5T3FA

Hen egg-white lysozyme soaked with selenourea for 10 min
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Selenourea: a convenient phasing vehicle for macromolecular X-ray crystal structures.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2016-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5t3fA00
1JIYA 5KXKA 1VEDA 2DQAA 5FCPA 1UIAA 5KXNA 1HEPA 1GFTA 5KXRA 1G7JC 1LZSA 1BQLY 1EQ5A 1XEKA 2NWDX 1LCNA 2FYDA 1ZV5L 2ZQ4A 1NBYC 1WVVA 4IJ4A 4QEQA 3W3EA 1CKFA 1LSZA 1HELA 1W6ZA 4B0DA 4BAPA 1JTOL 1UCOA 4E3UA 4ET8A 5ILCA 2CJLA 2LHMA 4ZEEA 5KKJA 4WG1A 4WL7A 5LVJA 1GF7A 1DI3A 1ALCA 1AT6A 5APCA 1HEOA 1GEZA 4TWSA 4WLXA 1CNSA 4KT3A 1VDQA 4HJZA 1VDSA 4NHTA 1ZVYB 1OUHA 3BKVA 3HBDA 4RLMA 3WU8A 3WUAA 1EQEA 1LZ1A 2F4GA 1IP5A 4NG1A 5FEKA 3WXUA 1EQ4A 1GE4A 4O34A 4KXIA 5F9UA 3AZ5A 8LYZA 4LZTA 1FDLY 3LZTA 4BS7A 1B5WA 2RSCA 1D0KA 1CKCA 1GFVA 2CDSA 1REMA 1LJHA 5L9JA 1ZVHL 1REZA 2W1XA 2F2NA 3BKHA 5B07A 1IO5A 1LJ4A 1JITA 1E8LA 2BAAA 5DN4A 1DKKA 1OUBA 5ILFA 1C46A 2F30A 1OUJA 2MEEA 4H1PA 1GFKA 1YAOA 1GF8A 5KXZA 1B7LA 2BQKA 2IHLA 1JKDA 2EQLA 4NSGA 3A8ZA 5A3EA 5KXOA 1C7PA 1IEEA 4N9RA 4Z46A 3W6DA 1LJGA 4DD2A 2B5ZA 1GEVA 4ANRA 5LVHA 1AM7A 4TX7A 2BQOA 3LN2A 2ZWBA 5LAGA 4ZFPA 5LVKA 1IOQA 1B7NA 2H9KA 1AT5A 2YSSC 1FKVA 4Z41A 4GLVA 2YBMA 1UACY 4OWEA 3CT0A 4RW2A 2DQEY 3P66A 5KXPA 1UIDA 4TSCA 3ZVQA 1HMLA 1LZ8A 2H5ZA 3A94A 4G49A 4ETEA 2H9JA 5J7CA 5D5FA 2LZTA 1XEJA 4KPMA 2PC2A 1GB9A 1B5ZA 4NSHA 4LYCA 4NGJA 1YL0X 3WXTA 1CKHA 3WW6A 4OWAA 4HTKA 134LA 4XJDA 3ATOA 4WM1A 5C6JA 4RLNA 1TCYA 1AZFA 2MECA 1BWIA 1LZDA 2MEHA 4MSTA 5IELA 3CSRA 1IWVA 1G7MC 4IASA 4M6DA 4DDAA 2XJWA 3A95A 4H9AA 2BQGA 3QE8A 1LJ3A 1HSXA 1LKRA 4G9SA 1GB7A 3AW7A 1GBWA 2DQJY 2XBRA 1IOCA 1GF9A 1G7IC 2BQFA 3AB6A 2BQAA 3B6LA 4GCEA 4OWHA 5C6LA 3OJPA 1GE1A 4WG7A 4C5FA 1YIKA 1GB5A 3A92A 4ETDA 1FKQA 3AYQA 4PHIA 2DQCY 4XJHA 4W96A 1FN5A 3EO5A 3LZ2A 1V7SA 1BVXA 2Z18A 4J1AA 1LMOA 4GCFA 3WUNA 1IWXA 1HNLA 5LA8A 3KAMA 1VDPA 1XFPL 1GAYA 4YENA 1JEFA 1F0WA 2DQGY 1IWTA 5KXWA 1JTTL 3TXJA 1J1PY 1INUA 1OUAA 1YILA 1D6PA 