4XJDA

X-ray structure of lysozyme2
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-01-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4xjdA00
208LA 2EIZC 1C7PA 3P4ZA 3A3QA 4HTKA 4OWBA 1SLYA 3TMUA 5B05A 4IASA 4BS7A 2ZYCA 4H91A 4H9IA 4U3XB 2BQMA 1HMKA 4NSHA 4H94A 2W1LA 1QUSA 3A6CY 1ZVHL 1D0KA 4HTNA 1G7HC 1ZMYL 4YF2A 5KXWA 2BQOA 1CKFA 4MR1A 2Z37A 1LSGA 4R6CA 4N9RA 5KJ9A 4QY9A 1OUFA 1O23A 1YIKA 4ML7A 2PC2A 1BGIA 1LSAA 1LKSA 2VB1A 4GLAA 5KXNA 1D0LA 5A3EA 1T3PA 3TMXA 1LHLA 1YANA 1OUBA 5IHGA 4N8ZA 1IP4A 3EO5A 4NGYA 1UIDA 2N5ZA 4TUNA 1IP1A 2GV0A 4WLDA 4PRUA 1LJKA 3TXGA 1C45A 4B0DA 3LN2A 3B0OA 1HEWA 1BB3A 1LMAA 2YBIA 194LA 3IJVA 1GF8A 1LZ4A 1NDMC 2BAAA 3A8ZA 1REXA 2G4QA 3QY4A 1B5XA 3TXKA 5HQ1A 1LYYA 1FLQA 5LAGA 1IR8A 2Z12A 3A67Y 1IVMA 1YILA 2YVBA 1B7LA 1B5VA 1JISA 2Z38A 3CSQA 5LA8A 5L3IA 3CT5A 135LA 1V7TA 3TXEA 1GB6A 2NWDX 4J7VA 5B1GA 2Z39A 1QQYA 1VDQA 4QGZA 3WUNA 1OUGA 2BQEA 1HF4A 1HHLA 1G7MC 1B7OA 1B5YA 2CGIA 4UWVA 2DQEY 4LT0A 1LHMA 5FELA 1HFXA 2BQFA 4AGAA 1B7QA 1N4FA 1LYSA 3MGWA 1GBSA 2ZNWY 4B4IA 1QSWA 1C10A 5C6JA 2I6ZA 1WQPA 4Z98A 4W94A 1ALCA 3WYHA 1VDPA 4XJIA 3N9CA 4DD0A 1BB4A 5HLLA 4HJZA 4KL7A 4AXTA 5HMVA 4GLVA 5KY1A 1QDTA 5LYTA 4WM3A 1LZ6A 4NSIA 4WOAA 4YOPA 5J7CA 1LJEA 2ZQ3A 1GEVA 4GN4A 1YAMA 3LZ2A 1GFJA 1JHLA 4NGKA 1BB6A 2F2NA 1HSXA 1LJHA 4C3WA 1I20A 5A3ZA 4N5RA 1GF5A 1LZCA 1VFBC 5KXOA 1LHIA 1MELL 2DBTA 3A91A 1AZFA 1GDXA 3LYTA 1IR7A 1XSFA 1IWWA 4II8A 1JIYA 4NY5A 4YENA 1LSYA 1KIPC 2LHMA 2DQHY 1XGUC 1AM7A 5C6IA 2HEBA 1GEZA 4LYBA 1GE1A 1FDLY 3A92A 1LJGA 4NHTA 1GF6A 1DQJC 1FBIX 1GFHA 1YKYX 1ZV5L 4HV1A 4ETBA 4ET9A 1WQNA 3BKVA 4B49A 2LYZA 3AJNA 4DDAA 1JKDA 1YAPA 1CNSA 3WH1A 4XJFA 2B5ZA 4HPEA 3AGIA 1GBYA 1T6VL 4NSJA 1IWUA 1UIAA 2ZILA 2HU3A 3J4GA 4YM8A 1BB5A 3KAMA 1VDTA 1IY3A 1INUA 1AT5A 3BKHA 1DKJA 1DKKA 1W6ZA 4B4EA 3AYQA 5II3A 1CKCA 5KXZA 1GHLA 5FSTA 2BLXA 1JWRA 4WLYA 1IOTA 4ANRA 3P66A 4M6DA 1I1ZA 1J1PY 1UBZA 1IOSA 133LA 4EOFA 1RJCB 1Z55A 5LYMA 1YROA 5B59A 3M18B 4GCBA 1BVXA 2ZNXY 1OUDA 4OWCA 1FLUA 