5JENB

Crystal structure of the anti-sigma factor rsiv bound to lysozyme
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The anti-sigma factor RsiV is a receptor for lysozyme: The crystal structure of RsiV-lysozyme complex
rcsb
molecule keywords Anti-sigma-V factor RsiV
molecule tags Hydrolase/hydrolase receptor
source organism Bacillus subtilis (strain 168)
total genus 45
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-04-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5jenB00
2IFFY 193LA 4XJDA 4GCFA 3TXIA 3ATOA 3KAMA 4U3XB 3A90A 4ET9A 1HMLA 4H9HA 5K7OA 4WL7A 1VFBC 3BKHA 3A67Y 5FELA 1GWDA 1LKRA 1UACY 5L3IA 1LZDA 4H93A 1B5UA 3MGWA 1DZBX 1LJNA 1LMAA 1IX0A 2ZQ3A 4QGZA 1QDRA 2FYCA 1H87A 2YBLA 1GBWA 3OK0A 4G4BA 4OW1A 3A6CY 5B59A 1CKDA 4H90A 134LA 5HMVA 4Z98A 4R6CA 5HMJA 1IO5A 2BQCA 4KXIA 1GD6A 3CT5A 4C5FA 1HMKA 1YAQA 1BB3A 5LVHA 4NHTA 4XADA 5F9XA 1GE1A 1JSEA 5C6LA 3FI7A 4ET8A 2D91A 1JJ1A 2YBIA 2YVBA 4LFPA 1NBYC 3WW6A 2H5ZA 1LZ5A 2D6BA 5LA5A 1HEQA 1HERA 1GFVA 1LSNA 1REMA 1YROA 3CT0A 4LGKA 1FKQA 3LYTA 4DC4A 4OWCA 2BQNA 1LZEA 5L3HA 3WUNA 4HTNA 3QNGA 2FBBA 153LA 1OUFA 2HEBA 4ZEEA 2FBDA 1LZRA 1G7JC 1JJ3A 1D0LA 4NGVA 1DI3A 1NF5A 4HJVA 2ZYCA 1HEMA 4YEOA 4DWXA 4DDAA 1NDGC 4H8YA 1BGIA 1H6MA 4N5RA 4WL6A 5J7CA 1T3PA 1LZBA 5I4XA 2B5ZA 4CHXA 1SQ2L 4WOAA 1UBZA 3A34A 3IWRA 5IELA 4I0CA 3WL2A 4C3WA 3CSRA 1NKHA 4H9CA 2XBRA 4GLAA 1IP5A 4WG7A 4NWEA 1LJHA 2C8OA 1KXYA 2F4AA 1IOTA 2BQOA 3N9EA 4IATA 4J1AA 1TAYA 4NIJA 3W6FA 3HBDA 4OOTA 1UIDA 2BQDA 1HSXA 2GV0A 1IWYA 1LJGA 2C8PA 3AZ6A 3HBEX 4HV1A 4Z46A 1EQEA 1BB6A 3J4GA 1LJKA 3ZVQA 2CWIA 5APDA 4H9FA 3D3DA 4OWAA 1OUAA 1IP2A 1FLYA 2BQLA 1C46A 5DN5A 1DI4A 3EO5A 1IP4A 1LZTA 2DQIY 4ZFPA 5KXXA 1MELL 1QUTA 5KXMA 4BS7A 1GHLA 1LZ6A 3CT1A 1B7OA 1IOQA 4XENA 1GE0A 2CJLA 1JHLA 3P68A 3TXGA 4ETEA 1D0KA 2ZIKA 4AGAA 1UICA 3SP3A 3W6AA 1LJ4A 1GB0A 