The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
39
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sequence length |
129
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structure length |
129
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Chain Sequence |
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Comparison of Radiation-Induced Decay and Structure Refinement from X-Ray Data Collected from Lysozyme Crystals at Low and Ambient Temperatures
pubmed rcsb |
| molecule keywords |
HEN EGG WHITE LYSOZYME
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| molecule tags |
Hydrolase(o-glycosyl)
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| source organism |
Gallus gallus
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| total genus |
39
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| structure length |
129
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| sequence length |
129
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.17: Lysozyme. |
| pdb deposition date | 1992-03-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00062 | Lys | C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Lysozyme | Lysozyme |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4GN5 C; 1MLC E; 4G4H A; 1NDG C; 4IAT A; 5KKJ A; 1JJ0 A; 4N0J A; 132L A; 1LYS A; 1LSF A; 4LT2 A; 4X3B A; 3A3R X; 3AZ5 A; 4XAD A; 1IP4 A; 1QSW A; 1NWG A; 1UIB A; 1HSW A; 2Z2E A; 1CNS A; 4NG1 A; 1QIO A; 3B0K A; 4XN6 A; 2MEI A; 1LAA A; 3W6D A; 4ET9 A; 1NQI A; 1NDM C; 1FLU A; 4BAD A; 4NFV A; 5ILC A; 3QY4 A; 4H9E A; 1IC5 Y; 4BAF A; 1PZY A; 4YM8 A; 1GD6 A; 2YDG A; 5A3Z A; 3AZ4 A; 4WLY A; 5B07 A; 4J1A A; 3AZ6 A; 3LHM A; 5I53 A; 1HFZ A; 3RW8 A; 1IOS A; 1JTT L; 1LSA A; 5KXZ A; 2DQG Y; 1LMQ A; 1WQR A; 1XGU C; 1T6V L; 4KXI A; 5LAF A; 1BVK C; 1LZE A; 2HEA A; 1IP6 A; 1D9U A; 1NF5 A; 1XGP C; 4CHX A; 1O23 A; 3HBD A; 3ZVQ B; 3A3Q A; 1WQQ A; 3VWO A; 4XJG A; 4PRQ A; 3WXU A; 1QUT A; 3RNX A; 1B7Q A; 1BB3 A; 4WM5 A; 1OUD A; 1IWV A; 3BKV A; 1IP7 A; 1A2Y C; 1GXX A; 1LZD A; 1SLY A; 1VDQ A; 1YQV Y; 3B72 A; 5HNC A; 1HER A; 2Z37 A; 3HBE X; 2Q0M X; 5LYM A; 4NHP A; 1HEN A; 1WTM A; 2LHM A; 5KXX A; 1OP9 B; 4G9S A; 3WYH A; 1LZA A; 1B7L A; 2XTH A; 1XFP L; 3WU9 A; 4PJ2 C; 1LZ6 A; 4XJF A; 4ETB A; 4H9H A; 1VED A; 5L3H A; 1GB9 A; 1J1P Y; 1CKC A; 1GB6 A; 4B49 A; 1IY4 A; 4TUN A; 5KXP A; 4WL7 A; 1IP2 A; 