5F9XA

X-ray structure of the adduct between hen egg white lysozyme and cisplatin upon 24 hours of incubation at 55 degrees
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Effect of temperature on the interaction of cisplatin with the model protein hen egg white lysozyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 49
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5f9xA00
4KL7A 2EIZC 1F10A 4J0LA 1LZBA 2ZYPA 3WULA 4WM1A 5B1FA 3RNXA 2H9JA 4P2EA 5LINA 1LMPA 1GB2A 4HTKA 1LSNA 1KXXA 5DL9A 4TTDA 2YBNA 4WLXA 4DYGA 1D0LA 1BB6A 5II3A 3B72A 1KIRC 5FCPA 5FELA 1JKAA 1NMMA 2MEGA 4ZEEA 1KXYA 1IWVA 1LHMA 1AM7A 1GF4A 1RE2A 4NWHA 4ET8A 2BQCA 5M1YA 3AZ4A 1JSFA 1NWGA 2DQGY 1EQ4A 3CSRA 1GFRA 1IO5A 1VFBC 4TX7A 1GHLA 1WTNA 1NF5A 2EQLA 5B07A 1LYOA 1TCYA 1WQQA 3RZ4A 2I6ZA 2MEIA 2Z12A 4OWAA 4M4OA 4RW1A 132LA 1IC7Y 1B5VA 1JJ1A 1WQOA 4W94A 4HTQA 1LZ6A 3TMVA 1GFVA 4HP0A 1O23A 5DN5A 1C08C 1CJ9A 1W08A 1OUHA 5DM9A 4CJ2A 1F6RA 1KIPC 2LZ2A 5I4XA 2G4NA 1IR8A 4HPIA 4HPEA 4NIJA 4RW2A 2HEEA 5E4PA 4H90A 2Z38A 5KXMA 3WL2A 1UIBA 4TWSA 2DBTA 2W1LA 1REXA 2BQAA 4DD7A 3W6DA 3WW5A 1DI4A 1G7JC 4DDAA 2MEFA 153LA 1IEEA 4N5RA 1JKDA 1G7MC 1KXWA 1LSYA 1GBZA 3RU5A 4H94A 1GF6A 4PHIA 4BADA 3P68A 3OJPA 5LVKA 1YAMA 1YROA 1LAAA 1BB7A 5LYTA 1HEWA 1QTEA 1Z55A 2MEBA 4WM3A 2G4PA 1LSZA 4LYBA 1CJ8A 1LHHA 3A93A 4R0FA 4GCDA 1TDYA 4H93A 1FN5A 2D91A 2W1XA 3LZTA 4LYMA 3EXDA 3TMWA 1TAYA 1LSCA 4WLTA 135LA 1RJCB 1YILA 2Y8PA 1REMA 2BLYA 2BQLA 2BQIA 1OQMA 2F2NA 1IOQA 3CB7A 4B4JA 6LYZA 4WG7A 4XJIA 1FLYA 1HENA 2D6BA 4NHQA 1UIGA 4NGWA 4MSTA 1CKDA 2HECA 1HSXA 3WPKA 4HJVA 4B4IA 3P64A 1G7IC 1C10A 5APEA 1BWHA 3W6EA 2LYOA 4CGEA 3B0KA 1XEIA 1GEZA 1J1XY 1OUAA 2H9KA 2Z19A 4FJRA 4HJZA 1GF7A 3A3QA 4L41A 3ZVQA 2BQHA 1DPXA 1XEKA 3BKHA 1LJKA 1GF5A 4RLNA 4UWVA 3WU8A 4XJBA 3BKVA 4HTNA 1JEFA 4ANRA 1GFTA 1OUDA 2Z37A 