4YF2A

Crystal structure of mouse sperm c-type lysozyme-like protein 1
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
AKVFSRCELAKEMHDFGLDGYRGYNLADWVCLAYYTSGFNTNAVDHEADGSTNNGIFQISSRRWCRTLASNGPNLCRIYCTDLLNNDLKDSIVCAMKIVQEPLGLGYWEAWRHHCQGRDLSDWVDGCDFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Sperm Lysozyme-Like Protein 1 (SLLP1), an intra-acrosomal oolemmal-binding sperm protein, reveals filamentous organization in protein crystal form.
pubmed doi rcsb
molecule tags Cell adhesion, sugar binding protein
source organism Mus musculus
molecule keywords Sperm acrosome membrane-associated protein 3
total genus 44
structure length 130
sequence length 130
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yf2A00
3WXTA 1B5YA 3TXIA 4GCDA 1GFKA 2BLXA 3WUMA 1QSWA 2BQBA 2D91A 1YKYX 4H9EA 4R0FA 5B05A 1C10A 1LSMA 3RT5X 4XADA 3ZVQB 1GF4A 4IATA 4N8ZA 4H9HA 1GFUA 5LYZA 1LJ3A 5KXRA 3AB6A 1J1OY 2IHLA 1VATA 2ZILA 4WM4A 3B6LA 4WL6A 1B5WA 4DYGA 1GDWA 4WO6A 2NWDX 2IFFY 1HF4A 3AW6A 3AJNA 1GB3A 4H92A 1UC0A 5ILFA 4YOPA 1WQNA 3K3TA 1CKDA 1BHZA 2ZYPA 1LZ9A 2F2NA 3TXBA 4BADA 5B06A 4TSCA 1KIPC 1YQVY 1CJ7A 1GFTA 1QQYA 3CB7A 2LZ2A 2I26L 4CFPA 4WM5A 3TXKA 4W96A 1GE3A 1FBIX 1XEJA 2DQHY 4Z3MA 4D9ZA 4M4OA 1IWVA 1BWHA 2HEAA 2Z2FA 1BB3A 2YBMA 1B5VA 1IORA 4KXIA 3A3RX 2XTHA 4BAFA 1BB5A 1HEMA 1B2KA 1C43A 1HSXA 1XEIA 4LFPA 5K7OA 1HSWA 3W6EA 1NBYC 3WPLA 2DQGY 1GE4A 3EBAB 4WL7A 1GBOA 1LJIA 1BWJA 1GBYA 1ZMYL 207LA 2BQOA 3CT1A 5I4WA 1GB9A 1LZ1A 1HC0A 1IWWA 3D3DA 1YL1X 4WM2A 3WVYA 1HHLA 1I20A 1YKXX 2AUBA 1GB2A 1QIOA 4TWSA 1WQOA 1Z55A 1QUSA 2BQDA 1GFHA 2BQJA 4PRQA 1XGPC 2CWIA 4GN4A 4HV2A 4NGVA 4OWAA 3AW7A 1LSPA 2F30A 3LZTA 4NGOA 3W6BA 3WMKA 1IWXA 1LSGA 4WLTA 5KXKA 3W6CA 4H8ZA 3WU9A 5KXOA 2DQDY 1GFJA 1LJEA 2Z19A 4OOOA 1YAOA 3FI7A 1LYYA 3BKVA 4WMGA 5FELA 5KKIA 4KPMA 1B7LA 4PHIA 5B07A 1J1PY 1LHIA 1KXWA 1CKHA 2W1LA 4XJHA 5FSTA 1D6QA 1W08A 4NGIA 1WQPA 1T3PA 1XGUC 2YSSC 3LYTA 4XENA 4Z98A 5LXWA 3TXGA 1GF5A 1BWIA 4DT3A 3AYQA 1JHLA 2H9KA 5LA8A 4B4JA 1LYSA 1LZ4A 134LA 3W3EA 5HMJA 2H5ZA 4G9SA 4DD7A 2ZIKA 1LSDA 2B5ZA 4HJZA 1DI3A 3ATNA 4B1AA 2HTXA 3P65A 2GV0A 