5HQ1A

Comment on s. w. m. tanley and j. r. helliwell structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein struct. dyn. 1, 034701 (2014) regarding the refinement of 4mwk, 4mwm, 4mwn and 4oxe and the method we have adopted.
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comment on "Structural dynamics of cisplatin binding to histidine in a protein" [Struct. Dyn. 1, 034701 (2014)].
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 48
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5hq1A00
1IWUA 4PGJB 1NHEA 4TTDA 4NWEA 3CSQA 2Z37A 3AZ6A 5ILFA 1IY4A 1GF9A 1MELL 1GB0A 1LZ1A 2BQNA 3AZ4A 4NWHA 4ANRA 4D9ZA 3TMWA 2FYCA 1WTNA 1CJ8A 3TXGA 1OP9B 3T6UA 4WLYA 4NSJA 4XJBA 1C46A 1OUIA 4GLAA 4G4CA 3RT5X 1DPWA 1LZGA 1VDQA 4FJRA 1JSEA 2N5ZA 1YAQA 1IOCA 2YBIA 1OUDA 1KIPC 1IC4Y 3WL2A 1GE2A 1CKGA 1LYSA 3GXKA 4H93A 1HERA 4NGYA 3K3TA 2RSCA 2DQDY 1B5XA 4GN5C 3WPKA 193LA 1O23A 3D3DA 5KXLA 4LT0A 1OUGA 1GFHA 1GBYA 2HTXA 4WM1A 1LSFA 1GXXA 4PRQA 3WH1A 3M18B 5EBHA 4OOTA 1FLUA 2DKVA 4H92A 4N9RA 3WU9A 1FLYA 1OUAA 1PS5A 1G7MC 1REZA 1SLYA 2MEGA 5DN5A 1IP6A 4QY9A 1NBZC 3N9CA 1IWZA 1LZSA 4DDCA 3FE0A 5E4PA 4B4IA 1GF5A 4XJDA 1QIOA 3B0OA 1BQLY 1OQMA 1QDRA 4PJ2C 1WQNA 1IOQA 4HTNA 5LA8A 2BQLA 3T36A 1IR8A 1WVUA 5I54A 2I6ZA 4NGJA 1BGIA 5KXSA 5B05A 4B4JA 2ZWBA 4HSFA 2CDSA 5I53A 5L3IA 4EOFA 4C5FA 4LT3A 3RZ4A 1D0KA 1B7NA 1OUBA 2BQDA 3F6ZA 3W6FA 3CT1A 5KY1A 2CGIA 1JUGA 1D6QA 5KXZA 1IC5Y 1HMKA 1J1XY 1LJFA 1LZ5A 1XFPL 5IHGA 1LYZA 4CFOA 1C7PA 1KXYA 3TMVA 1HEOA 1ZVYB 4XJHA 1Z55A 4ETDA 1BVXA 1C08C 4OWCA 4GCCA 1XGQC 2BQHA 4OWBA 4HPIA 1LZTA 4E3UA 1LKRA 2Z38A 1NWGA 4WOAA 1JIYA 1DI4A 1YIKA 1IEEA 4G4HA 5F9UA 5I4WA 1LAAA 3WUMA 4DDAA 2F4AA 4UWVA 5FELA 153LA 4P2EA 1GFJA 1HFYA 5F14A 2DQJY 3LZ2A 1BB5A 1GFKA 1W6ZA 3J6KA 4UWUA 4DD7A 3A6CY 1XGPC 5APCA 3WVYA 5DM9A 6LYTA 1B5YA 3AB6A 5KXTA 1LHKA 1QDTA 2XBSA 3CB7A 1DI3A 1H87A 1YKYX 5DL9A 1BHZA 2BQBA 5LVKA 1F6SA 4J1BA 4OOOA 2IHLA 5FCPA 1DPXA 1IIZA 4B1AA 4OWEA 1QSWA 2G4QA 4EMNA 2DQHY 4NGKA 1EQ4A 1GBWA 1B5UA 1J1OY 2F2NA 1XGRC 5KXMA 2HUBA 1LSBA 1W08A 3AZ7A 1CJ7A 1JTPL 1REMA 