5A3EA

2.5a structure of lysozyme determined by microed with data from a single crystal
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Resolution Structure Determination by Continuous-Rotation Data Collection in Microed.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-05-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5a3eA00
3EMSA 1OUFA 1GBZA 2BQKA 4NSJA 1BB3A 1MLCE 2G4QA 1BWHA 1IR7A 1G7LC 1B7PA 1C08C 1WQQA 2W1YA 4XJGA 3AJNA 4HJYA 1GXXA 3GXKA 1WQOA 3LYOA 1GEZA 3LHMA 3P4ZA 1FLYA 2GV0A 4YEMA 1UIBA 3WPJA 3CT1A 1XGUC 5LVGA 1GPQC 4M6DA 4WM1A 4NGVA 4NG8A 1LJ3A 4J0LA 2ZILA 5AMYA 1GBWA 1BVXA 3HBDA 4LFXA 1JHLA 2DQHY 2I6ZA 1YAPA 3WMKA 3AZ4A 5I53A 1CJ6A 1KIRC 4FJRA 1LHHA 1IWZA 1GBYA 4RLNA 4PRQA 3EO5A 3TXGA 4GN3A 3QNGA 5F9XA 2BQIA 1GE0A 5APCA 1P2CC 1GB6A 1HEOA 3WU8A 4ZIXA 1LSNA 1B2KA 1F6SA 5DM9A 1LSPA 1LSYA 4G4BA 5F9UA 4OWHA 2MEFA 4H91A 4HJVA 5F16A 3RZ4A 2BQHA 1GBOA 1VFBC 2AUBA 4WMGA 4XJDA 5FSTA 1GWDA 2BQAA 4NSGA 1D6PA 1BQLY 1HF4A 1T3PA 1JTPL 3A93A 4W94A 3M18B 1GB9A 3A3QA 1VDSA 1BB4A 1IY3A 1IOTA 3TXHA 1HEWA 1GF4A 153LA 4H9AA 2ZYCA 1EQEA 4X3BA 4J1AA 4NGLA 1XEIA 4NEBA 1HFZA 2BQMA 4WG1A 1FLWA 1G7HC 1UBZA 1GAYA 3ATOA 5KXTA 4NFVA 4HPIA 2CDSA 6LYTA 1FLUA 3A90A 1DQJC 4NGJA 1IWYA 1CKGA 3A6CY 3W6EA 1UIGA 4KT3A 1IR8A 1RE2A 3A3RX 3A96A 4GCCA 1IVMA 2Q0MX 1LHKA 1QIOA 3BKHA 4DDBA 2BQDA 4MR1A 2IHLA 1BWIA 1YAOA 4PPOA 1D0MA 1WQPA 4OWBA 4WLTA 2XBRA 2YBHA 1ZVHL 1B5VA 1LKRA 1QTEA 1VDTA 2BQLA 4N1EI 1NDMC 4NGYA 1LZAA 1LZCA 4B0DA 4CHXA 3B0OA 4MSTA 1IP7A 3ZVQB 1GF9A 5KXKA 4LYBA 3WUAA 4QDNA 3WUNA 4ZFPA 3WUMA 4WOAA 1CJ8A 5KXMA 4ETDA 3ULRA 1NF5A 1GD6A 5B1GA 1XGPC 4LFPA 5KJ9A 1LCNA 1I20A 3WL2A 4A7DA 4BADA 1IP5A 2W1MA 5B07A 1IX0A 4BAFA 1CJ9A 1CJ7A 1B5WA 1JIYA 2EQLA 4FDYA 1LMNA 4WLYA 5FHWA 5I4XA 1YL1X 1HHLA 1LSGA 2DQDY 1LZDA 2XJWA 4R0FA 2HECA 1LSAA 4Z3MA 1JUGA 3G3AB 1B0DA 2YDGA 4GLVA 4H8ZA 4DD9A 1BWJA 1FN5A 5APDA 1IP3A 1NMMA 1DZBX 4B49A 1QDTA 3AW6A 1WQRA 3HBEX 1WVVA 1CKCA 1VDPA 1ALCA 1IWTA 1LZ8A 2X0AA 3FE0A 3LYMA 4NGIA 1IORA 1JJ3A 1DPXA 1GB5A 2RSCA 4NY5A 4XENA 5KXXA 