5FEKA

Hen egg lysozyme at room temperature solved from 3600 diffraction images acquired by ultrasonic acoustic levitation method and processed by crystfel
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Ultrasonic acoustic levitation for fast frame rate X-ray protein crystallography at room temperature.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5fekA00
1GD6A 5KXZA 4WLDA 2DKVA 1QTKA 2ZQ4A 1C45A 3WW6A 1MELL 1WQPA 3ZEKA 5DL9A 1XEIA 4OW1A 1RJCB 2A7DA 3CB7A 1B7MA 5D5CA 3AZ4A 1LSNA 1JTPL 2D4JA 3A96A 2G4QA 4BAFA 5APDA 1VEDA 1VDPA 5B59A 5HNCA 3LYMA 3W6EA 2H5ZA 1GFRA 4R6CA 5I53A 1LZGA 1XEKA 2DQEY 4AXTA 1IR8A 5F9XA 1GF9A 1IEEA 3IJVA 3P4ZA 4XJHA 1AKIA 4B4EA 3T36A 2D91A 4GCDA 4TWSA 4H92A 1IOSA 2LZ2A 3EBAB 4G49A 4GCFA 1LMPA 1BB4A 5I54A 1GB3A 1LZYA 135LA 1H87A 1O23A 2HEBA 1LKSA 4LYZA 3J6KA 5K7OA 3RZ4A 3G3AB 3WUNA 3KAMA 1YAOA 2BQCA 4LZTA 1IC7Y 1OUFA 1LCNA 1YKXX 4HJVA 1NDGC 1D0MA 1DKJA 2WARA 3A90A 4DD1A 4HSFA 1BB7A 3TMWA 5KKIA 3AGIA 5D5FA 3WW5A 1EQ4A 2DQIY 2YSSC 3M18B 4DD9A 3SP3A 3TXIA 1GBYA 4LGKA 4RDSA 4DDCA 1B9OA 4OWEA 3TXDA 2BQDA 4DD2A 5KXXA 4GN5C 1DZBX 1G7JC 3QE8A 1CKGA 1NQIA 1A2YC 1LJ3A 6LYZA 3AB6A 3GXRA 1UIBA 1VDQA 3P66A 1WQOA 1YAQA 3N9AA 4GCCA 1GEZA 5KXOA 3AJNA 1HFYA 1GB7A 2DQDY 3AZ6A 3LZTA 2FBBA 1INUA 3RU5A 3AW7A 4N0JA 1TBYA 208LA 1GF7A 1OUEA 4ETBA 1E8LA 4OOTA 1GBZA 1LZ9A 1NDMC 1UIAA 1B0DA 1KXWA 2D4IA 3IWRA 4NGOA 4XYYA 1WVVA 154LA 4I8SA 4WM6A 1IOCA 4N9RA 5LYTA 2X0AA 4NHSA 5KY1A 2XBRA 4GCEA 4WLTA 1WQQA 1VATA 1HNLA 3VWOA 1A4VA 3A3RX 4LT0A 4WO9A 1D6PA 4KT3A 4R0FA 1JUGA 134LA 5I5QA 3D3DA 1GE1A 1I56A 1FKVA 1NKHA 3B72A 4NGWA 1OUAA 1IWVA 1HERA 2BQKA 5LVHA 5JENB 5KXYA 1QQYA 4NIJA 1SLYA 1EL1A 1WVUA 4HV2A 1LJ4A 4J1BA 4G4CA 1GFGA 1HELA 3WPKA 4TTDA 1JJ0A 1GBOA 1XGRC 2XTHA 5KXNA 4H8ZA 5ILFA 2HEEA 1B2KA 3IJUA 4NHTA 5HMJA 2F2NA 4WLYA 1LZBA 1GPQC 