4ZPUA

The structure of dlp12 endolysin exhibits likely active and inactive conformations.
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
165
structure length
165
Chain Sequence
MPPSLRKAVAAAIGGGAIAIASVLITGPSGNDGLEGVSYIPYKDIVGVWTVCHGHTGKDIMLGKTYTKAECKALLNKDLATVARQINPYIKVDIPETTRGALYSFVYNVGAGNFRTSTLLRKINQGDIKGACDQLRRWTYAGGKQWKGLMTRREIEREVCLWGQQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structure of DLP12 endolysin exhibits likely an active and inactive conformations.
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli (strain k12)
molecule keywords Lysozyme RrrD
total genus 53
structure length 165
sequence length 165
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4zpuA00
195LA 1QTBA 3C82A 1L03A 237LA 4E97A 1G1VA 1L30A 252LA 1C6TA 4EXMA 1C6PA 1D2WA 1G0GA 1CU6A 1L14A 224LA 1C64A 4IAPA 157LA 1G0PA 1G0KA 166LA 1QUDA 1L82A 168LA 243LA 3L64A 1QTZA 1CV0A 1L21A 3OE9A 3F8VA 109LA 167LA 186LA 3DN0A 159LA 125LA 1C60A 104LA 1L45A 1ZWNA 1D3NA 1C69A 160LA 1P46A 1L54A 119LA 205LA 4W54A 2IGCA 3F9LA 5I14A 1I6SA 1LI3A 1L20A 1QT8A 1PQJA 139LA 1LYDA 1LPYA 1L74A 3DN4A 251LA 143LA 1L52A 3OE8A 112LA 2Q9EA 2B6ZA 1L37A 2HULA 3QAKA 2RB2X 1L71A 118LA 1L69A 1L87A 1L39A 3C80A 1LI2A 1L64A 1L81A 1P2LA 4W51A 4ARPA 1L46A 2RBRA 1QS5A 1L99A 1L72A 4DKLA 1L0JA 1CU0A 2LZMA 1L12A 1P5CA 2O7AA 3C81A 3GUMA 1ZYTA 4I7NA 1OV7A 1L25A 2F47A 3DMZA 3G3VA 2OE7X 2RBNA 1KW7A 1QUOA 103LA 1L01A 1L32A 3CDOA 232LA 1PQOA 3HT9A 1LWKA 212LA 227LA 1DYBA 1ZURA 164LA 1L34A 175LA 1QTCA 239LA 1B6IA 1D9WA 1L57A 3OE6A 4ARLA 163LA 1PQMA 1L51A 226LA 1C6DA 1L50A 2OEAX 3DMVA 1L22A 1C6HA 1PQKA 3RZEA 4YXCA 1C6BA 2NTGA 1SSWA 3CDVA 3VW7A 3HWLA 2RBOA 1C6KA 1L70A 108LA 4EKQA 238LA 2OTYX 255LA 214LA 3DN3A 1L80A 187LA 2RH1A 1DYFA 1T6HA 1P3NA 1C67A 4ARQB 257LA 1T8FA 1L67A 174LA 4I7LA 1C6AA 2RBPA 155LA 1L62A 1C6MA 3C7WA 3DKEX 1SX7A 2B70A 3C83A 145LA 219LA 2QARC 4ARMA 234LA 3HDFA 1L10A 1QT3A 1WTHA 1C62A 1QSBA 184LA 122LA 3HDEA 1CV3A 242LA 1JTNA 1C66A 3G3WA 1EPYA 4I7KA 3HUKA 1P64A 1L38A 1SX2A 113LA 3CDQA 1DYAA 1CX6A 1L84A 176LA 3CDTA 1L26A 170LA 1L27A 4S0WA 1CV4A 218LA 1L96A 1L79A 3C8QA 140LA 3JR6A 1L02A 4I7JA 3K2RA 1LGXA 1L08A 3HTBA 1JTMA 1L42A 1L00A 1L23A 3GUPA 