2D6BA 2G4NA 3D3DA 4GCCA 4HPIA 4I8SA 4NSJA 1TDYA 1GB3A 3EXDA 7LYZA 1BGIA 1IC5Y 4YOPA 3ULRA 2Z12A 2BQLA 2HEEA 1KXXA 4HV2A 4LT3A 4DYGA 4HV1A 3FE0A 4GCBA 5I5QA 3AJNA 3TMXA 1WVUA 2Z39A 1IIZA 4NGYA 4OW1A 3WL2A 3GXRA 3WPJA 3A3QA 3N9AA 3WPKA 4HSFA 1LSAA 4HPEA 1GE2A 4NSIA 3TXHA 1FLWA 2Z19A 1LZCA 2VB1A 4N1EI 4N8ZA 4XJBA 5K7OA 1GF3A 1UIFA 4DC4A 4G4BA 4LT0A 1GF5A 1GF6A 2FBDA 4WM3A 4N5RA 5IHGA 1IR7A 5KXXA 1LMTA 1KIQC 1GF4A 1LHHA 5AMYA 4MCKA 1CJ7A 3WVXA 4NGVA 2ZIKA 3HBEX 3HBHA 2MEAA 4YF2A 2Z37A 4TSBA 3A96A 1BVKC 4J1BA 1D6QA 1F6SA 4RW1A 5C6IA 3TXKA 2YBNA 1HERA 4QDNA 1BWHA 1KIPC 1LZ6A 1TBYA 1GE3A 2X0AA 1LMCA 4NEBA 3A6CY 4LFPA 1IWUA 4TTDA 4DD9A 4ET9A 5B59A 4B4JA 1G7HC 1GFAA 1UIHA 1NDGC 4BADA 5II3A 1EL1A 3W6CA 4LGKA 2YBJA 5HNLA 1CJ8A 1I56A 1JWRA 2HU1A 1UBZA 2BLXA 1LZAA 2HEDA 1XEIA 1IY4A 4NWEA 1QUSA 1DPXA 4WMGA 1WQRA 1IP7A 4Z98A 4YEMA 5HQ1A 1TEWA 4NGLA 3G3BB 4AXTA 2HU3A 1IOSA 3J6KA 3W6AA 1YANA 1IP1A 5FHWA 1HEWA 3CQLA 4WM4A 1BWJA 1HC0A 1DZBX 1LZ9A 1JJ3A 1JKAA 4DD3A 1GHLA 1IC7Y 1T6VL 4XJGA 1LHIA 2BQBA 4NGIA 1P2CC 1REYA 5EBHA 2A7FA 1XGUC 3TMUA 2D4KA 2G4QA 2XTHA 4CHXA 3LHMA 4NHIA 1IR9A 2HEAA 1YAPA 2HUBA 5LAFA 4DT3A 4QY9A 1JSEA 5B05A 1FBIX 1OP9B 4H9IA 4XYYA 1XGRC 4H9BA 3RZ4A 1GAZA 1VFBC 1IORA 4II8A 5L3HA 1DI4A 1LJFA 1UIBA 4GCDA 5I54A 1JJ0A 4OWCA 1KXWA 5E9RA 5FSTA 1LYOA 1CKDA 5LYTA 2Z2EA 4NWHA 1IOTA 3A6BY 2IFFY 1GB2A 3A3RX 4H93A 4XENA 4XN6A 1B5XA 3ZVQB 4B1AA 4DD1A 3TXDA 1NDMC 3QY4A 5L3IA 1HEMA 1LAAA 2CWIA 4CFOA 5LYZA 3SP3A 1V7TA 1IWWA 2YDGA 4H94A 194LA 1GFRA 1LZYA 5LVGA 3WPLA 2HECA 3AGIA 2FBBA 1LJIA 1GE0A 1TAYA 1LSGA 2ZNXY 2LYZA 1LSDA 5KJ9A 1B5VA 1FLYA 3K3TA 3T6UA 4PRUA 1N4FA 1JPOA 1MLCE 1GBSA 3IJVA 1VDTA 1QTKA 1WTNA 2DQDY 2BQJA 4NY5A 4HTQA 1T3PA 2F4AA 4DD7A 2ZILA 5KXMA 135LA 1G7LC 2DQFC 4LYMA 1JKCA 1BB6A 1OUDA 5D5CA 1RJCB 2MEGA 4PRQA 4HP0A 1GDXA 2ZYCA 3EBAB 1LZTA 2DQIY 5DM9A 3QNGA 2I25L 3TXGA 1LHJA 2HTXA 4HJVA 2ZNWY 1IVMA 4R0FA 1GBYA 1QTEA 6LYTA 3LYTA 4H92A 1JTPL 3AGGG 3AZ4A 5F16A 3WULA 1D9UA 4J7VA 3P4ZA 5I53A 5F81A 4EOFA 2I6ZA 1RCMA 4LYBA 1B7PA 5E4PA 4B4EA 