1B5UA 1LJ4A 2YVBA 3HFMY 2BQGA 1LJHA 1ZMYL 1B7NA 1IP6A 1LZ4A 1DI3A 1LYYA 1LSMA 4H9HA 3TXIA 1JKDA 1OUEA 5I4WA 1QSWA 5IDDA 4NHQA 1LSEA 2EPEA 3N9EA 3WPLA 2LHMA 3ZVQA 4TUNA 1NBYC 4HSFA 1IWWA 5KKJA 1LMTA 1AT5A 1UUZC 1AKIA 2YBJA 5T3FA 2BQBA 5KXOA 3AGIA 1GFTA 1OUBA 1LYSA 1XSFA 193LA 4Z98A 3IJVA 5EBHA 5FELA 4C3WA 1KXWA 4XJIA 1ZV5L 1JSEA 1HSWA 3RNXA 2MEAA 3AW7A 4HJZA 1I56A 4TSCA 4ETBA 4DWXA 4I0CA 1UIDA 3TMWA 4HP0A 4HPEA 1IWVA 1IC7Y 1LZGA 4N1CC 4N5RA 5LVHA 1LJNA 1D9UA 4H9EA 4NSHA 4IASA 4WM4A 4H90A 4YENA 2H5ZA 1OUCA 2F2NA 3AGGG 4ET9A 5B06A 3TXJA 2ZNXY 5C6IA 2G4PA 1C46A 3B0IA 4RW2A 2W1XA 5FDJA 1HEPA 4YEOA 1XFPL 1GHLA 1GE1A 2HEAA 4GCFA 3HBHA 2YBMA 1B5XA 1LJGA 1REZA 3ATNA 1OUIA 2BQFA 2FBBA 4G49A 1LZSA 2VB1A 5KY1A 3CSZA 1GF6A 2XTHA 1LZ5A 1HEQA 8LYZA 1REYA 2BQNA 1OQMA 5HNLA 3TXKA 1CKFA 1LMQA 4Z46A 4OW1A 5D5FA 3EBAB 1JJ1A 1BVKC 4HTQA 5L3HA 4XJBA 4H8XA 4EMNA 4H9BA 1IP4A 1WVUA 2Z39A 4H8YA 4N9RA 1HMKA 4G4HA 1NQIA 2LYMA 4DD2A 1F6RA 1GXV2 5FCPA 1BB7A 1GFVA 1LZ6A 3SP3A 1CKDA 2ZQ3A 1GF7A 1LZYA 2HUBA 4OWEA 1A2YC 1VATA 4LGKA 4H1PA 4NWHA 4OWCA 5F14A 1HFYA 2Y8PA 1GFEA 4WM6A 4DD7A 2ZIJA 3FI7A 4OOOA 4C5FA 2ZYPA 3A92A 1GB0A 3A94A 1BGIA 4J1BA 2C8PA 1GFUA 3P68A 2C8OA 5LVIA 1NBZC 2HU1A 1WQNA 2Z19A 1LZEA 4H94A 1J1OY 3WVYA 1GB2A 5DN4A 5I5QA 5KXYA 1GBXA 5KXZA 3TXBA 3LYZA 5D5CA 3A67Y 1HELA 3D9AC 3RW8A 3W6AA 4AGAA 4DD1A 1LSDA 2BAAA 4LT1A 2ZNWY 5KXWA 4QGZA 5LIOA 1IIZA 1B7LA 1EQ5A 1JTTL 1LMOA 3M3UA 4XN6A 4B4EA 5DL9A 1YQVY 2FYDA 2W1LA 1LSCA 1HMLA 1NHEA 3TMUA 3WVXA 1GFRA 1YANA 2I25L 1B5ZA 1LMCA 4G4CA 1XEJA 4TWSA 5DLAA 3K3TA 3IWRA 5LAFA 3WU9A 4CFOA 1GDWA 4YM8A 1KXYA 5APFA 3B72A 4EOFA 1D0LA 1LOZA 1NKHA 1LKSA 4WG7A 3WULA 2HEEA 4DDCA 1GFGA 4NHIA 3AZ7A 1ZVYB 1PS5A 4W96A 1IOCA 2BPUA 3AB6A 3J6KA 3P64A 4YOPA 1TBYA 1FKVA 4O34A 4TSBA 1C45A 5LVJA 1HERA 1IWXA 1LMAA 1LHJA 1VAUA 2A7DA 2DQIY 2HU3A 1GFKA 2NWDX 4GCBA 5A3ZA 2ZIKA 2DQCY 1LZ9A 1GBSA 3N9AA 1E8LA 2BQEA 3WXTA 5II3A 4NGOA 5JENB 1DXJA 1HC0A 1JWRA 1IP1A 3CSQA 3A95A 1W6ZA 2DBTA 3D3DA 1XGTC 5A3EA 1V7SA 4ZEEA 2DKVA 4KPMA 3BKVA 134LA 1JJ0A 1GFAA 