5I4XA

Exploring onset of lysozyme denaturation by urea - soak period 2 hours
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Time-dependent X-ray diffraction studies on urea/hen egg white lysozyme complexes reveal structural changes that indicate onset of denaturation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5i4xA00
5FELA 5FSTA 2F30A 1FKQA 1JTTL 1LJFA 3CT0A 4HJZA 5B06A 1BWJA 3TMVA 3WVXA 4J1AA 4WL6A 1RJCB 1SQ2L 2MEIA 1EQEA 1IOCA 3B0KA 4ET8A 208LA 1C7PA 4N1CC 4ETBA 4NHPA 1W6ZA 4EOFA 2HEFA 1VAUA 3CB7A 2DQFC 4H93A 5ILCA 1LZDA 3WU9A 4NEBA 3ZEKA 2MEEA 4IASA 1IOSA 133LA 1LZ1A 4BAPA 1BB4A 1GB6A 1HMKA 4N0JA 4NHTA 5LVGA 2LYOA 3RZ4A 3QNGA 1DI4A 2YBJA 3HFMY 2CDSA 1V7TA 1TCYA 4LYZA 4CFPA 5KXMA 4PPOA 2D4KA 2IFFY 4LZTA 5LXWA 2HU1A 4ETAA 1J1PY 2D4JA 4WOAA 3ULRA 3W6AA 1GEVA 4ZFPA 4LYTA 1LYZA 1C45A 2Z38A 1IC7Y 5APCA 1KXWA 4WM2A 1GF8A 1B7OA 4LYOA 3WUMA 1IOTA 2EIZC 1LSMA 4GN3A 1IR9A 3WVYA 5DLAA 5KXTA 1XGPC 4LYCA 5F81A 1WQPA 1RE2A 5LVHA 1H6MA 2FBDA 3A96A 3FI7A 3LYZA 4NGOA 4YM8A 1BB3A 2HUBA 1IP4A 3HBEX 4H9AA 1CJ8A 2BQHA 3HBDA 1IVMA 1ZVHL 154LA 1IC4Y 4NGLA 1LJKA 1V7SA 5HLLA 1E8LA 1XEJA 5APDA 1PZYA 3K3TA 2HEAA 5KXSA 1LHKA 5D5CA 1HENA 1NBYC 3IJUA 1D0LA 3SP3A 1YIKA 1B7MA 1NKHA 2ZNWY 3A93A 1FLYA 4HPEA 1CKHA 1B7RA 1HEMA 1DI5A 4DYGA 1JWRA 2BQOA 1IO5A 1GXXA 2PC2A 1G7HC 5DM9A 1LHHA 2HU3A 5L3HA 3A3RX 1HFZA 2EKSC 1IORA 1KXYA 1F6RA 4GLAA 4GCCA 4H9BA 1IP3A 1UCOA 3CQLA 3ZVQB 2VB1A 1B5VA 4QGZA 1GFVA 4B4EA 4DD7A 1I1ZA 1FKVA 1GB7A 1MLCE 1WVUA 4TSCA 4TX7A 3AZ4A 132LA 135LA 5LVKA 1IX0A 4NHQA 5E4PA 2CJLA 2ZQ4A 3TXFA 4W96A 1J1OY 4KXIA 4BAFA 4NY5A 4XJHA 1JKCA 1LHJA 3VWOA 5B59A 5KXOA 4HV2A 1LMPA 1UUZC 1YKYX 3M18B 1AKIA 3A6CY 1WQNA 1KIPC 1D6PA 4N9RA 1GB2A 4GLVA 1GBWA 4PHIA 1YL1X 4CHXA 1NHEA 4DD9A 1QUSA 2DQAA 1CKDA 1DPWA 1GF4A 1I56A 1T6VL 1TDYA 3WULA 1YKZX 1OUAA 