4H9EA 1MELL 4N0JA 1LZGA 1LYZA 3GXKA 1HHLA 1IP4A 1QSAA 5B1GA 5KXSA 2Y8PA 1GF0A 4LT1A 1LZRA 1LJJA 1BB5A 4DD0A 4GN4A 1GB0A 1GWDA 1RE2A 1FLQA 4H91A 3LYMA 2WARA 1YKXX 3FI7A 3RU5A 1DQJC 2HEBA 4IATA 3TXIA 2AUBA 3CT5A 6LYZA 1IY3A 1B2KA 1LHMA 1VATA 2DBTA 3OK0A 3ZEKA 154LA 1B9OA 1LSEA 2EPEA 1QDTA 4G4HA 1BHZA 4Z3MA 1IWZA 4ML7A 1KXYA 1I1ZA 5B06A 1WQQA 3WW5A 1LZEA 4XJFA 1IX0A 4WO9A 1NBZC 1GBZA 5APFA 1RFPA 3WMKA 3LYZA 1GB6A 3WU7A 4EMNA 5KXLA 4KL7A 4G4CA 3LYOA 2ZQ3A 3WVYA 4P2EA 5LIOA 3A34A 4LYTA 3W6BA 2BQHA 1B0DA 4LFXA 1LMNA 5FELA 3AZ6A 1LSNA 4M4OA 4WLYA 3E3DA 5APDA 3RNXA 4B4IA 5F9XA 4L41A 1BB3A 1LSBA 1LSMA 5LYMA 4YM8A 5HLLA 1LJKA 1LOZA 1AKIA 2Z2FA 4WLTA 1NHEA 4H8ZA 4CJ2A 1IP6A 4WLDA 3A93A 5I4YA 3WU9A 1NKHA 1LKSA 1LYYA 1LSCA 3MGWA 1CJ6A 4H8YA 4WO6A 3WUMA 4WM5A 207LA 5LINA 4B49A 153LA 1JISA 1LHLA 4D9ZA 1HENA 1HSWA 1LSYA 4LYOA 3TMWA 2BLYA 2BQCA 4NG8A 4HTNA 5M1YA 4GN3A 1IR8A 3T36A 4PJ2C 2A7DA 1C08C 1OUGA 3P64A 1GXV2 1LZ5A 3A67Y 1D0MA 1OQMA 1B7SA 1J1XY 5B1FA 3WYHA 5KXTA 3P65A 4LT2A 4WM6A 2EIZC 1BB7A 1HFYA 1LMPA 1NMMA 1B5UA 2CGIA 2MEIA 4DDCA 1LZ4A 1VAUA 1GDWA 2Q0MX 1A2YC 4OOTA 3RT5X 1YKYX 1GFJA 3B0IA 5F14A 2MEFA 5I4XA 1LTMA 3RW8A 1XGPC 1B7OA 2N5ZA 3TXFA 2ZYPA 1A4VA 1WQNA 5HMVA 4OOOA 2BQIA 1Z55A 4A7DA 3P68A 1KIRC 4ZIXA 1C45A 1DKJA 4LYZA 5DL9A 4H8XA 1B7RA 5LVIA 1LMQA 5I4WA 1HEQA 1UIEA 2G4PA 1ZMYL 3CSZA 1IP2A 1F6RA 1DXJA 1FLUA 1XSFA 3CB7A 4WM2A 3ATNA 4J0LA 4H9HA 1BB4A 4UWUA 1B7MA 1NF5A 1GD6A 1SQ2L 3TXBA 3G3AB 1LSPA 2MEDA 4N1CC 4H9CA 5KXYA 3W6FA 5A3ZA 5KKIA 1RI8B 1HFXA 1QIOA 1QUTA 4NHSA 4PPOA 1JJ1A 9LYZA 4W94A 3EMSA 2BQNA 3AW6A 1YROA 208LA 1GBXA 4NGWA 5HMJA 3M3UA 4C3WA 4NGKA 3TMVA 3IWRA 1HFZA 4X3BA 5FDJA 5DLAA 1HMKA 1XGQC 2LZ2A 1JHLA 4UWVA 4NGZA 1OUEA 5T3FA 1IWYA 1LHKA 1XGTC 4TUNA 3J4GA 2ZIJA 4NHPA 4NGOA 3W6EA 1OUIA 1HF4A 3A91A 4DDBA 1JUGA 4U3XB 1IC4Y 1W08A 1H87A 2YVBA 3M18B 4OWBA 1C43A 1PS5A 1CJ9A 2D91A 1UICA 2C8PA 1LMAA 1NWGA 1YL1X 4GN5C 3D9AC 4XJIA 1QDRA 4H90A 1DPWA 1OUCA 5LXWA 1WQOA 1I20A 1GFUA 1DI5A 3N9CA 3B0OA 3HFMY 1GB8A 4YEOA 3A90A 4HJYA 4DWXA 1LZNA 2C8OA 