5APFA

Hen egg white lysozyme reference dataset even frames
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Terahertz Radiation Induces Non-Thermal Structural Changes Associated with Frohlich Condensation in a Protein Crystal
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5apfA00
1B7QA 4B0DA 5JENB 1GB6A 2Z38A 5F16A 5HQ1A 7LYZA 1B5ZA 1IR7A 1N4FA 4I8SA 1LKRA 3ATNA 207LA 3TMXA 4BS7A 5F9XA 1VEDA 1OUGA 4J0LA 5DLAA 1LSGA 3OJPA 1IP6A 5LIOA 1JISA 1JKCA 1FN5A 5I4WA 1LSEA 3AGGG 1C10A 1QQYA 2YBIA 4EMNA 1HEPA 1HC0A 1A2YC 2HEBA 5LINA 2DQHY 1HHLA 3HBHA 2ZIJA 1B5UA 5HMJA 1XGRC 2IHLA 1BWJA 2D4IA 2LYMA 5DN5A 4R0FA 1B5VA 4PRQA 1JIYA 1UUZC 3ATOA 1C43A 4H91A 1LZ4A 1T6VL 4G4HA 4RW1A 1YL1X 3ZVQB 4HPIA 1BWIA 1MLCE 3BKHA 1D0LA 4UWUA 3TXFA 5KXMA 1D6QA 3VWOA 4H9CA 4XJIA 1LMNA 1YL0X 1QIOA 4WLTA 3TXGA 3WUAA 2Z18A 4G9SA 2C8PA 1GBYA 4B49A 3K3TA 2CWIA 1IC4Y 1TBYA 1PS5A 4GN5C 2BQLA 4TTDA 3MGWA 1LZ9A 5APCA 4H93A 3WULA 2LZTA 1RJCB 5B1GA 5LXWA 2BLYA 1REMA 4NHIA 5KXTA 1YKZX 2FBBA 1RFPA 2YSSC 2YBMA 4H8XA 1IOSA 3IWRA 2MEBA 2ZYCA 3WUMA 5DN4A 1LZTA 9LYZA 1FDLY 1FLQA 1VATA 1GD6A 3P4ZA 5J7CA 1D6PA 3CB7A 4LT0A 4NWHA 1UIDA 1JJ1A 4FJRA 2A7DA 1HSXA 3WH1A 1XSFA 2BQOA 1JKDA 3HFMY 1LYYA 1LJFA 1F10A 5KXWA 4U3XB 1OUFA 1DKJA 1QTKA 8LYZA 1QSWA 1LMPA 3E3DA 2CJLA 4IJ4A 3HBEX 4ET9A 1GE1A 1CJ8A 2ZNWY 1LYOA 3RZ4A 3CT0A 4J1BA 1LSPA 1UIAA 1GB3A 1GDWA 2LYZA 3M3UA 3WPKA 1B7MA 2MEIA 1WQQA 4RLNA 1D0MA 5FEKA 2G4PA 2GV0A 1HENA 2ZQ4A 3G3AB 1XEKA 3M18B 1FLWA 4WO9A 3BKVA 1IWXA 1HNLA 2VB1A 4X3BA 1RI8B 4H1PA 4LZTA 1EQEA 1LYZA 4NGIA 4J7VA 1GBWA 2DQFC 1CJ7A 1GE2A 2ZYPA 3WU9A 4WM6A 1IP3A 4OWHA 5LVIA 2MEEA 1WTMA 4DC4A 5F14A 3A95A 1UCOA 2HEFA 1LKSA 1VDPA 4NSIA 1IP7A 1UIHA 2Q0MX 4XJBA 3N9EA 2D4KA 2EQLA 1ZVYB 3QNGA 1GFTA 4KXIA 1UIEA 1HEWA 1PZYA 4NGLA 4W96A 4CFOA 1IR8A 1BWHA 1JTTL 3AGIA 4H9FA 1B7NA 2LHMA 1E8LA 1TDYA 1AT6A 1AKIA 1EL1A 1C08C 4WL6A 4RLMA 4NIJA 3WXTA 1UBZA 3N9CA 4N8ZA 3CT5A 4DDBA 4IATA 1UACY 4DDCA 1LJEA 2N5ZA 5LVKA 4HTQA 1LZNA 1IY4A 1XEIA 5A3EA 1HFYA 4HV2A 4OW1A 4NSJA 5C6LA 4AXTA 2BPUA 