4W59A

T4 lysozyme l99a with n-hexylbenzene bound
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCAAINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Homologous ligands accommodated by discrete conformations of a buried cavity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Endolysin
total genus 61
structure length 164
sequence length 164
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-08-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4w59A00
2B72A 110LA 1L26A 107LA 3DN8A 1CV6A 1QSBA 4K5YA 147LA 3GUIA 1D3FA 1L64A 1L16A 2B75A 4W55A 243LA 1QSQA 3G3XA 3F8VA 1C6HA 4W54A 2OE9X 1OYUA 1C6EA 184LA 2O7AA 4ARMA 256LA 2OEAX 1L06A 178LA 1G0QA 197LA 2Z6BA 143LA 152LA 1LPYA 1CU2A 2B73A 2RBRA 3C7WA 4W56A 1L98A 234LA 1L27A 118LA 2OU8A 1L52A 1KY1A 4I7TA 5LZMA 1P56A 108LA 4W51A 3GUJA 1C69A 1DYDA 1C6JA 4EPIA 1L25A 3HUKA 165LA 115LA 196LA 1LYGA 1QUDA 1L65A 4I7PA 5I14A 1LYFA 1L54A 251LA 220LA 1CU0A 1L15A 226LA 209LA 1SSYA 2RBNA 3NY9A 231LA 1L47A 1CV1A 1CVKA 1C66A 4EKPA 232LA 103LA 1DYFA 1G0KA 2RBQA 1KS3A 185LA 1P46A 128LA 260LA 126LA 155LA 1L12A 1T8GA 1L49A 233LA 1KNIA 1QTHA 4I7NA 3F9LA 1G07A 127LA 2QARC 3FI5A 2NTHA 1L41A 1L40A 241LA 4I7MA 2CUUA 1CTWA 4W59A 3GUNA 1LW9A 1L24A 3DMXA 1G0JA 3DN6A 212LA 1CU5A 1L75A 1LYIA 1XJTA 3DN1A 1L83A 137LA 1CU6A 1L91A 1T8FA 216LA 2O4WA 3SBBC 173LA 3SB9A 1EPYA 4LDEA 1L44A 211LA 1L30A 1G0GA 1QTCA 4PJZA 2QB0B 3HU9A 1G0LA 3CDVA 228LA 3C8RA 3RZEA 4LDOA 1L90A 214LA 4EKSA 3HT7A 123LA 4W53A 3SB8A 1SSWA 2B6YA 189LA 3HTBA 200LA 191LA 1LGUA 1QTZA 1C6GA 1L81A 192LA 1D2WA 1L14A 2Q9EA 3DKEX 262LA 180LA 3OE0A 201LA 254LA 1KY0A 3C81A 129LA 1C6PA 1L34A 195LA 3RUNA 2RAYX 1OVJA 1L17A 1DYAA 1PQJA 237LA 3QAKA 4W57A 1LGXA 1DYCA 1TLAA 167LA 164LA 1L96A 1CV3A 1K28A 206LA 119LA 199LA 1L0KA 4AQNA 102LA 1LI6A 1DYEA 3HH3A 3OE6A 1D3MA 3SB5A 1L79A 1CX6A 3C83A 1C6CA 255LA 3NY8A 2O79A 4I7JA 1L74A 1LGWA 3HTGA 1L57A 109LA 1L92A 1L02A 1L55A 1ZYTA 158LA 240LA 1L01A 2OE4X 1LYEA 1L58A 247LA 1L08A 1QUHA 3DN4A 122LA 1L77A 222LA 163LA 1KW7A 1QT7A 4DAJA 4YXAC 1L38A 4I7KA 1L0JA 1L72A 3L64A 1L43A 2IGCA 174LA 169LA 1P3NA 258LA 4E97A 4DKLA 1C6LA 1L45A 221LA 2ANXA 