5B05A

Lysozyme (control experiment)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An Effective Deuterium Exchange Method for Neutron Crystal Structure Analysis with Unfolding-Refolding Processes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5b05A00
1C08C 1T3PA 4J7VA 1HEQA 1LMCA 1IVMA 2FYCA 2Z2EA 3QY4A 3AYQA 3EBAB 3G3BB 3A94A 4NGWA 5LA5A 4NEBA 4HP0A 1BHZA 4OWHA 2D4IA 3W6EA 2HTXA 1MELL 5KXWA 1GB7A 1IWUA 4ANRA 4Z41A 4GCFA 5F9XA 1GD6A 1D0KA 5HLLA 2W1MA 5D5CA 5DN4A 3RZ4A 1LSCA 2MEDA 5LVKA 4H8YA 1UICA 1JKDA 5EBHA 1GF7A 3TXHA 1HMLA 1WQOA 4DDCA 2PC2A 2DQDY 1IP3A 1RE2A 2IFFY 2LYOA 2VB1A 2Z18A 1VDSA 1GFEA 2YBHA 1J1PY 3WU8A 1LSZA 6LYTA 5I54A 1N4FA 3TXEA 2HU3A 2MEFA 1TDYA 3W6BA 5DN5A 1RI8B 2BQJA 3IJVA 4XJFA 5APCA 4EOFA 1ZVYB 2MEAA 1PZYA 4NSJA 1INUA 133LA 4I8SA 2GV0A 1CKHA 2Z12A 4QEQA 4WL6A 3WUNA 1XEIA 1LHKA 2HEBA 5LIOA 1LHLA 5APEA 4XJHA 4GLVA 3CT0A 1JKAA 4HPEA 4OOOA 5LVJA 1JITA 2A7FA 2D4JA 4ET9A 4WM4A 3P68A 1NBYC 1GAYA 1B9OA 3CT1A 3CSRA 2NWDX 3LYTA 5KXSA 3TXBA 1JIYA 1GB5A 1LSPA 1YAPA 5II3A 153LA 1YANA 1AT6A 4KPMA 1W6ZA 1CKCA 1B5WA 1IP6A 1NDGC 5I53A 1GB9A 1IR9A 9LYZA 5FDJA 1GB2A 4LGKA 1IP5A 1IR8A 1DQJC 1UACY 2MECA 4PPOA 3ZVQB 3ZVQA 1UIGA 3LZ2A 1E8LA 1GWDA 4N5RA 4WM6A 5F14A 4YEMA 1LMQA 1GF0A 1LZ9A 1VFBC 2ZILA 3WH1A 3F6ZA 1REZA 1CJ9A 2F4AA 4PRUA 4QGZA 4N1CC 1RJCB 1LMAA 1IOTA 1I20A 4DC4A 1B7OA 1GDXA 4IJ4A 1LZBA 1IP1A 1JTTL 1GB8A 1LPIA 1LZNA 2Y8PA 4TX7A 4DDAA 1OUIA 1JSEA 1LYZA 1QQYA 4XENA 3WU7A 2BQDA 3D9AC 1LSBA 3WMKA 4OW1A 4BAPA 1RFPA 1GF6A 2XBRA 1QUSA 1GEVA 1WTMA 1XGQC 2BQIA 4ZIXA 5K7OA 2ZIJA 2ZYCA 2BQFA 1AT5A 4R6CA 1WQMA 1AM7A 1CNSA 4KL7A 1KXYA 4RW1A 5IELA 1LZ6A 5KXNA 2B5ZA 4XN6A 4B4JA 1GE3A 4GCBA 5LAFA 4G4CA 3AGGG 4NGKA 4ETEA 4N0JA 5I4WA 3A95A 1BVXA 1QSWA 4WL7A 1YAMA 5KKIA 4UWNA 3IJUA 3QNGA 1GBSA 2HEFA 3N9EA 4H8XA 2Z38A 5KXOA 1LHIA 5LA8A 1IWWA 4NGYA 1GPQC 1YKYX 2ZQ4A 1GF8A 1GBOA 3A34A 4DD2A 3CSQA 1G7JC 5HNCA 1LJJA 1T6VL 4G49A 1YKZX 1UBZA 4NGJA 4H9CA 1LJHA 5FELA 1G7MC 1YL1X 4X3BA 5KXPA 1CKFA 5DM9A 4WO9A 1V7SA 4GCEA 4HJZA 1IORA 