1KIP C; 2W1X A; 4LT1 A; 1IWZ A; 4QDN A; 1LJN A; 1VFB C; 5C6I A; 4GLA A; 5LYZ A; 1LYY A; 4GCC A; 5B06 A; 3WL2 A; 2BQJ A; 4YEO A; 2X0A A; 3WUL A; 4OWE A; 5JEN B; 4NGO A; 4E3U A; 1GBO A; 5FDJ A; 4DD1 A; 1IVM A; 1Z55 A; 1GF9 A; 4D9Z A; 4U3X B; 2BAA A; 3P64 A; 3AZ7 A; 1GFV A; 2F30 A; 5L9J A; 1HSX A; 1B2K A; 1QSA A; 1IIZ A; 1B5U A; 4NSI A; 1GBY A; 1LSZ A; 4OWB A; 3RT5 X; 3SP3 A; 1B7M A; 1RJC B; 1B7N A; 2DQF C; 5I5Q A; 9LYZ A; 5KXN A; 1FKQ A; 1GF6 A; 2BQE A; 3D9A C; 3WVX A; 4NSJ A; 4XJB A; 1IY3 A; 3TXJ A; 4XJI A; 3AGG G; 5HQ1 A; 1J1X Y; 5DM9 A; 1IX0 A; 3QE8 A; 4FJR A; 4LYM A; 1IR7 A; 1LZT A; 1BVX A; 1DI4 A; 3G3B B; 4LFX A; 3WUM A; 4CFO A; 5LA8 A; 1HEM A; 1HML A; 7LYZ A; 2MEF A; 4YEM A; 1IWW A; 1GE0 A; 5B1F A; 1JIT A; 1LJ3 A; 1YAN A; 3TXG A; 5DL9 A; 1LMP A; 6LYZ A; 5DN5 A; 4WM6 A; 4HPE A; 4Z98 A; 1FDL Y; 1GFE A; 4H9F A; 2RSC A; 4ETE A; 1GFT A; 193L A; 1LPI A; 1GF5 A; 4C5F A; 3WMK A; 1T3P A; 5KXM A; 1RFP A; 5LAG A; 4DC4 A; 4WLT A; 2HEB A; 4LFP A; 2DBT A; 1ALC A; 1P2C C; 2D4I A; 3A93 A; 4QGZ A; 5KXR A; 1C10 A; 3P66 A; 4IJ4 A; 4H9I A; 1GEV A; 2MEH A; 4UWU A; 4NGW A; 4KL7 A; 3WUN A; 1GEZ A; 1GBS A; 1LSC A; 1UUZ C; 1W08 A; 4CGE A; 2MEC A; 4MR1 A; 1IC7 Y; 1C46 A; 1LHJ A; 5FST A; 2BQD A; 1GFR A; 2DQH Y; 1BGI A; 1G7J C; 5T3F A; 1RI8 B; 2W1L A; 1AT6 A; 1GFJ A; 1CKG A; 1DXJ A; 2Z39 A; 5FEK A; 1LZ9 A; 5KJ9 A; 3FI7 A; 5B59 A; 1GAY A; 5F14 A; 4H90 A; 3P65 A; 4W94 A; 4NHI A; 2FBB A; 1IR9 A; 133L A; 1OUA A; 4QY9 A; 1AKI A; 1OUE A; 3B0I A; 4ML7 A; 2CWI A; 3WW6 A; 134L A; 2XJW A; 1YL0 X; 1GB5 A; 2LZT A; 4ETA A; 1GPQ C; 1FLY A; 1BB7 A; 3A8Z A; 2G4P A; 3J4G A; 4OOT A; 2EKS C; 1LJ4 A; 1LZY A; 2F4G A; 4TWS A; 4Z46 A; 1GF8 A; 1UIG A; 2DQC Y; 5M1Y A; 1B5Z A; 1DPW A; 1LMA A; 1GWD A; 2D4K A; 5APD A; 4OWH A; 5ILF A; 1GAZ A; 4EMN A; 1HC0 A; 1C7P A; 4HV2 A; 4DD0 A; 4B0D A; 3EMS A; 1LKR A; 1IWT A; 3EO5 A; 4XYY A; 2Z18 A; 3WPL A; 3A96 A; 1WQO A; 2MEE A; 4B1A A; 4G4B A; 1TCY A; 3A90 A; 5A3E A; 5FEL A; 1LSN A; 1VDP A; 1WQM A; 1YKZ X; 5KXT A; 1GBW A; 3LYO A; 1REY A; 1OUI A; 3K3T A; 1DKJ A; 2DQA A; 3A95 A; 4OWC A; 5B1G A; 2A7D A; 3P68 A; 1IWY A; 4H9A A; 1LZN A; 1JIY A; 5LA5 A; 4N9R A; 5I4X A; 5FHW A; 1QDT A; 2CGI A; 5II3 A; 2XBR A; 1HFY A; 4H91 A; 4WO9 A; 4W96 A; 5KXO A; 208L A; 3OJP A; 2YBM A; 2LYZ A; 1C08 C; 1GHL A; 1IOQ A; 5APF A; 2FYC A; 3CT0 A; 1LTM A; 1FLQ A; 4PRU A; 4WMG A; 4M6D A; 3FE0 A; 1YAO A; 2MED A; 1JKC A; 4NGJ A; 3TXD A; 4Z41 A; 5K7O A; 4H93 A; 2LYM A; 207L A; 4WOA A; 4B4E A; 1NKH A; 1KXX A; 4LZT A; 5KXY A; 4C3W A; 1LMC A; 5LIN A; 1OUF A; 4ANR A; 1DI3 A; 1ZVH L; 3TXF A; 4LT0 A; 1J1O Y; 1CKH A; 2I25 L; 1RE2 A; 3QNG A; 1GE3 A; 4NGK A; 1IOC A; 1JSF A; 4J0L A; 5KXL A; 1UIA A; 3LYM A; 1B5V A; 1F0W A; 3J6K A; 3W6C A; 1A4V A; 1FN5 A; 3ZVQ A; 1CJ6 A; 1LJK A; 3WVY A; 4DD3 A; 4ETD A; 1WTN A; 3W3E A; 1ZMY L; 1WVV A; 1XEI A; 2Z12 A; 3KAM A; 4NY5 A; 4TSB A; 3IJV A; 2ZYC A; 1B0D A; 1LSB A; 2IFF Y; 1D6Q A; 2BQI A; 4RDS A; 3TMX A; 1UID A; 4MCK A; 1LSP A; 4CJ2 A; 1XEK A; 5LXW A; 4A7D A; 2D91 A; 1MEL L; 5LVK A; 3AGI A; 2HU1 A; 1EQE A; 2HUB A; 4TX7 A; 2BQK A; 4YF2 A; 4H92 A; 3WU8 A; 4II8 A; 3LZT A; 1AM7 A; 4BAP A; 5LVI A; 1HF4 A; 2BQA A; 1GF4 A; 4P2E A; 4DDB A; 1JTO L; 2W1M A; 3B0O A; 1BQL Y; 4GCF A; 5IHG A; 1C43 A; 1GFU A; 4NGI A; 4NIJ A; 2HEF A; 4CFP A; 4LYT A; 3GXR A; 4NEB A; 4PGJ B; 1HHL A; 5C6J A; 4B4I A; 4HSF A; 1GFG A; 2BPU A; 1LJI A; 3ATN A; 4UWV A; 4DD7 A; 2H9K A; 4RLM A; 4LYC A; 4ZIX A; 2EIZ C; 1GF3 A; 1DPX A; 1AZF A; 4HV1 A; 4AGA A; 5LVH A; 4Z3M A; 4LGK A; 1IO5 A; 1YRO A; 4UWN A; 4NHT A; 1RCM A; 1LHM A; 1GB7 A; 1GE4 A; 2BQC A; 4N5R A; 5I4Y A; 2N5Z A; 1JKA A; 5LVG A; 1DI5 A; 1HEQ A; 1GF7 A; 2HTX A; 1LJJ A; 2Z38 A; 1GB0 A; 1LZR A; 4H8Z A; 4G49 A; 2F4A A; 4WL6 A; 1JUG A; 4YEN A; 3WU7 A; 3WXT A; 1I1Z A; 1IOR A; 2BQO A; 2YBI A; 1I56 A; 5L3I A; 1XGR C; 3CSQ A; 4GN4 A; 1UIF A; 4NWH A; 153L A; 2MEG A; 1B5W A; 1LJE A; 3A34 A; 1DQJ C; 1JEF A; 4LYB A; 3CSZ A; 3AJN A; 4ZFP A; 1LHL A; 2FYD A; 3W6E A; 1LZB A; 4IAS A; 1JKD A; 5F81 A; 1GFH A; 2H9J A; 3ATO A; 3N9E A; 4HJZ A; 1JHL A; 3CSR A; 4H9C A; 1UAC Y; 4NWE A; 1V7S A; 1D0M A; 4ETC A; 5C6L A; 5LVJ A; 1F6R A; 2AUB A; 4R0F A; 2YBH A; 2YBN A; 4N1E I; 3W6A A; 2YSS C; 4N1C C; 1B7O A; 2I6Z A; 2H5Z A; 4H9B A; 1LYZ A; 2D6B A; 1IR8 A; 1IP1 A; 2DQJ Y; 1D0K A; 2NWD X; 4H8Y A; 4WM1 A; 5J7C A; 1LMO A; 5KXW A; 1LJF A; 2YVB A; 4LYO A; 4HPI A; 3TMW A; 5DN4 A; 3A6C Y; 1JKB A; 4NGV A; 2BQH A; 1FKV A; 2W1Y A; 3A91 A; 1OUH A; 5I4W A; 3TXH A; 1UCO A; 1UC0 A; 1YKY X; 1NHE A; 4NHQ A; 3AYQ A; 1F10 A; 1I20 A; 4R6C A; 3AB6 A; 4MST A; 1YAQ A; 2Z2F A; 4GCE A; 1KIQ C; 1G7I C; 1UA6 Y; 4KT3 A; 1LSD A; 1B7P A; 3ZEK A; 3M18 B; 2BQN A; 4WM3 A; 1H6M A; 3E3D A; 1YKX X; 3RZ4 A; 1UBZ A; 4NSG A; 1IP3 A; 1YAP A; 1LZC A; 1UIE A; 4I8S A; 5KXK A; 1DKK A; 1H87 A; 1KXW A; 1LZ4 A; 1JJ1 A; 3T6U A; 4NGY A; 