5B05A

Lysozyme (control experiment)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Effective Deuterium Exchange Method for Neutron Crystal Structure Analysis with Unfolding-Refolding Processes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5b05A00
5B07A 3TXKA 3TXHA 5LVGA 1CJ8A 1LZ4A 4H92A 1TBYA 4WM2A 4C3WA 1J1OY 1LSFA 3LZ2A 3WUMA 1F6RA 1NMMA 2Y8PA 1LZEA 2Z18A 1H87A 3M3UA 3HBEX 4NWHA 5KXXA 4OWBA 1GDXA 4X3BA 5EBHA 1IWWA 1UUZC 4OW1A 1LJ3A 1HMLA 1GF4A 1KIQC 1LZTA 3ZVQB 1AM7A 2HEAA 4IASA 1B7QA 3W6BA 2X0AA 4B4IA 1REXA 1W08A 1RJCB 4E3UA 3QY4A 1IOQA 4LYMA 3N9CA 1OUDA 1LOZA 3QNGA 2DQHY 4G4CA 1LSPA 2XJWA 1WQMA 5IHGA 1QTKA 2FBDA 2LZTA 1UIBA 5LXWA 1LSAA 1J1PY 1KIPC 1YKYX 4FJRA 2HU1A 5LYZA 2BQLA 2W1YA 4PGJB 2HEEA 5FCPA 2AUBA 2CGIA 1DI5A 1GBOA 4J7VA 3LYZA 4DD0A 1XEJA 2BQHA 1EQ4A 4HPEA 3TMWA 2LZ2A 1HEWA 1NQIA 5KXNA 1WVUA 2Z37A 1GWDA 1RFPA 2PC2A 1IORA 2DQJY 4WM5A 4HSFA 1LMPA 3A92A 1JPOA 3WU9A 3A3QA 4CGEA 3CSZA 1LZ9A 2MEDA 1BB6A 3W3EA 4B1AA 2ZILA 4YEMA 1VATA 4H91A 3G3BB 1N4FA 1GF0A 5KXOA 5DN4A 4N5RA 1ZVHL 3TXIA 4DDBA 1LSZA 1GAZA 1LHIA 1GB2A 1NHEA 1IP2A 2I26L 1IP5A 1LZSA 1JTPL 2MEAA 1O23A 4J0LA 4B0DA 1GFAA 5B05A 1D9UA 3TMUA 1YKXX 1LZBA 4OOTA 3AW7A 3AGGG 3P65A 1GF5A 5I4YA 193LA 1TCYA 4WO6A 4GCBA 1D6QA 4G9SA 4QDNA 1WTNA 4YENA 1IO5A 3IJVA 3J4GA 4LT2A 5KXWA 3CB7A 1FLYA 4N8ZA 5A3EA 1LSCA 4B49A 1KXWA 4PHIA 1WQNA 5I5QA 3SP3A 1B5XA 4ET9A 3P66A 1D6PA 1GFTA 1LSDA 1GDWA 1GHLA 5FSTA 4GCDA 4ETCA 5M1YA 1VDSA 2HEFA 5HNLA 1IWZA 2D4IA 4HV2A 4KXIA 5LYTA 1QQYA 2Z12A 1IVMA 2BPUA 1LJFA 2MEHA 4N1CC 1B5ZA 1CKHA 4LYCA 133LA 3W6FA 1WQQA 3OK0A 4H9FA 3G3AB 2D6BA 1DKJA 1GBYA 4XJFA 1NWGA 4NGOA 1ZVYB 4HV1A 2HEBA 1WQRA 1CNSA 3IWRA 4TUNA 4Z46A 2YBLA 1WQPA 4OWCA 2F2NA 4GCFA 4OWHA 5KXKA 1IY3A 5HMJA 1GE4A 1LZ5A 3AZ6A 2MEIA 3P64A 4AXTA 1LZRA 4B4EA 5A3ZA 1OUFA 1XGUC 5KJ9A 1GEVA 1IC7Y 4NGWA 5APDA 5B06A 5F16A 1JSEA 3WMKA 1UCOA 6LYTA 4YOPA 1JJ3A 1GBXA 5L3IA 1KXXA 3F6ZA 1GXV2 3WL2A 1QSAA 2C8PA 3CT1A 1GFUA 1LSMA 1YROA 4GLAA 3TXEA 1NDGC 5E9RA 1FDLY 1FLQA 2BQAA 1LYYA 1F6SA 