5LZMA

Comparison of the crystal structure of bacteriophage t4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths
Total Genus 57
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
57
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNCNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRCALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparison of the crystal structure of bacteriophage T4 lysozyme at low, medium, and high ionic strengths.
pubmed doi rcsb
molecule keywords T4 LYSOZYME
molecule tags Hydrolase (o-glycosyl)
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 57
structure length 162
sequence length 162
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 1991-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5lzmA00
1QTCA 2B6TA 1D3FA 1L70A 150LA 1CU3A 1LYHA 1L71A 3GUJA 1G1VA 246LA 1L11A 4I7QA 1D3JA 2IGCA 1L82A 258LA 3SB8A 1LYGA 1L27A 170LA 1SSWA 2RBNA 4W57A 120LA 3UONA 1L63A 1L34A 2OE4X 4YX7C 4I7PA 3GUPA 261LA 235LA 1L60A 3HT7A 163LA 200LA 1OV5A 3DN4A 4I7RA 1L98A 1L83A 1P6YA 232LA 1P36A 1P2LA 3G3XA 1LI3A 1OVJA 2RB0X 143LA 1CVKA 214LA 2L78A 1D3NA 3CDVA 151LA 3CDOA 3HT6A 1L21A 3C7ZA 3D4SA 167LA 2RBPA 1L19A 1L17A 4I7SA 1L10A 4W53A 164LA 1CU2A 1G0KA 249LA 1LWKA 1LYFA 1L95A 1LWGA 112LA 149LA 1C6HA 1L43A 1L38A 1L50A 2LC9A 3F9LA 1L80A 217LA 1L22A 159LA 4ARLA 1XEPA 1L64A 2RBOA 1L48A 1LW9A 1LGXA 231LA 1EPYA 259LA 253LA 4YXCA 178LA 1LYIA 1XJTA 2NTHA 1C69A 3FI5A 3DMVA 123LA 1OVHA 1T8AA 2HUMA 1G0JA 1L44A 1OWZA 4PJZA 103LA 152LA 2OTZX 1L69A 2Q9EA 224LA 3SN6R 1L28A 243LA 2RBSA 1L87A 1C64A 166LA 1L81A 1LI6A 1CV0A 228LA 3L64A 1SWZA 3GUMA 4W59A 3FADA 4LDEA 4IAPA 5LZMA 1TLAA 4GRVA 1L39A 3SBBC 2B75A 1L47A 2Q9DA 1CV3A 4EPFA 2RBRA 119LA 1WTHA 4ARQB 1L61A 1L51A 1LI2A 1G1WA 1L65A 2RH1A 147LA 1PQMA 192LA 1G06A 248LA 1PQOA 145LA 2QARC 1ZURA 2F47A 3DN0A 1L20A 4I7OA 108LA 3L2XA 1L57A 186LA 1C6FA 1JQUA 1CTWA 1CV1A 172LA 188LA 1CX6A 1L79A 210LA 1L33A 1ZWNA 1CV4A 1QT8A 1T8GA 1KW7A 1G0PA 1L06A 4EXMA 129LA 168LA 1JTNA 1C66A 1DYAA 229LA 3RZEA 250LA 1QTDA 1CX7A 1B6IA 3QAKA 220LA 1L91A 1LLHA 1L85A 1SX7A 225LA 3DN6A 1LYJA 3HTDA 3G3WA 1QTZA 1L16A 257LA 122LA 3HWLA 2ANXA 4ARPA 140LA 1C6DA 3DN3A 4E97A 114LA 165LA 3HTGA 146LA 4ARMB 