5I4XA

Exploring onset of lysozyme denaturation by urea - soak period 2 hours
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Time-dependent X-ray diffraction studies on urea/hen egg white lysozyme complexes reveal structural changes that indicate onset of denaturation
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 51
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5i4xA00
5LIOA 1WTMA 1WQNA 3OK0A 3QNGA 5I4XA 1UIBA 1DI3A 4H90A 1SLYA 1IR7A 4PHIA 1CKHA 4DD7A 4ZEEA 154LA 1RFPA 1FBIX 1QUSA 2LYZA 1LHKA 5KXWA 4DD2A 1FLQA 7LYZA 1KXWA 1B7MA 1HC0A 1GB6A 1KIPC 3BKHA 1LYSA 4W94A 5APCA 9LYZA 1F0WA 5KXOA 4MR1A 4H9BA 2X0AA 2LYOA 1GFKA 5APEA 1VDQA 1XSFA 3WPLA 3WYHA 2Q0MX 1DZBX 1OUHA 4GCFA 3TMWA 3WUNA 208LA 3HBDA 4G4HA 1OUJA 4HJVA 5HMJA 1HSWA 1XGRC 1H6MA 1GF0A 3CSQA 3GXKA 4OWBA 5FELA 1JJ0A 3LYOA 2EQLA 4NGKA 1LJHA 1IP5A 1NWGA 2AUBA 3M18B 5JENB 1FKVA 2MEBA 4WM5A 4NHPA 4QY9A 2DQDY 2I25L 3EBAB 5FDJA 2Z2EA 1LJJA 5F9UA 5LVIA 2EIZC 4LYMA 2ZILA 1JISA 3LZ2A 3T36A 1LZSA 1GB9A 1OQMA 1IEEA 1LZTA 1IOQA 4EMNA 2DQJY 2G4PA 2YVBA 1LZRA 1VFBC 1LJKA 1NHEA 1D6PA 1LZ6A 3AZ6A 4XJIA 3ATNA 5LYTA 4ETDA 4M4OA 2ZNWY 4NG8A 5KXTA 4LYTA 2BQKA 1YKZX 1LAAA 4ETAA 1GBYA 1DQJC 5J7CA 2Z37A 1HF4A 1HEOA 4J1BA 2MEHA 4NHQA 1IC5Y 1XEKA 3WW6A 5L9JA 4YEOA 4NHIA 1LMPA 4CFPA 2HU3A 2ZIJA 3F6ZA 1NMMA 1QTEA 4TX7A 2IFFY 3B6LA 4RLMA 1QSWA 5B07A 1A2YC 1D0KA 4KPMA 1NBZC 1HEQA 1RJCB 1VDPA 4NGWA 5I54A 3B0IA 5KXLA 1FKQA 5F16A 4O34A 4RW2A 5B59A 3IWRA 4NWEA 4L41A 2YBNA 4RW1A 1CKCA 2C8PA 2FYDA 1IR9A 4WLTA 2LZTA 4N1EI 1IORA 3WXTA 3W6AA 5HQ1A 2HEFA 3A6BY 4WLXA 5C6LA 1WTNA 4N0JA 2BQCA 4J1AA 5KXSA 4G4CA 1LMTA 1GFAA 4NGLA 4PRQA 1CKDA 3WU9A 4XJGA 4H9EA 2D6BA 5APDA 5HNCA 1LSEA 2D91A 2Y8PA 1OUAA 5DM9A 1HFZA 2MECA 1QQYA 3TXIA 4WO6A 4CJ2A 1LHLA 5EBHA 2BQOA 4LYOA 3LYTA 5C6IA 4LT1A 3AZ4A 3TMVA 1J1OY 2BQNA 1GFGA 2XTHA 1DI5A 1LYZA 1LSAA 1GXXA 3WPJA 1WVUA 2YBLA 3IJVA 1KIQC 1IP2A 1T3PA 2BQJA 2DQGY 3B0KA 2Z19A 8LYZA 3MGWA 4HPIA 1HNLA 1JSEA 4HTKA 4H8ZA 1V7TA 5D5FA 1LTMA 4XYYA 1LZ5A 3TXBA 2F4GA 5KXKA 5IELA 4ET9A 1GF7A 4DDAA 