3RNXA 5C6LA 3HBHA 5KKJA 1WQRA 4WM1A 2YBLA 3AGIA 3N9AA 1DXJA 1LZYA 3B6LA 1GB6A 4WMGA 1C10A 1KIQC 3CT5A 1V7TA 1HFZA 4NHIA 1LMTA 2F30A 5JENB 4N9RA 1GFGA 3TXGA 2HEDA 4LT0A 1F0WA 1HFYA 1LJGA 4QDNA 2ZYPA 4U3XB 4YENA 1FDLY 1GB3A 1IP4A 1FKQA 1B7MA 1LJKA 4TTDA 5KXXA 4RDSA 207LA 2LHMA 5KXLA 2FYDA 4MSTA 1LTMA 1JTOL 3AZ6A 3GXKA 3LHMA 2DQHY 1DI5A 1J1OY 4ETAA 1B5UA 1FLQA 5KXKA 1OUBA 2HEEA 2HEAA 3TXDA 4DT3A 1YIKA 2BAAA 1ZMYL 4TSBA 3AW6A 194LA 2EIZC 4CFPA 2DQCY 3M18B 4H9AA 4NWEA 1SLYA 1NKHA 2C8OA 2YVBA 2Z19A 4UWVA 1GBWA 1AKIA 3RW8A 3ATNA 1LJFA 2LZ2A 3WXUA 1LJNA 3EO5A 4CFOA 1D6PA 4WG1A 1P2CC 1UIBA 3FE0A 2Q0MX 4ZFPA 4H93A 3WW5A 2I6ZA 1AZFA 5HMJA 2IHLA 3D3DA 1CJ7A 3A96A 3RT5X 1JUGA 3B0KA 4R0FA 5LYTA 1HMKA 1LJ3A 1GBZA 4B49A 4NSIA 2Z2FA 1QTEA 4HV1A 2FBDA 1HEWA 1IP7A 4J1BA 4KXIA 5HMVA 1DI4A 4O34A 4NSHA 1XGPC 4ETCA 1RCMA 1ZVHL 2YBNA 1B7PA 4G4BA 1BB7A 5B07A 5C6JA 2MEBA 4UWUA 2D91A 4N1EI 1GDWA 1UC0A 1CKDA 1KIRC 1D9UA 2MEHA 3WXTA 3A3QA 1XGUC 1YL0X 1LSYA 1BB6A 1TCYA 3SP3A 1VDTA 1IOCA 4W94A 2YBJA 4PHIA 1OUCA 2DQGY 2YBIA 2F2NA 1XFPL 4QY9A 1VAUA 132LA 5T3FA 1IWXA 3TXJA 1HELA 1LKSA 4LYTA 2A7DA 3WYHA 4EMNA 2CGIA 1I56A 1BB3A 4W96A 2BPUA 3WW6A 5L3IA 2BQKA 3WUAA 135LA 1HFXA 1Z55A 3ATOA 1JSFA 4ET8A 4GN5C 3W6AA 1BGIA 4NSGA 5DL9A 1TBYA 1FLUA 1DKKA 1W08A 5APFA 5LYZA 3ULRA 1I1ZA 1B5XA 3ZEKA 6LYZA 1REXA 2ZNXY 1JEFA 2CJLA 5KY1A 4N8ZA 2ZWBA 1D6QA 5KXZA 2BQHA 2I25L 4H94A 4OWEA 2EPEA 5FSTA 4B0DA 1HNLA 4H9IA 4II8A 4NY5A 1JPOA 3A90A 1F6RA 1GFRA 1GF5A 1G7LC 1B7SA 1VATA 2BQNA 2DKVA 1GFAA 1UUZC 1YAOA 2DQIY 1LCNA 2W1YA 4FDYA 1LJEA 1LZAA 4HPIA 1IIZA 4H9BA 1GHLA 1LMOA 1EL1A 5IDDA 3W6CA 5AMYA 5B1FA 4DD9A 1HSWA 4M4OA 3K3TA 1WQNA 3W6DA 1UIAA 4TWSA 4Z98A 1JJ1A 4ML7A 208LA 3B72A 4MCKA 2CWIA 3WULA 1GFUA 1HF4A 3QE8A 2LZTA 1IC4Y 5KXTA 3LYZA 1OUAA 1BVKC 4WLDA 5HQ1A 1OUFA 4OWCA 1WVUA 3HBDA 2ZIKA 5F16A 3MGWA 1UIDA 1GBXA 2HU1A 4XADA 3TXIA 3B0IA 4YM8A 2X0AA 1A2YC 5LXWA 3A6BY 2I26L 1XGRC 4HJVA 1VEDA 4PRQA 4LT2A 5IHGA 2BLXA 3A67Y 1OUEA 1OUGA 3A3RX 3AZ7A 3OJPA 3VWOA 5A3ZA 1XSFA 1LZ4A 1BWIA 