5KXPA

Hen egg white lysozyme at 278k, data set 2
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
129
structure length
128
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQISRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational variation of proteins at room temperature is not dominated by radiation damage.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Isomerase
source organism Gallus gallus
total genus 56
structure length 128
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5kxpA00
1GB7A 5HNCA 4CFPA 3A93A 4MCKA 4WM3A 1JJ1A 4WL7A 1IR9A 1BQLY 2C8OA 4LYOA 3A3RX 3FI7A 4H9HA 4H9FA 1GB0A 1UACY 1LYYA 2Y8PA 5DM9A 3P66A 1OUHA 1HFZA 4NG1A 2VB1A 1B9OA 1F0WA 4NSJA 1MELL 3TMVA 1GB8A 4Z46A 1ZV5L 4CFOA 1IO5A 2G4QA 2XBRA 3EMSA 1FKVA 1JTTL 1AM7A 3CT0A 2GV0A 1TEWA 1AT6A 1GE2A 5KXMA 1NMMA 1IP2A 1B7RA 1LZBA 4NWEA 4NGJA 4WMGA 5LVIA 1JEFA 2W1LA 2Z18A 1GB9A 2CDSA 5DN5A 5FDJA 3E3DA 1XGRC 3CT1A 3LYMA 6LYZA 1B5ZA 4TWSA 1LAAA 1LJHA 2XJWA 4NHTA 3TXJA 1QSWA 3CSZA 1CKCA 4GLVA 1B5UA 1OUDA 4XJFA 4B1AA 5J7CA 1LHLA 1LJIA 1I20A 2XBSA 1LCNA 1G7IC 1HENA 1REXA 4KT3A 4WLDA 2W1MA 3P68A 2YBIA 1KXWA 1V7TA 1CNSA 1B7MA 1FN5A 4NSIA 4DD1A 134LA 1LZ4A 4O34A 5FCPA 1F10A 1LZEA 1DKJA 1YROA 5KXKA 1WQQA 4ZEEA 1LSDA 3CQLA 2BQHA 4WLXA 4GCCA 1LZ5A 3WU8A 1SLYA 1UIHA 4RLNA 2BAAA 1YAOA 1C08C 1UIAA 1IOTA 3K3TA 3LN2A 3WW5A 1CJ8A 6LYTA 1FLQA 1GBWA 1HMLA 4H8XA 1LMTA 1REMA 207LA 3TXGA 1C46A 5ILFA 1IWUA 1LZSA 5C6JA 1B7PA 1T6VL 2C8PA 3QNGA 1EQ4A 1LPIA 4H91A 3RT5X 3WW6A 1IWZA 1GBSA 193LA 3A92A 3A3QA 4OWEA 1GF4A 1LMOA 3WMKA 1WQRA 3P4ZA 4LGKA 4RW2A 2ZNXY 4BAFA 5F14A 1VDQA 5L3IA 5KY1A 1B5XA 3B6LA 1UA6Y 4ET9A 2I26L 2LYZA 1OUIA 2BQOA 3A8ZA 1FKQA 1LZDA 1IP6A 1FLUA 2D6BA 4PJ2C 1WQOA 3AW6A 1HEWA 7LYZA 2YBHA 1KIRC 4NEBA 1LJGA 4B0DA 3QY4A 4L41A 4R6CA 5HMVA 1B5YA 3M3UA 5FEKA 5KKJA 4N8ZA 1LHHA 3LYOA 1GFJA 1A4VA 5D5FA 