5LA5 | Genus

Total Genus 49

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	49
sequence length	129
structure length	129
Chain Sequence	KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6242957321073743__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6242957321073743__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5LA5/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6242957321073743__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6242957321073743","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5LA5/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6242957321073743__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0e49cd6dda2cabc3b7295c/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0e49cd6dda2cabc3b7295c/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0e49cd6dda2cabc3b7295c/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0e49cd6dda2cabc3b7295c/pdb.gz): 513 ms

reading 129 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

129 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 19 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:128});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	Uridine as a new scavenger for synchrotron-based structural biology techniques. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Lysozyme C
total genus	49
structure length	129
sequence length	129
ec nomenclature	ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date	2016-06-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00062	Lys	C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.530.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Lysozyme	Lysozyme	5la5A00

1CKCA 4NG8A 5A3EA 5I4YA 4RW1A 1GF5A 1JSEA 1GE2A 3ZEKA 1YAPA 1IOTA 1GF4A 2DQDY 1XEKA 3A92A 4HPIA 6LYZA 1NMMA 5HNLA 2BQJA 1LKSA 1B5XA 1D0KA 1VATA 1D6QA 1GFEA 1GHLA 1LJEA 4LYCA 4IATA 4WL6A 193LA 1TCYA 1HEMA 3IJVA 4M4OA 4ETBA 1JPOA 2CDSA 4QGZA 1IO5A 1LZSA 207LA 1B7SA 2FBDA 1C7PA 1GD6A 4IJ4A 1AZFA 4DD1A 1UUZC 2HEBA 3ZVQB 2ZIJA 1LOZA 1IP3A 3A95A 1DI5A 5FDJA 1LSYA 1OUGA 1V7SA 4H9CA 3A90A 4J1AA 4DD0A 2Z19A 1UIBA 3AGHA 1IP6A 9LYZA 4HTKA 3M18B 3EMSA 4W94A 1GB5A 3B0IA 5I4WA 1QSAA 2RSCA 4NGWA 1LHLA 1B7RA 1LJ3A 1B2KA 1WTMA 4KT3A 4BS7A 5DN4A 4H94A 1GBWA 4RDSA 3IJUA 4ETEA 4MCKA 1XGTC 1WQMA 1LHJA 5APDA 1JKBA 1N4FA 3A93A 1IEEA 2DBTA 