1UA6Y 4UWNA 1H6MA 5LA5A 2MEBA 1YQVY 1QSWA 2HEFA 5JENB 2DQHY 5IDDA 2BQMA 2BQEA 3CT1A 4FJRA 1WQPA 2DKVA 4NIJA 4WL6A 1PZYA 1LJEA 1CKGA 1F10A 132LA 193LA 4AGAA 1YAMA 2I26L 1SLYA 1WTMA 2EKSC 1NQIA 1GFHA 1LPIA 3B0KA 1GXXA 1J1OY 1GPQC 1JSFA 2FYCA 4RDSA 1LZBA 1YKZX 5HNCA 3AZ7A 2BPUA 1B7QA 3F6ZA 5DN5A 4ETAA 5KY1A 1UC0A 3WH1A 1LSFA 2LYOA 4BAFA 2D4JA 4H9FA 4GLAA 2D4IA 1REXA 1UIGA 2W1YA 2YBHA 1YAQA 4QGZA 1GBOA 3TXEA 1B5YA 4ETCA 4FDYA 1GFEA 2LYMA 4MR1A 4I0CA 5APEA 1QQYA 2BQDA 3IJUA 3CSQA 3AGHA 1C10A 2GV0A 1JKBA 133LA 4ETBA 1O23A 2YBLA 4R6CA 3N9EA 3VWOA 2YBIA 2Z38A 4XADA 4CFPA 1IP3A 2W1MA 2XBSA 4CGEA 1D0LA 1LYSA 4PGJB 4WOAA 1OUFA 4NHQA 1GFGA 1WQMA 1UUZC 3B72A 4NFVA 2W1LA 1LJNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JIYA 1VEDA 5FCPA 5KXNA 1HEPA 1BQLY 2NWDX 1ZV5L 1C6BA 1TLAA 1CKFA 4B0DA 2OTYX 2B6TA 1C64A 5KKJA 1PQOA 3DN1A 4WL7A 1GF7A 1AT6A 1HEOA 1L71A 4LDEA 4KT3A 2B73A 1L96A 5FEKA 3WXUA 4O34A 5F9UA 1LGXA 8LYZA 3LZTA 2RSCA 1D0KA 2CDSA 1QTBA 5B07A 1IO5A 1E8LA 2MEEA 2B72A 4H1PA 1L69A 1PQDA 159LA 1B7LA 1KNIA 2BQKA 230LA 257LA 2EQLA 5A3EA 5KXOA 4TX7A 1L46A 5LAGA 3C83A 4S0WA 4Z41A 1P2RA 3HDEA 1L13A 3ZVQA 4TSCA 3A94A 4KPMA 2PC2A 4NSHA 1LI2A 4NGJA 4OWAA 4HTKA 3DN3A 1C6KA 4RLNA 1QSBA 1AZFA 221LA 1L49A 1IWVA 4H9AA 3A95A 3QE8A 123LA 197LA 3G3VA 4OWHA 1IOCA 1CV5A 2RBNA 3AB6A 3OJPA 1G1WA 4WG7A 1L79A 4C5FA 3A92A 1L86A 2Z6BA 1QTVA 3AYQA 152LA 4W96A 2Z18A 4J1AA 184LA 1LMOA 1T6HA 1CU2A 4YXAC 1XFPL 1C60A 1JEFA 3CDQA 2DQGY 5KXWA 3TXJA 1L07A 243LA 1OUAA 2G4NA 3D3DA 4GCCA 4I8SA 1BGIA 4GRVA 2Z12A 1KXXA 4DYGA 4GCBA 3AJNA 3HTGA 2Z39A 1IIZA 4NGYA 3N9AA 4HSFA 4NSIA 3GUKA 2Z19A 1GF5A 4N5RA 141LA 1IR7A 5KXXA 1KIQC 1GF4A 4MCKA 1D9WA 3HBHA 1LGUA 1P64A 1SX7A 4TSBA 3A96A 4DQJA 1BVKC 4RW1A 1L84A 1JTNA 1KIPC 1TBYA 2X0AA 1L23A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JIY A;  5KXK A;  1VED A;  2DQA A;  5FCP A;  1UIA A;  5KXN A;  1HEP A;  1GFT A;  5KXR A;  1G7J C;  1LZS A;  1BQL Y;  1EQ5 A;  1XEK A;  2NWD X;  1LCN A;  2FYD A;  1ZV5 L;  2ZQ4 A;  1NBY C;  1WVV A;  