3CDRA 125LA 3OE0A 3DN1A 4LZMA 3C83A 1QT5A 174LA 219LA 1L07A 234LA 1CV6A 3OE9A 1NHBA 262LA 155LA 1L99A 1L30A 1L55A 4DKLA 173LA 4ARJA 252LA 1L49A 3GUIA 157LA 2LCBA 2B6YA 1L15A 128LA 1QT7A 2A4TA 131LA 233LA 2F32A 199LA 1L0KA 1LGUA 236LA 3C82A 4OO9A 1C61A 1CU6A 184LA 3DN2A 3HH4A 218LA 1L45A 1QTHA 3HT9A 141LA 3HDFA 1D3MA 1L93A 1LYDA 244LA 4W56A 1C6PA 1QT4A 3HH6A 1L18A 1KNIA 1DYCA 3SB6A 1C6NA 1L26A 1QUHA 3SB9A 1G07A 177LA 3HH5A 1L03A 215LA 180LA 1L12A 2O7AA 3F8VA 1QTBA 1I6SA 1QUDA 1G0MA 1QUOA 3V2YA 1L32A 3DMXA 3HTBA 1L24A 3ODUA 1LGWA 1P7SA 1CUPA 3HTFA 3NY8A 130LA 242LA 4YXAC 1C6CA 216LA 260LA 1D9WA 107LA 3JR6A 2OEAX 3OE8A 109LA 4DJHA 115LA 1QUGA 3G3VA 1C63A 227LA 1CU0A 1G0QA 1PQIA 4W52A 3HH3A 1LPYA 5I14A 1QSBA 1L96A 237LA 2RB1X 2HULA 187LA 3CDTA 1C6MA 1C6EA 1C6QA 1C6JA 126LA 4W51A 160LA 1G0LA 1L74A 137LA 251LA 4LDLA 4W55A 2OTYX 1L90A 4EKPA 222LA 240LA 245LA 3PDSA 209LA 1KS3A 1DYDA 1L56A 2OU9A 2B70A 2F2QA 1ZYTA 3C8QA 3C7WA 4I7KA 2OU0X 1C60A 1L72A 2B6XA 3VW7A 2HUKA 176LA 4I7LA 230LA 4GBRB 1QT6A 1C6LA 1SSYA 1L62A 3NYAA 3SBAA 4PK0A 3C8RA 3HUKA 2ANVA 111LA 255LA 1QT3A 2O4WA 254LA 1L67A 3SB5A 156LA 138LA 4ARQA 2RAZX 1P56A 1L14A 1L02A 1L23A 1PQKA 3GUOA 127LA 2B7XA 2B72A 1L68A 3DNAA 104LA 2RB2X 4I7JA 1L84A 175LA 1XJUA 4I7MA 1JTMA 195LA 1OVKA 1C6BA 1L77A 197LA 239LA 3CDQA 3HU8A 1L42A 226LA 2B6ZA 142LA 102LA 1L86A 2B6WA 162LA 190LA 1L36A 1C62A 144LA 139LA 3HT8A 2CUUA 3DKEX 4AQNA 206LA 3C7YA 1L53A 1OWYA 3HDEA 1T6HA 1QS5A 1L29A 1T8FA 3GULA 213LA 3NY9A 1L08A 1L76A 1P3NA 1C6TA 1C6KA 4ARMA 1L46A 3RUNA 1L13A 1G0GA 1P2RA 110LA 1C67A 1L01A 2LZMA 4DAJA 1L54A 2O79A 1LYEA 212LA 1KW5A 1L66A 148LE 4I7NA 3HUAA 1D2WA 158LA 1P5CA 1PQJA 1SX2A 2OE9X 113LA 181LA 1CV5A 1QSQA 1L58A 3SB7A 1L40A 247LA 169LA 1L41A 3PBLA 211LA 4S0WA 4EJ4A 2B74A 1L31A 7LZMA 1KY0A 182LA 2Z6BA 4EKSA 1T97A 183LA 3LZMA 1C6GA 4ZPUA 3V2WA 1C68A 4I7TA 1P46A 3EMLA 1DYGA 1C65A 1L75A 3C80A 2RAYX 3OE6A 1L35A 2NTGA 1L05A 1K28A 4K5YA 2RBQA 1P37A 3FA0A 201LA 191LA 185LA 1DYEA 4EKQA 198LA 1QS9A 238LA 1L59A 1L97A 241LA 2B73A 1L73A 2QB0B 4W54A 1OYUA 1L25A 4LDOA 1L00A 3DN8A 189LA 3K2RA 3DMZA 1L37A 221LA 3HU9A 4W58A 1PQDA 1CU5A 6LZMA 1C6AA 4EPIA 223LA 205LA 161LA 3C8SA 1CUQA 1L52A 2OE7X 1DYBA 1OV7A 2OU8A 