5HMVA

Re refinement of 4mwk.
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comment on "Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein" [Struct. Dyn. 1, 034701 (2014)].
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hmvA00
1REZA 1IIZA 2G4QA 3A3RX 1JUGA 4I8SA 1XGQC 1NHEA 1VAUA 4NHPA 4NGLA 5FEKA 3B0OA 3ZVQB 1LZ5A 2MEAA 4KXIA 1IP2A 3ZVQA 3RW8A 1D6QA 1LMPA 4HPEA 2YVBA 2BQDA 1HMLA 5DN5A 4HPIA 3W6EA 2IFFY 1WTMA 1BB7A 4Z3MA 5KXWA 4WM5A 4IATA 4HTKA 2FBBA 1GPQC 1RCMA 4NHTA 1VDTA 4ZEEA 2BLXA 2ZWBA 1DKKA 1HEOA 1GBXA 1NKHA 2YDGA 4R0FA 3W3EA 5F9UA 5LA8A 4H9EA 1GFJA 2ZQ4A 1JJ0A 1HELA 3M18B 1BB3A 4OW1A 4H9CA 1GBYA 1YAOA 3TXKA 4DD2A 1GF4A 4WL7A 2MEGA 2BLYA 4DD9A 4XJGA 1QTEA 3WL2A 1GBSA 1B2KA 3CSQA 5IDDA 4NEBA 5APEA 3AGHA 4MR1A 134LA 2DQAA 1NF5A 4GN5C 2XBRA 4M4OA 193LA 4NGOA 4XENA 4HJYA 4NGJA 1LJEA 1OUHA 2BQHA 5FELA 4GCDA 1F6RA 2YBMA 1GF9A 1IR8A 1OUJA 2YBHA 2F2NA 2YBJA 1LSYA 4OWEA 4YM8A 1A4VA 4ETEA 5KXXA 4HJVA 1HHLA 1GFRA 1KIRC 1YL0X 5KXNA 4ET8A 1A2YC 4HV2A 4WLTA 1WQRA 4NHSA 4B1AA 1JKCA 4N1CC 1B5ZA 1C45A 3RZ4A 5L3IA 1QDRA 4PRUA 1IEEA 4G49A 3WUMA 4TTDA 4J1BA 5D5CA 1OUFA 5I4WA 1VATA 2ZYPA 2D91A 2LYMA 3F6ZA 2N5ZA 4XJDA 5APDA 3SP3A 4AXTA 4WM6A 3IJVA 1LSNA 1UACY 4QY9A 5KKIA 5DLAA 5KXLA 4KT3A 1HEPA 1B7RA 1WQPA 3AW7A 2Z18A 1F10A 3ULRA 5APCA 5F9XA 1BB4A 1NWGA 4NSJA 5LAFA 132LA 1LMTA 4EOFA 1GFTA 1OUGA 5B59A 1JJ3A 1UUZC 3AB6A 1GFKA 7LYZA 1GBOA 5DL9A 1NBYC 208LA 3LYZA 4KL7A 1GFVA 3EBAB 4XN6A 1CJ8A 4J7VA 4UWNA 2HU3A 1G7JC 3HFMY 1GF8A 4XJIA 1LHMA 1TBYA 1LKSA 5LVHA 1LSMA 3LZ2A 2A7DA 2LHMA 2Y8PA 1FKVA 4DDBA 2X0AA 1HF4A 1SLYA 4J0LA 1UIHA 1LAAA 1B0DA 1WQQA 2HEFA 3FI7A 3TMXA 1UIAA 2YBNA 2ZILA 3A96A 3AW6A 2F30A 1NDMC 3W6AA 207LA 3P4ZA 2HEBA 4NSGA 5LAGA 3RNXA 4NHQA 5B07A 1QDTA 5KXKA 1LZ1A 1AT6A 3AZ4A 1LZEA 1IP3A 1GFGA 1CNSA 2ZNWY 1LJGA 3EO5A 1LYSA 2BQLA 2GV0A 4RLNA 1LYYA 4PHIA 1TCYA 1W08A 5EBHA 2DQJY 4LT0A 4FDYA 3IWRA 1D0MA 1F6SA 1GXXA 4HV1A 1UIEA 1CKDA 5B05A 1LZ8A 4OWBA 3WPKA 1LZDA 1LSPA 1WVUA 5F14A 1G7IC 5M1YA 1KIPC 1XGRC 4IASA 1IWWA 