4H94A 1OUDA 1LSBA 3AB6A 4II8A 1LSCA 4NGZA 2LYZA 4NGKA 4PRUA 5HMVA 4HTQA 2YBHA 1C43A 5I4XA 1F0WA 4B4IA 5AMYA 1LZEA 1UACY 3A8ZA 1GXV2 5LVJA 4XJBA 4AXTA 1LJIA 3IJVA 134LA 4DWXA 1IP7A 1VDPA 5LAFA 3FE0A 3E3DA 1GF7A 1RCMA 4G4HA 5F9XA 2WARA 4PRQA 3BKHA 4QEQA 3G3AB 4DDBA 2FYCA 1W08A 4G49A 4DD2A 1GWDA 3AJNA 3RT5X 3P64A 4YF2A 1VDSA 2C8OA 4IJ4A 4CJ2A 5L9JA 1ALCA 4H9FA 3RU5A 3EBAB 5FCPA 2LZTA 2XBSA 1BB6A 1B7LA 1G7LC 4RW1A 1FN5A 1REYA 1C46A 2EQLA 3A3QA 1JHLA 4BADA 4YEMA 4H8ZA 1IY4A 4RLNA 1HNLA 3T6UA 1GFRA 5I4WA 2YVBA 3EO5A 1LSFA 4NGYA 5KXYA 1XEKA 1QDRA 2G4NA 3A94A 3A90A 1WVVA 1WTNA 2B5ZA 3WU7A 3ATOA 1HEQA 2MEHA 1GE3A 2BQBA 4FJRA 4GCFA 4H91A 1QUTA 4GCEA 3WXUA 5I54A 1JJ0A 3F6ZA 1IWTA 1JTOL 3TXDA 1EQ4A 5A3ZA 1LJ3A 1H87A 1D0KA 1GPQC 2I6ZA 1I20A 1DZBX 4NHIA 5B07A 1JIYA 5II3A 1UIDA 4DC4A 4DD1A 1LJJA 2BQLA 4QDNA 1CJ6A 4UWNA 1CKGA 1XEIA 1LMOA 4OOOA 3EXDA 4WM6A 1D9UA 1HEOA 2BQCA 5KXNA 1GB8A 4KPMA 1YKXX 4W94A 1BWIA 4GCDA 1OUGA 1XGQC 5F14A 3A92A 3RNXA 1GHLA 3G3BB 4NHSA 1GFTA 1CJ7A 5LYTA 4BS7A 2G4QA 1IC5Y 4H9IA 4XYYA 5APEA 1IP6A 3B6LA 1LAAA 1LMAA 4LT2A 5EBHA 2MEBA 3WW6A 1CNSA 3TXIA 9LYZA 1GBYA 4YEOA 1HF4A 1B5XA 1OUBA 2FYDA 3A95A 4WM3A 4H8YA 4J0LA 1LJNA 4PJ2C 3LZ2A 4X3BA 1LSGA 1GF0A 1JKBA 2HEBA 5LIOA 3LHMA 2BQMA 4N8ZA 3A34A 5IDDA 3TXBA 5KKIA 1BB5A 1REXA 2DQDY 2DQJY 4I0CA 5I5QA 3B0IA 1OUCA 1LZBA 2D91A 1B5ZA 5LA5A 4A7DA 4TSBA 2CGIA 4H90A 5KXZA 3P66A 1OQMA 1F10A 1G7MC 1LZ5A 3LYTA 4WM4A 1LZGA 1DQJC 4O34A 1IOQA 1XGTC 4HTKA 4H9EA 3W6FA 1HERA 3D9AC 5M1YA 1LZ9A 3CT1A 4P2EA 5D5FA 1YROA 4LGKA 2DQHY 5KXKA 1JITA 3WMKA 1HEPA 1LZNA 1UIHA 2RSCA 4WMGA 1GBSA 4LT0A 1A4VA 3P4ZA 4OWEA 3WYHA 4E3UA 5ILFA 4YENA 2Z12A 1RFPA 1LMTA 4G4CA 1IP1A 5C6LA 1BHZA 1DPXA 207LA 1JKAA 4IATA 1HFXA 1YAQA 2C8PA 2Z19A 4LT3A 2HTXA 2BQKA 5KXRA 3J6KA 193LA 4N1EI 1XGRC 4TWSA 4B1AA 1LPIA 1DKJA 1HSXA 