3RU5A 2HU1A 1LMCA 2YBLA 1DI4A 1DXJA 5KXXA 4QEQA 5KXYA 1GF5A 1WTMA 3ZVQA 3TXKA 5B07A 2DQDY 3AZ5A 4H8ZA 1FDLY 3AGGG 1GB5A 1LJFA 3EBAB 4WO9A 2BQGA 5I54A 4HTNA 4I8SA 4OOOA 2BLYA 1IP4A 4FJRA 194LA 4LYBA 1XGTC 1IP5A 1GEVA 2FBBA 3WPJA 4OW1A 3G3AB 1H6MA 1GDWA 1LZ1A 1YKYX 4NWHA 4FDYA 1GBYA 3AZ4A 1QTEA 1DPWA 1LSAA 4H90A 4NGVA 4DT3A 4DD2A 4EOFA 1JPOA 3IJVA 4QGZA 3A94A 2H9KA 3AGIA 4LT1A 1G7HC 1GXXA 1BB6A 2BQFA 3CB7A 4XENA 2W1XA 4LZTA 1HERA 4NY5A 4EMNA 1N4FA 1F6SA 1HNLA 4U3XB 1CJ6A 3W6AA 3AB6A 3CT5A 4WG7A 1NF5A 2BQNA 2F4AA 4YM8A 4NGIA 2HEDA 4II8A 1NDGC 1LZAA 3TXDA 1B7NA 3EXDA 4LYCA 3P65A 1HMKA 3RW8A 1JJ0A 3AW7A 5APEA 2HUBA 5KXOA 1BVKC 1GFUA 4YF2A 3T6UA 4HPIA 3WYHA 1NDMC 1VAUA 2DQCY 5DL9A 4QY9A 1YIKA 1IY4A 3VWOA 4H9EA 1NQIA 3ZVQB 2HU3A 1RJCB 2D4KA 1WTNA 2ZILA 4ETAA 3TMXA 1FBIX 1OUEA 3HBDA 2G4PA 2HECA 4TX7A 2DQIY 3WL2A 1GFVA 5LAFA 4NGWA 5LA5A 3AYQA 1BVXA 4GN5C 2CJLA 1UIGA 1J1OY 1C10A 3HBEX 4G4BA 2LYMA 1BB4A 4HJZA 4X3BA 1VATA 3AZ6A 1ZMYL 4HV2A 3WU7A 2DQHY 1GBXA 2MEBA 1H87A 5LAGA 2H9JA 1UICA 1P2CC 4NGLA 1DI5A 4J0LA 5B05A 1GE3A 1JISA 2CGIA 4LFXA 4NGOA 1JITA 1GBZA 4NFVA 4HP0A 1B0DA 1JTOL 1C7PA 2YSSC 1B7LA 3W6BA 5DLAA 4B4EA 2Z38A 3A6BY 1LZCA 4RW1A 4Z3MA 4ET8A 4Z98A 1YL1X 4YEOA 3BKHA 4DYGA 2FYDA 4KL7A 4G4HA 4OWHA 4M6DA 1GFTA 1JSFA 4H9AA 3KAMA 1BWJA 1LSMA 1D0LA 1O23A 3WUNA 1OP9B 5KXWA 1IIZA 1BB7A 1XEKA 2DKVA 3HFMY 2ZYCA 1YL0X 5C6IA 3AJNA 3WVXA 4GLAA 3LYTA 5I4XA 2XTHA 4AXTA 3RZ4A 1IX0A 1GF9A 1OUJA 1TDYA 4PPOA 4DD3A 4CJ2A 154LA 2EKSC 1GFHA 1EQ5A 3B0KA 3N9EA 4GCFA 1QUSA 3WULA 1IWWA 5F9XA 3W6DA 3F6ZA 4WM5A 5LVHA 4P2EA 1VEDA 2D4JA 3B72A 1NHEA 1JTPL 4IJ4A 4PHIA 5KXNA 5KXLA 5JENB 1GDXA 1SQ2L 3OK0A 4DDBA 3LZTA 1LZ9A 4H93A 3ZEKA 3FE0A 4DDAA 1LSCA 5T3FA 3IWRA 1LHIA 5B59A 1HHLA 4H8YA 1HEPA 2MECA 2H5ZA 3BKVA 2EPEA 4B4JA 3CSQA 3IJUA 1C43A 1YQVY 4PGJB 1AZFA 1I1ZA 2MEGA 3J6KA 3M18B 4N1EI 3MGWA 1OUCA 