1EQ5 A; 4H1P A; 5B05 A; 1LJH A; 3ULR A; 1LSY A; 5DLA A; 5APC A; 4DWX A; 1G7L C; 2HU3 A; 4YOP A; 4HJY A; 4BS7 A; 2YBJ A; 5FCP A; 1GFK A; 2MEB A; 1CKF A; 5F9X A; 4GCB A; 4NHS A; 1G7H C; 2HED A; 4QEQ A; 3A6B Y; 2LYO A; 1GBZ A; 1ZVY B; 4I0C A; 2HEC A; 3WPJ A; 3LZ2 A; 4OW1 A; 1LZ1 A; 2ZNW Y; 1G7M C; 3N9C A; 3D3D A; 1WVU A; 2VB1 A; 4EOF A; 2C8O A; 3F6Z A; 4NGZ A; 4WG7 A; 4OOO A; 4ET8 A; 1QQY A; 2BQB A; 4AXT A; 1CJ9 A; 1JJ3 A; 4O34 A; 1BHZ A; 4FDY A; 194L A; 3WUA A; 2G4Q A; 3IWR A; 4J1B A; 1YL1 X; 2DKV A; 1B5X A; 2FBD A; 3LN2 A; 3TMU A; 1YIL A; 1JTP L; 1GB8 A; 1HMK A; 1GB3 A; 1EL1 A; 1IC4 Y; 1LMT A; 1TBY A; 1BWI A; 2ZIK A; 3GXK A; 4OWA A; 4GCD A; 5APE A; 5HMJ A; 3AW6 A; 2BQF A; 1LCN A; 4DDC A; 4TTD A; 4WLD A; 4WO6 A; 1WQN A; 4LYZ A; 1REZ A; 1LHI A; 5IDD A; 3MGW A; 3TXB A; 1UIC A; 4RW1 A; 4L41 A; 4DD2 A; 3AGH A; 4DD9 A; 3TMV A; 1CJ8 A; 2WAR A; 4XJD A; 2LZ2 A; 1FLW A; 1VAT A; 1JPO A; 2B5Z A; 1EQ4 A; 1GE1 A; 1CJ7 A; 4H8X A; 4KPM A; 5KXS A; 1LHH A; 1B7S A; 1IEE A; 4HJV A; 3CT1 A; 4NGL A; 1XGT C; 3A67 Y; 4PHI A; 4TSC A; 1BB6 A; 2D4J A; 3BKH A; 5HMV A; 1V7T A; 1B9O A; 1D0L A; 1LZ5 A; 1REM A; 4XEN A; 1HEW A; 1GFA A; 1LHK A; 3G3A B; 1KXY A; 2ZQ4 A; 1JIS A; 1KIR C; 3T36 A; 2C8P A; 1HNL A; 4DT3 A; 1LJG A; 1YAM A; 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1GDX A; 3TXI A; 1NMM A; 1REX A; 1QTE A; 2BQM A; 1JWR A; 4H94 A; 3LYZ A; 1VAU A; 3WPK A; 4J7V A; 2ZQ3 A; 2A7F A; 5D5C A; 1LSG A; 1LSE A; 3EBA B; 5HLL A; 5IEL A; 4WM2 A; 1TAY A; 3OK0 A; 1OUB A; 1LOZ A; 2ZIJ A; 1IWU A; 4RW2 A; 2ZWB A; 4HP0 A; 2DQE Y; 3WW5 A; 4M4O A; 1LZG A; 1E8L A; 1WQP A; 4XJH A; 1LKS A; 1BB4 A; 5LYT A; 3WH1 A; 2PC2 A; 1JSE A; 4HTQ A; 4WM4 A; 5I54 A; 5D5F A; 3CQL A; 4NG8 A; 3IJU A; 1HFX A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4G4H A; 4DAJ A; 4LT2 A; 1LSF A; 1IP4 A; 1NWG A; 107L A; 1QIO A; 3B0K A; 4XN6 A; 4ET9 A; 1NDM C; 4NFV A; 4H9E A; 1PZY A; 1GD6 A; 3AZ4 A; 141L A; 1CX7 A; 4EXM A; 4J1A A; 1QTC A; 243L A; 1L70 A; 1WQR A; 1IP6 A; 1NF5 A; 4CHX A; 1O23 A; 4XJG A; 3WXU A; 3CDQ A; 1BB3 A; 168L A; 3BKV A; 5LYM A; 4NHP A; 1LZ6 A; 3SB7 A; 4H9H A; 1GB9 A; 1L96 A; 1GB6 A; 2F32 A; 4TUN A; 1SWZ A; 103L A; 1G0M A; 5KXP A; 4GLA A; 5LYZ A; 1LYY A; 1CUP A; 4NGO A; 4DD1 A; 4LZM A; 156L A; 261L A; 172L A; 2BAA A; 4U3X B; 3AZ7 A; 1QSA A; 239L A; 1L24 A; 4NSI A; 1LYH A; 110L A; 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