4ZIXA

Structure of hewl using serial femtosecond crystallography of soluble proteins in lipidic cubic phase
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Serial Femtosecond Crystallography of Soluble Proteins in Lipidic Cubic Phase
doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4zixA00
1BVKC 3A93A 4RLMA 1TAYA 4LYMA 1KXYA 3A3RX 1GB8A 4LT1A 3TXFA 5E4PA 2CDSA 1B7PA 1F6RA 8LYZA 1T6VL 4ETCA 4WM2A 2D4KA 4NGLA 5DLAA 1VEDA 1WQPA 3CT1A 4B0DA 2ZQ3A 4UWNA 4DDAA 5AMYA 1GB6A 1CNSA 1LZAA 2I6ZA 1E8LA 4LYCA 3AJNA 1XEIA 3EXDA 1HC0A 1LZEA 2BQCA 1BVXA 1RI8B 1O23A 2Z19A 1GFRA 4XJHA 4YF2A 5M1YA 3EMSA 4GN5C 5HNLA 4GCBA 1YROA 1JEFA 4J0LA 4WLDA 2DQAA 2Q0MX 1GF4A 1VDQA 1QUSA 1GFHA 1UACY 5KXPA 5FDJA 3WYHA 1XGRC 4H1PA 5HQ1A 2Z2FA 4LZTA 1TBYA 1B5YA 1LZSA 4XJDA 3A3QA 5D5FA 4H8YA 2I26L 1GAZA 1TDYA 1B5WA 1IWVA 4N1EI 1JWRA 3W6DA 1NKHA 2A7DA 3P66A 5KXOA 1B5XA 1JISA 3CT5A 2DQEY 1B5VA 1B7NA 4WM3A 1LJEA 2CJLA 3LYOA 1B5ZA 2VB1A 2Z37A 4LT2A 1GBZA 1WQRA 1FBIX 4ETAA 4RLNA 4ETBA 1GF7A 1B7OA 4WLYA 2F30A 3CB7A 5B05A 5LXWA 4DD3A 1YANA 1FKQA 1SQ2L 5L3IA 1B5UA 4NFVA 4RW1A 4YOPA 1GF0A 3GXRA 5APCA 3WUNA 1D0KA 3A95A 1IOQA 2MEBA 5LYZA 1LKRA 2F4AA 3WPKA 6LYZA 1DI4A 2ZWBA 4OW1A 1A4VA 4ZFPA 1LHMA 5LVKA 1LZ9A 4NGOA 4TSCA 2YBMA 4LFXA 5I4WA 3A67Y 194LA 2IHLA 3TMXA 1OUCA 4WOAA 3B0KA 4WO9A 1FLUA 1Z55A 4PPOA 1HEMA 1GFVA 1IC4Y 3G3BB 1GFTA 4P2EA 5A3ZA 2BQDA 1AT5A 1JKAA 1IOSA 4PGJB 4DC4A 1GE0A 3J6KA 5ILCA 5KXMA 5KXLA 1D0LA 5KXSA 4WG7A 1GBWA 2YBNA 4PRQA 1BWHA 2H9JA 1C08C 1YKYX 5B1GA 3WH1A 3AZ6A 4OWAA 1XGPC 1LSNA 1ZVHL 4LT0A 1WTMA 2D4IA 2MEHA 1LPIA 2XBSA 3W3EA 1B2KA 4B1AA 1XGUC 4EOFA 2BQBA 4ET9A 1N4FA 5LVGA 1LSYA 1WTNA 3ATNA 4J7VA 4GN4A 1OUHA 1UIFA 5HNCA 1J1XY 1LSAA 1GBSA 2MEFA 2HEFA 2W1MA 1IP2A 2BQNA 2Z18A 4ZIXA 1WQQA 2DQHY 1QDRA 3HBHA 4KL7A 2MECA 1UIBA 4LYZA 2HUBA 4NHQA 