1IP6A 3AB6A 4XJBA 4Z3MA 1MLCE 5KXMA 4NGIA 5ILCA 5KXYA 4XJDA 1IO5A 5HNLA 1IWZA 2W1YA 3B0OA 4MSTA 2HTXA 1CNSA 1G7HC 1JTPL 2BQAA 1TCYA 4H93A 1HEWA 4HPEA 1IOTA 2HEEA 3WUAA 4AXTA 4HV2A 1JTTL 1XGTC 1B7QA 3WMKA 2F2NA 1VDSA 1LHMA 3HFMY 2BQDA 1DXJA 3LZTA 1UCOA 4UWVA 1SQ2L 1QDTA 1YAMA 1RE2A 1BB7A 4QEQA 1VATA 3WU7A 4C3WA 4II8A 3WPKA 1GAYA 3EO5A 5APFA 2ZYPA 4B1AA 2FBDA 2MEAA 4GCDA 4OOOA 4XADA 3CT5A 4QDNA 1GPQC 5KXXA 1B0DA 4Z98A 1C43A 4H8YA 194LA 1GFEA 4N8ZA 1ZVHL 2PC2A 2VB1A 3RW8A 1GEVA 1YILA 5A3EA 6LYZA 1GE0A 1HEPA 3LYMA 2GV0A 5KXRA 1I56A 3B72A 3W6BA 4YEMA 1B7NA 1JHLA 4TSBA 1G7IC 5KKJA 1NDMC 1YANA 1BWJA 1LSCA 4ETBA 1GF5A 2ZIKA 4EOFA 4NSHA 1BVXA 4GLAA 1IR8A 4DD3A 1LYOA 5KXNA 1DPWA 1QTKA 3AGHA 1LJ4A 2DQFC 4NG1A 2F4AA 1J1XY 4IATA 1GEZA 4OW1A 4DD9A 1OUEA 4FJRA 4IJ4A 4DT3A 1DKJA 1C10A 2D4KA 1MELL 2B5ZA 4GCEA 4H9CA 4NEBA 5D5CA 1LSDA 1F10A 4LYBA 4BS7A 2DQIY 1IWWA 1GHLA 3A95A 1QDRA 1GF9A 1LZYA 3QY4A 4RDSA 5KXZA 1ZMYL 2HEDA 4I0CA 1NBYC 5I5QA 1IWVA 1XGQC 1JPOA 1AT6A 3TXJA 4TUNA 1D9UA 3T6UA 193LA 1BB3A 5B1FA 1B5VA 1AT5A 1EL1A 4H8XA 1LZ4A 1KXYA 1LZAA 1LZ1A 2HEBA 4UWNA 2H5ZA 3CSZA 1UBZA 1HERA 2LYMA 2N5ZA 4OWCA 3SP3A 1INUA 1WVVA 207LA 3P64A 4MCKA 1GB3A 2Z12A 4J7VA 1LHHA 1LJIA 1LSNA 3IJUA 1UIHA 3LYZA 3N9CA 1LSZA 4QGZA 1IWYA 1JWRA 2Z18A 4NGJA 1CKGA 2DQAA 3AGGG 5LAGA 5LVJA 1ZV5L 1PS5A 4LGKA 3TXFA 1GBWA 3A94A 3FE0A 1XFPL 1GFUA 2EKSC 2I6ZA 1BB5A 2YBJA 4YENA 4BADA 3W6DA 1G7MC 2HU1A 2HECA 1REZA 2MEGA 1LZ9A 2YBIA 3A92A 4NGYA 1UUZC 1B5XA 4G4BA 4H92A 1GB8A 4WM4A 2CGIA 1H87A 1FLWA 1UICA 3HBHA 4GN4A 1BQLY 1GBXA 1LYYA 4YM8A 4HSFA 2EPEA 1LSYA 1I1ZA 1REYA 1WQPA 2I26L 4U3XB 1IOCA 1XEIA 1GBOA 1V7SA 2Z2FA 4KT3A 2CJLA 4HJZA 4NSGA 1JKBA 1GB7A 3P65A 1NKHA 3CT1A 1LZEA 1LSPA 1Z55A 1NF5A 1LSGA 3WU8A 4N9RA 3WVYA 1AKIA 1NQIA 135LA 1QUTA 4H1PA 4DYGA 3TXDA 4ZIXA 1BHZA 1OUFA 1IP4A 4WM2A 4PJ2C 3A91A 1LZDA 3CB7A 2Z38A 3EXDA 4ML7A 4DDCA 1REMA 4OWAA 1JEFA 3TXEA 1BWIA 1LMOA 1HEMA 1A4VA 5F81A 5KJ9A 1CJ8A 1CJ7A 5II3A 3RZ4A 3A67Y 1E8LA 1BB6A 1D0LA 2BLYA 4WMGA 1GFTA 1UC0A 2F30A 4H9FA 2A7DA 3N9EA 1YL0X 1IP7A 1JKDA 