1DKKA 3N9CA 1REMA 3WULA 1GF4A 4QDNA 4N1EI 5APEA 4C3WA 2YBIA 4FDYA 2HU3A 1C08C 3W6CA 1GEVA 4B0DA 1GB9A 4N5RA 2F4AA 1UIDA 3LN2A 4CJ2A 1LSBA 4HV1A 4PJ2C 1TEWA 1AZFA 1TDYA 1LZAA 4H90A 1FLWA 4PRQA 1IX0A 1I1ZA 2DQCY 1V7TA 3RW8A 3CSRA 1JSFA 2BQAA 1LYYA 1OUHA 2C8OA 2Z38A 1LZNA 1NF5A 1ALCA 3ATOA 4RW1A 5B1FA 4H9FA 3A34A 4H91A 4BS7A 1IWWA 1F10A 1GB8A 1GDWA 4J1AA 1NBZC 1LPIA 1PS5A 1GB2A 3WU7A 3ZVQA 2MEHA 1OUGA 3TXBA 4NGZA 1GBXA 4L41A 4WM5A 1IP4A 4LFPA 2MEBA 4YEOA 3TXJA 5T3FA 7LYZA 1BWIA 5IELA 1LMQA 3HBDA 1BHZA 5KXRA 1CKFA 5LINA 4NY5A 1DI3A 1OUDA 1G7HC 1IWUA 1HEPA 1LJEA 1JTOL 5DN4A 2ZILA 2I6ZA 2W1YA 1DPWA 2BLYA 2MECA 3WVYA 4MSTA 1IVMA 3AW6A 4H8YA 3M3UA 4I0CA 1LYZA 4ETAA 3D9AC 4WL7A 4ETEA 1HMKA 1IWZA 4J7VA 5I4YA 1GE0A 4WM3A 3QNGA 5FEKA 1YL0X 4WM2A 1HF4A 4QEQA 3LHMA 4H94A 1HEWA 5F9UA 1OP9B 1UBZA 2IFFY 1NWGA 1GDXA 1VAUA 1YL1X 1AT5A 3RNXA 1LHHA 2GV0A 2Z18A 1HEQA 1XFPL 3A6CY 4KXIA 5M1YA 4ZIXA 1G7IC 3CQLA 4NGYA 1GFKA 1LYOA 3WH1A 2ZIKA 1FKQA 4WM1A 1OUIA 4C5FA 1LZRA 4HJZA 5DM9A 1GE3A 1REZA 5E9RA 1B5ZA 5KXLA 4KPMA 2CJLA 1TCYA 2HU1A 1BVKC 1LJNA 133LA 4YOPA 5B06A 5B1GA 1QUSA 4XJIA 1J1XY 5LYMA 1UICA 1OUBA 2PC2A 3OJPA 4WO6A 2Z2FA 1B7LA 2LYZA 1IP2A 3B0IA 3EXDA 1WQNA 2H9JA 1LMNA 3BKHA 2HTXA 1GHLA 2BQJA 2LYOA 5KXMA 5B05A 1BGIA 1XGPC 5DLAA 3WVXA 153LA 1GF0A 4NHQA 1LMOA 2XBSA 2ZYPA 4YF2A 4DD0A 4ZEEA 1IOQA 2MEEA 1B7NA 2MEIA 4ET9A 4NSJA 4H9HA 1FLYA 1JKAA 2DQAA 3AZ5A 3LZ2A 3WUMA 4B1AA 5HLLA 1LMAA 1OUJA 2F4GA 3TXFA 1LSAA 2H9KA 4CFOA 1GE4A 5A3EA 3MGWA 4LYBA 1HFXA 1RI8B 2EQLA 1LZ6A 2BQGA 1H6MA 3W6AA 1B5XA 4PRUA 1QSWA 3B0KA 4DC4A 1BQLY 3G3BB 2C8PA 4NWHA 1GBWA 1UC0A 1C7PA 5KXSA 1XEJA 3AGGG 1W6ZA 3A95A 1CJ8A 4DDBA 2YBMA 4CFPA 4PGJB 1LSZA 4UWNA 5C6IA 5AMYA 2LHMA 2YBNA 4H9IA 3WU9A 1OQMA 2Y8PA 4ET8A 1LJJA 2IHLA 1QIOA 3GXKA 4LFXA 5HMVA 4DDAA 4H9EA 5LVGA 5FELA 4CHXA 1AT6A 1HSXA 