5J7CA

A picomolar affinity fn3 domain in complex with hen egg-white lysozyme
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Circumventing the stability-function trade-off in an engineered FN3 domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Protein binding/hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5j7cA00
1PZYA 3F6ZA 4BADA 2Q0MX 1XGPC 1NQIA 1OUBA 3A96A 4GCFA 5F81A 2D4JA 1IX0A 1GB5A 5KKIA 1TBYA 2X0AA 1UCOA 1CJ6A 1REMA 5B1GA 4DDBA 3CSZA 4H9CA 2XBRA 1HHLA 4XJIA 3WH1A 1J1XY 1OUFA 1LZTA 3A6CY 1LHKA 1JSFA 1LYSA 1B0DA 5A3ZA 2EPEA 1F6RA 1LHHA 3WPLA 1IVMA 2F30A 2HEEA 2WARA 4H90A 1C08C 1IY3A 4TWSA 3EMSA 5HNLA 1J1PY 4N8ZA 4C5FA 3WUAA 1LZBA 2ZILA 4NGVA 4OW1A 1JISA 1XEIA 4GLVA 3ZVQA 1GD6A 1KIPC 1NHEA 2FBDA 3N9AA 3N9CA 4B0DA 4QY9A 5LINA 3OK0A 1QSWA 4B4IA 1VATA 1RFPA 1VDPA 1DPWA 3HBDA 2HEBA 4J1BA 3W3EA 2FYDA 1Z55A 4NSIA 1GWDA 4G4HA 1WQMA 1HNLA 5D5CA 5DL9A 1T3PA 3GXKA 2DQFC 4N5RA 1GFRA 1BWHA 1LZEA 1RI8B 4WL7A 4I0CA 3T6UA 1A4VA 3AZ4A 1RJCB 1GF8A 1LHJA 1QUSA 1IP5A 2BAAA 2Z2FA 1JPOA 3RNXA 1GF3A 2A7DA 4X3BA 1YAOA 4B4EA 3TXDA 2MEEA 1T6VL 1CNSA 1IOTA 3A93A 2DQHY 1B5XA 1OUCA 4PRQA 1HEPA 2I25L 5LA8A 1GBSA 3WW6A 1UIHA 4HP0A 4NHPA 1IOCA 2AUBA 4WLXA 4WO9A 207LA 3BKVA 5DLAA 1IIZA 1LMOA 132LA 2BQGA 2YDGA 1KXWA 1UIDA 5KXZA 1LSFA 1C45A 2LZ2A 2DQJY 4NSGA 1I1ZA 3ZEKA 1LZYA 4RDSA 1XFPL 5I4XA 1LSMA 3WYHA 9LYZA 2YBLA 5LVGA 3AJNA 1UUZC 1MELL 2BPUA 4RW1A 3A34A 1QTEA 3CT5A 1HENA 1LOZA 1BWJA 1LSEA 1LSYA 5ILFA 1LCNA 1P2CC 1CKDA 3EO5A 5LYZA 2W1XA 3G3AB 1GE4A 1OUDA 5JENB 1GF5A 2GV0A 3A94A 3EBAB 1BGIA 1QSAA 4H1PA 4AXTA 3LYTA 1FLWA 2MEGA 5FELA 4IASA 1GFVA 1OUAA 1GFGA 1V7SA 1VFBC 4J0LA 4WM2A 1LZGA 1LSPA 5KKJA 1LYOA 1JTTL 1GB2A 1GDWA 1JSEA 1DXJA 1LSBA 2N5ZA 3HBHA 4Z98A 2H9JA 5KXMA 5LA5A 2HEFA 5KXSA 1TCYA 3TXFA 3AZ6A 4OWAA 4R0FA 1LSNA 3GXRA 3N9EA 3B0OA 1HFXA 1W08A 1GE2A 1GE0A 2IHLA 2DQGY 2Z2EA 3A92A 4OWEA 4YENA 2BQCA 3FE0A 1LJEA 4N9RA 5I5QA 5KXLA 1GFAA 1AZFA 3G3BB 4HV2A 1LZ5A 4DDAA 1H6MA 1NDGC 1YAPA 1CKHA 5DN5A 1VDTA 3LZ2A 5DN4A 1WQNA 4GCEA 1INUA 1GFUA 4NGLA 