1JPOA 4CFPA 2I26L 3OJPA 1UUZC 1IOCA 2DQDY 4H9BA 1JJ1A 1NWGA 1BWJA 1D0MA 2YBNA 3WW6A 1HNLA 1GXXA 1GPQC 1GB5A 1DI5A 1GB9A 1E8LA 2H9JA 1B5WA 1LZEA 1A2YC 3LYZA 4G49A 1LMCA 4HSFA 1LZTA 4UWNA 1IWTA 2WARA 1GB0A 1NBYC 5I54A 1IP6A 4XJDA 3WU7A 1UIEA 1LSBA 4HP0A 1EQ5A 3ATOA 5KXTA 3TXDA 6LYTA 2I25L 1QIOA 5LVIA 3W3EA 1LZAA 1H87A 2MECA 1GFTA 3ULRA 4L41A 3TMWA 4NEBA 1CKDA 1QTEA 1LOZA 5FHWA 1JTTL 3HBHA 5B1FA 3WU9A 2D4JA 1HEQA 4LZTA 5DL9A 1GDWA 1IP3A 4ZFPA 5FCPA 2YBHA 3WXTA 4LT1A 3A95A 1GF7A 1LMPA 1LSZA 5F14A 1LSDA 2MEAA 3CQLA 4OOOA 1F0WA 1IWZA 1J1XY 2LZTA 2BQDA 2BQHA 1YKXX 2FBDA 2W1XA 1UCOA 1UICA 3TMVA 3CB7A 1IX0A 2ZYPA 1IP7A 1MLCE 2XTHA 5KXRA 4NHPA 3P68A 5KXMA 2XBRA 3A90A 4RDSA 3AW6A 1LJNA 1JTOL 1G7IC 3W6AA 3QNGA 1GB2A 1XEJA 2MEEA 2YSSC 1FN5A 3A94A 2Z2FA 1GFUA 2CJLA 1F6SA 1FKVA 3AW7A 1LMOA 1V7SA 3W6DA 4GCDA 4Z3MA 1LZGA 1IP2A 2ZIJA 3AZ6A 3T6UA 4XADA 1NBZC 3T36A 3OK0A 1TCYA 2BQCA 3QE8A 3WMKA 1BB7A 1IR9A 2X0AA 1ZVYB 5B07A 1WTNA 2D91A 1H6MA 4DD3A 4CFOA 2YBLA 1CJ7A 1I56A 4ETEA 1RFPA 1GE4A 1OP9B 1RE2A 1LJFA 2BQNA 1LHHA 4QDNA 1OUHA 4NGJA 1F10A 1HERA 1LZ5A 2F30A 1WVVA 4LFPA 5KXYA 4B4JA 5HNLA 2HECA 3CSRA 1CJ8A 1IC7Y 4PPOA 3B72A 2AUBA 2MEFA 4E3UA 1LSCA 5DN5A 1RCMA 2DQAA 4NHQA 4PJ2C 1XGQC 2BQKA 5APCA 4LYCA 5KXPA 1D6PA 2BQGA 1OUAA 1VDSA 2H5ZA 1B7PA 2BQLA 4FDYA 4NGIA 4A7DA 1YL1X 1GAZA 2EKSC 1GE2A 1LJIA 4PGJB 1LAAA 4XJBA 4G4BA 3WUMA 3W6EA 5M1YA 1GF3A 1QTKA 2LYOA 1TAYA 2BQIA 3K3TA 2IHLA 1LPIA 1JSEA 1NQIA 5AMYA 5IELA 3WVYA 4H9AA 4HPIA 4XJHA 4CHXA 3FE0A 4TSCA 2HEEA 1IORA 4WO9A 1D9UA 4WM1A 1WQRA 1HSWA 3G3BB 5LVHA 5LXWA 4LYMA 3P65A 2DQIY 5KXSA 4HV2A 2EQLA 207LA 4NFVA 3E3DA 2Z19A 4YEMA 2MEHA 1FLYA 1YQVY 3AZ4A 5F9UA 1GE0A 1EQEA 1LZRA 3RNXA 1KIRC 2MEBA 1UACY 4Z46A 3LHMA 4OWAA 1F6RA 1REYA 2HEDA 153LA 4HTQA 2DQCY 3VWOA 3TXJA 1GF0A 1IC5Y 4DC4A 4FJRA 2A7FA 4OOTA 4WO6A 1LZSA 1UC0A 1UA6Y 2MEDA 1TDYA 1YAOA 2XBSA 1REZA 1B5UA 3A34A 4LFXA 4NGOA 4XN6A 5D5FA 3ZEKA 4IJ4A 5KXLA 2Y8PA 4H9EA 2F4AA 2FBBA 1LSFA 1PZYA 2C8PA 5D5CA 5HMJA 4R0FA 2DKVA 3SP3A 4J1AA 