1HFXA 2ZYPA 1HEOA 5I53A 4NHPA 2FBDA 2LZ2A 5LXWA 1GPQC 1IC4Y 5EBHA 5KJ9A 5B06A 1LYSA 1LSBA 1PZYA 1G7MC 8LYZA 2BQLA 2MEAA 2ZWBA 4RDSA 1KXXA 4ETBA 1LSZA 4RLMA 1RCMA 1UUZC 4HPEA 1GWDA 4W96A 1OUBA 1JWRA 2BQKA 5FSTA 3TXHA 5LINA 5I4YA 2BQMA 4WM4A 1LMPA 1IOQA 1XGUC 2N5ZA 3D3DA 1IP1A 4J1BA 1QDTA 1UIFA 4OWBA 1B7QA 1HSWA 1TAYA 1WQPA 5FHWA 4DD9A 5KXTA 1BWHA 2YVBA 1HEMA 4OWAA 1RFPA 2YBJA 1IY3A 2LZTA 3TMWA 1LHJA 5I5QA 4XYYA 1JUGA 1DQJC 1BB5A 1GAYA 1HSXA 3A34A 4NGKA 1ZVYB 5IDDA 3A95A 3WPLA 2IHLA 1AKIA 1GBOA 1Z55A 5IELA 1KXYA 5KKIA 1IWYA 1XGPC 1INUA 1LZ8A 3WUAA 5HLLA 1BGIA 1IC7Y 1LSYA 1UIDA 3GXRA 1GB2A 4A7DA 4H9IA 1JKBA 2AUBA 2I25L 4PRUA 5K7OA 1GF8A 2Z39A 1GFRA 4MSTA 3TXBA 3HBHA 4UWUA 1JKAA 2F30A 1LSEA 4ETCA 4XJIA 1I56A 3B0IA 3W6CA 3WH1A 3WPKA 2BQAA 2NWDX 3RNXA 1TCYA 1IR8A 1LMNA 4NIJA 1GEZA 5M1YA 4GN4A 5F9UA 1IEEA 5D5CA 2HEBA 3A91A 3TXFA 1HC0A 4TUNA 4GCDA 4H9CA 4WO6A 2Z37A 1GF0A 1IP3A 3P64A 5B1GA 5LVKA 1J1PY 4ML7A 1YANA 2Q0MX 4NSHA 3A96A 4LYZA 1LZTA 2DBTA 1NKHA 1VDTA 1CJ7A 3ATNA 1LOZA 2A7DA 3AZ7A 4HJYA 1CKDA 1EQEA 4LT3A 5A3ZA 4NSGA 4R0FA 133LA 2MEIA 1BB3A 1UIBA 1VDSA 2MEFA 1J1XY 1XEJA 1T3PA 1DI3A 1CKFA 1GHLA 4PRQA 4UWNA 4WL6A 4H94A 3LHMA 3D9AC 1LJJA 5HQ1A 1HF4A 5APDA 1LMQA 4LFPA 1FLWA 2ZIKA 4C5FA 1GFGA 1DKKA 1JJ3A 4WM6A 4J1AA 3WVYA 1E8LA 1VFBC 5KXSA 3W3EA 5E4PA 4D9ZA 1LKSA 1IP7A 1LJEA 1QUTA 4OWCA 1AT5A 2YBMA 1BHZA 4GN3A 4BS7A 4H9BA 1LMAA 1REZA 1LJ4A 3CSRA 5KXRA 4XJHA 4NGYA 1XFPL 1GD6A 4YOPA 4N1CC 2X0AA 2YDGA 3ULRA 1MLCE 1KIQC 4G4CA 2Z2FA 1WQMA 2DQFC 2DQAA 2BQDA 3J4GA 1GF3A 5LYZA 1LZYA 1GB6A 1HFYA 2BPUA 4E3UA 1W6ZA 2BQCA 4DD7A 5F16A 1UBZA 1QTKA 4ANRA 2G4NA 2F2NA 4ZFPA 2EIZC 1LZRA 2PC2A 1C45A 1CKHA 1LSPA 4AGAA 5APFA 3WXTA 4G49A 1QQYA 4HTQA 4LT0A 4NHQA 4NHSA 3QE8A 5C6LA 1GAZA 4B4IA 9LYZA 1IWTA 1G7JC 3TXIA 5LA8A 1LHMA 1YKZX 3G3BB 1BWIA 208LA 4H1PA 4LYMA 1B7OA 1F6RA 4WOAA 5IHGA 2BQJA 2HEAA 