5LVHA

Hen egg white lysozyme soaked with trans-ru(dmso)4cl2
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Ligand-dependent interaction of anticancer ruthenium complexes with hen egg white lysozyme and human lysozyme
rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
source organism Gallus gallus
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lvhA00
1LSAA 2YVBA 1YKXX 3B6LA 2BQCA 1LMPA 1QTEA 1GB8A 2Z39A 1GAZA 4HP0A 5DLAA 4DDBA 4H9HA 1IC7Y 1UICA 1IP7A 1JTTL 4NSHA 4HTQA 4H8ZA 1IEEA 4PPOA 4J1BA 4WM4A 1XGUC 4WM2A 3WXUA 1LZGA 1XEIA 1EQ4A 3WPJA 1B0DA 1LYSA 1UIGA 1DI5A 1LMTA 1RJCB 3CQLA 4Z3MA 1LZTA 4ETAA 1YAQA 2HEEA 1D0KA 3LYTA 3IJUA 4RDSA 1JIYA 1B5UA 1HNLA 4H94A 4N9RA 5FHWA 4PJ2C 3TMVA 5KXKA 5KXOA 5LINA 133LA 3J4GA 4C5FA 1AT6A 3IWRA 2Y8PA 3N9EA 9LYZA 1LSBA 1NBYC 2FBDA 4ZIXA 1OUAA 4DC4A 4E3UA 4CGEA 1BHZA 4WMGA 4ML7A 3J6KA 4NHTA 1GEVA 1KIQC 4A7DA 1NBZC 1J1XY 4XJDA 3SP3A 2HUBA 1DXJA 2XJWA 4NGOA 4EOFA 5DN5A 2ZIJA 3A90A 4NY5A 4QDNA 207LA 3W6CA 5L9JA 132LA 4LGKA 1LHIA 1OUGA 4U3XB 4HV1A 8LYZA 3WVYA 3A95A 5KXRA 1LKRA 2IFFY 5D5CA 1BB3A 1LHHA 1OUJA 2DKVA 3TMUA 3BKHA 1GDWA 4H8YA 1C46A 1AM7A 3QE8A 4X3BA 3AW7A 1NMMA 2DQHY 3G3AB 3ZVQB 1UIDA 4UWVA 4HTNA 5I4XA 1D0MA 2BLXA 2HEBA 1GBWA 4LFPA 4GCDA 4NG8A 4NGIA 2CWIA 1E8LA 5HNLA 1DKKA 4YOPA 4ETDA 1GBZA 1F0WA 1RFPA 1EQ5A 2BQAA 3WPKA 1IWTA 2LYZA 1GD6A 4HJZA 1I1ZA 4R0FA 1IR7A 4WM3A 1G7HC 2B5ZA 5F9UA 5I54A 4TX7A 4DD3A 1HFZA 1BB5A 1LKSA 1GHLA 2HU3A 2Z19A 3LYOA 3WYHA 1CJ9A 2Z37A 1V7SA 4LYZA 1JISA 3WUNA 2F2NA 5B59A 3A67Y 2BQOA 1UCOA 1GFHA 1W6ZA 4QEQA 4D9ZA 4LT1A 2XBRA 1NHEA 1XGTC 1C08C 4GLAA 1HMKA 1JHLA 1FLQA 3AJNA 1LSNA 4OWCA 4B1AA 4ET8A 2MEHA 4RW1A 1TBYA 4C3WA 1LMOA 1GFTA 2MECA 3G3BB 3IJVA 1LHJA 2Z18A 3TXJA 1GF4A 4N0JA 1CKFA 1QTKA 1C10A 1LZ5A 2HEFA 2DQJY 4H9FA 1JSEA 2BQMA 3EO5A 3RW8A 4WO9A 4B0DA 1RI8B 1B7MA 1LJEA 1VDTA 1JJ3A 1OUEA 3HBDA 5LVJA 1W08A 1YAOA 1HHLA 3ZEKA 1B7PA 4IATA 3AW6A 2ZILA 1QUSA 4GN4A 1INUA 2HU1A 1B5XA 1GF7A 1LZCA 1TEWA 1YQVY 2CDSA 4LYOA 5I5QA 5KJ9A 5LVKA 3A6CY 3P64A 4J1AA 1SLYA 3WH1A 3EXDA 