2HUMA 1L93A 246LA 242LA 3V2YA 156LA 1OV7A 188LA 141LA 1C6DA 1G06A 245LA 2RAZX 1L04A 1L71A 3SB6A 1L60A 3LZMA 1L20A 2LC9A 3HUAA 1B6IA 3HUQA 4GRVA 3C7YA 3CDOA 144LA 1SWZA 1LWGA 1QT5A 1L19A 1L35A 1L39A 1QTBA 138LA 4ARJA 145LA 3CDQA 1CUPA 1C6MA 3HT6A 1L32A 1L84A 3ODUA 1D9WA 1DYBA 1L70A 236LA 223LA 3HDEA 1C6AA 1L67A 3FA0A 1JTMA 1C65A 1L09A 183LA 3SN6R 142LA 1L46A 2RBPA 4I7LA 1D3JA 3OE9A 3GUMA 1L23A 3DN3A 1LYJA 4S0WA 1OWYA 3G3WA 3GUPA 1T6HA 1OWZA 4LDLA 1QT8A 1P7SA 171LA 3UONA 4W52A 1L37A 1P6YA 261LA 160LA 1XJUA 3L2XA 181LA 112LA 1JTNA 252LA 2LZMA 2NTGA 3HU8A 4YX7C 3CDTA 1L51A 1CX7A 1JQUA 1L97A 239LA 1L87A 1L53A 1L13A 2F32A 1C63A 238LA 125LA 1PQMA 1PQDA 1PQKA 3PBLA 1C67A 213LA 4ZPUA 1D2YA 1P2RA 3C8QA 1L89A 186LA 2F2QA 3HT8A 1L42A 120LA 1CU3A 187LA 1LWKA 227LA 1L69A 2OTZX 3VW7A 217LA 1L07A 1G1VA 4I7RA 1L33A 1C62A 1QT4A 3OE8A 1SWYA 250LA 1CV0A 1C6QA 2HUKA 1QT3A 162LA 1QTVA 4I7SA 166LA 1L62A 2RB2X 1L63A 175LA 1DYGA 1T97A 1L80A 2B6TA 1XEPA 3HH4A 3GUOA 253LA 259LA 1C64A 2OU9A 1LYDA 1L22A 4ARQB 1T8AA 1OVKA 3DNAA 2Q9DA 2B6WA 1G1WA 4I7OA 2OU0X 3GUKA 3CDRA 7LZMA 230LA 4OO9A 1L10A 3HTDA 198LA 1LI3A 3SBAA 1L50A 1L03A 1OV5A 248LA 131LA 235LA 1L73A 2LCBA 146LA 1P5CA 4ARLA 1P37A 1L61A 2B70A 3DN0A 157LA 182LA 2RB0X 148LE 2B6XA 3NYAA 210LA 2B74A 3HDFA 3HWLA 1QS9A 1NHBA 1C61A 4LZMA 2RBOA 139LA 113LA 1ZURA 1C6KA 1P64A 149LA 1CV5A 1L05A 1L95A 1QS5A 1ZWNA 1QUOA 1LYHA 4DJHA 2HULA 4PK0A 224LA 3DN2A 1L36A 1C6IA 1C6TA 3JR6A 1L11A 1CV4A 1SX2A 4EPFA 2F47A 225LA 1P36A 3HTFA 168LA 2RBSA 150LA 161LA 1L88A 1QT6A 4IAPA 1L85A 2B6ZA 1G0PA 4ARQA 1L00A 3C8SA 1QUGA 3C82A 1L31A 4W58A 215LA 4ARMB 4EKRA 1L56A 3HH6A 1L94A 1OVHA 104LA 3GULA 2L78A 4YXCA 3DMVA 3HH5A 249LA 1D3NA 1L29A 1C6BA 140LA 2OE7X 4GBRB 1CUQA 3C80A 257LA 1G0MA 1SX7A 2ANVA 1L86A 229LA 114LA 4EXMA 172LA 1L48A 3SB7A 1L66A 3K2RA 4EKQA 190LA 130LA 2RH1A 244LA 205LA 1L28A 3G3VA 176LA 1C6FA 2A4TA 3FADA 2RB1X 1KW5A 1C6NA 2B7XA 2OTYX 3PDSA 4I7QA 1L59A 1L82A 151LA 1L18A 3EMLA 1L99A 1L76A 3D4SA 177LA 1I6SA 1C60A 1WTHA 219LA 3HT9A 4ARPA 1LLHA 3DMZA 170LA 4EJ4A 1L68A 1P2LA 1LI2A 1L21A 111LA 1QTDA 218LA 1PQIA 1C68A 159LA 1PQOA 3C7ZA 3V2WA 6LZMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HJYA 1A4VA 1L26A 2Z2EA 4W54A 1C10A 4ARMA 1HMKA 256LA 7LYZA 2Z39A 1IWTA 5I53A 2FYDA 1BB3A 4NG1A 4ETEA 1CU2A 2B73A 1LSAA 2OU8A 4UWNA 1YAOA 1N4FA 4J1BA 2I25L 1P56A 108LA 1OUBA 1DYDA 1C6JA 4IJ4A 1VDQA 2N5ZA 5B07A 1C08C 4PHIA 4H9AA 1VEDA 4WO9A 4B4EA 4ET8A 4O34A 1LHKA 1SSYA 1L47A 1IO5A 4EMNA 4L41A 1WQMA 185LA 1P46A 1KNIA 1XEKA 2ZNXY 3J6KA 2NTHA 1L41A 1GDXA 1L40A 1A2YC 1DXJA 3GUNA 1LW9A 4N0JA 3DN6A 212LA 137LA 4QEQA 5KXNA 1EPYA 5KXYA 1L44A 4WLDA 5C6IA 1LZTA 3CDVA 3C8RA 4OWEA 1AT5A 123LA 1IOQA 1GB2A 1B0DA 3SB8A 1LMAA 4IATA 1REYA 1LGUA 1JJ1A 1LZAA 1C6GA 1L14A 4XENA 201LA 254LA 5J7CA 3C81A 1LSYA 4CFPA 1DI3A 4N1CC 3RUNA 5KXWA 1L17A 1DYAA 4XJBA 3LYZA 1VDSA 1K28A 119LA 1WQQA 1I1ZA 102LA 1DZBX 1GFUA 1LI6A 3HH3A 1D3MA 2ZIJA 1EQEA 4NEBA 4DDBA 4HV1A 1LSDA 3FI7A 2BQNA 1LZEA 1L57A 1QTEA 4GN3A 1LJGA 1RCMA 1L55A 4B49A 158LA 4J0LA 1XSFA 5I5QA 4UWUA 5B06A 1QUHA 122LA 163LA 1KW7A 4I8SA 1HSXA 1TEWA 3L64A 1B5YA 169LA 1GAZA 4LYZA 246LA 2HEFA 2ZQ3A 242LA 3V2YA 4G4BA 4U3XB 188LA 4M6DA 4OWAA 4NIJA 3SB6A 1IOCA 3LZMA 3BKVA 4C5FA 4MSTA 1VDPA 5B05A 1FLUA 2HEDA 5KXOA 4GRVA 3CDOA 1GEVA 1VFBC 4DD3A 1L39A 1QTBA 138LA 1XGTC 5KJ9A 1CUPA 1C6MA 3HT6A 4EOFA 1DYBA 1IX0A 1JWRA 1C6AA 2BQCA 1LSPA 1GPQC 1D6QA 1TBYA 1IWVA 5FCPA 4PJ2C 1GHLA 3SN6R 1OUAA 1OUHA 4TSBA 3OE9A 1AM7A 3A93A 4S0WA 3G3WA 2G4PA 1GDWA 4WM2A 1GF7A 2MEGA 4DD0A 3CT1A 160LA 1JKAA 1XJUA 1NKHA 1LMOA 1JKCA 2HTXA 3CDTA 1BQLY 1D6PA 1L51A 1CX7A 1V7SA 3RU5A 1LJNA 238LA 3B0OA 1DQJC 4ZPUA 3C8QA 4H8ZA 4NWHA 186LA 2F2QA 1LHJA 3W6AA 1CU3A 4G4CA 1LWKA 2Z18A 1L33A 4XYYA 4YENA 250LA 1LJFA 3TXJA 4XJDA 1CV0A 2HUKA 4NSHA 162LA 4RLMA 6LYZA 1NBZC 1L62A 1L63A 2LYMA 1RFPA 1LSEA 4ZEEA 2BQKA 5APFA 4YF2A 253LA 1C64A 2OU9A 3RT5X 2HECA 3OK0A 2YVBA 1OVKA 3LHMA 2VB1A 4HV2A 4XADA 1LJJA 1G1WA 4I7OA 1F6SA 1NHEA 4NGKA 3KAMA 1GXXA 1LHLA 5LVJA 1JTTL 1QDTA 1IY3A 1OV5A 248LA 3WMKA 131LA 3AZ5A 5KXTA 1LJKA 2B70A 3G3AB 1WQNA 182LA 2LYOA 2HEAA 1LOZA 1GB5A 1IR8A 1XGPC 2RBOA 1ZURA 4WG1A 1LZGA 1P64A 1L05A 1HEMA 2YBIA 4LZTA 1QS5A 3N9CA 4DJHA 5B1GA 2HULA 4PK0A 3DN2A 4J1AA 1LZ1A 3EMSA 3JR6A 3A3QA 4M4OA 1T6VL 1SX2A 4EPFA 4GLAA 4NHQA 1P36A 1REMA 