5F81A

Acoustic injectors for drop-on-demand serial femtosecond crystallography
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Acoustic Injectors for Drop-On-Demand Serial Femtosecond Crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5f81A00
1B7NA 1C45A 3A34A 5IDDA 3A6BY 1UIBA 3TXHA 5KKJA 1GB6A 4B4IA 1JTPL 3ATOA 1A4VA 1YAOA 2HUBA 4HV1A 4XADA 2LYOA 8LYZA 2ZIJA 4XJFA 2H9JA 1IORA 4LYTA 3TMWA 1FN5A 2ZQ4A 4LFXA 1LMAA 3WU7A 1JJ3A 1JTOL 4YOPA 1B7LA 4NGIA 1IC4Y 1XGTC 1GD6A 2YBIA 4XN6A 1GE0A 1GFGA 4CGEA 3HFMY 1GB3A 3A90A 3P68A 4J0LA 4RLMA 1GPQC 3N9EA 4PRUA 1FLYA 1OUBA 1D0LA 1YKXX 1GF8A 1TBYA 1WQPA 3LYTA 4NIJA 1YL1X 1SQ2L 1A2YC 2Z2FA 4ETAA 1JSEA 2HEDA 4NSJA 3A91A 3OK0A 5F14A 3A96A 1YQVY 1JKBA 1HERA 5LAGA 2C8OA 1LHKA 4J1AA 2HEAA 4NGWA 4P2EA 2BQGA 1LMOA 1GFRA 3W6DA 3HBHA 4UWNA 1LSCA 1CJ7A 4YM8A 1LZ1A 2W1YA 1CJ8A 4WL7A 4NSIA 1LHLA 2W1LA 4RW1A 1HC0A 2YSSC 5C6IA 2XBRA 5HNLA 4GN4A 3VWOA 3AW7A 1VDQA 5KXPA 1CNSA 1GB7A 1WTMA 135LA 1W08A 194LA 2BQEA 1YAQA 5FHWA 2Z39A 4NG8A 1JUGA 3B6LA 1DKKA 3HBEX 1EQ4A 1LKRA 3RZ4A 3IWRA 2EIZC 1DQJC 1XEKA 1LSBA 1GF7A 5D5CA 1GDWA 4M6DA 1B0DA 3WUAA 1EQ5A 1LSMA 4QEQA 4LFPA 5A3ZA 153LA 1LMPA 1NHEA 1IWVA 1AM7A 3CT5A 4OOTA 1UBZA 4I8SA 2I6ZA 1DI4A 5LYTA 4XENA 3AZ7A 2CJLA 1IWXA 4DD0A 2YDGA 4TUNA 1JITA 1DPXA 1LHHA 1LZEA 3LZTA 5LVJA 1CJ6A 1LAAA 1B5YA 4PGJB 4G49A 2LHMA 2HTXA 5F9UA 4NHPA 4OWAA 5B59A 1NBZC 1IP5A 2DBTA 2Z2EA 1GEZA 1IOQA 1REMA 2BQBA 3EMSA 1EQEA 1V7TA 4WG1A 5KXNA 3T36A 3W6EA 5I4XA 5LINA 2DQGY 2DQCY 1GBSA 1RE2A 4PRQA 1ZV5L 1B2KA 1YANA 5DN4A 2Z38A 1GB8A 3QNGA 4DDAA 3WU9A 2HU3A 3IJUA 1J1XY 1AZFA 4TWSA 5I53A 4YEMA 1OUDA 2FBDA 2ZNXY 2XTHA 3A8ZA 1OUGA 4WM3A 1UA6Y 1HNLA 1HHLA 207LA 1B5XA 3F6ZA 1H87A 1F6RA 2VB1A 1LJIA 2Y8PA 1XGRC 1OUJA 1CKGA 4NWHA 1G7MC 3OJPA 5L3IA 6LYZA 1AT6A 1LSDA 4H94A 2BLYA 4EMNA 1ZVYB 4CJ2A 4XJBA 1UIGA 2D4KA 4WLXA 1OQMA 1T6VL 4E3UA 4EOFA 1IY3A 3A6CY 3ZEKA 2I25L 1Z55A 1TCYA 1B7RA 1NMMA 5HLLA 1GE1A 1FDLY 2YBNA 193LA 1JJ0A 3AZ6A 1LYSA 1YROA 4R0FA 5APFA 5B07A 4QY9A 1GF5A 1QUTA 1BWJA 1CKFA 