5B06A

Lysozyme (denatured by naod and refolded)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Effective Deuterium Exchange Method for Neutron Crystal Structure Analysis with Unfolding-Refolding Processes
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5b06A00
1ZVHL 5F9UA 4I0CA 2F2NA 1I1ZA 1IWXA 1VDSA 5KXRA 4Z46A 1LZNA 3A6BY 2MEBA 1LSFA 1DI3A 2G4NA 4OWBA 1YAMA 5APEA 3WL2A 2MEEA 2XBSA 2Z19A 5KXLA 3B0IA 3M18B 4OOOA 1DKJA 3W6DA 1HF4A 1JPOA 1GAYA 4NY5A 3WMKA 4H9BA 5IDDA 2HU3A 5B1FA 2LHMA 1GXV2 1LZCA 5KXKA 5HNCA 3CT0A 4HP0A 4B4IA 1IOQA 1LMOA 3A95A 1RI8B 1LAAA 1YKYX 1FKVA 1LSGA 1KIPC 2LYZA 1XEIA 4IASA 1B7QA 2MEHA 4KT3A 4Z3MA 3EXDA 3W6AA 1JJ0A 1GE0A 3B0KA 1C45A 5I4YA 1OUCA 4II8A 1LJJA 2MEGA 5FEKA 1DPXA 3A3QA 3B0OA 4U3XB 4XN6A 3B72A 4DC4A 1GB0A 4H8ZA 3LYMA 1MLCE 1YKXX 3W6CA 3K3TA 4M6DA 4C3WA 1GF9A 4HJYA 1JEFA 4AGAA 1IC7Y 4NEBA 5A3ZA 1YL1X 2Z2FA 1IOSA 2BPUA 4UWVA 1PZYA 1B0DA 1SLYA 3RNXA 1CJ8A 4HV1A 1GF5A 5HMVA 4GCFA 4LYOA 5DM9A 3WVXA 4YEMA 1IX0A 4NGKA 4NWEA 1TDYA 4BADA 1GB5A 4QY9A 1HEQA 1LHIA 1VFBC 4LFXA 3ZVQB 2HEBA 2LZ2A 1B7RA 2XJWA 1D0LA 3HFMY 3W6EA 1OQMA 4ZEEA 5HQ1A 4WLYA 4D9ZA 1B5UA 4NFVA 5ILCA 1IR9A 2DKVA 2H5ZA 3AW7A 1GFUA 4TTDA 1LMAA 4XJHA 1LKSA 4BS7A 2DQIY 3QY4A 3G3BB 2D4JA 3WUMA 1BB5A 1YAPA 3OK0A 3T6UA 3TMXA 2YVBA 5LIOA 1IWTA 4B4EA 1HMKA 3A34A 2EQLA 3A6CY 3RW8A 5KXYA 2MEFA 1OUJA 3AZ5A 2CGIA 2DQAA 3AGHA 4BAFA 3EO5A 1AM7A 1GHLA 2BAAA 2BQNA 4PGJB 2ZQ3A 4I8SA 5II3A 1WQQA 4YF2A 1D0MA 4UWUA 4ET9A 1OUEA 3WUAA 3P65A 1BB3A 1LSCA 4LT3A 1A4VA 2W1LA 4QEQA 1LZDA 1LMNA 1Z55A 4LYTA 4MCKA 1JWRA 3P68A 1UIGA 1RCMA 1UCOA 4EOFA 4LYMA 4ZIXA 1GBZA 1LOZA 3B6LA 4GCBA 4RW2A 4DT3A 1UIHA 2ZWBA 4YOPA 1IVMA 1FLUA 2D91A 4NG1A 3WPLA 1AKIA 3TMVA 2BQFA 4WLTA 4J7VA 4OWAA 1GBSA 1JUGA 1B7SA 3WYHA 1CKGA 1WTMA 3QNGA 4WOAA 2HU1A 3W6BA 3A3RX 1GF0A 3KAMA 1UIFA 4HJZA 4ML7A 5DLAA 1XGQC 2ZYPA 4IJ4A 5KXPA 5KXNA 1HC0A 3TXDA 1JTPL 1NF5A 1LJGA 1NKHA 2G4QA 2Q0MX 4WL7A 1V7SA 1NQIA 1GBWA 2I25L 3LHMA 5KXMA 4LYCA 3TXKA 1KXWA 4ET8A 1BHZA 1LZYA 1CKFA 1GD6A 1PS5A 1YANA 