5DL9A

Structure of tetragonal lysozyme in complex with iodine solved by uwo students
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of Tetragonal Lysozyme in complex with Iodine solved by UWO Students
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5dl9A00
3RZ4A 5E4PA 1UIGA 5KXOA 1GBXA 2HTXA 4H1PA 4NGLA 1HFZA 1LJKA 1IEEA 4FDYA 5A3ZA 1FLWA 4OWAA 2DQCY 1WQQA 2CWIA 3IJUA 4IASA 4NG8A 4YENA 1IP4A 4I8SA 4ML7A 5LA8A 4ETCA 4GN5C 1LKRA 5KXWA 3QY4A 1IX0A 1IOCA 3HBDA 5KJ9A 4L41A 1GB0A 1UCOA 5KXXA 1UA6Y 1GHLA 3P4ZA 4WMGA 4H9EA 1GEZA 4DT3A 1G7LC 1WQOA 5LAFA 4N1CC 4CFOA 3A3RX 4H9FA 2Z39A 2RSCA 1I1ZA 4Z46A 154LA 5IDDA 4DD9A 1HC0A 1WTNA 4PRQA 4GCCA 1HEPA 1QQYA 4NGJA 1YAPA 4H9BA 4OWBA 4NHSA 2D4IA 1G7HC 3TMVA 1XSFA 4TSBA 5FSTA 1IP3A 3WVXA 1GB2A 4N9RA 1GFJA 1B5VA 1JSEA 2BPUA 3J4GA 1LYYA 1NMMA 1SLYA 4C5FA 1NF5A 4OOOA 4I0CA 2LYMA 1CKCA 1KXXA 3LHMA 2HEBA 3WU8A 3AZ4A 4PPOA 1GF9A 3W6EA 3ZVQA 1GBOA 1LCNA 1ZVHL 2BQKA 2MEEA 4GCBA 1HEQA 1GE3A 4NEBA 1Z55A 4BS7A 3QNGA 1BB7A 1P2CC 1UIFA 2LYOA 4WOAA 2ZQ4A 3G3AB 5LYMA 5IHGA 1KXYA 1GXXA 3N9AA 1YKZX 3AGGG 1BWIA 4XJGA 4H9IA 3P64A 2BQNA 1GE4A 3EMSA 4J1BA 1D0MA 2HECA 3WPLA 1VDSA 1LZBA 4LYMA 4PGJB 2FBDA 5J7CA 1FKVA 1LJGA 2BQLA 5KY1A 2YDGA 1HEWA 1H87A 2HEFA 3AZ6A 1KXWA 4ZEEA 2I6ZA 5F9UA 1IWWA 2XBSA 3AGIA 4DD0A 4OW1A 2ZNWY 4BADA 4Z41A 2WARA 4HJZA 3M18B 4GLAA 2DQAA 1BHZA 1UIHA 3BKHA 4ANRA 4HJVA 5AMYA 2F4GA 2G4NA 1B2KA 1LZCA 5F16A 4R0FA 1DZBX 4NSGA 1LZ6A 3TXFA 3LN2A 1J1PY 3CSZA 1DQJC 5II3A 1J1XY 1JITA 2MEFA 1GB8A 1YAQA 1FLUA 3LZ2A 1LZAA 2I26L 1JUGA 1MLCE 1RI8B 2BQIA 3IWRA 4NGWA 2CGIA 3TXBA 2BQFA 1SQ2L 5F14A 2B5ZA 208LA 3A96A 3LYMA 3F6ZA 3EXDA 4NSJA 4LFXA 1GEVA 1IIZA 1BWHA 1W6ZA 2NWDX 3QE8A 4KT3A 1BQLY 2IFFY 1LHJA 4RW1A 1C7PA 1D6PA 3GXKA 1LMCA 4LGKA 1GF8A 3CSRA 1LSYA 1GF3A 1TAYA 1JPOA 1JWRA 1LZ5A 