5E9RA

X-ray structure of the complex between lysozyme and the compound fac, cis-[ruii(co)3cl2(n3-mbi), mbi=n-methyl-benzimidazole
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title {Ru(CO)x}-core Complexes with N-Methylbenzimidazole (MBI) and 5,6-Dimethylbenzimidazole (DMBI) as Possible Metal Based Drugs and CO Release Materials. Synthesis, X-ray Structure and Evaluation of Cytotoxic Activity against Human Cancer Cells
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5e9rA00
2D4JA 1DKJA 4H8YA 3CSZA 4PPOA 1GFHA 2MEDA 1N4FA 1LMCA 4WM4A 2D4KA 5HMJA 1QQYA 4RDSA 1BQLY 1HC0A 2ZQ4A 4NGZA 4TWSA 5F9XA 1HELA 1OQMA 2C8PA 3WPJA 1LSMA 4TSBA 1UUZC 2DQCY 4NHQA 1LMPA 2FBBA 5LVGA 2CWIA 1KIPC 4H9HA 4AGAA 1B7SA 1REYA 4PRQA 1CKCA 1UA6Y 1LZNA 5LYMA 1OUFA 2Q0MX 1QTEA 1B7MA 5DN5A 1DI5A 1BVKC 4ZEEA 4H93A 207LA 4N9RA 4DDCA 3WL2A 4WLYA 3T36A 4L41A 4KL7A 2MEGA 4DWXA 1DPXA 4HJZA 1KXXA 1WVUA 4B1AA 4CHXA 4WL7A 4HV2A 1VDTA 1GFKA 2H5ZA 4RLMA 4XJFA 1JSFA 1GBXA 4QY9A 4I8SA 1B5VA 4LGKA 1REXA 4OOTA 2BLYA 1YILA 2BQNA 1B0DA 1UICA 2DQFC 2BQLA 3FE0A 3OJPA 4H9EA 4KXIA 3WU9A 1C43A 1IP6A 4Z3MA 1GEVA 1GBZA 1GHLA 1NKHA 2MEFA 3D3DA 1O23A 3LYOA 3IJUA 2LZ2A 5FELA 5KXWA 3WPKA 4GN3A 5LAGA 3AW7A 1B5XA 1JISA 2BQFA 1LZ5A 1IWVA 5II3A 1NMMA 1J1XY 3B6LA 1LMAA 1IP1A 1WQRA 5LIOA 3A67Y 1LZDA 1XEKA 2ZIKA 4H9BA 1NF5A 4PRUA 135LA 1GF7A 4KPMA 4LT3A 1QSAA 3J4GA 2Z18A 5DN4A 1OUDA 3B0IA 1C7PA 3G3AB 4WM2A 3A8ZA 3ZVQB 5LINA 4GCBA 4NIJA 3AGGG 4ZFPA 4WLDA 4HTKA 5I4WA 4ANRA 2BQIA 1GF9A 1IY3A 1HFZA 2F2NA 1NBZC 3RW8A 5C6IA 5APCA 1GBYA 2D4IA 5I4XA 1BHZA 5HMVA 5KXTA 1LSEA 4GLAA 1LZ8A 1IEEA 2BQHA 3CT1A 4EMNA 2W1YA 4Z41A 1FN5A 1GBOA 1D0MA 1HNLA 2DQDY 2HU3A 3A94A 4NHIA 2CJLA 1LYYA 2YVBA 2ZYCA 3WW5A 9LYZA 1GB6A 2YDGA 1YAOA 1T6VL 4H8XA 1B5YA 5L3HA 4D9ZA 1LSDA 1VEDA 1YL1X 2ZQ3A 3AZ7A 1B7OA 1CKHA 1GB7A 1WVVA 1CKFA 5FSTA 1ZV5L 4XN6A 4NGKA 1B9OA 1GE0A 1GE1A 4NGJA 5LYZA 4GN4A 1Z55A 3CT0A 5APEA 4N1CC 5FDJA 1HSWA 4X3BA 3WUMA 2YBMA 3N9EA 1VAUA 4MCKA 4NGVA 4CJ2A 1XGUC 1OUIA 4NHSA 1WQPA 5IELA 1RI8B 3K3TA 5E4PA 3WVYA 1CNSA 4GCFA 1NBYC 4TTDA 1D0KA 