1QUTA 1IWXA 4YEMA 1NMMA 3J6KA 1LZNA 5F14A 4WMGA 3WPJA 4CGEA 1C7PA 1VDQA 2XTHA 1FDLY 4D9ZA 1I56A 2NWDX 4J1AA 1OUJA 4EOFA 4II8A 4LYOA 1GB9A 1JWRA 1OQMA 2ZIJA 4KT3A 1ZVHL 4H9BA 1GEZA 1LJHA 1REYA 1GB3A 5KXTA 5M1YA 5KXNA 1C43A 4QEQA 2Z39A 3QY4A 4NGOA 4CFPA 2MEAA 5HLLA 3CT1A 1HEQA 5KJ9A 2LHMA 2B5ZA 2DQDY 2G4QA 2VB1A 4GN5C 2BQIA 194LA 4YM8A 2H5ZA 2EIZC 1CJ7A 2F2NA 2DKVA 3A90A 1HMKA 4GN3A 5B06A 1C10A 4NWEA 1IWUA 4QDNA 1LKRA 2ZQ4A 3E3DA 3P65A 2FYCA 193LA 1LPIA 1UIGA 1IC4Y 3ATOA 4OOOA 1UC0A 5T3FA 3W6CA 1JJ0A 4NHSA 5LXWA 4IATA 4ET8A 4DD2A 4QGZA 1IWYA 1F10A 153LA 4DDCA 1WQQA 2D4IA 4PHIA 2ZNWY 1LZ6A 4G4CA 4CJ2A 2ZIKA 135LA 2MEBA 4TX7A 5KXYA 1KXXA 1GB6A 3LYMA 5IDDA 1IWVA 5L3IA 5KY1A 3QE8A 4L41A 4N1CC 4GCDA 4U3XB 3A3QA 4H8XA 4NGIA 1YANA 3CT0A 5DM9A 1WVVA 4OOTA 3EXDA 4NGJA 1JTOL 4N1EI 1FLUA 1WQPA 4HJYA 4M6DA 4DD9A 4WLTA 1NBYC 1IORA 1ALCA 2LYMA 3WU7A 4XJGA 4DD0A 1B5UA 2MEFA 1B5VA 1UIEA 5A3EA 8LYZA 3AW7A 4LGKA 1HF4A 2D4KA 1HFYA 4P2EA 4XJBA 1LHIA 4DYGA 4LYZA 1GBZA 1O23A 2H9KA 2HU3A 2RSCA 4OWBA 1LZSA 4PPOA 4XYYA 1GF7A 3HFMY 4ZFPA 4WM4A 5LVHA 4Z46A 2EQLA 1CJ9A 4WLDA 1LJKA 3P66A 1JKAA 4NSHA 3WVYA 2MEIA 4ETAA 2ZNXY 3WUMA 4CFOA 1A2YC 5B07A 2LYZA 5C6JA 2Z18A 3RW8A 3WXUA 4KXIA 1LZ1A 1IP2A 4UWNA 4DWXA 5FCPA 3M18B 5I4WA 3WU9A 4LZTA 1PS5A 4MSTA 4LT2A 2HU1A 4NEBA 2MEDA 1WQOA 4H93A 4AGAA 5C6IA 4H8ZA 4NIJA 4NY5A 4RW2A 1REXA 3WPKA 5F9UA 1LYZA 1LJGA 1OUGA 208LA 2YBIA 4NWHA 4R6CA 1GFJA 3KAMA 1FKQA 3LHMA 1QIOA 2BQDA 5LVJA 1LJJA 4ETDA 2CJLA 1JKBA 2Z37A 1DI4A 4G4BA 5F9XA 1BB7A 1UACY 4PGJB 1JUGA 1VAUA 5II3A 1LZ9A 2BQAA 2YBMA 5J7CA 1IOQA 1J1OY 4NGZA 2DQIY 4WLYA 3ZVQB 1UIAA 5KXWA 3A8ZA 4ZEEA 1QTKA 1TAYA 3AYQA 1IP3A 1FLYA 1AKIA 1GF9A 5FDJA 2XJWA 4BAPA 4G49A 1D0MA 3TXBA 1GF0A 3AGIA 4NSJA 1IC5Y 2CDSA 2FBBA 5FSTA 3WXTA 2LZTA 4H9AA 1OP9B 1NWGA 1WQRA 1EQ5A 4B4JA 5HNCA 1MLCE 1GF4A 3TMVA 3WL2A 133LA 1WTMA 3W6DA 3P68A 6LYZA 1G7HC 1LHMA 2HECA 3TMWA 1D0LA 5FEKA 1GAYA 5KXRA 1FLQA 3T36A 1NBZC 1BB4A 1LZAA 4WO6A 1H87A 1LSCA 4XENA 4GCCA 5B59A 3AW6A 4LYCA 4I8SA 4B49A 1HEWA 3B6LA 2DQAA 2A7FA 2F4GA 