5APFA

Hen egg white lysozyme reference dataset even frames
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Terahertz Radiation Induces Non-Thermal Structural Changes Associated with Frohlich Condensation in a Protein Crystal
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5apfA00
3KAMA 1LMNA 4G49A 2C8PA 1RE2A 1IP7A 4ZFPA 1EQ5A 2MEIA 1LHMA 3CT1A 1P2CC 1NHEA 134LA 5L3HA 3AZ5A 2VB1A 132LA 1CJ6A 5LYZA 1LZ8A 1IR8A 154LA 207LA 1XSFA 4H9EA 3A95A 2HECA 2HEFA 3B0OA 4HV2A 4W96A 4QEQA 4C5FA 3AGGG 1REZA 4XJIA 5FCPA 3D9AC 3A3RX 3K3TA 4I8SA 1INUA 4HPEA 1HFYA 4H90A 1H87A 2H9KA 1BB4A 2LYMA 5D5FA 5A3EA 4M4OA 2HEBA 2DQJY 1IR7A 2Z38A 4H8ZA 4XADA 1B7PA 3P4ZA 2CWIA 5ILCA 5APDA 1B7MA 4U3XB 1GB9A 1D0LA 3CSRA 3D3DA 2BQGA 3LN2A 1GBWA 1HSWA 2G4NA 1BWJA 1JTOL 3J4GA 1YKZX 1FKVA 3WULA 1LSBA 1GE2A 1AM7A 2BQIA 1GPQC 4FJRA 6LYZA 1LSAA 3M3UA 1UCOA 4LYCA 4YM8A 1EQEA 1JKCA 5KY1A 2Z2FA 5B07A 4AGAA 1IP2A 2F4GA 1HMLA 3QY4A 1LKSA 1YAMA 1B0DA 4WM1A 1BVXA 2HU3A 4DYGA 5II3A 6LYTA 3CT0A 4LYTA 4NG8A 153LA 4N1CC 4WG7A 1XFPL 4XJGA 5HNCA 1REMA 1LSDA 3ZEKA 1IOQA 5F14A 3WU8A 1B7NA 2H5ZA 2W1MA 1GAYA 3WPKA 3N9CA 1WQQA 3EXDA 1NF5A 4RLMA 2BQFA 1DPXA 1EL1A 2B5ZA 1LJ4A 3AJNA 3ATNA 1DQJC 3HBHA 4OWCA 1IWXA 4DC4A 2YBHA 3WXUA 1RFPA 1OUCA 2Z39A 1OUDA 5KXKA 1E8LA 1LKRA 2DQGY 3B72A 5HQ1A 1YKYX 1FLUA 1LJIA 2MEAA 4WM4A 4DD0A 1I1ZA 4HP0A 1IC5Y 1BB5A 3WUAA 3BKVA 1LJFA 4ANRA 1B7RA 4B49A 3A34A 3RZ4A 1B7QA 4KT3A 4ETDA 5APCA 4MCKA 4LT3A 1GE3A 4YEOA 2ZNXY 5C6JA 4NGVA 4ETCA 4H9HA 4OW1A 1JISA 1LZSA 4XJDA 3WPLA 9LYZA 2FYCA 1CKCA 1B7LA 1B7OA 1D6PA 1HEPA 1CKDA 1UIAA 2IFFY 1FN5A 4TUNA 3J6KA 3CSZA 4PRUA 5J7CA 1YAPA 4IATA 1JKDA 1IC7Y 2BPUA 1B5XA 3RT5X 1HEOA 5LVGA 4N5RA 1JTPL 2XTHA 4GCDA 4KPMA 3WVYA 5KXRA 2BQBA 1IO5A 4MSTA 3RU5A 4R0FA 1D9UA 4TX7A 1GB3A 1LYOA 1WVVA 1ZMYL 1IIZA 1UIBA 2LZ2A 4XJFA 1W08A 3WU7A 4EOFA 4WM3A 4GCFA 5LVHA 1IWTA 1LHIA 1CKFA 5B1FA 135LA 2X0AA 4TSCA 2I6ZA 5KXNA 1YAQA 2FBBA 2HEEA 1WQMA 2D91A 2DBTA 4NFVA 4WLTA 1WQOA 5B59A 5JENB 3HBDA 1GBSA 2ZIJA 1CKGA 2DQHY 1GB6A 2YBJA 1F0WA 3AW7A 