2RSCA 5L3HA 1D6PA 4XJDA 3W6EA 1LZNA 1TBYA 1XEIA 1XGQC 4ETDA 2YBNA 5II3A 135LA 1WQNA 2HTXA 1OUGA 1IOSA 3B0OA 1YAQA 4HV1A 1JHLA 1GE4A 1OUFA 1D6QA 1GF6A 1YAMA 1IORA 4W94A 1YKXX 2DQGY 5F81A 4B49A 5HMJA 4DWXA 3N9AA 2EQLA 4NGZA 2BQEA 4H92A 4OOTA 2F4GA 1LJKA 1ALCA 4WM1A 2ZNWY 3WUMA 4YEMA 1GFEA 1LTMA 4XN6A 1GFKA 1OQMA 132LA 4NG8A 4QDNA 2MEEA 4WG1A 4XADA 4M4OA 2MEHA 1LSNA 2IFFY 5HNLA 1IVMA 3TMUA 1LYOA 4WM2A 2HEEA 4WLTA 1RI8B 1LJNA 1IWXA 5E9RA 2A7FA 1JIYA 5A3EA 1YILA 5LVJA 2ZQ3A 4LYTA 1OUAA 4Z41A 1KIPC 1W08A 1DPXA 1B5VA 2B5ZA 4J7VA 4N0JA 2LHMA 1WVUA 3N9CA 1DZBX 4N5RA 3LZ2A 4TTDA 3WXUA 3WU9A 5B1FA 4TSCA 4DDCA 4NHIA 2CWIA 1LSFA 1NWGA 4ETEA 5LIOA 1LYZA 2MEDA 3W6FA 1YAPA 1GXV2 1UIEA 5I4WA 4UWVA 1UCOA 4BAPA 4BADA 1G7LC 1XSFA 4KXIA 1D9UA 1B7SA 1HELA 1REYA 1IWVA 1UC0A 1IR7A 4IASA 5LYTA 1RE2A 5APCA 2Z19A 1QIOA 4XJBA 4DD0A 5L9JA 4GCEA 1LZ6A 3A6CY 5DN4A 3TXEA 1A2YC 1JKDA 1LHKA 1QDRA 2ZQ4A 4HTKA 4ZIXA 2DQJY 2WARA 1FLYA 1QSAA 4G9SA 5LVGA 4MR1A 2D4IA 3T36A 2W1YA 1LJ3A 1GE0A 3OJPA 4HSFA 4CGEA 1IC5Y 2D91A 1LKRA 4WLYA 4LT2A 1GFAA 1WVVA 1ZVHL 1GE1A 3A67Y 1D0KA 4C3WA 3EO5A 2Z2EA 2FYCA 1B2KA 2Z12A 5LYMA 1CJ9A 1HEQA 2DQEY 2BQIA 3GXKA 5KXZA 4CHXA 1PS5A 3LYZA 4N9RA 1B5WA 1JKCA 1JSEA 1LZGA 2ZIJA 4XJGA 4DC4A 153LA 3AGHA 1NBYC 2BQBA 4I0CA 5FELA 2HEFA 1D0MA 1CKGA 2I6ZA 4GCBA 4YENA 1NBZC 4TSBA 5ILCA 4HJVA 3A90A 5KXPA 4KPMA 1IOCA 2LYOA 5AMYA 2BLXA 1LSGA 1GB3A 4IATA 1GF7A 3ATOA 3SP3A 1V7SA 1EL1A 1VDPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HNCA 1JJ1A 1IR9A 2C8OA 1GB0A 2RAZX 5DM9A 3P66A 1B9OA 123LA 3TMVA 4Z46A 4CFOA 103LA 2G4QA 1KW7A 1P56A 1AM7A 1SX7A 2GV0A 3CT0A 1GE2A 1NMMA 1B7RA 1JEFA 3HH6A 5FDJA 2RH1A 2B72A 4EKQA 1P46A 4TWSA 3HTFA 1LJHA 4B1AA 1L72A 1L38A 2XBSA 1LCNA 4I7MA 2YBIA 239LA 1B7MA 1FN5A 134LA 1LZ4A 4O34A 1DYEA 1DKJA 3FI5A 1WQQA 1G0JA 4I7NA 3CQLA 1L17A 4WLXA 1L01A 1UIHA 3C7ZA 169LA 