4W57A

T4 lysozyme l99a with n-butylbenzene bound
Total Genus 63
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
63
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Endolysin
total genus 63
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w57A00
1L56A 1PQOA 2ANVA 1P2LA 1C60A 228LA 1L64A 1L28A 1P7SA 225LA 2L78A 1OWYA 3HH4A 1L77A 3HU9A 243LA 2RAYX 190LA 235LA 1L15A 4W59A 1QSBA 3SBBC 2LZMA 2B7XA 125LA 1OV5A 2O7AA 2IGCA 192LA 1D2WA 1L08A 102LA 1P5CA 3K2RA 4W55A 139LA 1OYUA 260LA 3OE6A 2Z6BA 3DN3A 1PQJA 1KY1A 128LA 1L24A 3SB9A 1KW7A 1L40A 3PDSA 1CV3A 199LA 1L95A 156LA 4IAPA 1G0JA 1OV7A 1C68A 2OE7X 1EPYA 1K28A 3DMZA 2RBSA 3HU8A 1L90A 166LA 1LYJA 1LGWA 1QT8A 1L57A 1L54A 259LA 3C7ZA 2HUKA 2HUMA 3DN4A 227LA 4S0WA 256LA 3ODUA 1C65A 1LYIA 1CX6A 1G07A 4GBRB 1L32A 3QAKA 1L36A 1L31A 2F47A 1G0MA 4I7LA 198LA 1CV4A 3CDOA 1L14A 3C8QA 2B75A 168LA 1C6BA 3HUQA 161LA 1C6NA 2B6TA 1PQIA 1QUOA 3G3XA 3GUNA 1P56A 177LA 1P3NA 1LYGA 1CV6A 152LA 4ARPA 1DYDA 3HH5A 1L53A 1LPYA 110LA 1L34A 3HT7A 262LA 1QSQA 1P36A 248LA 3HDEA 1L51A 3LZMA 2OE4X 1L23A 1LYDA 1C6KA 1G0KA 2RBQA 4YXAC 4I7QA 3GUKA 1LWGA 1L62A 1CTWA 1QT4A 217LA 1L13A 1QTVA 1L97A 1L16A 4EJ4A 1L49A 2B73A 3C81A 3OE9A 1XJTA 4EXMA 113LA 2OEAX 1CU6A 1C6DA 3DKEX 1CU2A 127LA 2ANXA 164LA 1C64A 2O79A 1L88A 1XEPA 3HDFA 3GUOA 1CUQA 1T8FA 213LA 239LA 1L69A 241LA 3G3VA 3V2YA 3CDRA 3SN6R 2RBOA 3F8VA 144LA 1L96A 2HULA 1D3NA 4W57A 3SB7A 1L72A 212LA 1C62A 201LA 1L68A 4YXCA 171LA 1L43A 1CU5A 120LA 3C7WA 167LA 1C69A 3DNAA 2O4WA 170LA 1C6IA 4ARQA 111LA 224LA 151LA 3C8SA 252LA 226LA 3FA0A 1C6TA 1LW9A 1QTDA 4ARQB 1DYGA 1T97A 214LA 1C6EA 1C6JA 1L05A 2RH1A 4EPIA 1WTHA 1SX7A 1L07A 1L84A 1CVKA 162LA 1L38A 1P2RA 2RAZX 1L44A 1L98A 2LCBA 2OU9A 3HT9A 2RBNA 3HH3A 1L91A 1G0GA 218LA 258LA 247LA 4I7TA 1G0QA 4AQNA 163LA 149LA 2CUUA 3C8RA 2F2QA 3DN2A 126LA 1L82A 1OWZA 140LA 1L58A 1CV1A 138LA 3GUIA 2RBRA 1QS5A 1L37A 1L63A 4PK0A 1P64A 148LE 1L79A 1LYEA 1L47A 1L92A 1L45A 1D3FA 4EKRA 1L81A 3HWLA 1QT5A 1L39A 141LA 1L83A 3NY8A 4EKPA 1JQUA 1P46A 3OE8A 1L89A 4DJHA 1C6LA 1L55A 1C6QA 1L25A 5I14A 195LA 