4WO6A

Lysozyme pre-surface acoustic wave
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Precise Manipulation and Patterning of Protein Crystals for Macromolecular Crystallography Using Surface Acoustic Waves.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2014-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4wo6A00
1HEOA 1DI5A 1J1OY 1WQRA 2BQLA 2HEEA 2Z19A 4A7DA 1HFZA 1INUA 4AGAA 5LYMA 4NGVA 4ETDA 5LAFA 1GD6A 4WOAA 4B4JA 1LZ5A 1GAZA 4RLMA 4EOFA 4WLTA 5DN5A 1GHLA 1AKIA 1HMLA 1LKRA 5HMVA 4NG1A 1XEIA 1HEQA 3AB6A 5IHGA 1IOQA 1DPWA 1ALCA 1F10A 3A3RX 1TAYA 5LVGA 4ZIXA 2BQGA 1LZSA 3IWRA 4H8ZA 3D3DA 2WARA 1VDQA 2YBIA 4TUNA 1DI3A 1WQOA 2G4NA 1OUIA 1KIRC 2YDGA 4G4CA 4I0CA 4XJHA 1GF8A 3WVYA 3WUAA 2EIZC 4G9SA 5HQ1A 3F6ZA 3A92A 2W1MA 1BQLY 1Z55A 3W6EA 2ZQ3A 4O34A 2W1LA 3WMKA 4H9AA 1D0LA 1LZ4A 5KKJA 3WPJA 4G49A 1B9OA 4NGIA 2F4AA 3AW6A 1LZ9A 1LZGA 1LZYA 4BS7A 1DPXA 3HBDA 4HJVA 1YAPA 2F4GA 208LA 1LJGA 2C8PA 1GFHA 4NWEA 5FELA 4NEBA 4WM4A 3TXBA 4FJRA 4TTDA 1TDYA 5KKIA 4H8XA 2BAAA 1QDRA 1LZNA 3TXIA 4H1PA 1UIEA 2D4KA 3AZ6A 5ILCA 4GCFA 1LZEA 4H9HA 1UIBA 2EPEA 2Z38A 1LSFA 5B06A 3CQLA 4M6DA 4ETAA 2Z12A 2W1YA 2ZWBA 1GBZA 1IEEA 2CGIA 3WUNA 1GAYA 1WVVA 2XBSA 1PS5A 3WU7A 1GFTA 1B7LA 4H9CA 5E4PA 3ZEKA 5II3A 5J7CA 4H92A 2D91A 2FBDA 3T6UA 1IR7A 4XJFA 3A95A 3EMSA 1UIDA 2C8OA 4XJBA 1B7OA 1G7MC 3W6AA 5I4XA 4B4IA 1BB6A 1YAMA 1ZVYB 4HPEA 4N8ZA 2H9KA 2HUBA 4BADA 4U3XB 5IELA 3GXRA 5B1FA 5KJ9A 1REZA 5FSTA 1B7MA 1DKKA 3TMVA 1WTMA 3WW5A 2A7FA 5LAGA 4RDSA 5I4YA 1NBZC 1CKGA 1IX0A 5DL9A 4OWAA 1OUJA 5LA8A 4WMGA 1FKVA 4DC4A 1IP2A 3HBEX 4HJYA 5KXTA 1OQMA 1LSBA 2MEIA 1VFBC 1C45A 1HENA 2F30A 4MR1A 4IATA 4LYBA 1OUAA 5B05A 2I6ZA 5L9JA 1IC7Y 2GV0A 4UWNA 1XGTC 1IP4A 1JJ3A 1UIAA 2MEBA 3P66A 4G4BA 4B4EA 4XADA 2CDSA 1UUZC 1ZVHL 2BQIA 2ZILA 4NG8A 1XGQC 1C43A 1GB9A 4DT3A 5M1YA 4IASA 1BB5A 1JTPL 1CJ9A 4ANRA 3CSZA 4TWSA 4DD2A 1GB3A 4NHPA 3A67Y 3QE8A 1HFYA 4Z41A 1FLWA 1FBIX 5K7OA 3N9EA 1IORA 1BB3A 1REMA 4HPIA 4J1BA 4HTKA 4B49A 4HTNA 3M3UA 1GFVA 2DQEY 4GN5C 3A34A 1LZCA 3EBAB 3WU9A 