5KKI | Genus

Total Genus 47

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	47
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__546332671460164__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__546332671460164__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5KKI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__546332671460164__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"546332671460164","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5KKI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__546332671460164__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e3affb9deaad65aeb600d/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e3affb9deaad65aeb600d/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e3affb9deaad65aeb600d/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e3affb9deaad65aeb600d/pdb.gz): 653 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 18 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	A Versatile System for High-Throughput In Situ X-ray Screening and Data Collection of Soluble and Membrane-Protein Crystals. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	47
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2016-06-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	5kkiA00

4B1AA 3WW5A 4C3WA 3LZ2A 1LSFA 4HJYA 5I53A 4I8SA 2W1XA 1LMPA 3FI7A 1IP7A 4NGJA 1JTPL 3LN2A 4DD0A 1FN5A 2NWDX 1LZ8A 2GV0A 2LYOA 2D4IA 1GF9A 1YAOA 2HEFA 2ZIKA 4KT3A 4N5RA 4LZTA 4UWVA 4WM3A 5LVIA 4N1EI 4B49A 3AW7A 2HEBA 3J4GA 1GHLA 1OUBA 5LVKA 1A2YC 1GB2A 2FBDA 4PPOA 1B7QA 1QDRA 1OUCA 1OQMA 4TSBA 4DD9A 1PS5A 1BQLY 4E3UA 1LZCA 1JSFA 5HLLA 4H8XA 1BVKC 1LMAA 2FYCA 2CDSA 4RW1A 3B0IA 4GCBA 1UIHA 4H1PA 4ML7A 1WQPA 4RLNA 5FSTA 1B7LA 5D5CA 1T3PA 1LMOA 5LVJA 1G7IC 1GF6A 1NF5A 1B2KA 1LHHA 1C10A 3CSQA 3LYOA 1BWIA 4TSCA 5KXMA 4TUNA 1GFJA 1QQYA 4W94A 4XENA 1DXJA 5KXLA 2Z2EA 1GEVA 3RU5A 2WARA 1QIOA 1GE4A 4WG1A 1PZYA 1HEQA 1GF7A 1OUFA 2CGIA 4QDNA 4WM4A 1IWYA 4XJGA 4M4OA 1BB7A 1BGIA 1WTNA 2A7DA 1C46A 3ATOA 1CKDA 4LYTA 1UACY 1T6VL 1FDLY 1OP9B 1V7TA 3WUAA 2MEDA 4NHTA 9LYZA 5KXKA 1KXWA 4ET8A 1XEKA 2Z2FA 1C08C 1LSMA 4KPMA 1LSGA 1LJJA 1DKJA 1WQNA 1EQEA 1UIEA 1FKVA 1TAYA 1D6PA 1JPOA 4M6DA 5APDA 5L9JA 2ZYCA 3BKVA 