1NKHA 1LZYA 1VFBC 2Z19A 1YL1X 1G7MC 3FE0A 1LSNA 2Z2EA 4H9AA 4NHPA 1QIOA 2XTHA 4H9BA 4N1EI 2MEEA 3WW6A 1GB7A 3CT0A 4PPOA 2ZYPA 2BQNA 1GFGA 2ZNWY 1GB6A 3AW6A 1OUEA 1CJ6A 3OJPA 5C6IA 3N9AA 3TXBA 2ZQ4A 4QEQA 1GBSA 4WMGA 3A94A 1BB4A 4LYOA 1GF3A 3B0IA 4GCCA 1B0DA 3A96A 1F10A 3HFMY 4YF2A 1LJKA 4WO9A 4LYBA 4ML7A 4W94A 3LN2A 3WXTA 1LMAA 4NGLA 5LVKA 4G49A 1BB7A 1JTTL 3A91A 4BAPA 1LHMA 3WU7A 4I0CA 4NGJA 2BQFA 4LT0A 4WL7A 4BAFA 5APEA 1LMCA 1GFKA 3AYQA 3M18B 3A3RX 4CHXA 1WQOA 4LGKA 4MCKA 2BQJA 1JWRA 1JHLA 1JITA 1IC4Y 3QE8A 3P4ZA 4TX7A 1IR9A 1LJ4A 4GCEA 3W6EA 1CJ7A 1LZ1A 1B7SA 2DQGY 3RZ4A 3VWOA 4J1BA 1QSWA 1G7JC 4HJVA 1AT6A 4CFPA 5KXRA 1B7PA 4BADA 1LMNA 4NHIA 5APCA 5HMVA 1YAOA 1ZMYL 2BQOA 1DI3A 2MEFA 4ZFPA 1LYZA 2BQKA 4NGVA 2YBIA 2YVBA 3GXRA 1GB3A 1GFHA 8LYZA 2ZWBA 1A4VA 5T3FA 1AZFA 4A7DA 4WOAA 3WPLA 1BB3A 4PRUA 2DKVA 5LA5A 2CDSA 1SQ2L 4XADA 4ANRA 1G7LC 2N5ZA 1YANA 134LA 3AB6A 1UIAA 4XYYA 1CKFA 1UIHA 2XBSA 1BB5A 1GBZA 1HNLA 1XSFA 2H9JA 1JEFA 1C43A 1HEPA 4DT3A 2ZQ3A 4H8ZA 2XBRA 1IY4A 4CFOA 3T6UA 1DZBX 1LMQA 5LVIA 2Q0MX 1HELA 3AGHA 5LA8A 4AGAA 4DD2A 4HTKA 1GB0A 1LYOA 4PRQA 5B1GA 3A8ZA 1JKBA 1ALCA 132LA 4G4BA 1IOCA 2BLYA 4GLVA 3W6CA 1IP3A 5L9JA 3LYOA 2EPEA 3AGIA 1DPXA 2DQIY 2F30A 5KXPA 1XEKA 1HF4A 1I56A 4NHTA 3TXFA 3A95A 3WW5A 3B0OA 1D0MA 1D0KA 4UWUA 3WUAA 2I6ZA 5I4WA 1RI8B 4Z41A 1VEDA 1NDMC 5KXSA 5J7CA 1BQLY 1CJ9A 4OOOA 1GBWA 5JENB 154LA 2I25L 1HERA 4YEOA 4H9HA 4J1AA 4I8SA 4WG7A 1B5VA 4NEBA 5D5CA 5F9XA 3WULA 1XGQC 2ZNXY 1GPQC 1LZCA 1TDYA 3CT5A 2G4QA 4RW1A 1B5UA 1B7MA 1LAAA 1UIFA 1MLCE 1FN5A 3E3DA 1HSWA 4NIJA 5DLAA 1XEIA 1B5YA 5L3HA 5LAGA 1YL0X 1IP4A 1UIGA 194LA 1B7OA 1CKCA 1Z55A 1LJGA 1HEOA 3A93A 3TMVA 1LZGA 1XGPC 3WPJA 4H9EA 1NBYC 1UICA 4GN3A 4OWEA 2HU3A 1QTEA 2BQEA 4CJ2A 1IIZA 2EIZC 1GEZA 4NGIA 1GAYA 1G7IC 1IX0A 4B4JA 4LYZA 4NG8A 3B0KA 1JJ0A 3KAMA 1IWUA 2VB1A 2HTXA 4MR1A 5I4XA 4M6DA 1UIDA 1FKVA 3D3DA 1EQEA 1V7SA 1G7HC 4GN4A 4QY9A 3B6LA 3K3TA 2YBMA 1EL1A 4LYTA 1VDTA 3W6AA 1CKGA 1GF8A 2YBNA 1I20A 1HC0A 4NGYA 2BLXA 1C45A 2YSSC 3CSQA 5KXLA 