6LYTA 4H92A 132LA 4HTNA 4C5FA 4DDCA 1GBYA 5LA8A 1JKDA 1UIAA 3TXJA 2CGIA 5D5FA 3TXIA 1JPOA 1QSWA 3D3DA 4WG7A 2RSCA 5HQ1A 4WM1A 7LYZA 1LSYA 1WQQA 1LSEA 1WVUA 2BQCA 1GBOA 4ETCA 1HSWA 1LZYA 2BQHA 2C8PA 4KL7A 3QY4A 3T6UA 4XYYA 3TXFA 1VFBC 1YILA 2N5ZA 2ZWBA 1DXJA 3WXTA 4DC4A 2CWIA 1QTKA 4GCDA 1LZ9A 1IVMA 5HNCA 3A92A 4H9EA 1LJKA 1LZ4A 3LHMA 4G4HA 4Z3MA 4ZIXA 1VDPA 2WARA 5KXRA 1LZDA 1IR9A 4U3XB 1GBWA 4I0CA 1UIDA 3WPKA 4CHXA 4H91A 1KIRC 5E9RA 4MSTA 4R6CA 1IX0A 4H8YA 3RW8A 1B5ZA 4LYCA 1IP2A 3CB7A 2D91A 1HFYA 4HSFA 5FEKA 4Z46A 5C6LA 4J1BA 1C7PA 1UCOA 1XSFA 3A94A 1IWWA 3G3AB 1ZMYL 4TTDA 2ZIKA 3ATNA 1J1OY 1HEWA 2MEIA 1IWTA 4G4CA 1XEIA 1GFAA 1AKIA 1G7HC 5FDJA 5DN5A 4M4OA 3CT0A 3W6BA 3RT5X 1BVKC 4B1AA 1DI5A 1FLUA 1VAUA 1ZVHL 3B0KA 1LKSA 1G7LC 4NEBA 1GE4A 4BAPA 4DYGA 3QE8A 1GDXA 1GF4A 1GFUA 1GEVA 1IEEA 1QTEA 1E8LA 4IATA 4NG1A 1F6SA 1O23A 1F0WA 2BQIA 2I26L 4HPIA 4WM2A 5KXMA 4H90A 3A93A 133LA 1GB0A 2FYDA 1LZRA 2YBJA 5K7OA 5KXZA 2ZNWY 1IR8A 2BAAA 1LZ5A 4NGYA 4WO9A 3MGWA 4IJ4A 4GCCA 2G4QA 4NY5A 4NGOA 1JEFA 3W6AA 2Z12A 5E4PA 1LSGA 1B7QA 4YEOA 1LOZA 2H5ZA 4OW1A 4OOOA 1GXXA 3AJNA 1C43A 3ZVQB 3A67Y 1FKVA 4OWHA 1I20A 2F4AA 1LZCA 1IWUA 1LSAA 1LSPA 5II3A 4NWEA 1UIEA 1VATA 3EBAB 3RNXA 5I54A 2LZ2A 4HPEA 4J7VA 4HTKA 4H93A 5KXOA 1J1PY 1UACY 1YKYX 2BQKA 5KXYA 1LTMA 154LA 5ILCA 4WLTA 1GFEA 5J7CA 4GN5C 3WPLA 4XJGA 4ETDA 1IWYA 1XGUC 2DQDY 2D4IA 3P4ZA 4WOAA 1REZA 1WQRA 1GBZA 3J4GA 1OUIA 1B5UA 5DL9A 1AT5A 3TXEA 4PHIA 2MEGA 1IOSA 4XJHA 5B1FA 1IC5Y 3LN2A 1HFXA 4LYMA 2ZQ3A 3BKVA 4LZTA 5LVIA 3ZVQA 3WW6A 5F16A 4TX7A 1LZBA 2IHLA 4N1EI 5F81A 1GFHA 1JKCA 2ZILA 1MELL 4NHIA 4XJDA 2B5ZA 3HBDA 2EQLA 3P64A 4NGZA 4NGVA 4RW2A 1KIQC 1LZ8A 1FLQA 1VDTA 3TMUA 3WL2A 2GV0A 1JIYA 2Z18A 4LT1A 5KY1A 1XEJA 1HEPA 1CKHA 4DD1A 1G7JC 4ZFPA 1LYZA 5LA5A 1SLYA 1GAZA 4ET8A 1LJEA 1BB7A 3AW6A 1G7IC 4N1CC 1D9UA 1QIOA 3SP3A 4ANRA 4HTQA 1LZAA 1HENA 4MR1A 3TXKA 3WYHA 3EXDA 1TAYA 1LSNA 1LZ6A 4QDNA 1D0MA 1INUA 4WLYA 1LZNA 1YAMA 4LT2A 4RLNA 1T3PA 1B7MA 1DKJA 2YBHA 3GXRA 2BQDA 2PC2A 4H8XA 1IP4A 5LVKA 