1UC0A 1GE3A 1LSFA 1WQPA 2EPEA 5LVGA 1HEOA 4NGLA 3QNGA 5B1GA 5HNLA 4OOOA 1LYYA 4C5FA 1VDTA 3WVYA 2NWDX 1LHLA 3QE8A 1TEWA 2ZILA 3MGWA 5DN4A 1LJGA 2HEFA 2LHMA 4A7DA 4KT3A 4B4EA 1GFEA 3B0IA 4J7VA 4TSCA 4WG1A 2CJLA 3SP3A 1GD6A 1GBOA 1LJ4A 1IP7A 1YKYX 2DQIY 3WUMA 1BHZA 6LYTA 4WLYA 1BWJA 5I4WA 1W6ZA 1OUCA 4ZFPA 1GWDA 5C6JA 1LSEA 5I4YA 3A90A 2H5ZA 1QTKA 5FDJA 4GCCA 5KXKA 4WL6A 3CT5A 1YAOA 1B5ZA 1WTMA 4XADA 1BB5A 1LZYA 4NGJA 5C6IA 1IP5A 4BAPA 4D9ZA 5F9XA 3WW6A 5HNCA 1GFGA 2YBLA 1VAUA 2DKVA 3VWOA 5IHGA 1V7TA 5FSTA 4DDCA 1LZNA 2Z39A 2ZWBA 4Z3MA 3J6KA 1QSAA 1GE4A 1UIAA 5APFA 2G4QA 2BQMA 4NHTA 1LKRA 1LCNA 1NBYC 1JITA 2W1MA 3FE0A 3WU7A 1NDMC 4NEBA 4ETEA 1IC5Y 2WARA 2YBIA 2IHLA 1IOSA 4LT1A 2BQJA 3G3AB 4LYCA 3W6AA 5APCA 4EMNA 1HFZA 1OP9B 1FKVA 4LYTA 4NGKA 3LYMA 4WM5A 4H8YA 5EBHA 4CHXA 1QDTA 1GB9A 3LN2A 4UWNA 1RCMA 1N4FA 3AZ5A 3TXEA 4AXTA 1WQNA 2HUBA 2MEAA 1D9UA 1H6MA 5HMVA 5JENB 1B7NA 1YAPA 1FLUA 1NBZC 2GV0A 3CT0A 1OUGA 4ETBA 1QUSA 1V7SA 5KY1A 1GEVA 4LGKA 3AGHA 3AW6A 2YBHA 4C3WA 2DQJY 1OUEA 4R6CA 3ULRA 2HU1A 3EO5A 4G4BA 3D3DA 3AW7A 1IORA 1IWTA 1AT6A 3CSQA 3EBAB 1GXV2 4IASA 1WQMA 1LMNA 3M18B 2Z18A 2VB1A 3K3TA 1JJ0A 1IWUA 4ETAA 1IR9A 2BQFA 1GF8A 1J1OY 1LJEA 1GF3A 1REYA 4H9IA 1GDWA 4MR1A 4LFPA 1XGTC 1GFUA 3T6UA 2F4AA 4U3XB 1G7LC 7LYZA 3WPJA 4XJGA 1JTPL 3A6BY 4G49A 4HSFA 4H91A 1G7HC 4N0JA 5HQ1A 4N9RA 1QIOA 2ZIKA 2ZNWY 3KAMA 2F30A 1LZ5A 1SQ2L 5FEKA 3TXJA 5KXLA 1WVVA 1I1ZA 4GCBA 2CWIA 3P65A 1J1PY 2DQEY 4LT0A 3TXBA 1F0WA 2BQNA 2XBSA 2N5ZA 4H9AA 4OW1A 8LYZA 2BQEA 194LA 5F16A 3CSZA 5KXOA 4B0DA 2DQFC 4DDBA 4GN5C 4NSGA 1T3PA 2ZQ3A 4XYYA 3W6CA 5HLLA 4LZTA 5KXSA 4TSBA 4E3UA 1IY4A 2HEDA 1GB3A 1ZV5L 1GFAA 1BVXA 2BQKA 2ZNXY 1B7QA 4NGVA 2BQGA 4YENA 1UACY 4XJDA 3LYZA 3P66A 5LA8A 2CDSA 133LA 1FLWA 5KXNA 1GE1A 3WXUA 1ZVHL 1LZRA 1YL1X 5LA5A 3A34A 1LSAA 2IFFY 1JTTL 3A94A 4CFPA 1LSMA 