1VEDA 2YBNA 3LYZA 2Z18A 3D9AC 1B5YA 4DDBA 2D4KA 3CB7A 1UC0A 1HERA 1RFPA 1F6RA 4XADA 4II8A 4DD3A 4H92A 193LA 1LMPA 2XTHA 1N4FA 1QDTA 5A3EA 3B0KA 2HEEA 4QY9A 2Z38A 2MEIA 4TWSA 4CHXA 2FBBA 2DQFC 1CJ6A 4NHTA 1W08A 4WM1A 2G4PA 3FI7A 1LSEA 5LXWA 4DD1A 5I54A 2PC2A 1JTOL 2MEAA 4TX7A 4QDNA 3WUNA 1LAAA 2D6BA 1EL1A 1LZTA 1ALCA 4A7DA 4HTNA 4GN3A 4N5RA 1IP6A 3ATOA 1OQMA 4DD2A 2YBIA 1IC5Y 1H6MA 1WVVA 5KKIA 1LJHA 1UIBA 2BAAA 3GXRA 1LSPA 1IORA 2YBJA 2YVBA 3P68A 4H8XA 4ET8A 4NSHA 5I4WA 1HELA 1UBZA 1LSDA 4OWCA 9LYZA 2W1LA 1IWTA 3A93A 1CKHA 1WTMA 5KXSA 4C3WA 4LT3A 4PJ2C 2HEAA 1IY4A 4UWNA 3TXGA 1NBZC 1HEOA 1UICA 1WVUA 5L3HA 4PHIA 1F6SA 1GBZA 1REYA 2DQHY 5FCPA 4YF2A 6LYTA 2DKVA 1GF5A 5LVJA 3TXKA 3CT0A 1GAZA 4G4BA 2CDSA 1LYOA 1IWXA 1QIOA 3A8ZA 3TMWA 4HPIA 1GXV2 3RW8A 1F10A 1NBYC 1XGQC 3CQLA 4N0JA 2BQGA 2LZTA 1CJ7A 4H8ZA 4CJ2A 4IJ4A 5APDA 3WW5A 1NWGA 1PS5A 3P65A 1JSFA 4WL7A 1GFHA 2N5ZA 4YOPA 4XENA 4TUNA 1CJ8A 4H90A 4NGZA 1LSFA 4NGVA 5DL9A 3AB6A 4LYTA 1GFTA 1B7OA 5D5FA 1HHLA 4ZFPA 5K7OA 2LYZA 1OUEA 2DQJY 1RE2A 1FKQA 1VDQA 2VB1A 4WLTA 2BQDA 1GD6A 2HUBA 4G4HA 1FDLY 1YAOA 1HMLA 1LMAA 1UIDA 1LMQA 1YROA 2I25L 4WG1A 1G7JC 5KXKA 3A91A 1LMOA 4HSFA 4RDSA 5L9JA 4QGZA 1B0DA 1YIKA 5APCA 4NGYA 3WPKA 6LYZA 1UIEA 1LHHA 2H9KA 1GWDA 1LJNA 3D3DA 5KXYA 1OUDA 1J1OY 2Z2EA 3TXIA 3FE0A 2MEDA 4XN6A 1PZYA 4NHQA 1BB4A 3N9CA 5KXMA 1B7PA 1C08C 1CNSA 3J6KA 1IP2A 1OUJA 2ZNXY 5FHWA 4NGIA 3WULA 1V7TA 2Q0MX 4WL6A 1EQ4A 4E3UA 3TXDA 1LJFA 5C6JA 1LSZA 3B72A 1GBWA 1GF0A 1B5ZA 1OUGA 5B1FA 4EOFA 3T6UA 5FELA 4X3BA 1GPQC 1LYZA 2BLYA 2DBTA 5KXPA 4WLDA 4AXTA 4B49A 1E8LA 4XJBA 5KKJA 1YAMA 3A3QA 1YL1X 1NDGC 1AT6A 4P2EA 1NKHA 4B0DA 1KIRC 2MEGA 5LVGA 1GB9A 1C10A 1IOTA 3B0IA 1B7NA 4H9CA 4QEQA 3RU5A 3TXHA 4Z3MA 5ILCA 2W1XA 3B0OA 4RLNA 3OK0A 4R6CA 1GFUA 3M3UA 4ETBA 1JJ3A 5LA5A 1QSWA 4M6DA 2DQIY 