1G07A 192LA 3NYAA 1CV6A 1D2YA 3DMXA 3LZMA 221LA 1T97A 1L88A 2HUMA 1C6CA 137LA 1CV5A 1CU2A 3SB9A 1L15A 1C6EA 1LYJA 2B74A 2OU8A 3DN8A 3RUNA 1L36A 2QB0B 1CUPA 1KW5A 1OWZA 4EJ4A 1L86A 1L61A 158LA 3HTDA 4PJZA 3GUKA 201LA 3C8SA 1QTDA 1L83A 3L2XA 4OO9A 1L48A 1DYDA 3SB7A 2OE9X 4GBRB 142LA 3C7ZA 4DAJA 1G0JA 216LA 1JQUA 3C8RA 3HTFA 1LYFA 209LA 178LA 2ANVA 182LA 169LA 190LA 2B6TA 3FI5A 1KS3A 110LA 3EMLA 4AQNA 4I7QA 4W53A 1LW9A 262LA 1KY0A 254LA 2OU9A 1XEPA 1L85A 217LA 3GUOA 1L75A 1L24A 1L55A 1D3FA 1LWGA 2O4WA 161LA 162LA 1P2RA 223LA 3OE0A 1CTWA 1QUHA 1L13A 1LGUA 147LA 2HUKA 1L53A 185LA 2NTHA 2B6WA 1L17A 6LZMA 244LA 1C65A 1L77A 1LYEA 1L76A 1L11A 1P37A 2O79A 1P56A 1L93A 180LA 1L97A 2LC9A 1KNIA 1T8GA 2B72A 2B73A 1C6IA 231LA 4ARMB 1LLHA 7LZMA 1L58A 3HU9A 1OVJA 1L65A 2B7XA 4K5YA 1KY1A 4GRVA 111LA 1D3MA 4W57A 131LA 2B6XA 4I7SA 1L44A 225LA 3D4SA 3GUNA 1L91A 1L29A 211LA 4LDEA 1L06A 4I7RA 3V2YA 1L56A 1L07A 2ANXA 102LA 115LA 250LA 3NY9A 4LDOA 1G0MA 1L0KA 228LA 198LA 1P6YA 1L94A 1QTVA 3SB8A 1OWYA 129LA 1NHBA 189LA 2F32A 1OYUA 3FADA 1C6JA 253LA 181LA 2OU0X 3C7YA 199LA 3HT6A 1CV1A 1L41A 1LYGA 229LA 1L60A 1L04A 210LA 259LA 3FA0A 1G06A 4LDLA 2Z6BA 4I7TA 123LA 1QT5A 4EPFA 1L33A 1PQIA 3HH3A 3HTGA 256LA 2A4TA 114LA 2CUUA 2B75A 2F2QA 3HH5A 4LZMA 4EKRA 1OVKA 3DN2A 197LA 4DJHA 1QUGA 1L19A 1L31A 1G0QA 215LA 4EKPA 4YXAC 4W58A 2RB0X 144LA 4EKSA 1SWZA 246LA 156LA 245LA 152LA 1DYGA 213LA 249LA 2RAZX 1L16A 1CUQA 2RBSA 148LE 172LA 3HH4A 188LA 5LZMA 1G1WA 3SBAA 240LA 2RB1X 1L35A 1L43A 235LA 1L66A 261LA 191LA 3HT7A 1L89A 126LA 1SSYA 1LYHA 3HU8A 3GUIA 4I7OA 3DN1A 1L05A 1L90A 4EPIA 2L78A 177LA 1L18A 4YX7C 3G3XA 1QT4A 1TLAA 206LA 3HUAA 1LGWA 1C6GA 3SB5A 2Q9DA 4I7PA 1XJUA 183LA 1L40A 1L68A 247LA 3V2WA 1T8AA 4I7MA 3HT8A 1CVKA 1G0LA 1L63A 173LA 1LI6A 1QS9A 1C6LA 120LA 1L59A 230LA 4ARJA 222LA 1CU5A 3SB6A 3HUQA 3UONA 1C6NA 200LA 2OTZX 3PBLA 1PQDA 4W56A 1XJTA 1DYCA 3NY8A 1L28A 1SWYA 3DN6A 3GULA 1D3JA 2RBQA 4ARQA 165LA 1CU3A 1L47A 3SBBC 1C61A 138LA 128LA 1LYIA 3SN6R 1L98A 1C6QA 3PDSA 2LCBA 4ZPUA 150LA 3HH6A 220LA 4W59A 1K28A 1OVHA 196LA 3DNAA 260LA 1L92A 2RAYX 1QT6A 127LA 1QT7A 1QSQA 4PK0A 3CDRA 1L73A 141LA 4W55A 1QTHA 258LA 3ODUA 107LA 236LA 146LA 1C68A 2OE4X 130LA 1DYEA 233LA 1C63A 2B6YA 149LA 1L09A 1C6FA 1L95A 1L49A 4W52A 1OV5A 3GUJA 1CX7A 151LA 1P7SA 1P36A 248LA 171LA 241LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