4WM3A 4II8A 1LMAA 3AJNA 1PS5A 3B0IA 4OWAA 4H9IA 2C8PA 4D9ZA 2DQGY 3E3DA 3WW5A 1OUIA 5FSTA 1G7LC 1KXYA 1T6VL 5L9JA 3ATOA 1CJ7A 1UIDA 2BQFA 1B5YA 4CFOA 3A8ZA 2BQEA 1B7NA 1GB6A 1KXWA 1GB5A 4C3WA 2W1MA 1LSFA 1IP1A 2IHLA 3WXUA 2CDSA 1GWDA 1GB3A 3HBDA 1IWTA 1AKIA 1LMCA 1GB8A 2DQEY 1HNLA 1QTKA 1B9OA 3OK0A 4GCFA 4WLYA 2W1LA 2Z19A 5HLLA 4WO9A 2DKVA 1OP9B 3TXJA 5KXRA 1HEMA 1LSGA 5AMYA 3WXTA 4HSFA 4GCEA 1B5WA 3AZ6A 2H9JA 3TMVA 1IWYA 1IWXA 4ML7A 4XADA 4LFPA 2H9KA 1JTPL 5KXMA 1Z55A 5LXWA 4CHXA 1YQVY 1ALCA 1V7TA 4DDCA 1CJ6A 1B7LA 1JPOA 2Z38A 4XJHA 1LMNA 2HECA 1LKRA 4HTNA 2D4KA 4E3UA 4B4IA 1LZYA 1LZRA 1GEZA 1HFZA 1UC0A 2DQHY 3QE8A 4OWHA 1YAMA 3TXIA 3A3QA 4GLVA 2BQAA 1LTMA 2H5ZA 1IC7Y 1LSCA 1IY4A 1IOTA 4N9RA 1I20A 4LYZA 4MCKA 5F16A 2VB1A 1JTTL 1B5XA 2NWDX 3B72A 5APFA 1D0KA 5IHGA 5KXZA 1BVXA 3BKVA 1WQMA 4C5FA 1DI5A 1GE1A 1LZSA 1DPWA 1HSWA 4N0JA 1UA6Y 1LYOA 1JTOL 5LVKA 4W96A 2ZIKA 1C43A 1T3PA 4H8ZA 4LZTA 1JSEA 2BQBA 1XSFA 5JENB 3VWOA 1NQIA 3AGGG 4H92A 4WLDA 1CKGA 5HQ1A 5LIOA 1HMKA 4TSCA 2F4AA 1E8LA 3CT0A 1CKFA 4HP0A 5B1GA 2MEIA 5ILCA 1QSWA 4RW1A 2XBSA 3WULA 1D6PA 1TAYA 1VEDA 6LYZA 1GFAA 1BWHA 1XGUC 2DQFC 5LYMA 2HEAA 5LVIA 2LZ2A 1JWRA 1IX0A 3A95A 4NWEA 1OUEA 1FLUA 5HNLA 1J1PY 4O34A 2BQCA 3A91A 2EIZC 1LJHA 1LJ4A 1ZVHL 1VDPA 1LSZA 2FBDA 2W1YA 1GB0A 4QDNA 3CQLA 4WOAA 3B0KA 1LMOA 1LJFA 1HFXA 1INUA 1LZGA 4GN4A 4NSIA 1OUAA 3P64A 1QUTA 3QY4A 1IY3A 4DD1A 4G4CA 3TXHA 4H9AA 1KIQC 1LHKA 2ZQ3A 3LYTA 3CSZA 1GF5A 5KY1A 1LZCA 1WVVA 4H94A 4HTQA 4FJRA 4RLMA 5A3ZA 1VFBC 2DQDY 1CJ9A 2XTHA 4NSHA 5KXPA 2FYCA 3CSRA 4XYYA 3P65A 3GXRA 1NBZC 4R6CA 1LHIA 1GF0A 4IJ4A 4WG7A 1FLQA 1HEWA 3A90A 1YAPA 1GFHA 2EPEA 4H9BA 5LVJA 4XJFA 1ZV5L 5IELA 1C08C 1LCNA 1D9UA 1BHZA 4H90A 3TXDA 4EMNA 4ETBA 1IWZA 1JISA 1GE0A 2DQCY 4H8XA 3K3TA 4LYTA 5HMVA 4YF2A 1GB7A 4H1PA 4B4EA 3ATNA 3T36A 1LJIA 1PZYA 1P2CC 2MEDA 1OUCA 2EQLA 1J1XY 4N8ZA 1G7HC 3D9AC 1WTNA 1YKZX 4OWCA 1GF7A 1B7MA 1NMMA 1YANA 2LZTA 3AZ7A 5B06A 3TXBA 1RJCB 1IWUA 2I6ZA 4B49A 4WL6A 194LA 1IO5A 1LSAA 3HBHA 1H87A 4ZIXA 3A6CY 1QSAA 