4TSCA 3TXFA 4BADA 1LYOA 3A91A 1JISA 3TMWA 4RW2A 3P4ZA 1G7IC 3WPLA 3M3UA 1QDRA 1B7LA 4NGZA 4B1AA 1C43A 4NGLA 1LZEA 2WARA 3WVYA 4DD3A 1D0MA 3A6CY 4H9EA 2YDGA 2AUBA 1B5YA 1LMNA 2C8PA 1QSAA 1WQPA 3HBEX 4GCCA 4WM5A 3BKHA 1NF5A 1YQVY 1WQQA 5FEKA 3LYOA 1BB5A 2HECA 5LVGA 1REMA 1B5ZA 1EQ4A 2H9JA 1HSXA 5A3EA 1IWTA 4HTKA 1OUJA 4P2EA 3W3EA 1B0DA 1FLYA 2DQFC 1KIPC 2BQCA 1NBZC 5B1GA 4B4EA 1CKGA 3AJNA 2YBMA 1KXWA 1O23A 4H9HA 1LZSA 5F81A 4WG7A 1LHHA 2XJWA 3CSZA 2BQLA 1LSGA 1LSFA 4OWBA 1GE2A 4TUNA 1UA6Y 1F6SA 2H9KA 3BKVA 1LZCA 2ZQ3A 5APDA 4YF2A 1HHLA 4LFXA 5L9JA 1IOQA 1HEPA 3TMXA 3WVXA 5LYMA 1JKBA 1MLCE 1OUDA 2YSSC 3E3DA 4HTNA 4XJIA 1LYYA 2LYZA 4DD0A 7LYZA 5KXMA 1GB0A 1A4VA 1FN5A 1NQIA 2CDSA 3EMSA 4LZTA 3TMUA 2LYMA 4WLYA 1FLWA 1LMPA 1LZDA 1JWRA 2MEEA 1EQ5A 3WPKA 1BWJA 1UIEA 1XGTC 4LYOA 5ILFA 1IOSA 4HTQA 4NHSA 193LA 5ILCA 2BQAA 4NFVA 2D6BA 2BQGA 1H87A 1GBYA 4WOAA 1C7PA 5C6IA 1WTNA 1UIFA 5LINA 2DBTA 1QUTA 3LZTA 1B2KA 1LAAA 3P65A 1C46A 1HC0A 8LYZA 1LOZA 5J7CA 3EXDA 1IEEA 5LVHA 3FI7A 1GAZA 1LZGA 2DQJY 5B59A 1OUHA 4NIJA 2MEIA 4XJBA 3WUMA 1SQ2L 1LJIA 1ZV5L 1OP9B 2EQLA 2W1LA 3J6KA 4HV2A 2G4NA 1DPXA 4NGVA 1GE0A 1XEKA 1OQMA 1REYA 2XTHA 3CB7A 3WU9A 4C5FA 1IY4A 5FCPA 1IX0A 1YROA 3HFMY 4YOPA 2HUBA 4LYZA 1UCOA 1BQLY 4DYGA 5L3HA 4NGOA 1LSMA 1LHMA 4G4HA 4WLXA 4NG8A 4WM2A 3N9CA 4NHTA 1CJ8A 2EKSC 4HJYA 4AXTA 1NHEA 1IO5A 4B4IA 4DD7A 4BS7A 4ETDA 3WL2A 4NHPA 3G3AB 1NDMC 1VDPA 2FBBA 3TMVA 4CGEA 3A93A 1QDTA 4H92A 4NHQA 1GFTA 1GXXA 2Z39A 4WO6A 2DQEY 1FKVA 1LKRA 1IC5Y 2BQOA 4HSFA 1JJ3A 1GE1A 1YILA 2F4GA 4KT3A 4NG1A 5E9RA 4CHXA 4Z3MA 1BB4A 4XJGA 4GN3A 5D5FA 1JHLA 4LFPA 1H6MA 3AB6A 4I0CA 5KXYA 3AW7A 2RSCA 4H8ZA 4LT1A 4NGIA 1QIOA 1GE4A 5DLAA 2G4PA 4H1PA 1DI3A 3LYMA 4LT3A 5LVIA 1YKXX 4LYCA 1LJ4A 2D4KA 1B7RA 2ZNWY 1UIHA 4WLTA 3T6UA 4D9ZA 1GEZA 3GXRA 5KJ9A 1LZTA 1C45A 154LA 3RU5A 1TEWA 3AZ5A 4J1AA 1B7NA 1NWGA 4FJRA 4AGAA 4DD1A 4Z46A 134LA 1IR7A 3OK0A 4ZEEA 4MR1A 3A92A 1B7QA 4LYBA 4PGJB 4LYMA 1VDQA 1LZ8A 3AGHA 1YAQA 2BLYA 1HENA 1LZRA 3W6FA 1JKCA 4NWHA 1QTKA 4CJ2A 4A7DA 1CJ6A 