1JIYA 1MELL 1D0LA 1GDXA 1XGPC 5FEKA 1JTTL 2BQHA 4DC4A 1YANA 1IOSA 1HSWA 1IR7A 1VDPA 2IHLA 4J0LA 5DLAA 5JENB 5LVIA 5KXTA 1LOZA 1INUA 5D5CA 1CJ9A 2A7FA 2ZIKA 1LSCA 5F9XA 1OUFA 1LJEA 4U3XB 4WG7A 1DPWA 1LZEA 1XGRC 1ZVYB 1AZFA 4MSTA 5C6LA 1UIAA 2HEDA 1I20A 1KIQC 2F4AA 4RLMA 4HTQA 3WPJA 3WU7A 3CSQA 3P66A 4DYGA 1LMNA 1IC4Y 4J1AA 4LFPA 8LYZA 2FYCA 4H93A 4D9ZA 1A2YC 5LYTA 4G9SA 2ZYPA 1WQRA 2Z2FA 2Z19A 4B1AA 3AGHA 2BQCA 5HLLA 1UACY 4WO9A 4HTKA 1T6VL 1LHIA 4YEOA 3WMKA 4B4EA 2ZILA 4WM5A 1RCMA 1JJ0A 4B4IA 4TTDA 1F0WA 1OUAA 1G7IC 3CT5A 1LZYA 4KL7A 4PRUA 3WXUA 3ZEKA 5KXRA 1ZMYL 1LZ4A 1IVMA 207LA 1C45A 1LJIA 1EQEA 1UUZC 3MGWA 1NQIA 1XGTC 5F81A 5HNCA 3BKVA 1LPIA 1OP9B 2C8PA 3LYTA 1XEJA 2BQAA 1FBIX 1LKSA 4RW2A 3W6DA 5EBHA 1WQNA 5LAGA 4KXIA 2F2NA 2Y8PA 5HMJA 4MCKA 5I5QA 4DWXA 1IWYA 5LVKA 4W96A 4XJDA 2ZQ3A 5KXNA 5IELA 1OUCA 2Z37A 3KAMA 1B7LA 1G7MC 5DN5A 2DQEY 3A34A 1OUBA 2EQLA 3LZTA 1GAYA 1TDYA 2XBRA 3TMXA 4WM3A 194LA 1CKDA 3A95A 3RT5X 1BB3A 1GF6A 3A6BY 1IY3A 3A67Y 4OOTA 2W1YA 1JKCA 4DDCA 3E3DA 5B59A 2GV0A 2C8OA 1AT5A 1DI5A 1D9UA 3G3BB 4HP0A 1GE0A 1GDWA 3OJPA 1B7RA 3HBEX 1B7QA 1QTEA 1REZA 1IOQA 2CJLA 3WUMA 1GF7A 1IO5A 3WVYA 4N1EI 1IWVA 1TEWA 4WLYA 4G4CA 3W6CA 5LYZA 4MR1A 5M1YA 1B5UA 1GB3A 1BB6A 5E9RA 1O23A 1YQVY 4LYCA 4LYOA 1LZGA 1JEFA 1VAUA 1LMTA 4G49A 3A92A 1LZ1A 4GN4A 4NFVA 4NIJA 1BWJA 1AM7A 3CT1A 3WL2A 2DQGY 3WYHA 1XGUC 1YILA 4BAFA 2ZIJA 3W6BA 2ZYCA 5HQ1A 2D91A 1DXJA 1VATA 4LZTA 3SP3A 1BVKC 4NHPA 3AW6A 1WQMA 4OWHA 5T3FA 4BAPA 1OUHA 1B5WA 2BQMA 2HU3A 4H91A 5B05A 1JHLA 4GCFA 1GFGA 3TXJA 1FLQA 4NSIA 4HV2A 4GLVA 4LT1A 1DPXA 4GCDA 1GE2A 4EMNA 1BVXA 3A6CY 5HMVA 5LIOA 1DI4A 4TSCA 1CKGA 4WLXA 5I53A 1VFBC 3TXEA 4W94A 2G4QA 1IR8A 4IATA 1V7SA 5ILFA 1GF4A 2BLXA 3IJVA 4J7VA 3AW7A 1DKJA 2XJWA 1CKFA 1QUTA 4KPMA 1LHMA 4UWVA 1LSBA 1TBYA 133LA 1QSAA 