5B05A

Lysozyme (control experiment)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Effective Deuterium Exchange Method for Neutron Crystal Structure Analysis with Unfolding-Refolding Processes
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5b05A00
1OUJA 1UIBA 2DQFC 4II8A 4WG1A 1CKFA 1IOSA 1WQPA 3N9AA 2Q0MX 5KXSA 1HENA 1MLCE 4GCEA 4D9ZA 5L9JA 2BQAA 2H9JA 4TTDA 4WO6A 3ZVQA 5FEKA 1LHLA 2HEAA 3QNGA 1YANA 1VDTA 1GB5A 5I4YA 1GF4A 1UIHA 4PGJB 5F16A 1B5VA 4H8XA 4BADA 4G9SA 1DI4A 5KXWA 3A34A 3CSQA 4I8SA 5L3IA 3WXUA 1GPQC 3HBHA 4ET8A 1IC5Y 4NGLA 1NBZC 3RW8A 3TXJA 4HV2A 4ZIXA 1HFXA 1LCNA 1WQQA 1IR7A 1WQMA 1LZCA 1GE3A 1HNLA 1LJNA 4Z3MA 1RI8B 1IOTA 3K3TA 1T6VL 1Z55A 4OWBA 207LA 2XBSA 1AM7A 1LMCA 1LSZA 4R6CA 1IWYA 1BB7A 2D4JA 2HEDA 2G4PA 4B4EA 5L3HA 3W3EA 4WLYA 1LMAA 4DDBA 1B2KA 1B5WA 1LYZA 1B5XA 1FBIX 2YBLA 1DKJA 3W6FA 1GB7A 4HTKA 2F2NA 1J1XY 3OK0A 3SP3A 1ZMYL 3TXBA 2PC2A 4KT3A 6LYZA 3WW6A 1GB2A 5LVGA 1HFYA 1B7PA 5C6LA 3WW5A 2BQDA 3G3BB 2MEIA 1GFHA 1BVXA 2D91A 2BQBA 1DI5A 4NSHA 4XJDA 2C8PA 4DT3A 1LJFA 2LYMA 1LSFA 2A7DA 4OOTA 1GEVA 4H90A 4J0LA 4RLNA 4R0FA 4H9BA 5KXOA 4U3XB 1IWVA 1YILA 2MEGA 4UWUA 3LYMA 1LHIA 1BB6A 1LSNA 1LZTA 2CDSA 5B05A 2WARA 5LVKA 4WLXA 1GF7A 4B49A 5JENB 1CJ9A 1CJ6A 3CB7A 1JSFA 5HNCA 1UA6Y 4NGOA 3QE8A 2H5ZA 1AT6A 154LA 1BB4A 1LJIA 4N1EI 4ETEA 1JTOL 1P2CC 2BQEA 4H9AA 3WMKA 4ET9A 3A3QA 1YL1X 2W1XA 1F0WA 1GBSA 1F6SA 5KXLA 2F4GA 3AZ4A 4XADA 1GF0A 1UCOA 1TAYA 1IWWA 5I54A 4HPIA 3BKHA 1IY4A 1XEKA 4PRUA 1BWIA 1O23A 4G4HA 1GHLA 1BB5A 1LZ4A 3TXEA 1UIFA 4OWCA 4DC4A 1YAPA 4BAFA 4LYBA 1UIAA 1G7HC 3LZTA 3P65A 4TUNA 2BQKA 4LYZA 3W6AA 3N9CA 5KXTA 3AGGG 1LJGA 3AGIA 5K7OA 4YM8A 2NWDX 1BWJA 4GCFA 1C45A 1LZ8A 1OUFA 1JKBA 3W6BA 1GFTA 2W1YA 5T3FA 1AKIA 4LT3A 4WM3A 5KY1A 4DD2A 4MR1A 1DPXA 1GXV2 1OP9B 1PZYA 2Z39A 5C6JA 5DL9A 1B9OA 2F30A 1CJ7A 1LSBA 3WUMA 1GFAA 1SQ2L 1LJ3A 2MEHA 4J1BA 2IHLA 2XJWA 5M1YA 1LJ4A 3A95A 1LZ9A 3RU5A 2D4IA 4H1PA 1XGUC 5KXNA 1LMNA 1B0DA 1YKYX 5HLLA 1UUZC 3A92A 1LZAA 2DKVA 4FJRA 1IR9A 4LT0A 1W6ZA 4W96A 2ZILA 