5T3FA

Hen egg-white lysozyme soaked with selenourea for 10 min
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Selenourea: a convenient phasing vehicle for macromolecular X-ray crystal structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5t3fA00
1SQ2L 1LJGA 1REYA 4N9RA 1IWZA 4ANRA 5JENB 1UCOA 1A2YC 1EQ4A 1F0WA 1LMQA 1KXWA 2Z2FA 1LZ9A 3WH1A 1GF7A 1HMKA 1V7SA 1GE4A 5K7OA 1XGPC 1D0LA 1VDPA 4H8XA 4NWEA 3J4GA 3W3EA 1LSZA 5KXPA 3TXDA 3WU8A 1LZ6A 1JEFA 3M18B 1OUIA 3OJPA 3P64A 3WPJA 1BQLY 1NQIA 1YIKA 3B0IA 1JJ1A 4WG7A 4UWVA 4ZFPA 4NY5A 4HPEA 5D5FA 4G4CA 3MGWA 4TSBA 3WUAA 1AT6A 1GF6A 2MEFA 193LA 4O34A 1GWDA 3BKVA 1JKBA 1QIOA 2VB1A 3CSZA 2FYCA 5LYMA 1IR7A 1B9OA 2I25L 3AB6A 2W1XA 4H8ZA 1HMLA 1KIQC 3FE0A 1GEZA 1GXXA 4XYYA 2HTXA 2MECA 3TXHA 3TXIA 1BWHA 4YOPA 2HEFA 4H8YA 2CGIA 1RJCB 2BQLA 4H9EA 2DQCY 4GN4A 3AYQA 2MEAA 4LT1A 4E3UA 4YEMA 4J1BA 153LA 1GB0A 1GE3A 1G7HC 1PZYA 2W1LA 1JJ3A 5APCA 1CKDA 1OUEA 4NFVA 2HEEA 1DQJC 4BS7A 1REMA 1IIZA 1HFXA 1UIGA 1IC7Y 1B5WA 4RLMA 4WOAA 3WU7A 1B7OA 3WVYA 5LAGA 2W1MA 1WQPA 2HU3A 1IP2A 5APDA 3TXJA 1CNSA 4XJFA 1BWJA 2LHMA 1LMAA 4G4HA 3LYTA 1QDTA 3AGHA 3A6CY 1GPQC 2D4IA 1F10A 2BQMA 2DQAA 3VWOA 1SLYA 4Z46A 1XGRC 3TXFA 3K3TA 1IWYA 5B05A 1GBXA 1NF5A 4U3XB 1G7LC 3AW7A 4YF2A 5EBHA 1GE1A 4NHPA 4I8SA 1IY3A 3WXUA 5LIOA 4DD0A 1I56A 4LGKA 4WLXA 2Q0MX 1JTPL 1J1PY 1O23A 4NGZA 4B4EA 1ALCA 1IR8A 1JPOA 5HMJA 5DLAA 1LSGA 4B0DA 2YBJA 1GFTA 1IP1A 4B49A 1GF3A 2BQJA 3WMKA 1LJJA 3WW5A 1GF4A 1AKIA 1GAYA 1DI4A 1LHMA 1LMNA 2Z2EA 5T3FA 4CGEA 1JKDA 5DL9A 1IR9A 1DPWA 2HEAA 5F16A 5I4WA 3N9CA 4N0JA 4B1AA 5KKIA 1LZSA 5FHWA 1DKKA 4KPMA 5APFA 3AZ4A 2YDGA 4J0LA 1LMCA 4NHTA 2WARA 1VAUA 1UUZC 1VEDA 3LZTA 1LZ4A 2Z39A 4OW1A 5ILFA 4LYBA 1WQMA 1GBWA 1LKRA 1UACY 2BQAA 1D6QA 2YBLA 3HFMY 1JJ0A 1GFAA 1LYSA 2H5ZA 1B5XA 3A67Y 3CSQA 