1GFAA 1LHLA 1LZSA 3ZVQB 4H9AA 1LSMA 2EIZC 4B4JA 1C43A 2BQOA 3WH1A 2AUBA 153LA 1HF4A 3AJNA 2YSSC 4NHIA 5I4YA 4ZIXA 5KXZA 1ZV5L 1RJCB 3W6FA 4NWEA 1LYSA 5B06A 4N8ZA 1REXA 5LINA 1IP1A 5APFA 1HENA 1QTKA 1HFYA 2H9JA 5DN4A 1XEKA 1DI3A 4NG1A 5B07A 2LHMA 5L3IA 1IR9A 134LA 1B9OA 1EQ5A 1HFXA 3W3EA 3K3TA 4ETEA 3HBHA 4LT0A 3AYQA 5LVHA 1I56A 2F30A 4GCEA 1T3PA 1FN5A 1JISA 1LZNA 1QDRA 1REMA 1IP5A 2HU1A 1D6QA 4YM8A 1GFRA 132LA 1GBYA 1GFVA 1VDTA 1B5XA 4ETDA 4LYZA 4LT2A 1A4VA 4O34A 7LYZA 2FYDA 1GBSA 2BQJA 5DM9A 1LSAA 2BQBA 2X0AA 1KIPC 1D0KA 1LZ9A 1B7SA 4AGAA 1DKKA 2W1MA 4UWUA 4XJHA 1JKAA 2DQDY 1LZDA 2YBMA 2YBLA 1JKBA 1GE1A 4ETAA 1JTPL 1IWZA 4OWEA 3EO5A 135LA 4NGKA 4NWHA 4WO6A 1LJJA 5HNLA 2MECA 1OUIA 3A90A 5B1GA 1HSXA 1XFPL 4H9HA 4ET9A 1LJ4A 1GB5A 3VWOA 1NDMC 1BB5A 1HEMA 4H8YA 4WM4A 4NY5A 3RNXA 4DD7A 3A94A 4WM2A 2ZWBA 1FLYA 5I4XA 5APEA 1LJ3A 3WUAA 4M4OA 1JJ1A 1YKYX 4DDAA 2Z12A 4CFPA 4NGOA 4FJRA 3T36A 4XJIA 3WW6A 1C46A 3TMUA 2D4JA 2LZ2A 3WXTA 2BQEA 1YKXX 1LHKA 1LSGA 3LYOA 1GFEA 1QUSA 1LTMA 1LSNA 3HFMY 4LYBA 3B6LA 4CGEA 1WQPA 1HMKA 3N9EA 1GB7A 1YL0X 1NHEA 4HV1A 1LZRA 4YEMA 1LZ8A 4XJFA 5C6IA 1GB6A 1TCYA 3EBAB 1IP7A 1GFKA 1AKIA 5KXLA 2MEBA 1IWUA 4HJYA 2A7DA 2MEHA 4H94A 4Z98A 2EKSC 3ULRA 2EPEA 2H5ZA 3WU9A 3W6AA 2YBHA 4XYYA 1JKDA 1BGIA 1XEIA 3AZ7A 3AZ5A 1HNLA 4HPEA 1IC7Y 1B7MA 3ATNA 4WM6A 5FDJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3RZ4A 3HT6A 1UIGA 2HTXA 3C7WA 1LYDA 240LA 127LA 1FLWA 1WQQA 3DMXA 4W54A 4I8SA 4ML7A 1L89A 1IOCA 5KXXA 1L12A 1C63A 4WMGA 1GEZA 1L70A 1G7LC 4DT3A 3SN6R 3QAKA 4Z46A 180LA 4OWBA 4H9BA 3TMVA 1IP3A 1GB2A 4EXMA 1SSYA 1B5VA 3J4GA 1SLYA 2LYMA 2OU8A 3WU8A 4PPOA 3ZVQA 3DNAA 4K5YA 4BS7A 1BB7A 1L38A 2ZQ4A 1C6EA 216LA 3GUPA 1CV4A 1SX7A 1L83A 4J1BA 1D0MA 1VDSA 5J7CA 2BQLA 1H87A 1KXWA 5F9UA 1IWWA 1C6MA 4DD0A 4HJZA 3M18B 