3CT0A 3AGHA 1UIEA 2HEFA 3W6FA 2Z18A 4QY9A 1GB7A 1HENA 2DQEY 5KXNA 3WXUA 1GF3A 4II8A 1LZNA 5HQ1A 3QY4A 1YKZX 4WM2A 1I1ZA 4TX7A 4M4OA 208LA 1GDXA 1LJJA 1YKXX 3B0KA 4ETEA 5I4YA 2Z37A 5KKIA 1FKQA 4Z41A 1UIFA 4U3XB 5LYTA 1B7MA 2B5ZA 133LA 2D4JA 1OUAA 1JKCA 4LT0A 1IC4Y 1W08A 2CJLA 1QUSA 1GFJA 1LJKA 1DPWA 3LN2A 1KIQC 4GCEA 5KXRA 1G7MC 1O23A 5HMJA 4HV1A 3AYQA 5I54A 3P66A 1INUA 1JITA 4NGWA 1LSFA 1RFPA 1QSAA 3TXFA 2IFFY 5IHGA 1LSZA 4NHSA 4RLMA 4CJ2A 1B7SA 1JKAA 2I26L 5DN5A 1LZBA 2CWIA 4NGKA 5LA8A 2MEDA 3OK0A 5M1YA 4J7VA 1C7PA 3J4GA 1LZTA 1JISA 4GCDA 1IOSA 2BLXA 4H93A 5E9RA 1REXA 4XYYA 4UWVA 4LZTA 5LAGA 132LA 2Z2EA 1HEMA 5KXPA 2Z2FA 1DI5A 3LYTA 1PZYA 1YIKA 4PGJB 4NHTA 2H9KA 5B59A 1OUGA 5LA5A 5LINA 3QE8A 194LA 1AZFA 1KXXA 1LPIA 1LSBA 3WH1A 1UIHA 3W6BA 3WPKA 2YBLA 2LYOA 2D91A 1GAZA 4LT3A 1D6QA 3LZ2A 4H9FA 4GN4A 3WYHA 2D4IA 1GE2A 3KAMA 4IATA 1OUHA 3W3EA 4XJFA 1XEKA 3A8ZA 4WL6A 4YF2A 1HFXA 4LYCA 1GFHA 1IWUA 1LZRA 4H92A 1OUJA 1LZ1A 2DQJY 1A4VA 4BS7A 4XADA 1WTMA 1IP2A 1BB6A 2EKSC 2YBNA 1UC0A 3IJUA 4P2EA 1TDYA 2MEBA 4NHPA 3CT5A 4NG1A 2ZQ4A 4NSIA 1QUTA 1EQ4A 1LHMA 1LHIA 4IJ4A 4LYMA 4WO6A 3A91A 3F6ZA 1YROA 4B4IA 2LYZA 2XBSA 2H9JA 1FBIX 1GF8A 2MEHA 4NIJA 1GE4A 3A6BY 1QDRA 1N4FA 4WM5A 3WW6A 4BAPA 1HNLA 1LTMA 5APEA 5LYZA 2FBDA 2G4NA 4XJHA 1UICA 4UWNA 4LYTA 1IC5Y 2A7FA 1IOQA 3TXDA 1IO5A 2HEBA 1BHZA 1OUDA 1VEDA 1TEWA 1TAYA 1J1XY 2BQOA 4ETCA 3LZTA 4HTNA 2BQJA 3TXEA 4N0JA 1JTOL 2Z38A 5HMVA 3TMVA 3E3DA 207LA 4H9IA 4NWEA 1C10A 1DKKA 1JKBA 3RT5X 1LAAA 1G7IC 2YSSC 4HV2A 4WM3A 4CFPA 4KL7A 1SLYA 2ZWBA 154LA 9LYZA 2MEIA 4B4JA 1GF5A 1LYOA 3B6LA 5LVKA 1V7TA 3T36A 4OWAA 7LYZA 1YL0X 1B7QA 1DI4A 3AZ6A 3WW5A 2FYCA 1JPOA 4ETAA 5KXLA 1UCOA 1GE3A 1Z55A 4G9SA 1MELL 5KXSA 1NWGA 1XGRC 1YILA 1H6MA 1RJCB 2N5ZA 3GXRA 1B9OA 1LJFA 4L41A 2F4AA 1GEVA 5L9JA 1CKHA 3A34A 1NDGC 3T6UA 1GB3A 1GB8A 1IR9A 4PJ2C 4ET8A 4R6CA 5IELA 5K7OA 4DD3A 5HLLA 1BB5A 2DQGY 4QEQA 1DKJA 1IY4A 1JEFA 2D4KA 1LJEA 2DQFC 2LZ2A 5B1FA 5C6LA 1LHLA 1OP9B 2F30A 3P65A 3CB7A 1YKYX 3W6DA 1UACY 4B1AA 4TTDA 4NGZA 1G7JC 3EXDA 3WU7A 