2Z38A 1YAPA 1AZFA 3LHMA 4G4BA 2C8OA 2BQEA 1JKCA 4TUNA 1LZSA 1JTTL 4WM5A 1IP7A 5DL9A 1DI4A 1GFJA 1LSPA 1LSAA 3A90A 4NEBA 4A7DA 4ETBA 1FKQA 2I25L 1H6MA 1MELL 2MEAA 4LYZA 1C46A 1F6RA 6LYZA 5ILFA 3J6KA 5KKIA 5L3IA 1LZ1A 3AJNA 1BWJA 3A6BY 1B5WA 4ZIXA 1CJ6A 1IWZA 4QGZA 1BB4A 4WLXA 5EBHA 3ULRA 4LT0A 1IC5Y 2YBIA 3F6ZA 1B7NA 4UWUA 5LA8A 3WUAA 1LHIA 2NWDX 4AXTA 1EQ5A 1GDXA 1LHMA 3CSQA 1DXJA 1IC4Y 3G3BB 1FDLY 1QIOA 4ET9A 1G7LC 1GFGA 3W3EA 2YBLA 1LMNA 133LA 1XFPL 5B07A 4C5FA 1GF8A 1YROA 3W6CA 1RJCB 4H9IA 3AW6A 3T6UA 4YF2A 1IC7Y 1IWWA 4DD7A 3EXDA 3P65A 5KY1A 1LZGA 5KKJA 1IIZA 3GXKA 1IWTA 1NDGC 1W6ZA 2LYZA 4GLVA 4MSTA 3WPLA 1B7PA 1EQ4A 2XTHA 4NWHA 1YIKA 4PJ2C 2W1XA 4U3XB 1FLWA 3TXDA 3TXHA 1EL1A 4NG1A 1JHLA 1LZBA 1NWGA 4HV1A 5KXNA 3W6AA 3WH1A 1OUJA 5M1YA 1J1OY 4HJYA 1D6PA 1IWYA 1D9UA 4PGJB 3TXJA 1CJ7A 4YEMA 5LVKA 1GB5A 2W1MA 5JENB 4CFPA 3CSRA 5DLAA 4B49A 4RW1A 1GBSA 1REMA 1XGTC 2EKSC 1GFAA 132LA 4E3UA 1F10A 4XJBA 193LA 1GB8A 1IOCA 1LMTA 1UACY 1IR9A 1LSBA 3FI7A 4WMGA 1P2CC 4HTNA 1GE4A 4YM8A 3W6BA 1B5UA 2G4PA 5LVHA 1JUGA 4LYCA 3VWOA 1GE3A 1VDQA 1BB7A 1UIBA 2HEAA 4DDAA 2DQJY 4YEOA 2YBNA 4WM1A 1IP5A 1AT6A 1OUEA 4UWVA 4NSGA 4R6CA 2CGIA 1ALCA 3IWRA 1LZRA 1QUTA 1HEOA 1MLCE 1DPWA 208LA 1LSNA 1IR7A 1LZTA 1NQIA 2F30A 2HUBA 4H1PA 2HEBA 1BGIA 1A4VA 1LHLA 5KXYA 2DBTA 4W94A 7LYZA 4OWHA 3ATNA 3IJVA 4LYMA 1TEWA 2BQJA 2MECA 4OWBA 1XGPC 3RT5X 154LA 1LZYA 4ML7A 1LJNA 2Z2EA 1JPOA 4N0JA 3A34A 4QEQA 4DD3A 5F81A 1JSEA 1CJ8A 2HTXA 3WU8A 5LAFA 1LZCA 1YKXX 4B4IA 3RZ4A 1RFPA 3SP3A 4FJRA 3B0KA 5HNLA 1YAQA 1PS5A 2ZNWY 4NHPA 1LZ4A 4N5RA 4XJIA 1GFEA 3TMVA 1OUBA 3WXUA 1GBWA 2HEFA 1UIHA 1IWXA 1V7SA 2BQMA 2YSSC 4J1AA 1UBZA 5K7OA 5KXXA 1PZYA 2F4GA 3AZ4A 5C6LA 5KXSA 1BB6A 2BQKA 1UIGA 1YAMA 4XADA 3AZ6A 4H91A 4HTQA 4LYBA 4J7VA 3M3UA 3LYTA 3A93A 4OWCA 1KXWA 5APFA 5APDA 2EIZC 4DD0A 1OP9B 1D0LA 4CFOA 3LZTA 1B7QA 3A3RX 4NSHA 4DC4A 1JTOL 5IHGA 4NY5A 1I20A 1EQEA 1G7HC 1SQ2L 2BQAA 4TSCA 3W6EA 3CT5A 1B2KA 5HLLA 4WL6A 4ETEA 4HPEA 1CKDA 1LPIA 1JJ0A 2RSCA 3TXEA 1F6SA 4NFVA 1WQNA 1YL0X 4HP0A 5I53A 5KXKA 2DQGY 1XGQC 1FLYA 3A91A 1JKBA 