1DYFA 1SWYA 1KY1A 4EKRA 3HUQA 1L88A 3GUKA 1L94A 1D2YA 1P64A 171LA 3GUNA 1C6IA 3C81A 1L89A 1QTVA 118LA 196LA 1L0JA 1L04A 1L92A 256LA 1L09A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QTCA 1D3FA 1L70A 150LA 1CU3A 4PHIA 1C7PA 1IWYA 1L11A 4GCDA 4I7QA 2IGCA 1BWJA 2HEAA 1L82A 1JEFA 3TXEA 170LA 2RBNA 2OE4X 1D0KA 4DDBA 5DLAA 1GFVA 1REXA 5LA5A 1OV5A 3DN4A 3LYOA 1D0MA 1L98A 1P6YA 232LA 4PGJB 1P2LA 2PC2A 4XJDA 4HJZA 2L78A 2ZNWY 1IP4A 1IEEA 5KJ9A 4CFPA 133LA 1OUBA 2DQFC 1MELL 4W53A 1LYFA 4B4EA 1XGPC 3M3UA 1GF0A 1L50A 5IHGA 1YQVY 2BQEA 2EPEA 1L48A 1RFPA 1EPYA 1LJHA 1AM7A 1IR7A 3TXFA 5L3IA 2NTHA 3FI5A 3DMVA 1P2CC 2BQJA 1OVHA 2HUMA 1G0JA 1L44A 1OWZA 4PJZA 1HHLA 3TXHA 1XSFA 1UIDA 1UIEA 4EOFA 4QY9A 3EXDA 1L81A 5LA8A 4YENA 1CV0A 1TAYA 4LYMA 1UCOA 1SWZA 1NKHA 3GUMA 4W59A 1DPWA 1BWIA 4LDEA 5LZMA 2B75A 1L47A 5LVGA 3WU8A 1GFGA 1JPOA 5KXTA 1DXJA 1G1WA 1L65A 4YOPA 1BQLY 248LA 4N1EI 4NHSA 186LA 1JQUA 1NDGC 172LA 5C6IA 1CX6A 3A6BY 2MEDA 5HNCA 1LJKA 2HECA 1QT8A 1T8GA 1KW7A 4EXMA 5AMYA 1FLUA 1JTNA 4GN4A 1UIFA 1C66A 1DYAA 1LZTA 1QTDA 1CX7A 5HQ1A 4I8SA 3QAKA 1L91A 1LLHA 225LA 1LYJA 1GBYA 1HFXA 122LA 4BAPA 1GBWA 3J6KA 1H87A 4GCFA 146LA 4ARMB 3CDRA 1RI8B 3P4ZA 1IP7A 1IO5A 1BGIA 1NBYC 1CJ9A 1CJ7A 1LSFA 1CV6A 4II8A 2G4PA 262LA 5E9RA 4DKLA 2X0AA 8LYZA 1HSWA 3GUIA 1QT7A 1IX0A 1B7RA 2YBNA 1LPIA 4ML7A 1L0KA 236LA 4WLYA 1CU6A 184LA 3DN2A 1TCYA 1C46A 4PRUA 2XQOA 4L41A 1LYDA 1QT4A 2B5ZA 4XJFA 4QGZA 1JSFA 1QUHA 3RNXA 4H92A 4NSJA 2Z39A 2O7AA 1BVXA 5KY1A 5KXOA 2D4KA 5APDA 1AZFA 1QTBA 1G0MA 1HEWA 1LSMA 4M4OA 4WM5A 1P7SA 1F0WA 1AT5A 3TXIA 3WVXA 1FN5A 3AZ7A 2XTHA 1DKKA 107LA 4DT3A 1BB3A 115LA 3CT1A 1CU0A 5C6LA 2HU3A 4W52A 4WM2A 1B2KA 4OWBA 1QSBA 1L96A 5ILCA 237LA 1HELA 1IR9A 187LA 2RB1X 3CDTA 4FDYA 1B7PA 2MEEA 1JTTL 2CJLA 4B1AA 126LA 5HMVA 2LHMA 1JWRA 4LDLA 4W55A 2OTYX 2D6BA 3LYZA 1L56A 1UIBA 2B70A 1B7MA 2C8OA 3QNGA 3C8QA 4DQ7A 3B72A 5KXRA 230LA 4GBRB 1QT6A 1C6LA 1LHLA 1YROA 3B0IA 3RU5A 1GE1A 1QT3A 4CJ2A 2O4WA 2ZQ3A 1PQKA 1GFTA 1KXWA 4GCCA 2B7XA 2B72A 1WVVA 4I7JA 4DYGA 1L84A 4H8ZA 1XJUA 2ZYCA 1LSZA 1JTMA 5DN4A 3E3DA 1OVKA 1C6BA 1L77A 1LSNA 1TEWA 1HMKA 1XGUC 1ZV5L 1BB6A 1L86A 5I53A 2DQCY 1SLYA 1CJ6A 144LA 3W6EA 139LA 1LSEA 4AQNA 1GF3A 1GB7A 1L53A 1OWYA 2DQGY 2BQDA 1C6KA 