3DMVA 2B74A 3GULA 2RBPA 108LA 176LA 2RB2X 4EKSA 1LGXA 1L01A 4LDOA 1C6GA 3NY9A 1D9WA 150LA 231LA 1L21A 1L22A 200LA 1L17A 1L33A 1L73A 1DYFA 1L76A 1I6SA 1DYBA 103LA 1QUGA 3FI5A 189LA 1L61A 1OVJA 246LA 230LA 3C82A 4I7SA 3HH6A 219LA 3CDTA 1L20A 234LA 4I7NA 2LC9A 1L46A 1C6HA 1L10A 4DKLA 4DAJA 114LA 251LA 1CV0A 1L85A 1LI2A 1C67A 186LA 238LA 1CUPA 211LA 4W52A 1G1WA 3RUNA 109LA 1B6IA 4OO9A 1ZWNA 1L00A 4EPFA 245LA 1D3JA 1QTHA 1L99A 2B6ZA 4GRVA 3CDQA 180LA 142LA 145LA 2OU0X 1L41A 3L2XA 4LDLA 1LGUA 205LA 1PQDA 1CU0A 4W53A 1SSYA 1G1VA 1PQMA 1KS3A 3L64A 221LA 3F9LA 1XJUA 3V2WA 7LZMA 3DN8A 115LA 185LA 1ZYTA 191LA 178LA 1L35A 1KY0A 3C80A 1L06A 1L52A 159LA 1QS9A 160LA 3GUMA 253LA 1L74A 3JR6A 119LA 1C61A 1L59A 220LA 165LA 1L30A 209LA 1P37A 1T8AA 2B72A 1L19A 1PQKA 1QT7A 1TLAA 169LA 1L80A 3FADA 181LA 1L27A 3HT6A 3NYAA 4PJZA 1JTMA 5LZMA 1L48A 3HUKA 129LA 1G0LA 112LA 1L71A 1OVKA 2OTZX 2NTGA 174LA 1SX2A 2RB0X 1L29A 2B6WA 1L18A 1DYCA 2B70A 3D4SA 1QUDA 233LA 4ARMA 3HUAA 3SB5A 1L0KA 2OU8A 2B6XA 255LA 187LA 3HT8A 249LA 3DN0A 4ARMB 137LA 1LYHA 3SBAA 172LA 158LA 1OVHA 1C6MA 1JTNA 1QTCA 157LA 3EMLA 3C83A 1QT6A 3DMXA 3DN1A 1L67A 1P6YA 2Q9DA 197LA 3HTGA 254LA 1L94A 118LA 2Q9EA 1SWYA 104LA 122LA 215LA 3RZEA 1CU3A 143LA 1L66A 2A4TA 147LA 6LZMA 1LI6A 1CV5A 4ARJA 250LA 2OE9X 1DYAA 4I7KA 3HTFA 1C6FA 216LA 1CX7A 4I7MA 3HTDA 3OE0A 1KNIA 4I7PA 1L86A 146LA 4LZMA 1L11A 4EKQA 175LA 1L09A 1DYEA 1L04A 244LA 4W58A 3SB8A 183LA 1NHBA 1L60A 1L12A 4W56A 2F32A 3UONA 4YX7C 1D3MA 229LA 206LA 4LDEA 1QT3A 261LA 4I7RA 1LYFA 3PBLA 3VW7A 240LA 2B6YA 4ZPUA 2OTYX 2QARC 1LLHA 222LA 242LA 184LA 1LWKA 1L02A 1C6CA 1T6HA 1KW5A 1QUHA 173LA 3GUPA 4W54A 4W51A 1QTZA 2RB1X 1SSWA 1G06A 232LA 1D2YA 3SB6A 1C63A 210LA 1L50A 4E97A 1G0PA 1L93A 237LA 3G3WA 130LA 1C6AA 1L42A 1L0JA 1L65A 257LA 1L87A 3DN6A 1L75A 3C7YA 4I7JA 1ZURA 1L03A 4K5YA 188LA 1LI3A 196LA 4I7OA 1SWZA 1L26A 1L70A 3CDVA 123LA 155LA 2QB0B 2NTHA 3HTBA 1C66A 4ARLA 236LA 1C6PA 107LA 1T8GA 182LA 131LA 3GUJA 223LA 1QTBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L56A 2ZQ4A 1P2LA 1C60A 1OUCA 1JKDA 4DWXA 