4PRQA 5HMVA 1UICA 1HFZA 3A3QA 1JKAA 3QE8A 4NEBA 5KXYA 4Z3MA 1GFUA 2D6BA 5I4XA 2DQEY 4HTKA 4DD2A 1B2KA 2Z37A 1O23A 1CJ8A 1HELA 1GFTA 1Z55A 4ML7A 1LYYA 4NGYA 5KKJA 2MEGA 4IJ4A 2FBDA 3B0IA 4OWAA 1QDTA 1HFXA 2ZNWY 1LZCA 2XBSA 1G7MC 1GB2A 5FSTA 3TXDA 4GN4A 1XGTC 3WL2A 4N0JA 3EBAB 5EBHA 1IP4A 4NGWA 4OWBA 4PJ2C 5B05A 3A92A 4YENA 4WO6A 5FDJA 5APFA 2DKVA 2YSSC 1LMPA 3LHMA 1RJCB 193LA 2NWDX 1MLCE 4NGZA 4RLNA 4CGEA 3GXKA 1AT5A 1GD6A 1KXWA 1NKHA 4LGKA 5LVJA 3WVXA 1LZYA 5E4PA 4E3UA 4HJVA 4NWEA 4H1PA 1D0KA 3OJPA 1GF6A 1B5UA 1GBOA 4WL6A 1CJ7A 1IC4Y 4YF2A 5LXWA 1XGPC 4GN3A 4DWXA 1CJ9A 3A6BY 2BQAA 4LFXA 4H92A 194LA 1RCMA 4QY9A 1GBXA 2XJWA 4HSFA 2YBMA 4KL7A 3LYZA 5KXXA 1IY3A 1LHKA 2CJLA 4GN5C 1IP1A 5IHGA 4UWVA 4ETBA 1KXXA 3TMUA 5I54A 4NHSA 2DQCY 1UC0A 2CGIA 4YEMA 5DN5A 1AT6A 5LVKA 1JWRA 3TXIA 3A93A 4OOTA 4Z46A 2BLXA 4OOOA 1TCYA 3LZTA 3OK0A 3TMXA 3AZ7A 1DXJA 1XEKA 4H94A 4LYZA 4R6CA 2I26L 3EMSA 4J1AA 4NHIA 1XGQC 1GEVA 1C43A 3BKHA 5B1GA 1B5ZA 1LMAA 4CJ2A 1UIDA 1QQYA 1LJJA 5LYMA 2G4PA 1GFGA 1BQLY 1IR9A 2BQHA 1JJ1A 1DKJA 1HMKA 2ZWBA 5LAGA 5C6IA 4TSBA 1VDSA 5KXPA 1GXXA 1DKKA 1JITA 2EQLA 1LHJA 1PS5A 1F10A 1A4VA 1C10A 3AYQA 1ZV5L 1LJHA 1B5YA 1GHLA 1IP5A 4MR1A 1GFVA 1GFKA 3HFMY 1FLQA 2F4AA 3A67Y 3W6AA 1LPIA 3W6DA 3WYHA 1LSFA 1LZGA 1UIFA 1FKQA 5IELA 2ZQ3A 1GF8A 5AMYA 3QNGA 4NY5A 4BADA 1GDXA 1RI8B 3LYMA 3T36A 1LZ1A 1LTMA 1LZ9A 1HNLA 4H9FA 4DT3A 4BS7A 1NDGC 133LA 1GXV2 1T6VL 2MEHA 3W6CA 3WUMA 1LSEA 2HEAA 2W1XA 1GF4A 1LZBA 5L9JA 5L3IA 4UWUA 4NGIA 1XGUC 1J1PY 1LMQA 2GV0A 5I5QA 1GF7A 4NHTA 1C08C 4B4EA 1GB8A 1QSAA 1IORA 1IX0A 1GBYA 2Z19A 4NGKA 4G9SA 1YL1X 4HTQA 3CSQA 5HLLA 4NGOA 4A7DA 2MEBA 5C6LA 1HSXA 1TEWA 3FE0A 4LFPA 3LZ2A 3TXHA 1LJEA 1LMCA 1LSZA 4XJHA 7LYZA 4B4JA 1W6ZA 1YIKA 4GLVA 1KXYA 5F81A 2BQJA 2HEDA 2XBRA 1C46A 3P68A 1IWVA 2YVBA 1IWWA 3AW6A 1N4FA 4NG1A 3ZVQA 1LJ3A 1GB5A 5LYTA 3CQLA 4J0LA 1OUBA 4N8ZA 1GB7A 1VEDA 2EKSC 1YL0X 4J1BA 3RNXA 8LYZA 3W6EA 1LJNA 1I20A 5KXSA 1NBYC 1GF9A 1JJ0A 3A94A 4O34A 5I53A 4AXTA 3ULRA 3P64A 4LZTA 4WM6A 1QDRA 4HJZA 3CB7A 2BQOA 