3B0OA 3AZ4A 5LAGA 4DDBA 3T36A 5I4XA 1HEMA 1LZ1A 1GFKA 2BQEA 5M1YA 1DPWA 1IP2A 1GF3A 3TXKA 1NMMA 4XJDA 5E4PA 2N5ZA 1LZ5A 1B5VA 4L41A 4DWXA 4H90A 2BQMA 1LHJA 2BQBA 3CQLA 2W1XA 1GFHA 5B05A 1LSNA 4H91A 1GFJA 4XYYA 3KAMA 5B06A 4PJ2C 1DZBX 1LSAA 4H9FA 1D0LA 1GFVA 4ETBA 2XBSA 4IASA 4YEOA 1GXV2 1LSDA 3WPJA 4G9SA 5FHWA 1IC7Y 1BWHA 1TAYA 3A8ZA 2G4QA 4M6DA 4IATA 3LN2A 1IWYA 4OOTA 1F10A 3P66A 2DQAA 1XEJA 4GCDA 4GN4A 5HNLA 1J1XY 1ALCA 1IWZA 1IY3A 1LYSA 3IWRA 3P64A 1HERA 2MEGA 4BAFA 2Z37A 1HEOA 4OWAA 1GF4A 4C3WA 4GLAA 5KXRA 1WVVA 5I4YA 1JJ0A 1KXXA 3J4GA 4E3UA 1G7HC 5I5QA 1LSEA 4RLMA 1GF9A 1IWVA 5F9UA 2H5ZA 1PS5A 1JTPL 4WM3A 4J0LA 1EQEA 1DKJA 1FBIX 4RLNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
213LA 4J7VA 236LA 1IVMA 3G3BB 3HWLA 1BHZA 2D4IA 3W6EA 3HT7A 1IWUA 5HLLA 1UICA 1PQOA 1HMLA 4DDCA 2VB1A 2OU8A 123LA 1J1PY 1LSZA 1I6SA 1N4FA 2HU3A 4EKSA 120LA 184LA 2O7AA 1D2YA 1CKHA 4YXAC 1L42A 1LHKA 1L67A 4XJHA 1OVJA 4OOOA 102LA 1LI6A 3CSRA 119LA 2NWDX 3LYTA 1CU6A 2HUKA 4KPMA 206LA 1GB9A 1DQJC 1IR8A 2MECA 249LA 244LA 1T6HA 1REZA 178LA 1LZBA 161LA 1LYZA 2BQDA 1RFPA 1GF6A 2XBRA 1QUSA 1WTMA 2BQIA 164LA 4R6CA 1WQMA 1CNSA 4KL7A 4B4JA 189LA 4GCBA 3AGGG 4NGKA 1P37A 4ETEA 5KKIA 1BVXA 1QSWA 1GBSA 2ZQ4A 1GF8A 1C6HA 1GBOA 122LA 3CSQA 1KW7A 141LA 113LA 1T6VL 1JQUA 4H9CA 2HUMA 1KNIA 1CV5A 5KXPA 191LA 1V7SA 4ARQA 1PQKA 1L53A 1L51A 5C6LA 3CDRA 176LA 1WQRA 4WM1A 1OVHA 1P36A 1LMTA 1P3NA 3TXGA 1JTNA 4QDNA 2ZYPA 230LA 3SN6R 1FDLY 2NTGA 177LA 1QTBA 4RDSA 2LHMA 2FYDA 4MSTA 3GXKA 1P6YA 2DQHY 185LA 1L69A 2HEAA 1PQIA 3TXDA 4DT3A 1YIKA 3AW6A 1SSYA 2EIZC 4W54A 190LA 4CFPA 228LA 1QUOA 4NWEA 1L52A 1DYBA 1AKIA 3ATNA 1L02A 1LJFA 231LA 4CFOA 3EO5A 1L0JA 4WG1A 3HTDA 1XJUA 2I6ZA 5HMJA 1L97A 1JUGA 3B0KA 4DQJA 1GBZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C08 C;  1T3P A;  4J7V A;  1HEQ A;  1LMC A;  1IVM A;  2FYC A;  2Z2E A;  3QY4 A;  3AYQ A;  3EBA B;  3G3B B;  3A94 A;  4NGW A;  5LA5 A;  4NEB A;  4HP0 A;  1BHZ A;  4OWH A;  2D4I A;  3W6E A;  2HTX A;  1MEL L;  5KXW