5HMJA

Re-refinement of 4xan: hen lysozyme with carboplatin in sodium bromide solution
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Re-refinement of 4xan: hen egg-white lysozyme with carboplatin in sodium bromide solution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hmjA00
1UBZA 1GF5A 1UC0A 1GEZA 4OWCA 5I4YA 1RCMA 1LMTA 4A7DA 1HERA 4ZIXA 1HELA 1GAYA 1GFEA 4KT3A 1IWVA 4EOFA 1XFPL 1HFYA 1GFKA 1GB6A 1IY3A 1B5ZA 5A3ZA 1HEOA 4XJDA 6LYZA 1LKRA 2MEDA 1B0DA 4OWHA 1GFHA 4ML7A 1WQOA 4HP0A 1I56A 2MEEA 3AW7A 1BHZA 1FLQA 1GAZA 3WUMA 3ATOA 3TXJA 1XGUC 1OUDA 1UIGA 2I25L 1KIQC 1JUGA 4WM6A 1JTPL 3WH1A 1T3PA 4XJGA 1NF5A 5D5FA 1OUGA 4DD7A 3A94A 1CNSA 4NIJA 1VDTA 4DDBA 1LJGA 1JKAA 1CKDA 1TEWA 3RT5X 1V7SA 4DD9A 1JJ1A 1FLUA 1CKGA 5II3A 4GCFA 4ET8A 5KJ9A 1WQPA 4IJ4A 4ETEA 1LHIA 2BQDA 2BQLA 4H8YA 3RNXA 1GD6A 1LHJA 1KXWA 1WQRA 2H9JA 1HEWA 1QQYA 3W3EA 1REYA 1IP6A 5APCA 2FBDA 1NBZC 1OQMA 3N9EA 4H9CA 1LSCA 5IELA 4DDCA 1LZAA 3A34A 4RLMA 5I54A 2XBRA 1BB7A 2ZNXY 1VFBC 4OOTA 4OW1A 2DQHY 3HBDA 1E8LA 3HFMY 1OUIA 2YSSC 3LYTA 1W08A 2YDGA 1J1PY 1LZEA 3A92A 1XGTC 1WVUA 2EQLA 1JSFA 4OWBA 4LFPA 3D9AC 1YAQA 2I6ZA 4NGIA 4QGZA 5KXWA 4TSBA 1LZ4A 2ZILA 2MEHA 1LSYA 2W1XA 4WO9A 5B07A 5LYMA 5T3FA 2F30A 1UUZC 3A3QA 1XSFA 1BB3A 4WM3A 3A93A 5C6LA 3W6FA 1LZ5A 3A95A 4HTQA 5JENB 1T6VL 2WARA 1DPWA 3WL2A 5C6IA 3ZEKA 1DPXA 1P2CC 1FLYA 1D0MA 1OUCA 1REXA 1NDMC 1C46A 1WQNA 2W1YA 1LOZA 3WU9A 1HC0A 5DM9A 1W6ZA 5F81A 1IR9A 2G4NA 1LZSA 1UIFA 1GBWA 1REMA 3W6BA 1QSWA 2Z37A 1QTEA 2A7DA 1D9UA 1I1ZA 4RLNA 1B9OA 1J1XY 1TAYA 1UIBA 5FELA 1JHLA 1WVVA 3A6BY 5HMJA 1RFPA 1YROA 5FEKA 4ANRA 4BAPA 2DQDY 3IJVA 3P65A 4WM5A 1B5XA 4CFPA 4WOAA 154LA 4LFXA 1LZRA 1GFJA 4J7VA 3WUAA 1LSAA 1D0LA 1GDWA 1IR8A 1GF6A 2Q0MX 1GE3A 5C6JA 5I4WA 4PRQA 5LA8A 4ZEEA 1O23A 2Z2EA 4NG1A 4J0LA 5LVGA 4NG8A 4Z98A 4LT0A 2D6BA 2IHLA 1CKCA 1VAUA 1YL0X 2FBBA 3EMSA 1F6RA 4NEBA 4NHSA 5KXTA 5KY1A 2IFFY 2DQAA 1LJ3A 1C10A 4H9BA 4LYTA 4LYOA 3LYOA 1IC5Y 1LPIA 4WLXA 3W6EA 5IHGA 4ETAA 5LYTA 3IJUA 207LA 2BQMA 1GF3A 1GBYA 1JJ0A 1JKCA 