1UACY 1LJFA 4NFVA 3W6DA 1DI5A 1KXXA 4OOOA 4EOFA 132LA 1GFTA 4E3UA 4X3BA 1Z55A 3WXTA 3WPJA 8LYZA 2YBLA 5LVJA 3A8ZA 2BQLA 1UIFA 4G9SA 4HPEA 1VDSA 1D0KA 2NWDX 1YKYX 2VB1A 1GXV2 5LAFA 1IORA 2DQGY 4KL7A 1IR7A 1D9UA 1GB5A 4OWAA 1JPOA 1LZ5A 1LZEA 4EMNA 4NHPA 5FHWA 1W08A 1LMCA 1SQ2L 3AGHA 2I26L 1JEFA 1JJ1A 1IC5Y 2BQHA 1B5YA 1XGUC 4HP0A 4G4HA 1GB0A 1LHKA 1WTNA 4B4JA 3B6LA 1DPXA 1HC0A 3LYZA 1LZSA 1B7SA 4XJGA 1QTEA 1ZVHL 4Z98A 1UA6Y 207LA 4LT1A 2G4PA 3T6UA 3P68A 5HNLA 5KKJA 1C10A 2BQEA 3E3DA 1B7QA 1CJ6A 5HQ1A 5F81A 1LJIA 1CKHA 1FLQA 3W3EA 1KIRC 3CT1A 1FLUA 1IP3A 2Q0MX 4NGKA 4FJRA 3BKVA 1RCMA 4RLNA 2I25L 4QGZA 1IP6A 1HEOA 1JTTL 4QY9A 1MLCE 1UIEA 2ZIJA 1WTMA 1GFAA 2Z39A 1IP5A 1GWDA 1LSGA 2G4NA 2W1XA 3A6BY 3OK0A 1BVXA 1JWRA 3HBHA 4H9CA 4DD3A 1YANA 1GXXA 1B7RA 1LJKA 1LZ1A 5KXKA 4NG1A 4GLAA 1LSFA 2W1MA 1GF8A 1LSPA 4XJBA 5LAGA 4TX7A 3TXEA 4H93A 4P2EA 5KJ9A 1J1PY 2YVBA 2B5ZA 1HHLA 4DYGA 3HBEX 4TSCA 4ETCA 4Z46A 1LAAA 1HSWA 2A7FA 2MEGA 4NHIA 1REYA 2DQFC 4AGAA 1F0WA 4XADA 1AM7A 1B7OA 4CGEA 4TUNA 3EMSA 2LZTA 1FN5A 1ZVYB 1G7MC 4RW2A 1B5WA 4WMGA 4NEBA 5II3A 5KXPA 2HUBA 3WYHA 4IJ4A 5KXWA 3K3TA 1JISA 5ILCA 2HECA 1XSFA 1YILA 2HEDA 4UWUA 4NSIA 3CSQA 4GLVA 4BAPA 3LYOA 5LIOA 3A91A 1LZ8A 4XN6A 194LA 2BQIA 4NSGA 3WUAA 3AYQA 4Z3MA 1HENA 1CKDA 1D0LA 1JKDA 3AZ7A 1ZMYL 2YBJA 4WLXA 1CJ9A 5L9JA 4NGIA 3WL2A 1VDTA 2CWIA 5LA8A 1IR9A 2DBTA 3TMVA 1YAMA 2Z19A 4U3XB 5E4PA 1P2CC 2BQNA 1VFBC 5LVKA 1BWHA 3HFMY 2W1LA 2HEAA 1HFZA 3W6FA 1LHJA 4WG1A 4GN4A 1BWJA 3EO5A 4YENA 1RFPA 1GF5A 1B7PA 2HEFA 4XENA 2EKSC 5IDDA 4N8ZA 3RT5X 1N4FA 1NMMA 1LJGA 2ZWBA 4PPOA 3ZVQB 2D6BA 2BLXA 1F6RA 3A94A 4HJYA 1WQRA 4LT2A 4GN3A 1BB6A 1PZYA 2ZYCA 5APFA 1GB6A 1LTMA 2BAAA 4HPIA 4J0LA 4LYCA 4NSHA 3CT0A 5C6LA 3FE0A 1QSAA 1EQ5A 3W6BA 1YIKA 1LSDA 1C46A 4OWCA 1EQEA 3B0OA 1LSEA 1HEMA 5L3IA 1IC4Y 1LZDA 5B07A 1GFJA 5L3HA 