2Z18A 2H9KA 2ZIKA 4N9RA 5C6IA 4XN6A 5I5QA 1FKQA 1XFPL 1RCMA 2BQNA 1B7SA 4PJ2C 1FN5A 1JPOA 2DQGY 1LHJA 1GE1A 2BQLA 3A90A 4C5FA 1LHHA 2EKSC 1ALCA 3B0KA 3IJUA 2Y8PA 1OUIA 2VB1A 2DQIY 3KAMA 4KPMA 4OWAA 1YAOA 4ANRA 3RT5X 2HUBA 2X0AA 3LZ2A 1DQJC 1WTMA 1JUGA 5LINA 1IWXA 2I25L 2G4QA 1VDSA 1LTMA 3A6CY 3P64A 5LAFA 3RZ4A 1I56A 4RLMA 5II3A 1HF4A 1QUSA 1IEEA 1GF8A 1XSFA 4LYTA 1SLYA 1XGQC 2CGIA 1HMKA 4GN4A 3CQLA 1HFZA 2YBIA 1BVKC 3A93A 4B4IA 1KIPC 1BWHA 1YAQA 5B1GA 1HERA 1MELL 4H8YA 3B0OA 2RSCA 5FSTA 2BLYA 1VDPA 1IWZA 4OWEA 1B7NA 4DD9A 4XJGA 2FYDA 1RE2A 4YENA 4HSFA 5B06A 3WXTA 1IORA 5I4WA 3MGWA 3WVXA 2BPUA 5LYMA 2I26L 193LA 3WULA 1GFGA 1VATA 3J6KA 4LT2A 2Z38A 1GBXA 1LJEA 4DD0A 5DM9A 1IC7Y 1IP4A 1UC0A 1LOZA 2A7FA 4IJ4A 3WPLA 1JIYA 1NDMC 1VFBC 1QQYA 1GXXA 1NDGC 3WUAA 4NHPA 4G4BA 1JKDA 3EMSA 3M3UA 2YDGA 1OUEA 1REZA 1C46A 4GLAA 4DD7A 2Z12A 3WVYA 1UACY 1DI3A 3AW7A 1GAZA 4NEBA 4WLTA 3A3RX 3A8ZA 1N4FA 4NGKA 1EL1A 3W6CA 2ZWBA 5LVHA 2LHMA 1YROA 4M6DA 1G7LC 5APDA 3A91A 1LSEA 3ZEKA 4AGAA 2BQJA 3TMWA 2CJLA 1IX0A 2HU3A 3AW6A 4B0DA 1LZ6A 2MEBA 3EO5A 4H91A 1LKRA 1CKGA 1XGTC 2HTXA 1LSYA 1FLUA 135LA 5LIOA 1DXJA 4LGKA 1C08C 1B7MA 1VAUA 3ATNA 4WL7A 2BLXA 2BQCA 3AGHA 4CHXA 5APFA 4XENA 4H9EA 3VWOA 1J1PY 4H8ZA 5KXRA 2DQJY 1KXXA 1LZBA 1HEWA 7LYZA 4BAPA 1IP7A 2BQFA 3M18B 4O34A 1GBOA 4QDNA 5KKJA 1LAAA 4MSTA 4TX7A 4W94A 1LZYA 3WUNA 4X3BA 1QSWA 4H9FA 4LZTA 4WM5A 1B5ZA 1GBYA 1HEMA 1DPWA 2I6ZA 3WU7A 1JTTL 3OJPA 2N5ZA 4EOFA 1LHMA 2YVBA 1YIKA 4WLDA 1VDQA 5ILCA 4NGZA 2Z2EA 5EBHA 3TMVA 3LYZA 3GXRA 3ZVQB 1LZGA 2ZQ4A 5LAGA 4WM2A 1EQ5A 4TSCA 4H93A 1C10A 1GD6A 3F6ZA 1LZDA 4UWVA 3D9AC 1DZBX 1LYYA 2W1MA 4RDSA 3ATOA 4H9CA 2EPEA 1GB6A 2LZTA 1IO5A 1GFKA 3CSRA 4GCDA 1FLYA 4NY5A 1A4VA 4XJFA 5DN4A 5FHWA 5KXXA 3D3DA 4N8ZA 3TXFA 4PHIA 4HTNA 5IHGA 4I0CA 4GCCA 5KXPA 4KL7A 4NHQA 4ETAA 4H9HA 4WO9A 4IATA 1IY3A 3P66A 1IP5A 3A94A 1LJJA 1GB0A 1LZSA 1LMQA 5DN5A 2HEFA 1LZ1A 1NHEA 4LFXA 4XJIA 1WQOA 1JJ0A 2BQIA 2HEBA 4WM4A 1E8LA 1CKCA 4XJHA 1LMTA 1UBZA 3TXKA 1A2YC 2D6BA 4ZEEA 4CFPA 5A3ZA 1GBZA 