4KXIA 3LYOA 3P65A 4B1AA 2CJLA 4UWVA 4I8SA 1JWRA 3B6LA 2BQCA 2BQOA 1BWHA 1RJCB 1DXJA 1GF0A 4MCKA 3D9AC 3LYMA 1UA6Y 2LYMA 2ZIJA 1GF4A 4W94A 2D6BA 4XJDA 1IVMA 3ATNA 4DDCA 1GE3A 1LSMA 1HHLA 4H90A 5B1GA 1NHEA 5KY1A 1OUCA 1T3PA 3IJVA 4FDYA 1GFUA 5HNLA 3RU5A 3TMXA 3RT5X 1LHHA 1XEJA 2DQDY 3W3EA 4J7VA 1HERA 1SLYA 2H5ZA 3TXJA 2N5ZA 3E3DA 4XENA 1YANA 1QUSA 3WW6A 1D0KA 3WVXA 3WULA 4WG1A 3AZ5A 5DN4A 1GF5A 4PPOA 4NHSA 5HLLA 2ZNWY 1RCMA 3VWOA 3W6BA 5KXKA 4H9BA 3A96A 1GB0A 1UIHA 5I5QA 3WU8A 2EQLA 5LVKA 1RE2A 4NGZA 4WM1A 5C6JA 4WO6A 1YIKA 1JKAA 5F9XA 4D9ZA 1XGRC 5DLAA 1HNLA 3BKHA 134LA 4NHTA 1SQ2L 3N9AA 1B7RA 1D0MA 4B0DA 4LFPA 1LSZA 2MEDA 1GFRA 2FYCA 4YENA 3LHMA 1H6MA 1B7QA 1GXXA 1IP3A 4NGOA 1WTNA 3A3QA 1UICA 3LZTA 1IR9A 1EL1A 5F81A 1LZRA 2DQFC 207LA 1I56A 1GFJA 1JKBA 1W08A 4OOOA 1EQ4A 2ZNXY 4CHXA 1GE2A 4WM6A 3TXGA 4LZTA 1ZMYL 1NMMA 4R6CA 2BPUA 3AGIA 1LZ1A 2MECA 1MLCE 4QGZA 2LYOA 4DYGA 1QSWA 135LA 5LINA 3QY4A 1YL1X 1IO5A 5KXRA 1LJFA 1GB5A 2DQGY 1D9UA 1KIQC 2Z39A 4GCBA 4OOTA 4MSTA 5B07A 1C46A 1LYOA 4QEQA 3RZ4A 1GF6A 5E9RA 1D6QA 2W1XA 1I1ZA 1IY3A 1JKCA 1CKCA 1LJJA 5A3EA 3HFMY 4DD7A 2DKVA 4H8YA 3AGHA 1LZ8A 1KXWA 5LIOA 4LT3A 1QIOA 4NSHA 1PZYA 1BHZA 1C08C 1CJ7A 3B72A 1NDGC 1LOZA 4N0JA 1UCOA 4ET9A 2MEAA 4YEOA 4EMNA 3IJUA 4OWEA 1JITA 2DQHY 3CSRA 2IHLA 1GWDA 4P2EA 4WL7A 1LKSA 4LFXA 3CSQA 3AYQA 3AW7A 5FEKA 4TSCA 1J1XY 1TCYA 2HEDA 1IC4Y 5LVIA 3T36A 1HEMA 1QTEA 2BQEA 1GBOA 2I26L 4GCCA 1LMTA 2BQFA 3WPKA 1JPOA 1LZDA 3GXKA 1HC0A 1XGUC 1I20A 4Z46A 1GBXA 1IWYA 3HBHA 4NHIA 1LMPA 5APDA 1C7PA 2ZQ4A 193LA 1V7SA 1JHLA 4NGJA 4KL7A 1G7LC 1H87A 1HF4A 1NWGA 4H93A 4NGWA 5DM9A 1GF9A 4WLDA 5EBHA 2BQHA 1TBYA 1YKXX 3ZVQA 2YBNA 4M4OA 1LHMA 2FBBA 4OW1A 4GCDA 1RI8B 2BQMA 1BVKC 1GFKA 1WQQA 1YAQA 1YQVY 4NGYA 3TMUA 1KXYA 1QDTA 3TXDA 8LYZA 5HNCA 3A8ZA 4DWXA 4ET8A 2YBLA 4LYZA 4QY9A 5APCA 1LZAA 4H9FA 2Z2EA 1G7IC 1AM7A 1B2KA 1HSWA 1LSYA 1P2CC 1UIFA 1G7HC 1LJNA 1LSAA 1O23A 3A6BY 3AZ7A 1LMCA 4W96A 4WM5A 1VDPA 1YKYX 2MEEA 4HTQA 1DKJA 4NGLA 1JSEA 4WO9A 4YF2A 1LMNA 3WPLA 1A2YC 2YBHA 4LGKA 1QUTA 4LT0A 