4YXAC

Complex of spao(spoa1,2 semet) and orgb(apar)::t4lysozyme fusion protein
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
196
structure length
168
Chain Sequence
GPVDMLKNIPIPSPLSPVEGILIKRKTLERYFSINIFEMLRIDEGLRLKIYKNTEGYYTIGIGHLLTAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein transport
source organism Salmonella typhimurium (strain lt2 / sgsc1412 / atcc 700720)
molecule keywords Surface presentation of antigens protein SpaO
total genus 48
structure length 168
sequence length 196
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4yxaC00
2QB0B 1C6TA 1G0GA 4W53A 1L62A 1L55A 3NY9A 140LA 236LA 1I6SA 3QAKA 1L49A 1LLHA 243LA 3V2YA 3HUQA 182LA 1ZYTA 2RBOA 4ARMB 2L78A 1JTMA 1P37A 1P5CA 4I7JA 190LA 2ANXA 4EKQA 1T8AA 1LGXA 2B70A 1L16A 257LA 1L22A 178LA 1CV1A 2B6ZA 1CU2A 1L11A 1L20A 1L89A 253LA 2Q9EA 3C8RA 1L93A 108LA 1L07A 1QTZA 102LA 1L88A 146LA 1QT3A 1KW7A 163LA 1L73A 4OO9A 111LA 3DMXA 4YX7C 1L52A 210LA 1QT4A 1KY1A 4LDLA 3SB6A 1G1VA 1OYUA 225LA 201LA 252LA 1LW9A 3NY8A 2F2QA 1LWKA 1C6EA 240LA 1CTWA 1P36A 4I7MA 1L27A 1L99A 103LA 1PQMA 3GUPA 1C6KA 3G3WA 1C6MA 3SB9A 1G06A 199LA 1L39A 144LA 1TLAA 4DJHA 166LA 1L50A 1L96A 1L82A 4EXMA 1C69A 244LA 168LA 1L66A 1L80A 2B73A 1L47A 2CUUA 1CU3A 3C8QA 1L41A 2RAYX 1L92A 229LA 216LA 1PQIA 4EKPA 130LA 1L91A 2HUMA 1OVHA 1LPYA 1CUPA 1L84A 241LA 148LE 1L43A 3HU8A 1G0JA 238LA 4K5YA 3DMZA 3C82A 1L36A 1L23A 164LA 1C6AA 1C61A 1L28A 2F32A 3HT6A 2RBQA 1L60A 1C6FA 4EKSA 1L53A 109LA 1C60A 1CV5A 155LA 1L32A 149LA 1L05A 1QUGA 160LA 1L40A 213LA 1SX7A 4DAJA 3FI5A 1D3JA 3RZEA 3OE9A 107LA 3GUKA 1L42A 1L68A 1C6BA 112LA 176LA 1KY0A 187LA 1L97A 3DN3A 1CU0A 1L67A 1LYHA 1SSWA 1K28A 1C6QA 186LA 1P2LA 249LA 247LA 1T8GA 3FA0A 1QS9A 123LA 211LA 2OTYX 7LZMA 191LA 125LA 3HDFA 3SB7A 3C80A 159LA 183LA 1QT7A 246LA 1LGWA 170LA 2B74A 3GULA 230LA 2B6XA 1G07A 248LA 1L38A 1L85A 1C63A 254LA 157LA 1L0JA 3G3VA 3HWLA 3HH4A 223LA 3OE0A 250LA 3HTFA 1L51A 3G3XA 3RUNA 4PJZA 147LA 1CX7A 217LA 4I7PA 1L37A 181LA 1QUDA 3HU9A 3HH6A 1D3NA 237LA 113LA 233LA 256LA 1JQUA 128LA 1L56A 259LA 1DYCA 1SWZA 4DKLA 1C62A 1DYAA 1CVKA 1QT8A 3DN2A 3GUMA 1DYDA 1KW5A 1SSYA 227LA 3K2RA 4LZMA 232LA 1L86A 