4WM1A

High pressure protein crystallography of hen egg white lysozyme at 500 mpa
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 52
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wm1A00
1UA6Y 1YL0X 2XBSA 4NFVA 4GLVA 2N5ZA 4OW1A 4WM5A 1I1ZA 1JISA 1NDMC 3TMXA 3G3BB 4XENA 1G7HC 2IFFY 4NEBA 4OWCA 5HLLA 1GFJA 1JSEA 1LMPA 1B5UA 1GF6A 2BLYA 1H87A 2EQLA 4NHQA 1HEOA 1LKRA 2BAAA 2HEFA 3M18B 4B4EA 5L3IA 1J1PY 4II8A 3TMUA 2BQLA 4M6DA 3A6BY 4PRUA 5F9UA 1IP6A 1JPOA 4L41A 1JSFA 2FYCA 4RLNA 4WLDA 1LMAA 3WULA 1LKSA 1FKVA 4J1BA 4BAPA 5JENB 1B7QA 4TSCA 1DI5A 1CJ7A 5C6IA 1F6RA 4RW2A 1BVXA 2FBBA 1QTEA 1CKFA 4W96A 1UIBA 2DQIY 3AZ7A 1IOSA 135LA 3A3QA 3EO5A 1WVUA 1IP7A 2XJWA 5LVIA 5J7CA 4N1EI 4XYYA 3AGHA 4N8ZA 5LA5A 2MECA 3AW7A 1YANA 4WOAA 5APDA 2DKVA 4GCDA 4DD7A 1GE1A 4N5RA 5DLAA 2G4PA 1RFPA 2DQHY 4DD9A 4G4HA 1BGIA 2AUBA 3B72A 4PPOA 5DL9A 2BQOA 1UCOA 5B05A 1CJ8A 1LJKA 1B0DA 1YKZX 3IJVA 3LZ2A 4TX7A 5L3HA 6LYTA 4I8SA 5IHGA 1LZNA 1BQLY 4XJBA 1GBZA 1DZBX 5HMVA 2EKSC 1GB0A 2MEHA 4TSBA 2RSCA 4NWEA 3WYHA 1GFRA 3WVXA 1LCNA 3HBHA 4IJ4A 4ANRA 5LVGA 4ET9A 1LJNA 3EXDA 2DQAA 1LHKA 3WMKA 2X0AA 4P2EA 3F6ZA 4M4OA 5LIOA 5HQ1A 5M1YA 1GB6A 3AB6A 2I26L 1HNLA 4GN3A 1GF0A 2B5ZA 2CDSA 5KXZA 1HC0A 1JTPL 5E4PA 3LYZA 3WUAA 3FI7A 1XGTC 4HV1A 1XEIA 4N0JA 1QDTA 2MEIA 1CJ6A 4UWVA 1OUHA 1AKIA 1UICA 4QGZA 4ETBA 5KXMA 4J0LA 1B7PA 1KXWA 1LTMA 3BKVA 2ZYCA 1IO5A 1GB3A 2BPUA 4NGIA 5IELA 4FJRA 1GFUA 3A6CY 5ILFA 1QTKA 1GF5A 4NG1A 5A3EA 4NGJA 1DPWA 3BKHA 1A4VA 2Z2EA 3AZ5A 5A3ZA 1GFEA 1UIDA 1GBWA 2Z19A 2C8PA 4WLXA 4DDCA 5APFA 4XN6A 1TCYA 4B1AA 5AMYA 4FDYA 3AZ4A 4C5FA 1GXV2 3A34A 1KIPC 1LSYA 1LAAA 5D5FA 1GBYA 2DBTA 2YSSC 3CT5A 1NKHA 4OWBA 1FLUA 1IEEA 4Z46A 1LZ6A 1XGPC 1JKBA 3CSQA 5LVKA 4ML7A 132LA 1GB7A 2Z38A 3HFMY 4H9BA 1JTOL 4H9IA 1OUFA 1ALCA 194LA 3A3RX 