1IEEA 4ML7A 3ZEKA 1JSFA 4DYGA 5E4PA 1FDLY 1REMA 1QTKA 1UA6Y 4GN5C 5ILCA 4ANRA 4RDSA 3G3BB 1B7RA 1AT6A 4DT3A 5ILFA 2WARA 1H87A 3CSRA 1EL1A 5F81A 4E3UA 1LMPA 4RW1A 3N9CA 1D0KA 1F0WA 1LJIA 5J7CA 3OJPA 4WLDA 1T6VL 1YAMA 135LA 4KXIA 3VWOA 5C6JA 2LZTA 3CQLA 4PRUA 2MEGA 2DQAA 1HSXA 2BQCA 4PHIA 2BLYA 5B05A 4MCKA 1RCMA 4UWUA 4HTKA 3TMXA 2Z12A 3W6CA 6LYZA 2MECA 1RI8B 1FLQA 1QQYA 4H9CA 1UIAA 1XGQC 4CGEA 4WLXA 1AM7A 1GF0A 4N8ZA 4GLAA 2MEEA 4WO9A 1CNSA 1WQMA 4OOTA 4AXTA 3AZ5A 1WTNA 1TCYA 4I8SA 4LYZA 5HNCA 2F4GA 1VDQA 1SQ2L 4LYOA 5FEKA 1LYZA 2EIZC 3RU5A 4DD0A 5LXWA 4DDAA 5LYMA 1KIPC 5L3IA 2HEDA 4DC4A 2YBIA 4LT2A 4WL7A 1C43A 4D9ZA 1J1PY 2CGIA 1F10A 1B5YA 2HTXA 1YAQA 2D6BA 1B7OA 2PC2A 3MGWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C64A 1GBZA 1SWYA 1BB3A 2G4QA 196LA 1G7LC 1C08C 1WQQA 1OV7A 3AJNA 1GXXA 3GXKA 3LYOA 1GEZA 3LHMA 3P4ZA 1L13A 1L26A 1XGUC 1C6AA 4M6DA 4DKLA 4NG8A 4LFXA 1JHLA 2I6ZA 4LZMA 1IWZA 4PRQA 3EO5A 1OV5A 3QNGA 5F9XA 5APCA 4ZIXA 1HEOA 1LSNA 1SX2A 1F6SA 1OVKA 1EPYA 4W51A 1OYUA 4H91A 3RZ4A 4LDEA 1BQLY 1GB9A 1IY3A 2ZYCA 1EQEA 4NGLA 182LA 1XEIA 2RH1A 4WG1A 1UBZA 4HPIA 6LYTA 1CKGA 3A6CY 2B6XA 2F32A 1C6DA 1ZVHL 1LKRA 4N1EI 4CHXA 4MSTA 3ZVQB 143LA 4ZFPA 3WUMA 1CJ8A 3ULRA 1GD6A 1XGPC 104LA 3SBBC 3WL2A 1C6IA 4BADA 210LA 4FDYA 4WLYA 2DQDY 259LA 2XJWA 1JUGA 162LA 3HUKA 1B0DA 221LA 1BWJA 4I7SA 1IP3A 1L70A 3AW6A 1LLHA 3HBEX 2OE7X 1DPXA 2RSCA 1C63A 2F2QA 1B5UA 1LJ4A 5KXXA 2YVBA 3HFMY 1LJHA 1B7NA 4H9HA 1G0QA 5I4WA 2LHMA 1L94A 1IWWA 1C6MA 2BQBA 5KXOA 3AGIA 260LA 193LA 3IJVA 1G0PA 1L25A 1I56A 1PQOA 3DNAA 1L18A 1L80A 1LZGA 5LVHA 1LJNA 1D9UA 2RBSA 2H5ZA 1LYJA 1L35A 1L92A 205LA 253LA 1L22A 4YEOA 2HEAA 2BQFA 2RB0X 5KY1A 1T8GA 1GF6A 1LZ5A 141LA 1OQMA 5HNLA 3V2YA 5D5FA 1JJ1A 171LA 1BVKC 4H9BA 251LA 3HU8A 1NQIA 2LYMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EMS A;  1OUF A;  1GBZ A;  2BQK A;  4NSJ A;  1BB3 A;  1MLC E;  2G4Q A;  1BWH A;  1IR7 A;  1G7L C;  1B7P A;  1C08 C;  1WQQ A;  2W1Y A;  4XJG A;  3AJN A;  4HJY A;  1GXX A;  3GXK A;  1WQO A;  3LYO