1XGUC 2BAAA 3A6BY 3EMSA 1HMLA 3LYMA 1IP5A 4OWBA 1IIZA 4I8SA 1CJ9A 4Z41A 1HFYA 1LHIA 1FBIX 1KIRC 1IWZA 2D4IA 2IHLA 4B49A 1KIQC 5HNCA 2ZNXY 3AZ5A 4LYMA 1GAYA 5IHGA 6LYTA 1INUA 3A91A 1WQOA 2BQNA 1LJHA 4Z46A 1B0DA 1LZSA 3QE8A 5F16A 1LSZA 1BB7A 3LYOA 5FHWA 5LAGA 4EMNA 3B0OA 5E9RA 2FBBA 3M3UA 1FDLY 4HPIA 4TUNA 4HP0A 1J1XY 1OUEA 4XJFA 4NSHA 1GFKA 1TBYA 1YILA 1ZMYL 2Z39A 194LA 1LYSA 5B1FA 2DKVA 2BQDA 2XBRA 4DD3A 3WW5A 3CSQA 4XJIA 1REZA 5B1GA 3GXRA 4HTNA 2MEGA 4KL7A 2H9KA 1JJ3A 4H92A 4NGIA 4PGJB 3RW8A 5DL9A 1GE1A 1GB5A 3AZ7A 5DN5A 2F4AA 1B7SA 3HBHA 1B2KA 5B05A 1LZ8A 1NQIA 5JENB 2Z18A 1BVKC 2DQGY 1NBZC 1JKDA 1WQQA 1YAMA 4DT3A 4U3XB 1DKKA 1AT5A 1B5UA 1BGIA 2I26L 2YBIA 3KAMA 2F2NA 1DI3A 1LSNA 1TEWA 2DBTA 4TTDA 1LZ4A 1A2YC 2D6BA 1BQLY 4B4JA 5APFA 3W3EA 4OWHA 3AZ6A 1YQVY 4NFVA 4C5FA 2AUBA 1B7NA 4LT1A 4LFPA 1HELA 1WQRA 2Y8PA 1HHLA 1MELL 2DQCY 5A3EA 1GFGA 1LZYA 4WLTA 3CSRA 5LYMA 1AM7A 1JEFA 3AW7A 1UIEA 1LZAA 4N5RA 1QSAA 4OW1A 3ZVQA 4ML7A 4GN5C 1QQYA 4NG8A 2MEAA 4MR1A 1C08C 2HEEA 3ATNA 4J7VA 3QY4A 1RI8B 5FEKA 5HNLA 4ETEA 1G7JC 1UIBA 1GE2A 1D0MA 4NWEA 5T3FA 4G9SA 2BPUA 2NWDX 2ZIKA 1DXJA 3B72A 4HJYA 1UBZA 2Q0MX 3A67Y 2YSSC 3D3DA 4WLXA 2F4GA 4D9ZA 4DD0A 1QTKA 2YBLA 5KXLA 4OWCA 3TXGA 4OOTA 2LHMA 2ZQ3A 1GBXA 4HJVA 3W6CA 5KXPA 1FLQA 1N4FA 1IR8A 1LSEA 1B5YA 1C10A 2ZYPA 1YL0X 1Z55A 1G7IC 4UWVA 5DN4A 4ET9A 1GDXA 8LYZA 3TXHA 3AYQA 3GXKA 1NDMC 1GE4A 1JISA 4XADA 1LZTA 4NGJA 3J4GA 3TXKA 3P68A 1LYYA 4ANRA 2N5ZA 3WUNA 1LZCA 1GBZA 1GFEA 1PS5A 2EPEA 2W1YA 4WLYA 1IR7A 1LSYA 4XJGA 2BQAA 4GN4A 5LYZA 2I25L 1HC0A 4XENA 2G4PA 1VDTA 2BQEA 4QY9A 1WQMA 3WXTA 4CGEA 1GD6A 1UIFA 4R0FA 5KY1A 5L3IA 1D6QA 1GFAA 1LKSA 4H1PA 2ZILA 1GAZA 1LSAA 1UICA 4G4BA 1JPOA 4LFXA 4ETCA 4DDCA 1B5WA 2MEDA 4NWHA 2HECA 3P65A 1OUJA 2XTHA 2XJWA 1LZRA 2DQEY 1T3PA 3AGHA 3WPLA 1VEDA 2H5ZA 2A7FA 4H8XA 4OWAA 