A;  1GB7 A;  1IWU A;  4ANR A;  4Z41 A;  4GCF A;  5F9X A;  1GD6 A;  1D0K A;  5HLL A;  2W1M A;  5D5C A;  5DN4 A;  3RZ4 A;  1LSC A;  2MED A;  5LVK A;  4H8Y A;  1UIC A;  1JKD A;  5EBH A;  1GF7 A;  3TXH A;  1HML A;  1WQO A;  4DDC A;  2PC2 A;  2DQD Y;  1IP3 A;  1RE2 A;  2IFF Y;  2LYO A;  2VB1 A;  2Z18 A;  1VDS A;  1GFE A;  2YBH A;  1J1P Y;  3WU8 A;  1LSZ A;  6LYT A;  5I54 A;  1N4F A;  3TXE A;  2HU3 A;  2MEF A;  1TDY A;  3W6B A;  5DN5 A;  1RI8 B;  2BQJ A;  3IJV A;  4XJF A;  5APC A;  4EOF A;  1ZVY B;  2MEA A;  1PZY A;  4NSJ A;  1INU A;  133L A;  4I8S A;  2GV0 A;  1CKH A;  2Z12 A;  4QEQ A;  4WL6 A;  3WUN A;  1XEI A;  1LHK A;  2HEB A;  5LIO A;  1LHL A;  5APE A;  4XJH A;  4GLV A;  3CT0 A;  1JKA A;  4HPE A;  4OOO A;  5LVJ A;  1JIT A;  2A7F A;  2D4J A;  4ET9 A;  4WM4 A;  3P68 A;  1NBY C;  1GAY A; 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 1GEZ A;  3GXR A;  5KJ9 A;  1LZT A;  1C45 A;  154L A;  3RU5 A;  1TEW A;  3AZ5 A;  4J1A A;  1B7N A;  1NWG A;  4FJR A;  4AGA A;  4DD1 A;  4Z46 A;  134L A;  1IR7 A;  3OK0 A;  4ZEE A;  4MR1 A;  3A92 A;  1B7Q A;  4LYB A;  4PGJ B;  4LYM A;  1VDQ A;  1LZ8 A;  3AGH A;  1YAQ A;  2BLY A;  1HEN A;  1LZR A;  3W6F A;  1JKC A;  4NWH A;  1QTK A;  4CJ2 A;  4A7D A;  1CJ6 A;  3B0O A;  3AZ4 A;  5LAG A;  4DDB A;  3T36 A;  5I4X A;  1HEM A;  1LZ1 A;  1GFK A;  2BQE A;  5M1Y A;  1DPW A;  1IP2 A;  1GF3 A;  3TXK A;  1NMM A;  4XJD A;  5E4P A;  2N5Z A;  1LZ5 A;  1B5V A;  4L41 A;  4DWX A;  4H90 A;  2BQM A;  1LHJ A;  2BQB A;  3CQL A;  2W1X A;  1GFH A;  5B05 A;  1LSN A;  4H91 A;  1GFJ A;  4XYY A;  3KAM A;  5B06 A;  4PJ2 C;  1DZB X;  1LSA A;  4H9F A;  1D0L A;  1GFV A;  4ETB A;  2XBS A;  4IAS A;  4YEO A;  1GXV 2;  1LSD A;  3WPJ A;  4G9S A;  5FHW A;  1IC7 Y;  1BWH A;  1TAY A;  3A8Z A;  2G4Q A;  4M6D A;  4IAT A;  3LN2 A;  1IWY A;  4OOT A;  1F10 A;  3P66 A;  2DQA A;  1XEJ A;  4GCD A;  4GN4 A;  5HNL A;  1J1X Y;  1ALC A;  1IWZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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