3W6DA 4C3WA 1JJ1A 1GDXA 4DD0A 1UACY 4H94A 3G3AB 2VB1A 4BAPA 6LYZA 1IOCA 1YKZX 3QNGA 1OUBA 5LYTA 1AT6A 3KAMA 1CKDA 2A7DA 3TXEA 4DD3A 154LA 1LYSA 4CGEA 1B5XA 1B5WA 4WLYA 4G4HA 4ETBA 133LA 1IY4A 1HELA 1C10A 2AUBA 2BQNA 4DD1A 2ZIKA 5C6LA 1OUDA 1IP7A 1XSFA 4N1EI 4N5RA 4ZEEA 5B59A 2IFFY 5C6IA 2HEBA 3ZVQB 5JENB 1GFGA 1IP1A 1JJ0A 4PJ2C 5AMYA 1VAUA 5KXSA 4OWHA 5F9UA 1CJ8A 1LSNA 3J4GA 5KXNA 3TMWA 1EQEA 1BWJA 1GEVA 1QTKA 3A6CY 4LYCA 1GBWA 1IOTA 1HSXA 4GN4A 4YEMA 4ML7A 1REYA 4NWHA 4CFOA 1N4FA 7LYZA 4WLXA 1LJKA 1JUGA 2LZ2A 2YSSC 1IIZA 1OP9B 2DQJY 9LYZA 1BGIA 2MEGA 2XTHA 5KXLA 5F16A 1G7JC 1BB4A 1DQJC 1B5VA 1OUFA 1LHJA 4NSIA 3EXDA 3B0IA 2HEFA 4RLNA 5APEA 1B7SA 1OUEA 1LJHA 1HEPA 1NF5A 2LHMA 4HJZA 4ETEA 1GBSA 1LHKA 3P64A 4J1AA 5KXPA 3WXTA 1LYYA 1JKDA 1FLQA 2HU1A 3G3BB 4NY5A 5APFA 5I53A 5LVHA 1NKHA 3LYZA 4KPMA 1V7TA 2YBJA 4DDBA 3ULRA 2YVBA 1VDTA 1GB7A 1BVXA 2LYZA 1QQYA 1FLYA 1WQMA 1HMKA 4YM8A 4RW2A 1GFEA 5FCPA 4BAFA 4X3BA 1GE1A 1UC0A 1HEWA 1LJIA 1YILA 1LJEA 2XBRA 2ZYCA 1CKFA 4XJIA 4H91A 4C5FA 5FHWA 4II8A 1J1PY 1F6RA 1RFPA 5KXYA 1LMAA 1CKHA 1GB6A 1B5YA 1VDSA 4XYYA 4GLVA 3MGWA 1E8LA 1W6ZA 1KXXA 1JIYA 1GXV2 1GFAA 2D4IA 2HTXA 5L3HA 2YBMA 1WVUA 5F14A 1F6SA 1LSDA 5I4WA 2BQJA 4KT3A 1GE4A 4LT1A 5D5FA 3A91A 1WQPA 4GLAA 1LZTA 4NHQA 5A3ZA 1IC5Y 4R0FA 2FYDA 5LYZA 4WM2A 3WH1A 1XFPL 4XN6A 4DD9A 1YROA 1IWWA 1VEDA 1LZ6A 4H9EA 1FKQA 4QDNA 3TXHA 1B7PA 3ATOA 3WUMA 5KXXA 1JISA 3W6FA 4N1CC 3RW8A 3LYTA 3OJPA 5LXWA 4PGJB 2BQDA 4NIJA 4AXTA 194LA 4NSJA 4CJ2A 1IWZA 3FE0A 1LSGA 5KXOA 1GPQC 1B7NA 2BQAA 2B5ZA 1LJ3A 1IR8A 1IP5A 3AGGG 2BLYA 3B0OA 1GB2A 2NWDX 4LYTA 1KIPC 5LVJA 5LA5A 4ETCA 1GEZA 1OUGA 2D4JA 3FI7A 2I25L 1LCNA 2HECA 1IOSA 3AJNA 4OWBA 3WXUA 2ZYPA 5I54A 2DBTA 3N9CA 1ZV5L 1JSFA 2H9JA 1BB7A 3A94A 4E3UA 2EKSC 6LYTA 3LN2A 1LHLA 1OUHA 2MEHA 1LSPA 2Y8PA 4Z3MA 3OK0A 4TX7A 1JEFA 1A4VA 1JTTL 1LSCA 3TXKA 153LA 1IP6A 4NSGA 3CT1A 1B5UA 5KXWA 1NBYC 2BQKA 3A90A 3CT5A 3J6KA 4LT2A 1NQIA 1WQNA 1YL0X 3K3TA 1LPIA 1DZBX 1AT5A 1XGPC 2HEAA 2Z2FA 4N9RA 4PRUA 5T3FA 2G4PA 2MEFA 3CT0A 1AZFA 1UBZA 4GN3A 