5F9UA

X-ray structure of the adduct between hen egg white lysozyme and cisplatin upon 24 hours of incubation at 20 degrees
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Effect of temperature on the interaction of cisplatin with the model protein hen egg white lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5f9uA00
5KXPA 1YANA 1OUCA 1LYZA 1H87A 1OUGA 3G3AB 5KXTA 2XBSA 2Z18A 4DD9A 1OUDA 2Z38A 1IWYA 1LYSA 4H9FA 3J4GA 4GCCA 1NBYC 1LHIA 3WXUA 1UICA 5FSTA 3WYHA 1UUZC 2YBLA 2ZWBA 2H9KA 4NWEA 4NGVA 1YKXX 1LYYA 5HMJA 1XEIA 4GLVA 1IP5A 1LJKA 4IASA 4HV2A 1QSAA 4UWNA 2DQGY 5F16A 5T3FA 1BGIA 3WPJA 3AB6A 1FLYA 1LMOA 5C6IA 3GXKA 4NGKA 1LSDA 4PHIA 1LHLA 5LYZA 1WVVA 1GB9A 1VDTA 1FBIX 4NHQA 4LGKA 3WUAA 4YF2A 5LYTA 4MR1A 1BVXA 1B7QA 1UCOA 5I4YA 4QDNA 1A4VA 1HMKA 1CJ8A 1CKGA 1NHEA 1B5YA 3A3RX 3AGHA 4H93A 4H92A 3T36A 4G9SA 4ETEA 1FN5A 1LZ9A 4WOAA 1BWHA 4H9HA 4KL7A 4H90A 2YBNA 1GFUA 3K3TA 1LZ4A 4H9BA 1QUSA 4QEQA 2HEBA 4YENA 4LYBA 5ILFA 1JIYA 3CSZA 4LT1A 2BPUA 2XTHA 3OK0A 1JJ3A 4PPOA 5APEA 1D0LA 1HSXA 4LYOA 5KJ9A 1IP3A 1TEWA 3AW6A 1TAYA 1LHJA 1AZFA 4HPIA 4XADA 3KAMA 1UC0A 1HELA 3TXHA 1LSZA 1B0DA 1YAQA 4WLYA 1D9UA 3AJNA 2ZYCA 3WW6A 1LJEA 1NQIA 1RJCB 4LYCA 1UA6Y 4A7DA 1F6RA 4PGJB 1C7PA 1LJ3A 5EBHA 4M6DA 1LSMA 1OQMA 3B0KA 3FE0A 3T6UA 5KKJA 2HEEA 7LYZA 4FJRA 1GE4A 2DQDY 3A6CY 5LA8A 1IR9A 1LZ8A 1IORA 1A2YC 1HEOA 1HEQA 4UWVA 1LZRA 1CKHA 3WW5A 3WPLA 3W3EA 5KXXA 4NSHA 3EBAB 2DQAA 3WVXA 3TMWA 1NMMA 2W1XA 1LHMA 1SLYA 2MEDA 2X0AA 4OWCA 3AW7A 1LJNA 3CB7A 2ZIJA 1WQOA 4WLTA 4NGOA 5APDA 4WL6A 1JTPL 4WLXA 2BQMA 1GEVA 1VDSA 2Y8PA 3TMXA 2N5ZA 4YEMA 1GF6A 3M3UA 4IATA 5KKIA 4J0LA 1REYA 1B5ZA 4TWSA 3TXBA 1IWUA 2CJLA 4PRQA 1REZA 3GXRA 2BQKA 3IWRA 1GFJA 4LT3A 4NIJA 5HMVA 2EPEA 1NKHA 1VFBC 1LMNA 2A7DA 1HF4A 1WQMA 4XJGA 1OUBA 1B5VA 1B7SA 3CSQA 2ZILA 5FEKA 1YKZX 5F14A 4NSIA 2PC2A 4WMGA 2MEIA 3WH1A 2BQGA 5I54A 1G7HC 1IWZA 4W96A 5KXWA 2IHLA 1Z55A 1D6QA 3E3DA 1BWJA 1GFGA 5LVKA 3ULRA 1GF9A 1LZ5A 3A8ZA 1PS5A 3WUMA 4CFOA 3LN2A 1YAMA 2BQHA 1IX0A 2LYOA 1JJ0A 2ZQ3A 154LA 5LINA 5LVJA 