5B59 | Genus

Total Genus 43

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	43
sequence length	129
structure length	128
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__499664267828556__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__499664267828556__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5B59/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__499664267828556__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"499664267828556","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5B59/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__499664267828556__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d04158cbc54dd3df8f7762c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d04158cbc54dd3df8f7762c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d04158cbc54dd3df8f7762c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d04158cbc54dd3df8f7762c/pdb.gz): 395 ms

reading 128 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

128 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:127});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Transition Metal-Free Tryptophan-Selective Bioconjugation of Proteins pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	43
structure length	128
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2016-04-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	5b59A00

1RCMA 2I26L 5HQ1A 4N1CC 1BVKC 1LJNA 2HEAA 4TSBA 1GBZA 5LVIA 1NDGC 2BQJA 5F9XA 4PJ2C 5I4YA 1FN5A 4GN4A 1LZ5A 1AT6A 1B7QA 1JSEA 1QSWA 1LJFA 2MEHA 2W1LA 8LYZA 4XJGA 1V7SA 1NDMC 4LYMA 1YANA 3WPLA 5KXOA 2EIZC 4TWSA 4HJVA 5KKIA 1LTMA 1LYZA 1WQMA 2DQHY 1H87A 1C45A 2DQJY 135LA 1LZRA 1DXJA 4HTKA 4WL6A 1HERA 2BQOA 3AZ7A 4GCDA 1G7MC 3G3AB 3TMWA 2EQLA 3CSZA 4TTDA 2Z38A 5HMVA 1LJKA 2MEGA 2HEEA 4TX7A 4WL7A 4DDAA 1YL0X 1BVXA 1LJ4A 1WQRA 2G4QA 1B2KA 4TSCA 1FBIX 1KXXA 1GEZA 4NG1A 1JKAA 1GE0A 2BQMA 1UC0A 3B6LA 4WLDA 9LYZA 3TXBA 4KT3A 3A6CY 1T6VL 1YILA 4CGEA 1REMA 4M6DA 4MR1A 1DPXA 3HBDA 1OUHA 1WTNA 1YAQA 4XYYA 3A3RX 1IY3A 1NMMA 5KXZA 5M1YA 1GBWA 2ZWBA 1D0MA 1UIHA 4R6CA 4XJDA 4O34A 1IWVA 1LKSA 4KPMA 1GF9A 3WYHA 2NWDX 2F4GA 5FEKA 1LZ4A 2GV0A 5HLLA 5DM9A 1PS5A 1GE2A 1YKYX 2YDGA 3EBAB 1JJ1A 1LSCA 2Q0MX 3RW8A 1LJGA 2MEFA 4H9BA 3T6UA 5LVHA 4RW1A 1SLYA 