5C6JA 2YDGA 1IWYA 4N1EI 4NGWA 2W1YA 4NGJA 1LSEA 5J7CA 3AZ6A 5KXPA 1HEQA 5KXSA 4BAFA 1JTPL 2BQFA 4BS7A 4PRUA 3CSZA 4DWXA 1DPXA 1V7TA 1UIAA 1EL1A 1LZ9A 5FELA 4QGZA 5I53A 5LVIA 3WU8A 1JKAA 3A3QA 2H9JA 1A4VA 1JPOA 3A91A 1HEOA 2D91A 1H6MA 3CT5A 1ALCA 1QDRA 1IVMA 1IY3A 1LZYA 1UIFA 1VATA 1XSFA 2EIZC 1LJNA 1LMCA 1GE1A 2YBLA 3QY4A 1YKZX 1XGPC 1BQLY 2BQGA 1KXYA 1O23A 3A94A 1LJFA 3AGIA 4HPEA 1IOQA 1JKCA 3ATNA 3P65A 1G7MC 1HELA 4ETEA 5LIOA 2LZTA 5A3ZA 2Q0MX 4XYYA 3TXEA 1IWXA 1IWVA 4MCKA 5DN4A 4IASA 4B4EA 5KXLA 4O34A 1XFPL 4H9IA 1I20A 1OUDA 1YAMA 1YL1X 4ET9A 2DQAA 3GXRA 1AZFA 1BB4A 1GF9A 1NWGA 2ZIKA 4R6CA 5FEKA 1GF3A 1FLWA 4TSCA 3M3UA 4G49A 1IX0A 1GE0A 4UWNA 4DD9A 2NWDX 2BQNA 2W1MA 2WARA 2ZYPA 4AXTA 1KXXA 1BB6A 1N4FA 5II3A 1GFGA 1REZA 1OUHA 1OUFA 1J1PY 1UIHA 2D4JA 3LYMA 2BQHA 1GE3A 1GAYA 4KL7A 4DD1A 5L3HA 1GF5A 3AZ7A 2W1LA 3E3DA 3HFMY 1WQMA 1GB9A 2ZWBA 5F16A 4HPIA 1LZEA 1JJ0A 4NEBA 4NIJA 3LZ2A 4NGLA 2YBMA 3ULRA 5HMVA 5B05A 1HMLA 4DYGA 3B0IA 1GB2A 4KXIA 4OWHA 1LZBA 1LJJA 1JEFA 2H5ZA 4OWEA 2MEFA 3CSRA 1XGQC 1NF5A 3AZ5A 1CJ7A 1OQMA 3W3EA 2YBJA 1LMQA 1WVVA 5DM9A 6LYZA 3WUAA 4H8XA 1HFYA 2I6ZA 1AKIA 3AZ4A 1WTNA 4NGZA 4H1PA 4NWHA 5L3IA 4KT3A 4LYMA 1Z55A 2LYOA 3OJPA 4NGKA 1HERA 1GXXA 2HEDA 3HBHA 1IC4Y 1SQ2L 1ZV5L 3CB7A 4QY9A 1TCYA 1G7JC 1IP4A 1IP5A 4WM1A 2MEEA 4PHIA 5KXZA 5LAGA 3TXHA 4G4CA 1HF4A 3CT1A 5KXYA 5EBHA 3TMWA 4YENA 4I8SA 1IP3A 3AGGG 5LYTA 1LYOA 1JUGA 2MEDA 1FBIX 1XEKA 2D6BA 1MLCE 1UA6Y 1UUZC 1ZVHL 4OOOA 4RLMA 2D4KA 3CT0A 2DQGY 2A7DA 1LJ3A 3F6ZA 1ZVYB 1WTMA 5LYMA 1FLYA 2BQLA 3EMSA 3WU9A 1VEDA 1F10A 1LPIA 1LOZA 1JTOL 1IO5A 2GV0A 1JJ1A 5T3FA 3ZVQA 1GWDA 1CKGA 1GBOA 1IORA 1UIBA 1YANA 2XTHA 4NSGA 4ZFPA 5KKJA 1HEWA 5B06A 3LHMA 4DT3A 1NKHA 1GEZA 3P66A 4ZEEA 1UBZA 3WULA 5FSTA 4H9AA 5IDDA 5DL9A 1TAYA 1GFUA 1LJHA 4XJBA 3WXTA 1HSWA 5KXNA 4GCBA 1FKQA 1DQJC 1IR8A 4H9BA 2YSSC 4WLDA 4FDYA 1JSFA 1DPWA 4LYBA 4WOAA 1LMNA 1HFXA 1LSCA 3WU7A 3W6BA 4EMNA 5KKIA 1I56A 3RNXA 1IWUA 1D9UA 2AUBA 2FYDA 2Z2FA 4DD7A 3EBAB 3A6BY 5FCPA 4XJFA 4PRQA 1IP2A 2ZYCA 4XJIA 3W6FA 2FBBA 1CKCA 1OUBA 