3P64A 5KXLA 1IY4A 1LZ9A 1XEKA 1KXWA 5LA8A 1RFPA 1HENA 3A6BY 3M3UA 5ILCA 1C10A 4TTDA 4EOFA 4FDYA 2LZ2A 4N8ZA 1OP9B 4WM3A 1FLQA 4RLNA 5DN4A 1UIHA 2D4KA 5E4PA 1N4FA 2H9KA 4GN3A 3G3AB 4DD3A 1YANA 1J1PY 4P2EA 1YAOA 4D9ZA 1LYOA 5APFA 1CKCA 5FEKA 1SLYA 1VDSA 1YILA 1HEPA 4NGYA 4E3UA 4H9EA 3AGHA 1PZYA 4H8ZA 1IWVA 2BQHA 1JJ0A 5IDDA 5LIOA 1UIGA 3TMUA 1FLUA 1CNSA 1GBOA 1RJCB 2EPEA 2I26L 4B4IA 4YEMA 1WQMA 1IC7Y 5M1YA 1DPXA 1FBIX 4TSBA 4Z3MA 1IWWA 1GB2A 2HEDA 4OWHA 4ANRA 1B5VA 1LZ8A 2IHLA 4G4HA 1LMOA 1LHLA 3WXUA 1HFZA 1D6QA 2HUBA 4J0LA 1LSBA 1IWUA 3TXDA 5I4YA 1BQLY 2DQGY 1WVVA 3B0IA 3CB7A 4WG1A 3ULRA 4HP0A 3ZEKA 4YF2A 2G4NA 1GF9A 1JKBA 1IY3A 1LJJA 5F9UA 5KXWA 4QDNA 2MEAA 5F81A 4AXTA 3W6BA 5KKIA 1GBXA 1GE2A 3WMKA 4EMNA 1UCOA 3LN2A 4J1BA 2X0AA 2BQIA 2ZYPA 1VAUA 2HU3A 2ZNWY 3W3EA 3AGIA 1LSCA 4OWEA 3WPJA 1LHMA 2MEHA 4KPMA 4TSCA 1YAPA 3W6CA 5JENB 1B5ZA 1HFYA 2BAAA 4N1EI 4I8SA 5D5CA 5LYZA 4WLXA 4PJ2C 2MEGA 1BB7A 4H9IA 3A95A 1GAZA 3EXDA 5F16A 1QSAA 4TWSA 4LT0A 4O34A 1J1XY 3WUMA 4G4CA 1T6VL 1LZCA 1LJ3A 1LZSA 5KXTA 1IOCA 5E9RA 3AYQA 1DI5A 207LA 1DXJA 1XSFA 3TXKA 1GFGA 3G3BB 4QY9A 4NHSA 1VDQA 3BKVA 1EQ4A 4WO6A 5EBHA 1IC5Y 1LAAA 4TUNA 1XGRC 3TXBA 1CKFA 1BVKC 4NGZA 1ZVYB 1TDYA 1V7SA 1HC0A 1IP1A 1LTMA 4MR1A 4NFVA 1CJ7A 4NGIA 4BADA 4A7DA 1JSFA 1GF8A 2MEDA 1GFJA 3A92A 3LYMA 3LYOA 4GCDA 1LJIA 1B5YA 2DBTA 3GXKA 1IR8A 1XGUC 4UWVA 5KXPA 3TXJA 4FJRA 4H9AA 1GF5A 4H8XA 5C6IA 1GF0A 4NSIA 1KXXA 4NG8A 1FLWA 1EQ5A 3WPLA 1LHHA 1OQMA 4RW2A 5B06A 1G7MC 2Z39A 1IWTA 4WM5A 4XN6A 2DQFC 6LYTA 5DL9A 4HTQA 5LVGA 1OUIA 5LINA 2F30A 3P66A 2D4JA 1B7PA 4RW1A 1LHIA 1LHJA 5FHWA 1UIFA 4GN5C 4CGEA 2LYMA 1IOSA 4GN4A 3WUAA 1CKHA 2CDSA 1D0MA 2I25L 3M18B 1NQIA 1V7TA 1LSEA 1INUA 2CGIA 1JTOL 4W94A 3F6ZA 4WM1A 1XGTC 3AW6A 3AZ5A 4GCEA 1GB6A 1B7SA 4RDSA 4XYYA 2LZTA 1IEEA 1UA6Y 1HSWA 3TMXA 5FSTA 4UWNA 1BB4A 3D9AC 4NEBA 4H94A 1O23A 