1OUGA 1GF6A 1IP1A 1I1ZA 3WH1A 1NBZC 2ZYCA 4WL6A 4TSBA 1LSBA 4NSGA 4UWVA 3WYHA 1JISA 1HMKA 1GB8A 1YAQA 2D91A 3AZ7A 3AZ4A 1GFVA 1LZ6A 3J6KA 4XJDA 1B5WA 4NHSA 4DD7A 1FLUA 5LINA 4H94A 4RLNA 1OUHA 3WVYA 1LYSA 4IATA 1BVKC 2DQAA 2DBTA 3WXUA 208LA 4N9RA 1B7RA 1LCNA 1T3PA 4NFVA 4RDSA 5D5FA 5DM9A 5B59A 1B7LA 1D0LA 1REMA 4Z98A 4EMNA 4NSIA 2YBJA 4FDYA 3A6CY 4NWEA 3P68A 4KT3A 1JSFA 1IOSA 1DXJA 5IDDA 5LIOA 1BVXA 1HFYA 1LKSA 4LFPA 1REZA 2BAAA 4EOFA 1LJHA 1TEWA 4UWNA 4WLDA 1HHLA 5LYMA 4ETEA 4NG1A 1UBZA 1JJ1A 1GE0A 2F4AA 2IHLA 4DD3A 1WVVA 1UC0A 1HENA 1OUCA 3TXGA 2B5ZA 135LA 4L41A 5KXYA 1JKDA 3RT5X 1H6MA 1C08C 4ZIXA 3ATNA 1JTOL 4BS7A 4KL7A 1OUBA 4H9IA 5B1FA 1AT5A 1LHKA 1IOTA 1T6VL 1YKZX 1LHLA 1RCMA 4TTDA 4LT3A 5FDJA 1LJEA 1LZNA 1YIKA 2LHMA 2GV0A 3HBHA 1J1XY 2DQDY 4LZTA 1LSEA 4NSJA 4DC4A 1UA6Y 2MECA 5FEKA 3IJUA 3B72A 4WM3A 9LYZA 1B2KA 1GFJA 2F4GA 4HTQA 4W96A 4WLYA 5K7OA 3HBDA 1QDTA 2ZIKA 4XN6A 4P2EA 3A6BY 3TXJA 1VDQA 1NF5A 1IWTA 1ZV5L 1P2CC 1LPIA 4LFXA 2LYOA 1VAUA 5DL9A 5FELA 5LVHA 4WM1A 3RW8A 1LSGA 4NSHA 1LZ8A 1LZDA 4XJGA 5ILCA 2BQCA 2D4KA 4DD1A 4NHQA 1RE2A 1C10A 4N0JA 1LJIA 3EMSA 1IP6A 3EO5A 3CQLA 4U3XB 3EXDA 5KKIA 3RU5A 5HNCA 3MGWA 1IR7A 4YM8A 4NGZA 1GF7A 1GE1A 4H1PA 4G4HA 1YILA 4HJZA 4RW2A 3N9EA 3EBAB 153LA 5KY1A 5FHWA 4MSTA 4KPMA 1UACY 4M4OA 4ZEEA 3ATOA 4WLTA 4IJ4A 4C5FA 4DWXA 1B7NA 2DQEY 4R6CA 1FLWA 3AZ5A 5II3A 1FBIX 5F14A 1DQJC 3D9AC 2D4JA 1LJNA 1C7PA 5F81A 1GB5A 2W1MA 1LKRA 1GE3A 2DQCY 3FI7A 2WARA 1LHJA 4WM6A 2W1XA 4D9ZA 1BHZA 1HEMA 3LHMA 2EKSC 1DPWA 6LYZA 1IEEA 2Z2FA 4HJYA 2YBHA 4H8XA 4QGZA 1JUGA 1XGRC 4LT1A 1BGIA 2LYZA 4DYGA 4DDCA 1SLYA 2BQBA 5IELA 3BKVA 4TSCA 5ILFA 1GB9A 2Z38A 1QUSA 1IWXA 2Z39A 1A2YC 1GXXA 5LVJA 207LA 2LYMA 2HECA 1W6ZA 2HUBA 4DDAA 1LSYA 4H93A 4ETAA 3T36A 1HEQA 4DD9A 2EQLA 1BWJA 3ZVQA 4ETBA 1OP9B 3ULRA 2CWIA 5AMYA 5I53A 2DQFC 4XJHA 1LTMA 1LJJA 3A67Y 4H9CA 5LAFA 7LYZA 5DN5A 1LHHA 2G4PA 4NY5A 1OUAA 1IP7A 3WU8A 1GE2A 3WUNA 5C6JA 1IWVA 1HSXA 1BWIA 2BQGA 1YAPA 4TWSA 5E4PA 3ZEKA 1IR8A 2A7FA 5C6LA 1E8LA 1GFEA 3WPKA 5KKJA 2NWDX 