5C6LA

Crystal structure of gadolinium derivative of hewl solved using intense free-electron laser radiation
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Towards phasing using high X-ray intensity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-06-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5c6lA00
4XENA 4NGLA 4H9AA 4P2EA 4DDCA 3B0KA 2HECA 1B5XA 1B7MA 5L3IA 1NHEA 1A2YC 3P68A 3B72A 3N9EA 4NGZA 4IASA 4AGAA 1FBIX 134LA 1BGIA 1UC0A 2Z38A 2Z2FA 1MELL 1JEFA 4H8YA 4G4HA 1XFPL 1LZGA 2Z18A 3OK0A 5IDDA 5KXXA 1B9OA 2D4JA 5F14A 1FLUA 1BWIA 4GCBA 4NGJA 2HEAA 3WPLA 1B0DA 1LZ9A 5KXZA 1LJHA 1XEKA 3A95A 3RW8A 1IP7A 1I20A 1IOSA 1IEEA 1HHLA 4LFPA 1T3PA 5DN4A 2BQAA 1LZYA 5II3A 4OWHA 4M6DA 4GN4A 5KXLA 1CKDA 1IORA 1GE2A 1FKQA 1IY4A 2BQNA 2BQFA 2FYDA 1GDWA 2ZQ4A 5LIOA 1GBOA 5HMVA 5LVJA 2YBJA 4RW1A 1NQIA 4RLMA 1IIZA 1IR8A 2MEDA 2WARA 1LHHA 4ZFPA 1OUHA 4RLNA 5B06A 3TXEA 1CJ6A 4H9EA 1REYA 3D9AC 4U3XB 3TXDA 4B4EA 4B49A 3W6BA 2BAAA 3WPKA 2Z12A 1FKVA 1LHKA 3FE0A 3CSRA 4GLVA 4WM4A 1GXV2 5I4WA 2XJWA 2ZILA 5F16A 3TXBA 1LYOA 2G4QA 2MEBA 1LYSA 1GEZA 1JIYA 4LT3A 4YEOA 4A7DA 1LHIA 1OUAA 3A8ZA 3WW6A 5LYMA 4NGWA 1DPWA 3J4GA 3LYOA 3A3RX 1LZ5A 4NGKA 1G7MC 2YBIA 3P64A 4M4OA 1JKDA 5EBHA 3G3AB 1LJIA 1I56A 4GCEA 4QEQA 2CJLA 4H93A 4PJ2C 2BQHA 4DDBA 2MEEA 4NIJA 1FLQA 4FJRA 4AXTA 1LJNA 4II8A 3T6UA 5LYZA 1XGTC 4ZIXA 1D6QA 3WPJA 2W1LA 2YSSC 3B0IA 4HTKA 4BAFA 1EQ5A 1LMPA 4BADA 5HNCA 4ML7A 1LMTA 5LYTA 1N4FA 4IJ4A 4KXIA 4GCFA 1DPXA 1WQQA 3QNGA 3VWOA 1GB8A 1BB4A 1VDQA 3P66A 1J1OY 3RT5X 2YVBA 3CT1A 1ALCA 1VATA 4J1AA 1FLYA 1QTKA 4KL7A 132LA 1XGQC 3A3QA 4EOFA 5KXWA 4G4CA 4XADA 5LXWA 1PZYA 2D4IA 4B1AA 5DN5A 2FYCA 3LZTA 4HJYA 5DM9A 1GE3A 2D4KA 3N9CA 2DKVA 3OJPA 5D5FA 1UICA 4H1PA 1JSFA 4H8XA 4QDNA 3WVYA 1B2KA 4B0DA 1HEOA 1LKRA 1B7OA 4NGOA 2H9KA 1H87A 2GV0A 1NBZC 1LMCA 1JPOA 8LYZA 1BB7A 1GAYA 4G9SA 4TUNA 1LZTA 1VDTA 4N9RA 4NGVA 3RZ4A 1HC0A 3W6CA 3A96A 2I6ZA 1O23A 4TSCA 1F10A 5DL9A 5I5QA 135LA 4HTNA 1LSEA 5I4YA 5F9XA 4DC4A 2EKSC 1QSAA 3A91A 5FDJA 2YBLA 3AJNA 4WLXA 3WXUA 1IC7Y 