1LZ1A 4G4CA 1IWZA 1UA6Y 3CSQA 2LZTA 1GF5A 1JSFA 1HEPA 1LSGA 1GHLA 2BLYA 2BQIA 1CJ9A 1UIDA 1LSBA 2DQIY 4WL6A 5J7CA 1OUDA 1LMAA 4XJFA 5KXNA 4R6CA 4AXTA 1YILA 4DD2A 1EQ5A 2LZ2A 3AZ5A 4NSJA 1UIEA 3W6AA 1LHIA 2BQJA 4NG1A 3TMWA 3M3UA 3TXBA 2Z12A 4XADA 3ZVQB 1MELL 2HECA 1IEEA 1GFUA 1LZGA 2BQLA 2D4JA 4HV2A 3W6EA 1GE4A 1C46A 4KXIA 3E3DA 4NHTA 1HF4A 4OOTA 1GB5A 4LGKA 1LTMA 1QUTA 2G4QA 1LZ5A 2MEDA 2YBIA 1EL1A 4NGJA 4NGIA 4X3BA 1XFPL 4NG8A 1LZRA 4CFOA 1ZVYB 4IATA 1IWWA 4NSIA 4KT3A 1GFJA 1BWJA 1IWYA 1UUZC 4M6DA 4YM8A 5APEA 4C5FA 2YSSC 5DN4A 4Z98A 1LSEA 2XBRA 3WUAA 4ANRA 3TXEA 4H8ZA 1GB3A 4ET8A 3RT5X 4WMGA 1HELA 1NBYC 1GEZA 1LJFA 5LYTA 1QTEA 5I53A 4TUNA 3ZEKA 5ILFA 2F2NA 1GFGA 1UCOA 4ZEEA 4G9SA 4TSBA 5IHGA 1HMLA 1GF6A 4NY5A 1JJ1A 4WM4A 4J1BA 5FCPA 1LHHA 1HERA 1IWTA 1JTOL 1LJ4A 3F6ZA 3TMVA 2DQDY 4WO6A 3SP3A 2Z2EA 1LAAA 2HU1A 9LYZA 1DPXA 1BB7A 5I5QA 5I54A 1ZMYL 2CGIA 1BB4A 3WU8A 4I0CA 5KXKA 1UC0A 1XGQC 2MEGA 4RDSA 1LKSA 3A8ZA 4MCKA 5DN5A 3B72A 5F9UA 6LYTA 4L41A 3WMKA 2BAAA 4LYTA 3CT0A 5L9JA 2ZNXY 3TXIA 1MLCE 1LZCA 4GCEA 193LA 2NWDX 4M4OA 1ZV5L 4ETDA 4FJRA 1GFKA 2ZIKA 2ZYCA 1EQEA 4XENA 5DM9A 1JIYA 1RCMA 3K3TA 3RZ4A 1JSEA 4NGVA 4PRUA 1NQIA 3WULA 1LHKA 4Z46A 3CSRA 2RSCA 3BKVA 1AZFA 4DD7A 1QSWA 4CGEA 153LA 5LVHA 1LZBA 1PS5A 4H94A 1HNLA 2LYMA 3A6BY 2W1XA 1CKGA 4RW2A 3W6BA 4H9CA 3LZTA 1G7MC 1KIRC 3EBAB 1QSAA 3KAMA 1LJJA 3AGGG 4HJYA 4HJZA 4DT3A 2G4PA 4TWSA 1NHEA 1BB6A 3FE0A 2BQEA 3TXHA 1LSFA 5KJ9A 1LSPA 5KKJA 4C3WA 1GWDA 2BQMA 3TXKA 3ZVQA 2DQJY 4BAFA 4MSTA 1NDMC 1IY4A 1HHLA 1GFAA 1REXA 7LYZA 1GD6A 1IIZA 5HLLA 1GXV2 3WVYA 4WLXA 1LJKA 2BQHA 2YDGA 1I1ZA 5JENB 3LYTA 1LSMA 1YIKA 4FDYA 5LAGA 1IP1A 1LJHA 2AUBA 1LMQA 4XN6A 1LJIA 4OWEA 3W6FA 4U3XB 1HSWA 1JTTL 1NDGC 1LZ4A 1XGTC 2FBDA 3OJPA 1LZNA 1AT6A 1GBXA 1ALCA 2BPUA 4HTKA 5LA8A 4D9ZA 3B6LA 1IOCA 2MEAA 