256LA 1L50A 4ANRA 1C67A 5AMYA 1LZCA 3CSZA 1DQJC 1J1XY 1GB8A 3LZ2A 210LA 1RI8B 3IWRA 2CGIA 1C6LA 2BQFA 1L97A 3C8RA 3DKEX 5F14A 1L60A 3LYMA 171LA 1GEVA 4KT3A 1L64A 3GXKA 1GF8A 147LA 1JPOA 3LYZA 3D9AC 1UC0A 4II8A 225LA 193LA 174LA 1LMPA 1N4FA 1QDTA 4GRVA 1QTHA 3CDRA 4ARMB 163LA 2B6WA 1W08A 223LA 4WM1A 1JTOL 3HH5A 4TX7A 260LA 3WUNA 1EL1A 4N5RA 5KKIA 4EKRA 1LJHA 2BAAA 3C82A 3GXRA 2YVBA 5I4WA 4NSHA 9LYZA 3A93A 7LZMA 3TXGA 4PJ2C 1IY4A 1UICA 1ZURA 5FCPA 1GF5A 5LVJA 213LA 1GAZA 4G4BA 2CDSA 1IWXA 234LA 1OV7A 3RW8A 1NBYC 3CQLA 4N0JA 4H8ZA 4WL7A 4XENA 4NGZA 1ZWNA 5DL9A 1GFTA 1B7OA 1HHLA 5K7OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RZ4 A;  5E4P A;  1UIG A;  5KXO A;  1GBX A;  2HTX A;  4H1P A;  4NGL A;  1HFZ A;  1LJK A;  1IEE A;  4FDY A;  5A3Z A;  1FLW A;  4OWA A;  2DQC Y;  1WQQ A;  2CWI A;  3IJU A;  4IAS A;  4NG8 A;  4YEN A;  1IP4 A;  4I8S A;  4ML7 A;  5LA8 A;  4ETC A;  4GN5 C;  1LKR A;  5KXW A;  3QY4 A;  1IX0 A;  1IOC A;  3HBD A;  5KJ9 A;  4L41 A;  1GB0 A;  1UCO A;  5KXX A;  1UA6 Y;  1GHL A;  3P4Z A;  4WMG A;  4H9E A;  1GEZ A;  4DT3 A;  1G7L C;  1WQO A;  5LAF A;  4N1C C;  4CFO A;  3A3R X;  4H9F A;  2Z39 A;  2RSC A;  1I1Z A;  4Z46 A;  154L A;  5IDD A;  4DD9 A;  1HC0 A;  1WTN A;  4PRQ A;  4GCC A;  1HEP A;  1QQY A;  4NGJ A;  1YAP A;  4H9B A;  4OWB A;  4NHS A;  2D4I A;  1G7H C;  3TMV A;  1XSF A;  4TSB A;  5FST A;  1IP3 A;  3WVX A;  1GB2 A;  4N9R A;  1GFJ A;  1B5V A;  1JSE A;  2BPU A;  3J4G A;  1LYY A;  1NMM A;  1SLY A;  4C5F A;  1NF5 A;  4OOO A;  4I0C A;  2LYM A;  1CKC A;  1KXX A;  3LHM A;  2HEB A;  3WU8 A;  3AZ4 A;  4PPO A;  1GF9 A;  3W6E A;  3ZVQ A;  1GBO A;  1LCN A;  1ZVH L;  2BQK A;  2MEE A;  4GCB A;  1HEQ A;  1GE3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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