3P66A 1C67A 3A3RX 1GFAA 1VAUA 3B6LA 5LVIA 1KW5A 1JTPL 4H93A 1UIAA 4FJRA 4LYCA 5F9XA 9LYZA 1IP5A 4ETBA 1GD6A 4IJ4A 208LA 1L40A 3PBLA 4XJBA 211LA 1T97A 183LA 1E8LA 1LJIA 1C6GA 3V2WA 3TXKA 1BB7A 1P46A 4NGLA 1L75A 3C80A 3OE6A 1G7HC 1JJ3A 4ANRA 3LHMA 4DD2A 1GFHA 3W6FA 2HTXA 4PJ2C 238LA 241LA 3N9CA 1I1ZA 3TXGA 1L25A 4LT0A 1L00A 3DN8A 189LA 6LYTA 2BQKA 1L37A 221LA 1PQDA 1C6AA 1YL0X 1NHEA 4G9SA 4KPMA 3C8SA 1C10A 3AW7A 2OE7X 4H9EA 4R6CA 3WUAA 1OV7A 2OU8A 1LJEA 4NGWA 1KY1A 3HUQA 3GUKA 1JJ1A 1D2YA 2Z2FA 3AGIA 4WM4A 4NFVA 3C81A 118LA 1VATA 1DQJC 1L92A 256LA 3VW7A 3BKVA 4ZIXA 4NG8A 4NSIA 1IR8A 1D3JA 1GF4A 2W1LA 1OUHA 1VDQA 3SB8A 1BB5A 4W57A 2BQIA 132LA 1CKFA 1CKCA 1LSCA 4DD3A 4YX7C 2HEDA 235LA 2DQAA 3HT7A 5FELA 1GFRA 1A2YC 4I7RA 1IWWA 3G3XA 1OVJA 1B7LA 5IELA 1CVKA 3WH1A 5KXZA 2FBBA 3CDVA 1YKYX 1PZYA 3CDOA 3HT6A 1JIYA 2RBPA 2Z19A 5FEKA 1BWHA 1L10A 2BQOA 4XN6A 164LA 1CU2A 1LWKA 1QSWA 4ETCA 3EO5A 5M1YA 4X3BA 149LA 1L38A 3F9LA 4WG7A 4OOTA 5I54A 2ZIKA 159LA 1KIRC 2BQGA 1XEPA 4G49A 231LA 3B0KA 4DDAA 5FCPA 5K7OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1QTC A;  1D3F A;  1L70 A;  150L A;  1CU3 A;  4PHI A;  1C7P A;  1IWY A;  1L11 A;  4GCD A;  4I7Q A;  2IGC A;  1BWJ A;  2HEA A;  1L82 A;  1JEF A;  3TXE A;  170L A;  2RBN A;  2OE4 X;  1D0K A;  4DDB A;  5DLA A;  1GFV A;  1REX A;  5LA5 A;  1OV5 A;  3DN4 A;  3LYO A;  1D0M A;  1L98 A;  1P6Y A;  232L A;  4PGJ B;  1P2L A;  2PC2 A;  4XJD A;  4HJZ A;  2L78 A;  2ZNW Y;  1IP4 A;  1IEE A;  5KJ9 A;  4CFP A;  133L A;  1OUB A;  2DQF C;  1MEL L;  4W53 A;  1LYF A;  4B4E A;  1XGP C;  3M3U A;  1GF0 A;  1L50 A;  5IHG A;  1YQV Y;  2BQE A;  2EPE A;  1L48 A;  1RFP A;  1EPY A;  1LJH A;  1AM7 A;  1IR7 A;  3TXF A;  5L3I A;  2NTH A;  3FI5 A;  3DMV A;  1P2C C;  2BQJ A;  1OVH A;  2HUM A;  1G0J A;  1L44 A;  1OWZ A;  4PJZ A;  1HHL A;  3TXH A;  1XSF A;  1UID A;  1UIE A;  4EOF A;  4QY9 A;  3EXD A;  1L81 A;  5LA8 A;  4YEN A;  1CV0 A;  1TAY A;  4LYM A;  1UCO A;  1SWZ A;  1NKH A;  3GUM A;  4W59 A;  1DPW A;  1BWI A;  4LDE A;  5LZM A;  2B75 A;  1L47 A;  5LVG A;  3WU8 A;  1GFG A;  1JPO A;  5KXT A;  1DXJ A;  1G1W A;  1L65 A;  4YOP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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