5D5FA

In meso in situ serial x-ray crystallography structure of lysozyme by bromine-sad at 100 k
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins at cryogenic temperatures.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5d5fA00
5FELA 4XADA 2ZNXY 1LHHA 1OUCA 1WQMA 1GBOA 4NGIA 1HMLA 1CJ8A 2BQAA 4ETBA 1NHEA 1IVMA 2RSCA 1IOTA 3HFMY 1LZ8A 4DD9A 2Z37A 4NHIA 1NF5A 1PZYA 1CKDA 4YOPA 2DQCY 3LN2A 5HQ1A 1QTEA 1D0KA 1HELA 4A7DA 1HSXA 5LYZA 1PS5A 1GPQC 1ZVYB 4GLVA 1C43A 3A6CY 4NGZA 1LZ1A 4RDSA 1B2KA 2EIZC 1BB6A 1GAYA 3WL2A 1HSWA 2PC2A 1OUBA 208LA 4KXIA 5B1GA 1T3PA 4H8ZA 1DPXA 1GF9A 1YKYX 3WYHA 1B7SA 1IORA 1QDTA 4ET8A 1GDXA 1IIZA 1V7SA 4NGKA 5LIOA 1LZTA 4QDNA 3TXFA 4GLAA 3OK0A 4J1BA 1YAQA 2ZYPA 2HEFA 1IO5A 1IOQA 1FN5A 1LJNA 2LYZA 5F16A 3RT5X 1TBYA 2W1YA 4IASA 1B5UA 4IATA 3A94A 4GCBA 1HMKA 1OP9B 4WO6A 1XGRC 3TXEA 4HPEA 1REXA 1HFXA 4AGAA 1JKAA 2DQIY 3TMWA 1GFAA 4B0DA 1FLYA 4H8YA 3A67Y 1HEWA 4HTNA 1A2YC 2CWIA 4TSCA 4HJZA 1QQYA 4OW1A 5LA5A 4NG1A 2IFFY 1IWYA 135LA 1GEVA 3D9AC 3GXRA 4PPOA 134LA 4DD3A 1C7PA 1HHLA 4WL7A 1XSFA 5KXZA 5LAFA 1LYOA 2I25L 2MEAA 3A8ZA 4NGWA 2VB1A 4P2EA 1CNSA 1FKVA 1O23A 4OOOA 1LPIA 1GB7A 1EQ5A 2MEDA 1GFKA 1GF7A 3D3DA 5L3IA 1E8LA 1UIGA 4LYOA 1B7RA 1B5VA 1BWHA 1UIEA 5KJ9A 1LMQA 2F4AA 2Y8PA 1C08C 3GXKA 3TXDA 1F6RA 1HEMA 5KXKA 1D6PA 1B9OA 1XEKA 5T3FA 4NSHA 1F10A 3AW6A 5AMYA 1HERA 4L41A 2XBSA 4NHTA 3WVYA 1NDGC 2BQLA 1QSWA 4AXTA 4GN4A 5I54A 4NHSA 2Z39A 4LT1A 4J1AA 4B49A 2BQGA 1OUIA 1YAMA 4XN6A 4CHXA 1B7QA 2LZ2A 1LJKA 5ILCA 1OUJA 1ZMYL 1MLCE 4D9ZA 1LJJA 2G4NA 1GE1A 3AZ5A 4TUNA 1LJEA 4NG8A 1VDPA 1QSAA 4H9FA 4N9RA 3F6ZA 3CSQA 1REMA 1LSYA 4N5RA 1I56A 9LYZA 5E9RA 4ETCA 5KXSA 3W6EA 1EQEA 4NIJA 4NSIA 1XGQC 5F81A 1LZ5A 1LSEA 2F2NA 5B59A 2BQIA 3AGGG 2YBIA 4PRUA 4HTKA 1LHIA 3EO5A 3W3EA 3RU5A 3WXUA 1B7OA 1LJIA 