4XJBA

X-ray structure of lysozyme1
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4xjbA00
5DN4A 1IP6A 4NG8A 1GBSA 1LJGA 3T36A 1XGQC 4AGAA 1AT5A 4N1CC 8LYZA 5HQ1A 5I4YA 4GCEA 3LN2A 5I54A 3W6DA 4DD7A 4OWEA 4H8ZA 1LYYA 4J1BA 2Z12A 5FDJA 3QNGA 5B07A 4ZEEA 1LSBA 3BKVA 4ETDA 4LGKA 1V7TA 3TMVA 1AKIA 5JENB 3ATNA 3KAMA 2Z37A 3WXTA 4FDYA 3WUAA 4H8XA 4NY5A 2HTXA 2XJWA 2MEAA 1CKDA 1TAYA 3RZ4A 4OOOA 1BB3A 4LZTA 3B0OA 5LVKA 3WPJA 1BB6A 2DQHY 1QUTA 4CFOA 1SLYA 1D6PA 2DQAA 3A6BY 1IO5A 3LYOA 1GE3A 4HSFA 4W94A 1JITA 1WQOA 2YBNA 3LZ2A 1UCOA 4XYYA 4BAFA 1WVUA 4ETAA 3ATOA 1B5UA 2D4IA 5DN5A 2DQFC 1TEWA 4DT3A 4WMGA 4FJRA 1VATA 5I4XA 1IOQA 2FYDA 4NHPA 1HEMA 2H5ZA 4WM5A 3TXHA 3J6KA 1IP5A 1B7RA 1OUAA 1XEKA 2BQLA 2EPEA 1LJHA 3AW6A 3P68A 4X3BA 5DL9A 1DZBX 2LYMA 4DDAA 3AGGG 1O23A 1C7PA 4NHQA 1LJNA 4CGEA 1UA6Y 1P2CC 4H93A 1KXXA 1QDRA 4XJFA 1B5WA 4KPMA 2DQIY 3A67Y 3FI7A 3LHMA 4C3WA 4DD1A 1B7PA 3AGHA 1NMMA 4LYZA 1LSMA 2CDSA 1CKGA 4J7VA 4QEQA 4H1PA 4DDCA 5L3IA 1IP2A 1HFYA 1NQIA 1FLWA 1VAUA 5B05A 1JPOA 2ZQ3A 5J7CA 3QY4A 2BQKA 1LZSA 3A94A 3LYTA 2DQEY 3AB6A 4WLDA 1E8LA 3B0KA 3CSRA 4G4CA 1QTEA 4XENA 4BADA 3ZVQA 2I26L 2BQEA 2LYZA 3CSZA 3VWOA 5F9UA 2YBLA 4PJ2C 1BB4A 3A93A 2X0AA 1YQVY 3N9AA 4H8YA 4IASA 5A3EA 1IY3A 5HLLA 3TXGA 3A90A 4OWBA 4NSJA 1QDTA 1GF3A 1UACY 1HMKA 1ZMYL 1LJKA 1LJ4A 1GHLA 1GE4A 3AZ6A 1OQMA 1B7NA 1LZ5A 1NKHA 1MELL 1WTNA 4ETCA 2EKSC 1LMPA 1ZVYB 1CKHA 1PZYA 2BQAA 1GB3A 4IJ4A 2ZYPA 2BAAA 4B4IA 2DKVA 4LYTA 2A7DA 4LYCA 4XJBA 1JTTL 1LKSA 5D5FA 1CNSA 4B0DA 3EBAB 4GN5C 9LYZA 1YROA 5FHWA 1FDLY 1IWXA 1DQJC 193LA 5L3HA 5AMYA 1NBZC 4NHTA 4H90A 1LJEA 4NWEA 4PGJB 5KXZA 3TXJA 4OWHA 2BQCA 4BAPA 3EXDA 6LYZA 5KKJA 1HFXA 2HEDA 4H9CA 4RDSA 4Z46A 4RW2A 3CT5A 5LA5A 1G7HC 1OP9B 4OWCA 1IWTA 4WL6A 1GF5A 1GF7A 1RFPA 1IWWA 