1HEWA 2ZIKA 3G3BB 5LYMA 2YVBA 2F2NA 3A67Y 3WUNA 4ETBA 1KIQC 1BQLY 1V7TA 3QY4A 1LJ4A 4GCDA 1LZAA 1LZDA 1JKBA 1AT6A 1UIDA 2D4JA 5KXNA 1WQPA 3OJPA 2AUBA 1O23A 1JITA 1NDMC 2D4KA 2WARA 1LSFA 3HFMY 1LCNA 1RE2A 1YILA 5LAGA 3QNGA 5ILCA 4OWBA 1J1PY 3F6ZA 5FELA 3WXTA 1ZV5L 1JSEA 4LT0A 3RU5A 1AT5A 1LSPA 1FKVA 4ET8A 3LYZA 4ZIXA 5E4PA 4WM1A 2W1YA 5B1GA 4XJIA 5LA5A 4WL7A 1GBWA 3WVYA 1LZEA 1B5UA 4WM4A 2D91A 1LZ6A 2W1LA 4WG1A 6LYTA 2DQHY 1OUIA 1UIFA 1AKIA 1C10A 2ZNXY 1IP1A 3AGGG 1HSWA 4NHPA 5AMYA 1TDYA 1GBOA 2MEBA 4WM6A 1WQRA 1LZCA 4FDYA 5E9RA 4U3XB 1C08C 1JKDA 5JENB 3HBHA 1D6PA 2Z12A 4NG1A 4BAFA 4DT3A 2IFFY 1XGTC 4GN4A 4H91A 3AZ6A 4G4BA 5KXOA 1FDLY 2BAAA 3B6LA 5B06A 4MSTA 2XJWA 3A92A 1GDXA 1IOCA 3WU8A 3ATNA 4LYTA 1BB6A 1IIZA 1J1OY 1JTOL 3SP3A 1YKYX 2BQLA 2ZYPA 3ZEKA 1TCYA 4ETAA 2DKVA 2LHMA 3EMSA 3W6EA 2BQOA 1BWIA 4H8XA 5LXWA 5I4XA 2LZTA 1B7PA 4O34A 4WLDA 1LOZA 2G4QA 1WTNA 1XEJA 2D6BA 1FLUA 4RDSA 1WQQA 3WU9A 1VAUA 4NHTA 3A94A 4AXTA 134LA 5B07A 1IC4Y 1N4FA 2I26L 2W1MA 1DI4A 3RNXA 4WM3A 2C8PA 5L9JA 5KXYA 1QSWA 1LAAA 3TXIA 1IWVA 4GLAA 1B7OA 1KXXA 1MLCE 2HECA 3LHMA 3AYQA 4HSFA 4DWXA 1OUFA 1JJ1A 1T3PA 4NGYA 4NGZA 1D0MA 4ET9A 4WM5A 1GFTA 1LZBA 1TBYA 3A90A 3MGWA 4OWAA 4XJDA 1DQJC 2Z19A 4QGZA 4C5FA 1VDQA 4OWHA 3W6AA 4J7VA 2BQCA 3N9CA 1ALCA 1YIKA 3P65A 3LYMA 2G4PA 4E3UA 4G4CA 194LA 3N9AA 4HTNA 2YBHA 3W6CA 1C43A 1IY4A 3P64A 3HBEX 1YQVY 4NWHA 1JEFA 3ZVQB 4ETCA 1IP6A 1FKQA 3P68A 5F9UA 3TXKA 1OUJA 5DM9A 1WVUA 1AM7A 1I56A 1OUEA 4H9EA 4N1CC 5DL9A 5KXLA 1IOTA 1UIBA 4NHSA 1D0KA 2DQCY 1GHLA 1LJIA 1IP2A 5HQ1A 5A3EA 2NWDX 1GB6A 3M18B 1LSCA 5KXSA 1GXV2 3CQLA 4TUNA 1VEDA 2YBIA 1LPIA 2HEDA 4CGEA 4Z41A 1LJFA 1B7NA 1QDRA 4NFVA 3TXJA 4Z46A 1QQYA 5I4WA 1CJ6A 207LA 1CKFA 4NGWA 1HEPA 1DKKA 1LSYA 1LMAA 1BB7A 1JHLA 2MECA 3BKHA 3EO5A 5HLLA 2FBBA 1XGQC 4II8A 5L3HA 4J1AA 2A7FA 1T6VL 2FYDA 4RLMA 4KT3A 3CT5A 1DI3A 4NSJA 5KXZA 1CJ7A 1GEZA 4XENA 1V7SA 2ZNWY 1DZBX 1UBZA 1G7MC 1LMPA 2MEFA 4XYYA 2BQJA 1MELL 5HNLA 5LVHA 3EXDA 1QIOA 1LZYA 1ZVHL 2EKSC 2MEEA 4HTQA 1EQ4A 1JUGA 4LFPA 4EMNA 5KXKA 