4H90A 3TXIA 4WLYA 3W6EA 4OWAA 4H9AA 2EKSC 1OUJA 1IC7Y 1XEIA 2ZNWY 1D0LA 4HTNA 4NGWA 4PGJB 153LA 3P66A 1XFPL 1DI5A 1OUGA 1DKKA 2W1LA 1I56A 1ZMYL 2BQEA 2ZILA 3P68A 3QY4A 4GN4A 4II8A 1CJ8A 1GFAA 1EQ4A 4DC4A 3TMXA 3A94A 1HELA 2YBLA 1RE2A 1GD6A 2HEDA 5KXZA 2C8PA 1GXV2 3OK0A 3P64A 1B5YA 1KXXA 1WTMA 1GFRA 1HMKA 2DQDY 3EO5A 3G3AB 4OOTA 3RZ4A 1GBXA 1LSYA 135LA 4NEBA 4I0CA 3A96A 1GDWA 2BQLA 1UUZC 1IWXA 1D0MA 1C7PA 4NIJA 4BS7A 1DI4A 5KXPA 5I4XA 2G4QA 4UWUA 1HFYA 5I4WA 3A91A 3LHMA 3F6ZA 1HSWA 4ETBA 5E9RA 3N9EA 5HNCA 3A3RX 2EPEA 4ETAA 1NHEA 4ZEEA 1KIRC 4DDCA 4GLVA 1XEJA 4HSFA 5HMVA 4H8ZA 5LVGA 1F6RA 2BLYA 4XJHA 1GF5A 1VDQA 2Z18A 2F4GA 3AGIA 1TBYA 2YBJA 1GAZA 4ZIXA 5DL9A 1GF0A 4GLAA 1NQIA 1WVUA 2MEHA 4NG8A 3EBAB 2XBSA 5IDDA 4BAPA 4NSIA 1LCNA 1RI8B 3WUMA 4Z3MA 4NGOA 4WLXA 4NHSA 5B1GA 1RFPA 1YL1X 4G49A 3D3DA 4EMNA 3A6CY 3CT5A 1LZDA 2RSCA 2Z38A 1XSFA 1CJ6A 3TXDA 1I1ZA 5L3IA 4PJ2C 2DQHY 3W3EA 1LTMA 1CNSA 1DPWA 1GE1A 1LSPA 4TWSA 4UWNA 1IC4Y 1YIKA 4WM6A 5HMJA 2MEEA 4L41A 4NSJA 1HNLA 3TXBA 4YF2A 5K7OA 1YKZX 2XTHA 4GCDA 5LIOA 1E8LA 1B7NA 1JITA 1LHKA 1LJ3A 1NDMC 3FE0A 2D4KA 4WO9A 1AKIA 2D4JA 2I6ZA 3T6UA 4ETCA 3ZVQB 2MEGA 1GFHA 2FBBA 5FDJA 5FHWA 2CWIA 4AXTA 2G4PA 2BQIA 1B0DA 4H92A 1CJ9A 4HPEA 4LT2A 2BQMA 3HBHA 3RW8A 1WQQA 1LZ1A 1LZSA 1HF4A 4KXIA 1FLYA 3B0OA 1LYZA 3AGHA 2VB1A 4DD3A 4HP0A 1GE0A 1IP3A 3B6LA 5B1FA 1HSXA 1B7MA 4N8ZA 4B0DA 7LYZA 1GB6A 1QSAA 3A95A 3QNGA 8LYZA 1JSEA 5M1YA 1REXA 5LXWA 1RJCB 1B7SA 4TTDA 1A4VA 4XJBA 3TXFA 5I54A 2CJLA 4IATA 1GF4A 3D9AC 3WPKA 1LYYA 1F6SA 1NDGC 1HMLA 3W6CA 1I20A 1F0WA 1LMNA 4RDSA 5AMYA 1B5XA 2MEFA 1SLYA 4U3XB 1Z55A 4WG7A 5DLAA 5LYTA 3A3QA 3WUNA 1GB8A 1WVVA 1JUGA 1B7PA 4H8YA 4OWHA 4XADA 1LAAA 4J7VA 3WVYA 3TMWA 4RLMA 1GB0A 1GFEA 3A93A 3HBEX 4NG1A 2FYDA 1NKHA 4DDBA 3G3BB 2Z19A 1JJ0A 1D0KA 3P4ZA 1B5ZA 1FLUA 133LA 3LYTA 1JJ1A 1GEZA 1CKFA 1VDTA 4G4BA 4LYMA 1GBSA 5E4PA 4NGLA 1BWJA 1LJGA 2AUBA 2XJWA 1LKRA 1YROA 4N9RA 4NHIA 5B59A 1LYSA 4LGKA 2ZQ4A 1NBZC 1W6ZA 3WULA 4ANRA 2Z39A 1NWGA 3RT5X 5LYMA 1IR8A 4HPIA 5APEA 4LYZA 6LYZA 1G7HC 1CJ7A 4J1BA 4MCKA 4R6CA 1BB6A 3IJVA 1OUAA 3CB7A 1B5UA 4ETDA 1ALCA 1C43A 1IOTA 1LHMA 2HU3A 5F16A 6LYTA 4OOOA 5B07A 3N9CA 3W6AA 4WL6A 5APCA 3LYZA 4XJFA 1LMCA 2HEEA 1LZTA 4YENA 1O23A 4O34A 5KXOA 1LZ4A 5A3ZA 3TXGA 5KKIA 2IFFY 3ATNA 