2YBJA 3A96A 5FCPA 5LYTA 134LA 3WU8A 3AZ5A 1HEOA 5HNLA 5KJ9A 3TXGA 4J7VA 1B5YA 1YKZX 1BB3A 1GFVA 3EXDA 1VEDA 4M4OA 2ZQ3A 1WVUA 1B7RA 4HJYA 4TSBA 3W6EA 1IP6A 1JJ1A 2ZIJA 4G49A 4RW2A 1EQEA 1JITA 4WOAA 5LVJA 3RNXA 5LYZA 1TCYA 9LYZA 3LHMA 1LJKA 4LFPA 4NHSA 1HMLA 1GFRA 1LPIA 3WL2A 2DQCY 2YBHA 5AMYA 1IP3A 3N9EA 4NHTA 3CT5A 1OUGA 1QTKA 1UIEA 1BQLY 1UIGA 4PRQA 2FBBA 4HV1A 1LYOA 5FDJA 3TXDA 1GFUA 1LSGA 4B1AA 4DWXA 4HPEA 4L41A 3TMUA 1XGRC 4WM1A 1LSDA 4KXIA 1GB9A 1D0KA 4NGJA 5ILFA 5HQ1A 132LA 1FLQA 1G7MC 3A6BY 3LN2A 4TWSA 1OUCA 1HEPA 1IIZA 1GAYA 3LYOA 1QTEA 3P4ZA 4H94A 4QEQA 5LA5A 1CKDA 4LYOA 1PS5A 5A3EA 3T6UA 4CGEA 1REXA 1ZVHL 1CKHA 1HHLA 1G7JC 2LYOA 2MEEA 1GDXA 2YSSC 4NGYA 2IFFY 1D0MA 3A67Y 1QIOA 4GCBA 1GB3A 1HSXA 1KXWA 1IOCA 4N0JA 2LZ2A 1YAMA 4NGWA 153LA 4N5RA 2AUBA 4DD3A 2D4KA 1B7QA 5E9RA 4ETCA 3B0IA 1IWUA 1DKKA 1GDWA 3HBDA 4C3WA 1JEFA 1NWGA 4YEOA 1GE4A 2EIZC 2MEFA 1RJCB 4GN5C 2HEEA 1REYA 4BS7A 1FLWA 1IP1A 3WPJA 4G4CA 2DBTA 1D6QA 1GF5A 4MCKA 4HJVA 5I53A 3GXKA 1ZVYB 1OUAA 1ZV5L 3EBAB 1KIRC 3E3DA 1QUTA 4QGZA 1G7IC 1GFJA 1B7OA 1I1ZA 1OQMA 4QY9A 1D9UA 1QSAA 4B4JA 5F14A 2ZNXY 4NWHA 1LZNA 4NWEA 1JSEA 2MEDA 3W6DA 1IR8A 1IP2A 133LA 2YBNA 1V7TA 4WMGA 2XTHA 4PPOA 5LVIA 4AXTA 4LYCA 1LSAA 5HMJA 2BQOA 1JJ3A 4WG7A 1TBYA 2BQHA 3CT0A 3FI7A 3G3AB 4CFOA 1LMOA 1YKXX 5E4PA 2HECA 1XEIA 2GV0A 1J1OY 1QDTA 2ZYPA 5APEA 3T36A 3WYHA 1H87A 1OUDA 4UWNA 4YF2A 1F6RA 1WTNA 4XJBA 2ZNWY 1CJ8A 1QDRA 4ETBA 1GF9A 5B59A 3AJNA 1WQNA 4RW1A 1HELA 4ML7A 2C8OA 2B5ZA 1GFEA 2HU1A 2ZYCA 4H92A 2Z2FA 1JTPL 4EMNA 5KXKA 4HP0A 3IWRA 3CSZA 1GBWA 4A7DA 1C7PA 4NG1A 2DQAA 1LSCA 1HSWA 1WQRA 1UICA 3B6LA 4DYGA 1GWDA 3AZ6A 5IELA 3QY4A 4LT1A 3FE0A 5KXYA 4H9IA 4N1CC 4WL6A 1IWTA 2CWIA 1REMA 2EQLA 3IJVA 3CT1A 3TMXA 2FYCA 5KXZA 1YL0X 1UIDA 2XBRA 4WM6A 4OW1A 5J7CA 3LYTA 1LYSA 1WVVA 2LYZA 4NSGA 1HC0A 4ETDA 1IOQA 1JHLA 3HFMY 4LYMA 3AZ7A 1INUA 5D5FA 1D0LA 5F9UA 4HTQA 1H6MA 5HMVA 5I4XA 5LXWA 2YBMA 1LHKA 3AB6A 4NGVA 1AT5A 4NG8A 3ULRA 3AYQA 2W1LA 5FELA 1LKSA 1BGIA 1IC4Y 1NF5A 5D5CA 5LA8A 3TXHA 4NIJA 4DD1A 