193LA 1GBSA 5I5QA 1QUTA 3AZ5A 2YBJA 3WU7A 1B7MA 1JKAA 5C6LA 4NY5A 1YL0X 1GAYA 3WPKA 3WULA 3B0OA 2HUBA 2DQIY 1IO5A 4OWEA 1GF4A 1P2CC 4AGAA 1GFRA 3TXEA 4UWUA 1LZSA 1RI8B 2H5ZA 1KIRC 2I25L 1GFEA 2MEHA 4BS7A 1IR7A 1LMTA 1OUAA 2EQLA 2YDGA 5KXMA 1HNLA 4J1BA 3A95A 3IJVA 5C6JA 3ZVQA 1DPXA 3CSRA 1EQEA 1IOQA 4XJBA 2I6ZA 1FLWA 4RLNA 1HEMA 4CJ2A 4B49A 135LA 1IP7A 1INUA 6LYZA 1HFYA 5DN5A 1GFVA 5FHWA 1IWXA 1G7IC 1GE2A 2HTXA 2HEFA 1W6ZA 4HP0A 4N9RA 4W94A 1LMCA 5APFA 4DD2A 4DD7A 2GV0A 4DDAA 3D3DA 1QTKA 3A93A 4EOFA 4WO6A 4LFXA 2F4AA 4B4JA 4G4HA 4N5RA 153LA 4I8SA 4DD3A 1NF5A 5A3ZA 4H9IA 5KXRA 5J7CA 5II3A 1BHZA 4OOTA 4N0JA 2CWIA 1BVKC 1CNSA 3BKVA 2B5ZA 4RW2A 3W6BA 2EIZC 208LA 1GB8A 4XJFA 5LIOA 2BLYA 1GF0A 5F81A 4WM2A 3WL2A 5HNCA 3A3QA 1UIAA 3QE8A 1CKCA 4HV1A 1GFKA 2LYZA 4Z3MA 1GE3A 1LSEA 2DBTA 2G4NA 4N1EI 4NEBA 1B7RA 1UIGA 1EQ5A 2Z37A 1WQNA 8LYZA 4NSGA 1GB0A 2DQEY 5F9XA 3WMKA 4ZEEA 5LAFA 133LA 1BB3A 5D5CA 4DC4A 4ETDA 4WO9A 4XN6A 4B4EA 1NDGC 1UIEA 1LKRA 2HU1A 1IEEA 3N9EA 1GFAA 1UIHA 2C8OA 1LSNA 4LT2A 2CGIA 1LSBA 3FI7A 4GCFA 4B0DA 4L41A 3B72A 2LYMA 5B59A 1XGPC 3VWOA 2BQAA 1PZYA 1WTMA 1XFPL 5DN4A 2H9JA 4ML7A 1LYOA 1HC0A 1C46A 4OOOA 1B9OA 3AZ4A 1GF8A 1UACY 1LJJA 1ZMYL 1IOSA 1KXYA 1JKCA 1GF3A 1IY3A 1XGRC 4HJYA 1KIPC 3TXGA 4KPMA 4OW1A 1GB7A 4RW1A 2FYCA 4NGJA 4I0CA 4R0FA 4H9CA 1JTTL 2BQNA 132LA 4NG8A 1BB5A 1EL1A 1JISA 1XEKA 3B0IA 3D9AC 4HJZA 1GWDA 1W08A 3RT5X 1LZGA 5IDDA 1B5WA 1GBXA 2BQFA 1LKSA 1IC7Y 5LVIA 1GBZA 1J1XY 1F0WA 3A96A 5B1FA 2VB1A 4GCBA 3RW8A 1VDPA 1REXA 2BLXA 5FDJA 2LZ2A 1GB2A 1LSGA 1NBZC 2CDSA 5LVGA 1LJGA 4KXIA 1JWRA 1YL1X 2ZQ4A 4HPEA 1ZVYB 3A6BY 1DPWA 4HJVA 5M1YA 4Z98A 3LYOA 1I1ZA 3J6KA 3AGIA 4B1AA 1GF5A 1IC5Y 4YEOA 1FLQA 2XBRA 1GFHA 1HFZA 4G49A 3W6FA 1JPOA 1XGUC 2Z2EA 1LHKA 4XJHA 3TXFA 5DLAA 1OP9B 2MEAA 4PRUA 1GDWA 1IVMA 1GF7A 1YROA 1I20A 4DD1A 4GN3A 2DQFC 3P4ZA 4DDBA 1RCMA 2BQIA 1QDTA 2RSCA 3TMUA 1E8LA 1F10A 5FCPA 1LSAA 1F6SA 3CT0A 4QY9A 1DI5A 4H1PA 1HERA 3IJUA 4GN5C 1LHHA 1IP4A 1GB3A 4X3BA 1G7JC 3AZ7A 1GXXA 1LZTA 4DYGA 1JSFA 4YOPA 1C45A 4M4OA 2Z2FA 