2DQEY 1DKJA 1G7JC 3D9AC 3ULRA 3AZ7A 1UIFA 2Z38A 3A6BY 2YBJA 3W6FA 1JJ3A 1YAMA 4WM6A 4M4OA 4NFVA 5I54A 2HEDA 4NHIA 5LYMA 1G7LC 1LZ8A 2EKSC 4EMNA 4ETEA 5HQ1A 2Z19A 1DKKA 4NGKA 4HPEA 2BLYA 2ZYPA 4ETCA 1BHZA 2BLXA 1REZA 3MGWA 3FI7A 3HBEX 4WM1A 4YOPA 4NG8A 1LTMA 4NGYA 4DC4A 2BQEA 5APFA 5B05A 3CQLA 5APEA 1YROA 3TXHA 5HMVA 2Y8PA 1EL1A 1EQEA 2HUBA 3AGGG 4XJHA 4TSBA 4XJFA 2C8OA 1LSDA 4HTKA 1IWWA 1GXV2 1LMCA 1LMQA 2G4PA 2XBSA 5B1FA 3P64A 2DQCY 1IY4A 4LYTA 4RLMA 3WUNA 1BVXA 1YKXX 3WW5A 1BQLY 2W1MA 4BAFA 2HEAA 1B7SA 2BQNA 4CHXA 1GBWA 6LYTA 5F16A 3TMXA 5L3HA 4KL7A 3TXKA 5ILCA 3IWRA 3VWOA 1B7OA 1D9UA 3A3RX 3RT5X 1LMNA 3QNGA 1B7MA 1IWTA 1YKZX 1LKSA 1ZV5L 1CJ8A 3LZTA 2BQLA 1SQ2L 4O34A 1XGUC 1B5WA 3B0KA 5LVIA 1B7PA 5IELA 3SP3A 5IHGA 1FBIX 1HFZA 4NG1A 4A7DA 4ZIXA 1IC7Y 3A91A 4DD1A 1W6ZA 1BWIA 5KXXA 1IOSA 1UBZA 3TXIA 1GE1A 5E4PA 1RCMA 2BQBA 5I53A 1F0WA 4NGWA 1B5ZA 1GEVA 1XEJA 1VDSA 1WVUA 3K3TA 3OJPA 4H94A 2W1YA 5LAGA 4HV1A 1IWZA 5C6LA 5I4YA 2ZWBA 4DD7A 1AT6A 1WTNA 1HMLA 4HJZA 3ATNA 3RZ4A 3CB7A 1CKFA 4FDYA 5L9JA 2LYOA 1LMPA 4FJRA 1TDYA 1LJIA 1DZBX 3LYOA 3W6AA 5FHWA 3WU8A 4ETBA 154LA 1EQ4A 1YILA 1B9OA 4ET9A 1JEFA 1JKDA 1OUHA 1CKGA 1JIYA 1LAAA 1F6SA 1KXYA 5KXKA 1DQJC 1B7NA 2G4NA 1GDXA 3LYZA 1B5YA 4H8YA 1AT5A 1DPXA 1XGRC 1IR8A 1HC0A 2BQJA 4ANRA 1KIRC 1OUEA 1VEDA 4OWHA 4C3WA 4Z3MA 1SLYA 4MCKA 3CSQA 5LIOA 5LYTA 1HSWA 4WG1A 5D5FA 4BS7A 2I26L 1NDMC 1B7LA 5APDA 5KXOA 1BB3A 5LVKA 1IP1A 1YIKA 1JTPL 1GFKA 3M3UA 1FKVA 1GF6A 1B7RA 4MR1A 4RLNA 1UICA 3AGHA 3W6BA 1GBOA 1HERA 1LSAA 1GFTA 3BKHA 1ZMYL 4GCBA 4W96A 5EBHA 1LJ4A 1IP4A 2BQFA 3W6EA 1AM7A 1KIQC 1YQVY 1QDTA 1E8LA 1IR9A 2PC2A 5KXPA 1GFHA 4HPIA 5E9RA 4IJ4A 4WM3A 4WOAA 1GXXA 3A67Y 4HSFA 134LA 1RE2A 4WM5A 2YSSC 5APCA 4LFXA 4H91A 1BB6A 1GBXA 5K7OA 4PRUA 4PJ2C 1LZRA 3WMKA 1B2KA 1GHLA 3B0IA 1IR7A 1LHLA 3LN2A 2CGIA 1NF5A 4NHQA 1LZ4A 4HTNA 4YEOA 4DT3A 3IJVA 4H9EA 1LMAA 1UIBA 1LJNA 1GFEA 4J7VA 3TMUA 1D6QA 2IFFY 4B1AA 1C46A 1ZVYB 2BQMA 1BB5A 1I20A 4W94A 1YL1X 1LSGA 1HEOA 4NHTA 1JHLA 2D6BA 2BQKA 1FN5A 3D3DA 2W1LA 4KPMA 1QDRA 4LT1A 