4IJ4 A;  4QEQ A;  3W3E A;  1CKF A;  1LSZ A;  1HEL A;  1W6Z A;  4B0D A;  4BAP A;  1JTO L;  1UCO A;  4E3U A;  4ET8 A;  5ILC A;  2CJL A;  2LHM A;  4ZEE A;  5KKJ A;  4WG1 A;  4WL7 A;  5LVJ A;  1GF7 A;  1DI3 A;  1ALC A;  1AT6 A;  5APC A;  1HEO A;  1GEZ A;  4TWS A;  4WLX A;  1CNS A;  4KT3 A;  1VDQ A;  4HJZ A;  1VDS A;  4NHT A;  1ZVY B;  1OUH A;  3BKV A;  3HBD A;  4RLM A;  3WU8 A;  3WUA A;  1EQE A;  1LZ1 A;  2F4G A;  1IP5 A;  4NG1 A;  5FEK A;  3WXU A;  1EQ4 A;  1GE4 A;  4O34 A;  4KXI A;  5F9U A;  3AZ5 A;  8LYZ A;  4LZT A;  1FDL Y;  3LZT A;  4BS7 A;  1B5W A;  2RSC A;  1D0K A;  1CKC A;  1GFV A;  2CDS A;  1REM A;  1LJH A;  5L9J A;  1ZVH L;  1REZ A;  2W1X A;  2F2N A;  3BKH A;  5B07 A;  1IO5 A;  1LJ4 A;  1JIT A;  1E8L A;  2BAA A;  5DN4 A;  1DKK A;  1OUB A;  5ILF A;  1C46 A;  2F30 A;  1OUJ A;  2MEE A;  4H1P A; 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 1W08 A;  1H87 A;  2YVB A;  3M18 B;  4OWB A;  1C43 A;  1PS5 A;  1CJ9 A;  2D91 A;  1UIC A;  2C8P A;  1LMA A;  1NWG A;  1YL1 X;  4GN5 C;  3D9A C;  4XJI A;  1QDR A;  4H90 A;  1DPW A;  1OUC A;  5LXW A;  1WQO A;  1I20 A;  1GFU A;  1DI5 A;  3N9C A;  3B0O A;  3HFM Y;  1GB8 A;  4YEO A;  3A90 A;  4HJY A;  4DWX A;  1LZN A;  2C8O A;  1UA6 Y;  4UWN A;  1H6M A;  5LA5 A;  2MEB A;  1YQV Y;  1QSW A;  2HEF A;  5JEN B;  2DQH Y;  5IDD A;  2BQM A;  2BQE A;  3CT1 A;  4FJR A;  1WQP A;  2DKV A;  4NIJ A;  4WL6 A;  1PZY A;  1LJE A;  1CKG A;  1F10 A;  132L A;  193L A;  4AGA A;  1YAM A;  2I26 L;  1SLY A;  1WTM A;  2EKS C;  1NQI A;  1GFH A;  1LPI A;  3B0K A;  1GXX A;  1J1O Y;  1GPQ C;  1JSF A;  2FYC A;  4RDS A;  1LZB A;  1YKZ X;  5HNC A;  3AZ7 A;  2BPU A;  1B7Q A;  3F6Z A;  5DN5 A;  4ETA A;  5KY1 A;  1UC0 A;  3WH1 A;  1LSF A;  2LYO A;  4BAF A;  2D4J A;  4H9F A;  4GLA A;  2D4I A;  1REX A;  1UIG A;  2W1Y A;  2YBH A;  1YAQ A;  4QGZ A;  1GBO A;  3TXE A;  1B5Y A;  4ETC A;  4FDY A;  1GFE A;  2LYM A;  4MR1 A;  4I0C A;  5APE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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