4MCKA 1DPWA 4DD3A 5KXKA 1QDRA 4RDSA 2H9KA 3CQLA 3WH1A 3CSZA 3BKHA 4WM5A 4YENA 2DQFC 3TMVA 2HU1A 2MECA 1WTNA 1LMQA 4ML7A 4H9CA 3WU8A 1VDSA 4N9RA 2LZTA 5T3FA 1TDYA 5L3HA 4D9ZA 1GHLA 1RCMA 2ZYPA 1ALCA 2DQIY 4HJYA 1F10A 2ZYCA 2Z19A 1HEQA 3WVYA 2MEDA 3D9AC 4XJIA 4NHQA 5APDA 208LA 2DQEY 1PZYA 2LYMA 1IP3A 1QUSA 1HMKA 1NDGC 3LYOA 3IJVA 1GFVA 1IY4A 2XJWA 1C10A 4LYZA 1IIZA 1JJ1A 1WQOA 1HSXA 4KXIA 5KXLA 2FBBA 1LPIA 3CSQA 4PJ2C 3WUNA 4G9SA 5C6JA 4GLAA 5LXWA 3N9CA 4ET9A 3TXDA 1HELA 1UIHA 1DZBX 2BQAA 2HEBA 4PPOA 1HEOA 1QQYA 9LYZA 2DQHY 1NBYC 3WXUA 1GE3A 1LJNA 5IHGA 1KXWA 4WO6A 1IOCA 5A3EA 4WMGA 1LMCA 2Z37A 2MEHA 1N4FA 2Q0MX 1LCNA 1BGIA 4H9FA 5ILFA 1OUAA 1RI8B 4GCFA 3N9AA 4AGAA 4DWXA 1LHMA 2MEAA 3A3RX 4CFPA 2NWDX 2A7FA 4GLVA 5LYZA 1RJCB 4WL6A 2IFFY 4TSCA 3B0OA 3EO5A 4ETBA 2BQFA 2D6BA 4LT3A 1OUFA 2AUBA 1LJGA 1EL1A 1RFPA 2YBLA 3A95A 3P66A 3P65A 1JTTL 4A7DA 1XGPC 3AB6A 1UUZC 2F30A 3LZ2A 5HMVA 2X0AA 2G4NA 4DDBA 2BQNA 3FI7A 1NKHA 2CDSA 4H1PA 4NHSA 1IO5A 4AXTA 4LT0A 4GCBA 134LA 4GCEA 1WQNA 1LHJA 5DLAA 5EBHA 4NSHA 5B1GA 1BB5A 4B4JA 1YIKA 1BB3A 1I1ZA 1LZGA 5APEA 3WUMA 1BHZA 1OUEA 1LJ3A 2XBSA 2BLXA 3AZ5A 1GB5A 1LJFA 2BQLA 4IASA 1GXV2 3B72A 4UWUA 1C08C 2MEBA 4OWCA 4BADA 4ZEEA 1BQLY 4OWBA 4X3BA 4DT3A 1YKZX 5FCPA 2FYCA 1LMNA 5AMYA 1GE2A 1LZSA 3W3EA 1QSAA 1XFPL 2W1MA 4C3WA 3WULA 4H9HA 4HJVA 2A7DA 2D4JA 1BWIA 4KPMA 1IR7A 4W94A 3K3TA 4H9BA 1B7OA 1GAYA 1IP7A 1UC0A 1OUCA 3AGHA 2HEEA 2LYZA 4G4BA 4H9AA 4LGKA 4Z41A 1W6ZA 5M1YA 4GN3A 1IP6A 1P2CC 4FDYA 1HMLA 4DD9A 4LYOA 5B05A 1FBIX 3G3BB 4WLDA 2BQOA 1PS5A 4H8ZA 3WW5A 5FSTA 1HFZA 1LSZA 1D6PA 1CKDA 1JKAA 1KXYA 1LHIA 1LMTA 1KIPC 1TEWA 1LSFA 1YAPA 1LJJA 2DQJY 2YVBA 3CT1A 4II8A 4TSBA 3RU5A 1JISA 1NWGA 1YL0X 4NSGA 3J6KA 1JHLA 1GFKA 1B7SA 3AYQA 5LVHA 1GWDA 5KXXA 5KXSA 3AGIA 1LJ4A 5DM9A 2YBMA 5I4YA 5HMJA 5FELA 2MEFA 4DD2A 1LJHA 1CJ9A 1GF0A 3E3DA 1NF5A 1D0KA 4DD7A 5KKIA 5KXTA 2DQAA 3M18B 3W6CA 3ULRA 5IELA 5LAFA 4WM4A 4B0DA 5I5QA 3AZ4A 4KT3A 4YF2A 1FKQA 4LYBA 1WVVA 4L41A 1HF4A 1B5VA 4B4EA 3GXKA 4NHTA 4W96A 4UWVA 1WQMA 