2BQDA 2YSSC 1REMA 2Z39A 1NWGA 2HEAA 1GPQC 4H9AA 5APCA 5K7OA 2DQJY 4NGLA 3CT1A 1B5XA 4TTDA 1YAPA 4CHXA 9LYZA 2F4GA 4B4IA 1GD6A 3HBDA 3TMVA 2YBMA 4TSBA 4BAPA 4TX7A 3TXDA 5L3IA 4ANRA 2BQEA 3LYTA 1CJ9A 2BQBA 1VATA 2FBDA 1OUHA 4LYMA 4PJ2C 1BB4A 3W6DA 4DDCA 4HTKA 1RFPA 1GB5A 4LYZA 4GCEA 2D4IA 1HHLA 4YM8A 3ATOA 1HFXA 4H94A 1IWWA 3LZ2A 4LZTA 2HU3A 4CFPA 1G7LC 2F30A 4ZFPA 4DD0A 1H6MA 5D5FA 1B7LA 2Q0MX 4H8ZA 3A91A 4NGIA 4WG7A 1HENA 3LZTA 3A34A 1DKJA 5IHGA 4P2EA 4D9ZA 1GAZA 1GE1A 4MCKA 5KY1A 1LJHA 2MEGA 5B05A 5I53A 1B2KA 1QTEA 4NHIA 1KXWA 1SQ2L 1LZNA 1GBYA 1CKDA 1HMLA 3P66A 4BADA 1GE0A 1IR8A 1LZ1A 1XSFA 4C3WA 1IWTA 3RZ4A 1YAOA 4H8YA 4N8ZA 4R6CA 4IJ4A 1LTMA 5IELA 4TSCA 1LMQA 1DXJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1YANA 1LYJA 1L93A 1XJTA 5LZMA 2XBSA 1PQJA 1L08A 3J4GA 1G0JA 5II3A 4K5YA 1KNIA 4NGVA 1XEIA 3DN3A 4IASA 4HV2A 1L64A 5F16A 1OV5A 5T3FA 3AB6A 1FLYA 1L57A 5C6IA 1L67A 2CUUA 1LSDA 4NGKA 3JR6A 1B7QA 1BVXA 219LA 1B5YA 4G9SA 1LZ9A 1BWHA 1GFUA 4H9BA 1JIYA 120LA 3DMZA 2XTHA 5APEA 1D0LA 2Q9DA 4I7PA 1TEWA 246LA 1AZFA 1UC0A 3TXHA 3ODUA 118LA 1YAQA 4WLYA 4LZMA 1NQIA 4LYCA 2HUKA 1P5CA 2NTHA 4FJRA 2DQDY 1HEOA 1HEQA 112LA 1CKHA 4NSHA 243LA 2DQAA 4ARMA 1C6MA 1JTPL 3GUJA 4DQ5A 2Y8PA 3TMXA 4AQNA 1GF6A 3M3UA 1ZYTA 4J0LA 1B5ZA 4TWSA 4GBRB 4PRQA 1LGUA 3GXRA 5HMVA 1VFBC 1HF4A 1OUBA 1CUQA 2ZILA 5FEKA 3WH1A 2IHLA 1L45A 1LZ5A 3LN2A 2BQHA 1JJ0A 5LINA 3G3BB 2OU8A 1LJ4A 1AT6A 2D4JA 256LA 1WQPA 3HT7A 3C8QA 3OJPA 1O23A 1NDMC 2D4KA 1LCNA 1RE2A 1C6HA 4OWBA 5ILCA 4OO9A 4LT0A 1L39A 1FKVA 1QS5A 2RBQA 4ZIXA 5E4PA 2W1YA 4XJIA 1L02A 4WL7A 2F2QA 1LZ6A 113LA 6LYTA 1L40A 2ZNXY 217LA 5AMYA 1QTDA 4U3XB 1JKDA 1D6PA 3HWLA 2IFFY 161LA 1FDLY 5B06A 2XJWA 3ATNA 2BQLA 3ZEKA 3F9LA 2LHMA 3EMSA 4LDOA 5I4XA 3SB9A 1L48A 4RDSA 1WQQA 222LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KXP A;  1YAN A;  1OUC A;  1LYZ A;  1H87 A;  1OUG A;  3G3A B;  5KXT A;  2XBS A;  2Z18 A;  4DD9 A;  1OUD A;  2Z38 A;  1IWY A;  1LYS A;  4H9F A;  3J4G A;  4GCC A;  1NBY C;  1LHI A;  3WXU A;  1UIC A;  