4YX7C

Complex of spao(spoa1,2) and orgb(apar)::t4lysozyme fusion protein
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
196
structure length
196
Chain Sequence
GPVDMLKNIPIPSPLSPVEGILIKRKTLERYFSINIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
molecule keywords Surface presentation of antigens protein SpaO
total genus 61
structure length 196
sequence length 196
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yx7C00
3HTDA 191LA 1D9WA 1QTHA 3GUIA 3SB8A 1L99A 2O7AA 1L79A 3G3WA 259LA 1C6QA 4I7PA 1L06A 6LZMA 4ARMB 113LA 1L09A 1C63A 1PQKA 250LA 2OU8A 1P7SA 1L86A 1DYDA 1QT7A 4I7TA 4K5YA 1L39A 1ZWNA 1DYFA 3HT6A 3HDEA 137LA 1L72A 1L93A 1P46A 1G0KA 2RAZX 108LA 4I7LA 109LA 3HTGA 4ARJA 4W51A 211LA 1XEPA 4LDOA 3SB7A 4LDLA 155LA 150LA 175LA 1L12A 2LZMA 2B6XA 148LE 3HTFA 255LA 149LA 144LA 1L24A 1QUOA 3HH3A 1C61A 1CU2A 3C83A 1C6EA 1L73A 1L57A 2HUMA 1D3JA 1LI6A 1L05A 1L87A 243LA 1KW5A 2RAYX 1L45A 177LA 1L22A 4GBRB 1L31A 206LA 1L42A 254LA 1L15A 2NTGA 197LA 1DYAA 1C6HA 4I7QA 2RH1A 1SWZA 1L23A 1L75A 1QTZA 3SBAA 3ODUA 1C64A 1L10A 2OE4X 3DN2A 3HH6A 3SN6R 1JTMA 3HUQA 168LA 2LCBA 2IGCA 2Q9DA 1KY0A 156LA 1L0JA 3V2YA 184LA 1L56A 120LA 3DMZA 3SBBC 256LA 1L14A 3DN4A 1XJUA 4E97A 196LA 1L82A 1DYBA 199LA 130LA 1L98A 145LA 3F9LA 2RBSA 1LGUA 3L64A 174LA 1JTNA 4EPFA 249LA 1SSWA 4LDEA 1L19A 1CVKA 1L17A 2O79A 2F2QA 214LA 2B6YA 3DN3A 201LA 2F32A 1L83A 2OU9A 257LA 138LA 3GUJA 2HULA 1L97A 4I7OA 1G0PA 2OTZX 1LPYA 1L61A 223LA 2OE7X 4EKPA 3CDRA 234LA 3DN0A 3EMLA 4I7SA 1L08A 1PQIA 1PQOA 151LA 4EKRA 246LA 3SB5A 4AQNA 4EKSA 180LA 248LA 1SX7A 1L0KA 1OV5A 1L94A 1LYGA 3G3VA 1L71A 4W52A 1OVHA 143LA 1LGWA 3V2WA 1L80A 1D2WA 1ZYTA 1OVKA 3C8RA 1L02A 230LA 1CU5A 1G1WA 2Q9EA 3DMXA 1P56A 2RBNA 226LA 1L59A 1CUPA 1P3NA 1C6JA 1WTHA 1L01A 1L96A 229LA 3HU8A 253LA 2NTHA 2RBOA 1CV4A 3HDFA 228LA 239LA 3JR6A 1G06A 1L32A 1QSBA 185LA 162LA 3OE9A 232LA 1OVJA 3GUOA 245LA 2LC9A 1QT4A 1TLAA 4S0WA 1CV3A 1C6GA 1P36A 1T8FA 2RBPA 2O4WA 231LA 1CU6A 187LA 1L21A 3CDTA 1C69A 1CV6A 1LYDA 2A4TA 1CX7A 1L47A 1L16A 4W57A 1OWZA 198LA 3DN1A 1L13A 167LA 3FI5A 1L28A 3GUPA 4I7MA 5I14A 2ANXA 1D3MA 131LA 225LA 210LA 3CDOA 