4WMGA 4ETEA 5A3ZA 4U3XB 4BAPA 4LGKA 3CQLA 1NMMA 2BQJA 3IJUA 4QEQA 1B9OA 1IOTA 1WTMA 2IFFY 3ULRA 2MEHA 6LYZA 1UACY 3RW8A 1EQ5A 1LSZA 1G7IC 3MGWA 2LHMA 3WXUA 4GCFA 3A67Y 9LYZA 1GB7A 5HMVA 1B7LA 1B2KA 2Z18A 1LZCA 4WM6A 5FHWA 4PRUA 3A3RX 4WM5A 4TSCA 4NSGA 1IP4A 1IX0A 2G4PA 1REXA 1LJKA 4RLNA 1INUA 1IP7A 8LYZA 1GB6A 1WQQA 5K7OA 3P64A 4L41A 3P4ZA 2BAAA 3N9AA 2CWIA 1EL1A 1GXV2 1IP1A 1NQIA 2Q0MX 3BKHA 2FYDA 1BB4A 2XTHA 7LYZA 4WG7A 4DT3A 3IJVA 4NG8A 3W6BA 1TBYA 4CGEA 3LYTA 4KT3A 1B7PA 4ET9A 1YAOA 4G9SA 1LKSA 1LJEA 1NBYC 2BQAA 4M4OA 1KIRC 3LHMA 2YBJA 5II3A 1B7OA 5L3HA 1TEWA 5E9RA 1LSCA 4N1CC 4N0JA 1F6RA 1UIEA 1LHHA 4H94A 1VAUA 3WW6A 4H9EA 4Z41A 1E8LA 134LA 1LSPA 3CSRA 4ETBA 1CKHA 1ALCA 1LSEA 1IP3A 2WARA 3W6CA 1GEVA 1LZDA 4RDSA 3IWRA 3LYMA 1LSMA 1LSNA 1FLQA 1A2YC 1CKCA 2DBTA 2I26L 4CHXA 1BB7A 1BWJA 5C6JA 4NGVA 2BLYA 4AGAA 1OUHA 4Z3MA 5B59A 1RI8B 1HSXA 1JISA 2A7DA 2DQFC 1IR7A 3A93A 4WLTA 1JKAA 4NHPA 1GF6A 1T6VL 1GWDA 1KXWA 3WMKA 4BAFA 1JJ0A 1HMLA 1LJJA 1GB5A 1JTTL 2HEBA 1HFXA 1QUTA 4NHQA 3TMUA 3WU7A 5LVIA 5F9XA 3WXTA 4C3WA 1UICA 4HV1A 3RNXA 1JPOA 4TWSA 1HELA 1GB3A 1REYA 4DDBA 2VB1A 4BADA 1B5VA 1LMQA 1YAPA 3VWOA 4DD9A 2BQIA 3QE8A 5FSTA 1J1PY 2BQMA 3HBHA 5FDJA 3WULA 1GF4A 1HENA 5HMJA 1YAMA 3LN2A 1VFBC 1WVVA 5APFA 1GBXA 4IATA 4HP0A 2BQKA 1YKZX 4NY5A 2ZQ4A 2H9KA 4NGIA 1LHMA 4MR1A 1GDXA 1KIQC 3HBEX 4GN3A 4R6CA 1UA6Y 1QUSA 1WQOA 4XJFA 3W3EA 5APEA 1RE2A 2ZNWY 3SP3A 3A92A 1YKXX 1B7SA 1OUCA 2ZYPA 1BB6A 3D9AC 132LA 3B0KA 1DZBX 1OUEA 1JWRA 4WLDA 5KKIA 5KXOA 1UUZC 154LA 1UCOA 3B0IA 4XJGA 1C45A 1N4FA 1TAYA 1JKCA 1HHLA 2Z2EA 3P68A 3AW6A 1GD6A 1IWWA 3HBDA 1LZ4A 4HTQA 3WPJA 4I0CA 4TSBA 1GAZA 1GHLA 1BWHA 3B6LA 3TXKA 2EQLA 4WO6A 5I5QA 3EO5A 1XEKA 4HJVA 1FKVA 2ZYCA 3A96A 1VDTA 1VDSA 5DN4A 4KXIA 3TMXA 1D0LA 207LA 1V7TA 3LYOA 1HC0A 208LA 4NIJA 3TXIA 4DD3A 1GB8A 5LAGA 1F0WA 4LYCA 4PPOA 1BVKC 4DC4A 4GCBA 3ZVQA 5KXKA 4J0LA 1I56A 2D4KA 1IC7Y 4LYZA 2AUBA 5KXWA 2YDGA 1CNSA 1XGTC 4QGZA 1WQMA 2MEAA 5L9JA 1B7QA 2HEDA 4H8ZA 5FEKA 4DD1A 1LZ6A 3TXJA 1CJ6A 1GPQC 3QY4A 4XENA 5IELA 1GBZA 2MEEA 3A90A 3P66A 3W6EA 4GLVA 4DD0A 