3J4GA 1GB0A 1GAZA 1XGQC 2F4AA 1UA6Y 1HSXA 2MECA 3P4ZA 1V7TA 4LT0A 1LSZA 2Z12A 4LYBA 3WVXA 1GE3A 1NKHA 3TXJA 4WG7A 5LAFA 4GN4A 2CWIA 4TSCA 1DI5A 4UWVA 4UWUA 2HTXA 4H9FA 4LFPA 4N0JA 2ZQ3A 1QQYA 1CKCA 1LJ3A 3RU5A 1LZCA 1YAQA 5AMYA 5HMJA 4WL6A 1XSFA 3A95A 3TXGA 3WULA 1JJ1A 1YKYX 2YBNA 2ZYCA 4HTQA 1LZDA 4OWCA 4E3UA 1JITA 3AB6A 4ML7A 2BQHA 1HELA 1GBYA 4H9HA 1B7QA 1D6PA 1D0KA 2BQOA 4H92A 3B72A 1G7MC 1IP6A 1IP7A 1XGTC 1OUIA 2MEHA 2YVBA 1XEKA 4XJDA 1GB7A 4Z41A 4YF2A 4G9SA 1IEEA 1IO5A 4HJVA 4TUNA 1G7IC 7LYZA 1TEWA 4XN6A 3IJUA 1GPQC 2I6ZA 2YBHA 1BVKC 1LMTA 1GB8A 1LYYA 2D91A 4H9IA 1DI3A 4LT3A 3TXEA 3CSRA 4XADA 4GLAA 1YL0X 4LYMA 1N4FA 2C8PA 1JKCA 2DBTA 1HEMA 4DD3A 4TTDA 1LJFA 3AZ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q0MX 1LWKA 1OUBA 5F81A 3DMZA 1GB5A 1C6MA 5B1GA 1UCOA 3CSZA 4H9CA 3DN3A 4XJIA 1LZTA 1B0DA 1F6RA 2F30A 3GULA 2WARA 3CDQA 1JISA 1XEIA 4OW1A 2OE7X 2FBDA 2Q9EA 2RH1A 3HH6A 1CV1A 2HEBA 211LA 6LZMA 104LA 1QT4A 1HNLA 240LA 1L13A 2QB0B 5DL9A 2OEAX 1LI6A 1BWHA 3FI5A 3L64A 1A4VA 1GF8A 4EXMA 1IP5A 3L2XA 2A7DA 1YAOA 2Z6BA 3TXDA 2MEEA 1T6VL 1IOTA 3A93A 249LA 1B5XA 1HEPA 3WW6A 1UIHA 4HP0A 4NHPA 1IOCA 132LA 2BQGA 2YDGA 168LA 5KXZA 1LSFA 1L45A 2LZ2A 1XFPL 5I4XA 2BPUA 1L26A 126LA 1LPYA 3CT5A 1LSEA 5ILFA 1LCNA 1P37A 1CKDA 5LYZA 2W1XA 1GF5A 3EBAB 1G0LA 197LA 2RBQA 1LYEA 2B7XA 2MEGA 1GFVA 1QS9A 1JTTL 1GB2A 1GDWA 1LSBA 119LA 5KXSA 1TCYA 3HU8A 1GE2A 3A92A 5I5QA 1L17A 1L02A 1WQNA 2RBSA 1INUA 3SBAA 1LYHA 3J6KA 1L15A 239LA 5F14A 189LA 1C7PA 232LA 1L58A 2HUKA 1I56A 2NWDX 4J1AA 1OUJA 4EOFA 1JWRA 1PQDA 3G3WA 1OQMA 4EKQA 1GB3A 5KXTA 1L35A 1C68A 163LA 4NGOA 1HEQA 235LA 1CJ7A 2F2NA 3A90A 1HMKA 5B06A 1C10A 1IWUA 3E3DA 4GRVA 3ATOA 1IC4Y 3W6CA 1QUDA 4IAPA 4DD2A 1L31A 2ZNWY 1LZ6A 1G0JA 5IDDA 1C6KA 4N1CC 3A3QA 1YANA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PZY A;  3F6Z A;  4BAD A;  2Q0M X;  1XGP C;  1NQI A;  1OUB A;  3A96 A;  4GCF A;  5F81 A;  2D4J A;  1IX0 A;  1GB5 A;  5KKI A;  1TBY A;  2X0A A;  1UCO A;  1CJ6 A;  1REM A;  5B1G A;  4DDB A;  3CSZ A;  