3BKHA 5L3HA 3RW8A 2CJLA 3HBDA 1LJ4A 4NG1A 4UWUA 4WM3A 4XJDA 4LGKA 2DQAA 1GDXA 1UIGA 4H91A 4DD0A 1LZYA 1NBZC 1LSCA 9LYZA 3A95A 3CSZA 1GB6A 1XEKA 5HMVA 1GFGA 3A3QA 1V7SA 4UWVA 4N1EI 1GB7A 5DL9A 4ZFPA 4H9AA 1NQIA 4BAPA 4IASA 2W1YA 4HTQA 4RDSA 5L3IA 1GE1A 1JTPL 1LSBA 1D0LA 5FDJA 3ULRA 1HFZA 1IWTA 3LHMA 4FDYA 4H8XA 1GD6A 2DQJY 3HBHA 4H90A 3CSRA 1TCYA 1B5ZA 3ZVQA 1HFYA 1TBYA 1LPIA 1GB8A 1G7LC 1RCMA 3A91A 3W6FA 1NDGC 2VB1A 1GFAA 1QTKA 4YEOA 1UIDA 2LHMA 1JTTL 2BQEA 4TSBA 1DKKA 1GF3A 1V7TA 2EPEA 3TMVA 1VDSA 1INUA 1REMA 3T6UA 1IR7A 3RZ4A 1D0KA 2Z38A 4BS7A 1DKJA 1B5UA 1LMCA 1QDRA 1IC5Y 5I53A 2YBNA 3AZ6A 1IP5A 4CGEA 1HERA 1JUGA 2HECA 2FYCA 1H87A 1J1XY 5LVHA 1GXV2 2D4JA 4GCCA 4R6CA 5B1FA 3CT0A 1F6RA 4XJBA 2ZIJA 5B59A 2ZQ3A 3A67Y 1MELL 6LYZA 1GXXA 1LMAA 5AMYA 1LZTA 4GCBA 4NSJA 4P2EA 1UA6Y 1EQEA 2FYDA 5DN4A 3WULA 1HEQA 4J1BA 4LFXA 4LYOA 4L41A 2DQIY 2MEIA 1B7RA 4N1CC 1C7PA 1QSAA 1TEWA 4I8SA 1YAPA 4LYCA 1B7QA 5F81A 5KXYA 4ETCA 1A4VA 4HTNA 1I56A 1B7SA 1GEVA 3SP3A 1HELA 4KT3A 2MEBA 1JKBA 5T3FA 1JSEA 4NGZA 2LYMA 4WG7A 1IY3A 1BQLY 4H93A 4QGZA 5E4PA 3WU8A 1IC4Y 2BQFA 1LHMA 4ETAA 5HQ1A 3P4ZA 2BLYA 4H1PA 4WM1A 1F0WA 1UCOA 1FN5A 3QY4A 8LYZA 5DN5A 3QNGA 208LA 4CJ2A 4B49A 1YANA 3IJUA 4QY9A 1XSFA 1LMQA 4A7DA 4PGJB 5LVKA 3N9CA 1LZAA 3W6AA 1W6ZA 4XN6A 3EXDA 1IX0A 3LN2A 3MGWA 4ET8A 5KXMA 1YAQA 5I5QA 1DXJA 3WW6A 1P2CC 1JISA 4IJ4A 4C5FA 5I54A 5LVGA 4HV1A 1IIZA 4H94A 2YBLA 1JTOL 2BQCA 1GPQC 2CDSA 2PC2A 4ETDA 3VWOA 5LVIA 1GE2A 5KKJA 3A93A 1LZEA 2BQKA 1WVVA 2HU3A 5M1YA 1F10A 1RJCB 4CHXA 3WW5A 1OUGA 1YIKA 1OUIA 4LYTA 1B7NA 3TXDA 5APCA 5KXPA 3A6CY 2G4PA 4PPOA 2X0AA 4WG1A 1BVKC 2HEEA 1HEWA 3A90A 4HJVA 3F6ZA 1GE0A 4NHSA 2ZWBA 4HSFA 4LT3A 1C08C 4LT2A 1LAAA 3A8ZA 1EQ4A 4LYZA 3OK0A 1I1ZA 1LZDA 2BQNA 1LZSA 1YKZX 1CKCA 1IOQA 3P68A 4NGLA 3G3AB 5I4XA 2N5ZA 1JSFA 1OUHA 1HFXA 2XBRA 1JJ3A 5DM9A 4OW1A 4ETBA 1PS5A 5LA5A 3CQLA 3IWRA 4NHIA 1IO5A 5J7CA 1AT6A 1C45A 4H8YA 1AM7A 4NHTA 1IR8A 3A96A 3EO5A 5FEKA 1REYA 1QDTA 3AZ4A 1GB5A 1H6MA 4RLNA 4J0LA 1E8LA 2H9JA 2FBBA 5IDDA 4NG8A 3M3UA 3ZEKA 1LZ8A 2HUBA 1LMOA 1JJ1A 1B9OA 1LJHA 1LYOA 1JPOA 4DD1A 5LAFA 1AZFA 2MEAA 4DD9A 2YVBA 