA 1LZSA 1L30A 4FJRA 3AW7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3GXK A;  4YXC A;  5KXM A;  169L A;  1B7N A;  3C8R A;  3WW6 A;  1IP2 A;  1P37 A;  1CV4 A;  4YF2 A;  1C6J A;  1YQV Y;  1LGU A;  1VAT A;  2RBN A;  1UID A;  5APC A;  3HUQ A;  193L A;  2RB1 X;  1NHE A;  1LSY A;  1P2C C;  4EOF A;  3QE8 A;  1GF5 A;  2BQI A;  4IAP A;  4DD3 A;  4WLX A;  198L A;  5HMV A;  4ETD A;  4MR1 A;  3WXU A;  3LZM A;  4PHI A;  3WUM A;  1WQQ A;  1C10 A;  3LYO A;  3HH6 A;  4N1E I;  1WQO A;  1QTK A;  4LDL A;  1L0K A;  229L A;  3TXI A;  1AT5 A;  1JKC A;  1LSZ A;  3C8S A;  1L61 A;  114L A;  5II3 A;  1F6R A;  3OE8 A;  1KY0 A;  160L A;  3C83 A;  4B4I A;  250L A;  3LYT A;  210L A;  1AKI A;  1L35 A;  1LSP A;  4QDN A;  4ZEE A;  4DD2 A;  2H5Z A;  1D9U A;  1BB7 A;  1LZD A;  2ZYP A;  2A4T A;  1YAP A;  2ZIK A;  1SX7 A;  3CT5 A;  1D3N A;  3LYZ A;  4I7J A;  135L A;  1UCO A;  1F0W A;  3TXB A;  1L64 A;  2F32 A;  4LGK A;  4LYZ A;  5KXW A;  2BAA A;  1LZC A;  1OUA A;  1BGI A;  1LYS A;  3AZ4 A;  3B0I A;  1IP6 A;  1L75 A;  1C61 A;  1GFT A;  4IAT A;  207L A;  120L A;  1L88 A;  4DQ7 A;  1I6S A;  2YBN A; 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