2F47A 4I7NA 1L72A 4GBRB 1P7SA 4EPFA 2OE4X 1D9WA 3HT9A 6LZMA 1C6JA 3DN1A 1CX6A 189LA 184LA 3DN4A 1L87A 151LA 4EKRA 1L83A 2RB2X 150LA 1LI2A 1C6LA 212LA 1D3MA 2OE7X 3HDEA 139LA 1LYEA 3HT7A 3LZMA 4PK0A 3SB5A 4W59A 1L03A 162LA 1QTBA 239LA 1P6YA 4I7SA 3DN6A 1G0MA 4W51A 4W57A 4W52A 1L71A 1LWGA 1OV5A 2RBRA 1LI6A 245LA 1D3FA 1CV6A 142LA 2LC9A 1C6NA 1CV4A 221LA 3C8SA 1CV3A 4I7KA 1KNIA 1PQKA 1XEPA 171LA 2ANVA 3HH5A 3D4SA 3HT8A 1L15A 3HTBA 1C67A 1L18A 1L33A 3V2WA 3FADA 1CUQA 1L12A 1L76A 1L61A 2LCBA 1JTNA 2LZMA 1C6DA 143LA 4I7RA 2B72A 209LA 1G0QA 1L31A 1L17A 1L65A 226LA 1WTHA 1L48A 3DMVA 1L45A 4I7LA 1CV0A 1EPYA 206LA 180LA 196LA 2O79A 118LA 4GRVA 255LA 1DYBA 261LA 3DN8A 104LA 1CU5A 4W58A 3CDVA 4W55A 1SWYA 214LA 262LA 3C7ZA 3DKEX 156LA 2HULA 4I7TA 1P64A 1L09A 1L54A 1OVKA 1LYJA 1L14A 1L21A 3SN6R 1L75A 167LA 242LA 2RB1X 2A4TA 1QUOA 215LA 231LA 4IAPA 2OU0X 3C7WA 251LA 158LA 2NTGA 1L77A 1SX2A 3HH3A 4W54A 120LA 3GUJA 1L10A 1P3NA 161LA 235LA 3SB8A 1QT6A 3JR6A 1PQJA 1XJUA 2QARC 1D2WA 1L90A 197LA 110LA 1ZURA 2RBNA 1P2RA 234LA 3SBAA 4YXAC 1L98A 1QSQA 2OE9X 3DN0A 2Z6BA 3F9LA 4AQNA 185LA 1G0LA 1L06A 1LYGA 2RB0X 4ARQB 1P56A 3GUOA 5I14A 1C6CA 2RBPA 3OE6A 3CDOA 195LA 141LA 174LA 218LA 1QTHA 1C68A 172LA 1L30A 3SBBC 1L08A 122LA 4ARPA 175LA 1C66A 1G1WA 3GUNA 4EPIA 3CDQA 3HTDA 3UONA 127LA 1L74A 3CDTA 2B6TA 220LA 1CU6A 1L59A 228LA 1L81A 3CDRA 3C83A 4LDEA 1L24A 1DYGA 1L00A 173LA 1L0KA 3NYAA 219LA 1T6HA 1DYFA 2OU8A 1QUHA 4W56A 3C7YA 1L25A 200LA 1P46A 138LA 4EJ4A 2O7AA 1C65A 1L79A 3DNAA 2IGCA 137LA 4ARLA 1L94A 1QTCA 131LA 1LYFA 1L02A 1NHBA 169LA 2RAZX 1OWZA 4ARMA 1G0PA 260LA 4S0WA 4I7QA 224LA 188LA 4ARQA 1L64A 165LA 1C64A 2B6WA 2HUKA 3PBLA 1L01A 1L70A 1L46A 1LI3A 1PQDA 115LA 1OVJA 3L64A 4ZPUA 222LA 1T8FA 1L34A 119LA 1QTDA 2B7XA 1LYIA 2O4WA 2OEAX 177LA 1XJTA 3HUKA 2NTHA 152LA 1D2YA 1G0KA 5LZMA 1OV7A 129LA 114LA 1QTVA 3C81A 1ZWNA 2RBSA 4ARJA 1QS5A 1L57A 3OE8A 1OWYA 1L95A 3L2XA 2OU9A 2B6YA 3HTGA 145LA 3PDSA 2RH1A 1L58A 2Q9DA 1PQOA 1L29A 1LGUA 3ODUA 1T97A 1C6HA 4YXCA 1L04A 126LA 3GUIA 3EMLA 1L35A 2B75A 3VW7A 2OTZX 3HUAA 4I7OA 258LA 1B6IA 4E97A 1L13A 1C6PA 1KS3A 1C6IA 1L19A 1QSBA 192LA 205LA 1QT5A 1L44A 1L63A 1L26A 4LDOA 