4KPMA 1LJGA 4B0DA 4HJYA 1DXJA 1IO5A 2PC2A 2MEIA 4ZIXA 1LJIA 1GBOA 5HNLA 1PZYA 1UIDA 2FBBA 3TXHA 1GE3A 4RLMA 4NSHA 2Z39A 4NG1A 2ZILA 4N5RA 3EBAB 1HEWA 4J1AA 4HJZA 1JJ1A 5C6IA 4H9BA 1GFRA 1D0MA 1DKJA 2D4IA 2HEFA 1CKDA 5LINA 5AMYA 3WUAA 4HV2A 4ZEEA 1RJCB 4O34A 3A6BY 3N9EA 5LXWA 1LYOA 5ILCA 1VATA 4LYBA 4NHTA 4NEBA 4AXTA 2LZTA 1HNLA 1UIAA 2LYMA 1IORA 4GCDA 4YM8A 1OUFA 4LYTA 2HEEA 2I25L 4BS7A 4LYMA 3WYHA 1YANA 3ATOA 1LYYA 2Z12A 2Y8PA 1LOZA 5LVGA 1G7LC 1GF3A 2YVBA 4FDYA 4IJ4A 2BQEA 3ATNA 3TXDA 4ET8A 3TXBA 1ZV5L 2F4GA 1GFAA 1P2CC 1UBZA 1AM7A 1GB2A 3CT0A 5F16A 2W1MA 1CJ9A 1XEIA 1YL0X 1LSYA 3AW7A 3GXRA 5HLLA 5J7CA 2HU3A 2W1YA 1LZ9A 1IP5A 1QQYA 4XYYA 1BB3A 1JTOL 3TXEA 2Z2FA 1LZ8A 5HQ1A 5I4YA 5LAFA 4YEMA 2CJLA 1LSDA 4HPEA 5F81A 5KXYA 1LZEA 4H8XA 1GBSA 5JENB 2W1LA 1JSFA 3AGIA 3TXFA 5IDDA 3KAMA 4H9IA 1B0DA 4CFPA 5LYMA 1IP2A 4B49A 1LJ3A 3CSZA 4ML7A 135LA 1GE4A 194LA 4H91A 3A94A 1TDYA 1LZYA 2C8PA 2X0AA 1IVMA 1LHJA 1UC0A 1IWYA 1G7JC 2F30A 4H9CA 5T3FA 2A7FA 1IOSA 5KKJA 5LYTA 1F10A 1YROA 5LVJA 1AT6A 4WO9A 4IASA 3ZEKA 4NHIA 4M6DA 1RFPA 1MLCE 4OWAA 5HNCA 1GB9A 3WW5A 4YF2A 5B1FA 1H6MA 1WQPA 2D6BA 4H90A 2YBNA 3WVXA 1IWVA 1NDGC 2DQIY 1QSAA 4WL7A 5LYZA 5KXPA 4CJ2A 3FI7A 1ZVHL 2FBDA 1UIBA 4ETAA 3WU8A 1GE0A 4WLXA 4DD2A 1HF4A 1NF5A 1GDWA 4TX7A 4WM2A 4B4EA 1LZNA 4WL6A 1AZFA 1QTKA 4RW2A 2ZIKA 1WQRA 1GF8A 1FKQA 3WPLA 1SQ2L 1XGUC 1OUJA 2LYOA 4H8YA 3G3AB 4KL7A 1GFTA 1HEQA 5LA5A 4N8ZA 4NFVA 4DYGA 4ZFPA 2HEAA 1I1ZA 1HSWA 2BQCA 1UIFA 4I8SA 1JJ3A 4LT2A 1GEZA 1LMCA 1IY3A 1B7MA 2BQGA 1FDLY 1LPIA 3OK0A 4R0FA 4LT1A 4H9HA 1LZRA 4UWNA 2BLXA 1LJNA 4X3BA 2MEDA 4NHSA 1HFZA 4H1PA 3HFMY 3M3UA 1XEJA 1YILA 2B5ZA 2BPUA 3A91A 3EMSA 4HTKA 4LYOA 2H9JA 2GV0A 1KXXA 1VDPA 1NKHA 4LFPA 1C10A 3W6DA 1BWIA 1FN5A 1V7SA 3W6AA 1GE1A 2BQFA 1D9UA 2LYZA 1LSAA 4A7DA 2MEBA 3A3QA 1FBIX 1LSGA 2MEFA 1B5WA 2XJWA 2YBLA 2YBHA 2BQOA 1JITA 133LA 5B1GA 1LTMA 2EKSC 1TCYA 4PHIA 1GFUA 1IWTA 3OJPA 4NGOA 4XJIA 5DLAA 1DKKA 4LFXA 1GFGA 1AT5A 3AYQA 2LZ2A 4YOPA 2HU1A 1LJHA 3AGHA 4ETCA 1I20A 2EIZC 2ZIJA 4GCEA 1C43A 2D91A 5KXRA 2XBRA 1GFVA 3AZ5A 1B7RA 4J7VA 5C6LA 