1JJ0A 1OUIA 4NGVA 5DM9A 4WL6A 4X3BA 4WLTA 1LZBA 2ZWBA 2DQGY 1CJ9A 3TXHA 4ET8A 3WVXA 2D4KA 4CJ2A 1NDGC 5ILFA 1KIQC 1LSMA 1PS5A 1XGPC 5FDJA 4WG7A 2HUBA 3WPKA 2D6BA 4DYGA 2BPUA 1GBOA 3ZVQB 1IY4A 5KXXA 4MSTA 1DPWA 2A7DA 2YDGA 1LKRA 1LYOA 2FYDA 4UWUA 1LJJA 4WM4A 5LIOA 1LYZA 4MCKA 1EL1A 3HBDA 4KT3A 1WQQA 5L9JA 1VEDA 3LZTA 1DPXA 1B9OA 1DZBX 3D3DA 4KPMA 4I8SA 2YBJA 2DQJY 1JKCA 4B1AA 4XJGA 1LZ9A 1LZYA 1IWYA 5K7OA 2H9KA 2YBMA 1LCNA 4ETAA 8LYZA 1NKHA 1GBWA 3B0IA 3TXBA 5F81A 3AB6A 1LTMA 3B6LA 2Z2EA 4H9CA 4H8YA 4RLNA 2W1YA 4TWSA 2C8OA 3G3AB 5KKJA 154LA 5C6LA 4BADA 4ETCA 3WUAA 1UIBA 1CKHA 1HEMA 3AZ5A 4WM2A 1IP5A 1XEIA 1LHJA 3RW8A 4H92A 3WW5A 3HBEX 1HC0A 2ZIKA 1JITA 1LJ4A 3GXRA 2Z18A 1QUTA 3M3UA 2LYMA 3W6BA 2D4IA 1LSPA 2G4NA 4TX7A 3RU5A 5I4YA 4NGLA 4TSBA 2ZQ4A 1IO5A 4TTDA 4PHIA 3A3RX 1BQLY 5LAFA 5HNCA 4N1EI 3A6BY 1LZDA 1CKGA 1BWHA 1GB8A 1GF9A 4H9FA 4H9HA 1GFKA 4W96A 3TXFA 1BHZA 1HELA 1GB7A 1LMQA 3RT5X 4D9ZA 5APEA 1VAUA 1GFAA 3A96A 2G4PA 4O34A 5LYZA 3LYMA 1HEOA 4DDCA 1GFEA 1XEKA 1JTPL 1C43A 1C46A 1WVUA 4ETDA 3EBAB 1IC4Y 5F9XA 1JKBA 1GWDA 3N9EA 4NGWA 1GFGA 5I53A 5LVGA 5LVKA 3D9AC 4HJYA 5LA5A 1KXYA 4DT3A 3AZ7A 5F16A 1GAYA 2CWIA 1QSAA 5DLAA 1NHEA 1JJ3A 4XENA 2BLYA 4H90A 4H8ZA 4DD9A 1B7NA 2XJWA 3WPLA 1WTMA 2F4GA 5E4PA 4EMNA 4OWEA 1AKIA 1CJ6A 1KXWA 4LYTA 2BQAA 4H1PA 2Q0MX 193LA 2DQFC 4J1BA 1GXV2 1HFZA 1AT6A 1IEEA 4KXIA 3IJUA 1A4VA 1IOQA 1B0DA 3TXIA 4H93A 1UIFA 4LT2A 4NGZA 3W6FA 1TBYA 4N1CC 3J6KA 1OUEA 1LHKA 4LGKA 2W1MA 4G9SA 1SQ2L 4GN5C 4XYYA 4NG1A 4LYZA 5T3FA 3W6CA 4OWHA 1RI8B 1LZ1A 3IWRA 4PRQA 1IIZA 2FYCA 4LT3A 1GF4A 1GD6A 1JKAA 1OUJA 1YKZX 2CDSA 4HJVA 1DI3A 1HEPA 1B7RA 2HU1A 1GBZA 1LZ8A 3AGGG 1JUGA 4N0JA 1C08C 4WMGA 5IDDA 4DD1A 4CGEA 1LSEA 4H8XA 1REMA 3WPJA 1WQOA 3N9AA 1XFPL 1LSNA 1LMTA 1FLWA 1GFRA 7LYZA 1TEWA 4RW2A 1QDRA 1LMNA 3RZ4A 4YEOA 1NF5A 3HFMY 4NIJA 1DXJA 4LYOA 5ILCA 1NMMA 1IWXA 3B0KA 3AGHA 4DD7A 1OQMA 4NHSA 4DWXA 4P2EA 1XGTC 5EBHA 5I4WA 4WM5A 3EXDA 4WL7A 4M4OA 1HFYA 4NHIA 1EQ4A 2EPEA 1GB3A 4BAFA 132LA 3CT0A 1B7SA 