2YBMA 1XFPL 3WYHA 1BWHA 3WULA 4AGAA 1DPXA 1I56A 4N5RA 2LZ2A 1YL1X 2DQCY 2VB1A 4H92A 1LMAA 4HTNA 4LZTA 4B0DA 1YILA 1GF6A 3LYTA 4DT3A 4LT2A 4DD3A 3A96A 4GN5C 1BWJA 5JENB 1KIQC 1XEIA 4Z98A 1EQ4A 1GFJA 1IR9A 4WM2A 4HV2A 2BLXA 2X0AA 1C46A 3A8ZA 5F16A 4YF2A 2DQHY 5KXYA 1LZDA 1QDRA 2G4PA 1WTNA 1FN5A 2LHMA 4N1EI 1F10A 3FE0A 4NIJA 1G7HC 3GXRA 4TUNA 1LZAA 4I0CA 2BLYA 5FHWA 3ZVQA 4WOAA 3WPLA 5HLLA 1JISA 1JTTL 3TXDA 2H9JA 1LJKA 1RFPA 2HU1A 3P68A 2I6ZA 1GFAA 1LMOA 2GV0A 3ULRA 1GB7A 2EQLA 1GXV2 4BADA 3TMVA 2W1LA 4Z3MA 1BB6A 1YAQA 1LZGA 3LYMA 4NGIA 1AT5A 5B1FA 3TXIA 1KIPC 1GFUA 1REXA 5B59A 1IC4Y 2WARA 3AB6A 1JTOL 5C6JA 1ZVHL 2BQOA 1GF8A 5LYTA 4LFPA 1V7TA 3TXFA 3CT1A 4E3UA 1T3PA 4WLXA 1KXWA 1BVKC 2D6BA 4G4HA 1WQRA 4D9ZA 1VAUA 2HTXA 2D4KA 1HFZA 2LYZA 2MEHA 4ETCA 1TBYA 2IHLA 3LN2A 1B5YA 4UWUA 5KXLA 4R6CA 1ZV5L 1LZNA 1TDYA 3AZ7A 1LZRA 2H5ZA 1OUCA 4HPEA 1LZ5A 3WL2A 5I53A 4DD7A 2G4QA 1D6PA 1MELL 1GF0A 1JKDA 3P64A 2AUBA 1RI8B 1A2YC 4LYTA 4NHQA 1CKGA 1QIOA 4GLVA 1OQMA 1J1XY 5L3HA 4WO9A 2BQDA 4YEMA 5LVKA 3AW7A 4AXTA 1NDMC 1GXXA 2YDGA 3WH1A 2A7DA 4ET8A 2D91A 2D4JA 2FYCA 2ZWBA 1A4VA 5FSTA 5LXWA 5B07A 1YKXX 3GXKA 3WU9A 1HENA 1LJ4A 1LZYA 3ATOA 5KXZA 4NGLA 4CFOA 4NHSA 1IWVA 4PGJB 4DYGA 3QY4A 1LHHA 4J1BA 4TSCA 2EPEA 1NBYC 1GF7A 4NGZA 5KY1A 4G4BA 4B4IA 1SQ2L 4WM6A 2YBIA 3AJNA 4BAPA 5KXKA 2BQNA 3AZ5A 5B1GA 1OUAA 3A34A 1KXYA 1Z55A 5APEA 5KXOA 1C43A 1IP5A 5ILCA 4H9BA 5LYZA 3WW5A 1LSGA 3AGIA 1IOSA 4A7DA 1JUGA 3A67Y 2DKVA 1LKRA 1IP7A 3TXHA 5LINA 1YAOA 1YQVY 1GEVA 4H9IA 1LHKA 5HQ1A 4IASA 1KIRC 4UWNA 1GFKA 1IR7A 1LMQA 2DQAA 2F2NA 4XJFA 3D9AC 3W6EA 1IC7Y 1OUFA 3KAMA 1HC0A 2MEFA 4LFXA 2A7FA 2BQBA 3E3DA 5LVHA 1IP1A 5KXMA 3LYZA 1LMCA 1LSZA 4H9HA 4PRUA 4XJDA 4QY9A 7LYZA 1B5VA 2Z37A 3A6CY 4HV1A 4L41A 4LT3A 5KJ9A 1WQOA 3AYQA 4H8ZA 5FELA 3AZ4A 4P2EA 5KKJA 3G3BB 1H6MA 1LSFA 3CQLA 5LVGA 3W3EA 4DWXA 153LA 3LHMA 1GFVA 4XJBA 1IWUA 1I20A 1LZEA 1BWIA 4PJ2C 5C6IA 1JKAA 3CT0A 4CGEA 4CJ2A 4WLTA 4XJHA 1UCOA 5D5FA 2I25L 4M6DA 5APFA 4EOFA 1NDGC 2F4AA 5IHGA 1LHIA 1IOQA 1BQLY 4LGKA 4GCBA 2HEEA 4QEQA 1FKVA 1G7JC 3A3QA 4PPOA 3WMKA 4H9EA 4X3BA 1GBZA 3WPKA 1LJGA 1UIFA 4II8A 4MR1A 134LA 3WXUA 1DZBX 1QQYA 3HBEX 4NSJA 4UWVA 5APCA 4KXIA 3RNXA 1LSCA 1GBOA 1HF4A 1LYSA 2MEEA 4GN3A 4HJZA 4WG7A 4WM5A 1JSFA 3TXGA 4YM8A 3OK0A 2Q0MX 1YAMA 4TWSA 5HMVA 4YOPA 1LZCA 2CGIA 5HMJA 5KXNA 1F6RA 4DD9A 4J7VA 5KXPA 1GE1A 1CKFA 1LSDA 