3HBHA 5I54A 3EBAB 4KT3A 1Z55A 1LSCA 1GB7A 3CB7A 1YKXX 5C6JA 4NWHA 3AZ5A 5KKIA 4LT2A 2FBDA 2MEGA 1HERA 2G4PA 1LYYA 1RE2A 5B07A 4RDSA 4NSIA 1YAQA 1OUBA 5KXRA 1QUSA 1YQVY 4WLYA 4PGJB 3TXHA 5C6LA 1KXWA 3W6AA 1CKFA 1IWYA 4WM1A 4HTQA 4FDYA 1G7IC 4Z3MA 1BWHA 5KXNA 3LYZA 2ZIJA 1REZA 4WM3A 3WU7A 1BB5A 1ZVHL 3WXTA 3ZVQA 2LZTA 1GBWA 2LHMA 4J1BA 2G4NA 1IWZA 1LSZA 1D9UA 1CKGA 2Z39A 1HELA 1ZMYL 1WQNA 2ZNWY 1GB6A 2DQGY 4G4BA 3RNXA 3ULRA 5KXSA 3W3EA 5K7OA 3LHMA 5KJ9A 1QIOA 1BVKC 1H6MA 1LZCA 2VB1A 2Y8PA 2H5ZA 2HEEA 3A93A 4WM2A 1QDRA 1B5YA 3A94A 1TDYA 2D6BA 4DD2A 1IP1A 2A7FA 4O34A 1HNLA 1UCOA 3WUMA 2DQIY 5LVHA 3CT5A 1C46A 4OWAA 4XJDA 3T36A 1LCNA 1YAMA 1D0KA 1GD6A 1CJ9A 1OP9B 1YAOA 2MEIA 1GB3A 1C10A 1HEMA 3LYTA 3HBDA 4I8SA 1B5ZA 5KXPA 3TMUA 1GBSA 1VFBC 2FBBA 4WG1A 4WMGA 3AGHA 5LA5A 1WVVA 1NBYC 1GAZA 1GFTA 1YL1X 2C8OA 2XTHA 1WQOA 2Z19A 4LYTA 3TXFA 2BQGA 2DQCY 1SQ2L 1YL0X 3TMWA 2BLXA 2ZIKA 5L9JA 1FLWA 1UIDA 1GF3A 3M18B 3WU9A 1C45A 2X0AA 5LVKA 2MEAA 3W6FA 3AW6A 3IWRA 4GCCA 1B5WA 133LA 4ETAA 1GB9A 1I1ZA 3AB6A 2XBRA 2ZYCA 4OW1A 1UACY 4QY9A 1C7PA 4NSGA 2ZQ3A 4RW2A 4HV2A 4ET9A 1GF7A 1LJFA 1VDPA 4ETEA 1IC4Y 1IX0A 1UA6Y 2LYZA 1B5VA 1TBYA 4HJZA 4H94A 1JJ1A 1GEVA 4D9ZA 1AT5A 1JWRA 2ZYPA 4WLTA 2DQEY 4WM6A 1UIBA 1V7TA 4DWXA 4NHSA 1GFJA 1LSNA 1T6VL 1UIGA 3AGGG 4WLDA 1GBXA 3EO5A 1GFAA 1LKSA 1WTMA 1D0MA 1GB2A 2ZWBA 1XGUC 4XJBA 1IOTA 5F81A 4XJFA 1LMQA 4PHIA 1GDXA 1DZBX 3AZ6A 1FDLY 4NHIA 1GBZA 4R6CA 1QDTA 3QE8A 4OWCA 4HSFA 5FSTA 1C43A 2XBSA 1BHZA 4B4JA 1IWVA 4Z41A 1GE1A 4NGYA 1GF8A 1IR9A 1IOQA 2H9JA 4H9BA 3TMVA 2HTXA 3TXGA 194LA 1C08C 1GF5A 4N0JA 1HSXA 2A7DA 2DQFC 3EMSA 1LHLA 1LZ4A 1A4VA 1GFEA 2F4GA 4TX7A 4ETDA 1OUEA 2DQHY 3HFMY 4HPEA 1GB0A 3CT0A 1F6RA 1B7LA 1J1XY 1VAUA 1LSPA 4YF2A 4B4IA 4WO6A 2BQDA 1AT6A 5LAGA 4H92A 1KXXA 1MLCE 1LSBA 153LA 1LZSA 2IFFY 3F6ZA 2BLYA 4NSJA 5IHGA 2BQBA 1HSWA 1RI8B 4CJ2A 1V7SA 4LFXA 1LMAA 1WTNA 1GXXA 9LYZA 1GFKA 1XGRC 1JISA 4NHTA 4OOTA 1B7PA 1XEJA 1NMMA 1LSDA 5I4XA 1JKAA 1KXYA 4XJHA 2HUBA 2I26L 4E3UA 1YROA 1IR7A 1KIPC 193LA 3GXRA 1GBYA 1LSFA 