1C6KA 4EKQA 3C7WA 2B75A 1L43A 240LA 173LA 1G07A 1LI2A 205LA 1L52A 1B6IA 1QTCA 1LWGA 1L85A 1JQUA 1P64A 1P5CA 4OO9A 142LA 1C6PA 1LYEA 1QUDA 1L00A 104LA 3GULA 3C7ZA 1C6LA 1L76A 3L2XA 112LA 1L63A 4ARQA 1QTVA 1L18A 2B7XA 3G3XA 1G0JA 2B70A 1L89A 1L29A 227LA 1L37A 2B6TA 4EXMA 2CUUA 1DYCA 1L38A 1PQDA 262LA 217LA 216LA 1L53A 157LA 4DAJA 160LA 1CV5A 1L34A 200LA 1QSQA 1P37A 1L70A 1L04A 4I7KA 1CV1A 3DMVA 3GUMA 176LA 3PDSA 3CDQA 1C6NA 169LA 188LA 1KW7A 244LA 1EPYA 140LA 3C80A 2RBRA 170LA 1L62A 119LA 3SB9A 2B6WA 1C6MA 1CTWA 221LA 171LA 152LA 1NHBA 1C60A 1I6SA 2B6ZA 4W56A 215LA 1P2LA 4W58A 1LYHA 1C65A 260LA 4EPIA 195LA 3DN6A 2OEAX 1L49A 3CDVA 3HT7A 1T8GA 3HTBA 163LA 4W55A 1KS3A 1L30A 238LA 1L48A 1C68A 1P6YA 2B73A 1L03A 1L07A 7LZMA 110LA 1G0QA 3C81A 1C6TA 1G0MA 1L55A 1SX2A 224LA 3VW7A 3QAKA 1G0LA 3HH4A 237LA 190LA 3GUKA 1OWYA 3HWLA 4EJ4A 107LA 1LI3A 3GUNA 1LYFA 1CX6A 1ZURA 4YXCA 3HUKA 1LYIA 1L67A 218LA 4I7RA 1P2RA 3C7YA 1L69A 236LA 172LA 3HT8A 1L74A 1C6FA 2F47A 1D3FA 127LA 1L84A 1OYUA 261LA 4ARPA 1L20A 1D3NA 2QB0B 141LA 2ANVA 247LA 3FA0A 1L54A 4W54A 1L88A 3HT9A 213LA 2OE9X 186LA 233LA 1LGXA 3DNAA 1QS9A 1C6CA 3HU9A 251LA 3C8SA 1XJTA 146LA 1QT3A 2RB1X 1L11A 1T6HA 1L58A 2RBQA 3RUNA 1L90A 1L60A 1PQJA 1L33A 1L77A 1L92A 1PQMA 222LA 252LA 3FADA 3C82A 1K28A 3RZEA 3UONA 1SSYA 1L95A 1C6BA 1SWYA 2RB0X 1CV0A 2Z6BA 4GRVA 192LA 1QT8A 1D2YA 4ZPUA 3C8QA 3OE6A 3SB6A 242LA 1LW9A 1QT5A 2HUKA 3D4SA 1T8AA 2RB2X 1L51A 1L36A 122LA 139LA 1QTBA 4W53A 4LZMA 1C6DA 1C66A 258LA 1CU3A 147LA 161LA 129LA 164LA 235LA 4PK0A 1QUGA 1L40A 2L78A 1L68A 115LA 1LWKA 103LA 1KY1A 3OE8A 1CUQA 1DYEA 3DN8A 1C62A 5LZMA 118LA 123LA 159LA 3NY8A 1L65A 4PJZA 241LA 4W59A 1C6AA 1L64A 1L44A 4YXAC 1OV7A 4YX7C 1QS5A 114LA 3K2RA 4ARLA 2QARC 3F8VA 1G1VA 3LZMA 3HH5A 1L81A 220LA 128LA 3DKEX 4I7NA 178LA 3NY9A 1L46A 1T97A 1C67A 4ARQB 3NYAA 1L91A 2B72A 189LA 3HUAA 1L50A 1L66A 2OTYX 126LA 166LA 4I7JA 1LYJA 4IAPA 212LA 158LA 1C6IA 183LA 4ARMA 2OU0X 4DJHA 1QTDA 1QUHA 3PBLA 1L35A 165LA 1QT6A 1L25A 1L27A 1CU0A 1G0GA 182LA 219LA 1KNIA 125LA 181LA 111LA 209LA 1L41A 1L26A 102LA 2B74A 1LLHA 3OE0A 4DKLA 1DYGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2IHLA 