1VDQA 5LVGA 3GXKA 1XEIA 2D4KA 4ML7A 3RNXA 1UUZC 5T3FA 1GFTA 4C5FA 4GCFA 4WG7A 1LYZA 3RT5X 4GLAA 1FKVA 1LSYA 3WPKA 1BHZA 3A96A 1INUA 4GCBA 4WM2A 1B7OA 2YDGA 3W6CA 1B2KA 1GE2A 2W1YA 1GE1A 3K3TA 3RU5A 1LSGA 5ILCA 3TMXA 1T6VL 2WARA 2YVBA 4MR1A 1D0MA 1BQLY 1LZ8A 2CJLA 4BS7A 5A3ZA 1LJ3A 1LYOA 1LHMA 1UC0A 1HSWA 4LT2A 4LYBA 1LHHA 1LSPA 3A95A 4HV2A 1J1PY 4I8SA 1JIYA 4DD2A 4OOTA 1OUHA 1W6ZA 1YANA 1BVKC 2F4GA 5C6JA 4WLXA 4G4BA 4L41A 1GFEA 3G3BB 1B7MA 2BQGA 4XADA 4QY9A 1IWZA 1GXV2 1NWGA 1QIOA 1D9UA 4GLVA 4H9HA 1G7JC 4G4HA 4ET9A 4ZIXA 2C8OA 1Z55A 3GXRA 1D0LA 1RI8B 1GB2A 1QTKA 5DLAA 1HC0A 1IIZA 4WM6A 5KXOA 4R0FA 1C43A 1LZDA 4NSIA 1LZ4A 2HUBA 3WL2A 1IWUA 4B49A 1GF0A 1B7LA 2ZQ4A 4GN4A 1LMTA 1UIBA 2ZNXY 4LYOA 4H9IA 4ETEA 5KXXA 5EBHA 1FLQA 3FE0A 1GAYA 1LJJA 5B06A 1BWJA 3N9EA 1G7LC 3A3QA 3WH1A 1GFVA 1HEOA 1V7SA 1CJ9A 1ZVHL 1UIFA 1BWIA 2HEBA 2Z18A 1WQQA 2LYOA 1GAZA 1CJ7A 4QGZA 5C6IA 4DC4A 5II3A 5K7OA 4XJGA 1GF6A 3WPLA 1LMOA 194LA 1DPXA 1C08C 1DI4A 3AYQA 2YBHA 1BGIA 1VFBC 2YBMA 2Z2FA 1C45A 1GBXA 1GFJA 1GFAA 1IP3A 4NGYA 1CJ6A 1TDYA 3LYMA 2BQNA 4YENA 3A91A 4LT1A 1GB9A 1C46A 5APCA 3W3EA 4EMNA 1HENA 1JWRA 1RCMA 4UWUA 2I6ZA 2MEIA 1IC5Y 5KXLA 153LA 4LT3A 5LINA 3QE8A 1GBOA 2D91A 1YAMA 1OUEA 2HU3A 1GFHA 1REMA 5E9RA 1YKZX 3HBEX 1IP1A 5IHGA 1KIQC 2N5ZA 2Q0MX 2PC2A 4H92A 7LYZA 5KXPA 2YBIA 4KL7A 1BVXA 1WQNA 3WUNA 1IC4Y 5LYZA 5KXWA 5LIOA 4HJVA 4DD0A 1I56A 2XTHA 4NGJA 3P64A 1IOCA 4HPEA 4Z98A 5HMVA 3W6BA 4PPOA 1GB7A 4NGWA 4RLMA 5ILFA 4AXTA 4WG1A 5KXKA 1IP7A 1IC7Y 1RJCB 1WQMA 2GV0A 3AJNA 4TTDA 3WUMA 1QSWA 1G7MC 3MGWA 1GF9A 1DI3A 4PHIA 1LSCA 3A92A 1YAOA 3ZVQB 1C10A 4YF2A 4TUNA 1G7IC 1YKXX 1GD6A 4QDNA 3CB7A 1OUDA 1DKKA 2FBDA 4GN3A 1N4FA 4DDBA 5C6LA 1LZAA 2HEEA 1IOSA 4NFVA 1LKRA 5LXWA 1YL0X 2DBTA 1F10A 5I53A 1YIKA 3F6ZA 3IWRA 