1SQ2L 3TXIA 5HMVA 5KXXA 4LYCA 4WM2A 5KKJA 3HBEX 1AZFA 2DQEY 3P66A 3LZ2A 4B49A 4YM8A 1IP2A 4N9RA 1GE4A 135LA 1YQVY 5B1GA 2BPUA 4NGYA 3TXHA 1AT5A 1IP3A 1JIYA 1KIPC 3ZVQB 4UWNA 4Z41A 1GWDA 4NGLA 1IOTA 1LJ4A 1VDSA 3W6DA 4NSHA 5I5QA 1GBZA 1YAPA 3HBHA 3WYHA 1JTTL 7LYZA 2XBSA 3M18B 4TSCA 2DQFC 2LZ2A 1DKJA 4HJVA 3BKHA 3MGWA 1BB4A 1GFTA 1GF0A 3AGHA 1ZMYL 1FKQA 1LZGA 5HNCA 4ET9A 4D9ZA 1HFZA 1LJFA 3LHMA 1BWIA 4WLYA 5E4PA 4DDAA 1BGIA 3LYZA 4NFVA 1IWUA 3LZTA 2BQNA 1DI3A 1UICA 1A2YC 4H9AA 4TTDA 1IP1A 2FYCA 2BQBA 3A96A 4HPIA 2H9KA 2Y8PA 1CJ9A 5F14A 1AM7A 1TBYA 4I8SA 4R6CA 1IC7Y 3KAMA 4CHXA 1LHLA 2Z19A 1GB7A 1TCYA 5D5CA 4ZFPA 2DKVA 2GV0A 1BWJA 3WXUA 1F6SA 1LZ1A 2BLXA 2BQCA 1GBXA 1SLYA 3CT5A 4W94A 1JEFA 2LYZA 4YOPA 4H1PA 2YBIA 1HSWA 2DQJY 3IWRA 4NHQA 1HEQA 2ZYPA 3B72A 2MEFA 3CSQA 3CT0A 3J4GA 4H9FA 4NGJA 1LSPA 1NHEA 1LSEA 3A6CY 2LZTA 3J6KA 4BADA 1DQJC 1OUEA 1KXXA 1C43A 1QSAA 4BS7A 1GBOA 1DKKA 2BQKA 4WMGA 1TDYA 4UWUA 5APFA 1JISA 1RJCB 2BLYA 4WO6A 3TXEA 1GFAA 1ZVYB 3P68A 4MR1A 1IX0A 1LSDA 5DL9A 3WUNA 1AT6A 4NGVA 4Z46A 1LSZA 1JPOA 2YBLA 1GF8A 4PJ2C 4XJIA 5LXWA 1QDRA 1FN5A 2CGIA 1B7OA 2C8PA 4N0JA 4XENA 4NGZA 4H9EA 4LT3A 1GFVA 2W1MA 3B0KA 5E9RA 5KXSA 4B1AA 4B4IA 1VEDA 3EXDA 1FBIX 4XJFA 2MECA 1IOSA 1Z55A 2ZNWY 1LYOA 2DQCY 1ZVHL 4II8A 1JITA 1WTNA 1BWHA 2FYDA 3WPJA 5B06A 1LAAA 1PS5A 2DQIY 3A3RX 2EPEA 4G9SA 4X3BA 1AKIA 2C8OA 1BB5A 5DLAA 5AMYA 1GB9A 5F9XA 1UIEA 5FCPA 1EQ5A 1A4VA 1LSBA 1IEEA 4C3WA 1LZ6A 1CJ6A 3ATNA 1IOCA 134LA 1JSEA 1GEVA 3QNGA 3LYMA 3WXTA 1B5YA 3P4ZA 1IWTA 1D6QA 2D91A 3AGGG 3TXBA 3TMUA 2ZWBA 4B4JA 5KXKA 2CWIA 4WG7A 2B5ZA 5LVHA 1YAOA 4GLAA 1LHMA 1IWWA 1GFUA 208LA 2ZQ4A 1LSMA 2MEGA 2ZIKA 3BKVA 4NGWA 1LMCA 2MEBA 5I53A 3WPLA 1GDXA 3VWOA 4YENA 4AGAA 1B7QA 2LYMA 4BAFA 4M6DA 3TMWA 1C7PA 1FDLY 1LYYA 2BQHA 1IP4A 1GE1A 2XJWA 4DYGA 4XYYA 2YVBA 2G4QA 2Z39A 2HUBA 4LYMA 5B59A 4HSFA 1VDQA 1LMPA 1LHKA 1UCOA 1GPQC 1WQMA 2I26L 4H94A 1BB6A 1ZV5L 2X0AA 3CB7A 4PHIA 1BVKC 1EL1A 1IP5A 3T6UA 4CFOA 1NKHA 1GE0A 3WVYA 4ETBA 4P2EA 3WW6A 1GXV2 4XJBA 2NWDX 2ZYCA 1OUBA 1YAMA 