3AGIA 5KXOA 4OOOA 1UBZA 2WARA 3J6KA 5KKJA 5KXSA 4H9FA 3WYHA 1EQEA 1G7MC 2BQIA 4U3XB 1I56A 1LSDA 1IWVA 1IP6A 1YAQA 1VDQA 5C6JA 3W6BA 1GE4A 2Q0MX 3WPLA 1DQJC 1RE2A 4NGWA 5E9RA 4NIJA 3B6LA 4LYCA 1FBIX 2D6BA 3WUNA 1IC5Y 3WUAA 1JJ1A 4WO6A 1DI4A 1DZBX 2BQMA 1LJKA 5FCPA 153LA 4LGKA 4B0DA 4DWXA 3CB7A 1OQMA 1B5UA 1CKCA 5I4YA 1IORA 4N5RA 3P66A 1LJNA 2B5ZA 1GE2A 4LT3A 1YL1X 2DBTA 4WM2A 1GBZA 3G3AB 2MEEA 1JKDA 5FHWA 1XGPC 2D4IA 3HBEX 5J7CA 1N4FA 3TXEA 5FDJA 4PPOA 1REYA 1BVKC 133LA 3M3UA 1QUSA 2XJWA 1LHHA 1ZVYB 2DQIY 1GD6A 4PGJB 3WU9A 2ZYCA 4ETAA 4WM1A 4ET9A 4WG1A 4DT3A 4WM4A 4LT2A 1UCOA 4QGZA 4YEOA 1BWIA 2W1XA 3WU7A 4PRQA 1WQNA 4N1EI 3AZ5A 4DD3A 3BKHA 1BB6A 1BGIA 2CGIA 3N9AA 4NG1A 4UWVA 3A6BY 4X3BA 5C6LA 5I53A 4ETCA 4BAFA 3P68A 1DXJA 4YOPA 1EQ4A 1LZ9A 4I0CA 1JITA 3LHMA 3WVYA 3W6FA 1TDYA 3N9CA 5DN4A 4RDSA 1DPXA 5II3A 1IR9A 1FDLY 2CJLA 1IC4Y 4UWUA 4G4BA 5HNCA 4G9SA 1GDWA 3RT5X 4WLXA 4CGEA 3CT5A 4TUNA 3A94A 4DD0A 4PJ2C 2Z12A 2HEEA 5LYTA 1BB5A 3A93A 3LYMA 2HTXA 3LYOA 1REXA 2ZNXY 2PC2A 1GB9A 4YENA 2MEHA 9LYZA 5I54A 3LZTA 1IP7A 1IR7A 2YBIA 1LJJA 4QEQA 1XEKA 3D3DA 4BAPA 1YILA 2G4NA 4BS7A 3WW6A 1FKQA 4GCCA 3FE0A 5LINA 4Z46A 1IOQA 1JIYA 1GF6A 1GEVA 1JKAA 1XEJA 2CWIA 1C10A 2BPUA 2EKSC 4B4JA 1AT5A 1BWJA 6LYTA 2BQOA 3ZEKA 1LOZA 1GDXA 1GAYA 1C7PA 1WQOA 1YKXX 1YROA 4NGKA 1GFEA 2A7FA 1ZMYL 1FLWA 4NGVA 3WU8A 4YEMA 4OOTA 1LSEA 4G4HA 1GB2A 4NY5A 4GCBA 3WMKA 3WPJA 4BADA 1UICA 1QIOA 1SQ2L 2HUBA 1HSXA 2YSSC 1LMQA 1NDGC 4NHIA 1HEQA 3WH1A 3WVXA 1UIFA 1H6MA 2D4JA 2BQJA 3W6CA 3N9EA 4DC4A 1JKBA 2BQNA 1B5VA 4Z41A 5KJ9A 4HJZA 1LJ3A 1D0LA 5L3HA 1GXV2 2MEBA 1RI8B 4CJ2A 1YIKA 1HERA 1MLCE 1GFUA 3W6DA 4A7DA 1GHLA 4NGZA 2Z39A 2FYDA 5LA5A 5B1FA 4NGIA 4GLAA 5K7OA 5LVGA 1I1ZA 5KXYA 1RFPA 1LHJA 3OJPA 4LFXA 2MEFA 5I4XA 4L41A 1AZFA 4TX7A 1B7OA 4ETDA 4J1AA 5DM9A 1LZTA 1UIGA 1IP5A 1KXXA 5LYZA 1HFYA 3MGWA 1GAZA 2BQGA 2ZIJA 8LYZA 1EL1A 5A3EA 4H8YA 4H9HA 1DKJA 2G4PA 2I25L 3A92A 1B7PA 1JHLA 3TMUA 4GN3A 1XFPL 1LSBA 4DYGA 1IOCA 1UIBA 2LYOA 2LYZA 4WMGA 4CFPA 4TSBA 2HU1A 4LYBA 1QQYA 