1BWHA 5KXTA 1UIEA 3BKHA 1WTMA 4ET8A 2BQIA 1OQMA 3WVXA 3AJNA 1JKAA 2BQMA 1LMTA 4Z3MA 1PS5A 4HPIA 5HQ1A 4II8A 1AKIA 3LZTA 1OUIA 3LYMA 4NGKA 1F0WA 1DI4A 1GF9A 1B9OA 2A7DA 1DKKA 2MEBA 1LMOA 2BQDA 2HEDA 4WM4A 1YQVY 1LZAA 2YDGA 4H8YA 1JIYA 4R0FA 2CJLA 5HLLA 2FYDA 1KIRC 3A90A 4ETDA 4XENA 4RLMA 1VDPA 3W6DA 1KXYA 2H9KA 1INUA 2FBBA 4WG1A 1HFZA 4HP0A 1C46A 3A34A 1OUJA 1XGTC 4XJBA 5KXMA 1MELL 3CSRA 1CKDA 3TMXA 2H5ZA 1JKCA 1PZYA 1IWYA 4XJIA 4PJ2C 4H90A 3LYTA 3RNXA 1YAMA 4HTNA 1QUTA 2RSCA 4O34A 5I54A 2FYCA 1IC5Y 1V7TA 1QDRA 4GN5C 2MEGA 2C8OA 1EQ5A 4OWAA 1GFRA 1XFPL 5KXZA 2ZIJA 2W1LA 4WLXA 3GXKA 1GD6A 1FKQA 1REYA 5F9UA 1TAYA 2G4NA 5APFA 3TXDA 2IFFY 1HFXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L00A 3OE6A 4I7MA 223LA 4C3WA 3WUMA 1F6RA 4DQ5A 3M3UA 1C6JA 4OWBA 1GDXA 3HUKA 4I7KA 1PQOA 2HEAA 1B7QA 4B4IA 186LA 3SBAA 3N9CA 258LA 2XJWA 1WQMA 4I7NA 1YKYX 3FADA 217LA 4PGJB 1DYBA 1GBOA 4J7VA 4DD0A 2QARC 2BQHA 1EQ4A 1LYHA 244LA 1NQIA 5KXNA 1GWDA 2PC2A 137LA 4CGEA 1LZ9A 2MEDA 4B1AA 4YEMA 1JTMA 3TXIA 4W58A 1LSZA 1LHIA 1JQUA 1NHEA 3HU9A 3HT8A 2I26L 3HH3A 2MEAA 1O23A 5B05A 1YKXX 4OOTA 3AGGG 197LA 262LA 4GCBA 4DAJA 4G9SA 4YX7C 3J4GA 4LT2A 1SSYA 1FLYA 1LSCA 104LA 5I5QA 1LYFA 188LA 1D3NA 1L40A 1IWZA 1L14A 4KXIA 1LJFA 4N1CC 3SBBC 1DYDA 1L97A 3G3AB 1L20A 3IWRA 4TUNA 4OWCA 4AXTA 1CU6A 3AZ6A 3P64A 4B4EA 1QT6A 1OUFA 1IC7Y 5F16A 1JSEA 6LYTA 1UCOA 2OU0X 4YOPA 3WL2A 1QSAA 1GFUA 3TXEA 138LA 2Z2EA 1L64A 1L46A 2ZNWY 3N9AA 3HH6A 3CDQA 4YXAC 1F10A 3PBLA 4WO9A 2B73A 5LVKA 1L74A 1C62A 1LI2A 3M18B 3A3RX 4TX7A 1JWRA 1JITA 1IC4Y 3P4ZA 1IR9A 3W6EA 1LZ1A 2DQGY 3RZ4A 180LA 1G7JC 4HJVA 1AT6A 4CFPA 4BADA 4NHIA 4DJHA 2B6YA 1LYZA 2BQKA 1PQIA 2YBIA 3GXRA 1GFHA 2ZWBA 3WPLA 1OV5A 1L71A 1QUDA 3HTBA 1G7LC 2N5ZA 134LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5B07 A;  3TXK A;  3TXH A;  5LVG A;  1CJ8 A;  1LZ4 A;  4H92 A;  1TBY A;  4WM2 A;  4C3W A;  1J1O Y;  1LSF A;  3LZ2 A;  3WUM A;  1F6R A;  1NMM A;  2Y8P A;  1LZE A;  2Z18 A;  1H87 A;  3M3U A;  3HBE X;  4NWH A;  5KXX