1UIDA 2BQCA 1RE2A 5LVIA 1OUFA 1W08A 5KXRA 3A3RX 1W6ZA 193LA 1JUGA 2G4QA 4XJFA 4N0JA 4Z41A 1GB3A 3EXDA 2YBLA 2YBJA 3QE8A 3TXKA 1GFUA 1WVVA 1C45A 2XBRA 2IHLA 5KXPA 4WLYA 5II3A 1LYYA 1GBYA 3AZ7A 1GF3A 4U3XB 3WW6A 1GE3A 3EBAB 4GCFA 2Z19A 2ZILA 3LYZA 1JJ0A 3A96A 4G4HA 1IP5A 4UWNA 4H9EA 4WM5A 5A3ZA 1NDMC 2XJWA 2I26L 2X0AA 1TDYA 3A6BY 2EQLA 5B1FA 4BS7A 4XENA 4Z98A 2BQBA 4J0LA 1LJ4A 4KT3A 1LZYA 4HSFA 1B7NA 1UIHA 3W6FA 1N4FA 4IJ4A 4MCKA 4N1CC 1H6MA 1LMTA 1NBYC 1H87A 2EKSC 2C8PA 2Z12A 3LHMA 1P2CC 2A7FA 1LZCA 1B5YA 2XTHA 3TMVA 1GFVA 5I53A 2CJLA 194LA 2MEFA 5F9XA 1LYZA 1B5XA 2ZYCA 5B06A 4LT2A 2HUBA 4XJHA 3RW8A 4PRQA 5LAGA 2MEIA 4XJGA 1RJCB 1UIBA 4LYMA 4DD1A 5KXWA 2ZQ4A 1JEFA 3SP3A 1HNLA 1CKCA 2YSSC 3B72A 1BHZA 1D9UA 2BLYA 3A95A 5HNLA 4KL7A 5C6LA 4LFXA 1REZA 2ZIJA 1LZBA 3P65A 132LA 5I4YA 1LJ3A 1BVXA 1ALCA 1LHKA 1IC5Y 1Z55A 1HENA 5APFA 1DXJA 3CT1A 4XYYA 2DQDY 4NWEA 1JPOA 1HFYA 1YILA 4B1AA 1B5ZA 3J4GA 4RLNA 4WM6A 4WM4A 5K7OA 1IEEA 1FDLY 1CJ6A 1QTKA 1BB5A 2Z2EA 1GD6A 5DM9A 4DD2A 4WLDA 3TXHA 3ZVQB 5D5FA 1IP2A 1LSFA 1WTMA 1JJ1A 1GF4A 1UC0A 4LGKA 4ANRA 2BQHA 1GB6A 1GF0A 2A7DA 3A90A 5IDDA 4QY9A 5KXTA 1DI3A 1VFBC 1YANA 4H9BA 3A91A 4H1PA 1YKZX 4XJDA 4PGJB 4BAFA 1XGTC 1T6VL 4J7VA 8LYZA 5I4WA 4ZFPA 1GFTA 2BQEA 3ATOA 1LCNA 4ETDA 5C6JA 1INUA 1DI4A 2EPEA 1TAYA 3LZ2A 1REYA 1GBWA 1JTTL 2MEEA 1WQQA 1IR8A 4H90A 1ZV5L 1IOSA 2HU1A 4HV1A 5DL9A 1QUSA 1IR9A 4H8XA 2BQFA 2GV0A 1LSDA 1JSFA 5KXMA 1IC7Y 1LAAA 1LTMA 4ETAA 5LVKA 1DKKA 1V7TA 1QUTA 5KXYA 4H93A 1JTOL 1BB3A 4PHIA 1IWZA 4BAPA 154LA 1UACY 1LJHA 3T36A 1LMAA 1FBIX 2N5ZA 3RNXA 4G4CA 2DBTA 4B4EA 3M18B 1B7MA 1GFHA 3MGWA 1GBXA 1LKSA 3P66A 4NY5A 4DD7A 1LZDA 2HEAA 3QY4A 3TXJA 5J7CA 1AZFA 3AZ4A 1VDQA 4CFOA 1LSNA 1GXV2 4H91A 1TCYA 1GE4A 3TMXA 153LA 4N8ZA 1BVKC 2FYDA 4NGVA 1B0DA 4H94A 1LZ9A 3ZEKA 2CGIA 1IR7A 