2X0AA 3A90A 1W08A 2EKSC 4N1CC 3VWOA 1WVVA 5KXXA 1FDLY 1LHJA 4G4BA 3RNXA 2YBJA 1QTKA 3QNGA 1C7PA 1D6QA 1FN5A 1LSDA 1LZ8A 5KXRA 1WQOA 4WM6A 2MEEA 3WUMA 1YAMA 4IASA 2FYCA 1OUEA 1V7SA 208LA 1GE3A 3HBEX 4B4EA 5E9RA 3IJUA 1JITA 1FLWA 1VDSA 2YVBA 4G4HA 1DZBX 2FYDA 1JUGA 2PC2A 4HSFA 4O34A 5C6LA 4IJ4A 1HSXA 4NGWA 1CJ6A 5LINA 3N9EA 3P65A 2IFFY 3B0IA 1CKCA 1HEOA 1WQMA 4NSGA 3AYQA 2CWIA 1EQ4A 3T6UA 5APFA 1DPWA 5B59A 1LZ6A 1LYOA 1WVUA 1RFPA 2LYZA 4BS7A 1VAUA 4WL7A 1OUAA 2ZYPA 4W96A 4QEQA 5F14A 3CQLA 1LYSA 1G7LC 5D5CA 4MR1A 2G4NA 2BQOA 4DDCA 2FBBA 2BQGA 4DD9A 4H9IA 1QQYA 2DQGY 5FSTA 1D6PA 1DXJA 2I25L 3T36A 1CKDA 4H93A 4B4JA 4R0FA 1C43A 4GN3A 1D9UA 3OK0A 2EPEA 3G3AB 3AZ7A 4J1AA 1LJ3A 3WW5A 4GLVA 4XYYA 3HBDA 3WW6A 3BKHA 1GF9A 1XEJA 1YL1X 4W94A 1BB3A 1LMOA 4E3UA 4CHXA 3TXDA 4OWCA 3A34A 1NF5A 1GF3A 5IELA 4H9HA 4NWHA 5KXTA 1GDXA 2BQKA 5HMVA 4PJ2C 1GPQC 1LSCA 1J1PY 3RW8A 1C10A 1QDTA 1B0DA 5C6JA 5B07A 5KXZA 2DQCY 1LMCA 1DKKA 3RU5A 1GE2A 1DI5A 3AGIA 3LZ2A 4WM5A 3TXJA 133LA 1LZDA 1GF8A 4NWEA 1GB9A 2C8OA 3P68A 4QGZA 1GBOA 1NWGA 1G7JC 1LJGA 1REZA 2D6BA 1A2YC 2WARA 1CKHA 2C8PA 2MEIA 3P4ZA 4ML7A 4G49A 1FLQA 1OUGA 1CKFA 3CSZA 1VDTA 2XJWA 2BQAA 3A94A 3WU9A 3LYZA 4YEMA 1JTPL 2XTHA 4Z41A 1YQVY 1NMMA 1IC7Y 1LOZA 1JJ3A 2BQFA 1GXXA 1H6MA 1YKZX 2Z38A 4KPMA 4N9RA 3W6CA 1B7MA 2HU3A 1OUFA 2ZQ4A 1GDWA 5F9XA 1G7IC 4DD0A 2YBLA 1W6ZA 1IR8A 1IX0A 1KXWA 1JHLA 1F0WA 1GBYA 2ZNWY 2ZILA 3A91A 1FKVA 4A7DA 4CJ2A 4GCDA 1F10A 2HEDA 1G7HC 1IR9A 1C45A 5K7OA 1IP7A 1GE1A 1HEWA 5F81A 4TX7A 1YKXX 4XJBA 5FELA 1OQMA 3P64A 3J4GA 4NSHA 2Z39A 5APDA 3WVXA 1IP3A 4HTQA 1UIHA 1IWXA 4GCFA 3D3DA 5LA5A 1QIOA 1KIPC 1JJ0A 1BB5A 2B5ZA 5L3HA 5I4YA 1IO5A 1YL0X 2W1YA 3LN2A 5LVJA 5FHWA 5DL9A 134LA 4PHIA 5LYMA 4NIJA 3ATOA 4GCCA 1B7LA 1B7SA 4NEBA 3WPJA 1LMPA 154LA 4H92A 5I4XA 3TXGA 1BWIA 2EIZC 1J1OY 2GV0A 