4H9EA 1IX0A 2D4KA 3WU9A 1LYZA 1LJ3A 2LZTA 4B49A 4ETDA 5KXTA 4DD9A 1GBWA 4PJ2C 3A67Y 1EQEA 1HFXA 2Z2EA 1BVKC 1LPIA 1YIKA 2XTHA 1C46A 2ZQ4A 5ILCA 3QY4A 1LYSA 2Z2FA 1DPWA 4WO6A 1BQLY 4UWUA 5LAGA 3IJUA 5DLAA 3TXFA 5B06A 1B7RA 5I5QA 1LSPA 1YL0X 3A6CY 1HELA 2FYCA 2LYZA 4QEQA 4PRQA 3ZEKA 3N9AA 1BWIA 1REZA 2F4GA 1IWZA 1FKQA 2D4JA 4NHPA 4TUNA 1I56A 4NHSA 1DZBX 1C43A 1JPOA 4NHIA 1FBIX 2BQDA 2Q0MX 1D0KA 1HMLA 1UIDA 2CGIA 1B7LA 3W6FA 4B1AA 1IOCA 1CNSA 2PC2A 1OUFA 1DKJA 1IR7A 3G3BB 1LMTA 3HFMY 4NSIA 4OWEA 5LVJA 1INUA 1GBXA 3P4ZA 4H8XA 5IELA 3A91A 5L9JA 1B5WA 1I20A 1UIFA 9LYZA 1JSEA 4NG8A 5APDA 5B59A 2MEEA 2MEHA 1B5YA 4IATA 3TXIA 4H9HA 4XN6A 4N1CC 4N1EI 1IC4Y 3M3UA 4QGZA 4G9SA 3WUNA 1OUIA 1ZMYL 3WUAA 2ZYCA 4WL7A 1NKHA 1HF4A 3AYQA 4H9BA 4PGJB 1VATA 2MECA 2XBRA 4OOTA 4QDNA 2HEBA 4NY5A 1HERA 4IJ4A 4YEOA 1HC0A 1NQIA 3RW8A 4GCEA 4ML7A 1IWYA 3LZ2A 4YOPA 1PZYA 1GE2A 4GLVA 1LZAA 1FLQA 1GF9A 2HTXA 1GDXA 5F14A 3A8ZA 1ALCA 1BGIA 3FI7A 4BAFA 4X3BA 134LA 207LA 2BAAA 2HU3A 1B5XA 5LXWA 1YKXX 3B0OA 2RSCA 3IJVA 4OWCA 3W6BA 1AT5A 1LOZA 1JISA 1QDRA 1EL1A 3LYOA 4HV2A 4J1AA 3T36A 2DQHY 1IY3A 1IVMA 1DKKA 1GPQC 5C6LA 4HV1A 4DT3A 1VDPA 1QUTA 4YM8A 5LYMA 1LJIA 1D0MA 1UCOA 2X0AA 2DQAA 193LA 1HHLA 1JTOL 1UA6Y 2D4IA 1GB5A 4DD0A 1FDLY 1LSDA 2C8PA 4M6DA 154LA 1T6VL 3TXDA 3WPLA 3WYHA 2I26L 1LHJA 1GF0A 4FDYA 4KXIA 3AZ7A 1B7SA 4PRUA 1IIZA 3N9CA 3RT5X 4WMGA 1B7OA 2FYDA 4XENA 5KXWA 1IP4A 4LT2A 4NGIA 1OUBA 1IWXA 5HMJA 3TMUA 1GXXA 1CKCA 4NGYA 1XEJA 2ZIJA 1JIYA 1LJJA 1B2KA 1HFYA 1VDQA 5LYZA 2DQCY 4H8ZA 1LZSA 1GBYA 2HEAA 1CKHA 1GAZA 4YF2A 1B0DA 1UUZC 3CQLA 4H1PA 5A3ZA 4XJFA 1CJ6A 1AKIA 5K7OA 1XGRC 3WH1A 1IP1A 3ATOA 5KKJA 1HEPA 4NSHA 2YSSC 4GCFA 3ATNA 1LHIA 1LZ9A 3A95A 1IP6A 1WQRA 1XGQC 1XGUC 5F81A 5IDDA 4ETCA 1RFPA 1C7PA 1LZDA 1LZTA 4H92A 3A92A 5KXPA 5L3HA 1LSBA 1YANA 3LYTA 4DD1A 4WLDA 1NHEA 