3N9CA 4GCFA 4YEMA 4M6DA 1VDSA 3ATOA 1C45A 5AMYA 3TXIA 1LSPA 4WG7A 4UWUA 4II8A 4WL6A 1B7NA 1UC0A 4P2EA 5B07A 3N9AA 4Z98A 3LN2A 4WLYA 4LZTA 1GFAA 4DD2A 4YF2A 2HECA 1JITA 1WQQA 2LHMA 3OK0A 1VDQA 1RCMA 1BVKC 2F30A 5APFA 1GB3A 1UACY 5HQ1A 4LYTA 1LZDA 1PZYA 4TTDA 2EQLA 4OWBA 1GBXA 2EKSC 5KXWA 2MEAA 1LHMA 4XADA 4W96A 5KXMA 4XENA 3WL2A 5HLLA 4YM8A 1B7LA 1LZ1A 1FKVA 1QDTA 5E9RA 4YEOA 3B0KA 1VAUA 2EPEA 4OOTA 3T36A 1F6RA 4GN5C 4TSBA 2G4NA 4WLTA 3QNGA 3VWOA 1GE4A 1LYZA 1KIPC 1GB6A 1IWZA 1J1OY 1YROA 4KPMA 5ILCA 1REMA 3M18B 4J0LA 4HSFA 1WQPA 2DQFC 2ZQ4A 4NHQA 3W6AA 2MEBA 1FLUA 1DZBX 4N5RA 6LYTA 194LA 1B5VA 1G7IC 2A7FA 3TXKA 2BAAA 4WL7A 1BVXA 2DQEY 2Z38A 5LAFA 5KY1A 1LZNA 3RU5A 1TDYA 1D6QA 1LZAA 1VFBC 1IOSA 2FYCA 5M1YA 5KXXA 1NDMC 4HJVA 4WG1A 2LYMA 1KXWA 4ANRA 1YILA 4CFOA 4NGVA 3TXBA 2C8PA 4AGAA 5HNCA 1GB7A 1YKYX 1NQIA 135LA 5LVHA 1GE2A 1GFKA 5I4WA 1HEPA 1WQNA 2RSCA 1LTMA 5LXWA 1IC5Y 1LYYA 1QSAA 3A3RX 1DKJA 2F4GA 2G4PA 1OUIA 4NHIA 1LJ4A 2BQIA 1GFEA 2Z12A 3WW6A 1LZ6A 1PS5A 4DD0A 4HTKA 4LT2A 2F4AA 5E4PA 4HJYA 3TXGA 2ZNXY 3TXFA 3W6DA 1BWJA 3WUMA 4BADA 5I4YA 4GCCA 4B49A 2VB1A 2XBSA 5C6IA 1QSWA 4WO6A 2MEGA 5F9XA 1IR9A 1GXV2 1QIOA 1WVUA 4B4JA 3WPLA 4GN3A 1BGIA 1XEJA 2I26L 5LA5A 1GFRA 1CJ6A 4XJGA 2DQCY 4W94A 4NHPA 3MGWA 1C7PA 1F6SA 1G7LC 1H87A 1LZ8A 1B5WA 3B0OA 1P2CC 2BQEA 2ZQ3A 4L41A 1DI3A 4PGJB 2DQDY 3GXKA 2DBTA 4N8ZA 1ZMYL 4I0CA 1GBYA 3WVXA 1GFVA 4N1CC 154LA 1FN5A 2C8OA 1KIRC 4J7VA 4NHSA 1GF6A 5IHGA 1LAAA 5FDJA 2I25L 4FJRA 5F14A 1LZRA 2IHLA 4CJ2A 4GCEA 1OUCA 2BLYA 2X0AA 4H90A 3TMXA 1HC0A 4IJ4A 1C43A 1GDXA 3T6UA 2HTXA 4MSTA 3AB6A 1LCNA 2Z2EA 2MEIA 4B4IA 4Z41A 5IELA 1LSFA 5ILFA 4G4HA 5F81A 1CNSA 2H9KA 4H91A 4NFVA 1YL0X 1GB5A 4WM5A 2HEAA 1LSZA 153LA 3CSQA 5APDA 2YBNA 1RE2A 1IP6A 1JKDA 1LZSA 1UIEA 1CJ8A 1IOTA 2PC2A 3A92A 1IWWA 1EQEA 2DQIY 4CHXA 5K7OA 1D0LA 3AYQA 2ZNWY 1D6PA 4G9SA 3P4ZA 4NG1A 5B1FA 3WW5A 1CKHA 1B7QA 1GBSA 1GPQC 5JENB 1YAPA 1DI4A 1GB0A 1LJGA 134LA 1B2KA 3A8ZA 1LJKA 1JWRA 1T6VL 1LZ4A 1XGRC 208LA 1B7RA 5KXTA 1GF0A 1AT5A 1IY4A 2BQKA 2LZ2A 2YBIA 3B72A 4NGYA 