A;  4OWB A;  1GDX A;  4X3B A;  5EBH A;  1IWW A;  1UUZ C;  4OW1 A;  1LJ3 A;  1HML A;  1GF4 A;  1KIQ C;  1LZT A;  3ZVQ B;  1AM7 A;  2HEA A;  4IAS A;  1B7Q A;  3W6B A;  2X0A A;  4B4I A;  1REX A;  1W08 A;  1RJC B;  4E3U A;  3QY4 A;  1IOQ A;  4LYM A;  3N9C A;  1OUD A;  1LOZ A;  3QNG A;  2DQH Y;  4G4C A;  1LSP A;  2XJW A;  1WQM A;  5IHG A;  1QTK A;  2FBD A;  2LZT A;  1UIB A;  5LXW A;  1LSA A;  1J1P Y;  1KIP C;  1YKY X;  4FJR A;  2HU1 A;  5LYZ A;  2BQL A;  2W1Y A;  4PGJ B;  2HEE A;  5FCP A;  2AUB A;  2CGI A;  1DI5 A;  1GBO A;  4J7V A;  3LYZ A;  4DD0 A;  1XEJ A;  2BQH A;  1EQ4 A;  4HPE A;  3TMW A;  2LZ2 A;  1HEW A;  1NQI A;  5KXN A;  1WVU A;  2Z37 A;  1GWD A;  1RFP A;  2PC2 A;  1IOR A;  2DQJ Y;  4WM5 A;  4HSF A;  1LMP A;  3A92 A;  1JPO A;  3WU9 A;  3A3Q A;  4CGE A;  3CSZ A;  1LZ9 A;  2MED A; 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 4ETB A;  1OP9 B;  3ULR A;  2CWI A;  5AMY A;  5I53 A;  2DQF C;  4XJH A;  1LTM A;  1LJJ A;  3A67 Y;  4H9C A;  5LAF A;  7LYZ A;  5DN5 A;  1LHH A;  2G4P A;  4NY5 A;  1OUA A;  1IP7 A;  3WU8 A;  1GE2 A;  3WUN A;  5C6J A;  1IWV A;  1HSX A;  1BWI A;  2BQG A;  1YAP A;  4TWS A;  5E4P A;  3ZEK A;  1IR8 A;  2A7F A;  5C6L A;  1E8L A;  1GFE A;  3WPK A;  5KKJ A;  2NWD X;  1BWH A;  5KXT A;  1UIE A;  3BKH A;  1WTM A;  4ET8 A;  2BQI A;  1OQM A;  3WVX A;  3AJN A;  1JKA A;  2BQM A;  1LMT A;  4Z3M A;  1PS5 A;  4HPI A;  5HQ1 A;  4II8 A;  1AKI A;  3LZT A;  1OUI A;  3LYM A;  4NGK A;  1F0W A;  1DI4 A;  1GF9 A;  1B9O A;  2A7D A;  1DKK A;  2MEB A;  1LMO A;  2BQD A;  2HED A;  4WM4 A;  1YQV Y;  1LZA A;  2YDG A;  4H8Y A;  1JIY A;  4R0F A;  2CJL A;  5HLL A;  2FYD A;  1KIR C;  3A90 A;  4ETD A;  4XEN A;  4RLM A;  1VDP A;  3W6D A;  1KXY A;  2H9K A;  1INU A;  2FBB A;  4WG1 A;  1HFZ A;  4HP0 A;  1C46 A;  3A34 A;  1OUJ A;  1XGT C;  4XJB A;  5KXM A;  1MEL L;  3CSR A;  1CKD A;  3TMX A;  2H5Z A;  1JKC A;  1PZY A;  1IWY A;  4XJI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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