1GFKA 2DQDY 3AZ5A 1LZCA 1DI5A 1RE2A 1VEDA 1A2YC 1HMLA 2CWIA 3D9AC 4RW1A 4YEOA 5LAGA 4CFPA 1OUFA 1EL1A 1LSAA 2ZNWY 1XGRC 3AGIA 1XGPC 2LHMA 1LSNA 1IOTA 4TSCA 1DKJA 3CSQA 3IJUA 4WM3A 4DYGA 1IORA 1FN5A 1OUCA 5LVIA 1LZNA 1LMNA 3TXFA 1FKQA 2YSSC 4P2EA 4TX7A 2MEEA 2D6BA 4WLTA 2Z19A 3HBHA 2AUBA 4DWXA 2BQFA 2ZYCA 4N8ZA 1JSEA 1ZV5L 4Z41A 1IEEA 3TXEA 1JJ0A 1YKYX 4NGZA 4ETBA 4B4JA 2B5ZA 1LZ6A 4N1EI 3WW5A 2MEHA 3ZEKA 2C8PA 1KIPC 1LTMA 1LZBA 1GEVA 1BB7A 1LSDA 3M18B 2XBRA 3ULRA 3OK0A 4TWSA 1YAQA 3CQLA 207LA 4H9FA 1NDGC 3T6UA 4YEMA 1DXJA 2ZILA 1IWVA 1LMCA 5LAFA 2LZTA 1BB5A 4MSTA 1JKCA 1EQ4A 1LMQA 2MEGA 3TXIA 5I4WA 5KXTA 2ZIKA 4GCCA 1GEZA 5FSTA 1NBYC 5IELA 1I1ZA 2BQMA 2D4JA 3AW7A 5I5QA 5F81A 1JUGA 1HNLA 4A7DA 4LYMA 4XJHA 1JJ3A 2HU1A 2Y8PA 3LYZA 3CT1A 1UIGA 1UICA 5HNLA 4NSGA 1UBZA 1GFRA 1EQ5A 1HHLA 1LHLA 4EOFA 1GXXA 2BQHA 1NDMC 2NWDX 4G9SA 1LSFA 4HTKA 1J1OY 135LA 3WU9A 4ANRA 1CKCA 3HBDA 4UWVA 5KXMA 3WVXA 1IY4A 1OUJA 2EQLA 5F9XA 4CJ2A 5KXRA 4LFPA 2BQBA 4NWHA 1UIAA 1IR9A 4NGKA 3OJPA 6LYTA 1CJ8A 1GPQC 4NGVA 3SP3A 4YOPA 4N0JA 5HNCA 1LZ9A 1JTOL 4WM4A 1GB5A 4LFXA 3P65A 1HELA 3M3UA 4B1AA 3E3DA 1IX0A 3WULA 1H87A 1VDSA 3RW8A 2MEDA 1B5YA 1AT6A 1LCNA 3WVYA 5LYTA 4I0CA 1IR7A 1I20A 1LOZA 4WO9A 5KJ9A 2DQJY 3TMUA 1JKAA 4H94A 1KXWA 5KXSA 1GE0A 1BWHA 3HFMY 5LVJA 1OUGA 1JISA 1ALCA 1B5ZA 1GB6A 1QUSA 3WU8A 2DQCY 4N5RA 5E4PA 4UWNA 3AZ4A 5APDA 1JKDA 2HECA 1JKBA 1FBIX 5HMJA 1JSFA 1HEPA 2MECA 4OW1A 4B4EA 2MEBA 1KXYA 5KXNA 1JTPL 4HJYA 3TXKA 1GFUA 5KXYA 1UIHA 1W08A 1AM7A 4NGIA 2MEFA 5F14A 2XBSA 1UIDA 3P4ZA 4KXIA 5LA8A 1NHEA 3A6CY 1B7QA 1JJ1A 4J0LA 1XGUC 2A7FA 4M6DA 2Z38A 4HV1A 4CHXA 2VB1A 5FELA 4J1AA 2EIZC 5B1FA 1JEFA 5KKIA 1QQYA 1LHJA 4ZFPA 1MLCE 3N9CA 2IFFY 4MCKA 4XJDA 1B0DA 2BQJA 1HFZA 1YILA 2G4PA 1GBWA 2W1MA 2BQDA 3P66A 1FLUA 