1GDXA 1B7PA 1LJGA 1B5YA 1WQRA 1JSFA 3GXKA 3P65A 4H9EA 1KXXA 1GFEA 2H9JA 4OWCA 4NHTA 3TXBA 1IWZA 5M1YA 1VFBC 1DI3A 1GF8A 4N5RA 5K7OA 1LZ8A 4H8ZA 2F4GA 5KKJA 4PRUA 153LA 3LZTA 3B0KA 3TMWA 3W6CA 3TXIA 4DD1A 1REYA 2W1YA 1JTOL 5IDDA 4WOAA 3T6UA 4LT3A 5DM9A 6LYZA 2W1LA 2I26L 4LFPA 1TAYA 2YVBA 3A6CY 4HJYA 1GF7A 1OUHA 1UIFA 2B5ZA 2X0AA 1FKQA 1DPWA 1GB8A 2A7FA 3HBDA 1LZAA 1GF9A 1GFAA 1LZ1A 2MEHA 1GB9A 4WL7A 5KXXA 4R6CA 3W6DA 5HLLA 4GCCA 3QE8A 4GCFA 4NGZA 4G4CA 2HTXA 4CHXA 1LSBA 5IELA 5T3FA 1NHEA 4Z3MA 3W6AA 1LSCA 2YBLA 1IP2A 3AZ7A 2W1XA 1J1OY 2BQAA 1LJNA 1QTEA 3A8ZA 1GAZA 5EBHA 2F4AA 5B05A 3W6FA 4M4OA 1YQVY 4WLDA 2CDSA 1YKXX 2Z12A 1XEJA 1IWTA 3LYOA 1BVKC 4NGVA 2EKSC 1HF4A 4CFPA 132LA 2BQJA 4BAPA 1YROA 1LMQA 2I25L 4TWSA 1FLYA 2HUBA 1ZV5L 1B9OA 1LCNA 1RCMA 3A90A 1NDMC 4XJFA 1DZBX 1GB2A 4PPOA 1CKGA 2RSCA 1GF0A 3LYZA 4QGZA 5C6IA 3FE0A 4H94A 1DKKA 5C6JA 4NG1A 1BQLY 4WM5A 2Z37A 4C5FA 2BQFA 1C7PA 4A7DA 2D91A 5I4YA 4HTKA 2EPEA 4KT3A 1LSZA 4NGYA 2DQEY 1KXWA 3T36A 4TUNA 1D9UA 4XADA 1GFVA 1BGIA 4OWEA 1IOQA 1HERA 4P2EA 4WLYA 4AGAA 1GB7A 4EOFA 2CGIA 1IC7Y 2BQCA 1IWWA 1T3PA 4HP0A 4LYMA 5KXPA 2W1MA 1DI5A 1GFUA 1JJ3A 2BQGA 2WARA 1CNSA 4MR1A 1KIPC 2DQIY 4BAFA 4XJDA 4M6DA 2HU1A 1LZGA 4GCEA 1LHHA 1LZEA 1I56A 4L41A 5LYMA 4LT1A 1IWVA 5I5QA 3A67Y 4B4EA 1BB6A 3LHMA 2Z2EA 1QUTA 1LHJA 4HPEA 1SLYA 1GE4A 1F0WA 1B7LA 4TSBA 4OOTA 5KKIA 4H90A 3CSZA 4QDNA 1BVXA 1FKVA 1G7HC 1NMMA 3LYTA 3TMUA 1GXXA 1BB4A 1GF6A 5KJ9A 4LFXA 135LA 3A34A 2XTHA 3TXEA 4OWAA 1LSYA 3FI7A 1JEFA 1NKHA 3B6LA 1ZVHL 4PHIA 2HU3A 5II3A 2BQDA 4UWVA 1OP9B 4H92A 3EBAB 1RE2A 2Z39A 4G49A 5F9UA 1LMAA 1JITA 2G4NA 4YF2A 1LSAA 2ZIKA 3LYMA 1CKDA 1GB5A 2XBSA 4YEMA 3QY4A 3N9AA 5LA5A 1KIQC 4ANRA 2FYCA 4NG8A 1LJHA 4H9IA 1BB3A 4ZEEA 1IR9A 2MEFA 2DQAA 5KXRA 1IY3A 1BB5A 2G4QA 2HEAA 3P68A 5B06A 3ULRA 1DI4A 5APFA 4DD9A 4NY5A 1CKHA 1INUA 1FLUA 1GPQC 4NHPA 1GBSA 4GN4A 1YILA 4BADA 4DD7A 5L3IA 3KAMA 1GBZA 1I20A 2MEAA 4J1AA 1HEMA 2BQBA 1LJJA 1IX0A 1D0KA 1HMLA 3D9AC 2FBDA 2DQDY 4ETBA 3ZEKA 1LSMA 1GBXA 4KPMA 5D5FA 1WQNA 3A92A 