1GD6A 4NG8A 5FEKA 1LZRA 5F9XA 1QSWA 2BQDA 3A90A 4OWEA 1GE2A 4DD0A 4CFPA 1D0KA 1AT6A 3FE0A 3W6EA 1LZYA 1VDPA 2CJLA 2HEAA 1VDQA 2YVBA 3ATNA 1IWUA 4IATA 1IY4A 4LYZA 2D6BA 1YAOA 3GXRA 3QE8A 3A8ZA 1IP3A 2BQBA 1N4FA 3J4GA 2A7FA 4NGKA 4NIJA 2MEGA 1JKDA 1LZ8A 1HEMA 4UWUA 1LSNA 4B4IA 1LJ4A 2Z18A 1HFYA 1JHLA 1GFAA 2BQMA 3CT1A 1KXXA 4WG1A 5II3A 4N1CC 2D4KA 5F14A 1GE3A 4EMNA 4DDAA 3TXJA 3ULRA 4O34A 2ZQ3A 1IR9A 1EQEA 1NDGC 1OUGA 4H1PA 4WM4A 4YENA 1T6VL 1GF7A 1IWVA 2DQGY 1JIYA 4DD2A 5FSTA 1HMKA 4BADA 2C8OA 4DT3A 4ETEA 1NMMA 2FBDA 5KKJA 3HBDA 1OP9B 5HNCA 4OOOA 1V7TA 3B6LA 4H91A 5KXRA 1UIHA 1XGQC 3ZEKA 1IVMA 4XJDA 1REMA 1HMLA 1D0MA 1GFTA 1LHMA 2H5ZA 1TEWA 3AGGG 2Z2FA 4GCFA 5KKIA 1GBXA 1HSWA 1LSGA 1WQMA 1YAQA 2HUBA 2EIZC 4RDSA 3RU5A 4TTDA 1IOQA 3TMVA 4HTKA 1GFHA 4B0DA 4NSJA 1G7IC 2HECA 4AXTA 1OUAA 1GEZA 2NWDX 1GBSA 1REXA 133LA 3K3TA 1IC5Y 4NHPA 1DI3A 1IWTA 1GF8A 1W6ZA 3TXKA 1B5ZA 1GHLA 2FYDA 193LA 1RE2A 1GE4A 3AGIA 5DN4A 1IR8A 2H9JA 1INUA 1UACY 1IC7Y 1C46A 1LSAA 2BLXA 2LYZA 2XTHA 3WPKA 4ETDA 5F16A 1SLYA 1CKDA 2HEBA 2ZWBA 1MELL 2HEEA 2BQEA 3RW8A 1LHLA 4EOFA 4CGEA 4WMGA 4B4JA 3LN2A 1LMNA 5KXLA 1IIZA 4H8XA 1XGRC 3TXHA 3TXEA 1IOCA 1DQJC 4XADA 1AZFA 1LOZA 3WXTA 5I54A 5LYMA 2W1YA 3N9CA 2BQNA 4H8YA 3W6AA 1C45A 5LYTA 1JUGA 1JJ3A 1YQVY 1ZVYB 4LT3A 3WL2A 3CQLA 4GCEA 2YBLA 1LSFA 1FLQA 3J6KA 1REZA 3LYMA 4H9EA 1B7LA 1LSCA 1OUJA 4UWNA 4ETAA 8LYZA 3A96A 5DM9A 1EL1A 2F4AA 2I25L 1NBYC 4N9RA 1LJJA 4LT2A 4NGVA 5DN5A 4NHSA 1GEVA 1UC0A 1P2CC 2BQFA 1LZGA 1OUBA 2IHLA 2W1LA 4G49A 1YILA 1LMOA 4HPIA 4MR1A 5IDDA 1UIGA 1YAPA 1IP1A 1YKXX 1YIKA 3P4ZA 4KXIA 4CFOA 1YKYX 5LINA 1B2KA 1VDSA 5KXYA 2D4JA 1LMTA 2G4QA 4LFXA 1ZV5L 1O23A 7LYZA 3RZ4A 4QY9A 4RW1A 4NWHA 1C08C 4NY5A 5KXOA 1QSAA 1GAZA 3HBEX 4DD3A 3RT5X 2ZYPA 4A7DA 2EPEA 1B7SA 2A7DA 2W1MA 5LAGA 1PZYA 