4HTQA 4WM1A 1LHIA 5FEKA 1GB0A 1EQEA 2BLXA 1UIEA 5F16A 1JHLA 4NG1A 4E3UA 1F6SA 1LZGA 3BKHA 4HPIA 1HSXA 3EO5A 4HTNA 3WU7A 1IVMA 3B6LA 3W6AA 1OUBA 2FYCA 5B1GA 4NGLA 3B0IA 1LJFA 1GBYA 5APFA 1GDXA 1DPWA 1CKFA 1TCYA 1WVVA 4Z3MA 4M4OA 2F4AA 4YM8A 1NF5A 2RSCA 4WLYA 1FLYA 3A3RX 1REYA 2ZWBA 4OWAA 4GCDA 2BQOA 1HF4A 3A8ZA 4NHSA 4NEBA 5M1YA 1GF4A 1LZ1A 1KIRC 1REZA 1LZTA 3W6FA 1LHKA 4H9AA 5B59A 2HEFA 3D3DA 2IHLA 4XJIA 3J4GA 4DD9A 1A4VA 3TXBA 4TSBA 1F6RA 1LJIA 2YBJA 4H9EA 1REXA 1HEWA 4WOAA 4NIJA 5LYMA 4U3XB 2W1XA 1LSZA 1H6MA 1GB8A 1PS5A 5DM9A 3G3AB 2DQGY 2LZ2A 1LSEA 1LZRA 1IP4A 1AZFA 1YL1X 1GFGA 3W6EA 1IR8A 1WTMA 3LZTA 2HEAA 4R6CA 4H91A 4NGOA 1YAPA 1XEJA 4LT0A 3WMKA 1IWYA 5APEA 2G4NA 4WL7A 208LA 2I25L 1LPIA 1TBYA 4IATA 4NSHA 4NHIA 1B7SA 2Z39A 5IDDA 3WW6A 1SQ2L 4H9BA 5L9JA 1GDWA 2FBBA 2H9KA 4XN6A 133LA 1GBZA 1GF8A 2BPUA 4G49A 4HP0A 5KY1A 1OUIA 3EMSA 1LMAA 1QSAA 3TXDA 1WQRA 1D0KA 3TMWA 2Z2EA 1LAAA 4DD3A 3A34A 3IJVA 1J1XY 1WQPA 4KT3A 1XSFA 5D5CA 132LA 4HJZA 3WYHA 1LZYA 1LZEA 2ZIJA 1B9OA 2G4QA 1HEQA 3AZ7A 4RLNA 4W96A 4D9ZA 1LYSA 1HERA 3CT0A 4WO6A 2F30A 1D6QA 4II8A 4ET8A 5FCPA 4PRQA 2F2NA 3WXUA 1B5VA 3B72A 2H9JA 134LA 1VDPA 1XFPL 2CGIA 1T3PA 1B5XA 4N9RA 154LA 1XGTC 1VDTA 2BQIA 2BLYA 2W1LA 4PRUA 1F0WA 4O34A 5LVHA 1GWDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
195LA 4NG8A 1QTBA 1AT5A 3LN2A 5I54A 252LA 1C6PA 1L14A 3TMVA 2Z37A 3WXTA 2XJWA 3RZ4A 1G0KA 166LA 1L82A 3L64A 2DQAA 1QTZA 1L21A 109LA 3DN0A 125LA 1L45A 1JITA 1D3NA 1WVUA 205LA 1B5UA 1L20A 1PQJA 139LA 4FJRA 1L74A 1HEMA 2Q9EA 1B7RA 1L37A 3QAKA 1DZBX 2LYMA 4DDAA 1C7PA 3C80A 1LI2A 1P2CC 1B5WA 1P2LA 3FI7A 4DD1A 1QS5A 4LYZA 2CDSA 1L99A 4J7VA 1P5CA 2O7AA 3C81A 3GUMA 1ZYTA 3QY4A 3A94A 3B0KA 2LYZA 1QUOA 3CSZA 1L01A 232LA 3N9AA 4NSJA 1QDTA 1LJ4A 227LA 