2HEAA 4NHIA 4CFPA 1LMTA 1OUIA 4HTNA 5C6IA 3ULRA 3MGWA 4EMNA 1P2CC 4H9FA 1JKDA 4YEOA 1BHZA 5IDDA 1LMNA 2W1LA 4B4IA 1LYZA 2H9KA 2LYOA 4WLTA 1AM7A 1RE2A 4OOOA 5A3EA 4N0JA 3B0OA 2DKVA 4NHSA 4LT3A 1XEKA 4HV1A 3QE8A 1IWUA 1FLYA 1LJNA 2A7FA 2HTXA 2LHMA 4HPIA 3LYMA 1INUA 5EBHA 4TTDA 1GFEA 4UWUA 1LSZA 4Z3MA 1HENA 3GXKA 4XJGA 4LFPA 207LA 4HJVA 1TCYA 1YAOA 1LCNA 2H5ZA 1GEVA 1VATA 3TMUA 4N5RA 1H87A 4H9EA 1OUJA 2YBHA 1REYA 1GB7A 1I56A 2BLXA 4OWHA 4QDNA 4NHPA 5HMJA 3WXTA 4NGYA 1LZYA 3M18B 4DYGA 1DI3A 3IJVA 4H91A 1TEWA 1UBZA 1IP4A 1OUBA 1DKJA 5LIOA 4H9BA 4UWVA 1HFYA 1UICA 1WQNA 1HFZA 3AB6A 3AZ4A 1V7TA 4XJIA 4LYBA 1IR7A 3QY4A 1YAQA 2F4GA 3A6CY 1YAPA 3WU7A 1GB0A 2N5ZA 4YENA 4ETEA 1IOTA 4N8ZA 5B06A 3IWRA 4GLAA 1PZYA 1VFBC 1CJ8A 1XSFA 4NGZA 1D0MA 4HP0A 1HMKA 1REMA 3N9AA 135LA 3LHMA 1LHLA 1HFXA 1IP5A 1NBZC 2ZIJA 1JPOA 1F6SA 3AW7A 3D9AC 1UIGA 4DD1A 4B49A 1GAYA 2D91A 2HEBA 4BAPA 4BADA 5II3A 1IVMA 1B7QA 5FEKA 1GB2A 1B7RA 4DWXA 1IORA 4QY9A 1IP6A 3EO5A 1SLYA 1IY3A 2DBTA 5KKIA 5KY1A 1LZTA 1BQLY 4HPEA 2DQFC 5B1FA 4H90A 4H8XA 1VDPA 1CJ7A 5F16A 3AGHA 3N9CA 5T3FA 1B9OA 3WXUA 1DQJC 1KIQC 1UIAA 4NGKA 5LVIA 4H9AA 1KXXA 5KXYA 1T3PA 3A92A 2Y8PA 4DDBA 2HEEA 3FI7A 2EQLA 4II8A 1AKIA 5LAFA 3AW6A 3WPLA 3HFMY 1BGIA 132LA 1HEQA 1OP9B 4AGAA 1JKBA 1I20A 4I8SA 4WM1A 1RJCB 1IC5Y 1LYYA 5KXWA 4WG1A 3WL2A 3A96A 4LYOA 1JKCA 4OWBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3A3RX 3DN6A 137LA 1C6DA 1B7PA 1L04A 2CDSA 4ETCA 1L79A 4WM2A 1L86A 5DLAA 2ZQ3A 4UWNA 5AMYA 1CNSA 1L90A 1OVKA 190LA 1BVXA 4XJHA 176LA 1LYGA 2B6ZA 5M1YA 1GF4A 1GFHA 1UACY 5KXPA 1L38A 2RBQA 3A3QA 217LA 1TDYA 1NKHA 2A7DA 3HT8A 1P5CA 2CJLA 2VB1A 2Z37A 4LT2A 1FBIX 4ETAA 4RLNA 1GF7A 4DD3A 4RW1A 3WUNA 1KW7A 3GXRA 1D0KA 2MEBA 1LKRA 4ZFPA 4TSCA 4LFXA 3HH4A 111LA 194LA 2IHLA 3TMXA 1L98A 3B0KA 3C8QA 1SWZA 4PPOA 