4B4IA 5FCPA 1BWJA 4B4JA 1F6SA 4GN5C 1LJFA 2DQJY 5KXLA 1LKRA 1LSPA 1JSEA 1FLWA 2W1LA 1KXXA 1HEPA 3A92A 1OUEA 3HBDA 4UWUA 1LSCA 1UBZA 2HEDA 3FE0A 2Z18A 1D0LA 1KXYA 1OUAA 4C5FA 3N9AA 3HBHA 4YENA 4YM8A 4H9AA 2HEEA 2FBBA 4MSTA 1XEJA 5IELA 1G7HC 1NQIA 4LFPA 3VWOA 4C3WA 3W6BA 1LZ4A 1JIYA 4YF2A 4CFPA 1NWGA 3IWRA 2W1XA 4R0FA 4DWXA 4H9IA 2D6BA 4LT0A 1GB2A 3WU9A 3CSZA 3A34A 4R6CA 2YVBA 1GWDA 4WO9A 5KKIA 4WLXA 1IY3A 1HF4A 1VATA 4OWHA 1JWRA 1YQVY 2DQGY 1I20A 2YDGA 4OWCA 4DD0A 1GEZA 1GBZA 1LHLA 5APCA 2HU3A 1DKJA 4YEOA 6LYZA 3RZ4A 3AB6A 1CKFA 4WM3A 1VDTA 2BPUA 1TEWA 3M3UA 5DLAA 2H5ZA 3ZVQA 3KAMA 4NGJA 1OQMA 1G7IC 1RFPA 1UICA 3G3AB 3AYQA 2LYMA 4NHQA 2DKVA 1GB9A 1UUZC 4FJRA 4DDAA 5EBHA 4DDCA 3A3QA 1IWTA 4X3BA 5FSTA 1JISA 1LSGA 3TMUA 1C10A 4LT3A 4MR1A 1NKHA 2I6ZA 3A93A 5B07A 4RLMA 3EMSA 2H9JA 4NGOA 5LINA 2CDSA 1GB5A 1HFZA 4RW2A 1QIOA 1SQ2L 5L3HA 2BQJA 2YBMA 2F30A 2ZNWY 5ILFA 1I1ZA 3LYOA 1BWIA 4G4BA 1WVUA 3AZ6A 1KIPC 4I0CA 1GF5A 4N1EI 4XJBA 4EMNA 1YAPA 3BKHA 1ZVHL 1LZ6A 1GFEA 3CB7A 1WTNA 3WU8A 1YL1X 4GN3A 1OUDA 1LSBA 5A3EA 1IWXA 3AGIA 4H92A 1OUGA 4M4OA 1GF6A 5HLLA 4HJVA 4OOTA 4M6DA 5HNCA 1LZAA 4DT3A 4WG7A 3QNGA 2DQHY 2MECA 4G9SA 4NSJA 4BADA 2BQNA 1XGPC 1EL1A 2BQOA 1IOCA 2Z38A 2G4PA 3HBEX 4WOAA 3WMKA 2HTXA 1FKQA 2W1MA 3ULRA 1G7LC 2BQMA 3W6CA 1BQLY 2ZWBA 4G49A 4W96A 4WL6A 1KIQC 1XFPL 4KPMA 1EQ4A 4I8SA 3E3DA 207LA 1SLYA 1FLUA 2HEBA 1UCOA 2H9KA 1AT5A 1LSAA 1D0MA 3N9CA 1IC4Y 4EOFA 4TTDA 3CQLA 1BB4A 3WU7A 6LYTA 5KKJA 3LYMA 1LZSA 1IWWA 4TWSA 4LYBA 1YAOA 1YIKA 3OJPA 4NGLA 2FBDA 7LYZA 5KY1A 2YBHA 4LYCA 4ZEEA 4OWEA 1B5WA 3WH1A 3LYTA 1UIFA 4Z3MA 1LJGA 2F4GA 4DDBA 1GBSA 1IP1A 1RI8B 3AW7A 4HTQA 1NMMA 1VAUA 4LYZA 1RCMA 4HPIA 3W6DA 3WUMA 4OWBA 4DYGA 1A4VA 3N9EA 1C46A 1KXWA 1GAZA 3B6LA 3P68A 5LVJA 5LYTA 1GDWA 1IP3A 4TX7A 5IHGA 1GE0A 1IP4A 4QGZA 