4OOTA 1VFBC 1JWRA 5I5QA 3WUMA 4TWSA 1FN5A 1QUSA 3T36A 4CHXA 2BQKA 1G7JC 4NGZA 3A67Y 4NSHA 3A91A 5B06A 1LJGA 2DQJY 4PJ2C 1LYYA 4LYBA 5C6JA 3LYTA 4WL7A 1VATA 3WVYA 1GB2A 4Z41A 1GDWA 1OQMA 2ZIKA 1HERA 5APEA 1BWJA 3A95A 3ZVQB 2W1XA 1JJ0A 1C43A 1FKQA 1XFPL 1OUIA 1QUTA 1REYA 4HJYA 1BWHA 1NBZC 5KXSA 1HENA 1LJIA 4QDNA 3WU8A 4WG7A 5FHWA 1GFGA 3QNGA 1LZTA 4R6CA 4C3WA 2XBRA 1B5WA 3A94A 134LA 1WQNA 2DQFC 1LZAA 4LT1A 3WU7A 4WM2A 4GN5C 1UIFA 3MGWA 4WM6A 1LZ1A 3W3EA 1GF3A 2LZ2A 4I0CA 2CGIA 1LYZA 3N9AA 5FCPA 4BAFA 4LFPA 4J7VA 2LHMA 3IJUA 5LYZA 1CKCA 2D91A 3P66A 4DYGA 3CSRA 1V7SA 1DPXA 1F6SA 2ZILA 3P65A 4WM3A 1W08A 3VWOA 1GWDA 1B7OA 3EMSA 2Z37A 3RNXA 1GDXA 1IR7A 5KY1A 4NGWA 1DKKA 3TXDA 2DQDY 1KXYA 5ILCA 6LYZA 3CSZA 4YEOA 2ZIJA 1BB3A 4H93A 3CT0A 4LT0A 1HEWA 1HEQA 1F0WA 5B07A 4LYOA 1LZCA 3B0OA 1BB7A 3P68A 1WQPA 4ZFPA 4RLMA 3A93A 1JITA 5D5CA 4GLAA 1LJHA 1LPIA 4W94A 5I4WA 2G4NA 1FLYA 1G7MC 1IP2A 1AM7A 1KIQC 1HEPA 3E3DA 2DQEY 1H6MA 1B9OA 3LYOA 4H8ZA 1LYOA 2VB1A 1YL1X 1LSZA 2HU3A 2YBIA 1B5VA 1GF9A 1PS5A 4ZEEA 3WUNA 5I4YA 1UUZC 1D9UA 4GCBA 4WLTA 4DC4A 4NHIA 4QEQA 2Y8PA 3AYQA 1LSMA 153LA 1NF5A 1LJEA 2F4GA 3WPLA 1HFXA 4DWXA 4HV2A 4ET8A 2LYOA 3ZVQA 1YROA 4HJZA 1HELA 2MEDA 2YBNA 3T6UA 2MEEA 3TXIA 1LSPA 1BHZA 154LA 3IWRA 1CKGA 4YM8A 1HFZA 1B7NA 1LZ4A 1VEDA 3OJPA 5LA8A 5KXKA 1I20A 1XGUC 1LSDA 2ZNXY 1IP4A 1XEKA 1J1OY 2CWIA 1GXXA 4AGAA 3WH1A 3A92A 5FELA 4DD1A 4GCCA 4YEMA 1C7PA 1VDTA 4NGYA 4G9SA 1IOTA 1KIRC 2D4IA 2WARA 1GB8A 4BS7A 4NSIA 1WTMA 3WW5A 2YBHA 1LZBA 2F2NA 2BQCA 2ZNWY 4HTNA 4J1AA 1EQ4A 1XSFA 1CJ9A 1EQ5A 2PC2A 1B5YA 1NQIA 4YOPA 5F81A 2YBJA 1LJ3A 4KT3A 1A2YC 4TUNA 1UBZA 3B0KA 1IWXA 1WQOA 1IWWA 5B1FA 4OWHA 4CJ2A 4LGKA 4Z98A 4XJIA 3N9EA 3G3AB 4HSFA 2DQCY 1JKAA 1DKJA 1GPQC 5FDJA 5LVHA 1HSXA 5KJ9A 2BQGA 4Z3MA 1DI4A 1JTTL 4KL7A 1LSEA 