5A3ZA 1AT5A 1JKAA 1IOSA 185LA 3HTGA 5ILCA 1NHBA 1D0LA 4WG7A 1C6TA 1YKYX 2RBSA 1ZVHL 4EOFA 4W56A 1P7SA 1OUHA 1LYDA 1J1XY 1LSAA 2MEFA 2W1MA 1DYCA 4NHQA 1LZ1A 1ZURA 1CJ9A 4WL6A 3LZMA 4DD2A 2LZ2A 4I7MA 3SBAA 3M3UA 1GFUA 1LZGA 2BQLA 3W6EA 1C46A 4KXIA 199LA 4IATA 4NSIA 1L44A 1BWJA 5APEA 2YSSC 1LSEA 2XBRA 166LA 4ET8A 4WMGA 1L30A 118LA 5ILFA 1G0KA 4TUNA 3HWLA 3ZEKA 1C68A 2RB1X 1HMLA 1GF6A 1JJ1A 4WM4A 5FCPA 2DQDY 1OWZA 1BB7A 130LA 4YXAC 2CGIA 113LA 1LKSA 3A8ZA 1CUPA 3HDEA 1L55A 3CT0A 141LA 3C8SA 1L41A 2XQOA 1MLCE 1LZCA 1ZV5L 129LA 4FJRA 1GFKA 2ZYCA 3K3TA 3RZ4A 4Z46A 3WULA 1LHKA 4DD7A 153LA 1LZBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BVK C;  3A93 A;  4RLM A;  1TAY A;  4LYM A;  1KXY A;  3A3R X;  1GB8 A;  4LT1 A;  3TXF A;  5E4P A;  2CDS A;  1B7P A;  1F6R A;  8LYZ A;  1T6V L;  4ETC A;  4WM2 A;  2D4K A;  4NGL A;  5DLA A;  1VED A;  1WQP A;  3CT1 A;  4B0D A;  2ZQ3 A;  4UWN A;  4DDA A;  5AMY A;  1GB6 A;  1CNS A;  1LZA A;  2I6Z A;  1E8L A;  4LYC A;  3AJN A;  1XEI A;  3EXD A;  1HC0 A;  1LZE A;  2BQC A;  1BVX A;  1RI8 B;  1O23 A;  2Z19 A;  1GFR A;  4XJH A;  4YF2 A;  5M1Y A;  3EMS A;  4GN5 C;  5HNL A;  4GCB A;  1YRO A;  1JEF A;  4J0L A;  4WLD A;  2DQA A;  2Q0M X;  1GF4 A;  1VDQ A;  1QUS A;  1GFH A;  1UAC Y;  5KXP A;  5FDJ A;  3WYH A;  1XGR C;  4H1P A;  5HQ1 A;  2Z2F A;  4LZT A;  1TBY A;  1B5Y A;  1LZS A;  4XJD A;  3A3Q A;  5D5F A;  4H8Y A;  2I26 L;  1GAZ A;  1TDY A;  1B5W A;  1IWV A;  4N1E I;  1JWR A;  3W6D A;  1NKH A;  2A7D A;  3P66 A;  5KXO A;  1B5X A;  1JIS A;  3CT5 A;  2DQE Y;  1B5V A;  1B7N A;  4WM3 A;  1LJE A;  2CJL A;  3LYO A;  1B5Z A;  2VB1 A;  2Z37 A;  4LT2 A;  1GBZ A;  1WQR A;  1FBI X;  4ETA A;  4RLN A;  4ETB A;  1GF7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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