1RFPA 1GF3A 5APCA 4NSJA 4GN3A 4J1AA 1JKCA 2BQMA 1IVMA 1JISA 5F81A 1LZEA 1NQIA 1GEZA 1LSPA 2MECA 2Z37A 4ZFPA 4P2EA 5KKIA 1GE2A 5DLAA 4DDAA 194LA 1V7SA 1XEJA 4NSIA 2DQDY 1KIQC 4YOPA 2F4AA 3P68A 3B72A 1LZRA 4DDCA 3WPKA 1LJHA 2DQEY 1B7LA 4CJ2A 4GLVA 1LMPA 1GE0A 5KXMA 4OWHA 6LYTA 1NKHA 1T3PA 2Z19A 1LZ5A 3TXIA 1JKAA 2G4NA 4IASA 1GF6A 1C43A 1BHZA 1HEQA 1TDYA 208LA 2FBDA 4OOOA 5B07A 4NHIA 4YEMA 4Z46A 1KXYA 1OUBA 4E3UA 1NMMA 4FDYA 1JWRA 1EQ4A 1FDLY 4Z41A 1LSMA 1AZFA 1YQVY 1W08A 1TEWA 2BQGA 1B5UA 1FKVA 1NBYC 1D6PA 3BKVA 1CNSA 4XYYA 4Z98A 5IDDA 3WU9A 2BAAA 2MEAA 2DQHY 5F9XA 1I20A 5B1FA 4NFVA 1GB8A 3WH1A 3HBEX 1F10A 1OUHA 1XGPC 3J4GA 4HJZA 8LYZA 4NGIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UIBA 1CX6A 2Q0MX 5KXSA 1CV3A 3FI5A 3GULA 3ZVQA 1LI3A 1YANA 1VDTA 1UIHA 4H8XA 1CUQA 4ZIXA 1C60A 1WQQA 2B70A 4Z3MA 207LA 1LSZA 1L0JA 2D4JA 1L87A 2G4PA 4B4EA 1D3MA 1B5XA 1C66A 1G1VA 1GB7A 3OK0A 3SP3A 1ZMYL 2PC2A 1GB2A 5LVGA 2MEIA 1BVXA 3QAKA 4XJDA 2C8PA 1LJFA 1L90A 2LYMA 3DN3A 4H90A 4J0LA 1C6IA 5KXOA 3OE6A 2LC9A 4B49A 1GF7A 5JENB 1L22A 4NGOA 3C7ZA 141LA 2RB1X 1D2WA 4H9AA 137LA 1F0WA 4ARQB 1L06A 1C6DA 1QUHA 1XEKA 1BWIA 1SSYA 1CU3A 1G7HC 3P65A 2RH1A 3W6AA 3N9CA 209LA 1C45A 1LZ8A 1JKBA 3F9LA 1G0KA 2Z39A 4W59A 5DL9A 1B9OA 1LSBA 4I7NA 108LA 1GFAA 1SQ2L 1LJ3A 2MEHA 2IHLA 2XJWA 4EPIA 5KXNA 1LWKA 1L77A 1B0DA 1L19A 1UUZC 2ZILA 3PBLA 4N9RA 1L98A 1B7SA 1FN5A 155LA 199LA 1SSWA 4LDLA 2EKSC 2OU9A 4I7SA 3B0KA 2Y8PA 2VB1A 1YAOA 1DQJC 5LINA 1JUGA 2G4QA 1VDSA 1LTMA 3P64A 233LA 5LAFA 102LA 1GF8A 4LYTA 4I7QA 1SLYA 4GN4A 3A93A 1BVKC 1MELL 249LA 149LA 3B0OA 1C6MA 1B7NA 4XJGA 1RE2A 3WXTA 1IORA 1VATA 1LJEA 1L48A 3WPLA 1VFBC 4G4BA 3FA0A 238LA 3M3UA 2YDGA 1REZA 4DD7A 145LA 3A3RX 3A8ZA 4NGKA 118LA 2ZWBA 180LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OUJ A;  1UIB A;  2DQF C;  4II8 A;  4WG1 A;  1CKF A;  1IOS A;  1WQP A;  3N9A A;  2Q0M X;  5KXS A;  1HEN A;  1MLC E;  4GCE A;  4D9Z A;  5L9J A;  2BQA A;  2H9J A;  4TTD A;  4WO6 A;  3ZVQ A;  5FEK A;  1LHL A;  2HEA