1LSFA 2BQFA 1XEIA 1B7NA 2HU3A 4MSTA 1GF9A 2H5ZA 1N4FA 2BQIA 2YBNA 3B0IA 3A8ZA 3D3DA 1XEJA 1LKSA 1B7RA 1VDPA 3WU8A 5FSTA 1QUTA 1VATA 1IY4A 1B7SA 1LZYA 1B7LA 4TWSA 1LHHA 4DD1A 4OWEA 4N1CC 4RW1A 1HF4A 1LZDA 1YKYX 4EMNA 3N9CA 5KXRA 2YBJA 4G4BA 5DN4A 3CT1A 1FLWA 1HNLA 2EIZC 2MEAA 5LVKA 2BQOA 3WW5A 1LJJA 1LMQA 5LVJA 2HEEA 1LJHA 2HU1A 3A67Y 5LYZA 3WPKA 1RE2A 4WM1A 5M1YA 4FDYA 3G3AB 1LTMA 4IATA 5LAFA 4TX7A 5FDJA 4WM4A 3AGIA 4HJYA 5KXLA 1GE2A 4LYBA 2D4JA 5KXMA 1IOQA 1UIHA 2BQAA 1UACY 1DZBX 3AZ7A 4NSGA 4HV1A 5KXPA 1GB0A 2Z2FA 4KPMA 4NY5A 1QIOA 4G49A 2D4KA 1LYSA 4XJHA 2YBHA 4ETDA 3EO5A 5FHWA 1LMNA 4R0FA 1BQLY 4LGKA 4HTKA 1HMLA 1UIDA 3QY4A 4KXIA 1GB3A 193LA 1BVXA 1JJ3A 3AYQA 3WU7A 1B5UA 1WTMA 1JKDA 4HV2A 2D4IA 1F0WA 3A91A 2LHMA 4L41A 5LAGA 3RZ4A 1QTKA 1GF7A 3EBAB 4J1AA 2N5ZA 1LZ9A 3TMXA 4DD2A 6LYTA 1HEMA 4HPEA 1YKXX 1CKFA 4H8XA 4M4OA 2ZQ3A 5K7OA 5LINA 1LZCA 1GHLA 3P64A 4LT2A 1IWZA 5L9JA 3FE0A 1DI4A 1GB2A 4CGEA 5F9UA 2BAAA 4PRUA 5IDDA 1HMKA 1YIKA 4RDSA 1OUJA 1C08C 4J1BA 2CDSA 4QEQA 2W1LA 4TUNA 3AJNA 1UIAA 1GBSA 5KXOA 1QDTA 4DD3A 1CJ8A 1FKVA 2HECA 5HQ1A 1HFXA 1OUAA 3WMKA 3ZVQA 4GN3A 3AZ6A 1C45A 2F2NA 4GCEA 2VB1A 3AB6A 2HEBA 3SP3A 4LT1A 1G7JC 1GB8A 1B7MA 1G7LC 4YF2A 1GB5A 4GCDA 3ULRA 153LA 4GCCA 4NGOA 4PGJB 4GCBA 1XEKA 1G7MC 2Z38A 4WL7A 1XGQC 2PC2A 4IASA 3RW8A 1B7PA 1IC4Y 1ALCA 1QUSA 3F6ZA 1JKBA 1GFGA 4HJZA 1LZ8A 1D0KA 1XGRC 4MCKA 4B0DA 5EBHA 1G7IC 4B4EA 4WLTA 3TXDA 2Z18A 1JTOL 4FJRA 2Z12A 1KIRC 3AZ5A 2BQGA 1KXYA 4N5RA 4UWVA 4WLDA 1LSGA 1EQ4A 2MEIA 4QY9A 4KL7A 5B1FA 1LJEA 1IR7A 4NWHA 4E3UA 5DN5A 1OUHA 1IWXA 2ZIJA 1LZTA 1REZA 5KXYA 3TXFA 4G4CA 1IIZA 4OOOA 3AW6A 4U3XB 3QE8A 4C5FA 4H8ZA 132LA 5KXNA 4DT3A 2EKSC 3WVXA 2CJLA 1G7HC 1OUFA 4AXTA 1YANA 2HEFA 2A7FA 2AUBA 4H9IA 4NHTA 3CSRA 3LN2A 4W96A 5HNLA 1NQIA 1LZBA 133LA 5F16A 3CSZA 3B6LA 4GN4A 4WG1A 4LZTA 3WULA 1B5VA 1CKHA 2BQJA 1IWYA 1WQQA 5APDA 4Z3MA 4PPOA 3OK0A 8LYZA 5KXZA 1NMMA 1LCNA 194LA 3GXKA 1DI5A 4H92A 1GXXA 4H90A 4H91A 3TXKA 5LA5A 1PZYA 3B0OA 1HEPA 5I4XA 4XADA 5ILFA 4H9HA 5L3IA 2LYOA 3A90A 