3WU7A 4DD3A 2YBHA 1VDSA 3EO5A 3RT5X 2DKVA 3RU5A 2AUBA 5FSTA 1CJ9A 5FCPA 1P2CC 1JPOA 1LPIA 1GF3A 1J1PY 2YBNA 2XBRA 1GE0A 1LMCA 1DPXA 3W6EA 1QSAA 1GXV2 4NSGA 4YM8A 5I4XA 1GB0A 2PC2A 1BHZA 4FDYA 4C3WA 4PGJB 4ETAA 5HMVA 4LYCA 2IFFY 3CT1A 3TXJA 134LA 4QEQA 4WG7A 1AZFA 3AYQA 4NGOA 4ET8A 1HFZA 1LZDA 4NEBA 4G4BA 1IEEA 1OUIA 3WPLA 3WVXA 4YEOA 5KXLA 1LZYA 1ALCA 4WLXA 4NWEA 5IHGA 2HEDA 5KXZA 3A3RX 4HJZA 1B2KA 1G7MC 1YIKA 3B0OA 3G3BB 4HJVA 1SQ2L 2NWDX 1GWDA 3EMSA 5E9RA 1B7SA 2Z2FA 3TMVA 1LZ5A 1W6ZA 1DXJA 3W3EA 2EIZC 4H9BA 2ZWBA 154LA 1LSDA 1LHLA 1LHIA 3A94A 4LYOA 3WUNA 4XENA 4B1AA 2BQNA 6LYTA 3LN2A 5LYZA 1LAAA 1GE3A 4Z41A 4D9ZA 1GFRA 1IIZA 4DDAA 4QY9A 5KXOA 5FHWA 1LMTA 4WM1A 3B0IA 1B5XA 1JKBA 1OUJA 3AW6A 4HV1A 1LOZA 1QDRA 193LA 1EQ4A 4NGKA 1JKAA 1NQIA 1YAOA 4O34A 1WQPA 4GCBA 1EQ5A 1GHLA 2BQKA 4MSTA 4DT3A 4GLAA 1GFGA 3B72A 1KIRC 4N0JA 4N9RA 2MECA 4I0CA 5HNCA 1NBYC 3WW5A 1TCYA 1JWRA 5L9JA 4DYGA 5KXKA 5L3HA 1V7TA 4WO6A 4YENA 2DBTA 5KXNA 2XJWA 5AMYA 3WXUA 3J6KA 1LZ6A 1V7SA 1YANA 1ZMYL 2MEGA 1LHMA 4WM2A 1LSNA 3WL2A 3WMKA 3A93A 1LTMA 5FDJA 3WPJA 4GN3A 1IORA 1HELA 5D5CA 3WW6A 2H5ZA 4IASA 1GBOA 1XGUC 1IP4A 4LYTA 1UICA 3A91A 4LGKA 2BQMA 5B07A 2YDGA 2F30A 2D4JA 4WMGA 5APDA 5I54A 1VAUA 4ETCA 4WM4A 4DD0A 1JUGA 4NGWA 3TXDA 1LSFA 4NSHA 1NDGC 1W08A 4GCDA 5KXYA 1LJKA 1XFPL 1GAYA 1JSEA 3F6ZA 5KXSA 5APEA 1LJ3A 1WTNA 1WQOA 5LVGA 4DD2A 5ILCA 2I6ZA 1GF4A 1WQMA 1CJ6A 1C45A 1XGPC 3TXKA 1IVMA 1JTPL 2HECA 4Z46A 3A3QA 1OUCA 1LZCA 1OUBA 2DQCY 2BQIA 4GLVA 2H9KA 1WVVA 4LYBA 4PJ2C 1OUDA 1G7LC 1O23A 1GF5A 208LA 1FBIX 1J1XY 3IJVA 1F6SA 4E3UA 2BQEA 1NWGA 4H9AA 4LT2A 5I53A 1IC5Y 3A6BY 4YOPA 1REZA 2YBJA 3AZ5A 5B1FA 133LA 1LYSA 1IWYA 4RDSA 1CKFA 1H87A 3CSRA 5B59A 1AM7A 3CSQA 4LYZA 1HFXA 2ZQ3A 1YAMA 1B0DA 1HSWA 5LYTA 1TEWA 2Z19A 2ZNXY 1C46A 3AZ6A 5HNLA 2F2NA 4ML7A 2LZ2A 1IOCA 4W94A 3SP3A 1WVUA 3AGHA 4ETEA 1JJ0A 4B4JA 4DWXA 1DQJC 4N1CC 4NFVA 5DL9A 1Z55A 3LZ2A 3AJNA 2BQHA 1YAQA 1GFKA 5LVHA 4XJGA 4NGJA 1HEOA 2Y8PA 4ZFPA 2HEEA 1F6RA 1UIBA 5LVJA 1IO5A 1LJIA 1UA6Y 2BAAA 5FELA 1OUAA 1GEVA 