1PZYA 2RSCA 4LT1A 4WO9A 1HNLA 2G4NA 5LYTA 1IY4A 2DKVA 1LHHA 4J1AA 1GFRA 5C6JA 1C46A 1IEEA 3A6BY 3RNXA 5KXZA 1IOTA 1LCNA 1JWRA 2D4IA 3TXFA 3TXJA 5HNCA 6LYTA 5L9JA 3LZ2A 1G7MC 1B7PA 1OUAA 3G3BB 1B7MA 1CJ8A 1JKCA 3N9AA 1LJJA 1LOZA 1B7OA 1LSZA 3M18B 4OWCA 1OUFA 4W94A 4OOTA 2F4GA 2D4KA 4NEBA 4GN5C 1BB6A 4NFVA 1FLUA 1OUBA 3AZ7A 3ATOA 3B0OA 5C6LA 1TDYA 1LSYA 3IJVA 1GAYA 1KXYA 4G4HA 3WH1A 1BGIA 1UICA 4YEMA 2ZNXY 4WLYA 4HTKA 4TX7A 5LVJA 4X3BA 1GWDA 4NGKA 135LA 3E3DA 4OWEA 1JITA 1LJNA 1IVMA 1XGTC 1RE2A 4DDAA 4GCEA 1N4FA 1O23A 1UBZA 5APEA 3B0IA 1IWZA 2ZYCA 4FJRA 133LA 1LSNA 2BAAA 4EOFA 2BQAA 1IWYA 1D6PA 1UUZC 1AKIA 5APFA 1XGRC 1YROA 3WUNA 4NSIA 1IR9A 1HEPA 3AZ5A 1DZBX 2XBSA 4HPEA 4RLMA 2HU1A 1JIYA 1NKHA 5ILCA 1LYZA 1UIEA 1IP2A 1GFEA 5KXLA 2I6ZA 2BPUA 5I4YA 1GF0A 1DPWA 1HMKA 3EMSA 1FLQA 1NHEA 1OP9B 1BB4A 1LMNA 2HEFA 4G4BA 4WLXA 4WM6A 3W6DA 4ZIXA 1B0DA 4ZEEA 3B0KA 4B4IA 5F14A 1LMTA 4NSHA 3TXEA 4UWNA 1XGQC 4DWXA 1VEDA 1WTMA 1EL1A 4M6DA 1LJGA 5KXNA 4NSGA 1KIQC 1SLYA 2Z2EA 5E9RA 4DC4A 1LJFA 1F6SA 1GF6A 4N5RA 3WUAA 4QEQA 1NWGA 4N0JA 4NWEA 1IOSA 2Z37A 1DI5A 1WQRA 4G4CA 1RFPA 4OWBA 4H9BA 3TMUA 2MEHA 1WQQA 4EMNA 1OUCA 1LSFA 1AT5A 2WARA 2Z39A 4CFOA 5KY1A 3FE0A 5LINA 1G7JC 3D9AC 4MCKA 1BVXA 1EQ5A 3QE8A 1IWUA 2LYZA 1G7HC 5APDA 4Z46A 5HLLA 5DLAA 5F9XA 1RI8B 2MEFA 2W1MA 4HP0A 2D6BA 1JKDA 1CJ9A 1LKSA 2Z12A 4XYYA 1ZV5L 1OQMA 1CNSA 2MEDA 1LHJA 3AGGG 1LZGA 4HJYA 1GBWA 3J4GA 4NGYA 1WVUA 1LMPA 1GBXA 5A3EA 1JKAA 7LYZA 3OJPA 1YAMA 2YBJA 2FBDA 1GF8A 4II8A 3LYZA 1UIAA 4B4EA 1OUEA 4DDCA 132LA 5D5CA 3WL2A 1FKQA 1QTEA 2Q0MX 1IP1A 1OUJA 1G7IC 5LIOA 1D9UA 2BQHA 4H9FA 2MEGA 3CT5A 5KJ9A 154LA 1BB7A 3AGHA 1FLWA 1IP7A 4XJGA 4DDBA 5A3ZA 1WQMA 1LKRA 2EQLA 4G49A 2I25L 2A7FA 4PRUA 4HPIA 3RU5A 1GHLA 4DD2A 1ZVHL 1JEFA 2DQEY 1REXA 4GLVA 3A94A 4LZTA 4MR1A 4NGWA 4C3WA 1LZRA 4Z41A 1CKFA 1LHLA 4H9CA 3HFMY 2LZTA 3B72A 4MSTA 1VDPA 4ETEA 2DBTA 1HEOA 5C6IA 4GCFA 4XJFA 1LZCA 1NF5A 2YBHA 1UIFA 4OWHA 5FHWA 1LZNA 3LYMA 3P64A 1OUDA 1GAZA 1IP4A 1LJKA 4NGJA 1A2YC 3WVXA 3GXKA 3A92A 4GN3A 2MECA 4NWHA 4AXTA 5LYMA 1GB0A 2HEDA 4LT0A 1IP6A 4I0CA 1FLYA 2YDGA 1LHKA 1QUTA 1SQ2L 2EIZC 1NDMC 