1OQMA 4NG8A 4WOAA 1D9WA 3SB8A 4J7VA 1L79A 1IP6A 4TTDA 1H87A 1GB7A 3P65A 6LZMA 1B7NA 4ARMB 3ATOA 1PQKA 1KXYA 1LZBA 1IP2A 1IORA 1IWWA 4K5YA 1G7LC 4NG1A 1L72A 2Z38A 1L93A 1UIDA 1FN5A 5HMVA 1GB9A 1VFBC 3AGHA 1LSPA 4XJIA 4LDOA 5E4PA 5LINA 3SB7A 2YVBA 3A6CY 3WUMA 1HMKA 149LA 144LA 4YEMA 1FDLY 2ZNXY 5DN4A 1C6EA 1L57A 2HUMA 3HBEX 3ZVQB 3RZ4A 1LI6A 1L05A 4UWNA 1KW5A 2RAYX 1L45A 2RSCA 3EO5A 1UIEA 5KXYA 197LA 2LZTA 1UC0A 1DYAA 4WLDA 2G4QA 3WU8A 2RH1A 3CSZA 1L75A 1QTZA 4Z41A 4GCEA 2OE4X 3ATNA 3HH6A 1JTMA 2CJLA 1RE2A 2C8OA 3IWRA 4HTKA 1IOQA 194LA 2G4NA 2Q9DA 156LA 4WO6A 2BQJA 184LA 1L56A 3A90A 5F14A 4CFOA 3DN4A 4LZTA 1IP4A 2ZQ4A 1XJUA 4E97A 199LA 3W6EA 145LA 4DD7A 1KXXA 5LAGA 1XEIA 1WQPA 249LA 3VWOA 4YEOA 133LA 3DN3A 1GFUA 3GUJA 4H91A 1L97A 2G4PA 2OTZX 2OE7X 5DM9A 1IY4A 4EKPA 3WPLA 1I1ZA 1IO5A 3TXFA 2DQGY 1LKRA 1JTPL 1SX7A 248LA 5LYZA 1IOCA 4BAPA 1LYGA 2BQHA 3G3VA 3IJUA 1L80A 4ETAA 2DQDY 4XJHA 3A3RX 1CU5A 1LJIA 5LVJA 226LA 1L59A 1XGPC 4YENA 1QDTA 3HBHA 229LA 2MEAA 3AB6A 2NTHA 4WG1A 1WVVA 228LA 1B2KA 185LA 162LA 232LA 5II3A 1HF4A 3GUOA 1D0LA 1TLAA 4S0WA 4N1CC 4W94A 4PRQA 1CU6A 1C69A 1EQEA 4HTNA 3WXTA 2A4TA 4LYCA 3WVYA 2ZIKA 1TEWA 1L16A 3DN1A 4DD9A 3GUPA 2ANXA 2C8PA 5FCPA 3C7WA 4HSFA 2YBIA 240LA 4LYBA 1XGTC 4XYYA 1B6IA 1L85A 1JQUA 4OO9A 4DQJA 2YBNA 1C6LA 1LZRA 5FSTA 132LA 1YAOA 4ARQA 3A34A 3E3DA 1NMMA 1LSGA 2WARA 2B70A 4B4IA 1L89A 1L29A 2CUUA 5KY1A 1VDQA 1LJJA 3WL2A 1D6QA 157LA 1D0MA 4GCFA 4I7KA 5IHGA 4CHXA 1GWDA 1KW7A 1FLYA 1IOSA 5B59A 4OWAA 119LA 221LA 2EQLA 1JSFA 2B6ZA 3TMUA 1YQVY 1QDRA 2MEGA 208LA 4W56A 4NWHA 1LYHA 2OEAX 2A7FA 1GF4A 3HTBA 1AM7A 2EIZC 163LA 1KS3A 1B7OA 238LA 1C46A 1C68A 3EXDA 2MEDA 7LZMA 3AW6A 4QGZA 1SX2A 3TXIA 3CT5A 2XTHA 4NSGA 2BQKA 4WMGA 1JJ1A 1OWYA 1LZSA 1BQLY 5B06A 3GUNA 1LYFA 1CKFA 1ZURA 1L67A 218LA 1IWYA 2Z37A 5E9RA 4QDNA 1D3FA 1JISA 1XSFA 1D3NA 1TBYA 3TXEA 1EQ5A 233LA 1WQNA 134LA 3DNAA 1BB3A 1QS9A 1P2CC 4H9EA 3C8SA 3SP3A 1XJTA 3AGGG 1QT3A 2RB1X 1T6HA 5IDDA 1L90A 4H9IA 4WM4A 1L60A 1PQJA 1L33A 2DQIY 222LA 1K28A 4ETEA 1JHLA 1SWYA 4OOOA 1JIYA 4GRVA 2BQEA 1QT8A 2Z39A 1D2YA 5JENB 5F9XA 2MEHA 4XN6A 1LW9A 2RB2X 1L51A 