4II8A 4TX7A 5LAFA 3ZVQA 1IP1A 1B5WA 4H9HA 4N1EI 2C8OA 2D6BA 5F81A 4ZIXA 1YAPA 4KL7A 3AW7A 4UWNA 5LA8A 1UC0A 4MCKA 1NBZC 4NHSA 3P64A 1MELL 1GFHA 1UIGA 4WG1A 4WM3A 4XYYA 1OQMA 2BLXA 1QDTA 3RW8A 1IP5A 3WYHA 4TSCA 2DQGY 1G7JC 3EXDA 3IJUA 1VDQA 1A4VA 3OK0A 4RW2A 1LZRA 1KXYA 5A3ZA 2LYOA 4Z98A 1NF5A 1OUEA 1VDTA 1XGQC 4XJHA 3WU8A 3WVYA 1JHLA 2MEDA 3TXHA 3GXRA 1REXA 1G7IC 3A96A 3AZ4A 4H8YA 4HTNA 1IOTA 1B7OA 3P66A 4OOOA 1QUSA 1CKCA 3RNXA 4ETDA 4XN6A 1AT5A 1GEZA 1B7RA 1GFJA 1XGTC 4NHQA 2DQJY 1LMOA 5LAGA 1H6MA 4B4IA 3D3DA 1LZBA 3W6BA 1IWUA 1HMKA 4HSFA 1YKYX 3CQLA 1BB7A 2ZILA 5E4PA 5KY1A 3J4GA 1I1ZA 1HEQA 194LA 5ILFA 1LJ4A 4OWBA 4CJ2A 2FYDA 3AB6A 1LZSA 4CGEA 1LHKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JENB 2Z38A 1CTWA 5F16A 3G3VA 1IR7A 1QS5A 1LSGA 1C6PA 139LA 3L2XA 107LA 3QAKA 1C6EA 1FN5A 3AGGG 2YBIA 4EMNA 1HC0A 1L81A 1HHLA 3HBHA 1QT7A 2LYMA 1L31A 1JIYA 1L99A 1UUZC 1C43A 1LZ4A 1MLCE 173LA 1C6BA 3VWOA 1LMNA 2HUKA 1QIOA 2Z18A 1DYFA 4B49A 2BQLA 4EKQA 5B1GA 4I7RA 1RFPA 1CV0A 4H8XA 2RBSA 1LI2A 2ZYCA 3WUMA 5DN4A 3P4ZA 3CB7A 1L12A 2A7DA 1HSXA 3HFMY 4ARPA 4ZPUA 1LJFA 1QTKA 227LA 1I6SA 1G1WA 3HH6A 3CT0A 159LA 4J1BA 3RZEA 3DKEX 4EKPA 1L32A 1LGXA 1HENA 2ZQ4A 3M18B 1CU0A 1C61A 1QTCA 2VB1A 119LA 1EQEA 1L85A 4DAJA 2B74A 2ZYPA 5LVIA 1WTMA 181LA 1UCOA 1VDPA 1L69A 2EQLA 3DN6A 1ZVYB 4ARMB 244LA 1TLAA 1QTZA 1PZYA 1UIEA 3AGIA 233LA 1B7NA 1TDYA 1C08C 3CT5A 1LZNA 1XEIA 1LYGA 1HFYA 4OW1A 3JR6A 2BPUA 1GDXA 3P65A 1L08A 1KXXA 3TXBA 1IWZA 5M1YA 1VFBC 1GF8A 4N5RA 5K7OA 2F4GA 1QTDA 3DMVA 3LZTA 3TMWA 3W6CA 4DD1A 5DM9A 254LA 2W1LA 2L78A 1TAYA 1L73A 1GF7A 2X0AA 1GFAA 3W6DA 4GCFA 1CV6A 214LA 5T3FA 3OE6A 1LJNA 3W6FA 2CDSA 1YKXX 3LYOA 1BVKC 3GUIA 1C6NA 1HF4A 3SBAA 2BQJA 3F8VA 4BAPA 158LA 4XJFA 215LA 2RSCA 1GF0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B7Q A;  4B0D A;  5JEN B;  1GB6 A;  2Z38 A;  5F16 A;  5HQ1 A;  7LYZ A;  1B5Z A;  1IR7 A;  1N4F A;  4I8S A;  1LKR A;  3ATN A;  207L A;  3TMX A;  4BS7 A;  5F9X A;  1VED A;  1OUG A;  4J0L A;  5DLA A;  1LSG A;  