4H93A 1J1OY 1LJNA 1V7TA 2DBTA 4GN5C 2F4GA 3TMVA 3AZ4A 3G3BB 1CJ7A 2DQGY 1LSNA 4N8ZA 4O34A 5LIOA 1HENA 4NGKA 4G4HA 4NHPA 4I0CA 1IORA 4LYZA 5APEA 4OWAA 5L3HA 3TXGA 1GF4A 1IO5A 1RI8B 3CQLA 3K3TA 1LYZA 1EQEA 1NBYC 3OJPA 1H6MA 2BQEA 1B2KA 2RSCA 3M3UA 4XN6A 5A3EA 5B05A 4CJ2A 5LVIA 2HEDA 4HTNA 1F10A 4NHIA 4NSJA 4RW2A 2G4PA 5HLLA 2HTXA 1LZNA 1XGPC 1D6PA 3W6AA 1GFRA 1MELL 4NWEA 4WL6A 2F4AA 3E3DA 4YEOA 1LMAA 1NWGA 3GXRA 1YKZX 4QDNA 3T36A 1DXJA 2YBMA 3N9AA 3W6CA 1YL1X 4GLVA 1INUA 4ETCA 1I20A 1LJIA 1JWRA 2HEAA 2XTHA 1IVMA 5J7CA 1H87A 1UA6Y 3RU5A 4DD0A 1LJKA 1YILA 4DC4A 4N1EI 4YEMA 3FI7A 1HSXA 1B5WA 5KKIA 9LYZA 1OP9B 4DWXA 1IP7A 1LMOA 4NSIA 1NDGC 5ILCA 1HHLA 1MLCE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JTNA 1L51A 5I4YA 1RCMA 1HELA 1XFPL 1HFYA 2F2QA 1IY3A 6LYZA 1LKRA 1OVHA 1B0DA 4OWHA 4HP0A 2MEEA 1BHZA 3NY9A 1GAZA 3WUMA 3ATOA 1XGUC 3HTBA 2I25L 2OTYX 3L64A 1QS5A 1LJGA 1JTMA 1CKDA 2QARC 1TEWA 4DD9A 1V7SA 1CKGA 5II3A 237LA 1OYUA 3DN6A 3RNXA 1KXWA 1WQRA 1QQYA 5APCA 1NBZC 1L72A 3N9EA 257LA 1LZAA 4RLMA 2XBRA 4OW1A 2DQHY 2YSSC 1KW7A 2EQLA 1L65A 3D9AC 4NGIA 5KXWA 4TSBA 1LSYA 4WO9A 4W53A 3A3QA 1BB3A 5C6LA 4HTQA 2WARA 1DPWA 1L67A 5C6IA 4AQNA 1W6ZA 5F81A 1IR9A 1REMA 3W6BA 1QSWA 2Z37A 4ARQA 1TAYA 5HMJA 3A6BY 1RFPA 1L31A 3IJVA 3L2XA 4WM5A 4EPIA 3WUAA 4I7KA 182LA 1D0LA 5I4WA 1O23A 1OWZA 1P7SA 1VAUA 1D2WA 1T97A 2B73A 5IHGA 3OE6A 3LYOA 1LPIA 1QT6A 3DN2A 3IJUA 3TXIA 5KKJA 1AZFA 3P66A 4B49A 4YM8A 1IP2A 1L47A 3HU9A 1YQVY 2BPUA 1L38A 1IP3A 1IOTA 1LJ4A 1L55A 4NSHA 1LGWA 1JTTL 2RBRA 1GFTA 5HNCA 4ET9A 4D9ZA 3LHMA 1L45A 2F47A 2BQNA 3A96A 2BQBA 2LCBA 4DAJA 1LHLA 5D5CA 1CVKA 2DKVA 1BWJA 1QT3A 1GBXA 3IWRA 4H9FA 1NHEA 3J6KA 4BADA 1DKKA 1TDYA 2BLYA 4MR1A 3WUNA 1L30A 4W56A 3OE8A 4XJIA 5LXWA 1L20A 1QDRA 1C64A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1UBZ A;  1GF5 A;  1UC0 A;  1GEZ A;  4OWC A;  5I4Y A;  1RCM A;  1LMT A;  4A7D A;  1HER A;  4ZIX A;  1HEL A;  1GAY A;  1GFE A;  4KT3 A;  1IWV A;  4EOF A;  1XFP L;  1HFY A;  1GFK A;  1GB6 A;  1IY3 A;  1B5Z A;  