1L69A 198LA 1LYDA 1C6GA 1DYEA 3F8VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2QB0B 4HSFA 1L62A 1L55A 2A7DA 1EQ5A 1I56A 3P66A 4RDSA 3TMVA 1FN5A 3V2YA 243LA 3P65A 182LA 1ZYTA 4WM4A 4NGJA 1C08C 5C6JA 1QQYA 4EKQA 1IWYA 4HPIA 1UACY 5T3FA 4LFXA 1CU2A 253LA 3CB7A 102LA 1L88A 2Z2FA 1QT3A 1L73A 4OO9A 4YEMA 1T3PA 1OP9B 4N8ZA 4DDAA 1VDQA 1CKFA 1GB9A 1GEZA 1PS5A 4RW2A 1JIYA 1OYUA 225LA 252LA 2D6BA 3FI7A 3W6CA 240LA 4I7MA 1VFBC 1L99A 1BWJA 2HEDA 3AW6A 199LA 4OOOA 1HERA 1WQPA 3E3DA 1YQVY 5E9RA 166LA 5LAFA 4EXMA 2DQAA 1L66A 1L47A 2CUUA 1CU3A 5DL9A 1VATA 3C8QA 3WMKA 229LA 2Z12A 1TBYA 4WG7A 1L91A 1TEWA 2HUMA 1LPYA 3HBEX 3WH1A 1CUPA 1JJ0A 1L84A 148LE 5HMJA 1G0JA 238LA 3G3AB 5APCA 4NGWA 4XJHA 1HC0A 4HPEA 5M1YA 3HT6A 1C6FA 3B0IA 1L32A 3AW7A 2I6ZA 1QUGA 3T36A 213LA 4LZTA 1JEFA 5I4XA 5ILFA 4H8ZA 1L42A 2HEAA 1WQOA 1DQJC 4H90A 1HNLA 1LSMA 1HSWA 1UICA 187LA 1NHEA 1L97A 1ZV5L 3DN3A 4WL7A 2MEDA 186LA 2MEBA 5LYMA 1JKCA 247LA 1KIPC 3FA0A 211LA 3SB7A 1GDXA 3GXKA 4J1AA 7LYZA 5KXTA 3A6BY 230LA 1G07A 248LA 4NEBA 4G4HA 1L38A 1HHLA 1C63A 1RCMA 4EMNA 250LA 1SLYA 1MLCE 1FKVA 1EL1A 1BB5A 1WQQA 1D3NA 237LA 1JQUA 2NWDX 1DYCA 1CVKA 3GUMA 1YKXX 3DN2A 1V7SA 1O23A 4LZMA 232LA 1L86A 1LJIA 5C6IA 1L72A 2XTHA 4DDBA 1GWDA 1ZVYB 1P7SA 4W94A 3HT9A 1B5ZA 1IWVA 1L87A 1XEIA 1P2CC 5B05A 1YL0X 3ATNA 212LA 1LHJA 3HFMY 2MEEA 4DD7A 4W59A 4NGIA 1P6YA 1HENA 1KXWA 5L3IA 4OWCA 4W57A 2BQNA 4P2EA 4W52A 1DPWA 1D3FA 4NWHA 3AYQA 1HMKA 1NMMA 1LJJA 1CV3A 1LMOA 3M18B 1B7QA 3LYZA 1B5XA 1PQKA 2ANVA 171LA 1GB0A 2LYOA 4NIJA 4TWSA 4DD1A 3CQLA 5HLLA 1L18A 1CKDA 4CFOA 1L76A 4GN3A 1C6DA 143LA 4I7RA 1G0QA 5DN4A 1WTHA 1Z55A 194LA 4GRVA 4Z3MA 3DN8A 104LA 4E3UA 1GF7A 1LZEA 1XEKA 3AGHA 1WVUA 1SWYA 1IP5A 214LA 262LA 3WU7A 5HMVA 2F4GA 2W1YA 1YIKA 1L14A 2HECA 4NG8A 4FJRA 5LVIA 2BQLA 2A4TA 1LJEA 1XGRC 2N5ZA 4UWNA 2BQCA 1C10A 3GUJA 3TXBA 1QT6A 3F6ZA 197LA 2RBNA 3SBAA 1L98A 2OE9X 3DN0A 5IDDA 3F9LA 2ZIJA 1LYGA 1P56A 5I14A 4H9BA 1FLUA 2RBPA 2YVBA 3OE6A 4B0DA 5KJ9A 1B7SA 1LMTA 195LA 4LGKA 4UWUA 4FDYA 3N9EA 1IR8A 4ARPA 175LA 1C66A 4EPIA 1L74A 2H9KA 4QDNA 4HV1A 3CDRA 3C83A 2ZQ3A 3HBHA 1QDTA 173LA 1L0KA 4H9EA 4N0JA 1DYFA 1WTNA 1UC0A 2G4NA 1IO5A 1L79A 2CWIA 2LZTA 