1WTMA 4WLDA 2LZ2A 3WU8A 3N9EA 2X0AA 4WM5A 5I53A 3WUAA 3W6DA 1JTPL 1REMA 1JJ1A 4M4OA 1BWHA 1BVXA 1JUGA 2BQGA 1AT6A 1B7QA 3W6BA 1OUHA 2BQIA 5J7CA 1LOZA 5IELA 1UA6Y 3OK0A 3BKVA 1LCNA 2ZIJA 4NSIA 3IWRA 4WG1A 1QTEA 4RDSA 3CT5A 5HQ1A 4CFOA 1IWUA 1QSWA 4HV1A 5KJ9A 2MEFA 2HEDA 1HSWA 3MGWA 1VFBC 4M6DA 4Z98A 1IWWA 1SLYA 1OP9B 1QIOA 3WPJA 5KXWA 1UC0A 4Z3MA 4J1BA 1TAYA 4NSGA 5LVIA 1LHLA 1GE0A 3W6EA 3WH1A 1FLUA 1JSFA 5FDJA 1IEEA 1EQ5A 4WO6A 1IY3A 1IWVA 1UIAA 4NIJA 4WG7A 1IWYA 1GFUA 4HSFA 7LYZA 1GF3A 1LJ4A 1LSPA 1CKCA 1LHMA 4ZIXA 1B7PA 3AGIA 3N9CA 4NGWA 2ZWBA 2BLXA 2Z37A 4WL7A 1KXXA 1VDQA 5C6JA 4WM1A 2W1MA 4R6CA 4DDAA 1ZVYB 2GV0A 1B9OA 4GCBA 1XFPL 5HMJA 1LTMA 2W1LA 2YBMA 4MSTA 4ZEEA 4KT3A 1LYOA 3AGGG 1UIGA 2BQJA 1LZ6A 2YBNA 1ZV5L 1GFJA 3N9AA 4H9CA 5C6IA 1LJGA 3WL2A 1LSDA 1GF5A 1XSFA 3T36A 6LYZA 2BLYA 4YOPA 1GF6A 1LMQA 1GEZA 1OUIA 1FLWA 4NSJA 5KKJA 1GB0A 3WPKA 1GDWA 1GF9A 2MECA 1NF5A 1GBOA 2Z2FA 3LZTA 5LA8A 4ETDA 4NGVA 4B0DA 1LMCA 1IWXA 1NMMA 4LYBA 4MCKA 4RLMA 1LMNA 4XN6A 1AZFA 5F9UA 2ZYCA 3LN2A 3CSZA 3OJPA 4H9HA 1YANA 1NDGC 1CKFA 3AW6A 3TMWA 1EL1A 1O23A 1VATA 1NWGA 2BQFA 5K7OA 2YDGA 1OUFA 4C3WA 1YAOA 2Z2EA 153LA 5LINA 1QDTA 2LYMA 3TXEA 2H9JA 1GB3A 4AGAA 1LJEA 2CWIA 1HEWA 1P2CC 4L41A 4RW2A 1LKRA 2W1XA 3TMUA 1YAPA 1GFHA 4XJDA 1IP2A 1JSEA 2DQIY 3TMXA 1F6SA 2A7DA 4UWUA 4WO9A 3TXJA 5I4YA 5KXXA 4FDYA 4NG1A 1GB9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LJFA 4HJZA 5B06A 1D2YA 3TMVA 1L73A 1L21A 228LA 2MEIA 1EQEA 4N1CC 1C7PA 4NHPA 2HEFA 3K2RA 3WU9A 4NEBA 2MEEA 4IASA 139LA 1BB4A 1GB6A 2OTYX 1HMKA 5LVGA 3RZ4A 3HFMY 172LA 4LZTA 1J1PY 3ULRA 3W6AA 1GEVA 1L79A 1IC7Y 211LA 111LA 1IOTA 5DLAA 1L80A 5KXTA 4LYCA 3C7ZA 1H6MA 1L0JA 1L88A 4NGOA 2HUBA 1CJ8A 1IVMA 1E8LA 1LJKA 1XEJA 1PZYA 3K3TA 1LHKA 5D5CA 4W58A 1HENA 1NBYC 1XEPA 3SP3A 5I14A 3A93A 1FLYA 1HEMA 