207LA 2ZIJA 2YBIA 3N9AA 5KKIA 1TEWA 2YBLA 4NSIA 4L41A 2N5ZA 4WLXA 1QTKA 2C8OA 4DD7A 5LA8A 4WM2A 1B9OA 2HEEA 3WU7A 1JITA 2BQAA 1JTTL 2Z37A 4G4BA 1RFPA 4HV2A 5LAFA 3TMUA 1HFZA 4OWHA 4KPMA 1B7PA 3WXTA 1NMMA 1B7MA 3HBHA 3QE8A 5F81A 1YKZX 4ETCA 5LVGA 4HTKA 4FDYA 4B0DA 1QSWA 2BLYA 1FLYA 5APCA 4NHTA 5LVKA 4DD3A 3G3AB 4MSTA 1BWJA 1ZV5L 1LHLA 1LZRA 1F10A 4XJIA 1G7HC 1IR8A 2DQJY 5LVIA 1REZA 3LYTA 1FDLY 3CSRA 5L3HA 3IWRA 4H1PA 4GN3A 1IWYA 1XEJA 3D3DA 5LVHA 2D4IA 1LZ8A 1JJ1A 2I26L 1BVXA 4NSJA 2AUBA 4H92A 2MEAA 4LT0A 1D9UA 3AB6A 1LSYA 5I53A 4GCDA 4HPEA 1AT6A 1G7LC 2F4GA 4DDCA 5A3EA 2FYCA 2RSCA 1GF7A 1OUDA 4LFPA 1GB9A 5KJ9A 1V7TA 5IELA 5LYZA 1VAUA 1VDQA 2BQDA 1OUHA 4XJDA 3FI7A 4Z98A 3CSQA 5I5QA 2GV0A 5B59A 1LZBA 2HEDA 3AZ7A 1GB8A 1HERA 2BQBA 5J7CA 2X0AA 1B2KA 1B7LA 4TX7A 4CFPA 1IC5Y 1W6ZA 5LYTA 1GE4A 1RE2A 3LZ2A 1DPWA 4W96A 4GN5C 2YSSC 3CSZA 2NWDX 1B5ZA 1JJ3A 1DI5A 1LHMA 1LSEA 4WM4A 1LSMA 2YBMA 4KXIA 5FDJA 1OUGA 3EMSA 5AMYA 3M3UA 3AGIA 3TXGA 4NGOA 2FBBA 2Z38A 2BQLA 2BQGA 2FBDA 133LA 1JIYA 2HEFA 2YBNA 1C08C 2DQHY 194LA 4LGKA 1W08A 4NGIA 4O34A 2ZNXY 1GFJA 1GFKA 1B5WA 1B7NA 1J1PY 1IP3A 1LJ4A 1UACY 1UICA 3TXFA 3TXJA 4G49A 2EPEA 1EL1A 2YDGA 5B06A 4DD2A 5HLLA 3HBEX 3WH1A 1NDGC 3A94A 1ALCA 1XGRC 4NGVA 1LZTA 2LYOA 4OW1A 4YEOA 5LYMA 1LYYA 1UA6Y 1LJIA 4MR1A 3TMWA 1IOTA 4H94A 3A67Y 1GE3A 1LJFA 4WG1A 1IWWA 1EQ5A 3J4GA 4NSGA 1HSWA 3IJUA 4GLAA 1QUSA 2C8PA 5F9XA 4G9SA 4XENA 4H9EA 1AT5A 1C7PA 1HEOA 1B5VA 4QGZA 4EMNA 5LXWA 1IORA 1GB3A 1IOCA 1G7MC 1GEVA 3W3EA 1LHJA 4LT2A 1GF4A 3WU8A 2HTXA 2G4PA 1GXXA 2DQFC 1TAYA 2B5ZA 5FSTA 4ETAA 1LZAA 2BQCA 4XJFA 1XEKA 1KIQC 1QSAA 1JSEA 3LZTA 1UC0A 1C10A 1DZBX 5DN5A 1C43A 1IWVA 2FYDA 2Z2EA 1CJ7A 1XGUC 4TSCA 4OWCA 1NBZC 5M1YA 1UIDA 4N8ZA 1GAZA 1DXJA 4WO6A 4G4HA 3WPKA 4A7DA 5KKJA 3F6ZA 5E9RA 1FN5A 4NHQA 4N1CC 4NWHA 5D5CA 5LA5A 1OUAA 3CB7A 1JSFA 1LYSA 1GBOA 4ANRA 1VATA 1IO5A 3HBDA 5I4XA 1LZ6A 4TWSA 1T6VL 2HECA 3N9CA 5HMJA 1LYZA 1CJ9A 2BQKA 3WXUA 1GBXA 4G4CA 1IWUA 3ATNA 5APFA 1QQYA 1EQ4A 1LZ9A 1LZ5A 2Z18A 2MEDA 1LJEA 1BVKC 1GF6A 