4M6DA 4NG1A 4Z98A 3A34A 5FEKA 1LSYA 3W6CA 1W08A 5KXZA 1EL1A 3D3DA 3B0KA 1IC5Y 1WVUA 3CSRA 1NWGA 1DXJA 4YEOA 3ZVQA 1GFJA 4CFOA 1B5ZA 4KL7A 4G4BA 4R0FA 4RW2A 1OUHA 1B5VA 3D9AC 5B59A 1IP4A 2ZQ4A 1OUDA 1QSWA 1RE2A 1D6PA 4TUNA 1B7RA 2YVBA 3RW8A 4UWNA 1UBZA 3T6UA 4N1CC 5F9UA 5I5QA 5I4XA 6LYZA 1DZBX 3RT5X 3TMXA 1UA6Y 4GLVA 1GB3A 1UIFA 1GB8A 2N5ZA 1GF9A 2DQFC 1GB9A 1LAAA 5I54A 1IP6A 1T3PA 4ZEEA 1C43A 2FBBA 1LJEA 4XJGA 4LYCA 1GFEA 9LYZA 1QSAA 2BLYA 5LA8A 1JIYA 4NGYA 4DDAA 1IWXA 1B7LA 1QDRA 5LVKA 5KKJA 3LYMA 1B5YA 1IOTA 2ZYPA 4Z41A 5LVJA 1W6ZA 2Y8PA 1C46A 3E3DA 4TSCA 4GLAA 3LZ2A 3WU9A 4WM4A 1GF0A 2A7FA 3G3BB 5DN5A 2DQDY 2ZQ3A 1IVMA 5A3EA 4TTDA 5KXNA 3TXEA 4NGLA 2Z12A 1BHZA 207LA 4CJ2A 5IELA 2FBDA 3WPLA 1REXA 4IJ4A 1VFBC 4KT3A 4H1PA 5DM9A 5B1GA 4GCEA 3W6BA 1LSMA 1DKJA 1OUFA 1HENA 3ZVQB 1GD6A 4MCKA 5LAFA 4DYGA 1LZAA 4LYTA 4H9CA 4WM3A 4LYOA 4LT3A 2DQIY 3A3QA 1F6SA 1FLUA 1HC0A 1BGIA 2MEGA 3ATOA 4TX7A 3HBDA 1OUAA 1QTEA 1TEWA 1EQEA 4OWHA 5KXOA 4HTQA 3A91A 1JKAA 2AUBA 133LA 1WVVA 1FDLY 2HEBA 3EXDA 1D0MA 3AW6A 1IC4Y 1LYZA 1GXV2 4ETAA 1G7IC 1LHKA 1EQ5A 1GFVA 2BPUA 4IASA 3ULRA 1YAQA 1GE0A 3CT0A 4NG8A 2DKVA 3P66A 1C08C 4ML7A 4WO6A 4DD3A 5LYZA 1LYOA 2BQCA 194LA 1YQVY 3EO5A 2CDSA 2HUBA 1HELA 1LJNA 1BB3A 4PGJB 3BKHA 2Z37A 2YBHA 1D9UA 3M3UA 4H9BA 1ZV5L 4XJDA 4DD2A 4ETCA 1B7NA 4ZIXA 3LN2A 4NHIA 2BLXA 1BVXA 3G3AB 1BB6A 4WLYA 4WL6A 4HJVA 1LZTA 2H9JA 4OWAA 4XADA 4XJBA 5LA5A 1GE2A 4BAFA 2LYOA 3AZ6A 4A7DA 1CKFA 2PC2A 4HJZA 5HLLA 4WLTA 1AT5A 1LSAA 2IHLA 4WM1A 154LA 4WM2A 1LZ8A 4RLNA 5FDJA 2G4PA 4J7VA 4YENA 1QTKA 1WTNA 2LYZA 3EMSA 4NGIA 4OWEA 5HMVA 4DC4A 5F81A 132LA 2EIZC 1WQOA 4GCFA 1LHJA 3WYHA 1CJ6A 1LJKA 1YANA 4LFXA 5FELA 5M1YA 2I6ZA 1LZBA 2BQGA 3QNGA 1GBYA 1HEWA 1BB5A 3P65A 4DDBA 2FYDA 1WQQA 1KIRC 1ZVYB 1JTOL 1XEKA 3WUMA 4DWXA 1GF5A 1F6RA 1CJ8A 