2F4AA 5FCPA 1LSAA 4ML7A 1CKGA 1DQJC 4TUNA 1HENA 4YF2A 4NHPA 4KL7A 1GFVA 194LA 1LZ5A 1UIBA 2C8OA 4LYMA 5KXTA 1GBSA 1UACY 3TMXA 1KIRC 1UIHA 4DD3A 1D0MA 2BQLA 2G4QA 3WU7A 4N9RA 2BQGA 3WPKA 1VDTA 1REZA 1GEZA 4WOAA 3LYOA 1VAUA 2XJWA 3GXRA 4RW2A 3N9EA 1FDLY 1LTMA 1NMMA 1ZVYB 4RW1A 4XJIA 4B0DA 5IELA 3HBEX 2MEEA 3AGIA 1IP3A 1ALCA 2BQIA 4ET9A 5IHGA 5F16A 2Y8PA 1HMLA 4U3XB 153LA 5LAGA 3P66A 5F9UA 4YENA 4PJ2C 2C8PA 2A7DA 3CSQA 2HEBA 4YM8A 5HNLA 3TXHA 5II3A 1MLCE 4E3UA 5JENB 4H9IA 3WYHA 1LSEA 3TMWA 3KAMA 1VDQA 2ZQ4A 4NIJA 3A34A 2DQFC 4LYBA 5KXXA 1YL0X 5KXWA 1IOCA 193LA 1GBZA 3T36A 2BQMA 4AGAA 1TAYA 4J7VA 1CJ6A 2ZNWY 1GF7A 1FKVA 4QDNA 5D5FA 1GF9A 1VFBC 3WXUA 1KXXA 4TTDA 2DQCY 1DPXA 2Z18A 1JJ0A 1WTNA 3J6KA 2EKSC 3WPJA 1XFPL 5EBHA 2CGIA 1LZBA 1YILA 4ANRA 4GLAA 2YBIA 4O34A 4WLDA 1B5XA 1T6VL 1IC7Y 1LZ6A 1DI4A 4NHQA 2LYOA 2W1XA 5KXSA 4NY5A 5B1GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3WXTA 219LA 1L87A 4GCDA 1GFKA 2BLXA 3WUMA 1TLAA 4H9EA 1C10A 3ZVQB 1QT5A 4N8ZA 4H9HA 1GFUA 5LYZA 2ZILA 4WM4A 4WL6A 4DYGA 199LA 4WO6A 2IFFY 4H92A 5ILFA 1G06A 1L98A 3K3TA 1KIPC 1YQVY 2O79A 2LZ2A 188LA 3TXKA 1L25A 224LA 1XEJA 4D9ZA 1BWHA 2Z2FA 1XJTA 256LA 1IORA 4LDEA 2XTHA 2B6YA 4BAFA 4W53A 1HSXA 1L79A 4LFPA 1ZWNA 2DQGY 1L69A 1LYDA 1BWJA 3CT1A 3SB5A 1PQKA 180LA 1HC0A 1KNIA 3OE9A 3WVYA 4I7RA 1I20A 1YKXX 172LA 4TWSA 3C81A 1Z55A 3HT8A 113LA 1GFHA 4I7SA 1XGPC 4GN4A 4HV2A 3AW7A 2F30A 1L10A 1L75A 1IWXA 5KXKA 2B6WA 3CDOA 148LE 4H8ZA 3WU9A 129LA 1OVHA 2QARC 1KY0A 5FELA 1C6BA 3FI7A 175LA 5KKIA 108LA 1PQOA 1KXWA 1CKHA 5FSTA 1L36A 4XENA 1GF5A 4DT3A 1JHLA 1L15A 1T97A 2B5ZA 3ATNA 3BKHA 1QT3A 4UWUA 4XJDA 4WM3A 2DQAA 1L28A 1UIGA 1L97A 1LZYA 1NBZC 1LSCA 110LA 3CSZA 1GB6A 5HMVA 3A3QA 4UWVA 4BAPA 3ULRA 4H8XA 235LA 4H90A 1HFYA 1TBYA 1LPIA 1GB8A 241LA 227LA 205LA 3SB7A 4I7OA 1PQIA 1L91A 1IR7A 1L93A 3CDTA 4ARQB 3L2XA 5I53A 4CGEA 1JUGA 1SX7A 1H87A 4GCCA 3HTBA 4R6CA 2RBRA 3CT0A 2ZQ3A 1D2WA 2OE4X 1QSQA 5AMYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WXT A;  1B5Y A;  3TXI A;  4GCD A;  1GFK A;  2BLX A;  3WUM A;  1QSW A;  2BQB A;  2D91 A;  1YKY X;  4H9E A;  4R0F A;  