4LYZA 4NHSA 1IY3A 1BVKC 1P2CC 1FDLY 5LA8A 5C6JA 4X3BA 1IOSA 3A96A 2D4IA 1B7RA 3QE8A 2CDSA 134LA 2ZQ3A 4OOTA 2CWIA 1YAQA 132LA 4LZTA 5LINA 3ZEKA 2DBTA 4R6CA 4B0DA 1IP3A 1JTOL 1B9OA 1VEDA 4G9SA 1HHLA 1FLUA 1YROA 4B4EA 4Z46A 1DI4A 3TXGA 3OJPA 1WQQA 4H9AA 3RNXA 4HJYA 5E9RA 1QIOA 4HP0A 4XN6A 4LT0A 3WVXA 5DLAA 2FBBA 1IVMA 4NSIA 3AW7A 4NGZA 1LKSA 2ZWBA 1GFJA 2DKVA 4WL6A 5F14A 3K3TA 1OUDA 3AYQA 3P4ZA 4AGAA 1OUIA 1GFVA 1TAYA 2RSCA 1C45A 1XGUC 1UIAA 1TDYA 2MEDA 1EQEA 4N5RA 4I8SA 1W6ZA 1IX0A 1GFRA 1F6RA 3CT0A 4H9IA 1O23A 4DWXA 1ZVYB 4RLNA 1UACY 4CGEA 3CSRA 3LHMA 1RI8B 1IWXA 1LOZA 1BGIA 1EQ4A 2HEAA 3M3UA 5DL9A 1YIKA 3CQLA 4B4JA 5KKIA 3GXRA 1YAPA 3RT5X 1HSXA 1GE1A 1LJEA 3BKVA 1B2KA 4GN3A 3ULRA 4WM6A 1GE4A 1IC4Y 2XJWA 3HBEX 4NSJA 1LZGA 5I53A 3AGIA 2G4NA 3W3EA 1GBZA 1YKXX 3AZ7A 1XGPC 1IIZA 5LYMA 2H9KA 6LYTA 5FCPA 1WQRA 5LVGA 1QSAA 4NGVA 4PRUA 4CFOA 3TXKA 4PGJB 2DQEY 1D0MA 4XJHA 1GWDA 1REXA 5LA5A 1D6QA 1GF4A 3A8ZA 4DD1A 3WW5A 1CJ6A 1GDWA 4LT2A 3KAMA 1B5WA 4G49A 4DC4A 1CJ9A 3W6CA 1LKRA 4TTDA 4H94A 1NDGC 2BQIA 5AMYA 4XENA 4B4IA 2ZNXY 1LZBA 5IHGA 4CHXA 1LZCA 1GFHA 1FN5A 2C8OA 3P66A 1GE2A 4J0LA 4ETEA 1IY4A 4DD0A 2YSSC 3A90A 2D4JA 5K7OA 1JUGA 3WULA 2BQFA 4HV1A 4C5FA 4HTQA 4Z41A 4NFVA 1B5ZA 3TMUA 3N9AA 4BAPA 3AJNA 1HFXA 2MEEA 4NY5A 5DN5A 1GB0A 3WH1A 2ZYCA 4GCBA 1LPIA 4WO9A 2BQBA 4WLYA 5M1YA 1B7PA 1LCNA 1RCMA 1C7PA 4OWEA 5E4PA 1GXV2 2BQHA 4GLVA 5I4WA 4TWSA 1HENA 1OUCA 2BQMA 2W1XA 3ZVQA 1HMKA 1OP9B 2BLXA 2MEFA 2FYCA 5IDDA 4P2EA 1LSFA 2WARA 3FI7A 4WL7A 3A93A 1GF6A 3WXUA 1UIDA 2G4QA 1JJ1A 4WM1A 1OUGA 2H9JA 1IWTA 4ANRA 1YQVY 5T3FA 2MEIA 5L3IA 2BPUA 1YAOA 3ATOA 4NGOA 4ZFPA 1VAUA 4WLDA 1WQOA 3TXHA 4YOPA 5DN4A 133LA 2YDGA 2DQHY 1CKFA 2LHMA 3G3AB 4XJFA 1ALCA 3WUMA 2DQCY 2W1MA 4LYCA 4NIJA 4NWHA 5FHWA 1IP1A 4N1CC 1G7JC 1JKAA 1LJGA 5LVHA 5KXPA 2BQEA 1LSBA 3J4GA 1LMQA 2IHLA 5B06A 1BB4A 4HTNA 1LZNA 4A7DA 1J1PY 4OWHA 1UIFA 1HELA 1JKCA 1LMNA 1B5YA 4PPOA 5I4YA 3A34A 1UA6Y 1KXXA 3EMSA 1LJ3A 1GF3A 1LHJA 5LXWA 1FLYA 1JIYA 5LYZA 3RU5A 4BAFA 4R0FA 1UIEA 1YKYX 4FDYA 1LZ8A 3TMXA 1B7OA 2A7FA 4GCCA 