1P7SA 2L78A 1WVUA 3ULRA 1T3PA 1L77A 1LMAA 1VDSA 1GE2A 190LA 7LYZA 235LA 1C10A 1FLUA 1L15A 5HNLA 4AXTA 3SBBC 2LZMA 2O7AA 192LA 3K3TA 1D2WA 5A3EA 3LYTA 5FSTA 1LAAA 1F0WA 2XBSA 1HFXA 1PQJA 1B0DA 207LA 1KW7A 3PDSA 1E8LA 2BQOA 199LA 4N9RA 1LJ4A 1J1XY 156LA 1C68A 1IX0A 2ZQ3A 166LA 5II3A 5D5FA 1QT8A 3A96A 1LZ4A 4L41A 1JPOA 1BB3A 1DPWA 4ETCA 2W1LA 1D6PA 1Z55A 3C7ZA 4GCDA 4B4JA 1CKDA 3DN4A 256LA 1C65A 1GB8A 1LYIA 3ZVQA 4GBRB 1IWYA 1L36A 4IATA 4GLVA 4I7LA 1CV4A 3ZVQB 3B0IA 168LA 1C46A 5LYZA 3A3RX 4ETEA 177LA 1LJEA 1LYGA 152LA 4HPIA 3HT7A 3W6AA 4LFXA 262LA 1IP3A 3GXRA 3G3BB 1NBZC 1LYDA 1G0KA 2RBQA 1WTMA 3TXFA 1L62A 4N0JA 1YROA 1B5XA 3C81A 1XJTA 4ZFPA 5LINA 4EXMA 1JJ3A 2BQBA 3DKEX 1CJ7A 4BADA 127LA 164LA 5FCPA 1F10A 1YILA 5LA5A 2O79A 1L88A 5F9XA 3GUOA 1CUQA 1T8FA 1A4VA 213LA 239LA 3GXKA 1L69A 3EMSA 2F30A 3J4GA 2MECA 193LA 212LA 1C62A 4DD7A 1VDQA 1L43A 1LZ8A 5LVIA 167LA 4NWHA 5HMJA 1NHEA 3WPJA 1QTEA 4B4EA 4H8XA 5KXYA 1C08C 1JUGA 1VEDA 1C6TA 1LW9A 2FBDA 1C6EA 2RH1A 1HFYA 3A67Y 1IOCA 2LCBA 4QDNA 1NF5A 3HH3A 1G0GA 5K7OA 163LA 3CSRA 2F2QA 126LA 1L82A 140LA 4TSBA 1CV1A 138LA 3E3DA 1L37A 1YKXX 1L79A 1QSAA 1GPQC 3KAMA 1L92A 4EKRA 6LYZA 2VB1A 4KPMA 141LA 1QDTA 3NY8A 1G7LC 1LHJA 2G4NA 1GAZA 4LT1A 1UIHA 2DQCY 1QSWA 5I14A 3DMVA 4HJYA 5KXTA 4BS7A 4HPEA 4LGKA 2DBTA 4J0LA 4P2EA 176LA 2RB2X 1L01A 3F6ZA 150LA 1B7SA 1L22A 1GB6A 4LT3A 3WXTA 4XJGA 1P2CC 4IJ4A 1L33A 1AT5A 4H9HA 1LZ6A 1L76A 1MELL 103LA 1GBWA 1HMKA 1F6RA 1KIPC 1L61A 3P64A 4ML7A 1HFZA 3C82A 4I7SA 219LA 1L20A 234LA 2LC9A 1C6HA 1L10A 4GCCA 4DAJA 3D9AC 1C67A 1FN5A 4YF2A 1XGTC 1CJ9A 4Z3MA 109LA 4OO9A 1BWIA 5HLLA 3RNXA 3QY4A 1B7MA 1LHMA 1FLYA 1LMNA 5HQ1A 5B07A 3L2XA 4LDLA 1HERA 1GF5A 1PQDA 1SSYA 1PQMA 1KS3A 3F9LA 1XJUA 7LZMA 191LA 2H5ZA 2DQGY 1LYOA 1KY0A 1L52A 4H94A 3AW7A 4XJDA 5KXKA 3D3DA 5T3FA 1NDMC 5F81A 253LA 2LYMA 4AGAA 3JR6A 1IR7A 1DI3A 1C61A 4WMGA 1YAPA 1LSYA 1L19A 5DN5A 1PQKA 3FADA 1L80A 194LA 2DQEY 1YL0X 2LYZA 3BKHA 1JITA 2BQFA 1B7NA 2RB0X 2B6WA 1LSCA 1DYCA 1QUDA 1DPXA 233LA 2B6XA 255LA 3HT8A 1GHLA 137LA 158LA 1OVHA 1QTCA 154LA 2Y8PA 197LA 3HTGA 2IFFY 122LA 