1WQNA 2NWDX 4II8A 4J1AA 1KXXA 2ZYCA 4C5FA 1YILA 4FJRA 1JSEA 4I0CA 2YBIA 1HSXA 2YSSC 4WLDA 1OUBA 2F30A 2F4AA 2ZNXY 4NHQA 1T6VL 1IWVA 4QEQA 2LZ2A 3RU5A 4G9SA 4H9IA 2HECA 1I1ZA 1J1OY 2D4JA 4GN5C 4H9HA 4BAPA 1OUGA 1OQMA 2F2NA 208LA 2LYMA 1XEIA 2X0AA 4NGOA 3RNXA 4EOFA 1GFKA 4GCCA 1JITA 3TMVA 1MELL 4H9AA 1B7QA 4N1EI 1GB6A 4XJHA 1UIDA 2GV0A 5LYTA 3AGIA 1LZNA 1NDGC 5J7CA 5LVGA 2HU1A 2XBRA 3IWRA 3P68A 1RFPA 5II3A 1LSDA 4DD1A 3IJUA 1GDWA 1RI8B 4DDCA 1CJ7A 135LA 1LZCA 4WO9A 1GFUA 4HJYA 4W94A 5KXLA 4FDYA 1HEQA 1B5UA 1LPIA 1C10A 3WL2A 2LZTA 2DQJY 4HV1A 4PHIA 4LT0A 1BB4A 4OWBA 2BAAA 1OUJA 3WULA 1GBZA 1CKCA 4OOTA 4NSHA 1YAPA 4OOOA 4AGAA 1B7MA 3F6ZA 1GBOA 4RW1A 1JWRA 3TXBA 4QGZA 4NGKA 1IY4A 2G4NA 3OK0A 2HEDA 3A90A 3B6LA 1LSEA 1LHLA 1OUCA 4WM6A 1TCYA 1B0DA 4WG1A 3KAMA 2YBMA 3CQLA 4CHXA 5E4PA 5F14A 3B0OA 1HHLA 1LSBA 1LJ4A 1LKSA 1GB7A 4DD9A 4L41A 4WMGA 4C3WA 1D0KA 4H9FA 5DN4A 4X3BA 5ILCA 4KXIA 1LSCA 1IO5A 1HFYA 5LVHA 1XFPL 3A8ZA 3B72A 1LHHA 1TDYA 3LYOA 4ET8A 5FSTA 1AZFA 1LYYA 1J1XY 3LYZA 1QUTA 2DBTA 1HEMA 2Z18A 2CJLA 1GFHA 4R6CA 1BVKC 1YKZX 2C8OA 2MEBA 4G49A 4H93A 5LXWA 4NWHA 2D4KA 4PRQA 5I53A 4M4OA 2MEIA 1LSNA 1IORA 4LT2A 1GFRA 1TAYA 1NKHA 3A6BY 3WW6A 1IP5A 1LZ5A 1LMPA 4NGJA 3LHMA 1FLWA 2MEEA 1HSWA 2BQHA 5AMYA 1GB5A 1B7SA 2BQBA 4B4IA 4PJ2C 1IWUA 4H92A 3A94A 1G7MC 4HTNA 6LYTA 2ZWBA 5FCPA 1C7PA 1P2CC 1YL1X 1JTTL 5KXYA 1NHEA 4QY9A 1FN5A 1LCNA 2EKSC 4Z3MA 8LYZA 1BB7A 2F4GA 3RZ4A 2I26L 1LZEA 1C45A 3HBHA 4UWUA 1LSPA 3WVXA 1VDTA 3T36A 4XENA 1VDQA 5HNCA 1YROA 2ZILA 1HF4A 1FLYA 3J6KA 4NEBA 4LZTA 3TXGA 4D9ZA 2D91A 1CKGA 2DQGY 2G4QA 4W96A 3W6AA 1LZYA 1XGUC 4H91A 4DD7A 1ZVHL 1IP3A 1LMOA 1GEVA 4EMNA 3WXTA 5C6LA 1TBYA 1LSFA 2BQEA 4IATA 3QY4A 1XEJA 1HEPA 4WM5A 1FLQA 5HQ1A 3ZEKA 4NGWA 4LYMA 1UIAA 1LZGA 1GBSA 1GAZA 2BQKA 2XBSA 3EBAB 1MLCE 2W1YA 4HTKA 