4NSJA 1QQYA 4BAPA 5C6LA 3D3DA 3K3TA 4NSIA 3W6EA 1FDLY 5APCA 1YIKA 4HV2A 4RLNA 4CFPA 5D5FA 4H9EA 1B7OA 1WQOA 193LA 1BB7A 1LJIA 2YBHA 1LSDA 4LFXA 3WMKA 4LT3A 3D9AC 1GF8A 1NDGC 3LYZA 1LSYA 4H93A 1BWIA 1BWHA 5LVGA 3LZTA 4ETBA 1REYA 4LT0A 3TXDA 1B9OA 1LHKA 2CGIA 3RZ4A 3A34A 3A93A 1B7SA 3P68A 1B5YA 2BQJA 2N5ZA 1IP1A 2CJLA 4NWEA 1WQRA 2BQBA 3KAMA 2BQDA 1LMAA 4OWAA 4LYCA 4H9CA 1HENA 4OW1A 5HMJA 3AGHA 1LSGA 4WLXA 5LYZA 4MR1A 1JKBA 3HBEX 1LHLA 1HEMA 1VDPA 4GLVA 4TWSA 5APEA 5B1GA 4DDCA 4TUNA 4M4OA 3A96A 4DDAA 2G4QA 2BPUA 4G4BA 4RW2A 7LYZA 3RT5X 2D4IA 1QUTA 2W1XA 4H92A 1IOCA 1REXA 1LSMA 3BKVA 1CKDA 1A2YC 1GFJA 4XJHA 1B5ZA 3FE0A 5LA8A 4ETCA 1OP9B 4WM6A 3FI7A 1HSXA 1MELL 4XN6A 1T3PA 4Z46A 5A3EA 1IIZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LSAA 3DN0A 5DLAA 4NSHA 4HTQA 4J1BA 4WM4A 236LA 1OVHA 3WXUA 1XEIA 1QT6A 3WPJA 4Z3MA 1PQDA 1TLAA 1PQMA 1AT6A 225LA 3IWRA 1CTWA 9LYZA 1L99A 1KW7A 4DC4A 7LZMA 1LYGA 3SP3A 2Q9EA 2O79A 4NGOA 1L77A 4EOFA 5L9JA 207LA 132LA 209LA 4U3XB 3GUPA 3TMUA 1L16A 3HT9A 1UIDA 5I4XA 2HEBA 245LA 1LYEA 1L72A 4ETDA 3K2RA 3QAKA 163LA 3NY9A 2BQAA 168LA 1GD6A 1C6TA 2B5ZA 4DD3A 260LA 1BB5A 3LYOA 237LA 2Z37A 1V7SA 4LYZA 3WUNA 1G0LA 5B59A 2BQOA 1GFHA 4QEQA 161LA 1XGTC 1FLQA 4OWCA 4ET8A 4C3WA 1GFTA 1C65A 2RAZX 2HEFA 4WO9A 1LJEA 1VDTA 1W08A 3AW6A 2ZILA 1INUA 2HU1A 2CDSA 4LYOA 1TEWA 1YQVY 4W59A 1L29A 3P64A 2LC9A 140LA 1IWYA 4NGWA 1L31A 4YXAC 1C6KA 5KXSA 3JR6A 1JKAA 3A3QA 1JPOA 3NYAA 1H6MA 1QDRA 4AQNA 1IY3A 4I7JA 4GBRB 1CU6A 1LZYA 1QTVA 1LMCA 1T6HA 146LA 4I7SA 3ATNA 3P65A 1G7MC 2B6WA 4ETEA 229LA 2OU8A 4B4EA 1PQOA 1XFPL 1OUDA 1D2YA 3GXRA 1BB4A 143LA 129LA 111LA 1L0KA 1ZYTA 2BQNA 2WARA 1KXXA 1BB6A 1N4FA 5II3A 1GFGA 1G1VA 1REZA 1OUHA 2IGCA 1GAYA 4I7OA 4DD1A 3HFMY 1LZEA 1QTCA 3ULRA 5B05A 1HMLA 3B0IA 2B7XA 1L97A 2H5ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LSA A;  2YVB A;  1YKX X;  3B6L A;  2BQC A;  1LMP A;  1QTE A;  1GB8 A;  2Z39 A;  1GAZ A;  4HP0 A;  5DLA A;  4DDB A;  4H9H A;  1IC7 Y;  1UIC A;  1IP7 A;  1JTT L;  4NSH A;  4HTQ A;  4H8Z A;  