1L36A 1QTBA 1HEOA 4LZMA 1LHIA 1CU3A 147LA 5C6LA 235LA 5B1GA 2L78A 5M1YA 1UIAA 3OE8A 5LA5A 2I26L 1C62A 5LZMA 7LYZA 118LA 3WW5A 2GV0A 1B5UA 4W59A 1L64A 4YXAC 4GN3A 4BADA 3K2RA 1L81A 1LCNA 1OUCA 1T97A 3QE8A 2W1XA 1INUA 1UA6Y 4WM1A 4ANRA 2OTYX 4B1AA 4I7JA 4CJ2A 1VDTA 2FYDA 4EOFA 1GFKA 1B7QA 1C08C 1T6VL 1GPQC 1GAYA 1L27A 1G0GA 2MEFA 1KNIA 4NGOA 1YROA 181LA 209LA 4DQ7A 1LLHA 3OE0A 1G7HC 4RW1A 1GF7A 4XADA 3RU5A 1REXA 3HTDA 1LSZA 5B1FA 1VDPA 1LYOA 1JKDA 1C6QA 1LJ3A 1JPOA 1L06A 2BLYA 1GXXA 4H92A 1ALCA 2IFFY 4B4JA 3AZ6A 1LMQA 4ET8A 4I7TA 1DYFA 154LA 3HDEA 2MEIA 2D4KA 108LA 109LA 4LFXA 1B7SA 1IP5A 4H8XA 211LA 1XEPA 1GD6A 1FKVA 3BKVA 150LA 1LOZA 4B4EA 4WL7A 2D91A 3HTFA 4XJBA 1L24A 3TXGA 2DQCY 3HH3A 4TSCA 3C83A 3LZ2A 5EBHA 2FYCA 1F6RA 177LA 1L22A 4GBRB 1L31A 1LYYA 5L3IA 3AYQA 3LZTA 2NTGA 1T3PA 4G9SA 4I7QA 5KXKA 1L23A 3ODUA 1L10A 1BB4A 4LFPA 3SN6R 1QTEA 3HUQA 1XGUC 5LIOA 1IC7Y 1YL0X 4XENA 1HEWA 2LCBA 4WG7A 2W1LA 3AJNA 1WQOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2IHL A;  1OQM A;  4NG8 A;  4WOA A;  1D9W A;  3SB8 A;  4J7V A;  1L79 A;  1IP6 A;  4TTD A;  1H87 A;  1GB7 A;  3P65 A;  6LZM A;  1B7N A;  4ARM B;  3ATO A;  1PQK A;  1KXY A;  1LZB A;  1IP2 A;  1IOR A;  1IWW A;  4K5Y A;  1G7L C;  4NG1 A;  1L72 A;  2Z38 A;  1L93 A;  1UID A;  1FN5 A;  5HMV A;  1GB9 A;  1VFB C;  3AGH A;  1LSP A;  4XJI A;  4LDO A;  5E4P A;  5LIN A;  3SB7 A;  2YVB A;  3A6C Y;  3WUM A;  1HMK A;  149L A;  144L A;  4YEM A;  1FDL Y;  2ZNX Y;  5DN4 A;  1C6E A;  1L57 A;  2HUM A;  3HBE X;  3ZVQ B;  3RZ4 A;  1LI6 A;  1L05 A;  4UWN A;  1KW5 A;  2RAY X;  1L45 A;  2RSC A;  3EO5 A;  1UIE A;  5KXY A;  197L A;  2LZT A;  1UC0 A;  1DYA A;  4WLD A;  2G4Q A;  3WU8 A;  2RH1 A;  3CSZ A;  1L75 A;  1QTZ A;  4Z41 A;  4GCE A;  2OE4 X;  3ATN A;  3HH6 A;  1JTM A;  2CJL A;  1RE2 A;  2C8O A;  3IWR A;  4HTK A;  1IOQ A;  194L A;  2G4N A;  2Q9D A;  156L A;  4WO6 A;  2BQJ A;  184L A;  1L56 A;  3A90 A;  5F14 A;  4CFO A;  3DN4 A;  4LZT A;  1IP4 A;  2ZQ4 A;  1XJU A;  4E97 A;  199L A;  3W6E A;  145L A;  4DD7 A;  1KXX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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