1IWWA 3GXRA 4NIJA 3TMUA 1UICA 4ETDA 1IP7A 1LJ3A 4HP0A 3WPKA 2Z19A 2ZIJA 1LZRA 1LZ1A 1AM7A 4NGVA 4XN6A 2C8PA 1LHIA 1NBZC 1NMMA 5C6JA 2EQLA 4NSGA 3TXKA 1CJ9A 4XJIA 1I20A 3GXKA 3WUNA 1HERA 1VATA 1E8LA 1H6MA 2IFFY 3A92A 1WTMA 5LVIA 2H9KA 4ETEA 4PRUA 1XGTC 2BQIA 5KXTA 4OWCA 1JISA 1LJHA 1JSFA 1NDMC 2XJWA 2D6BA 2B5ZA 2YBNA 3N9AA 1REZA 5B1FA 2A7DA 1FKVA 3N9EA 4HPIA 4NSIA 4GN3A 1GB2A 5D5CA 5LINA 4HSFA 1YKXX 1Z55A 3AJNA 4GCDA 1RCMA 4NHSA 3FI7A 7LYZA 1GHLA 4LYZA 1N4FA 1QUSA 1XGQC 2DQEY 3QE8A 1UIHA 3W6DA 1YL0X 1HFZA 3A3RX 4N8ZA 1GDXA 5A3ZA 5KXMA 3SP3A 2BQOA 3A96A 4BADA 5F9XA 2Z38A 5L3IA 5C6IA 4LFPA 1FKQA 4MSTA 4B4JA 5IDDA 4MR1A 4N5RA 1YAMA 1DI5A 1KXYA 4H90A 4YM8A 2MEHA 5KXXA 1YKYX 1FBIX 1IEEA 1OP9B 1JUGA 4RDSA 1BWIA 1KIPC 1YAOA 5B06A 4DT3A 5I4YA 3AGGG 3HBEX 4HV2A 1JHLA 5KXSA 5KXRA 1QQYA 1VDSA 1IX0A 1GF8A 1HEOA 1LMTA 3CB7A 5L9JA 5IHGA 3TMWA 1LZDA 3AZ7A 134LA 4AXTA 1PS5A 1CKHA 4H94A 1UIEA 1G7JC 1UC0A 4ET9A 1IOQA 1IOCA 1LJIA 2RSCA 3A93A 4ETBA 1LTMA 1A4VA 4TWSA 5APEA 1NBYC 2BQDA 3IJVA 4GCBA 5KXKA 5KY1A 4PPOA 4NSJA 2XTHA 1GFGA 4P2EA 2CWIA 4WL7A 1INUA 1B2KA 2BQFA 1V7TA 4QDNA 3ATNA 5B07A 1IOSA 2DQHY 3CT5A 3W6EA 1H87A 1JKCA 1LJFA 2ZIKA 5L3HA 3AZ5A 2EPEA 5E9RA 1XSFA 5KXWA 1IWTA 1LOZA 2MEDA 2ZNWY 3CT1A 3P4ZA 1WQRA 2BQNA 3W6FA 5HNLA 5KJ9A 1ZMYL 3A95A 1B7PA 1DI3A 1HNLA 1UIBA 4CFPA 1DPXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
250LA 1IWZA 5JENB 1LMQA 2Z2FA 3EMLA 1LZ9A 2OU0X 1DYBA 5K7OA 1KW7A 4H8XA 4NWEA 1LSZA 1L16A 1PQJA 3OJPA 1OUIA 3P64A 1BQLY 3C8RA 1JTMA 3B0IA 1JJ1A 3DMXA 4WG7A 3HH5A 4TSBA 193LA 4LDLA 1JKBA 2W1XA 4H8ZA 1KIQC 1CTWA 1OWZA 164LA 4H8YA 2HEFA 4H9EA 2CGIA 1L01A 3AYQA 153LA 1L36A 1JJ3A 1CKDA 1REMA 1IIZA 1HFXA 1G0KA 1IC7Y 4WOAA 1L96A 3WVYA 1WQPA 3TXJA 4XJFA 148LE 1L68A 3FI5A 1SLYA 259LA 212LA 1GBXA 1G7LC 4YF2A 1GE1A 