1PS5A 1E8LA 4CFPA 5KXNA 1JKCA 2DQEY 5LYMA 3WH1A 2YBNA 4LT3A 1LPIA 1LHKA 1WQPA 135LA 1DQJC 1Z55A 2AUBA 1GF4A 1GF6A 3RU5A 4LFXA 4OWBA 1LSDA 2EQLA 4HJYA 1WQOA 1B5XA 2HEFA 1B7MA 4NGJA 1IC4Y 1XGQC 3RNXA 1WTNA 1IR7A 1XGPC 4B0DA 4ZIXA 1GBYA 1JWRA 1GFKA 4H91A 1FDLY 2G4QA 5B1FA 4PPOA 1HNLA 1ZVHL 1ZV5L 2HEAA 4KT3A 3IJVA 3ATNA 4ETBA 1B2KA 1BWJA 4H92A 4DD2A 2DQJY 2W1MA 1RE2A 1LJEA 3A8ZA 4NSGA 1LMTA 1DKKA 1LSYA 2MECA 2YBJA 4XJIA 5I4WA 5IHGA 1I20A 2BQAA 1WVUA 3WYHA 4HPEA 1JTTL 1NWGA 5A3EA 1LZYA 4KL7A 4LYTA 1UIBA 3A3RX 5HLLA 4ML7A 4NHIA 5II3A 1BVXA 1GDWA 2W1YA 3WU8A 1QQYA 2LHMA 1OUHA 3WU9A 1F10A 3FE0A 5HQ1A 1VDTA 1UIEA 4IASA 3CQLA 1WQNA 5LAGA 4Z41A 1J1OY 4WMGA 1FKVA 1GAYA 2RSCA 1YQVY 1NMMA 1REXA 5DLAA 3T36A 4UWUA 2VB1A 4LT2A 2FYDA 3AB6A 1B7LA 1CJ6A 4DD1A 1ZMYL 2I6ZA 1GE4A 1BWHA 4NGLA 5D5FA 5LVIA 3IJUA 5LYTA 5T3FA 2XTHA 1LYYA 4NSJA 4RLMA 1YIKA 3K3TA 4WM4A 3WXTA 2XBSA 3A96A 1ALCA 2A7FA 1GXV2 3CSZA 1W6ZA 2Z12A 132LA 3A94A 4PRQA 4WM2A 1LOZA 1NDMC 2A7DA 1HFXA 2YBHA 3B0KA 1YL0X 4CJ2A 1B5WA 1YAMA 3QE8A 2ZNXY 5KXZA 2Z2FA 3P65A 3T6UA 4NSHA 1B7NA 3GXRA 1XFPL 4WLTA 5KXOA 1HELA 4B49A 5KY1A 4HV2A 1GFRA 1YKZX 1YKXX 9LYZA 5L9JA 4DT3A 3AGGG 3RW8A 4GCCA 1JITA 1LSFA 4PGJB 3WVXA 5I54A 4XJGA 1KIPC 4LYMA 1QSWA 4YOPA 2DQDY 1LKSA 1MLCE 1QTEA 4N1CC 1KIQC 1HEWA 1JKAA 2MEEA 5C6JA 1GFEA 1OUDA 4HJZA 1VATA 1LSAA 3AJNA 3WW5A 2BLXA 1IIZA 2YSSC 2ZILA 1I56A 2PC2A 1DKJA 1GFUA 3CSQA 4LYOA 1IWXA 2N5ZA 1F0WA 2W1XA 2Y8PA 1OUJA 5LVJA 1GEVA 2EIZC 5KKJA 4DD7A 1UUZC 3WVYA 3QY4A 4PHIA 5KXRA 1XEIA 2G4PA 3AW7A 1WQRA 2Z38A 4DDCA 1XEJA 1I1ZA 5AMYA 1JEFA 4CFOA 2NWDX 3RT5X 1TEWA 1W08A 5FDJA 1BHZA 1AT6A 1TBYA 3A91A 4BAFA 1LMNA 1GEZA 4B4EA 5HNCA 2XJWA 3N9CA 1YKYX 1IP7A 1GE3A 208LA 1OUCA 3LHMA 3LYZA 1GB5A 4DD9A 2H9JA 4OOOA 4DYGA 1D9UA 2YDGA 3J6KA 5B05A 1C08C 1YL1X 2F2NA 1G7IC 2LYOA 4QEQA 1LCNA 8LYZA 1RI8B 4NHQA 1REYA 1LMQA 1IWZA 