1VEDA 3TXIA 4NGIA 1HENA 1FN5A 1BVXA 1CKCA 1DI3A 1PS5A 1DQJC 1GFGA 1IP2A 4HPIA 1IWUA 1JSEA 4UWVA 1GHLA 4WM5A 4C5FA 3EXDA 5J7CA 2DQJY 3IJUA 1E8LA 1IP3A 4YOPA 2I25L 4WL7A 1NDGC 5APCA 4DD3A 1EQEA 2MEHA 4OWBA 1B7NA 2BQJA 2YDGA 1IP6A 4HP0A 4UWNA 4MSTA 1WVUA 1IWXA 1HEPA 1QQYA 3WMKA 2CWIA 5KXYA 4ETBA 3P4ZA 4NG8A 4TWSA 1ZV5L 3IJVA 4GN3A 2C8PA 2CGIA 5LVIA 1YKZX 1JHLA 1JTPL 1OUCA 5DLAA 1BB3A 4LZTA 2Z37A 4I0CA 1REXA 4GLAA 3K3TA 1IC5Y 1JTOL 4NHPA 3AZ7A 1OUGA 1XEIA 4H91A 1IOCA 2LYMA 4WL6A 1LMOA 1HF4A 1LJJA 1UIFA 2LZ2A 4IATA 3WULA 3ZVQB 1NF5A 1JKBA 2BQOA 2Q0MX 4H8ZA 5APDA 154LA 1QTEA 1HMKA 1HFXA 1EL1A 1G7LC 1GPQC 4GN5C 1WQRA 3ATNA 4W96A 5FEKA 5I53A 4MCKA 1WQPA 1RFPA 3E3DA 1LJGA 1WQMA 1LSYA 2HEDA 3HBEX 5LINA 1YIKA 3D3DA 4OWEA 5FCPA 4ANRA 1TAYA 1DKJA 3RU5A 5KY1A 2HU1A 3LN2A 3A6CY 4XYYA 1UIHA 4L41A 4PPOA 3P65A 1LZ1A 4Z46A 2BQLA 3GXKA 5C6IA 1OQMA 2BPUA 1IY3A 1NDMC 1GE0A 4LYMA 3W6DA 1LTMA 4CHXA 4KPMA 2HEBA 4G49A 1CJ8A 4GCDA 4H90A 3LZ2A 4WOAA 4XJIA 1G7JC 1LHMA 3LYMA 1INUA 4C3WA 4OOOA 4LGKA 1F6SA 1BB6A 1HEQA 4NG1A 4QGZA 1DI4A 4XJGA 3WUAA 2EIZC 5FELA 4DD0A 4LT1A 1DI5A 1IO5A 2Z2EA 3AGIA 4NWEA 1F0WA 1LMNA 4H9IA 4TTDA 1UBZA 5T3FA 5LVGA 3WU8A 1LJ4A 1LSMA 1HEWA 2W1YA 1AM7A 4ZEEA 2IHLA 4DDAA 1XGPC 2F30A 2NWDX 3ZEKA 7LYZA 1LJ3A 3W6EA 4LYOA 2BQCA 1LYZA 2W1MA 4N8ZA 4YENA 2BQEA 1OUIA 4WG7A 2AUBA 1EQ4A 1AZFA 4ET8A 3QY4A 5APEA 3FI7A 1OUDA 2EQLA 5HLLA 1JTTL 5AMYA 4CGEA 1GF0A 1HMLA 4HJVA 1GF9A 3SP3A 2ZNXY 2BQIA 1IWTA 1VDSA 4DD1A 1GFHA 1UIAA 5B59A 1IVMA 2MECA 4R0FA 5KKJA 5LAFA 1ZVYB 3ATOA 5KXMA 1YAPA 1UUZC 3WUNA 4NEBA 3WYHA 3BKHA 4CFOA 4PRQA 4H9HA 4J0LA 5LA8A 1LHJA 1JITA 4H9FA 4BS7A 3A34A 1RJCB 3MGWA 4NY5A 3J6KA 5F9UA 2YBHA 1LZBA 1NKHA 5E4PA 2MEFA 2DBTA 1AKIA 1B5UA 1LZ8A 1GFVA 4NFVA 5JENB 3BKVA 1W08A 5M1YA 4XN6A 4DD9A 2RSCA 1CJ7A 4NHQA 3TXJA 2YBNA 208LA 5IELA 3AW7A 4LT0A 2W1XA 2F2NA 4W94A 1D6PA 1LZ6A 1REMA 2YBMA 5KXOA 1D0LA 1BWJA 3WW5A 5HMJA 1XSFA 1LZAA 2B5ZA 3AZ4A 3TMXA 4DT3A 1LZEA 1LJKA 4N1CC 5A3ZA 4BAPA 1LZNA 5B1GA 2BQKA 1DXJA 3A90A 4N1EI 2DQAA 2LYOA 3TXKA 2HEFA 4N5RA 5A3EA 