2F32A 1L39A 1CJ8A 1L59A 3TXGA 3D4SA 5C6JA 1QTDA 1T6VL 4I7RA 1LPIA 4H91A 1IWZA 219LA 193LA 3A3QA 1GF4A 1LMOA 3WMKA 1L36A 4BAFA 4RW2A 2ZNXY 1VDQA 2HUMA 3B6LA 1G1WA 1OUIA 1IP6A 3AW6A 7LYZA 4NEBA 4B0DA 4I7SA 209LA 1LHHA 1C6EA 5D5FA 1LMCA 5KXXA 4QEQA 243LA 4H8ZA 1FDLY 1GB5A 4I8SA 1IP5A 3HT8A 189LA 1LZ1A 4NWHA 1GBYA 1G0KA 4H90A 2B6WA 225LA 1HNLA 4U3XB 3AB6A 1L53A 226LA 4NGIA 1LZAA 1B7NA 152LA 1L67A 1GFUA 3T6UA 1YIKA 1C6TA 4H9EA 1TLAA 3ZVQB 2D4KA 1PQDA 1FBIX 1P5CA 1OUEA 3HBDA 1L40A 172LA 1BVXA 1G0QA 4ARLA 235LA 1L43A 1VATA 3GUJA 3WU7A 1C61A 2DQHY 1P2CC 4J0LA 4E97A 1JISA 2CGIA 212LA 4PJZA 248LA 1B7LA 5DLAA 1LZCA 4RW1A 1L14A 2RB1X 4Z98A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GB7 A;  5HNC A;  4CFP A;  3A93 A;  4MCK A;  4WM3 A;  1JJ1 A;  4WL7 A;  1IR9 A;  1BQL Y;  2C8O A;  4LYO A;  3A3R X;  3FI7 A;  4H9H A;  4H9F A;  1GB0 A;  1UAC Y;  1LYY A;  2Y8P A;  5DM9 A;  3P66 A;  1OUH A;  1HFZ A;  4NG1 A;  2VB1 A;  1B9O A;  1F0W A;  4NSJ A;  1MEL L;  3TMV A;  1GB8 A;  4Z46 A;  1ZV5 L;  4CFO A;  1IO5 A;  2G4Q A;  2XBR A;  3EMS A;  1FKV A;  1JTT L;  1AM7 A;  3CT0 A;  2GV0 A;  1TEW A;  1AT6 A;  1GE2 A;  5KXM A;  1NMM A;  1IP2 A;  1B7R A;  1LZB A;  4NWE A;  4NGJ A;  4WMG A;  5LVI A;  1JEF A;  2W1L A;  2Z18 A;  1GB9 A;  2CDS A;  5DN5 A;  5FDJ A;  3E3D A;  1XGR C;  3CT1 A;  3LYM A;  6LYZ A;  1B5Z A;  4TWS A;  1LAA A;  1LJH A;  2XJW A;  4NHT A;  3TXJ A;  1QSW A;  3CSZ A;  1CKC A;  4GLV A;  1B5U A;  1OUD A;  4XJF A;  4B1A A;  5J7C A;  1LHL A;  1LJI A;  1I20 A;  2XBS A;  1LCN A;  1G7I C;  1HEN A;  1REX A;  4KT3 A;  4WLD A;  2W1M A;  3P68 A;  2YBI A;  1KXW A;  1V7T A;  1CNS A;  1B7M A;  1FN5 A;  4NSI A;  4DD1 A;  134L A;  1LZ4 A;  4O34 A;  5FCP A;  1F10 A;  1LZE A;  1DKJ A;  1YRO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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