2D6BA 2A4TA 1HHLA 1UIFA 4C3WA 2MEEA 4ARJA 250LA 4I7KA 1QUTA 1VATA 2W1YA 1LSPA 4E3UA 146LA 4LZMA 1L11A 1HELA 4H9CA 1O23A 1AM7A 1L09A 1JTPL 1D0MA 1L04A 4W58A 1YKYX 1DI5A 1GF3A 5A3ZA 1L12A 3UONA 3AW6A 4IASA 1D3MA 229LA 1QT3A 4Z41A 4I7RA 5KJ9A 4WG1A 4Z46A 1LSMA 1QUHA 2LZ2A 173LA 2ZILA 4XADA 2RB1X 1SSWA 3SB6A 1L50A 1B9OA 4NHSA 2YDGA 2MEGA 1L65A 1IOQA 3DN6A 1GB0A 3C7YA 1JKCA 4I7JA 1L03A 4I8SA 3P68A 1LI3A 1B7QA 4I7OA 123LA 155LA 3CT5A 2NTHA 1IOSA 2FYDA 3CB7A 236LA 4NIJA 1LMQA 1T8GA 3GUJA 3BKVA 1LKSA 1PQOA 2ANVA 4H9EA 3W6BA 4KL7A 3AGHA 5C6IA 4O34A 1L28A 225LA 1OWYA 3CT0A 1GB7A 2RAYX 5B59A 1HEMA 2MEIA 3HBEX 1ALCA 4W59A 4YENA 1QSBA 1D9UA 2B7XA 102LA 4W55A 139LA 4MR1A 1OYUA 3WU7A 260LA 2BQMA 3DN3A 1YAMA 4H90A 1GFAA 1KY1A 1L40A 1CV3A 1JSFA 2GV0A 2DQFC 4HSFA 4XENA 1EPYA 3DMZA 3QNGA 3N9EA 1CJ8A 1L90A 4WL6A 1UIAA 4H8YA 4N5RA 4X3BA 1FKQA 4XJHA 1LSZA 1VDPA 4MCKA 2C8PA 227LA 4S0WA 2XBRA 5LA8A 1CX6A 1G07A 1B5VA 1GBSA 1L31A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L56 A;  2ZQ4 A;  1P2L A;  1C60 A;  1OUC A;  1JKD A;  4DWX A;  1P7S A;  2L78 A;  1WVU A;  3ULR A;  1T3P A;  1L77 A;  1LMA A;  1VDS A;  1GE2 A;  190L A;  7LYZ A;  235L A;  1C10 A;  1FLU A;  1L15 A;  5HNL A;  4AXT A;  3SBB C;  2LZM A;  2O7A A;  192L A;  3K3T A;  1D2W A;  5A3E A;  3LYT A;  5FST A;  1LAA A;  1F0W A;  2XBS A;  1HFX A;  1PQJ A;  1B0D A;  207L A;  1KW7 A;  3PDS A;  1E8L A;  2BQO A;  199L A;  4N9R A;  1LJ4 A;  1J1X Y;  156L A;  1C68 A;  1IX0 A;  2ZQ3 A;  166L A;  5II3 A;  5D5F A;  1QT8 A;  3A96 A;  1LZ4 A;  4L41 A;  1JPO A;  1BB3 A;  1DPW A;  4ETC A;  2W1L A;  1D6P A;  1Z55 A;  3C7Z A;  4GCD A;  4B4J A;  1CKD A;  3DN4 A;  256L A;  1C65 A;  1GB8 A;  1LYI A;  3ZVQ A;  4GBR B;  1IWY A;  1L36 A;  4IAT A;  4GLV A;  4I7L A;  1CV4 A;  3ZVQ B;  3B0I A;  168L A;  1C46 A;  5LYZ A;  3A3R X;  4ETE A;  177L A;  1LJE A;  1LYG A;  152L A;  4HPI A;  3HT7 A;  3W6A A;  4LFX A;  262L A;  1IP3 A;  3GXR A;  3G3B B;  1NBZ C;  1LYD A;  1G0K A;  2RBQ A;  1WTM A;  3TXF A;  1L62 A;  4N0J A;  1YRO A;  1B5X A; 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