4NHPA 1G1VA 7LZMA 4WLXA 1JTPL 1T8GA 1JPOA 1IR8A 4B0DA 4B49A 3WMKA 1LHMA 3GUKA 1IR9A 1DPWA 1D2YA 4B1AA 1LMCA 2CUUA 1LKRA 4IJ4A 3C8QA 1C62A 1D6QA 2YBLA 238LA 3CSQA 1L86A 4GRVA 2B6YA 1L62A 1L74A 247LA 1EL1A 3D3DA 4YEOA 3PDSA 4G4BA 1OUHA 1B5VA 3D9AC 3NY9A 216LA 3GUPA 3RZEA 3RW8A 4N1CC 1GB3A 171LA 1GB9A 5I54A 1C6PA 1IP6A 5LA8A 3DMZA 4NGYA 4I7PA 3FA0A 2OE9X 1B7LA 1C6DA 1QDRA 214LA 4TSCA 4GLAA 4WM4A 4CJ2A 4DAJA 1VFBC 1OUFA 3HUAA 4H9CA 1C6MA 2DQIY 1L39A 1F6SA 3DN1A 1HC0A 2MEGA 1OUAA 1QTEA 1L79A 4HTQA 1JKAA 133LA 1WVVA 1KY1A 2HEBA 1D0MA 3AW6A 1QUDA 2BPUA 1EQ5A 1SSYA 3ULRA 1LYDA 3CT0A 4NG8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SQ2 L;  1LJG A;  1REY A;  4N9R A;  1IWZ A;  4ANR A;  5JEN B;  1UCO A;  1A2Y C;  1EQ4 A;  1F0W A;  1LMQ A;  1KXW A;  2Z2F A;  1LZ9 A;  3WH1 A;  1GF7 A;  1HMK A;  1V7S A;  1GE4 A;  5K7O A;  1XGP C;  1D0L A;  1VDP A;  4H8X A;  4NWE A;  3J4G A;  3W3E A;  1LSZ A;  5KXP A;  3TXD A;  3WU8 A;  1LZ6 A;  1JEF A;  3M18 B;  1OUI A;  3OJP A;  3P64 A;  3WPJ A;  1BQL Y;  1NQI A;  1YIK A;  3B0I A;  1JJ1 A;  4WG7 A;  4UWV A;  4ZFP A;  4NY5 A;  4HPE A;  5D5F A;  4G4C A;  3MGW A;  4TSB A;  3WUA A;  1AT6 A;  1GF6 A;  2MEF A;  193L A;  4O34 A;  1GWD A;  3BKV A;  1JKB A;  1QIO A;  2VB1 A;  3CSZ A;  2FYC A;  5LYM A;  1IR7 A;  1B9O A;  2I25 L;  3AB6 A;  2W1X A;  4H8Z A;  1HML A;  1KIQ C;  3FE0 A;  1GEZ A;  1GXX A;  4XYY A;  2HTX A;  2MEC A;  3TXH A;  3TXI A;  1BWH A;  4YOP A;  2HEF A;  4H8Y A;  2CGI A;  1RJC B;  2BQL A;  4H9E A;  2DQC Y;  4GN4 A;  3AYQ A;  2MEA A;  4LT1 A;  4E3U A;  4YEM A;  4J1B A;  153L A;  1GB0 A;  1GE3 A;  1G7H C;  1PZY A;  2W1L A;  1JJ3 A;  5APC A;  1CKD A;  1OUE A;  4NFV A;  2HEE A;  1DQJ C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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