3IWRA 3T36A 4LFXA 4H9EA 1BWHA 1UIAA 1IP2A 4HTKA 1LYOA 1INUA 4XYYA 1YKXX 4B4EA 1IC5Y 1IWWA 1G7JC 1GFVA 1HEOA 2BPUA 1ZV5L 2H9KA 2HU1A 3KAMA 4NGVA 4W96A 3WU9A 4A7DA 1J1XY 1XGUC 2DQGY 4IJ4A 1GFTA 3MGWA 3WW6A 5LAGA 3B0KA 3J6KA 1KXYA 1UC0A 2A7FA 1IP1A 2LZTA 3EXDA 4NHQA 1UIGA 2BLXA 3AJNA 1FLQA 4FJRA 4NSGA 1QTEA 4QGZA 3WPJA 4B4JA 1BVXA 1HEMA 5LA8A 2F2NA 4CJ2A 154LA 1IWTA 4LYOA 4DT3A 1LZRA 1P2CC 3A67Y 4X3BA 1GE3A 4XN6A 1HFZA 4PRUA 3WXUA 2YDGA 1YAQA 4H9CA 3CQLA 4NFVA 4YM8A 3AW6A 2MECA 5A3EA 1FBIX 5KJ9A 207LA 2ZYPA 1WQOA 1IX0A 3HFMY 1UIBA 4HV1A 2Y8PA 4HTQA 1NBYC 4NGYA 1B9OA 1GF3A 1UA6Y 1UIDA 5D5FA 3TXEA 2LZ2A 4NWHA 3A8ZA 4DD2A 4WM1A 1IORA 1HENA 1VFBC 1IY3A 1LHJA 1YAMA 5KXNA 1YANA 4B4IA 2YVBA 1D6QA 1VEDA 4DWXA 1LSDA 4WMGA 1UICA 1IOSA 4WLTA 3WL2A 1GXXA 5I4YA 1YL0X 1IVMA 4FDYA 2LYZA 5ILFA 1BB3A 1QUSA 1XGTC 4GCCA 1IR9A 2EQLA 2ZWBA 5FEKA 3WU7A 1LMQA 1UIFA 5HQ1A 1LZ6A 1J1PY 1KIPC 1QSWA 1IR7A 1LZAA 4IASA 4WM2A 3W6DA 1LZ5A 3SP3A 1LHIA 5J7CA 1IP6A 1LJHA 1BHZA 4NGZA 1XGQC 2PC2A 5EBHA 4HJZA 2LYMA 4G4CA 4KL7A 1IEEA 208LA 1JKAA 4G4HA 5DN5A 5I5QA 4CHXA 1AT5A 1WQRA 2DQAA 3W6BA 4NWEA 4PHIA 2YBNA 1GBZA 2Q0MX 4H91A 3WYHA 1VAUA 2MEAA 1IO5A 1C45A 5IHGA 2H9JA 4H93A 4MR1A 1LZYA 3M18B 3A6BY 5DM9A 2G4NA 2BQGA 4LYBA 1AZFA 4QY9A 5ILCA 1REMA 1GDXA 3HBDA 2YBMA 4XJIA 193LA 1GB5A 3AB6A 5C6LA 4GCEA 2W1YA 5T3FA 1H6MA 1LSAA 1LJ4A 1B7OA 3TXKA 4WLDA 3TXJA 1IWUA 1GFUA 1HFXA 1SQ2L 1VATA 3RNXA 3TXHA 1D9UA 3N9AA 2Z12A 4H9FA 2DKVA 4DD7A 1LSEA 1N4FA 1FKQA 3LZTA 5B05A 2MEBA 1HERA 1OUDA 4J1AA 1GBWA 4DYGA 1GAYA 4H94A 4P2EA 5IELA 1JKDA 1JIYA 3TMVA 3A90A 1LZBA 3A34A 3CSZA 2F4AA 1JJ3A 4MSTA 4Z41A 1LSZA 2BQDA 1EL1A 1LJEA 1JKBA 132LA 4ETEA 2HEAA 2B5ZA 3WU8A 4LT3A 1IOQA 1IY4A 5LAFA 3OJPA 4H9IA 1AT6A 1OUEA 2HECA 1RCMA 1UCOA 2ZIJA 4H9HA 5B06A 3WXTA 3LYMA 2BQJA 4HJVA 4LT0A 4YEMA 1NMMA 1CKHA 1MLCE 4CFOA 3W6FA 1OUIA 1B5WA 1BB4A 1FLWA 1JTOL 2DQFC 1G7LC 1JEFA 2YBIA 5F14A 4WO6A 1W08A 2HTXA 5JENB 5KXXA 1LZ9A 5F9XA 1OUHA 1HEWA 2N5ZA 4DDAA 4N1CC 134LA 2EIZC 5L3HA 1IOCA 1CKGA 2YSSC 1ZVYB 2F30A 4J0LA 4OWEA 1BB5A 1HC0A 3AZ6A 3CT0A 4NGKA 4PRQA 4NHPA 3CT1A 4LT1A 1YILA 1TEWA 1LOZA 2Z37A 2HUBA 3IJUA 1H87A 5LINA 1IWVA 1MELL 4G9SA 5LA5A 1JHLA 4C5FA 2BQHA 3M3UA 3WVXA 1LHLA 1TDYA 4BADA 4OWBA 4WL7A 2LHMA 5II3A 4WOAA 4R0FA 1HEPA 2BQFA 