1B7NA 1ZURA 239LA 4ARLA 1PZYA 1GB3A 226LA 1JTTL 4B0DA 3EBAB 1PQKA 1YROA 1IWXA 193LA 4EKQA 4NWEA 5KXZA 238LA 5KKJA 3EXDA 2HEDA 1L80A 187LA 1T6HA 3CT5A 1T8FA 174LA 4C5FA 1LYZA 3RT5X 3A96A 234LA 1LSGA 3TMXA 2WARA 2YVBA 4LT2A 1HSWA 1WTHA 184LA 3HDEA 242LA 4DD2A 1W6ZA 1JTNA 1C66A 4WLXA 4I7KA 2BQGA 1GXV2 1D9UA 4ET9A 1CX6A 1QTKA 176LA 170LA 2ZQ4A 1LMTA 2ZNXY 4H9IA 3A3QA 3K2RA 4NHTA 5C6IA 3HTBA 5K7OA 4XJGA 1DPXA 1C45A 1GBXA 192LA 3NYAA 1CJ6A 1TDYA 1D2YA 3LZMA 5APCA 3W3EA 4EMNA 137LA 1L15A 1C6EA 2OU8A 3DN8A 4LT3A 5LINA 3RUNA 1L36A 1GFHA 1YKZX 3HBEX 5IHGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DN4 A;  1IP6 A;  4NG8 A;  1GBS A;  1LJG A;  3T36 A;  1XGQ C;  4AGA A;  1AT5 A;  4N1C C;  8LYZ A;  5HQ1 A;  5I4Y A;  4GCE A;  3LN2 A;  5I54 A;  3W6D A;  4DD7 A;  4OWE A;  4H8Z A;  1LYY A;  4J1B A;  2Z12 A;  5FDJ A;  3QNG A;  5B07 A;  4ZEE A;  1LSB A;  3BKV A;  4ETD A;  4LGK A;  1V7T A;  3TMV A;  1AKI A;  5JEN B;  3ATN A;  3KAM A;  2Z37 A;  3WXT A;  4FDY A;  3WUA A;  4H8X A;  4NY5 A;  2HTX A;  2XJW A;  2MEA A;  1CKD A;  1TAY A;  3RZ4 A;  4OOO A;  1BB3 A;  4LZT A;  3B0O A;  5LVK A;  3WPJ A;  1BB6 A;  2DQH Y;  1QUT A;  4CFO A;  1SLY A;  1D6P A;  2DQA A;  3A6B Y;  1IO5 A;  3LYO A;  1GE3 A;  4HSF A;  4W94 A;  1JIT A;  1WQO A;  2YBN A;  3LZ2 A;  1UCO A;  4XYY A;  4BAF A;  1WVU A;  4ETA A;  3ATO A;  1B5U A;  2D4I A;  5DN5 A;  2DQF C;  1TEW A;  4DT3 A;  4WMG A;  4FJR A;  1VAT A;  5I4X A;  1IOQ A;  2FYD A;  4NHP A;  1HEM A;  2H5Z A;  4WM5 A;  3TXH A;  3J6K A;  1IP5 A;  1B7R A;  1OUA A;  1XEK A;  2BQL A;  2EPE A;  1LJH A;  3AW6 A;  3P68 A;  4X3B A;  5DL9 A;  1DZB X;  2LYM A;  4DDA A;  3AGG G;  1O23 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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