3OJP A;  1IP6 A;  5LIO A;  1JIS A;  1JKC A;  1FN5 A;  5I4W A;  1LSE A;  3AGG G;  1C10 A;  1QQY A;  2YBI A;  4EMN A;  1HEP A;  1HC0 A;  1A2Y C;  2HEB A;  5LIN A;  2DQH Y;  1HHL A;  3HBH A;  2ZIJ A;  1B5U A;  5HMJ A;  1XGR C;  2IHL A;  1BWJ A;  2D4I A;  2LYM A;  5DN5 A;  4R0F A;  1B5V A;  4PRQ A;  1JIY A;  1UUZ C;  3ATO A;  1C43 A;  4H91 A;  1LZ4 A;  1T6V L;  4G4H A;  4RW1 A;  1YL1 X;  3ZVQ B;  4HPI A;  1BWI A;  1MLC E;  3BKH A;  1D0L A;  4UWU A;  3TXF A;  5KXM A;  1D6Q A;  3VWO A;  4H9C A;  4XJI A;  1LMN A;  1YL0 X;  1QIO A;  4WLT A;  3TXG A;  3WUA A;  2Z18 A;  4G9S A;  2C8P A;  1GBY A;  4B49 A;  3K3T A;  2CWI A;  1IC4 Y;  1TBY A;  1PS5 A;  4GN5 C;  2BQL A;  4TTD A;  3MGW A;  1LZ9 A;  5APC A;  4H93 A;  3WUL A;  2LZT A;  1RJC B;  5B1G A;  5LXW A;  2BLY A;  1REM A;  4NHI A;  5KXT A;  1YKZ X; 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 4ML7 A;  2LZ2 A;  1IOC A;  4W94 A;  3SP3 A;  1WVU A;  3AGH A;  4ETE A;  1JJ0 A;  4B4J A;  4DWX A;  1DQJ C;  4N1C C;  4NFV A;  5DL9 A;  1Z55 A;  3LZ2 A;  3AJN A;  2BQH A;  1YAQ A;  1GFK A;  5LVH A;  4XJG A;  4NGJ A;  1HEO A;  2Y8P A;  4ZFP A;  2HEE A;  1F6R A;  1UIB A;  5LVJ A;  1IO5 A;  1LJI A;  1UA6 Y;  2BAA A;  5FEL A;  1OUA A;  1GEV A;  4II8 A;  4TX7 A;  5LAF A;  3ZVQ A;  1IP1 A;  1B5W A;  4H9H A;  4N1E I;  2C8O A;  2D6B A;  5F81 A;  4ZIX A;  1YAP A;  4KL7 A;  3AW7 A;  4UWN A;  5LA8 A;  1UC0 A;  4MCK A;  1NBZ C;  4NHS A;  3P64 A;  1MEL L;  1GFH A;  1UIG A;  4WG1 A;  4WM3 A;  4XYY A;  1OQM A;  2BLX A;  1QDT A;  3RW8 A;  1IP5 A;  3WYH A;  4TSC A;  2DQG Y;  1G7J C;  3EXD A;  3IJU A;  1VDQ A;  1A4V A;  3OK0 A;  4RW2 A;  1LZR A;  1KXY A;  5A3Z A;  2LYO A;  4Z98 A;  1NF5 A;  1OUE A;  1VDT A;  1XGQ C;  4XJH A;  3WU8 A;  3WVY A;  1JHL A;  2MED A;  3TXH A;  3GXR A;  1REX A;  1G7I C;  3A96 A;  3AZ4 A;  4H8Y A;  4HTN A;  1IOT A;  1B7O A;  3P66 A;  4OOO A;  1QUS A;  1CKC A;  3RNX A;  4ETD A;  4XN6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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