4B4JA 4Z98A 5B1FA 3AYQA 1LSYA 2WARA 2H9KA 2G4QA 1W08A 1HMKA 3WULA 2D6BA 4J1BA 3EMSA 2EQLA 4DT3A 5KXRA 1D6QA 1LAAA 1LYZA 2HEEA 5A3ZA 1GPQC 2XBRA 3QY4A 4WM3A 4C3WA 4LYTA 4DDBA 3EO5A 3LN2A 4H8ZA 3TXBA 1LHHA 1VATA 1TAYA 1H87A 1GWDA 1HEWA 1GAZA 3WUNA 1IX0A 1HSXA 1LSCA 3N9AA 1HHLA 4B0DA 5LXWA 1OUCA 1HEQA 2BAAA 3P66A 2G4NA 1JIYA 1GB9A 1TDYA 2PC2A 4FDYA 4WLTA 3WYHA 2YBJA 4HSFA 1C45A 1GAYA 1LZ6A 4LFPA 5B05A 4NG8A 5AMYA 1GFRA 1LKRA 3CQLA 1IOSA 1CJ9A 1LJ4A 1GXV2 2Z19A 2I6ZA 1IVMA 1GB0A 2Y8PA 3AB6A 3TMUA 1IP4A 4H92A 3BKVA 1KIRC 4QDNA 2AUBA 1REZA 1GB3A 1JWRA 1DZBX 1HFXA 3WU7A 1JKAA 2EPEA 3LYMA 4LZTA 1C10A 1LSGA 1NHEA 1UIEA 5L9JA 1TCYA 5D5CA 3WMKA 3E3DA 1B7RA 2FBDA 2N5ZA 4TX7A 5D5FA 1QUSA 4WG7A 3ZVQA 2BQBA 3TXKA 3HFMY 3WW6A 5FEKA 4BAFA 4M6DA 3AGHA 1A2YC 3P4ZA 4ET8A 1JJ3A 3TXFA 3TMXA 1DI3A 1IP3A 4DD2A 1J1PY 4CGEA 4LFXA 1LJIA 1IP2A 4M4OA 3TXIA 1RE2A 4H9FA 1GB2A 2BQDA 1YQVY 1BB5A 1LJFA 1GF4A 3TMWA 1VDSA 1IY4A 1LJKA 1LZ9A 1GFTA 1IORA 4OWEA 1VDPA 4NSJA 5KXPA 5KXMA 2X0AA 5F14A 1LJEA 2B5ZA 2BLXA 1WTNA 2Z12A 2LYOA 2BQGA 5E9RA 3A6CY 1LSZA 5KXOA 2I26L 1C08C 2LYMA 1IOTA 1WQMA 1UIDA 5F9UA 2DKVA 4P2EA 2HEDA 1LHKA 5IDDA 4LT2A 2IFFY 2BQCA 1QDRA 4LYOA 1F0WA 1UIAA 4XJDA 4NGWA 5A3EA 2BQOA 4I0CA 4EOFA 2VB1A 4DD9A 2ZNXY 3P64A 1LOZA 5LVJA 3HBHA 3N9CA 1GF3A 1LSFA 1LKSA 4BAPA 1LJ3A 1GDWA 1GXXA 1VFBC 2HU1A 5HQ1A 4OOOA 2GV0A 1CKGA 1GE2A 1LYOA 2MEHA 1LTMA 3AGIA 1JJ1A 4BADA 5DM9A 2DQAA 3EBAB 3A96A 4GCCA 4H94A 4Z46A 1BWHA 1KIQC 1IOQA 4LT1A 3MGWA 3M18B 1AKIA 1FBIX 1GD6A 2YBHA 4G9SA 4GCEA 1B5ZA 1LMQA 4DYGA 4NHTA 5T3FA 1SLYA 4H9CA 4WG1A 1G7MC 5KJ9A 1WTMA 1AT5A 4NGYA 4GN5C 3TXGA 3W6DA 5KXLA 5ILCA 5FHWA 3ZEKA 1GEZA 4ETCA 2DQIY 3A95A 1LJJA 1XSFA 4XJGA 3KAMA 4YOPA 4H90A 2ZWBA 2LHMA 2FYDA 3LYZA 1JKDA 1HEMA 1UC0A 5FCPA 3OK0A 1XEIA 2BPUA 4XJHA 2Z37A 1UCOA 3GXRA 1G7IC 1E8LA 1AM7A 3CB7A 1ZMYL 5KXZA 1IWUA 1LZAA 4ETAA 1DKKA 3QE8A 5I4YA 1XEJA 1FKVA 3A3QA 3HBDA 3W6FA 5C6JA 1BWIA 1LJGA 1LJHA 1YANA 4NGLA 5B06A 4MR1A 4YENA 2Z2FA 3WXTA 2CDSA 4DD1A 1YKYX 1ZVHL 2ZYPA 3D9AC 6LYTA 1G7JC 1HMLA 3AZ5A 5LVIA 1JITA 1FLQA 3P68A 4HPIA 4RW2A 