1H6MA 3B0IA 4HJZA 1GB2A 1KXXA 4OWEA 1XGQC 4FJRA 1QDTA 4ETEA 1FLWA 3W6FA 1UIFA 4N0JA 5I4WA 1JWRA 2F2NA 1LYOA 1B9OA 4HP0A 1OUHA 1GFTA 2DKVA 5APCA 4B49A 1C46A 1B7PA 4CFOA 1B5WA 1GBXA 1REYA 1GFJA 1MLCE 2MEEA 1NDMC 2HEFA 4H9IA 1GF3A 3TMXA 5LVGA 1I56A 1LYYA 1IOTA 1GB9A 1V7SA 3TXGA 1D6QA 2W1XA 1REXA 3LYMA 1BVXA 1GF9A 2BQJA 1BB6A 1OP9B 3AGGG 4Z98A 5LYMA 2F4GA 2G4PA 1HEMA 3KAMA 3WVXA 3CSRA 3M3UA 1IWZA 4WM6A 4HV2A 1IP1A 2EPEA 4O34A 2BQMA 3WPJA 4NFVA 2HECA 1JSFA 5KXWA 3TXBA 1CKCA 1DI3A 1IC7Y 4N8ZA 5F9XA 1VEDA 1BWHA 3A3QA 3FE0A 4N5RA 5B06A 5L9JA 1GF6A 1BB4A 3LYZA 2EKSC 5LIOA 3WMKA 5KJ9A 5JENB 2BPUA 4NGKA 4BAFA 4BS7A 4QGZA 1UICA 1LZTA 1NQIA 4NGLA 4NGJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C45A 1L49A 1A4VA 3HU8A 4XJFA 4LYTA 2ZQ4A 1L94A 1LYFA 1B7LA 4YOPA 3P68A 1GB3A 2RBOA 234LA 3N9EA 1FLYA 1GF8A 244LA 1WQPA 1QT4A 4NIJA 1A2YC 1L09A 2Z2FA 1JSEA 2HEDA 1YQVY 5LAGA 1HERA 2C8OA 1LHKA 2BQGA 1GFRA 2B74A 4UWNA 3W6DA 1CJ7A 3C82A 3OE8A 1LHLA 3C7YA 5C6IA 4GN4A 3VWOA 3AW7A 1OVKA 1CNSA 1L25A 1WTMA 135LA 1W08A 240LA 2BQEA 1YAQA 131LA 3IWRA 2EIZC 5D5CA 3C8SA 1B0DA 1SSYA 3C8QA 4LFPA 1IWVA 249LA 1C6TA 1UBZA 5LYTA 4DD0A 3V2WA 1L71A 1LZEA 1LAAA 1B5YA 1L83A 3CDTA 1L39A 1CX6A 1IP5A 3L2XA 161LA 3DN8A 4WG1A 4ZPUA 2DQCY 1RE2A 148LE 3QNGA 1GB8A 2FBDA 2XTHA 3G3XA 1CUQA 1QTHA 3CDVA 207LA 1OV5A 2Y8PA 5L3IA 1T6HA 1AT6A 4CJ2A 1NHBA 3A6CY 1NMMA 1GE1A 3C8RA 1QUTA 6LYTA 4DDCA 1GBYA 1UIAA 180LA 2ANXA 4WG7A 2RSCA 1LI6A 1LSYA 1WQQA 1WVUA 1KY0A 1GBOA 1L03A 2OTZX 1HSWA 1LZYA 2BQHA 4EJ4A 4ETCA 4XYYA 2N5ZA 3RUNA 1QTKA 3A92A 4H9EA 1L11A 4Z3MA 1LZ4A 1VDPA 1IR9A 4U3XB 3PBLA 2RBSA 4W59A 4H8YA 3RW8A 4LYCA 1HFYA 4IAPA 150LA 5C6LA 4J1BA 1C7PA 1UCOA 1XSFA 1L50A 1L60A 178LA 1L91A 1J1OY 1HEWA 1L45A 1L05A 1L07A 3LZMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B7N A;  1C45 A;  3A34 A;  5IDD A;  3A6B Y;  1UIB A;  3TXH A;  5KKJ A;  1GB6 A;  4B4I A;  1JTP L;  3ATO A;  1A4V A;  1YAO A;  2HUB A;  4HV1 A;  4XAD A;  2LYO A;  8LYZ A;  2ZIJ A;  4XJF A;  2H9J A;  1IOR A;  4LYT