1GBSA 3LZTA 1C7PA 1REZA 3A3QA 2DQAA 3W6DA 1GXXA 2BPUA 3E3DA 1GFAA 4L41A 1F6SA 1CKGA 1A2YC 3TMWA 1BWIA 2Z18A 3HBHA 1LZ4A 4WO9A 2BLYA 1AKIA 4J7VA 3LZ2A 1WTMA 3OJPA 1GB8A 1OUBA 1UC0A 6LYZA 2D4IA 1C45A 1OUEA 5DM9A 4BAPA 1GB7A 1LMCA 2Z19A 2BQBA 1G7LC 1BB5A 1GB3A 3EMSA 4H1PA 2WARA 4N0JA 4ETDA 3AZ7A 1GPQC 1IR9A 1LSMA 2BQKA 1LSPA 4HTKA 4HSFA 4WLDA 4M6DA 1IP6A 1B0DA 1GF3A 1LSGA 3N9AA 4N9RA 3TXHA 1B7RA 1UIAA 2ZWBA 4G49A 4H9BA 4LT1A 3P4ZA 1G7HC 2HECA 3VWOA 2YBMA 4XJBA 1HEOA 1JIYA 1F6RA 4TX7A 5B1GA 3RZ4A 4M4OA 1GBZA 1IP3A 2BQJA 1D6PA 3WPKA 3WU7A 2W1LA 2ZQ4A 4LZTA 5KXYA 2Z37A 1HHLA 3B6LA 4NHPA 4DD0A 1HF4A 5LXWA 1GDXA 4ETCA 5APEA 2HU1A 4GCBA 3ZVQB 2BQMA 2HTXA 4IJ4A 7LYZA 1DPWA 1JKDA 5HNLA 4LYCA 1LYSA 4B1AA 4LYBA 2BQEA 5I53A 2BQFA 4PRUA 2DQHY 5LVKA 4B4JA 1AT5A 4ETAA 4YM8A 1IORA 1WQQA 1JUGA 4G9SA 4NWHA 1B9OA 1P2CC 1AZFA 4NGKA 1NBZC 5I5QA 5B07A 4DDBA 1LZ1A 2ZIJA 3A93A 5F14A 1A4VA 2DQCY 3B0OA 1IVMA 5KXKA 1LSZA 4HPIA 5ILFA 1QTKA 4YENA 4WM6A 3AZ4A 5APCA 2Z2EA 4GLVA 3TXEA 5A3ZA 1OUGA 1NHEA 1LMPA 1QUSA 5LAFA 2HEEA 5FCPA 3HFMY 1RCMA 1JPOA 1VDPA 4II8A 2Q0MX 1LZNA 3EBAB 4NG1A 4XJFA 1GB9A 4WLYA 1C43A 154LA 4NGOA 1CJ8A 2EKSC 1LZAA 4W96A 4X3BA 2LYZA 4R0FA 133LA 1TCYA 1FN5A 194LA 1QDTA 3TXFA 1JISA 2MEFA 4NY5A 1KIRC 1GFHA 4MCKA 1B7QA 2MEBA 1EL1A 3W6EA 4NGWA 2BQGA 1JTPL 1VEDA 1GF7A 1LZGA 4MSTA 3WULA 1LYZA 1QIOA 5KXSA 1GFTA 3TMVA 2DKVA 2MEIA 2F4GA 5KJ9A 1CJ9A 3B72A 4XJHA 4LYZA 1AM7A 1LJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JTNA 2IFFY 176LA 3KAMA 4ET9A 1LKRA 256LA 3GUKA 4QGZA 2YBLA 4G4BA 4OW1A 1P56A 198LA 5B59A 4H90A 1G0QA 4C5FA 1GD6A 3CT5A 1YAQA 5LVHA 4NHTA 5F9XA 232LA 1JJ1A 3WW6A 4LFPA 3C82A 1LSNA 3CT0A 4DC4A 2BQNA 4HTNA 3QNGA 2HEBA 2FBDA 1LZRA 1G7JC 215LA 2ZYCA 1HEMA 4YEOA 1BGIA 5I4XA 1DYEA 4CHXA 1SQ2L 1QSBA 3K2RA 4EKQA 4IATA 4J1AA 1WTHA 3W6FA 244LA 4OOTA 1HSXA 3AZ6A 3HBEX 