1AT6A 4ZIXA 3T6UA 1IWUA 1YL0X 2FYCA 2HECA 3AJNA 4XJIA 1WQPA 3W6AA 1GXXA 4ETEA 1LHMA 1WQRA 3FI7A 4NEBA 2D4IA 5APDA 1AKIA 4TSBA 2BQDA 1CJ7A 2BQKA 3ATNA 1GHLA 4FDYA 2WARA 3P4ZA 5LVHA 3WPKA 1BB7A 1HEOA 1B7PA 4OWAA 4NGYA 3WXTA 1OUHA 4NSGA 5LXWA 1JTPL 2MEGA 1LMCA 3G3BB 3J6KA 1LMPA 1VEDA 5L9JA 5KXXA 1BGIA 3BKVA 4CJ2A 1LZGA 4GCEA 5I4XA 4H9HA 3WW5A 1HEQA 1MELL 3B0KA 1J1PY 3P64A 1D6QA 1AM7A 2DQAA 5JENB 1IP6A 3B0IA 3AGHA 3WUNA 1DI5A 3CSRA 1LZNA 3WULA 2ZQ3A 5FEKA 3CT0A 1DZBX 5E4PA 1LZEA 5I5QA 5HMJA 3TXIA 5DN5A 5KXOA 4GCDA 2BLXA 1B7LA 1QDRA 1LSZA 1YROA 4UWVA 5LA8A 3IJUA 1DQJC 4GCCA 4RW1A 1YKXX 4LZTA 4CGEA 5F9UA 1IY4A 4E3UA 3WVXA 1JKBA 4HJYA 4H9CA 5M1YA 1DPWA 4DC4A 3B0OA 2D4KA 4WG1A 2AUBA 2LYOA 3IJVA 5FDJA 133LA 4PJ2C 2MEBA 4NWHA 2BAAA 3WPJA 3K3TA 1VDSA 4WMGA 4HV2A 5B05A 1LZRA 3LZTA 1LOZA 2MEHA 1F0WA 2DQFC 1LHJA 1G7JC 4HP0A 4YEMA 1WQOA 1GE2A 2NWDX 5APEA 4ET9A 3CT5A 5FHWA 1FLQA 1J1OY 5DN4A 1LMNA 1G7MC 2ZIKA 5F14A 1LSMA 3WPLA 2B5ZA 2LZTA 5LVGA 1J1XY 1GF8A 1CKGA 1GB0A 4NFVA 4WM2A 4WLTA 1LYSA 2C8OA 3TXGA 1CJ9A 1IWVA 1WQNA 2Z2FA 1UIAA 1GB8A 1XGUC 1XEIA 4O34A 5D5CA 1LMOA 2Q0MX 4NHPA 4WM1A 1KIRC 1JHLA 1UA6Y 4ML7A 3TXBA 2LHMA 5HMVA 1JITA 2DQEY 4QEQA 1JKDA 5KXNA 1JJ3A 4II8A 1CKHA 5C6IA 1HC0A 1JKCA 1GFJA 3WUAA 4Z46A 1IP7A 5LYMA 1NBZC 1IX0A 2YBNA 1GFGA 4LYTA 2D4JA 1GFRA 4W94A 2D91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XADA 1WQMA 1SX2A 1C6KA 1HMLA 1XJUA 260LA 4ETBA 3DNAA 1NF5A 3DN6A 2DQCY 1L32A 5HQ1A 1QTEA 4W51A 4GLVA 1LZ1A 4GRVA 1B2KA 1QTVA 1GAYA 1C6GA 1HSWA 1DPXA 3WYHA 3F8VA 4I7KA 165LA 1V7SA 5LIOA 4GLAA 4J1BA 2HEFA 1QS9A 1DYFA 1IOQA 1L47A 2W1YA 3C7WA 1B5UA 4GCBA 4WO6A 3NY8A 1GFAA 128LA 1QQYA 5LA5A 102LA 1XSFA 1C67A 3A8ZA 222LA 5I14A 1B5VA 5KJ9A 5KXKA 3HWLA 1B9OA 1L55A 1F10A 3WVYA 3DMZA 4AXTA 1P2LA 4B49A 2BQGA 1L24A 3C82A 