1EQ5A 1HENA 4M6DA 1TEWA 2BQKA 4H91A 3TMWA 5ILFA 1DI3A 2I26L 4Z98A 2BAAA 4P2EA 1YKYX 1GBWA 3GXKA 5KXTA 4NWHA 135LA 1LZNA 3A67Y 1OUBA 2Z2FA 1IOSA 1LZAA 1LPIA 1IP4A 1BQLY 2C8OA 4H93A 4NGYA 1J1OY 5I5QA 1IVMA 3EXDA 4NFVA 1GF3A 2RSCA 1AM7A 4ZFPA 3QNGA 2Z37A 5T3FA 2Z2EA 3KAMA 4DD7A 154LA 1VDSA 1XGTC 1MELL 2MECA 5C6IA 4DDAA 4NG8A 3TXGA 3CT1A 4LYMA 1XEIA 2F4GA 3T6UA 1LZ6A 1REMA 3A34A 3RU5A 3TXFA 3EMSA 2AUBA 4ANRA 1OUDA 3IJUA 4KPMA 4XJBA 1C46A 1JEFA 1LZ4A 1CKHA 1LZBA 1GE3A 1F0WA 1LYZA 3AYQA 3J4GA 4LT1A 4LYOA 5E4PA 5HMJA 1LHLA 4W94A 4MSTA 1HC0A 5F81A 2HEDA 1FN5A 4RW2A 1W6ZA 4TWSA 2YBLA 1O23A 1B7QA 1V7SA 3G3BB 4AGAA 1FLYA 1B7SA 3LN2A 1JSFA 5D5FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4I8SA 1L94A 1C6IA 1VAUA 5FEKA 1LZ5A 3K2RA 1T8GA 4KXIA 1L32A 2ANVA 111LA 145LA 1G0MA 1HMLA 3W6EA 1WTMA 1BB7A 1QUHA 2RH1A 1DYDA 4IATA 4ZEEA 1L10A 2ZWBA 1GBXA 4DD2A 1BB3A 1C60A 1GF4A 108LA 1D2WA 122LA 4MR1A 1LI2A 2XBRA 4M4OA 3OE8A 1CUPA 4W54A 4HJYA 4XENA 3HH5A 2YBMA 1IR8A 109LA 1EPYA 1OUJA 4YM8A 3HDEA 5KXXA 4HJVA 1YL0X 1C6JA 1L99A 1C69A 3DN2A 4NHSA 4N1CC 1B5ZA 1C45A 1LYIA 4G49A 1OUFA 2D91A 2LYMA 2N5ZA 4XJDA 5APDA 2B6WA 3IJVA 2B75A 5KXLA 1HEPA 3AW7A 5LAFA 1LMTA 1OVJA 1UUZC 181LA 1L68A 1GBOA 2NTGA 2Q9DA 3HT8A 3LYZA 1GFVA 1G7JC 1GF8A 3FI5A 4XJIA 3SB5A 1L50A 4J0LA 3OE0A 1L57A 1UIHA 1WQQA 3FI7A 2YBNA 3OE9A 2F30A 1KW5A 234LA 3AZ4A 1LJGA 1LYSA 1W08A 3IWRA 1D0MA 1F6SA 4HV1A 1UIEA 3V2WA 1WVUA 3HH4A 5M1YA 4WM3A 3AJNA 1PS5A 3B0IA 4OWAA 1C63A 2RBPA 3V2YA 130LA 1UIDA 2BQFA 2BQEA 1B7NA 1KXWA 1GWDA 1GB8A 3HTBA 2DQEY 1QTKA 3OK0A 1B9OA 3QAKA 4GCFA 3TXJA 1LSGA 4HSFA 2H9JA 1IWYA 1IWXA 146LA 2H9KA 1JTPL 1ALCA 4DDCA 1B7LA 2Z38A 1LMNA 1LKRA 2D4KA 1LZRA 1HFZA 1UC0A 3TXIA 209LA 3A3QA 4GLVA 1L80A 1IY4A 1QS9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1REZ A;  1IIZ A;  2G4Q A;  3A3R X;  1JUG A;  4I8S A;  1XGQ C;  1NHE A;  1VAU A;  4NHP A;  4NGL A;  5FEK A;  3B0O A;  3ZVQ B;  1LZ5 A;  2MEA A;  4KXI A;  1IP2 A;  3ZVQ A;  3RW8 A;  1D6Q A;  1LMP A;  4HPE A;  2YVB A;  