5FST A;  3WYH A;  1UUZ C;  2YBL A;  2ZWB A;  2H9K A;  4NWE A;  4NGV A;  1YKX X;  1LYY A;  5HMJ A;  1XEI A;  4GLV A;  1IP5 A;  1LJK A;  4IAS A;  4HV2 A;  1QSA A;  4UWN A;  2DQG Y;  5F16 A;  5T3F A;  1BGI A;  3WPJ A;  3AB6 A;  1FLY A;  1LMO A;  5C6I A;  3GXK A;  4NGK A;  1LSD A;  4PHI A;  1LHL A;  5LYZ A;  1WVV A;  1GB9 A;  1VDT A;  1FBI X;  4NHQ A;  4LGK A;  3WUA A;  4YF2 A;  5LYT A;  4MR1 A;  1BVX A;  1B7Q A;  1UCO A;  5I4Y A;  4QDN A;  1A4V A;  1HMK A;  1CJ8 A;  1CKG A;  1NHE A;  1B5Y A;  3A3R X;  3AGH A;  4H93 A;  4H92 A;  3T36 A;  4G9S A;  4ETE A;  1FN5 A;  1LZ9 A;  4WOA A;  1BWH A;  4H9H A;  4KL7 A;  4H90 A;  2YBN A;  1GFU A;  3K3T A;  1LZ4 A;  4H9B A;  1QUS A;  4QEQ A;  2HEB A;  4YEN A;  4LYB A;  5ILF A;  1JIY A;  3CSZ A;  4LT1 A;  2BPU A;  2XTH A;  3OK0 A;  1JJ3 A;  4PPO A;  5APE A;  1D0L A; 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 4GN3 A;  2DQF C;  3P4Z A;  4DDB A;  1RCM A;  2BQI A;  1QDT A;  2RSC A;  3TMU A;  1E8L A;  1F10 A;  5FCP A;  1LSA A;  1F6S A;  3CT0 A;  4QY9 A;  1DI5 A;  4H1P A;  1HER A;  3IJU A;  4GN5 C;  1LHH A;  1IP4 A;  1GB3 A;  4X3B A;  1G7J C;  3AZ7 A;  1GXX A;  1LZT A;  4DYG A;  1JSF A;  4YOP A;  1C45 A;  4M4O A;  2Z2F A;  2BQD A;  2YSS C;  1REM A;  2Z39 A;  1NWG A;  2HEA A;  1GPQ C;  4H9A A;  5APC A;  5K7O A;  2DQJ Y;  4NGL A;  3CT1 A;  1B5X A;  4TTD A;  1YAP A;  4CHX A;  9LYZ A;  2F4G A;  4B4I A;  1GD6 A;  3HBD A;  3TMV A;  2YBM A;  4TSB A;  4BAP A;  4TX7 A;  3TXD A;  5L3I A;  4ANR A;  2BQE A;  3LYT A;  1CJ9 A;  2BQB A;  1VAT A;  2FBD A;  1OUH A;  4LYM A;  4PJ2 C;  1BB4 A;  3W6D A;  4DDC A;  4HTK A;  1RFP A;  1GB5 A;  4LYZ A;  4GCE A;  2D4I A;  1HHL A;  4YM8 A;  3ATO A;  1HFX A;  4H94 A;  1IWW A;  3LZ2 A;  4LZT A;  2HU3 A;  4CFP A;  1G7L C;  2F30 A;  4ZFP A;  4DD0 A;  1H6M A;  5D5F A;  1B7L A;  2Q0M X;  4H8Z A;  3A91 A;  4NGI A;  4WG7 A;  1HEN A;  3LZT A;  3A34 A;  1DKJ A;  5IHG A;  4P2E A;  4D9Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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