A;  3TMW A;  1FN5 A;  2ZQ4 A;  4LFX A;  1LMA A;  3WU7 A;  1JJ3 A;  1JTO L;  4YOP A;  1B7L A;  4NGI A;  1IC4 Y;  1XGT C;  1GD6 A;  2YBI A;  4XN6 A;  1GE0 A;  1GFG A;  4CGE A;  3HFM Y;  1GB3 A;  3A90 A;  3P68 A;  4J0L A;  4RLM A;  1GPQ C;  3N9E A;  4PRU A;  1FLY A;  1OUB A;  1D0L A;  1YKX X;  1GF8 A;  1TBY A;  1WQP A;  3LYT A;  4NIJ A;  1YL1 X;  1SQ2 L;  1A2Y C;  2Z2F A;  4ETA A;  1JSE A;  2HED A;  4NSJ A;  3A91 A;  3OK0 A;  5F14 A;  3A96 A;  1YQV Y;  1JKB A;  1HER A;  5LAG A;  2C8O A;  1LHK A;  4J1A A;  2HEA A;  4NGW A;  4P2E A;  2BQG A;  1LMO A;  1GFR A;  3W6D A;  3HBH A;  4UWN A;  1LSC A;  1CJ7 A;  4YM8 A;  1LZ1 A;  2W1Y A;  1CJ8 A;  4WL7 A;  4NSI A;  1LHL A;  2W1L A;  4RW1 A;  1HC0 A;  2YSS C;  5C6I A;  2XBR A;  5HNL A;  4GN4 A;  3VWO A;  3AW7 A;  1VDQ A;  5KXP A;  1CNS A;  1GB7 A; 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 5DM9 A;  2YBM A;  5I4Y A;  5HMJ A;  5FEL A;  2MEF A;  4DD2 A;  1LJH A;  1CJ9 A;  1GF0 A;  3E3D A;  1NF5 A;  1D0K A;  4DD7 A;  5KKI A;  5KXT A;  2DQA A;  3M18 B;  3W6C A;  3ULR A;  5IEL A;  5LAF A;  4WM4 A;  4B0D A;  5I5Q A;  3AZ4 A;  4KT3 A;  4YF2 A;  1FKQ A;  4LYB A;  1WVV A;  4L41 A;  1HF4 A;  1B5V A;  4B4E A;  3GXK A;  4NHT A;  4W96 A;  4UWV A;  1WQM A;  1H6M A;  3B0I A;  4HJZ A;  1GB2 A;  1KXX A;  4OWE A;  1XGQ C;  4FJR A;  1QDT A;  4ETE A;  1FLW A;  3W6F A;  1UIF A;  4N0J A;  5I4W A;  1JWR A;  2F2N A;  1LYO A;  1B9O A;  4HP0 A;  1OUH A;  1GFT A;  2DKV A;  5APC A;  4B49 A;  1C46 A;  1B7P A;  4CFO A;  1B5W A;  1GBX A;  1REY A;  1GFJ A;  1MLC E;  2MEE A;  1NDM C;  2HEF A;  4H9I A;  1GF3 A;  3TMX A;  5LVG A;  1I56 A;  1LYY A;  1IOT A;  1GB9 A;  1V7S A;  3TXG A;  1D6Q A;  2W1X A;  1REX A;  3LYM A;  1BVX A;  1GF9 A;  2BQJ A;  1BB6 A;  1OP9 B;  3AGG G;  4Z98 A;  5LYM A;  2F4G A;  2G4P A;  1HEM A;  3KAM A;  3WVX A;  3CSR A;  3M3U A;  1IWZ A;  4WM6 A;  4HV2 A;  1IP1 A;  2EPE A;  4O34 A;  2BQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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