5I4WA 4H9HA 1IWXA 1BQLY 2D4IA 5LA5A 1BB6A 1LSNA 5B1FA 1LSFA 5F14A 1J1PY 2DQAA 2ZIJA 3A94A 3BKVA 1LSEA 4ZFPA 2RSCA 1LHMA 2Z19A 4CHXA 2HECA 3WVXA 3LZ2A 1GF0A 2C8PA 2HEBA 3WXUA 1B7LA 1LHKA 3OK0A 2ZNWY 3A6BY 2Z2EA 1JKBA 2W1MA 1ZVYB 4J1BA 3TMUA 3WMKA 2LYOA 1J1XY 4Z41A 1AT5A 1IWYA 2XTHA 2FBBA 1GWDA 1LZAA 4NGLA 1OUFA 4YF2A 4ANRA 5B06A 2IFFY 4I8SA 3T36A 2A7FA 2DQGY 1B5UA 2BQIA 1YL1X 4DDCA 1I1ZA 2DQDY 5C6JA 1LMAA 5IDDA 4IASA 1D6PA 1GEVA 1FKVA 2Z12A 4N8ZA 1CJ6A 5JENB 132LA 4YEOA 1B5ZA 5APDA 3M18B 1LSYA 3G3BB 5L9JA 1B5WA 1LZTA 1XEKA 1LYYA 4WOAA 5A3EA 1LSPA 5APCA 5L3HA 3TXHA 3W6BA 4OWAA 1IWTA 5B59A 1LSGA 3QE8A 1JEFA 1F10A 1GHLA 4PGJB 5HNLA 4ETBA 3HFMY 2H9JA 1B7NA 4NHQA 1QIOA 1CKHA 1LZCA 1LCNA 1IR7A 1VEDA 1GFKA 1DPWA 4ET9A 5K7OA 1I20A 1LJHA 1UIFA 2MEIA 4LYBA 1IP6A 1GAYA 3P4ZA 3K3TA 1GFHA 3W6FA 5KXMA 5A3ZA 4B4EA 1EL1A 5LAFA 1H6MA 3WW5A 4NGZA 3A96A 4B1AA 4CFOA 1XGUC 3FI7A 1LSDA 1LYSA 4LT2A 2FYCA 2CDSA 3A8ZA 4X3BA 1LHHA 5DLAA 3J4GA 3W3EA 1JTTL 1GFEA 4WMGA 5DN5A 4QGZA 3VWOA 1E8LA 1GBOA 4BAPA 1HSXA 1WVVA 1BB7A 1T3PA 3TMXA 1LZBA 1N4FA 1WQNA 1IP5A 2DQFC 1JJ0A 2G4NA 3N9EA 1UACY 2ZQ3A 1GE4A 4H9IA 4Z98A 4NY5A 4GLVA 3LYZA 1FLQA 5DL9A 3CB7A 1XFPL 1B7OA 3LN2A 1ZV5L 5II3A 1OUAA 3RT5X 3AB6A 4QEQA 1GF5A 1HMLA 1UICA 4DDBA 5B1GA 4WM3A 4YENA 3GXRA 3EMSA 1LJEA 4OWBA 1JWRA 5APEA 5LAGA 1B7MA 4OWEA 2D4JA 4WLTA 3P68A 1IVMA 3QY4A 5LYTA 3CT0A 2IHLA 1B7PA 1QDRA 2LYMA 1XEJA 5LINA 4GLAA 1GE1A 1JUGA 1CKDA 4HJYA 5LVJA 1LMCA 4KXIA 2HEDA 4OWCA 4AGAA 3D9AC 4GCEA 3N9CA 3AGGG 2MEBA 3AGHA 4WLYA 3TXJA 2YBMA 2C8OA 2BQHA 2ZIKA 2WARA 3AYQA 4H8ZA 4A7DA 1Z55A 5LVKA 1BWIA 1CJ9A 4WG1A 2HEFA 1C43A 1XGQC 5LVGA 2VB1A 4WG7A 3IJVA 4YOPA 4E3UA 4L41A 4WO9A 2HU3A 1GD6A 4N5RA 1IY4A 5B05A 1IOQA 1JHLA 3OJPA 4UWVA 1JPOA 4WO6A 2HUBA 4WM6A 1LJJA 1GDWA 1JTOL 1WQQA 4H9CA 208LA 1MLCE 2XBRA 2ZYPA 1BB5A 4J7VA 5F9UA 2ZYCA 1GF7A 1P2CC 1IIZA 5E9RA 1DI5A 2PC2A 4DYGA 1LZ8A 5EBHA 2YBHA 1UUZC 4U3XB 2FBDA 1HNLA 1GF8A 1LHJA 5LA8A 1LMPA 2XBSA 1LZ9A 1UCOA 4BAFA 2BQGA 2ZNXY 5LYMA 1FKQA 1LMNA 1B7RA 1EQEA 2G4PA 2DQCY 4H94A 1IR9A 1BWJA 1JITA 1NKHA 1JSFA 1BGIA 1LHLA 2BPUA 1AM7A 1C10A 3B0IA 1IEEA 3P66A 1F6SA 2XJWA 1NHEA 4IATA 134LA 1IX0A 2MEAA 1O23A 1B9OA 4NGYA 4MSTA 4TUNA 3WVYA 1B5YA 6LYTA 1LZNA 4LFPA 2YVBA 1QSAA 4OW1A 4YM8A 1IP2A 1OUDA 5D5FA 3WUNA 5FSTA 3W6DA 1HC0A 193LA 1REZA 