1LOZA 1UIGA 4II8A 4O34A 4LT3A 1NBYC 3TXKA 1UIHA 1GFEA 1YROA 2XJWA 1IP7A 1TAYA 2CDSA 4TSBA 2YDGA 1YKZX 4DT3A 1XGTC 5F16A 1GAZA 9LYZA 2Z12A 1FDLY 4DWXA 4N1CC 3TMXA 1QDRA 1I20A 1JKBA 1WQMA 1LHMA 1DI4A 4D9ZA 4H8XA 4RLMA 2Z37A 3ATNA 4NWEA 2FBDA 4PHIA 5J7CA 1GE2A 3P64A 1GFHA 1KIQC 1LZCA 1GFVA 1IWTA 1JIYA 2MEAA 1BB5A 3QY4A 4NGJA 2N5ZA 4OWHA 4M4OA 1GFUA 1C43A 1UCOA 4Z41A 193LA 1BB3A 3CSZA 2ZNXY 4ANRA 4IASA 5FCPA 5IHGA 2RSCA 2EPEA 2MEDA 1GBSA 5I4WA 3CT5A 1LZ4A 2BPUA 5DN5A 1HMLA 4ETDA 5LA5A 4B49A 4WM4A 5EBHA 6LYTA 1JKCA 1KIPC 2BQMA 4NGLA 1G7LC 2FYDA 1T6VL 2BQBA 1QUTA 1NHEA 2BQFA 1JHLA 1LHLA 4GCBA 1V7SA 2Z2EA 4H9BA 1GF3A 1T3PA 4NG8A 2BQOA 5LVIA 3WMKA 1JITA 3F6ZA 4LYOA 4ZFPA 4LYMA 1FBIX 1REXA 5LYZA 1JJ3A 4OWBA 4WL6A 2DQJY 1IWXA 1IIZA 1ZV5L 4H9AA 4XJFA 3WU8A 4HTNA 1QDTA 1IY3A 4M6DA 1DQJC 1RE2A 2AUBA 3N9EA 4ML7A 3A93A 1IO5A 1CNSA 2EIZC 4DD7A 4W94A 1XGQC 4H1PA 5LXWA 5APCA 5FSTA 1CJ7A 4BADA 3P65A 1JSEA 2D4KA 1J1OY 1IOTA 1LHIA 1LZTA 4W96A 1DXJA 1GF6A 1LKRA 2F30A 3J4GA 4NGVA 5A3ZA 4IATA 1LJHA 2LYMA 3TXGA 4HTQA 3WPLA 1IP1A 1IY4A 5FDJA 1B5UA 1LYSA 4XJDA 3WXUA 1B5VA 2YBHA 3TXHA 3ULRA 4MR1A 1LSYA 1LSMA 4YEMA 3FI7A 5F14A 3A92A 2FYCA 4B4IA 1LSCA 2CGIA 5C6JA 1F6SA 1OUCA 1CKCA 3LYTA 5KXTA 4A7DA 1KXYA 1UUZC 4UWVA 2MEFA 1D6QA 1YAPA 1LMTA 2ZNWY 3A67Y 4G4BA 4WG7A 3A3QA 4HTKA 5I4XA 1GAYA 4MCKA 4YM8A 4WOAA 1IWYA 4LYTA 3TMUA 2DQHY 1YQVY 2ZQ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LYEA 201LA 261LA 4W52A 2DKVA 2ZQ4A 3VW7A 3WW6A 1L11A 1DYBA 1B7MA 3AZ4A 2G4QA 3LYMA 1GFRA 5I53A 2DQEY 1XEKA 2OTZX 1D3FA 5F9XA 3P4ZA 1G0PA 2D91A 3HWLA 1LYJA 5I54A 1GB3A 1LZYA 135LA 3RZ4A 3WUNA 1C63A 1D0MA 3A90A 1KW5A 4S0WA 3V2WA 4LGKA 1CV6A 3TXDA 3QE8A 3AB6A 3GXRA 3HDFA 1WQOA 4GCCA 4DQJA 1L89A 1GEZA 1HFYA 2DQDY 3AZ6A 1QT5A 241LA 3RU5A 1I6SA 3AW7A 4EJ4A 1L23A 1OUEA 3NY9A 4ETBA 1E8LA 