1IEE A;  4PPO A;  4J1B A;  4WM4 A;  1XGU C;  4WM2 A;  3WXU A;  1LZG A;  1XEI A;  1EQ4 A;  3WPJ A;  1B0D A;  1LYS A;  1UIG A;  1DI5 A;  1LMT A;  1RJC B;  3CQL A;  4Z3M A;  1LZT A;  4ETA A;  1YAQ A;  2HEE A;  1D0K A;  3LYT A;  3IJU A;  4RDS A;  1JIY A;  1B5U A;  1HNL A;  4H94 A;  4N9R A;  5FHW A;  4PJ2 C;  3TMV A;  5KXK A;  5KXO A;  5LIN A;  133L A;  3J4G A;  4C5F A;  1AT6 A;  3IWR A;  2Y8P A;  3N9E A;  9LYZ A;  1LSB A;  1NBY C;  2FBD A;  4ZIX A;  1OUA A;  4DC4 A;  4E3U A;  4CGE A;  1BHZ A;  4WMG A;  4ML7 A;  3J6K A;  4NHT A;  1GEV A;  1KIQ C;  4A7D A;  1NBZ C;  1J1X Y;  4XJD A;  3SP3 A;  2HUB A;  1DXJ A;  2XJW A;  4NGO A;  4EOF A;  5DN5 A;  2ZIJ A;  3A90 A;  4NY5 A;  4QDN A;  207L A;  3W6C A;  5L9J A;  132L A;  4LGK A;  1LHI A;  1OUG A;  4U3X B;  4HV1 A;  8LYZ A;  3WVY A;  3A95 A;  5KXR A;  1LKR A;  2IFF Y; 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 3P4Z A;  4NG1 A;  5B1F A;  3WW5 A;  1CKH A;  1B7Q A;  1GBS A;  1GPQ C;  5JEN B;  1YAP A;  1DI4 A;  1GB0 A;  1LJG A;  134L A;  1B2K A;  3A8Z A;  1LJK A;  1JWR A;  1T6V L;  1LZ4 A;  1XGR C;  208L A;  1B7R A;  5KXT A;  1GF0 A;  1AT5 A;  1IY4 A;  2BQK A;  2LZ2 A;  2YBI A;  3B72 A;  4NGY A;  4NSJ A;  1QQY A;  4BAP A;  5C6L A;  3D3D A;  3K3T A;  4NSI A;  3W6E A;  1FDL Y;  5APC A;  1YIK A;  4HV2 A;  4RLN A;  4CFP A;  5D5F A;  4H9E A;  1B7O A;  1WQO A;  193L A;  1BB7 A;  1LJI A;  2YBH A;  1LSD A;  4LFX A;  3WMK A;  4LT3 A;  3D9A C;  1GF8 A;  1NDG C;  3LYZ A;  1LSY A;  4H93 A;  1BWI A;  1BWH A;  5LVG A;  3LZT A;  4ETB A;  1REY A;  4LT0 A;  3TXD A;  1B9O A;  1LHK A;  2CGI A;  3RZ4 A;  3A34 A;  3A93 A;  1B7S A;  3P68 A;  1B5Y A;  2BQJ A;  2N5Z A;  1IP1 A;  2CJL A;  4NWE A;  1WQR A;  2BQB A;  3KAM A;  2BQD A;  1LMA A;  4OWA A;  4LYC A;  4H9C A;  1HEN A;  4OW1 A;  5HMJ A;  3AGH A;  1LSG A;  4WLX A;  5LYZ A;  4MR1 A;  1JKB A;  3HBE X;  1LHL A;  1HEM A;  1VDP A;  4GLV A;  4TWS A;  5APE A;  5B1G A;  4DDC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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