2H9KA 3A6BY 1JJ1A 4ETAA 1EQ5A 5C6LA 1UIAA 1NF5A 1VDTA 1IY4A 1HMLA 3N9CA 3CSRA 1NKHA 1GBYA 1JWRA 2ZIKA 3B6LA 4OWEA 3WVXA 2ZYPA 5LVIA 1WQNA 5D5CA 1IVMA 1XSFA 4OOOA 1HEPA 1XGRC 1IORA 4WM1A 1H87A 3B72A 4NSGA 5KXRA 135LA 8LYZA 1GBSA 3P66A 4H1PA 4XYYA 1GDXA 5B06A 3RZ4A 5LVJA 2CJLA 3G3AB 2YBHA 1GB9A 4ETDA 1FLYA 3P4ZA 3SP3A 2F4GA 2C8PA 5J7CA 4HP0A 1HMKA 1ZVYB 3WXTA 2HECA 1OUEA 1RCMA 3TXKA 1NBZC 1C10A 1UIGA 5LA8A 1YKYX 1YKZX 4H8YA 1LTMA 2I26L 2W1XA 4XJIA 5KXXA 3ATNA 1W08A 1MLCE 132LA 1HFXA 1LJNA 1LMNA 1PZYA 2LYMA 1QDTA 4C3WA 5IELA 4GCCA 1OUJA 4CFPA 1LZTA 2Y8PA 4DDBA 3N9EA 5LA5A 3AZ6A 4ET9A 1LSMA 1PS5A 2BQLA 1LJFA 1B7OA 1XGUC 1YL0X 1LJJA 5L9JA 1FLWA 4PRQA 3WUAA 4B4EA 5I5QA 1GEZA 1BVXA 2BPUA 1B7LA 2C8OA 2CWIA 2DQJY 1CJ6A 1LAAA 4LT1A 4OWHA 4NHTA 5II3A 4WL7A 5FEKA 1UIHA 4NGOA 3B0KA 1IC5Y 4Z41A 1B7PA 1D0MA 1RE2A 5ILFA 3VWOA 4NEBA 5E9RA 1QUSA 1HHLA 4HSFA 4G4CA 5EBHA 1BHZA 3CT5A 1IWWA 5B05A 4NFVA 3W6BA 1W6ZA 1JEFA 4WG1A 5LIOA 1BB7A 4ZEEA 4ZIXA 194LA 1IY3A 1DI4A 1FBIX 5DM9A 2FYDA 5F9XA 1IR8A 4O34A 1GF3A 1GDWA 2Z2EA 1EQEA 3WW6A 1LZ9A 1YANA 4H93A 3D3DA 1G7MC 4Z46A 1IWTA 1HELA 2W1YA 2ZILA 1I1ZA 2BQKA 1NWGA 1G7LC 4C5FA 1BB3A 3J4GA 2HUBA 4NY5A 1UACY 3WPJA 1ZMYL 3LZTA 5KXTA 1IWXA 1AT6A 1LSEA 1C45A 1CJ7A 1GPQC 1JKCA 1LCNA 1WVUA 4OWCA 1GB0A 3AW6A 4OWAA 4XENA 2YBNA 3T6UA 4WM4A 4XN6A 3WU7A 5A3ZA 1QSWA 2BQEA 4RLMA 2HU3A 2MEIA 1IP4A 4NGVA 1CJ9A 1VDSA 4N0JA 1DKJA 4YENA 4MSTA 4LYBA 1GE0A 1WQQA 1JHLA 4OW1A 1LYZA 133LA 1VFBC 1JTPL 4H9AA 1OUIA 3T36A 4ANRA 3EBAB 1QTKA 2ZNXY 4B49A 1XGQC 3EXDA 4CHXA 3OJPA 4NG1A 1D0LA 1YIKA 3BKVA 4TX7A 4LYOA 2FBBA 1CKDA 1B5WA 1B5ZA 5KKIA 2DQEY 2ZQ4A 4N8ZA 1HSXA 1GFTA 4OWBA 3LYOA 1B7QA 2BQFA 1OUHA 1LZ4A 1QTEA 1RJCB 2ZNWY 4OOTA 1LJHA 4ZFPA 1REMA 154LA 1GF9A 5HNCA 1UIEA 2MEAA 4J0LA 5M1YA 1CNSA 1TAYA 2BQGA 4RLNA 4TTDA 1EL1A 4U3XB 1GFHA 2HEAA 4DD2A 1HERA 2MEDA 4LYMA 3CSZA 1OP9B 5T3FA 4B4JA 2B5ZA 1LSPA 4GCDA 1LSAA 2MEGA 4N9RA 5F14A 3W6CA 4R0FA 5IDDA 4FJRA 4HTQA 1DPWA 1LJIA 2YBJA 3TMXA 4WLYA 1NQIA 2W1MA 4DDAA 1F0WA 4NSHA 1G7IC 1BB4A 2YSSC 2XJWA 4PHIA 1UA6Y 3A91A 4HJVA 3W6AA 1GE4A 3TMUA 1GAZA 1LZBA 1HEQA 5K7OA 3RU5A 3WUMA 1CKHA 3WU8A 1B7NA 1GB6A 5F81A 4YEOA 3WUNA 2BQCA 2BQHA 3B0OA 4N1CC 2HEDA 1IP2A 4RW2A 1JITA 1LZ1A 2N5ZA 4G49A 4LYZA 1VDPA 3HBDA 3A3RX 3FI7A 2ZYCA 3IWRA 3K3TA 2BAAA 1GB2A 3MGWA 3WVYA 4FDYA 1GE3A 1HNLA 1JJ3A 5E4PA 3M3UA 3TXBA 1GFGA 1IWYA 3TXEA 