4CFOA 4PHIA 1KXYA 1OP9B 5FHWA 1LSAA 1GF8A 3P64A 1CNSA 1EQEA 1LSNA 1LZ4A 3E3DA 4RDSA 1IP6A 4NIJA 1REYA 1YIKA 1RJCB 5KXZA 2PC2A 3TXEA 1LJHA 3TXBA 3ZVQA 3OJPA 1OUIA 1HNLA 1UIBA 1WVUA 3AZ4A 4RW1A 4DD1A 5IHGA 5I54A 4H93A 4CJ2A 5DL9A 1GFGA 4FJRA 1IR7A 4N1EI 4CHXA 4H8YA 1LSZA 1LSDA 4B4JA 5KXOA 2Y8PA 1LZ1A 1CKDA 3ATOA 3ULRA 4ETEA 4QDNA 2BQMA 1FKQA 1XFPL 2A7DA 2DQCY 2XBRA 3WW5A 1IP7A 1HFXA 1NHEA 1LMTA 4DD9A 5KXTA 4KL7A 4LT1A 4GLVA 5LAGA 1JKAA 4ETDA 1A2YC 3AZ6A 2BLXA 1REMA 1F0WA 2W1XA 132LA 1B7OA 1ZMYL 1J1XY 3AYQA 2CWIA 1G7IC 4ETBA 4DDAA 4ZFPA 1D0KA 1HENA 3RT5X 1BGIA 1J1OY 5L9JA 3WULA 153LA 2ZILA 1XSFA 4LYBA 2IFFY 4B49A 1IEEA 3AJNA 1LHKA 2DQEY 1C46A 1JKCA 4NG8A 4TUNA 4HSFA 6LYZA 4WO9A 1JKDA 1LMCA 3MGWA 1HEMA 3A91A 2MEIA 4H9IA 4NGWA 1GF3A 1GB2A 5LVJA 1GWDA 1YAQA 2ZYCA 3CQLA 5K7OA 5LINA 1N4FA 2LZTA 2YBHA 5D5FA 7LYZA 1VDTA 3A96A 4H91A 4NGZA 1B5XA 5KY1A 2BQIA 1GFRA 1UBZA 1IWZA 3W6FA 4RLNA 3LYZA 5FCPA 2A7FA 3WUNA 4WM5A 4DD0A 4Z41A 1DKKA 4E3UA 3WPJA 1LCNA 4DDBA 1HFYA 193LA 1YAOA 9LYZA 1LJNA 1AZFA 1FLQA 1QIOA 1UIEA 2CDSA 2ZQ4A 4NGLA 1TBYA 2BQJA 1REXA 4RLMA 4X3BA 1E8LA 4DWXA 1VDPA 4GN4A 4H9CA 1T3PA 1I20A 1WQNA 2W1MA 1HHLA 1BB4A 1D6PA 4GCEA 5F16A 1IP4A 1JTOL 4J1BA 4H9AA 2DQDY 1LKRA 1GEZA 1B5YA 1YL0X 3J6KA 1LSPA 1YROA 4H90A 4XYYA 5E4PA 1UUZC 1XGPC 5B07A 3RZ4A 3BKVA 4J1AA 134LA 1YQVY 1LZSA 3LYOA 5APDA 2DBTA 1IP2A 5L3IA 2F30A 5ILFA 1BB6A 1HELA 4R0FA 2DQGY 8LYZA 1GFEA 4GCCA 4WM6A 3BKHA 1NBYC 1HMLA 4CGEA 3SP3A 4PRQA 6LYTA 3RU5A 1O23A 3AW6A 3GXKA 1KIRC 4HTQA 1BQLY 4XJBA 3VWOA 1KXXA 2BQEA 3P4ZA 4UWNA 4W94A 4R6CA 1LHHA 4YENA 1BB7A 1XGTC 3LN2A 1IY4A 4WG7A 5DN4A 1HEPA 5FELA 5C6JA 1LZGA 2XTHA 1GPQC 2LYMA 208LA 2MECA 4LYZA 1P2CC 4WL6A 3CT1A 2Z39A 2ZIKA 2HEAA 2VB1A 3A8ZA 1GB7A 2BQOA 3CT5A 4P2EA 5EBHA 2ZNWY 1GFTA 1GFVA 1OUBA 3N9EA 1NDMC 4J0LA 4C5FA 1GFAA 1LMQA 1GFHA 1H87A 1LMPA 1YILA 5C6LA 2WARA 4PRUA 4WM3A 1F6SA 5I4WA 1ZVYB 2D4KA 5KXSA 1GE1A 1TCYA 5HNLA 1LSBA 3WW6A 5KXXA 1IIZA 1F6RA 1HEWA 4HTNA 4BAPA 154LA 4XADA 4NSHA 5B1GA 1HSXA 1GB6A 1FLWA 1IC4Y 5C6IA 3WVYA 