2BQD A;  1HML A;  5DN5 A;  4HPI A;  3W6E A;  2IFF Y;  1WTM A;  1BB7 A;  4Z3M A;  5KXW A;  4WM5 A;  4IAT A;  4HTK A;  2FBB A;  1GPQ C;  1RCM A;  4NHT A;  1VDT A;  4ZEE A;  2BLX A;  2ZWB A;  1DKK A;  1HEO A;  1GBX A;  1NKH A;  2YDG A;  4R0F A;  3W3E A;  5F9U A;  5LA8 A;  4H9E A;  1GFJ A;  2ZQ4 A;  1JJ0 A;  1HEL A;  3M18 B;  1BB3 A;  4OW1 A;  4H9C A;  1GBY A;  1YAO A;  3TXK A;  4DD2 A;  1GF4 A;  4WL7 A;  2MEG A;  2BLY A;  4DD9 A;  4XJG A;  1QTE A;  3WL2 A;  1GBS A;  1B2K A;  3CSQ A;  5IDD A;  4NEB A;  5APE A;  3AGH A;  4MR1 A;  134L A;  2DQA A;  1NF5 A;  4GN5 C;  2XBR A;  4M4O A;  193L A;  4NGO A;  4XEN A;  4HJY A;  4NGJ A;  1LJE A;  1OUH A;  2BQH A;  5FEL A;  4GCD A;  1F6R A;  2YBM A;  1GF9 A;  1IR8 A;  1OUJ A;  2YBH A;  2F2N A;  2YBJ A;  1LSY A;  4OWE A;  4YM8 A;  1A4V A;  4ETE A; 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 4TX7 A;  1B7O A;  4ETD A;  4J1A A;  5DM9 A;  1LZT A;  1UIG A;  1IP5 A;  1KXX A;  5LYZ A;  1HFY A;  3MGW A;  1GAZ A;  2BQG A;  2ZIJ A;  8LYZ A;  1EL1 A;  5A3E A;  4H8Y A;  4H9H A;  1DKJ A;  2G4P A;  2I25 L;  3A92 A;  1B7P A;  1JHL A;  3TMU A;  4GN3 A;  1XFP L;  1LSB A;  4DYG A;  1IOC A;  1UIB A;  2LYO A;  2LYZ A;  4WMG A;  4CFP A;  4TSB A;  2HU1 A;  4LYB A;  1QQY A;  1EQ5 A;  1HEN A;  4M6D A;  1TEW A;  2BQK A;  4H91 A;  3TMW A;  5ILF A;  1DI3 A;  2I26 L;  4Z98 A;  2BAA A;  4P2E A;  1YKY X;  1GBW A;  3GXK A;  5KXT A;  4NWH A;  135L A;  1LZN A;  3A67 Y;  1OUB A;  2Z2F A;  1IOS A;  1LZA A;  1LPI A;  1IP4 A;  1BQL Y;  2C8O A;  4H93 A;  4NGY A;  1J1O Y;  5I5Q A;  1IVM A;  3EXD A;  4NFV A;  1GF3 A;  2RSC A;  1AM7 A;  4ZFP A;  3QNG A;  2Z37 A;  5T3F A;  2Z2E A;  3KAM A;  4DD7 A;  154L A;  1VDS A;  1XGT C;  1MEL L;  2MEC A;  5C6I A;  4DDA A;  4NG8 A;  3TXG A;  3CT1 A;  4LYM A;  1XEI A;  2F4G A;  3T6U A;  1LZ6 A;  1REM A;  3A34 A;  3RU5 A;  3TXF A;  3EMS A;  2AUB A;  4ANR A;  1OUD A;  3IJU A;  4KPM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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