168LA 4OWBA 3CB7A 2GV0A 3ZVQB 2B6ZA 2W1LA 1UCOA 5F81A 4ARQA 4ET9A 3CSRA 1HF4A 1QUGA 4YEOA 4EKRA 3HH6A 1L94A 2W1XA 2L78A 2NWDX 2DQEY 4NHSA 4GBRB 1O23A 2ANVA 1XEJA 4ANRA 190LA 4GCEA 4LYOA 3CT0A 1GE2A 2BAAA 1C6FA 3FE0A 2ZNWY 5F14A 194LA 2B7XA 1GFHA 4I7QA 2EQLA 4B4JA 1IP2A 4P2EA 3D4SA 4WM5A 5KKJA 1HFYA 4HPEA 4LT3A 1IC4Y 4DQJA 1L68A 1GAYA 3HBDA 1QTDA 1C68A 3C7ZA 4XN6A 2W1YA 133LA 110LA 1G7IC 107LA 3QNGA 4K5YA 3GUIA 1L64A 2BQGA 243LA 3A91A 3A92A 3F8VA 1HEWA 1GFGA 2OE9X 4WM4A 4WO6A 4ETBA 178LA 1JJ3A 2Z6BA 1UIFA 2RBRA 3WVYA 1J1XY 1OUCA 234LA 1L27A 2AUBA 1OUEA 1L52A 4QY9A 1UICA 4EPIA 4LYBA 165LA 3MGWA 5DM9A 1CJ7A 1GE0A 1GB8A 1L54A 4NSIA 4PRQA 231LA 1CV1A 1C66A 103LA 1DI4A 1G0KA 4OOTA 4TTDA 128LA 260LA 126LA 4NFVA 5FEKA 1NDMC 1CKHA 1T8GA 1L49A 1LJIA 3F9LA 2I6ZA 3ULRA 1QUSA 1G07A 3FI5A 3J4GA 2CUUA 1CTWA 4W59A 5A3ZA 1G0JA 1L75A 1L83A 4TX7A 2YBNA 5KXMA 4X3BA 4D9ZA 1L91A 1T8FA 3SBBC 3SB9A 1B7MA 2RSCA 3RW8A 1LPIA 4PJZA 3CT5A 1GBZA 5LYTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HJY A;  1A4V A;  1L26 A;  2Z2E A;  4W54 A;  1C10 A;  4ARM A;  1HMK A;  256L A;  7LYZ A;  2Z39 A;  1IWT A;  5I53 A;  2FYD A;  1BB3 A;  4NG1 A;  4ETE A;  1CU2 A;  2B73 A;  1LSA A;  2OU8 A;  4UWN A;  1YAO A;  1N4F A;  4J1B A;  2I25 L;  1P56 A;  108L A;  1OUB A;  1DYD A;  1C6J A;  4IJ4 A;  1VDQ A;  2N5Z A;  5B07 A;  1C08 C;  4PHI A;  4H9A A;  1VED A;  4WO9 A;  4B4E A;  4ET8 A;  4O34 A;  1LHK A;  1SSY A;  1L47 A;  1IO5 A;  4EMN A;  4L41 A;  1WQM A;  185L A;  1P46 A;  1KNI A;  1XEK A;  2ZNX Y;  3J6K A;  2NTH A;  1L41 A;  1GDX A;  1L40 A;  1A2Y C;  1DXJ A;  3GUN A;  1LW9 A;  4N0J A;  3DN6 A;  212L A;  137L A;  4QEQ A;  5KXN A;  1EPY A;  5KXY A;  1L44 A;  4WLD A;  5C6I A;  1LZT A;  3CDV A;  3C8R A;  4OWE A;  1AT5 A;  123L A;  1IOQ A;  1GB2 A;  1B0D A;  3SB8 A;  1LMA A;  4IAT A;  1REY A;  1LGU A;  1JJ1 A;  1LZA A;  1C6G A;  1L14 A;  4XEN A;  201L A;  254L A;  5J7C A;  3C81 A;  1LSY A;  4CFP A;  1DI3 A;  4N1C C;  3RUN A;  5KXW A;  1L17 A;  1DYA A;  4XJB A;  3LYZ A;  1VDS A;  1K28 A;  119L A;  1WQQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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