4LZTA 3T36A 2BQHA 4H9FA 3FE0A 2F4AA 2I6ZA 4HPIA 4IATA 4WLDA 3WU9A 3ZEKA 1QTEA 2HUBA 1FBIX 4NHPA 4NGJA 1WQPA 4N9RA 5KXWA 1BWHA 2YBJA 4NGYA 1LTMA 1DQJC 1LJKA 3D9AC 4NHIA 1I56A 2Z12A 4TSBA 3TXHA 3IJVA 1MELL 1WQOA 1JHLA 2H9JA 4PPOA 1GBYA 1WQRA 1WQMA 2EKSC 4WMGA 1LPIA 4DYGA 1GDWA 1UIAA 4OWEA 1CJ6A 1QUTA 2D6BA 1INUA 1CKCA 1VEDA 1CKHA 4WM1A 3EBAB 4PJ2C 3A92A 3P66A 1DI4A 1IY3A 1GE2A 1H6MA 3TXIA 5B05A 1NWGA 1IP5A 2CJLA 1GDXA 5JENB 1IP1A 2EIZC 1LYOA 1BWIA 4H8XA 1G7JC 135LA 1LZEA 4NHSA 1WTNA 1JKBA 3AGGG 4XJGA 1D6QA 4M4OA 2IHLA 1QDRA 1LJ3A 2W1YA 4HJVA 4YM8A 1WVVA 2H9KA 3GXRA 4N0JA 4N5RA 3A93A 4H9HA 5T3FA 4OOTA 4AXTA 1JISA 5F14A 3A90A 4B1AA 1SQ2L 1OUFA 1QDTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SWYA 1ZVHL 5F9UA 4I0CA 2F2NA 162LA 229LA 5APEA 3WL2A 2XBSA 5KXLA 1HF4A 1JPOA 2LCBA 2B72A 2HU3A 221LA 4B4IA 1LMOA 1RI8B 1YKYX 4IASA 127LA 2MEHA 2RBNA 1L44A 5I4YA 1OUCA 1LJJA 1L97A 4H8ZA 3K3TA 103LA 3DMVA 1QUGA 3QAKA 4AGAA 4NEBA 254LA 2BPUA 1B0DA 1C6HA 4HV1A 4GCFA 1IX0A 1L21A 1HEQA 1LHIA 3L64A 2F32A 189LA 2LZ2A 3DNAA 1B5UA 4NFVA 2H5ZA 1L99A 1L85A 2DQIY 3T6UA 5LIOA 3HT6A 1IWTA 157LA 5KXYA 2MEFA 2CGIA 3AGHA 3EO5A 1GHLA 2RB2X 5II3A 1L98A 1L76A 3HU8A 1LSCA 1LZDA 4LYTA 1LGWA 3HDEA 1QT7A 2B6XA 1D9WA 218LA 2BQFA 1B7SA 3WYHA 2B73A 3F8VA 3FI5A 4WOAA 1GF0A 5DLAA 4HJZA 1XGQC 2ZYPA 4IJ4A 1HC0A 5KXNA 1NF5A 3CDVA 4LYCA 4ET8A 1L32A 5KKIA 168LA 2N5ZA 4WLXA 2LC9A 1L02A 5LA8A 1B9OA 2HEEA 3WU7A 1JITA 1C64A 5LAFA 1QTCA 4KPMA 1B7PA 1L34A 1B7MA 5F81A 1YKZX 4ARMA 4ETCA 4FDYA 1L15A 4DD3A 1ZV5L 2RAYX 1REZA 5L3HA 1XEJA 3D3DA 1LZ8A 2AUBA 1D9UA 2HUMA 2FYCA 107LA 1OUDA 1LPYA 5LYZA 1QTDA 1OUHA 3CSQA 1L13A 1GB8A 2ANVA 5LYTA 3F9LA 3NY9A 1LYHA 3CSZA 247LA 1LHMA 3G3WA 216LA 1LSMA 1L28A 1L0JA 2YBMA 1L90A 155LA 248LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZVH L;  5F9U A;  4I0C A;  2F2N A;  1I1Z A;  1IWX A;  1VDS A;  5KXR A;  4Z46 A;  1LZN A;  3A6B Y;  2MEB A;  1LSF A;  1DI3 A;  2G4N A;  4OWB A;  1YAM A;  5APE A;  3WL2 A;  2MEE A;  2XBS A;  2Z19 A;  5KXL A;  3B0I