4DYGA 1L26A 1GXXA 1L70A 248LA 3A3RX 3V2WA 1XJTA 1F6RA 4W55A 1QTHA 1L03A 1L86A 1UCOA 4GCCA 1L82A 1GFVA 4B4EA 1QUHA 4EKSA 180LA 1MLCE 4TSCA 1WVUA 4DQJA 4BAFA 1J1OY 4NY5A 1LHJA 5B59A 1L23A 1AKIA 147LA 1KIPC 1D6PA 3FA0A 4CHXA 216LA 1QTZA 1QUSA 1GF4A 1TDYA 191LA 1C6DA 1LSBA 1CU6A 1LZEA 1GXV2 3FE0A 3E3DA 1GF7A 5F9XA 1L12A 2WARA 174LA 4PRQA 4QEQA 3HH5A 3DN3A 4CJ2A 3D4SA 3DMXA 5FCPA 1QTCA 2LZTA 1FN5A 1REYA 1JHLA 4H8ZA 146LA 2OEAX 1HNLA 3T6UA 3DN1A 3SB6A 5I4WA 4NGYA 1LSFA 4I7LA 1L18A 1PQIA 3A94A 3SB5A 3ATOA 120LA 256LA 3CDRA 4FJRA 1CV5A 1QUTA 5I54A 2LCBA 3PBLA 1TLAA 3TXDA 1H87A 3L2XA 1I20A 1L94A 2OU0X 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FEL A;  5FST A;  2F30 A;  1FKQ A;  1JTT L;  1LJF A;  3CT0 A;  4HJZ A;  5B06 A;  1BWJ A;  3TMV A;  3WVX A;  4J1A A;  4WL6 A;  1RJC B;  1SQ2 L;  2MEI A;  1EQE A;  1IOC A;  3B0K A;  4ET8 A;  208L A;  1C7P A;  4N1C C;  4ETB A;  4NHP A;  1W6Z A;  4EOF A;  2HEF A;  1VAU A;  3CB7 A;  2DQF C;  4H93 A;  5ILC A;  1LZD A;  3WU9 A;  4NEB A;  3ZEK A;  2MEE A;  4IAS A;  1IOS A;  133L A;  1LZ1 A;  4BAP A;  1BB4 A;  1GB6 A;  1HMK A;  4N0J A;  4NHT A;  5LVG A;  2LYO A;  3RZ4 A;  3QNG A;  1DI4 A;  2YBJ A;  3HFM Y;  2CDS A;  1V7T A;  1TCY A;  4LYZ A;  4CFP A;  5KXM A;  4PPO A;  2D4K A;  2IFF Y;  4LZT A;  5LXW A;  2HU1 A;  4ETA A;  1J1P Y;  2D4J A;  4WOA A;  3ULR A;  3W6A A;  1GEV A;  4ZFP A;  4LYT A;  1LYZ A;  1C45 A;  2Z38 A;  1IC7 Y;  5APC A;  1KXW A;  4WM2 A;  1GF8 A;  1B7O A;  4LYO A;  3WUM A;  1IOT A;  2EIZ C;  1LSM A;  4GN3 A;  1IR9 A;  3WVY A;  5DLA A;  5KXT A;  1XGP C;  4LYC A;  5F81 A;  1WQP A;  1RE2 A;  5LVH A;  1H6M A;  2FBD A;  3A96 A;  3FI7 A;  3LYZ A;  4NGO A;  4YM8 A;  1BB3 A;  2HUB A;  1IP4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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