1QSAA 1IWVA 3AZ4A 4HP0A 1FLUA 4OWCA 4DDAA 1YAOA 4H9IA 1UIGA 1DI4A 2BQBA 2Q0MX 4HSFA 1GF7A 1LSEA 1TEWA 2Z18A 132LA 3LZ2A 2Z37A 4J0LA 1GB8A 1B0DA 1GBYA 3WL2A 4IJ4A 4ZFPA 1REXA 1LMOA 4RW1A 1NDMC 4WM3A 5ILFA 1LJ4A 4HV1A 1FN5A 2X0AA 1IWXA 3BKVA 1LZBA 4GCEA 1EQ5A 1F0WA 2DQAA 1LAAA 4PRQA 1CJ6A 2DQIY 5L3IA 1LMQA 2F2NA 3WYHA 1XEKA 2XJWA 2PC2A 4TSBA 5IDDA 4LYMA 2LZTA 1FDLY 3P4ZA 4NFVA 2BLXA 5HMJA 1GF3A 3B0KA 1T6VL 2CWIA 3EO5A 4NGKA 1MELL 5FDJA 1IWUA 2DQCY 4HV2A 1IWTA 1GDWA 4XJGA 2G4QA 3CB7A 3RNXA 1D6PA 1VATA 3P68A 4LYOA 3SP3A 1JTOL 3TXFA 4YOPA 4L41A 5KXZA 5D5CA 1B5ZA 4Z98A 3W6CA 1CNSA 2HU3A 2RSCA 5KXMA 4PHIA 1LYZA 4WL6A 1LHIA 1BWIA 1HFXA 4WG7A 4CFPA 3M18B 3A93A 1LTMA 4UWUA 1GE0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3C7WA 224LA 2BQLA 4A7DA 5LYMA 4ETDA 1GD6A 4WOAA 2OE4X 1GHLA 5HMVA 1IOQA 1LYHA 1TAYA 1L22A 1LZSA 4H8ZA 2WARA 4IAPA 4TUNA 1DI3A 1WQOA 2G4NA 1OUIA 1L37A 2YDGA 198LA 4I0CA 4G9SA 1DYDA 2W1MA 1BQLY 1Z55A 3W6EA 4H9AA 5KKJA 4G49A 1L43A 4NGIA 3HBDA 1C6PA 4HJVA 1L10A 5FELA 104LA 2QB0B 1LZNA 3AZ6A 5ILCA 4GCFA 4H9HA 1UIBA 2EPEA 1LSFA 5B06A 4ETAA 1LGUA 1GBZA 1GAYA 1WVVA 139LA 4H92A 1L39A 2FBDA 1G7MC 1QT6A 1CV4A 4B4IA 1L02A 2QARC 2H9KA 5IELA 2Z6BA 1L05A 252LA 2A7FA 5I4YA 1NBZC 5LA8A 167LA 4WMGA 1C6DA 1KY0A 4DC4A 3OE9A 1IC7Y 2GV0A 4UWNA 1UIAA 2ZILA 1G0PA 1L59A 1XGQC 1C43A 5M1YA 1BB5A 4ANRA 4GBRB 1L98A 4TWSA 4DD2A 1GB3A 108LA 3A67Y 3QE8A 1FBIX 1L0JA 235LA 1IORA 1BB3A 1REMA 1L71A 3M3UA 1GFVA 3A34A 3EBAB 4KXIA 3P65A 3L64A 201LA 1DYFA 1D3JA 2CJLA 3B6LA 1RJCB 1PQJA 1QTBA 1UA6Y 2RBSA 1L55A 4XJDA 3SB6A 4H90A 145LA 5B1GA 115LA 1L56A 3RT5X 2DQDY 4J7VA 1HERA 3TXJA 4XENA 3DMZA 1T6HA 3WULA 6LZMA 4WG1A 3AZ5A 4NHSA 3DMXA 3W6BA 1DYBA 1GB0A 3JR6A 5LVKA 1LGWA 1RE2A 5C6JA 3HT9A 218LA 156LA 1JKAA 5F9XA 4NHTA 4B0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HEO A;  1DI5 A;  1J1O Y;  1WQR A;  2BQL A;  2HEE A;  2Z19 A;  4A7D A;  1HFZ A;  1INU A;  4AGA A;  5LYM A;  4NGV A;  4ETD A;  5LAF A;  1GD6 A;  4WOA A;  4B4J A;  1LZ5 A;  1GAZ A;  4RLM A;  4EOF A;  