4DDBA 1LMCA 3J6KA 1B5UA 4YF2A 1JJ3A 3A3RX 3G3BB 2BQLA 1GF8A 2NWDX 5B05A 1AZFA 2BQGA 3ZVQB 4GN5C 4KL7A 4W96A 1I20A 3P68A 5F9XA 4E3UA 4LFXA 2ZQ4A 3AZ5A 1EQ5A 1KIRC 1UIGA 4ETCA 1C08C 3E3DA 3D3DA 1YL1X 3LN2A 4IASA 1PZYA 4WOAA 4UWUA 1BWHA 5FEKA 5A3ZA 1LMAA 1AM7A 4H91A 3WL2A 5HLLA 2W1LA 5LAFA 1G7LC 2XBRA 1B7LA 1F6SA 5L3HA 153LA 2XBSA 4ET8A 1W08A 1LSMA 4TSCA 5B1GA 5LVKA 4WG7A 1DKKA 1GAZA 4KXIA 2HUBA 5HMVA 5KY1A 1IC7Y 1TEWA 1N4FA 1WQMA 1VDTA 1HMLA 1JSFA 1LHIA 4NHTA 1OUBA 3VWOA 4LFPA 1GB2A 2BAAA 2Z39A 3D9AC 1DPXA 4LT3A 1C46A 1T6VL 4WG1A 5ILFA 3W6EA 1GD6A 1GDXA 1GE3A 1B7SA 4M6DA 1JITA 1HFYA 5FSTA 1IWUA 1LJNA 2LZ2A 1XEJA 1TBYA 1LJFA 3A3QA 1GB5A 3AW6A 3A6CY 4WM3A 3W6FA 2YBHA 1GBSA 4B49A 4D9ZA 4H9HA 2YBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L27A 5LIOA 3QNGA 4H90A 4I7QA 1IR7A 3NY9A 229LA 143LA 3HWLA 4PJZA 131LA 1L19A 2X0AA 1ZYTA 3WYHA 2Q0MX 217LA 2QB0B 4G4HA 3CDTA 5HMJA 2B75A 1QT6A 1P64A 4OWBA 3CSQA 5FELA 233LA 144LA 4WM5A 4NHPA 4DQ7A 2DQDY 2I25L 5LVIA 1OQMA 2DQJY 2YVBA 1D6PA 2ZNWY 4LYTA 1YKZX 4EXMA 4ETAA 4ARPA 1T97A 1HF4A 4J1BA 4NHQA 4NHIA 1LMPA 4CFPA 237LA 248LA 2HU3A 236LA 1NMMA 2B74A 4TX7A 1QUOA 1A2YC 5I54A 1NBZC 3B0IA 1FKQA 3DMXA 5B59A 1DYDA 2YBNA 1CKCA 2FYDA 1OV5A 1PQMA 4N1EI 5HQ1A 5C6LA 5KXSA 4H9EA 2Y8PA 4W56A 1LHLA 4AQNA 5C6IA 1J1OY 1GFGA 4QEQA 2YBLA 1IP2A 1HNLA 3SB6A 5D5FA 4H8ZA 1L68A 1D3JA 3GUMA 3SB8A 1C6PA 149LA 3OE8A 5KXYA 1IO5A 141LA 4YX7C 1TCYA 4AXTA 3DN8A 1XGTC 252LA 1JTNA 3HFMY 1LYGA 1QUDA 1DXJA 3LZTA 4UWVA 146LA 1QDTA 1RE2A 1BB7A 1L25A 1P6YA 4B1AA 2MEAA 4GCDA 1L09A 4QDNA 1B0DA 3VW7A 1GFEA 1ZVHL 1YILA 5A3EA 6LYZA 1HEPA 2GV0A 1I56A 2B6TA 216LA 1LSCA 108LA 4ETBA 4ARJA 1PQIA 4EOFA 1BVXA 1L67A 1L04A 1L51A 209LA 1QTCA 197LA 198LA 1DPWA 1QTKA 1L30A 4NG1A 1J1XY 1OUEA 4FJRA 4IJ4A 142LA 4OO9A 4GRVA 1C6EA 2DQIY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LIO A;  1WTM A;  1WQN A;  3OK0 A;  3QNG A;  5I4X A;  1UIB A;  1DI3 A;  4H90 A;  1SLY A;  1IR7 A;  4PHI A;  1CKH A;  4DD7 A;  4ZEE A;  154L A;  1RFP A;  1FBI X;  1QUS A;  2LYZ A;  1LHK