2BQAA 3P64A 3WL2A 2F4AA 1HEPA 5FDJA 3B0KA 1FDLY 2AUBA 1CJ8A 4PRQA 3CSQA 4N0JA 4DT3A 3ZEKA 1V7TA 2YSSC 2D4KA 4XJFA 2MECA 194LA 1AKIA 3FE0A 4ET8A 5KXKA 7LYZA 4DD9A 5KXXA 4NIJA 1YKZX 1LHIA 2HTXA 2FYDA 1YROA 4N9RA 1BB4A 1RFPA 3W6AA 5IELA 1OP9B 4B49A 1D0KA 1JISA 1VDTA 1IWWA 5DN4A 5KXWA 4J1AA 1HSWA 3WH1A 4NGJA 1XGRC 1GAZA 4N1EI 4H9AA 1AZFA 4NFVA 1D9UA 1DZBX 1GB9A 3EO5A 4GCBA 1VFBC 1C08C 3E3DA 4HP0A 1CKGA 3TXIA 4NWHA 1HENA 4NG8A 1NF5A 4NGVA 1TEWA 4J0LA 1YQVY 4ETDA 4DD2A 1UIEA 4G4CA 5I53A 5KJ9A 3HBEX 4ZEEA 1GBYA 4H93A 1W08A 3SP3A 4NHIA 4GCFA 3WW6A 3CT5A 1HEWA 4OWHA 1KXYA 1QTKA 1LZ6A 5LIOA 1GFJA 1LZSA 4FJRA 1IOSA 4LYTA 1QQYA 1VDQA 1OUIA 1XGPC 3W6EA 5APFA 3AW7A 5ILFA 2F2NA 1C7PA 4M4OA 1TDYA 3F6ZA 1LSZA 3HBHA 2A7DA 1A2YC 1GB7A 3KAMA 4H1PA 1QUSA 3LHMA 1LSBA 2BQFA 4H9EA 1GDXA 4G49A 1VDSA 1A4VA 2H5ZA 1G7HC 1GB0A 1GB3A 4EOFA 4ZIXA 4PHIA 4HTNA 2D91A 4DD3A 2Z18A 5KXRA 1OUCA 1GFAA 1I56A 1IC5Y 1YKXX 2BQLA 4PPOA 1YAMA 4NSHA 3TXEA 4CFPA 5IHGA 1IO5A 1GFVA 3M3UA 4NWEA 5E4PA 4C3WA 1J1OY 2EKSC 4HV2A 4OOOA 1HFYA 1ZMYL 4H90A 1NQIA 3BKHA 3TXGA 1DI3A 2YBNA 2I25L 3AZ4A 4KL7A 3N9AA 4QDNA 4Z46A 1GPQC 1HEOA 1GFGA 1XEIA 1F0WA 1JKDA 4NHTA 4UWUA 4XN6A 1DKJA 1KIRC 4G4BA 2B5ZA 1IP7A 1NBZC 207LA 3ATNA 4NHPA 4QY9A 2BLXA 5T3FA 5KXPA 1HMKA 1HHLA 2BLYA 5KY1A 1HF4A 5HNCA 5LYZA 3TXKA 4CJ2A 5FHWA 1D0LA 1OUGA 5I54A 1LMTA 1IOTA 1FLYA 1QUTA 3WPJA 1PZYA 2DQEY 1IWZA 3D3DA 4LFXA 1IR8A 4GCCA 4W96A 1B5VA 4I0CA 2BQDA 4LYZA 1TAYA 2YBJA 4LZTA 1VAUA 3ULRA 1NBYC 3WPKA 4XJIA 1G7LC 1UIBA 1QTEA 1LPIA 5KXSA 5F16A 1GF3A 4P2EA 3J6KA 1HELA 1EQ4A 1RE2A 3AW6A 5ILCA 4HV1A 4Z3MA 4ETCA 1JKCA 3AJNA 2MEEA 3A91A 4EMNA 3RZ4A 1BB3A 4H8YA 4B4IA 3ATOA 1GB6A 4YEMA 1YAPA 1JIYA 1GXXA 1IORA 2HU1A 1REXA 2H9KA 4R0FA 2BQEA 3LYTA 2ZILA 1B7SA 1CKFA 1KIQC 1UIGA 3LYOA 1MELL 2W1YA 4GN3A 4H91A 1GFTA 3A95A 1LJIA 1LAAA 1LMQA 4BADA 4HTQA 1WVUA 2DQIY 1IP4A 1B5XA 4LYCA 1JJ3A 1XSFA 2LYZA 1CJ7A 5FELA 3CSRA 2LZTA 4XJBA 1JTPL 2YBIA 1IWUA 1LSAA 4H92A 3WXTA 3QNGA 2X0AA 4AXTA 2MEDA 1XGTC 5J7CA 4WM2A 1IC7Y 3A67Y 3TMVA 2BQCA 1LYOA 4NSIA 2BQKA 3WUMA 1GFRA 1W6ZA 4LGKA 5KKJA 2Z2FA 2Z39A 1DI4A 4HJZA 2BQNA 5B07A 3LZTA 1GB5A 1C46A 1KXWA 4NGKA 1GBSA 2BQBA 1RI8B 2ZQ4A 3RU5A 3TXFA 5D5CA 1B0DA 1ZVHL 1TCYA 3B72A 4PRUA 3W6CA 4DD7A 3A93A 3IWRA 153LA 3A90A 4LT0A 3A3QA 4H9FA 1YIKA 1GFUA 1GB2A 1UIAA 