4ZIXA 1D6QA 5I4XA 2LYMA 2Z39A 5T3FA 1LZ5A 2I6ZA 1CKHA 1GAYA 3AW6A 2MEAA 1OUEA 3LZTA 4PGJB 4H92A 2MEFA 3W6DA 1BB4A 5KXTA 4OWAA 208LA 1J1XY 3LHMA 4LYTA 4YF2A 3W6CA 1GFVA 4DDBA 1BB5A 3P64A 1LZ9A 4LZTA 1VAUA 1JJ1A 1YAMA 2BQHA 2MEBA 5KXWA 1GE0A 3B0IA 1UIEA 4MCKA 1OUCA 3EBAB 1B7MA 4G4CA 3AJNA 1LMCA 1GB9A 2HEDA 1LMQA 5B1GA 1ZVHL 1WQRA 4IASA 4NGLA 1IP5A 1LJFA 3KAMA 1CNSA 4WO6A 2HTXA 5K7OA 1TDYA 1GFKA 3WPJA 3ATOA 2LZTA 4R0FA 4NSGA 3TXFA 4HTQA 1RCMA 1NHEA 4XJHA 1BWIA 1FLWA 1LZEA 4H9CA 4PHIA 4LYMA 2Z12A 1DXJA 3CB7A 5HMJA 1TAYA 1HF4A 1JKCA 1QQYA 1C10A 2Q0MX 1WVVA 4H9AA 5APCA 5L9JA 1IX0A 2ZQ4A 4MSTA 1FBIX 4H9HA 1XEJA 2YDGA 2YBMA 3SP3A 1Z55A 3WXUA 4NGOA 5LAFA 1BB6A 4NHTA 1E8LA 4G4BA 4U3XB 5E9RA 1IORA 3QY4A 1LHHA 4E3UA 1RI8B 3W6BA 1LHJA 1OUDA 1TBYA 4D9ZA 4H9FA 3GXKA 1IC4Y 1LZDA 4X3BA 1LZSA 5B59A 5KXNA 5KXXA 3WU9A 1RJCB 1HHLA 2BQJA 3W6FA 4WL6A 1WTNA 2HU1A 3M3UA 4XJFA 1D6PA 2F30A 3TXBA 1LSBA 3D3DA 4KPMA 1GF4A 4B49A 3OK0A 4H90A 1NWGA 4WM1A 1IY3A 1ZMYL 1SQ2L 1B5XA 207LA 1FDLY 4H94A 1WQQA 5EBHA 1AT5A 1UIAA 4GN4A 4WLYA 3TMWA 2BQAA 4HP0A 1LHIA 1LYSA 1D0LA 2BQIA 1JEFA 9LYZA 1T3PA 1IWZA 5LVJA 1QIOA 4LYCA 1GBOA 1G7LC 5C6LA 4HJVA 1F10A 5I53A 3AZ6A 4HPEA 1I56A 4WO9A 5HNLA 3TXGA 1IWYA 1BVKC 1QDRA 1B7RA 4ETCA 2GV0A 3WW6A 5KXPA 2H9KA 1MLCE 4XJGA 5LXWA 1GB5A 4PRQA 3D9AC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YL0X 1QSQA 4GLVA 4WM5A 1I1ZA 1L04A 1LYFA 4I7LA 3G3BB 4NEBA 4OWCA 237LA 1L11A 1GFJA 4I7QA 1H87A 1J1PY 4II8A 1SSWA 1IP6A 1JPOA 3SBBC 141LA 239LA 1BVXA 2B6WA 130LA 4W96A 4ARMB 3A3QA 5LVIA 5J7CA 1LI2A 4N8ZA 5APDA 4DD7A 5DLAA 2DQHY 4G4HA 1L12A 4PK0A 5DL9A 2BQOA 1UCOA 1CJ8A 1LJKA 1LZNA 1CV6A 178LA 3C8SA 4TSBA 4NWEA 146LA 1GFRA 3HBHA 1LPYA 4ET9A 1CU5A 2XQOA 4W53A 1LGUA 3WMKA 201LA 111LA 5HQ1A 3AB6A 2I26L 3GUMA 3DNAA 4K5YA 