A;  1GEZ A;  3LHM A;  3P4Z A;  1FLY A;  2GV0 A;  4YEM A;  1UIB A;  3WPJ A;  3CT1 A;  1XGU C;  5LVG A;  1GPQ C;  4M6D A;  4WM1 A;  4NGV A;  4NG8 A;  1LJ3 A;  4J0L A;  2ZIL A;  5AMY A;  1GBW A;  1BVX A;  3HBD A;  4LFX A;  1JHL A;  2DQH Y;  2I6Z A;  1YAP A;  3WMK A;  3AZ4 A;  5I53 A;  1CJ6 A;  1KIR C;  4FJR A;  1LHH A;  1IWZ A;  1GBY A;  4RLN A;  4PRQ A;  3EO5 A;  3TXG A;  4GN3 A;  3QNG A;  5F9X A;  2BQI A;  1GE0 A;  5APC A;  1P2C C;  1GB6 A;  1HEO A;  3WU8 A;  4ZIX A;  1LSN A;  1B2K A;  1F6S A;  5DM9 A;  1LSP A;  1LSY A;  4G4B A;  5F9U A;  4OWH A;  2MEF A;  4H91 A;  4HJV A;  5F16 A;  3RZ4 A;  2BQH A;  1GBO A;  1VFB C;  2AUB A;  4WMG A;  4XJD A;  5FST A;  1GWD A;  2BQA A;  4NSG A;  1D6P A;  1BQL Y;  1HF4 A;  1T3P A;  1JTP L;  3A93 A;  4W94 A;  3M18 B;  1GB9 A;  3A3Q A;  1VDS A;  1BB4 A;  1IY3 A;  1IOT A; 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 1IR9 A;  4PJ2 C;  4ET8 A;  4R6C A;  5IEL A;  5K7O A;  4DD3 A;  5HLL A;  1BB5 A;  2DQG Y;  4QEQ A;  1DKJ A;  1IY4 A;  1JEF A;  2D4K A;  1LJE A;  2DQF C;  2LZ2 A;  5B1F A;  5C6L A;  1LHL A;  1OP9 B;  2F30 A;  3P65 A;  3CB7 A;  1YKY X;  3W6D A;  1UAC Y;  4B1A A;  4TTD A;  4NGZ A;  1G7J C;  3EXD A;  3WU7 A;  1IEE A;  4ML7 A;  3ZEK A;  1JSF A;  4DYG A;  5E4P A;  1FDL Y;  1REM A;  1QTK A;  1UA6 Y;  4GN5 C;  5ILC A;  4ANR A;  4RDS A;  3G3B B;  1B7R A;  1AT6 A;  4DT3 A;  5ILF A;  2WAR A;  1H87 A;  3CSR A;  1EL1 A;  5F81 A;  4E3U A;  1LMP A;  4RW1 A;  3N9C A;  1D0K A;  1F0W A;  1LJI A;  5J7C A;  3OJP A;  4WLD A;  1T6V L;  1YAM A;  135L A;  4KXI A;  3VWO A;  5C6J A;  2LZT A;  3CQL A;  4PRU A;  2MEG A;  2DQA A;  1HSX A;  2BQC A;  4PHI A;  2BLY A;  5B05 A;  4MCK A;  1RCM A;  4UWU A;  4HTK A;  3TMX A;  2Z12 A;  3W6C A;  6LYZ A;  2MEC A;  1RI8 B;  1FLQ A;  1QQY A;  4H9C A;  1UIA A;  1XGQ C;  4CGE A;  4WLX A;  1AM7 A;  1GF0 A;  4N8Z A;  4GLA A;  2MEE A;  4WO9 A;  1CNS A;  1WQM A;  4OOT A;  4AXT A;  3AZ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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