4WLT A;  5DN5 A;  1GHL A;  1AKI A;  1HML A;  1LKR A;  5HMV A;  4NG1 A;  1XEI A;  1HEQ A;  3AB6 A;  5IHG A;  1IOQ A;  1DPW A;  1ALC A;  1F10 A;  3A3R X;  1TAY A;  5LVG A;  4ZIX A;  2BQG A;  1LZS A;  3IWR A;  4H8Z A;  3D3D A;  2WAR A;  1VDQ A;  2YBI A;  4TUN A;  1DI3 A;  1WQO A;  2G4N A;  1OUI A;  1KIR C;  2YDG A;  4G4C A;  4I0C A;  4XJH A;  1GF8 A;  3WVY A;  3WUA A;  2EIZ C;  4G9S A;  5HQ1 A;  3F6Z A;  3A92 A;  2W1M A;  1BQL Y;  1Z55 A;  3W6E A;  2ZQ3 A;  4O34 A;  2W1L A;  3WMK A;  4H9A A;  1D0L A;  1LZ4 A;  5KKJ A;  3WPJ A;  4G49 A;  1B9O A;  4NGI A;  2F4A A;  3AW6 A;  1LZ9 A;  1LZG A;  1LZY A;  4BS7 A;  1DPX A;  3HBD A;  4HJV A;  1YAP A;  2F4G A;  208L A;  1LJG A;  2C8P A;  1GFH A;  4NWE A;  5FEL A;  4NEB A;  4WM4 A;  3TXB A;  4FJR A;  4TTD A;  1TDY A;  5KKI A;  4H8X A;  2BAA A;  1QDR A;  1LZN A; 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 1A4V A;  1JTT L;  1LSC A;  3TXK A;  153L A;  1IP6 A;  4NSG A;  3CT1 A;  1B5U A;  5KXW A;  1NBY C;  2BQK A;  3A90 A;  3CT5 A;  3J6K A;  4LT2 A;  1NQI A;  1WQN A;  1YL0 X;  3K3T A;  1LPI A;  1DZB X;  1AT5 A;  1XGP C;  2HEA A;  2Z2F A;  4N9R A;  4PRU A;  5T3F A;  2G4P A;  2MEF A;  3CT0 A;  1AZF A;  1UBZ A;  4GN3 A;  1QSA A;  1IWV A;  3AZ4 A;  4HP0 A;  1FLU A;  4OWC A;  4DDA A;  1YAO A;  4H9I A;  1UIG A;  1DI4 A;  2BQB A;  2Q0M X;  4HSF A;  1GF7 A;  1LSE A;  1TEW A;  2Z18 A;  132L A;  3LZ2 A;  2Z37 A;  4J0L A;  1GB8 A;  1B0D A;  1GBY A;  3WL2 A;  4IJ4 A;  4ZFP A;  1REX A;  1LMO A;  4RW1 A;  1NDM C;  4WM3 A;  5ILF A;  1LJ4 A;  4HV1 A;  1FN5 A;  2X0A A;  1IWX A;  3BKV A;  1LZB A;  4GCE A;  1EQ5 A;  1F0W A;  2DQA A;  1LAA A;  4PRQ A;  1CJ6 A;  2DQI Y;  5L3I A;  1LMQ A;  2F2N A;  3WYH A;  1XEK A;  2XJW A;  2PC2 A;  4TSB A;  5IDD A;  4LYM A;  2LZT A;  1FDL Y;  3P4Z A;  4NFV A;  2BLX A;  5HMJ A;  1GF3 A;  3B0K A;  1T6V L;  2CWI A;  3EO5 A;  4NGK A;  1MEL L;  5FDJ A;  1IWU A;  2DQC Y;  4HV2 A;  1IWT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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