4WO9A 4LYZA 2DQDY 2W1YA 5D5FA 2MEDA 4II8A 1WVUA 5I54A 3GXRA 4WM6A 4WOAA 4NFVA 4AGAA 5KXXA 4LT3A 1LZ4A 2A7DA 4YEMA 1DQJC 5E9RA 3D9AC 5LVIA 2YBMA 1OUJA 1GE0A 3A3RX 5FHWA 4J1BA 4G4CA 1JJ3A 1F6SA 4KPMA 1A4VA 1IWWA 5KXYA 1B7MA 4WM2A 2YDGA 1HMKA 4NGZA 1LMQA 1B7PA 1LMAA 4QY9A 2BQOA 4CFOA 4OWHA 3AGIA 1LHKA 3OK0A 4I0CA 1BB3A 5KXZA 1GB7A 1GFJA 1LZEA 1CJ7A 4DWXA 3WXTA 1HEMA 3AZ6A 1XGPC 1HSWA 1LJHA 1BB4A 4LFXA 1GB8A 1ZVYB 4H9FA 1GFHA 1LJFA 3ZVQB 1LSGA 1VDSA 208LA 4GN4A 1UICA 4GN3A 1TBYA 1DI3A 5B05A 4OWBA 5F9UA 5D5CA 2FBDA 4ET9A 4ZIXA 1GB0A 1LTMA 1LKSA 2B5ZA 1JKBA 1JUGA 1LMCA 3GXKA 2YVBA 3TXGA 1DI5A 2BPUA 1IP2A 1LZGA 1SLYA 1XFPL 1UBZA 1GBSA 1UIHA 1YAQA 4O34A 1MELL 3TMXA 4BS7A 1JWRA 4WM4A 2BQBA 1P2CC 2EKSC 4HJYA 5LIOA 5KXRA 4XJHA 5L3IA 1E8LA 1D6QA 2FBBA 1B9OA 4RDSA 3AGGG 3W3EA 4Z41A 2YBJA 4N8ZA 3AB6A 3HBDA 3LHMA 3IWRA 3HBHA 1LJNA 3J4GA 1CKFA 1AZFA 1QSWA 5T3FA 1C45A 5KKIA 4Z98A 4Z46A 1NDGC 2XJWA 1KIQC 2AUBA 1A2YC 3F6ZA 1LZ8A 3CT1A 4H9CA 4W96A 3AJNA 4DD3A 3TXKA 4NGOA 1JHLA 1UIEA 4GLAA 1RI8B 4MCKA 5AMYA 5A3EA 3N9EA 4DC4A 4PPOA 1JKCA 1QQYA 5I53A 1B5UA 1CKGA 1LMOA 4LYOA 4NG1A 3E3DA 5KJ9A 1H87A 3TXHA 5LVHA 1GAYA 3EMSA 1GFKA 1XSFA 1PS5A 3A96A 1IOTA 3HBEX 2BLXA 1YKZX 2C8OA 3B6LA 4NWEA 1EQ5A 1LZCA 5ILFA 5J7CA 1DXJA 2A7FA 1IP3A 4DD2A 3WVXA 5LAFA 1HNLA 1HEQA 1LZ1A 4NSJA 2I25L 1VEDA 1MLCE 2LYMA 1D6PA 1GB6A 3WMKA 4RLMA 4G4HA 4I8SA 4EOFA 1YQVY
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I7TA 3WULA 4WM1A 5B1FA 4P2EA 5LINA 1KXXA 1C6QA 1C67A 1LYEA 5FCPA 5FELA 1NMMA 1LHMA 1AM7A 2DQGY 3RUNA 1TCYA 2MEIA 2Z12A 4RW1A 132LA 1B5VA 1L42A 4W94A 1LZ6A 3TMVA 1L75A 4HP0A 1W08A 1L82A 4CJ2A 1IR8A 4NIJA 184LA 3WL2A 2W1LA 1REXA 2BQAA 1L69A 1DI4A 3GUOA 153LA 1C69A 1JKDA 1GBZA 3RU5A 1L36A 4H94A 3P68A 5LYTA 1LAAA 1BB7A 1L34A 1LSZA 4ARJA 1TDYA 3TMWA 3LZTA 159LA 200LA 4GBRB 1TAYA 1RJCB 