3EMSA 2RSCA 1B2KA 5E9RA 5L3HA 1G7JC 4QEQA 3WULA 5LVJA 1GFVA 1P2CC 3GXKA 2HTXA 4OW1A 2HEAA 1WQMA 4RLMA 134LA 1B5ZA 4RW1A 4DDBA 4C5FA 1G7LC 4WLXA 3ATNA 4ZEEA 4NWEA 1W08A 2LZ2A 2BQBA 5KKIA 1YAQA 2BQJA 1BWIA 1LJ3A 1VATA 3ZVQA 4NWHA 1HMLA 1B7MA 2HEFA 1UIHA 2IFFY 4G4CA 3WL2A 1BVKC 3A93A 1UIGA 1DI4A 2MEGA 4G4HA 4I0CA 1GBXA 5APDA 3LYOA 1LZNA 1YL0X 1JSFA 5APFA 4WM6A 1J1OY 5FEKA 1OUCA 4J0LA 1D6QA 3CT1A 4DD2A 5B06A 4GCCA 4NSGA 2MEIA 3CSZA 4GCFA 4Z41A 5JENB 3P64A 1GE3A 5I5QA 4GN3A 3F6ZA 4GCEA 3FI7A 4IATA 5DN4A 6LYZA 5I4XA 1XGRC 1FKQA 5LINA 4NG8A 1KXXA 1JEFA 3WU8A 9LYZA 1IWVA 3WXUA 4WG1A 4BAPA 4ZIXA 1HENA 5KXKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1G1WA 3P4ZA 155LA 4BS7A 2BQMA 1C6PA 1ZVHL 1G7HC 1ZMYL 1CKFA 2Z37A 3SB5A 4R6CA 1L56A 1JQUA 5KJ9A 2PC2A 1L37A 1LSAA 1LKSA 4GLAA 1C6KA 258LA 1T3PA 1YANA 5IHGA 1OWYA 4NGYA 1L39A 1IP1A 4WLDA 4I7OA 3LN2A 3B0OA 1LMAA 2YBIA 1GF8A 1REXA 2G4QA 1ZYTA 3A67Y 1QUOA 254LA 1L25A 5L3IA 1L27A 2NWDX 5B1GA 1QTZA 1B7OA 2DQEY 1LHMA 3D4SA 1B7QA 1GBSA 1L97A 5C6JA 4Z98A 1ZWNA 4XJIA 4GRVA 212LA 5HMVA 4GLVA 4NSIA 168LA 2ZQ3A 113LA 1HSXA 5KXOA 1LHIA 2B73A 1P2LA 3LYTA 1IWWA 2OE9X 1JIYA 4W52A 183LA 2LHMA 1AM7A 1QTCA 1GE1A 3A92A 3HUAA 1GFHA 1YKYX 4ETBA 3BKVA 2RH1A 184LA 3WH1A 1G1VA 252LA 2B5ZA 3AGIA 3DN6A 1GBYA 1L84A 4NSJA 140LA 3HWLA 137LA 3KAMA 1D2YA 1L08A 1INUA 1AT5A 1W6ZA 3AYQA 3FI5A 1JWRA 1IOTA 4M6DA 1I1ZA 1J1PY 1P2RA 1YROA 5B59A 1L24A 3QAKA 2I26L 1P37A 169LA 4H9BA 3DN8A 1BWJA 1L65A 1HNLA 1GPQC 195LA 1LZEA 150LA 4G49A 201LA 3HH4A 1GB0A 114LA 1IP6A 3WU7A 1EQ5A 3ATOA 157LA 1L42A 3TXDA 6LYTA 1DYBA 223LA 1QIOA 1L60A 185LA 1H87A 215LA 4L41A 4NEBA 1CKDA 3HBHA 3WU9A 1HEQA 3OE8A 1K28A 3PBLA 1LSDA 2MEAA 1F0WA 2BQDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 208L A;  2EIZ C;  1C7P A;  3P4Z A;  3A3Q A;  4HTK A;  4OWB A;  1SLY A;  3TMU A;  5B05 A;  4IAS A;  4BS7 A;  2ZYC A;  4H91 A;  4H9I A;  4U3X B;  2BQM A;  1HMK A;  4NSH A;  4H94 A;  2W1L A;  1QUS A;  3A6C Y;  1ZVH L;  1D0K A;  4HTN