5A3Z A;  1HEO A;  4XJD A;  6LYZ A;  1LKR A;  2MED A;  1B0D A;  4OWH A;  1GFH A;  4ML7 A;  1WQO A;  4HP0 A;  1I56 A;  2MEE A;  3AW7 A;  1BHZ A;  1FLQ A;  1GAZ A;  3WUM A;  3ATO A;  3TXJ A;  1XGU C;  1OUD A;  1UIG A;  2I25 L;  1KIQ C;  1JUG A;  4WM6 A;  1JTP L;  3WH1 A;  1T3P A;  4XJG A;  1NF5 A;  5D5F A;  1OUG A;  4DD7 A;  3A94 A;  1CNS A;  4NIJ A;  1VDT A;  4DDB A;  1LJG A;  1JKA A;  1CKD A;  1TEW A;  3RT5 X;  1V7S A;  4DD9 A;  1JJ1 A;  1FLU A;  1CKG A;  5II3 A;  4GCF A;  4ET8 A;  5KJ9 A;  1WQP A;  4IJ4 A;  4ETE A;  1LHI A;  2BQD A;  2BQL A;  4H8Y A;  3RNX A;  1GD6 A;  1LHJ A;  1KXW A;  1WQR A;  2H9J A;  1HEW A;  1QQY A;  3W3E A;  1REY A;  1IP6 A;  5APC A;  2FBD A;  1NBZ C;  1OQM A;  3N9E A;  4H9C A;  1LSC A;  5IEL A;  4DDC A;  1LZA A;  3A34 A;  4RLM A;  5I54 A;  2XBR A;  1BB7 A;  2ZNX Y; 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 3CSZ A;  3B6L A;  4GN4 A;  4WG1 A;  4LZT A;  3WUL A;  1B5V A;  1CKH A;  2BQJ A;  1IWY A;  1WQQ A;  5APD A;  4Z3M A;  4PPO A;  3OK0 A;  8LYZ A;  5KXZ A;  1NMM A;  1LCN A;  194L A;  3GXK A;  1DI5 A;  4H92 A;  1GXX A;  4H90 A;  4H91 A;  3TXK A;  5LA5 A;  1PZY A;  3B0O A;  1HEP A;  5I4X A;  4XAD A;  5ILF A;  4H9H A;  5L3I A;  2LYO A;  3A90 A;  4H93 A;  1J1O Y;  1LJN A;  1V7T A;  2DBT A;  4GN5 C;  2F4G A;  3TMV A;  3AZ4 A;  3G3B B;  1CJ7 A;  2DQG Y;  1LSN A;  4N8Z A;  4O34 A;  5LIO A;  1HEN A;  4NGK A;  4G4H A;  4NHP A;  4I0C A;  1IOR A;  4LYZ A;  5APE A;  4OWA A;  5L3H A;  3TXG A;  1GF4 A;  1IO5 A;  1RI8 B;  3CQL A;  3K3T A;  1LYZ A;  1EQE A;  1NBY C;  3OJP A;  1H6M A;  2BQE A;  1B2K A;  2RSC A;  3M3U A;  4XN6 A;  5A3E A;  5B05 A;  4CJ2 A;  5LVI A;  2HED A;  4HTN A;  1F10 A;  4NHI A;  4NSJ A;  4RW2 A;  2G4P A;  5HLL A;  2HTX A;  1LZN A;  1XGP C;  1D6P A;  3W6A A;  1GFR A;  1MEL L;  4NWE A;  4WL6 A;  2F4A A;  3E3D A;  4YEO A;  1LMA A;  1NWG A;  3GXR A;  1YKZ X;  4QDN A;  3T36 A;  1DXJ A;  2YBM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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