4H9C A;  2XBR A;  1HHL A;  4XJI A;  3WH1 A;  1J1X Y;  1OUF A;  1LZT A;  3A6C Y;  1LHK A;  1JSF A;  1LYS A;  1B0D A;  5A3Z A;  2EPE A;  1F6R A;  1LHH A;  3WPL A;  1IVM A;  2F30 A;  2HEE A;  2WAR A;  4H90 A;  1C08 C;  1IY3 A;  4TWS A;  3EMS A;  5HNL A;  1J1P Y;  4N8Z A;  4C5F A;  3WUA A;  1LZB A;  2ZIL A;  4NGV A;  4OW1 A;  1JIS A;  1XEI A;  4GLV A;  3ZVQ A;  1GD6 A;  1KIP C;  1NHE A;  2FBD A;  3N9A A;  3N9C A;  4B0D A;  4QY9 A;  5LIN A;  3OK0 A;  1QSW A;  4B4I A;  1VAT A;  1RFP A;  1VDP A;  1DPW A;  3HBD A;  2HEB A;  4J1B A;  3W3E A;  2FYD A;  1Z55 A;  4NSI A;  1GWD A;  4G4H A;  1WQM A;  1HNL A;  5D5C A;  5DL9 A;  1T3P A;  3GXK A;  2DQF C;  4N5R A;  1GFR A;  1BWH A;  1LZE A;  1RI8 B;  4WL7 A;  4I0C A;  3T6U A;  1A4V A;  3AZ4 A;  1RJC B;  1GF8 A;  1LHJ A;  1QUS A;  1IP5 A;  2BAA A;  2Z2F A;  1JPO A; 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 4NHQ A;  1LZ4 A;  4HTN A;  4YEO A;  4DT3 A;  3IJV A;  4H9E A;  1LMA A;  1UIB A;  1LJN A;  1GFE A;  4J7V A;  3TMU A;  1D6Q A;  2IFF Y;  4B1A A;  1C46 A;  1ZVY B;  2BQM A;  1BB5 A;  1I20 A;  4W94 A;  1YL1 X;  1LSG A;  1HEO A;  4NHT A;  1JHL A;  2D6B A;  2BQK A;  1FN5 A;  3D3D A;  2W1L A;  4KPM A;  1QDR A;  4LT1 A;  3J4G A;  1GB0 A;  1GAZ A;  1XGQ C;  2F4A A;  1UA6 Y;  1HSX A;  2MEC A;  3P4Z A;  1V7T A;  4LT0 A;  1LSZ A;  2Z12 A;  4LYB A;  3WVX A;  1GE3 A;  1NKH A;  3TXJ A;  4WG7 A;  5LAF A;  4GN4 A;  2CWI A;  4TSC A;  1DI5 A;  4UWV A;  4UWU A;  2HTX A;  4H9F A;  4LFP A;  4N0J A;  2ZQ3 A;  1QQY A;  1CKC A;  1LJ3 A;  3RU5 A;  1LZC A;  1YAQ A;  5AMY A;  5HMJ A;  4WL6 A;  1XSF A;  3A95 A;  3TXG A;  3WUL A;  1JJ1 A;  1YKY X;  2YBN A;  2ZYC A;  4HTQ A;  1LZD A;  4OWC A;  4E3U A;  1JIT A;  3AB6 A;  4ML7 A;  2BQH A;  1HEL A;  1GBY A;  4H9H A;  1B7Q A;  1D6P A;  1D0K A;  2BQO A;  4H92 A;  3B72 A;  1G7M C;  1IP6 A;  1IP7 A;  1XGT C;  1OUI A;  2MEH A;  2YVB A;  1XEK A;  4XJD A;  1GB7 A;  4Z41 A;  4YF2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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