2MEIA 3LN2A 4ARLA 1QTCA 1BB4A 1LYFA 5KXNA 1L02A 1NHBA 4WM2A 2DQIY 260LA 224LA 1CNSA 2F4AA 1B5UA 1OUGA 3PBLA 2BQFA 5FHWA 4XJGA 1G7HC 1JTTL 4YOPA 1OVJA 222LA 1T8FA 1REMA 119LA 1LYOA 1QTDA 2O4WA 1B7LA 4MR1A 4B4IA 1XJTA 1TCYA 2W1XA 1GFGA 1QTVA 3EBAB 1ZWNA 1J1OY 1IVMA 1IP2A 4ARJA 1QS5A 2ZNWY 4BADA 1L95A 5KXKA 4DQ7A 1IP4A 3HTGA 5F81A 1L58A 4M4OA 5AMYA 1DZBX 1T97A 4YXCA 1CKGA 1GBYA 4PPOA 4QEQA 1QTEA 2B75A 2OTZX 3HUAA 4I7OA 2BQMA 1B6IA 1GBXA 1B5WA 1C6PA 3T6UA 4QGZA 1C6IA 1QSBA 1L63A 3W6DA 3A91A 1C6TA 1G0GA 4W53A 3WUMA 140LA 2BQOA 3QAKA 1L49A 4NGOA 1HEMA 2X0AA 4ETBA 5LYTA 4ARMB 3D3DA 1JTMA 1P37A 1NBYC 2ANXA 4H9IA 1L16A 257LA 1L22A 3WPJA 3WU9A 1L20A 1C46A 2PC2A 1L07A 5B07A 3A6CY 2Z2EA 2W1LA 3SB6A 1LHLA 1G1VA 3NY8A 3VWOA 1P36A 3GUPA 4RLNA 1G06A 4IJ4A 1VAUA 1LKSA 1LYSA 1L96A 1LJKA 4NG1A 4XJFA 1DKKA 168LA 2B73A 5C6LA 1LYZA 2MECA 2RAYX 1L92A 134LA 1GFEA 3B6LA 130LA 1C43A 3A94A 3WPLA 3P4ZA 2EPEA 1G7JC 3LYOA 5F14A 1C60A 1BGIA 1UIHA 2F30A 1LZCA 4U3XB 1I20A 160LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2QB0 B;  4HSF A;  1L62 A;  1L55 A;  2A7D A;  1EQ5 A;  1I56 A;  3P66 A;  4RDS A;  3TMV A;  1FN5 A;  3V2Y A;  243L A;  3P65 A;  182L A;  1ZYT A;  4WM4 A;  4NGJ A;  1C08 C;  5C6J A;  1QQY A;  4EKQ A;  1IWY A;  4HPI A;  1UAC Y;  5T3F A;  4LFX A;  1CU2 A;  253L A;  3CB7 A;  102L A;  1L88 A;  2Z2F A;  1QT3 A;  1L73 A;  4OO9 A;  4YEM A;  1T3P A;  1OP9 B;  4N8Z A;  4DDA A;  1VDQ A;  1CKF A;  1GB9 A;  1GEZ A;  1PS5 A;  4RW2 A;  1JIY A;  1OYU A;  225L A;  252L A;  2D6B A;  3FI7 A;  3W6C A;  240L A;  4I7M A;  1VFB C;  1L99 A;  1BWJ A;  2HED A;  3AW6 A;  199L A;  4OOO A;  1HER A;  1WQP A;  3E3D A;  1YQV Y;  5E9R A;  166L A;  5LAF A;  4EXM A;  2DQA A;  1L66 A;  1L47 A;  2CUU A;  1CU3 A;  5DL9 A;  1VAT A;  3C8Q A;  3WMK A;  229L A;  2Z12 A;  1TBY A;  4WG7 A;  1L91 A;  1TEW A;  2HUM A;  1LPY A;  3HBE X;  3WH1 A;  1CUP A;  1JJ0 A;  1L84 A;  148L E;  5HMJ A;  1G0J A;  238L A;  3G3A B;  5APC A;  4NGW A;  4XJH A;  1HC0 A;  4HPE A;  5M1Y A;  3HT6 A;  1C6F A;  3B0I A;  1L32 A;  3AW7 A;  2I6Z A;  1QUG A;  3T36 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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