1HFYA 153LA 1LZEA 2DQEY 1JEFA 2H9JA 1XGRC 4NSIA 1BVXA 1QDTA 3A92A 4J0LA 1WQQA 4R0FA 1KXYA 134LA 3HBEX 4HJVA 2MEIA 4RLNA 4H9AA 4G4CA 1GF5A 1JTPL 1I1ZA 4OWAA 2IHLA 1LMOA 2DQHY 1GFUA 5LYTA 4W96A 4WO9A 1HF4A 3BKHA 2ZIJA 1RCMA 4O34A 4IATA 1IR8A 2ZILA 2XBSA 3RU5A 2MEEA 2A7DA 1QSWA 2Z39A 1OUAA 1UIFA 4ETDA 4IJ4A 3B72A 4B4EA 1HEPA 2A7FA 3RNXA 1GFVA 3QNGA 4G4HA 3WVXA 4WM6A 5I54A 1LCNA 2LZTA 4II8A 4GCDA 4XENA 5B59A 1TBYA 4WOAA 5B1GA 8LYZA 1IO5A 1GF6A 4N8ZA 5J7CA 4BS7A 1LHJA 4G49A 2W1LA 3LZ2A 5I5QA 2FYCA 1FLUA 1HERA 1YKZX 4XYYA 2F4AA 4PHIA 1WQOA 1OUHA 4IASA 1QTKA 1INUA 4NGIA 2MEBA 2HECA 3ATOA 3B0OA 5F16A 4NGOA 1ZVYB 1BB3A 4N1EI 5LA5A 1B7LA 1V7TA 1I56A 1HENA 4NWEA 194LA 4UWNA 2XJWA 1NDMC 1OUGA 1DQJC 1T3PA 4OW1A 5HNCA 2D91A 1LYSA 1GF0A 4KT3A 4WO6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2D4JA 4H8YA 2D4KA 1L72A 2ZQ4A 4NGZA 256LA 1OQMA 3HTFA 2DQCY 4NHQA 1KIPC 1DYEA 4H9HA 1B7SA 1UA6Y 1LZNA 1OUFA 2Q0MX 3DN6A 2B6ZA 207LA 4DDCA 3CDVA 3L64A 2MEGA 219LA 4DWXA 187LA 4WL7A 2RB1X 4RLMA 1GFKA 1JSFA 1GBXA 1B5VA 1REXA 4OOTA 1QS9A 2B6XA 1UICA 1QTVA 1GHLA 3IJUA 2LZ2A 1T8FA 1CUQA 3AW7A 1B5XA 1L17A 1LWGA 1LW9A 1LZ5A 5II3A 1J1XY 3B6LA 3A67Y 1LZDA 1L89A 109LA 4KPMA 1OV5A 3HT6A 252LA 1C7PA 218LA 4GCBA 1LYGA 1L41A 1L59A 1T6HA 1L25A 4GLAA 1L53A 1D0MA 2DQDY 3A94A 2CJLA 9LYZA 1L15A 3DN3A 3DN0A 4H8XA 1B5YA 1B7OA 1DYCA 1GB7A 1ZV5L 3C80A 4GN4A 1Z55A 2RBRA 1HSWA 4X3BA 230LA 2YBMA 1VAUA 1D3FA 1OUIA 5IELA 4GCFA 2Z38A 3LHMA 3CDTA 1JKCA 4A7DA 1MELL 5L3IA 1F6RA 4GRVA 3AJNA 1L44A 3OE0A 4ZIXA 1D3JA 4WLXA 1IC5Y 1G07A 6LZMA 245LA 4AXTA 1L94A 1DXJA 1G7LC 1L46A 3W3EA 1LMNA 4C5FA 110LA 4DD7A 5KY1A 120LA 1NDGC 4MSTA 1EQ4A 1LWKA 4PJ2C 1FLWA 4NG1A 1LZBA 4HV1A 5M1YA 1OUJA 259LA 1D6PA 1D9UA 5JENB 4YEMA 1QTBA 1C6FA 1IR9A 4HTNA 5LVHA 1B5UA 2G4PA 215LA 1P3NA 1VDQA 2HEAA 226LA 1OUEA 4R6CA 3IWRA 1C6BA 1SWZA 3HTBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2D4J A;  1DKJ A;  4H8Y A;  3CSZ A;  4PPO A;  1GFH A;  2MED A;  1N4F A;  1LMC A;  4WM4 A;  2D4K A;  5HMJ A;  1QQY A;  4RDS A;  1BQL Y;  1HC0 A;  2ZQ4 A;  4NGZ A;  4TWS