A;  1G7H C;  1ZMY L;  4YF2 A;  5KXW A;  2BQO A;  1CKF A;  4MR1 A;  2Z37 A;  1LSG A;  4R6C A;  4N9R A;  5KJ9 A;  4QY9 A;  1OUF A;  1O23 A;  1YIK A;  4ML7 A;  2PC2 A;  1BGI A;  1LSA A;  1LKS A;  2VB1 A;  4GLA A;  5KXN A;  1D0L A;  5A3E A;  1T3P A;  3TMX A;  1LHL A;  1YAN A;  1OUB A;  5IHG A;  4N8Z A;  1IP4 A;  3EO5 A;  4NGY A;  1UID A;  2N5Z A;  4TUN A;  1IP1 A;  2GV0 A;  4WLD A;  4PRU A;  1LJK A;  3TXG A;  1C45 A;  4B0D A;  3LN2 A;  3B0O A;  1HEW A;  1BB3 A;  1LMA A;  2YBI A;  194L A;  3IJV A;  1GF8 A;  1LZ4 A;  1NDM C;  2BAA A;  3A8Z A;  1REX A;  2G4Q A;  3QY4 A;  1B5X A;  3TXK A;  5HQ1 A;  1LYY A;  1FLQ A;  5LAG A;  1IR8 A;  2Z12 A;  3A67 Y;  1IVM A;  1YIL A;  2YVB A;  1B7L A;  1B5V A;  1JIS A;  2Z38 A;  3CSQ A;  5LA8 A;  5L3I A;  3CT5 A;  135L A;  1V7T A;  3TXE A; 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 1REM A;  3WPJ A;  1WQO A;  3N9A A;  1XFP L;  1LSN A;  1LMT A;  1FLW A;  1GFR A;  7LYZ A;  1TEW A;  4RW2 A;  1QDR A;  1LMN A;  3RZ4 A;  4YEO A;  1NF5 A;  3HFM Y;  4NIJ A;  1DXJ A;  4LYO A;  5ILC A;  1NMM A;  1IWX A;  3B0K A;  3AGH A;  4DD7 A;  1OQM A;  4NHS A;  4DWX A;  4P2E A;  1XGT C;  5EBH A;  5I4W A;  4WM5 A;  3EXD A;  4WL7 A;  4M4O A;  1HFY A;  4NHI A;  1EQ4 A;  2EPE A;  1GB3 A;  4BAF A;  132L A;  3CT0 A;  1B7S A;  3EMS A;  2RSC A;  1B2K A;  5E9R A;  5L3H A;  1G7J C;  4QEQ A;  3WUL A;  5LVJ A;  1GFV A;  1P2C C;  3GXK A;  2HTX A;  4OW1 A;  2HEA A;  1WQM A;  4RLM A;  134L A;  1B5Z A;  4RW1 A;  4DDB A;  4C5F A;  1G7L C;  4WLX A;  3ATN A;  4ZEE A;  4NWE A;  1W08 A;  2LZ2 A;  2BQB A;  5KKI A;  1YAQ A;  2BQJ A;  1BWI A;  1LJ3 A;  1VAT A;  3ZVQ A;  4NWH A;  1HML A;  1B7M A;  2HEF A;  1UIH A;  2IFF Y;  4G4C A;  3WL2 A;  1BVK C;  3A93 A;  1UIG A;  1DI4 A;  2MEG A;  4G4H A;  4I0C A;  1GBX A;  5APD A;  3LYO A;  1LZN A;  1YL0 X;  1JSF A;  5APF A;  4WM6 A;  1J1O Y;  5FEK A;  1OUC A;  4J0L A;  1D6Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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