3M3UA 1JKCA 2D91A 5B1FA 3WL2A 1YKYX 3G3BB 1SLYA 6LYZA 2CDSA 1LZRA 4WO9A 5B05A 1YANA 3CQLA 4X3BA 3A6BY 1BQLY 1UIEA 1GE4A 2PC2A 1B7RA 1J1PY 3B0OA 2HU3A 5APFA 1LAAA 3B6LA 1JUGA 1W6ZA 4Z98A 1OUFA 3CSQA 3WVXA 3KAMA 1TCYA 4UWUA 3WH1A 5ILCA 4J7VA 5HQ1A 5KXKA 207LA 1GF6A 4DYGA 1TEWA 1QSWA 5E9RA 3CSZA 1JJ3A 1LSGA 5HNLA 1OUJA 2BQMA 6LYTA 4NSHA 1NWGA 3A92A 4H9CA 4LYCA 4PRUA 1GFRA 5D5CA 4CFPA 4YEMA 2F4AA 5ILFA 5KXTA 1B7SA 1IWWA 3A67Y 4TSBA 4LYZA 1P2CC 2EPEA 2DQDY 1GB5A 4ETCA 1LJEA 5L3HA 1DKKA 1JJ0A 1KIRC 1YILA 1LPIA 1IP4A 1CKHA 3N9AA 1HFYA 1HFZA 1GF4A 1KIQC 4YM8A 2N5ZA 4MR1A 1GFUA 1LZDA 1B7QA 1CNSA 3AYQA 1LOZA 1IP5A 1GWDA 4DD7A 4LYBA 1LSAA 1QUTA 4HV1A 4EMNA 1G7HC 1RCMA 5FHWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XENA 4NGLA 4P2EA 1OV7A 1NHEA 2Z38A 1MELL 1JEFA 1L35A 1XFPL 4I7RA 1B9OA 2D4JA 2RBNA 1G06A 4NGJA 3G3VA 1B0DA 1LZ9A 1LJHA 1C6PA 1DYBA 3RW8A 3HH6A 1C6AA 3DMZA 1HHLA 4LFPA 3L64A 4GN4A 1IORA 5LIOA 1FKQA 1L26A 2BQFA 1IIZA 1DYFA 1OUHA 3SB6A 1CJ6A 1L40A 1REYA 3WPKA 4GLVA 1L52A 2G4QA 3FA0A 1L33A 159LA 190LA 1LZ5A 3P64A 1JKDA 230LA 2CJLA 4H93A 4DDBA 1FLQA 3T6UA 1XGTC 2RAYX 1QUDA 2W1LA 4BADA 1LMTA 1N4FA 1DPXA 1WQQA 1L96A 166LA 1J1OY 3RT5X 3CT1A 132LA 1KW7A 4XADA 1PQIA 5LXWA 5DN5A 1L01A 3HU9A 4H8XA 4QDNA 3C8QA 1HEOA 3HUAA 4NGOA 1SSWA 2GV0A 1LI3A 1BB7A 1GAYA 1LZTA 1VDTA 4N9RA 3RZ4A 1LYGA 227LA 3A96A 1F10A 1LGXA 1LSEA 4DC4A 1QSAA 1KY0A 3HBHA 5I54A 3CB7A 1DYGA 161LA 147LA 4LT2A 2MEGA 1L59A 1RE2A 1L10A 3PBLA 4WM1A 258LA 2OEAX 4HTQA 1L48A 1G7IC 3F8VA 4Z3MA 201LA 3LYZA 1T8FA 2ZIJA 4WM3A 1SWZA 1BB5A 1LSZA 1CVKA 1HELA 1ZMYL 2ZNWY 5K7OA 1QIOA 2RBOA 2VB1A 2Y8PA 1QDRA 3A94A 1TDYA 4OWAA 1YAMA 1CJ9A 2MEIA 1L51A 1GB3A 1HEMA 4W54A 195LA 168LA 4WMGA 3AGHA 5LA5A 1T8GA 1L11A 3GUKA 224LA 1L02A 3TXFA 3UONA 1SQ2L 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XEN A;  4NGL A;  4H9A A;  4P2E A;  4DDC A;  3B0K A;  2HEC A;  1B5X A;  1B7M A;  5L3I A;  1NHE A;  1A2Y C;  3P68 A;  3B72 A;  3N9E A;  4NGZ A;  4IAS A;  4AGA A;  1FBI X;  134L A;  1BGI A;  1UC0 A;  2Z38 