1GF0A 2B5ZA 1L89A 254LA 1XEIA 4N0JA 1QDTA 165LA 4UWVA 1OUHA 1AKIA 1L43A 4NGIA 1ZYTA 1C6FA 3A6CY 4W59A 1SSYA 5ILFA 1B6IA 5A3ZA 1GBWA 1TCYA 4B1AA 256LA 4FDYA 5AMYA 3A34A 197LA 2YSSC 3GUIA 1XGPC 4ML7A 1OUFA 194LA 1GD6A 1L14A 1LZRA 5F9XA 3A90A 3DMVA 3HWLA 4DD0A 3W6EA 1G1WA 2YVBA 2D6BA 157LA 1YAOA 3GXRA 1IP3A 2A7FA 1LZ8A 104LA 1LSNA 1L86A 1HFYA 5II3A 2D4KA 3TXJA 2ZQ3A 1OUGA 4WM4A 1T6VL 1GF7A 1IWVA 1L36A 5FSTA 1HMKA 240LA 4DT3A 2FBDA 3B6LA 4W56A 176LA 1C6QA 2HUMA 1D0MA 5KKIA 1GBXA 3RZEA 185LA 4HTKA 250LA 1QS9A 1GBSA 1REXA 4S0WA 133LA 4NHPA 1L74A 1RE2A 3AGIA 231LA 225LA 2XTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UA6 Y;  1YL0 X;  2XBS A;  4NFV A;  4GLV A;  2N5Z A;  4OW1 A;  4WM5 A;  1I1Z A;  1JIS A;  1NDM C;  3TMX A;  3G3B B;  4XEN A;  1G7H C;  2IFF Y;  4NEB A;  4OWC A;  5HLL A;  1GFJ A;  1JSE A;  1LMP A;  1B5U A;  1GF6 A;  2BLY A;  1H87 A;  2EQL A;  4NHQ A;  1HEO A;  1LKR A;  2BAA A;  2HEF A;  3M18 B;  4B4E A;  5L3I A;  1J1P Y;  4II8 A;  3TMU A;  2BQL A;  4M6D A;  3A6B Y;  4PRU A;  5F9U A;  1IP6 A;  1JPO A;  4L41 A;  1JSF A;  2FYC A;  4RLN A;  4WLD A;  1LMA A;  3WUL A;  1LKS A;  1FKV A;  4J1B A;  4BAP A;  5JEN B;  1B7Q A;  4TSC A;  1DI5 A;  1CJ7 A;  5C6I A;  1F6R A;  4RW2 A;  1BVX A;  2FBB A;  1QTE A;  1CKF A;  4W96 A;  1UIB A;  2DQI Y;  3AZ7 A;  1IOS A;  135L A;  3A3Q A;  3EO5 A;  1WVU A;  1IP7 A;  2XJW A;  5LVI A;  5J7C A;  4N1E I;  4XYY A;  3AGH A;  4N8Z A;  5LA5 A;  2MEC A;  3AW7 A;  1YAN A;  4WOA A;  5APD A;  2DKV A;  4GCD A;  4DD7 A;  1GE1 A;  4N5R A;  5DLA A;  2G4P A;  1RFP A;  2DQH Y;  4DD9 A;  4G4H A;  1BGI A;  2AUB A;  3B72 A;  4PPO A;  5DL9 A;  2BQO A;  1UCO A;  5B05 A;  1CJ8 A;  1LJK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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