5B05 A;  1C10 A;  1LSM A;  3RT5 X;  4XAD A;  3ZVQ B;  1GF4 A;  4IAT A;  4N8Z A;  4H9H A;  1GFU A;  5LYZ A;  1LJ3 A;  5KXR A;  3AB6 A;  1J1O Y;  2IHL A;  1VAT A;  2ZIL A;  4WM4 A;  3B6L A;  4WL6 A;  1B5W A;  4DYG A;  1GDW A;  4WO6 A;  2NWD X;  2IFF Y;  1HF4 A;  3AW6 A;  3AJN A;  1GB3 A;  4H92 A;  1UC0 A;  5ILF A;  4YOP A;  1WQN A;  3K3T A;  1CKD A;  1BHZ A;  2ZYP A;  1LZ9 A;  2F2N A;  3TXB A;  4BAD A;  5B06 A;  4TSC A;  1KIP C;  1YQV Y;  1CJ7 A;  1GFT A;  1QQY A;  3CB7 A;  2LZ2 A;  2I26 L;  4CFP A;  4WM5 A;  3TXK A;  4W96 A;  1GE3 A;  1FBI X;  1XEJ A;  2DQH Y;  4Z3M A;  4D9Z A;  4M4O A;  1IWV A;  1BWH A;  2HEA A;  2Z2F A;  1BB3 A;  2YBM A;  1B5V A;  1IOR A;  4KXI A;  3A3R X;  2XTH A;  4BAF A;  1BB5 A;  1HEM A;  1B2K A;  1C43 A;  1HSX A;  1XEI A;  4LFP A;  5K7O A;  1HSW A;  3W6E A;  1NBY C;  3WPL A;  2DQG Y;  1GE4 A;  3EBA B;  4WL7 A;  1GBO A;  1LJI A;  1BWJ A;  1GBY A;  1ZMY L; 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 4I0C A;  1FLY A;  2YDG A;  1LHK A;  1QUT A;  1SQ2 L;  2EIZ C;  1NDM C;  2F4A A;  5FCP A;  1LSA A;  4ML7 A;  1CKG A;  1DQJ C;  4TUN A;  1HEN A;  4YF2 A;  4NHP A;  4KL7 A;  1GFV A;  194L A;  1LZ5 A;  1UIB A;  2C8O A;  4LYM A;  5KXT A;  1GBS A;  1UAC Y;  3TMX A;  1KIR C;  1UIH A;  4DD3 A;  1D0M A;  2BQL A;  2G4Q A;  3WU7 A;  4N9R A;  2BQG A;  3WPK A;  1VDT A;  1REZ A;  1GEZ A;  4WOA A;  3LYO A;  1VAU A;  2XJW A;  3GXR A;  4RW2 A;  3N9E A;  1FDL Y;  1LTM A;  1NMM A;  1ZVY B;  4RW1 A;  4XJI A;  4B0D A;  5IEL A;  3HBE X;  2MEE A;  3AGI A;  1IP3 A;  1ALC A;  2BQI A;  4ET9 A;  5IHG A;  5F16 A;  2Y8P A;  1HML A;  4U3X B;  153L A;  5LAG A;  3P66 A;  5F9U A;  4YEN A;  4PJ2 C;  2C8P A;  2A7D A;  3CSQ A;  2HEB A;  4YM8 A;  5HNL A;  3TXH A;  5II3 A;  1MLC E;  4E3U A;  5JEN B;  4H9I A;  3WYH A;  1LSE A;  3TMW A;  3KAM A;  1VDQ A;  2ZQ4 A;  4NIJ A;  3A34 A;  2DQF C;  4LYB A;  5KXX A;  1YL0 X;  5KXW A;  1IOC A;  193L A;  1GBZ A;  3T36 A;  2BQM A;  4AGA A;  1TAY A;  4J7V A;  1CJ6 A;  2ZNW Y;  1GF7 A;  1FKV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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