A;  5KXW A;  4DD2 A;  1FLQ A;  7LYZ A;  1KXW A;  1B7M A;  1HC0 A;  1GB6 A;  1KIP C;  3BKH A;  1LYS A;  4W94 A;  5APC A;  9LYZ A;  1F0W A;  5KXO A;  4MR1 A;  4H9B A;  2X0A A;  2LYO A;  1GFK A;  5APE A;  1VDQ A;  1XSF A;  3WPL A;  3WYH A;  2Q0M X;  1DZB X;  1OUH A;  4GCF A;  3TMW A;  3WUN A;  208L A;  3HBD A;  4G4H A;  1OUJ A;  4HJV A;  5HMJ A;  1HSW A;  1XGR C;  1H6M A;  1GF0 A;  3CSQ A;  3GXK A;  4OWB A;  5FEL A;  1JJ0 A;  3LYO A;  2EQL A;  4NGK A;  1LJH A;  1IP5 A;  1NWG A;  2AUB A;  3M18 B;  5JEN B;  1FKV A;  2MEB A;  4WM5 A;  4NHP A;  4QY9 A;  2DQD Y;  2I25 L;  3EBA B;  5FDJ A;  2Z2E A;  1LJJ A;  5F9U A;  5LVI A;  2EIZ C;  4LYM A;  2ZIL A;  1JIS A;  3LZ2 A;  3T36 A;  1LZS A;  1GB9 A;  1OQM A;  1IEE A;  1LZT A;  1IOQ A;  4EMN A;  2DQJ Y;  2G4P A;  2YVB A;  1LZR A;  1VFB C;  1LJK A;  1NHE A;  1D6P A;  1LZ6 A; 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 1J1P Y;  4OWH A;  1UIF A;  1HEL A;  1JKC A;  1LMN A;  1B5Y A;  4PPO A;  5I4Y A;  3A34 A;  1UA6 Y;  1KXX A;  3EMS A;  1LJ3 A;  1GF3 A;  1LHJ A;  5LXW A;  1FLY A;  1JIY A;  5LYZ A;  3RU5 A;  4BAF A;  4R0F A;  1UIE A;  1YKY X;  4FDY A;  1LZ8 A;  3TMX A;  1B7O A;  2A7F A;  4GCC A;  4DDB A;  1LMC A;  3J6K A;  1B5U A;  4YF2 A;  1JJ3 A;  3A3R X;  3G3B B;  2BQL A;  1GF8 A;  2NWD X;  5B05 A;  1AZF A;  2BQG A;  3ZVQ B;  4GN5 C;  4KL7 A;  4W96 A;  1I20 A;  3P68 A;  5F9X A;  4E3U A;  4LFX A;  2ZQ4 A;  3AZ5 A;  1EQ5 A;  1KIR C;  1UIG A;  4ETC A;  1C08 C;  3E3D A;  3D3D A;  1YL1 X;  3LN2 A;  4IAS A;  1PZY A;  4WOA A;  4UWU A;  1BWH A;  5FEK A;  5A3Z A;  1LMA A;  1AM7 A;  4H91 A;  3WL2 A;  5HLL A;  2W1L A;  5LAF A;  1G7L C;  2XBR A;  1B7L A;  1F6S A;  5L3H A;  153L A;  2XBS A;  4ET8 A;  1W08 A;  1LSM A;  4TSC A;  5B1G A;  5LVK A;  4WG7 A;  1DKK A;  1GAZ A;  4KXI A;  2HUB A;  5HMV A;  5KY1 A;  1IC7 Y;  1TEW A;  1N4F A;  1WQM A;  1VDT A;  1HML A;  1JSF A;  1LHI A;  4NHT A;  1OUB A;  3VWO A;  4LFP A;  1GB2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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