1LYHA 2C8PA 2CWIA 5APDA 1C46A 1L76A 1IP4A 1QUTA 5KXMA 1CU3A 1OYUA 1IOQA 1GE0A 1JHLA 1L10A 2ZIKA 2RAYX 110LA 3P64A 1C10A 4WM3A 4RLNA 1UIHA 5E4PA 111LA 1T8FA 178LA 1YANA 1J1PY 2QB0B 131LA 1CKCA 3DNAA 1PZYA 2BQHA 221LA 3DN4A 1RJCB 4B4IA 4YEMA 1GB2A 2HEDA 4OWHA 1LZ8A 103LA 3TXDA 5I4YA 1IWUA 1WVVA 4WG1A 4YF2A 166LA 5KXWA 146LA 5F9UA 4QDNA 2MEAA 5F81A 4AXTA 1GBXA 3LN2A 4J1BA 104LA 2X0AA 1QT8A 3HTBA 2MEHA 3HUQA 3EMLA 1L05A 2BAAA 5D5CA 4PJ2C 127LA 4H9IA 2OEAX 1GAZA 152LA 1G0MA 1J1XY 1T6VL 1P37A 1LJ3A 1LZSA 1IOCA 1L51A 3DMZA 4GBRB 207LA 1GFGA 3BKVA 1EQ4A 4WO6A 1IC5Y 1XGRC 4NGZA 144LA 1TDYA 4S0WA 4I7RA 1CJ7A 4BADA 2MEDA 3LYOA 4GCDA 1LJIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IFF Y;  193L A;  4XJD A;  4GCF A;  3TXI A;  3ATO A;  3KAM A;  4U3X B;  3A90 A;  4ET9 A;  1HML A;  4H9H A;  5K7O A;  4WL7 A;  1VFB C;  3BKH A;  3A67 Y;  5FEL A;  1GWD A;  1LKR A;  1UAC Y;  5L3I A;  1LZD A;  4H93 A;  1B5U A;  3MGW A;  1DZB X;  1LJN A;  1LMA A;  1IX0 A;  2ZQ3 A;  4QGZ A;  1QDR A;  2FYC A;  1H87 A;  2YBL A;  1GBW A;  3OK0 A;  4G4B A;  4OW1 A;  3A6C Y;  5B59 A;  1CKD A;  4H90 A;  134L A;  5HMV A;  4Z98 A;  4R6C A;  5HMJ A;  1IO5 A;  2BQC A;  4KXI A;  1GD6 A;  3CT5 A;  4C5F A;  1HMK A;  1YAQ A;  1BB3 A;  5LVH A;  4NHT A;  4XAD A;  5F9X A;  1GE1 A;  1JSE A;  5C6L A;  3FI7 A;  4ET8 A;  2D91 A;  1JJ1 A;  2YBI A;  2YVB A;  4LFP A;  1NBY C;  3WW6 A;  2H5Z A;  1LZ5 A;  2D6B A;  5LA5 A;  1HEQ A;  1HER A;  1GFV A;  1LSN A;  1REM A;  1YRO A;  3CT0 A;  4LGK A;  1FKQ A;  3LYT A;  4DC4 A;  4OWC A;  2BQN A;  1LZE A;  5L3H A;  3WUN A;  4HTN A;  3QNG A;  2FBB A;  153L A;  1OUF A;  2HEB A;  4ZEE A;  2FBD A;  1LZR A;  1G7J C;  1JJ3 A;  1D0L A;  4NGV A;  1DI3 A;  1NF5 A;  4HJV A;  2ZYC A;  1HEM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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