261LA 5ILCA 1P6YA 1L61A 1GE1A 1LYEA 3GUOA 1VDPA 1L15A 3F6ZA 3CSQA 3CDQA 1I56A 5E9RA 3W6EA 1LZ5A 3AGGG 3L2XA 4PRUA 4HTKA 1LHIA 1L92A 3RU5A 3WXUA 1LJIA 1W08A 3G3XA 4N0JA 1GB3A 3EXDA 141LA 1CTWA 3TXKA 235LA 1LYYA 1CV5A 104LA 1L81A 2ZILA 1JJ0A 4G4HA 4WM5A 2XJWA 2I26L 3A6BY 2EQLA 4Z98A 2BQBA 3SB7A 2ANVA 1L79A 4N1CC 1H6MA 2B73A 1H87A 2C8PA 1KY1A 1LZCA 1GFVA 5I53A 1T8GA 1LYZA 1B5XA 4LT2A 4XJHA 1C6HA 1L95A 166LA 5KXWA 219LA 1QSBA 103LA 2BLYA 3A95A 3SB6A 5HNLA 1L08A 132LA 3HH3A 1Z55A 5APFA 1L82A 1JPOA 1HFYA 4RLNA 3J4GA 1L85A 1IEEA 1FDLY 1QTKA 186LA 1L68A 1LSFA 4I7TA 1JJ1A 229LA 5KXTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FEL A;  4XAD A;  2ZNX Y;  1LHH A;  1OUC A;  1WQM A;  1GBO A;  4NGI A;  1HML A;  1CJ8 A;  2BQA A;  4ETB A;  1NHE A;  1IVM A;  2RSC A;  1IOT A;  3HFM Y;  1LZ8 A;  4DD9 A;  2Z37 A;  4NHI A;  1NF5 A;  1PZY A;  1CKD A;  4YOP A;  2DQC Y;  3LN2 A;  5HQ1 A;  1QTE A;  1D0K A;  1HEL A;  4A7D A;  1HSX A;  5LYZ A;  1PS5 A;  1GPQ C;  1ZVY B;  4GLV A;  1C43 A;  3A6C Y;  4NGZ A;  1LZ1 A;  4RDS A;  1B2K A;  2EIZ C;  1BB6 A;  1GAY A;  3WL2 A;  1HSW A;  2PC2 A;  1OUB A;  208L A;  4KXI A;  5B1G A;  1T3P A;  4H8Z A;  1DPX A;  1GF9 A;  1YKY X;  3WYH A;  1B7S A;  1IOR A;  1QDT A;  4ET8 A;  1GDX A;  1IIZ A;  1V7S A;  4NGK A;  5LIO A;  1LZT A;  4QDN A;  3TXF A;  4GLA A;  3OK0 A;  4J1B A;  1YAQ A;  2ZYP A;  2HEF A;  1IO5 A;  1IOQ A;  1FN5 A;  1LJN A;  2LYZ A;  5F16 A;  3RT5 X;  1TBY A;  2W1Y A;  4IAS A;  1B5U A;  4IAT A;  3A94 A;  4GCB A;  1HMK A;  1OP9 B;  4WO6 A;  1XGR C;  3TXE A;  4HPE A;  1REX A;  1HFX A;  4AGA A;  1JKA A;  2DQI Y;  3TMW A;  1GFA A;  4B0D A;  1FLY A;  4H8Y A;  3A67 Y;  1HEW A;  4HTN A;  1A2Y C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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