4HSFA 4NEBA 3TXDA 4RDSA 1TBYA 3LYMA 4IJ4A 4ETEA 5AMYA 6LYZA 2F30A 1VDPA 1D6QA 1DQJC 3ZVQA 1INUA 1HEMA 1CNSA 4G9SA 4WLXA 2DBTA 5FCPA 1IOCA 4FDYA 1OUEA 1IP3A 1BWHA 5KXTA 1OQMA 3GXKA 4B0DA 1GBXA 1HFZA 4XENA 1HEQA 4D9ZA 4NGWA 1KIPC 1WQPA 2BAAA 1F6RA 4II8A 4W94A 4HPIA 4NGOA 4ETAA 4WM4A 1DKKA 1GE3A 1LJ3A 3AGIA 4WM1A 4LYOA 1LZGA 3WU9A 4RW2A 4G4HA 133LA 1BHZA 1IP1A 1SQ2L 1LSMA 4DD1A 3AZ5A 2EPEA 1OUBA 4GN5C 2N5ZA 5KXYA 2I6ZA 1UIDA 3P65A 1VATA 2W1XA 1LMOA 4OOTA 3EXDA 1GF4A 1GF6A 5F81A 3WU8A 4LT1A 1WQOA 2CWIA 3ZVQB 1LZYA 4MCKA 3WUAA 5I5QA 4HPEA 4DD0A 2CGIA 1GB8A 5LXWA 2YBLA 1WTMA 4NSJA 2DKVA 3CQLA 4DC4A 4XJHA 1QDTA 1LZDA 1RJCB 1HFXA 1UA6Y 3AZ6A 3MGWA 4ML7A 4NSGA 1IC4Y 2LHMA 3RNXA 4C5FA 2LZ2A 5C6LA 1CKCA 1LOZA 4WM5A 3B0OA 1YAOA 5C6IA 3WULA 3IJUA 4NGIA 1OUJA 2D6BA 3A92A 1NWGA 1UBZA 1FLUA 5I4XA 4B4JA 4BS7A 1ALCA 4UWNA 4DWXA 1FLWA 1LZEA 1G7IC 5KXLA 3WU7A 4RLMA 5HMJA 4NHSA 154LA 1REYA 4H8XA 4XADA 4RLNA 2Y8PA 1EQ5A 1LZ1A 3A34A 2CJLA 1G7JC 5KXNA 3CT1A 5L3IA 2Z37A 1GXV2 4LT3A 1LKRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RCM A;  2I26 L;  5HQ1 A;  4N1C C;  1BVK C;  1LJN A;  2HEA A;  4TSB A;  1GBZ A;  5LVI A;  1NDG C;  2BQJ A;  5F9X A;  4PJ2 C;  5I4Y A;  1FN5 A;  4GN4 A;  1LZ5 A;  1AT6 A;  1B7Q A;  1JSE A;  1QSW A;  1LJF A;  2MEH A;  2W1L A;  8LYZ A;  4XJG A;  1V7S A;  1NDM C;  4LYM A;  1YAN A;  3WPL A;  5KXO A;  2EIZ C;  4TWS A;  4HJV A;  5KKI A;  1LTM A;  1LYZ A;  1WQM A;  2DQH Y;  1H87 A;  1C45 A;  2DQJ Y;  135L A;  1LZR A;  1DXJ A;  4HTK A;  4WL6 A;  1HER A;  2BQO A;  3AZ7 A;  4GCD A;  1G7M C;  3G3A B;  3TMW A;  2EQL A;  3CSZ A;  4TTD A;  2Z38 A;  5HMV A;  1LJK A;  2MEG A;  2HEE A;  4TX7 A;  4WL7 A;  4DDA A;  1YL0 X;  1BVX A;  1LJ4 A;  1WQR A;  2G4Q A;  1B2K A;  4TSC A;  1FBI X;  1KXX A;  1GEZ A;  4NG1 A;  1JKA A;  1GE0 A;  2BQM A;  1UC0 A;  3B6L A;  4WLD A;  9LYZ A;  3TXB A;  4KT3 A;  3A6C Y;  1T6V L;  1YIL A;  4CGE A;  1REM A;  4M6D A;  4MR1 A;  1DPX A;  3HBD A;  1OUH A;  1WTN A;  1YAQ A;  4XYY A;  3A3R X;  1IY3 A;  1NMM A;  5KXZ A;  5M1Y A;  1GBW A;  2ZWB A;  1D0M A;  1UIH A;  4R6C A;  4XJD A;  4O34 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5B59A

Total Genus

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Chain Sequence

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