1HSWA 3P65A 1HFYA 2BQAA 4H9FA 5LYMA 1E8LA 1GAYA 4WO6A 1B0DA 4H8XA 4G9SA 3J6KA 1D9UA 2Z12A 1DQJC 1DXJA 1QUTA 1LMTA 2DQFC 2LYOA 1YROA 1DKKA 3AGGG 5DL9A 2DQIY 3W6FA 2BQMA 4TSBA 1J1OY 3F6ZA 1GB3A 5L3IA 1HEWA 4GCFA 4HJYA 1LHMA 4H91A 1FDLY 1UBZA 2DQGY 3W6DA 4NGYA 1FLQA 1ALCA 1WQPA 1JJ0A 2XTHA 4GN4A 5I4XA 4NGJA 4NGKA 1NHEA 1GWDA 1KXXA 1LZ6A 2XBRA 1CJ8A 1GFRA 2NWDX 208LA 3RT5X 5FCPA 2BQIA 1J1PY 1LZ8A 1UIDA 4NWHA 2Z2FA 5LAFA 1FKQA 1WVVA 2F30A 4QDNA 1IOCA 4DDCA 3QNGA 5KXSA 2XBSA 1XGPC 2YBLA 4XADA 3N9AA 3RW8A 1B9OA 5LAGA 2IFFY 4LT0A 3A94A 1UC0A 3HBHA 3BKHA 2EIZC 5F9UA 4BAFA 4H90A 4NSIA 6LYTA 1LSNA 1AKIA 1LYYA 4EMNA 4KL7A 1REZA 1DI3A 1JIYA 4WLDA 2EKSC 4DC4A 3EO5A 1O23A 1T6VL 3TMWA 1OUDA 1IX0A 3CB7A 4KPMA 1F6SA 2PC2A 1VEDA 1UICA 1XEJA 2D4IA 4WM3A 1LPIA 1P2CC 1REYA 2Z18A 1C08C 5I54A 4WMGA 5AMYA 5KXWA 2YVBA 3CSQA 1IWZA 4GCEA 1OUBA 3LZ2A 3TXJA 1SLYA 1BGIA 1VDQA 1GB8A 3HFMY 1AM7A 2G4NA 2ZQ3A 3QE8A 1B5UA 1HEOA 4ML7A 5DN5A 2Z39A 4B1AA 1BB5A 1TEWA 4I8SA 1FLUA 2LZTA 2MECA 4W96A 1IIZA 4GLAA 1INUA 2Z38A 4NHIA 5DLAA 4XJGA 1GBXA 1B7MA 2HEFA 2MEBA 4NHPA 1LMPA 1LYOA 4NWEA 1LSBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1CKC A;  4NG8 A;  5A3E A;  5I4Y A;  4RW1 A;  1GF5 A;  1JSE A;  1GE2 A;  3ZEK A;  1YAP A;  1IOT A;  1GF4 A;  2DQD Y;  1XEK A;  3A92 A;  4HPI A;  6LYZ A;  1NMM A;  5HNL A;  2BQJ A;  1LKS A;  1B5X A;  1D0K A;  1VAT A;  1D6Q A;  1GFE A;  1GHL A;  1LJE A;  4LYC A;  4IAT A;  4WL6 A;  193L A;  1TCY A;  1HEM A;  3IJV A;  4M4O A;  4ETB A;  1JPO A;  2CDS A;  4QGZ A;  1IO5 A;  1LZS A;  207L A;  1B7S A;  2FBD A;  1C7P A;  1GD6 A;  4IJ4 A;  1AZF A;  4DD1 A;  1UUZ C;  2HEB A;  3ZVQ B;  2ZIJ A;  1LOZ A;  1IP3 A;  3A95 A;  1DI5 A;  5FDJ A;  1LSY A;  1OUG A;  1V7S A;  4H9C A;  3A90 A;  4J1A A;  4DD0 A;  2Z19 A;  1UIB A;  3AGH A;  1IP6 A;  9LYZ A;  4HTK A;  3M18 B;  3EMS A;  4W94 A;  1GB5 A;  3B0I A;  5I4W A;  1QSA A;  2RSC A;  4NGW A;  1LHL A;  1B7R A;  1LJ3 A;  1B2K A;  1WTM A;  4KT3 A;  4BS7 A;  5DN4 A;  4H94 A;  1GBW A;  4RDS A;  3IJU A;  4ETE A;  4MCK A;  1XGT C;  1WQM A;  1LHJ A;  5APD A;  1JKB A;  1N4F A;  3A93 A;  1IEE A;  2DBT A;  2YBM A;  1XFP L;  3WYH A;  1BWH A;  3WUL A;  4AGA A;  1DPX A;  1I56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5LA5A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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