A;  3M18 B;  4OOO A;  1DKJ A;  3W6D A;  1HF4 A;  1JPO A;  1GAY A;  4NY5 A;  3WMK A;  4H9B A;  5IDD A;  2HU3 A;  5B1F A;  2LHM A;  1GXV 2;  1LZC A;  5KXK A;  5HNC A;  3CT0 A;  4HP0 A;  4B4I A;  1IOQ A;  1LMO A;  3A95 A;  1RI8 B;  1LAA A;  1YKY X;  1FKV A;  1LSG A;  1KIP C;  2LYZ A;  1XEI A;  4IAS A;  1B7Q A;  2MEH A;  4KT3 A;  4Z3M A;  3EXD A;  3W6A A;  1JJ0 A;  1GE0 A;  3B0K A;  1C45 A;  5I4Y A;  1OUC A;  4II8 A;  1LJJ A;  2MEG A;  5FEK A;  1DPX A;  3A3Q A;  3B0O A;  4U3X B;  4XN6 A;  3B72 A;  4DC4 A;  1GB0 A;  4H8Z A;  3LYM A;  1MLC E;  1YKX X;  3W6C A;  3K3T A;  4M6D A;  4C3W A;  1GF9 A;  4HJY A;  1JEF A;  4AGA A;  1IC7 Y;  4NEB A;  5A3Z A;  1YL1 X;  2Z2F A;  1IOS A;  2BPU A;  4UWV A;  1PZY A;  1B0D A;  1SLY A;  3RNX A;  1CJ8 A;  4HV1 A;  1GF5 A;  5HMV A;  4GCF A;  4LYO A;  5DM9 A; 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 1NDM C;  4J0L A;  4C5F A;  1GFA A;  1LMQ A;  1GFH A;  1H87 A;  1LMP A;  1YIL A;  5C6L A;  2WAR A;  4PRU A;  4WM3 A;  1F6S A;  5I4W A;  1ZVY B;  2D4K A;  5KXS A;  1GE1 A;  1TCY A;  5HNL A;  1LSB A;  3WW6 A;  5KXX A;  1IIZ A;  1F6R A;  1HEW A;  4HTN A;  4BAP A;  154L A;  4XAD A;  4NSH A;  5B1G A;  1HSX A;  1GB6 A;  1FLW A;  1IC4 Y;  5C6I A;  3WVY A;  4LZT A;  3T36 A;  2BQH A;  4H9F A;  3FE0 A;  2F4A A;  2I6Z A;  4HPI A;  4IAT A;  4WLD A;  3WU9 A;  3ZEK A;  1QTE A;  2HUB A;  1FBI X;  4NHP A;  4NGJ A;  1WQP A;  4N9R A;  5KXW A;  1BWH A;  2YBJ A;  4NGY A;  1LTM A;  1DQJ C;  1LJK A;  3D9A C;  4NHI A;  1I56 A;  2Z12 A;  4TSB A;  3TXH A;  3IJV A;  1MEL L;  1WQO A;  1JHL A;  2H9J A;  4PPO A;  1GBY A;  1WQR A;  1WQM A;  2EKS C;  4WMG A;  1LPI A;  4DYG A;  1GDW A;  1UIA A;  4OWE A;  1CJ6 A;  1QUT A;  2D6B A;  1INU A;  1CKC A;  1VED A;  1CKH A;  4WM1 A;  3EBA B;  4PJ2 C;  3A92 A;  3P66 A;  1DI4 A;  1IY3 A;  1GE2 A;  1H6M A;  3TXI A;  5B05 A;  1NWG A;  1IP5 A;  2CJL A;  1GDX A;  5JEN B;  1IP1 A;  2EIZ C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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