A;  3QNG A;  1YAN A;  1VDT A;  1GB5 A;  5I4Y A;  1GF4 A;  1UIH A;  4PGJ B;  5F16 A;  1B5V A;  4H8X A;  4BAD A;  4G9S A;  1DI4 A;  5KXW A;  3A34 A;  3CSQ A;  4I8S A;  5L3I A;  3WXU A;  1GPQ C;  3HBH A;  4ET8 A;  1IC5 Y;  4NGL A;  1NBZ C;  3RW8 A;  3TXJ A;  4HV2 A;  4ZIX A;  1HFX A;  1LCN A;  1WQQ A;  1IR7 A;  1WQM A;  1LZC A;  1GE3 A;  1HNL A;  1LJN A;  4Z3M A;  1RI8 B;  1IOT A;  3K3T A;  1T6V L;  1Z55 A;  4OWB A;  207L A;  2XBS A;  1AM7 A;  1LMC A;  1LSZ A;  4R6C A;  1IWY A;  1BB7 A;  2D4J A;  2HED A;  2G4P A;  4B4E A;  5L3H A;  3W3E A;  4WLY A;  1LMA A;  4DDB A;  1B2K A;  1B5W A;  1LYZ A;  1B5X A;  1FBI X;  2YBL A;  1DKJ A;  3W6F A;  1GB7 A;  4HTK A;  2F2N A;  1J1X Y;  3OK0 A;  3SP3 A;  1ZMY L;  3TXB A;  2PC2 A;  4KT3 A;  6LYZ A;  3WW6 A;  1GB2 A;  5LVG A;  1HFY A;  1B7P A;  5C6L A; 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 3LYT A;  1LYS A;  1WVV A;  2LYZ A;  4NSG A;  1HC0 A;  4ETD A;  1IOQ A;  1JHL A;  3HFM Y;  4LYM A;  3AZ7 A;  1INU A;  5D5F A;  1D0L A;  5F9U A;  4HTQ A;  1H6M A;  5HMV A;  5I4X A;  5LXW A;  2YBM A;  1LHK A;  3AB6 A;  4NGV A;  1AT5 A;  4NG8 A;  3ULR A;  3AYQ A;  2W1L A;  5FEL A;  1LKS A;  1BGI A;  1IC4 Y;  1NF5 A;  5D5C A;  5LA8 A;  3TXH A;  4NIJ A;  4DD1 A;  1RFP A;  1GF3 A;  5APC A;  4NSJ A;  4GN3 A;  4J1A A;  1JKC A;  2BQM A;  1IVM A;  1JIS A;  5F81 A;  1LZE A;  1NQI A;  1GEZ A;  1LSP A;  2MEC A;  2Z37 A;  4ZFP A;  4P2E A;  5KKI A;  1GE2 A;  5DLA A;  4DDA A;  194L A;  1V7S A;  1XEJ A;  4NSI A;  2DQD Y;  1KIQ C;  4YOP A;  2F4A A;  3P68 A;  3B72 A;  1LZR A;  4DDC A;  3WPK A;  1LJH A;  2DQE Y;  1B7L A;  4CJ2 A;  4GLV A;  1LMP A;  1GE0 A;  5KXM A;  4OWH A;  6LYT A;  1NKH A;  1T3P A;  2Z19 A;  1LZ5 A;  3TXI A;  1JKA A;  2G4N A;  4IAS A;  1GF6 A;  1C43 A;  1BHZ A;  1HEQ A;  1TDY A;  208L A;  2FBD A;  4OOO A;  5B07 A;  4NHI A;  4YEM A;  4Z46 A;  1KXY A;  1OUB A;  4E3U A;  1NMM A;  4FDY A;  1JWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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