A;  5F9X A;  1HEL A;  1OQM A;  2C8P A;  3WPJ A;  1LSM A;  4TSB A;  1UUZ C;  2DQC Y;  4NHQ A;  1LMP A;  2FBB A;  5LVG A;  2CWI A;  1KIP C;  4H9H A;  4AGA A;  1B7S A;  1REY A;  4PRQ A;  1CKC A;  1UA6 Y;  1LZN A;  5LYM A;  1OUF A;  2Q0M X;  1QTE A;  1B7M A;  5DN5 A;  1DI5 A;  1BVK C;  4ZEE A;  4H93 A;  207L A;  4N9R A;  4DDC A;  3WL2 A;  4WLY A;  3T36 A;  4L41 A;  4KL7 A;  2MEG A;  4DWX A;  1DPX A;  4HJZ A;  1KXX A;  1WVU A;  4B1A A;  4CHX A;  4WL7 A;  4HV2 A;  1VDT A;  1GFK A;  2H5Z A;  4RLM A;  4XJF A;  1JSF A;  1GBX A;  4QY9 A;  4I8S A;  1B5V A;  4LGK A;  1REX A;  4OOT A;  2BLY A;  1YIL A;  2BQN A;  1B0D A;  1UIC A;  2DQF C;  2BQL A;  3FE0 A;  3OJP A;  4H9E A;  4KXI A;  3WU9 A;  1C43 A;  1IP6 A;  4Z3M A;  1GEV A;  1GBZ A;  1GHL A;  1NKH A;  2MEF A;  3D3D A;  1O23 A;  3LYO A;  3IJU A;  2LZ2 A;  5FEL A;  5KXW A;  3WPK A;  4GN3 A; 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 1LJH A;  1YAN A;  4NGL A;  5B06 A;  4MR1 A;  4YEN A;  2Z2F A;  3WXT A;  2CDS A;  4DD1 A;  1YKY X;  1ZVH L;  2ZYP A;  3D9A C;  6LYT A;  1G7J C;  1HML A;  3AZ5 A;  5LVI A;  1JIT A;  1FLQ A;  3P68 A;  4HPI A;  4RW2 A;  1HFY A;  153L A;  1LZE A;  2DQE Y;  1JEF A;  2H9J A;  1XGR C;  4NSI A;  1BVX A;  1QDT A;  3A92 A;  4J0L A;  1WQQ A;  4R0F A;  1KXY A;  134L A;  3HBE X;  4HJV A;  2MEI A;  4RLN A;  4H9A A;  4G4C A;  1GF5 A;  1JTP L;  1I1Z A;  4OWA A;  2IHL A;  1LMO A;  2DQH Y;  1GFU A;  5LYT A;  4W96 A;  4WO9 A;  1HF4 A;  3BKH A;  2ZIJ A;  1RCM A;  4O34 A;  4IAT A;  1IR8 A;  2ZIL A;  2XBS A;  3RU5 A;  2MEE A;  2A7D A;  1QSW A;  2Z39 A;  1OUA A;  1UIF A;  4ETD A;  4IJ4 A;  3B72 A;  4B4E A;  1HEP A;  2A7F A;  3RNX A;  1GFV A;  3QNG A;  4G4H A;  3WVX A;  4WM6 A;  5I54 A;  1LCN A;  2LZT A;  4II8 A;  4GCD A;  4XEN A;  5B59 A;  1TBY A;  4WOA A;  5B1G A;  8LYZ A;  1IO5 A;  1GF6 A;  4N8Z A;  5J7C A;  4BS7 A;  1LHJ A;  4G49 A;  2W1L A;  3LZ2 A;  5I5Q A;  2FYC A;  1FLU A;  1HER A;  1YKZ X;  4XYY A;  2F4A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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