4TWSA 1G7JC 4NSJA 1HC0A 4II8A 2D4JA 4FDYA 1TBYA 2BAAA 4G4HA 4DDCA 5I4WA 1YANA 2PC2A 3ZVQB 5I4YA 3AGIA 2YDGA 5KXZA 1LZRA 1AZFA 5LA5A 1LZTA 4XENA 3N9EA 1KIQC 1FLWA 1NDMC 2EIZC 2W1LA 4UWNA 1WQPA 1VDPA 1WTNA 3WXTA 4EMNA 5LINA 4QDNA 1JPOA 4ET8A 2WARA 1QTEA 1BB7A 1GF3A 5LAFA 5KXWA 1IP6A 5F9UA 3TMVA 3IJUA 3TXBA 4WMGA 1DI4A 1JUGA 2Z18A 5FEKA 4CFOA 1WQRA 2D4IA 3ATOA 1UIGA 1XGRC 2C8OA 5A3ZA 1GAZA 2BQMA 2DQIY 4PPOA 1IVMA 2BLYA 2AUBA 3TXKA 1OUHA 1UBZA 5LA8A 3F6ZA 1CNSA 4WLYA 1NBZC 1LOZA 5K7OA 4N9RA 1EQ4A 1VAUA 5DL9A 4DD3A 3A96A 2A7FA 1GB0A 4IASA 1KIRC 1JTTL 4WLDA 3WH1A 1IEEA 2EPEA 1GBZA 2MEFA 5APEA 4H9CA 2DQDY 4I0CA 3P66A 1QIOA 4NGLA 2MECA 4OWHA 1GWDA 1DZBX 4LT0A 4QGZA 1LYZA 1WTMA 4GCEA 1NWGA 2Y8PA 1JSFA 1J1OY 1LZ6A 1LYSA 2IHLA 4J7VA 1I56A 3AZ4A 3A90A 3TXJA 4PGJB 5DLAA 3B6LA 1UACY 4LYMA 1LSMA 4GLAA 4RDSA 1JIYA 2H9JA 1YROA 2FYDA 4NGJA 3AB6A 1IWYA 1UIEA 4DDBA 1IOSA 3G3AB 1LSCA 4N1EI 4WOAA 3W6FA 1DPWA 5T3FA 1HHLA 4BAFA 1YAOA 1HEWA 2BQLA 2DQFC 4H8YA 1LMTA 1TDYA 1NQIA 1D0MA 1B5VA 1YKXX 3AZ6A 1BWIA 1IWUA 4ETEA 1GE1A 1MELL 2ZYPA 1GF5A 1FBIX 1LZ5A 5LIOA 1GE0A 1V7TA 1C45A 1QUTA 4ETAA 5IDDA 3VWOA 1V7SA 1GF0A 3M18B 1B7SA 5HMJA 5KXTA 4NSGA 5E9RA 2Z12A 4OWEA 4XYYA 2YBIA 3CT5A 1D6QA 1LAAA 3G3BB 3A6CY 1QUSA 1WQNA 4L41A 1LSYA 3A91A 3SP3A 1DI5A 2BQKA 5KJ9A 1OP9B 3EO5A 4B1AA 4PHIA 4GCCA 4H9IA 1LMOA 4KXIA 1IY4A 1REYA 2I25L 1IOCA 2ZQ4A 2BQCA 1LZEA 1LZAA 1B9OA 1XEJA 5F16A 3WPJA 5KXOA 1OUJA 1TAYA 1LJGA 1F6RA 4Z98A 3T6UA 1NMMA 2BQNA 1FLYA 1OUGA 1WVUA 3W6BA 1REXA 2F30A 4RW1A 2HUBA 5FHWA 4H9BA 3MGWA 1HF4A 2BQEA 3E3DA 1A2YC 4CFPA 2Z2EA 1GFAA 4ZEEA 5F9XA 2LZTA 1AKIA 4DD1A 5KKIA 4NWHA 1YQVY 1VATA 2W1YA 1G7IC 3LYOA 4ET9A 4HV1A 4X3BA 3P65A 4NSHA 2HU1A 1HENA 1QTKA 3AGHA 3LYTA 4HPIA 3WMKA 1JEFA 4TTDA 5FELA 3TMWA 5KXLA 3WW5A 1LSGA 1LCNA 3WW6A 1G7HC 1IWZA 4NHQA 4RW2A 1J1XY 3IJVA 1BGIA 4B4IA 5DM9A 2ZIKA 3W3EA 2G4QA 4DD9A 5KXMA 3N9AA 1JHLA 1HERA 1GFJA 1HEQA 4WL7A 2HTXA 4XJBA 2LHMA 3FI7A 1IOTA 4NSIA 1GFRA 1H6MA 3TXGA 1OUFA 4B0DA 4C3WA 3IWRA 2F2NA 2ZYCA 4HTNA 2LYOA 1LHHA 1BB3A 