4MSTA 1YQVY 2NWDX 5A3EA 2DQCY 1DQJC 1GFEA 1HEMA 1LMPA 4XADA 5KJ9A 4DWXA 4W96A 3WUNA 3AJNA 1A4VA 3LZTA 2DQAA 5M1YA 1GF7A 2DQGY 1LJ4A 1EQEA 1FLWA 4Z46A 5D5FA 2YSSC 3P65A 1LHIA 4G4BA 5I4XA 3A8ZA 2ZNXY 1YL1X 4G49A 4H9FA 4N1EI 2Z19A 3CT5A 4LZTA 3RU5A 1GAYA 3E3DA 2MECA 2D4JA 4OW1A 3LYZA 4XN6A 4Z98A 5KXXA 1CKFA 2W1XA 4W94A 1LMNA 1XSFA 3AGGG 5APDA 4GN4A 1UIGA 3BKVA 4MCKA 2YBMA 1LZBA 2H5ZA 1RCMA 5KXNA 4NGLA 2ZQ3A 3B72A 4NGZA 5B06A 1LMOA 5LVHA 1NDMC 1VEDA 4TUNA 2EPEA 4WG1A 1IR9A 4YENA 1GF0A 1LMTA 1ZMYL 1LHLA 1LZAA 4QDNA 4YEOA 3EXDA 1JEFA 4H9AA 1T3PA 1JKBA 1DI5A 4OWHA 1JKDA 4WM3A 1LMAA 5B07A 4II8A 5LIOA 1D6PA 5D5CA 3QNGA 1HEPA 2G4NA 2C8OA 3A95A 2HECA 1JHLA 4WM4A 1UIHA 1G7HC 3J4GA 4RW1A 3G3BB 1QTEA 3A34A 1AKIA 1IWXA 4NSIA 3ZVQB 4NGWA 1LCNA 2DQEY 1B5ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4TTDA 3CSQA 2Z37A 1LZ1A 4ANRA 4D9ZA 3C8QA 1CJ8A 3TXGA 4WLYA 4XJBA 1VDQA 4DKLA 1YAQA 1IOCA 2YBIA 1LYSA 1HERA 163LA 3HUKA 1O23A 3D3DA 104LA 3WH1A 4PRQA 4OOTA 1FLUA 4H92A 1T8FA 1G7MC 2MEGA 1D2WA 4QY9A 1L61A 1NBZC 1C6TA 1LZSA 5E4PA 1QDRA 3FA0A 1IR8A 2I6ZA 2ZWBA 2B74A 2F2QA 2BQDA 3W6FA 3CT1A 122LA 1D6QA 1LZ5A 5IHGA 1BVXA 4OWCA 1L83A 1L59A 232LA 1DYCA 2Z38A 3SN6R 4WOAA 1CU5A 1IEEA 4DDAA 2F4AA 4UWVA 5FELA 4P2EA 4S0WA 1L56A 4DD7A 1XGPC 1L76A 1L85A 1C6KA 201LA 1QDTA 2XBSA 3CB7A 252LA 1CUPA 4OOOA 5FCPA 1EPYA 2G4QA 1L25A 1EQ4A 1T97A 1QUGA 1GBWA 1L0KA 1L52A 3G3VA 4ETEA 5A3ZA 4BAPA 1NMMA 2BQJA 158LA 1IOTA 5LZMA 1L48A 9LYZA 5KKJA 1CUQA 1SSWA 1L86A 4TSCA 1IP4A 1IX0A 1P6YA 1L29A 1REXA 8LYZA 5K7OA 2BAAA 1EL1A 1IP1A 1BB4A 126LA 5I14A 3W6BA 1B7PA 244LA 1LJEA 1NBYC 2BQAA 1KIRC 5II3A 1B7OA 2A4TA 4N0JA 1UIEA 4Z41A 155LA 1GEVA 1LGWA 1LSNA 1A2YC 1CKCA 2DBTA 1BWJA 4I7KA 1OUHA 3C81A 1JISA 1IR7A 1QTHA 4WLTA 4NHPA 230LA 2OU9A 4BAFA 1JJ0A 1HMLA 180LA 3GULA 3WU7A 4C3WA 1KY0A 5F9XA 1UICA 4TWSA 1HELA 1GB3A 4DDBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IWU A;  4PGJ B;  1NHE A;  4TTD A;  4NWE A;  3CSQ A;  2Z37 A;  3AZ6 A;  5ILF A;  1IY4 A;  1GF9 A;  1MEL L;  1GB0 A;  1LZ1 A;  2BQN A;  3AZ4 A;  4NWH A;  4ANR A;  