A;  2Z2F A;  1MEL L;  1JEF A;  4H8Y A;  4G4H A;  1XFP L;  1LZG A;  2Z18 A;  3OK0 A;  5IDD A;  5KXX A;  1B9O A;  2D4J A;  5F14 A;  1FLU A;  1BWI A;  4GCB A;  4NGJ A;  2HEA A;  3WPL A;  1B0D A;  1LZ9 A;  5KXZ A;  1LJH A;  1XEK A;  3A95 A;  3RW8 A;  1IP7 A;  1I20 A;  1IOS A;  1IEE A;  1HHL A;  4LFP A;  1T3P A;  5DN4 A;  2BQA A;  1LZY A;  5II3 A;  4OWH A;  4M6D A;  4GN4 A;  5KXL A;  1CKD A;  1IOR A;  1GE2 A;  1FKQ A;  1IY4 A;  2BQN A;  2BQF A;  2FYD A;  1GDW A;  2ZQ4 A;  5LIO A;  1GBO A;  5HMV A;  5LVJ A;  2YBJ A;  4RW1 A;  1NQI A;  4RLM A;  1IIZ A;  1IR8 A;  2MED A;  2WAR A;  1LHH A;  4ZFP A;  1OUH A;  4RLN A;  5B06 A;  3TXE A;  1CJ6 A;  4H9E A;  1REY A;  3D9A C;  4U3X B;  3TXD A;  4B4E A;  4B49 A;  3W6B A;  2BAA A;  3WPK A;  2Z12 A;  1FKV A;  1LHK A;  3FE0 A;  3CSR A;  4GLV A;  4WM4 A;  1GXV 2; 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 4LT0 A;  2W1X A;  2F2N A;  4W94 A;  1D6P A;  1LZ6 A;  1REM A;  2YBM A;  5KXO A;  1D0L A;  1BWJ A;  3WW5 A;  5HMJ A;  1XSF A;  1LZA A;  2B5Z A;  3AZ4 A;  3TMX A;  4DT3 A;  1LZE A;  1LJK A;  4N1C C;  5A3Z A;  4BAP A;  1LZN A;  5B1G A;  2BQK A;  1DXJ A;  3A90 A;  4N1E I;  2DQA A;  2LYO A;  3TXK A;  2HEF A;  4N5R A;  5A3E A;  3M3U A;  1JKC A;  2D91 A;  5B1F A;  3WL2 A;  1YKY X;  3G3B B;  1SLY A;  6LYZ A;  2CDS A;  1LZR A;  4WO9 A;  5B05 A;  1YAN A;  3CQL A;  4X3B A;  3A6B Y;  1BQL Y;  1UIE A;  1GE4 A;  2PC2 A;  1B7R A;  1J1P Y;  3B0O A;  2HU3 A;  5APF A;  1LAA A;  3B6L A;  1JUG A;  1W6Z A;  4Z98 A;  1OUF A;  3CSQ A;  3WVX A;  3KAM A;  1TCY A;  4UWU A;  3WH1 A;  5ILC A;  4J7V A;  5HQ1 A;  5KXK A;  207L A;  1GF6 A;  4DYG A;  1TEW A;  1QSW A;  5E9R A;  3CSZ A;  1JJ3 A;  1LSG A;  5HNL A;  1OUJ A;  2BQM A;  6LYT A;  4NSH A;  1NWG A;  3A92 A;  4H9C A;  4LYC A;  4PRU A;  1GFR A;  5D5C A;  4CFP A;  4YEM A;  2F4A A;  5ILF A;  5KXT A;  1B7S A;  1IWW A;  3A67 Y;  4TSB A;  4LYZ A;  1P2C C;  2EPE A;  2DQD Y; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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