2I26L 2BQAA 5FCPA 194LA 1KIQC 2ZNXY 4GN3A 4CFPA 4HV2A 1QUTA 4QEQA 5F81A 1UBZA 2IHLA 1LJKA 1LZGA 5F9UA 1LKSA 1B5VA 1LZEA 1V7SA 1JWRA 1YQVY 4NSHA 5KXYA 1LSCA 1LSNA 5LYZA 5C6IA 1GF8A 5C6JA 5KXWA 1GPQC 4XJDA 4NY5A 1YKYX 3WMKA 2DBTA 1IIZA 1AM7A 1LSBA 3WH1A 5HNLA 3P65A 4D9ZA 4CGEA 2H5ZA 5LVHA 4LFPA 3AYQA 3AZ7A 4RW2A 3GXRA 4DD1A 5APFA 1CKCA 1LJFA 1VDSA 3ULRA 5KKJA 2BAAA 4Z98A 4GCFA 1GB7A 5KXSA 4NGIA 1XGPC 3AZ4A 1GE2A 2MEIA 1DI3A 1GB9A 2BQNA 2D91A 4TX7A 2BQBA 1REZA 4OW1A 1B7RA 3A92A 4H9BA 2BQCA 4LYCA 4BAFA 1LMTA 1J1OY 1EQ5A 1GBYA 1QTKA 4Z46A 2X0AA 4ET9A 1GBOA 3CSRA 4YEOA 4YOPA 5DN4A 1DZBX 1JISA 1GFGA 1DPXA 1XGRC 4WM5A 5FELA 3ZEKA 2BQOA 1LZNA 1GWDA 5KY1A 5KXTA 4ZFPA 1VDPA 1YAPA 4GN5C 3WPLA 3AGGG 2DQEY 2DQJY 3AZ5A 1IP4A 1HHLA 4AGAA 1QDTA 2D6BA 2DQIY 4N0JA 4EOFA 2C8OA 3QE8A 1IP5A 1G7MC 1REYA 3K3TA 3TMUA 3VWOA 1LJIA 3GXKA 1ZVHL 1DQJC 1TCYA 3E3DA 3B72A 1GFKA 1GB3A 2YBHA 2XBRA 1LJNA 2DQCY 2BQKA 1JTTL 5KXRA 1LPIA 3BKHA 3ZVQA 1F10A 2W1MA 4OWCA 3EMSA 2I25L 1IWZA 1WQMA 1JKCA 2ZQ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B1A A;  3WW5 A;  4C3W A;  3LZ2 A;  1LSF A;  4HJY A;  5I53 A;  4I8S A;  2W1X A;  1LMP A;  3FI7 A;  1IP7 A;  4NGJ A;  1JTP L;  3LN2 A;  4DD0 A;  1FN5 A;  2NWD X;  1LZ8 A;  2GV0 A;  2LYO A;  2D4I A;  1GF9 A;  1YAO A;  2HEF A;  2ZIK A;  4KT3 A;  4N5R A;  4LZT A;  4UWV A;  4WM3 A;  5LVI A;  4N1E I;  4B49 A;  3AW7 A;  2HEB A;  3J4G A;  1GHL A;  1OUB A;  5LVK A;  1A2Y C;  1GB2 A;  2FBD A;  4PPO A;  1B7Q A;  1QDR A;  1OUC A;  1OQM A;  4TSB A;  4DD9 A;  1PS5 A;  1BQL Y;  4E3U A;  1LZC A;  1JSF A;  5HLL A;  4H8X A;  1BVK C;  1LMA A;  2FYC A;  2CDS A;  4RW1 A;  3B0I A;  4GCB A;  1UIH A;  4H1P A;  4ML7 A;  1WQP A;  4RLN A;  5FST A;  1B7L A;  5D5C A;  1T3P A;  1LMO A;  5LVJ A;  1G7I C;  1GF6 A;  1NF5 A;  1B2K A;  1LHH A;  1C10 A;  3CSQ A;  3LYO A;  1BWI A;  4TSC A;  5KXM A;  4TUN A;  1GFJ A;  1QQY A;  4W94 A;  4XEN A;  1DXJ A;  5KXL A;  2Z2E A;  1GEV A;  3RU5 A;  2WAR A;  1QIO A;  1GE4 A;  4WG1 A;  1PZY A;  1HEQ A;  1GF7 A;  1OUF A;  2CGI A;  4QDN A;  4WM4 A;  1IWY A;  4XJG A;  4M4O A;  1BB7 A;  1BGI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5KKIA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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