2BQLA 1OQMA 2F2NA 6LYZA 4NHQA 3F8VA 1UIGA 3JR6A 4NGWA 171LA 1L61A 3WPKA 3P64A 1G7IC 3NY8A 2RB1X 1C10A 3W6EA 2LYOA 1J1XY 2H9KA 1L23A 3A3QA 4UWVA 1GF5A 4I7KA 3WU8A 3DN3A 4XJBA 1UC0A 1GE3A 2OTYX 1C6KA 2HEFA 4A7DA 4KT3A 4WG1A 2DQIY 108LA 1BHZA 1L64A 1LI6A 5I4WA 1W6ZA 5C6JA 5I4YA 5FDJA 1LW9A 3C82A 2HUKA 5C6IA 1IP5A 1SWYA 4BAPA 156LA 1GFGA 2DKVA 1D2YA 1LZNA 1L65A 3J6KA 1QSAA 2BQMA 1LCNA 1NBYC 2W1MA 242LA 2WARA 183LA 1QTVA 4LYCA 3W6AA 5APCA 4EMNA 3LYMA 4WM5A 4H8YA 3TXEA 2HUBA 238LA 1D9UA 5JENB 1YAPA 1JTNA 1L19A 1OUEA 3C81A 3D3DA 3CDRA 3EBAB 1GXV2 1LMNA 3K3TA 4DKLA 1GF8A 2RB2X 4W53A 3T6UA 1G7LC 7LYZA 1JTPL 3DNAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4KL7 A;  2EIZ C;  1F10 A;  4J0L A;  1LZB A;  2ZYP A;  3WUL A;  4WM1 A;  5B1F A;  3RNX A;  2H9J A;  4P2E A;  5LIN A;  1LMP A;  1GB2 A;  4HTK A;  1LSN A;  1KXX A;  5DL9 A;  4TTD A;  2YBN A;  4WLX A;  4DYG A;  1D0L A;  1BB6 A;  5II3 A;  3B72 A;  1KIR C;  5FCP A;  5FEL A;  1JKA A;  1NMM A;  2MEG A;  4ZEE A;  1KXY A;  1IWV A;  1LHM A;  1AM7 A;  1GF4 A;  1RE2 A;  4NWH A;  4ET8 A;  2BQC A;  5M1Y A;  3AZ4 A;  1JSF A;  1NWG A;  2DQG Y;  1EQ4 A;  3CSR A;  1GFR A;  1IO5 A;  1VFB C;  4TX7 A;  1GHL A;  1WTN A;  1NF5 A;  2EQL A;  5B07 A;  1LYO A;  1TCY A;  1WQQ A;  3RZ4 A;  2I6Z A;  2MEI A;  2Z12 A;  4OWA A;  4M4O A;  4RW1 A;  132L A;  1IC7 Y;  1B5V A;  1JJ1 A;  1WQO A;  4W94 A;  4HTQ A;  1LZ6 A;  3TMV A;  1GFV A;  4HP0 A;  1O23 A;  5DN5 A;  1C08 C;  1CJ9 A;  1W08 A;  1OUH A;  5DM9 A;  4CJ2 A;  1F6R A;  1KIP C;  2LZ2 A;  5I4X A;  2G4N A;  1IR8 A;  4HPI A;  4HPE A;  4NIJ A;  4RW2 A;  2HEE A;  5E4P A;  4H90 A;  2Z38 A;  5KXM A;  3WL2 A;  1UIB A;  4TWS A;  2DBT A;  2W1L A;  1REX A;  2BQA A;  4DD7 A;  3W6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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