195LA 4NG8A 1QTBA 1AT5A 3LN2A 5I54A 252LA 1C6PA 1L14A 3TMVA 2Z37A 3WXTA 2XJWA 3RZ4A 1G0KA 166LA 1L82A 3L64A 2DQAA 1QTZA 1L21A 109LA 3DN0A 125LA 1L45A 1JITA 1D3NA 1WVUA 205LA 1B5UA 1L20A 1PQJA 139LA 4FJRA 1L74A 1HEMA 2Q9EA 1B7RA 1L37A 3QAKA 1DZBX 2LYMA 4DDAA 1C7PA 3C80A 1LI2A 1P2CC 1B5WA 1P2LA 3FI7A 4DD1A 1QS5A 4LYZA 2CDSA 1L99A 4J7VA 1P5CA 2O7AA 3C81A 3GUMA 1ZYTA 3QY4A 3A94A 3B0KA 2LYZA 1QUOA 3CSZA 1L01A 232LA 3N9AA 4NSJA 1QDTA 1LJ4A 227LA 1B7NA 1ZURA 239LA 4ARLA 1PZYA 1GB3A 226LA 1JTTL 4B0DA 3EBAB 1PQKA 1YROA 1IWXA 193LA 4EKQA 4NWEA 5KXZA 238LA 5KKJA 3EXDA 2HEDA 1L80A 187LA 1T6HA 3CT5A 1T8FA 174LA 4C5FA 1LYZA 3RT5X 3A96A 234LA 1LSGA 3TMXA 2WARA 2YVBA 4LT2A 1HSWA 1WTHA 184LA 3HDEA 242LA 4DD2A 1W6ZA 1JTNA 1C66A 4WLXA 4I7KA 2BQGA 1GXV2 1D9UA 4ET9A 1CX6A 1QTKA 176LA 170LA 2ZQ4A 1LMTA 2ZNXY 4H9IA 3A3QA 3K2RA 4NHTA 5C6IA 3HTBA 5K7OA 4XJGA 1DPXA 1C45A 1GBXA 192LA 3NYAA 1CJ6A 1TDYA 1D2YA 3LZMA 5APCA 3W3EA 4EMNA 137LA 1L15A 1C6EA 2OU8A 3DN8A 4LT3A 5LINA 3RUNA 1L36A 1GFHA 1YKZX 3HBEX 5IHGA 2PC2A 4EJ4A 5LIOA 201LA 3C8SA 3L2XA 4Z98A 1L48A 1DYDA 4GBRB 1IP7A 1WQMA 4TTDA 4DAJA 1G7MC 3MGWA 1DI3A 1LSCA 3A92A 1LYFA 1C10A 4TUNA 1YKXX 1GD6A 3CB7A 5C6LA 1N4FA 1LZAA 2DBTA 110LA 5I53A 3F6ZA 1LW9A 1DI5A 1L85A 1OUFA 1EL1A 2ZNWY 1XGRC 1D3FA 1IOTA 1LWGA 2O4WA 3TXFA 4P2EA 2Z19A 185LA 3HBHA 1L17A 1ZV5L 4Z41A 6LZMA 1IEEA 1YKYX 4B4JA 3WW5A 1P37A 1L93A 1GEVA 3CQLA 1NDGC 4YEMA 4MSTA 1BB5A 3TXIA 5FSTA 1GEZA 5IELA 1KY1A 1HNLA 1D3MA 2Y8PA 4W57A 1EQ5A 1LHLA 1L29A 211LA 2BQHA 2NWDX 4LDEA 1L06A 4ANRA 1CKCA 4UWVA 3WVXA 2EQLA 4LFPA 4NWHA 1GPQC 4NGVA 4YOPA 1L0KA 4LFXA 4B1AA 3E3DA 1P6YA 1IX0A 1VDSA 1AT6A 5LYTA 2OU0X 181LA 199LA 3HT6A 1IR7A 4WO9A 5KJ9A 2DQJY 3TMUA 4H94A 5KXSA 1GE0A 210LA 3FA0A 2Z6BA 123LA 3WU8A 2DQCY 3HH3A 1JKBA 1FBIX 114LA 2MECA 2MEBA 3HH5A 1KXYA 4LZMA 1JTPL 3TXKA 5KXYA 1W08A 1AM7A 4NGIA 4EKPA 2XBSA 3P4ZA 1NHEA 2RB0X 3A6CY 1SWZA 213LA 249LA 4XJDA 1HFZA 1GBWA 1FLUA 2RBSA 148LE 5LZMA 1G1WA 3SBAA 1L35A 1L43A 1JHLA 1L66A 3BKHA 4HPIA 1HSXA 1LYHA 3HU8A 1IVMA 