1L70A 1C6HA 1UIAA 2D4IA 1WVVA 154LA 139LA 4I8SA 1D9WA 1IOCA 4WM6A 4N9RA 2X0AA 4K5YA 4WLTA 3SBAA 3VWOA 1HNLA 1D6PA 5I5QA 1C68A 1HERA 5KXYA 1QQYA 4NIJA 1SLYA 1PQOA 1T8GA 1GFGA 3C8SA 1JJ0A 1B2KA 4NHTA 2F2NA 1DKKA 3WULA 181LA 1L07A 260LA 1L83A 1AZFA 1L28A 1OYUA 4H90A 1FLWA 1I1ZA 1JSFA 2BQAA 2C8OA 1ALCA 177LA 236LA 112LA 1L40A 1F10A 4J1AA 3K2RA 1LPIA 1GB2A 1L62A 4L41A 4WM5A 211LA 3TXJA 5IELA 3HBDA 5KXRA 1OUDA 1G7HC 1HEPA 2W1YA 2BLYA 3DMZA 147LA 4H8YA 3M3UA 2NTGA 1C67A 1LYHA 3D9AC 4WL7A 5I4YA 4WM3A 3QNGA 4WM2A 1L15A 1P3NA 3CDOA 4GRVA 1L98A 5F9UA 2IFFY 1C69A 1GDXA 3OE9A 1AT5A 1LI3A 1XFPL 2ZIKA 4C5FA 1LZRA 4HJZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GD6 A;  5KXZ A;  4WLD A;  2DKV A;  1QTK A;  2ZQ4 A;  1C45 A;  3WW6 A;  1MEL L;  1WQP A;  3ZEK A;  5DL9 A;  1XEI A;  4OW1 A;  1RJC B;  2A7D A;  3CB7 A;  1B7M A;  5D5C A;  3AZ4 A;  1LSN A;  1JTP L;  2D4J A;  3A96 A;  2G4Q A;  4BAF A;  5APD A;  1VED A;  1VDP A;  5B59 A;  5HNC A;  3LYM A;  3W6E A;  2H5Z A;  1GFR A;  4R6C A;  5I53 A;  1LZG A;  1XEK A;  2DQE Y;  4AXT A;  1IR8 A;  5F9X A;  1GF9 A;  1IEE A;  3IJV A;  3P4Z A;  4XJH A;  1AKI A;  4B4E A;  3T36 A;  2D91 A;  4GCD A;  4TWS A;  4H92 A;  1IOS A;  2LZ2 A;  3EBA B;  4G49 A;  4GCF A;  1LMP A;  1BB4 A;  5I54 A;  1GB3 A;  1LZY A;  135L A;  1H87 A;  1O23 A;  2HEB A;  1LKS A;  4LYZ A;  3J6K A;  5K7O A;  3RZ4 A;  3G3A B;  3WUN A;  3KAM A;  1YAO A;  2BQC A;  4LZT A;  1IC7 Y;  1OUF A;  1LCN A;  1YKX X;  4HJV A;  1NDG C;  1D0M A;  1DKJ A;  2WAR A;  3A90 A;  4DD1 A;  4HSF A;  1BB7 A;  3TMW A;  5KKI A;  3AGI A;  5D5F A;  3WW5 A;  1EQ4 A;  2DQI Y;  2YSS C;  3M18 B;  4DD9 A;  3SP3 A;  3TXI A;  1GBY A;  4LGK A;  4RDS A;  4DDC A;  1B9O A;  4OWE A;  3TXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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