4ZIXA 5D5CA 2RSCA 1UUZC 1VFBC 5B06A 4DDAA 3HBEX 1GDWA 2A7DA 2CDSA 3TXFA 1B5WA 5ILFA 1LHLA 1JJ3A 1IP3A 1LSPA 208LA 5HNLA 4LT2A 2DQAA 4LT1A 1BVKC 4WM5A 1OUAA 1ALCA 4H8XA 1XEIA 1GEZA 4NIJA 4W94A 4M6DA 1BHZA 4LYOA 4WO9A 1VDQA 1HEMA 2LYZA 1VDTA 1C7PA 1OQMA 2MEDA 4WM2A 3A8ZA 1OUIA 4GCBA 4CHXA 4H91A 4G4CA 4Z41A 4D9ZA 3GXRA 1JKBA 1FDLY 4WG1A 4NHPA 1QSWA 3B0KA 1GE4A 1JSEA 1SLYA 3WU9A 1CKHA 3RW8A 5M1YA 1LZ4A 1OUEA 1YILA 4DD7A 1LZNA 5DN4A 1GFEA 1T3PA 2MEEA 4HJYA 4XN6A 1ZVHL 2D4KA 4H93A 4P2EA 1LJKA 2BQDA 3TXEA 1DI3A 1UA6Y 3WUNA 2YBNA 2Q0MX 4LYBA 1GFHA 2N5ZA 5LVIA 4BAPA 1G7LC 1LZDA 4H9AA 1ZVYB 1UIHA 1BWHA 1SQ2L 1F6SA 1PZYA 4YOPA 1LSNA 4WLXA 2ZILA 2YBLA 1KIPC 4G4BA 1BB6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2OU0X 4ZFPA 2MEIA 134LA 1L08A 1LZ8A 154LA 4H9EA 2HECA 3K3TA 3A3RX 4DKLA 5A3EA 4M4OA 191LA 2DQJY 2CWIA 1L56A 1B7MA 1GB9A 149LA 4IAPA 1GE2A 155LA 2BQIA 6LYZA 1LSAA 3DMXA 4LYCA 3HH3A 3QY4A 1B0DA 1NHBA 3DMZA 5II3A 6LYTA 3CT0A 4I7QA 3RZEA 1CU5A 1XFPL 4W56A 206LA 1OVHA 1L75A 1C6MA 3WPKA 3N9CA 1C6KA 1WQQA 3NY9A 1L40A 3HBHA 3SB5A 3WXUA 1G1VA 2Z39A 1OUDA 1XJUA 212LA 1PQDA 1LKRA 1E8LA 103LA 1YKYX 4ARLA 2O79A 1LJFA 1JQUA 3RZ4A 4KT3A 4ETDA 5APCA 4LT3A 4NGVA 1LZSA 4XJDA 1LYJA 2FYCA 1QUHA 4TUNA 2RH1A 3GUOA 1CTWA 1YAPA 1B5XA 3G3XA 5LVGA 258LA 2XTHA 5KXRA 2BQBA 2F32A 3RU5A 1C6DA 1L0JA 1LYOA 188LA 250LA 1L45A 4GCFA 5LVHA 1IWTA 1L49A 1C63A 123LA 4I7NA 1CKGA 1CU2A 3AW7A 4DJHA 3G3VA 1GFUA 5I4XA 1B2KA 4NGYA 3NYAA 4IJ4A 4OWAA 196LA 1LZCA 1G7MC 3TXDA 3WL2A 4NGWA 4OWBA 131LA 1QTZA 1LMPA 3LHMA 4NGZA 1L73A 5E4PA 4E3UA 4NWEA 201LA 1XGPC 234LA 3A6BY 4H92A 194LA 4QY9A 3FADA 1TLAA 4ETBA 3DN4A 1L01A 3TMUA 1C68A 2CGIA 3LZMA 5DN5A 5LVKA 4OOOA 1SSWA 4H94A 1L77A 3GUJA 145LA 1GEVA 3HT8A 1L44A 2RBRA 1B5ZA 1C67A 1LMAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KAM A;  1LMN A;  4G49 A;  2C8P A;  1RE2 A;  1IP7 A;  4ZFP A;  1EQ5 A;  2MEI A;  1LHM A;  3CT1 A;  1P2C C;  1NHE A;  134L A;  5L3H A;  3AZ5 A;  2VB1 A;  132L A;  1CJ6 A;  5LYZ A;  1LZ8 A;  1IR8 A;  154L