3B6LA 1L05A 3B0IA 1GBYA 4EPIA 2F4AA 4YM8A 4WLYA 3A3RX 1LGWA 4GCDA 2BQOA 1HF4A 1XJUA 183LA 1L40A 4NEBA 1T8AA 1KIRC 1LZTA 1LHKA 4ARJA 5LYMA 2W1XA 1LSZA 3G3AB 1LSEA 1IP4A 2HEAA 1SWYA 3DN6A 5APEA 1D3JA 2RBQA 4WL7A 1LPIA 1CU3A 4NHIA 1L47A 1LYIA 3WW6A 1GDWA 2FBBA 4HP0A 2BPUA 1K28A 1D0KA 260LA 3IJVA 1WQPA 4KT3A 5D5CA 1QT6A 2G4QA 1HEQA 3AZ7A 4D9ZA 258LA 3ODUA 107LA 146LA 2F30A 1D6QA 2F2NA 3WXUA 2B6YA 149LA 134LA 2H9JA 1XFPL 2CGIA 1T3PA 3GUJA 1XGTC 1VDTA 2BQIA 151LA 2BLYA 1P36A 5DN4A 3C82A 3T36A 4AGAA 4E97A 4N1CC 8LYZA 5HQ1A 5I4YA 4DD7A 4OWEA 1C6TA 1LYYA 5FDJA 1LSBA 1CU6A 1V7TA 1AKIA 1C64A 3ATNA 4FDYA 2MEAA 4OOOA 3B0OA 1QUDA 1SLYA 168LA 3OE9A 167LA 3LYOA 4HSFA 1C60A 1WQOA 4XYYA 1UCOA 160LA 1P46A 5I14A 5DN5A 1QT8A 1TEWA 4DT3A 4WMGA 2FYDA 251LA 143LA 1L52A 3OE8A 2H5ZA 3TXHA 1IP5A 1XEKA 2BQLA 1LJHA 2RB2X 1L71A 1L87A 1L69A 3AGGG 1L39A 4NHQA 1QDRA 1L81A 4KPMA 2DQIY 1L46A 4C3WA 3AGHA 4QEQA 4DDCA 5L3IA 1IP2A 1CU0A 1JPOA 3LYTA 3AB6A 3DMZA 3CSRA 4G4CA 4XENA 4BADA 1KW7A 2YBLA 3CDOA 1L32A 3A93A 5A3EA 4OWBA 1UACY 1GF3A 3HT9A 1ZMYL 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 195L A;  4NG8 A;  1QTB A;  1AT5 A;  3LN2 A;  5I54 A;  252L A;  1C6P A;  1L14 A;  3TMV A;  2Z37 A;  3WXT A;  2XJW A;  3RZ4 A;  1G0K A;  166L A;  1L82 A;  3L64 A;  2DQA A;  1QTZ A;  1L21 A;  109L A;  3DN0 A;  125L A;  1L45 A;  1JIT A;  1D3N A;  1WVU A;  205L A;  1B5U A;  1L20 A;  1PQJ A;  139L A;  4FJR A;  1L74 A;  1HEM A;  2Q9E A;  1B7R A;  1L37 A;  3QAK A;  1DZB X;  2LYM A;  4DDA A;  1C7P A;  3C80 A;  1LI2 A;  1P2C C;  1B5W A;  1P2L A;  3FI7 A;  4DD1 A;  1QS5 A;  4LYZ A;  2CDS A;  1L99 A;  4J7V A;  1P5C A;  2O7A A;  3C81 A;  3GUM A;  1ZYT A;  3QY4 A;  3A94 A;  3B0K A;  2LYZ A;  1QUO A;  3CSZ A;  1L01 A;  232L A;  3N9A A;  4NSJ A;  1QDT A;  1LJ4 A;  227L A;  1B7N A;  1ZUR A;  239L A;  4ARL A;  1PZY A;  1GB3 A;  226L A;  1JTT L;  4B0D A;  3EBA B;  1PQK A;  1YRO A;  1IWX A;  193L A;  4EKQ A;  4NWE A;  5KXZ A;  238L A;  5KKJ A;  3EXD A;  2HED A;  1L80 A;  187L A;  1T6H A;  3CT5 A;  1T8F A;  174L A;  4C5F A;  1LYZ A;  3RT5 X;  3A96 A;  234L A;  1LSG A;  3TMX A;  2WAR A;  2YVB A;  4LT2 A;  1HSW A; 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