4D9Z A;  3TMW A;  2FYC A;  1WTN A;  1CJ8 A;  3TXG A;  1OP9 B;  3T6U A;  4WLY A;  4NSJ A;  4XJB A;  1C46 A;  1OUI A;  4GLA A;  4G4C A;  3RT5 X;  1DPW A;  1LZG A;  1VDQ A;  4FJR A;  1JSE A;  2N5Z A;  1YAQ A;  1IOC A;  2YBI A;  1OUD A;  1KIP C;  1IC4 Y;  3WL2 A;  1GE2 A;  1CKG A;  1LYS A;  3GXK A;  4H93 A;  1HER A;  4NGY A;  3K3T A;  2RSC A;  2DQD Y;  1B5X A;  4GN5 C;  3WPK A;  193L A;  1O23 A;  3D3D A;  5KXL A;  4LT0 A;  1OUG A;  1GFH A;  1GBY A;  2HTX A;  4WM1 A;  1LSF A;  1GXX A;  4PRQ A;  3WH1 A;  3M18 B;  5EBH A;  4OOT A;  1FLU A;  2DKV A;  4H92 A;  4N9R A;  3WU9 A;  1FLY A;  1OUA A;  1PS5 A;  1G7M C;  1REZ A;  1SLY A;  2MEG A;  5DN5 A;  1IP6 A;  4QY9 A;  1NBZ C;  3N9C A;  1IWZ A;  1LZS A;  4DDC A;  3FE0 A;  5E4P A;  4B4I A;  1GF5 A;  4XJD A;  1QIO A;  3B0O A;  1BQL Y;  1OQM A;  1QDR A;  4PJ2 C;  1WQN A;  1IOQ A;  4HTN A;  5LA8 A; 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 4LFX A;  1GFG A;  1AT5 A;  3AYQ A;  2LZ2 A;  4YOP A;  2HU1 A;  1LJH A;  3AGH A;  4ETC A;  1I20 A;  2EIZ C;  2ZIJ A;  4GCE A;  1C43 A;  2D91 A;  5KXR A;  2XBR A;  1GFV A;  3AZ5 A;  1B7R A;  4J7V A;  5C6L A;  4MST A;  1YQV Y;  2NWD X;  5A3E A;  2DQC Y;  1DQJ C;  1GFE A;  1HEM A;  1LMP A;  4XAD A;  5KJ9 A;  4DWX A;  4W96 A;  3WUN A;  3AJN A;  1A4V A;  3LZT A;  2DQA A;  5M1Y A;  1GF7 A;  2DQG Y;  1LJ4 A;  1EQE A;  1FLW A;  4Z46 A;  5D5F A;  2YSS C;  3P65 A;  1LHI A;  4G4B A;  5I4X A;  3A8Z A;  2ZNX Y;  1YL1 X;  4G49 A;  4H9F A;  4N1E I;  2Z19 A;  3CT5 A;  4LZT A;  3RU5 A;  1GAY A;  3E3D A;  2MEC A;  2D4J A;  4OW1 A;  3LYZ A;  4XN6 A;  4Z98 A;  5KXX A;  1CKF A;  2W1X A;  4W94 A;  1LMN A;  1XSF A;  3AGG G;  5APD A;  4GN4 A;  1UIG A;  3BKV A;  4MCK A;  2YBM A;  1LZB A;  2H5Z A;  1RCM A;  5KXN A;  4NGL A;  2ZQ3 A;  3B72 A;  4NGZ A;  5B06 A;  1LMO A;  5LVH A;  1NDM C;  1VED A;  4TUN A;  2EPE A;  4WG1 A;  1IR9 A;  4YEN A;  1GF0 A;  1LMT A;  1ZMY L;  1LHL A;  1LZA A;  4QDN A;  4YEO A;  3EXD A;  1JEF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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