A;  207L A;  1XSF A;  4H9E A;  3A95 A;  2HEC A;  2HEF A;  3B0O A;  4HV2 A;  4W96 A;  4QEQ A;  4C5F A;  3AGG G;  1REZ A;  4XJI A;  5FCP A;  3D9A C;  3A3R X;  3K3T A;  4I8S A;  1INU A;  4HPE A;  1HFY A;  4H90 A;  1H87 A;  2H9K A;  1BB4 A;  2LYM A;  5D5F A;  5A3E A;  4M4O A;  2HEB A;  2DQJ Y;  1IR7 A;  2Z38 A;  4H8Z A;  4XAD A;  1B7P A;  3P4Z A;  2CWI A;  5ILC A;  5APD A;  1B7M A;  4U3X B;  1GB9 A;  1D0L A;  3CSR A;  3D3D A;  2BQG A;  3LN2 A;  1GBW A;  1HSW A;  2G4N A;  1BWJ A;  1JTO L;  3J4G A;  1YKZ X;  1FKV A;  3WUL A;  1LSB A;  1GE2 A;  1AM7 A;  2BQI A;  1GPQ C;  4FJR A;  6LYZ A;  1LSA A;  3M3U A;  1UCO A;  4LYC A;  4YM8 A;  1EQE A;  1JKC A;  5KY1 A;  2Z2F A;  5B07 A;  4AGA A;  1IP2 A;  2F4G A;  1HML A;  3QY4 A;  1LKS A;  1YAM A;  1B0D A;  4WM1 A;  1BVX A;  2HU3 A;  4DYG A;  5II3 A;  6LYT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2MEH A;  1GF4 A;  1LZB A;  5L9J A;  1J1P Y;  1GF7 A;  4NHT A;  3C8S A;  4B4E A;  4NGK A;  1GBY A;  2Z19 A;  163L A;  4G9S A;  2MEB A;  5C6L A;  3FE0 A;  4LFP A;  218L A;  7LZM A;  2OU9 A;  4B4J A;  1YIK A;  2BQJ A;  1C46 A;  3P68 A;  3V2Y A;  1G06 A;  1N4F A;  1LJ3 A;  1LI2 A;  1OUB A;  4N8Z A;  4J1B A;  5KXS A;  1I20 A;  4AXT A;  1GF9 A;  4WM6 A;  1L55 A;  4TWS A;  110L A;  2PC2 A;  5I4Y A;  1AZF A;  181L A;  180L A;  1WTN A;  1VDP A;  200L A;  1QTE A;  1BB7 A;  5LAF A;  5KXW A;  1IP6 A;  5F9U A;  1DYB A;  1DI4 A;  1JUG A;  2Z18 A;  4W59 A;  4S0W A;  1WQR A;  2D4I A;  1UIG A;  1GAZ A;  1L11 A;  1LWK A;  2OE9 X;  1G0Q A;  2AUB A;  1L17 A;  1OUH A;  3F6Z A;  4WLY A;  1VAU A;  5DL9 A;  4IAS A;  2LC9 A;  4H9C A;  4I0C A;  4LT0 A;  2Y8P A;  1J1O Y;  1LZ6 A;  1LYS A;  4LDL A;  1IWY A;  1L54 A;  1LSC A;  1DPW A;  4BAF A;  1YAO A;  1HEW A;  2BQL A;  2DQF C;  1KY1 A;  1NQI A;  1BWI A;  1KS3 A;  1GE1 A;  1V7T A;  1C45 A;  3VWO A;  1V7S A;  1GF0 A;  5HMJ A;  4I7L A;  3A91 A;  1DI5 A;  1OP9 B;  4EKQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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