5B06A

Lysozyme (denatured by naod and refolded)
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Effective Deuterium Exchange Method for Neutron Crystal Structure Analysis with Unfolding-Refolding Processes
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 48
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-10-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5b06A00
2I25L 1W08A 4ET8A 1LZGA 1YAQA 4H8YA 1AM7A 1LSBA 4D9ZA 4EMNA 3P64A 3A94A 5C6LA 5HQ1A 3M3UA 4J1AA 133LA 3RT5X 1VDTA 4GCEA 3WW5A 1BB7A 1LSDA 4OW1A 3QY4A 4NEBA 1JWRA 5FDJA 4DD3A 4B0DA 4B4EA 1OUCA 4W96A 3ZVQA 1B9OA 3A3QA 2LYOA 3TXKA 9LYZA 1JKCA 4C5FA 4RW1A 1IY4A 4J7VA 1QDRA 3AZ7A 4NHSA 1LZ5A 5F81A 1NF5A 8LYZA 4TSBA 1KXWA 1INUA 5KXLA 1LSYA 1GE1A 1FLUA 1O23A 3ATOA 4B4JA 2HTXA 1N4FA 3D9AC 1GFKA 1TEWA 3TXGA 4DD1A 4QEQA 1CJ7A 5KXZA 3GXRA 1LJ3A 4YENA 3RNXA 1HMKA 1QIOA 4OOOA 2D4IA 4N1CC 5LVJA 1JSFA 1RFPA 1SQ2L 5KXXA 1QUTA 1YROA 3B72A 2DQFC 2YBNA 7LYZA 3WPKA 5I5QA 2D4KA 1CJ8A 1B7MA 1HEOA 1V7TA 3LHMA 2I26L 4XENA 6LYZA 2HEFA 4DD7A 3QE8A 1J1OY 5HLLA 1ZVHL 2BQJA 4I8SA 1NKHA 1XEIA 3FE0A 1LJNA 4O34A 5I4WA 1YL1X 3ZVQB 5I53A 1LYSA 1MLCE 3W6CA 4I0CA 4UWUA 4A7DA 4EOFA 1LZ8A 1UIHA 4AXTA 1UICA 4HSFA 1GF4A 1KIRC 4NSGA 5LVHA 1BB3A 1I1ZA 2YSSC 4NGJA 3WU7A 1TAYA 1LHMA 4P2EA 5HNCA 2HEDA 3T36A 4Z46A 1D0LA 1IY3A 1VAUA 3HFMY 4NSJA 1LZRA 4NHTA 1LZAA 5B05A 4RLMA 2G4PA 2W1XA 1LZ4A 2ZIKA 1IOCA 1CKDA 1LYYA 4NGWA 1ZV5L 194LA 1EQ4A 1QQYA 1IR9A 1B7NA 2BLXA 4HV2A 2EPEA 1LMAA 4N0JA 4NGKA 4BAPA 1LYZA 3WUAA 134LA 4NIJA 4DWXA 1NDGC 5KXNA 1GFVA 4XYYA 1GE0A 2BAAA 3CSQA 2Q0MX 3LYMA 1KXXA 4CJ2A 3B0IA 1GPQC 4ZFPA 1GB5A 2ZWBA 5KXKA 2BPUA 1WQOA 1QSAA 1YAOA 4H8XA 5FSTA 1B7SA 2BQLA 1IR7A 1D6QA 1DKKA 5KXPA 1JTTL 1FLQA 4WM4A 1VEDA 4H93A 1JJ0A 1GE2A 4RW2A 4NG1A 2DQDY 4II8A 1B5ZA 4NWEA 5LYTA 1LSGA 2MEBA 2F2NA 5DM9A 5EBHA 1HEPA 4GCDA 1IORA 4GLAA 2WARA 3HBEX 3T6UA 5I4YA 4QDNA 3LZ2A 1BVXA 1G7LC 2D6BA 1JKDA 2MECA 4WLXA 1YKYX 1LTMA 2ZYCA 1IP7A 1BB6A 4H92A 5D5FA 1LHLA 2BQOA 2Z18A 3J6KA 1REXA 3TMVA 1D9UA 4NGOA 3TXJA 1F10A 1V7SA 1WQPA 3CT0A 1KXYA 1C7PA 1C46A 4G4CA 1FLWA 2ZQ3A 2BQGA 2LYZA 3F6ZA 4OWHA 3TXDA 3WUNA 1NMMA 2FBBA 3WMKA 5APEA 3WVYA 2A7FA 1YILA 1BQLY 2YVBA 1DQJC 1LSFA 1XFPL 1WVUA 1IWXA 1WQQA 5E4PA 1G7MC 2YDGA 1G7JC 1GDWA 1IEEA 1JPOA 1LSAA 1JJ1A 5APDA 1B7LA 1HEQA 2DQIY 1SLYA 1CKGA 1RE2A 4TX7A 208LA 4LYTA 2YBHA 4HTKA 5APCA 1JTOL 1LZTA 5B06A 1C43A 1UIEA 4LYOA 1J1PY 3AJNA 1HF4A 1LJEA 1UIBA 2BQCA 4H9AA 4HJZA 1GFHA 4QY9A 1TDYA 1OQMA 4IJ4A 3N9AA 1GDXA 4H94A 1HEMA 1GFAA 3KAMA 132LA 2BQKA 2BQHA 1BB4A 2Z38A 1LMOA 1LZEA 1DXJA 4ANRA 3A6CY 1GE4A 1LZCA 4WM1A 4MCKA 4YM8A 5I4XA 1PZYA 5L9JA 1QTEA 5B1GA 1B0DA 1PS5A 2RSCA 1LSZA 4PRUA 3ULRA 1LKRA 1HC0A 4PPOA 1GWDA 2BQIA 1XGTC 4N9RA 3TMUA 4NHQA 1XGRC 1UCOA 1NQIA 1KIPC 2HUBA 1YL0X 3D3DA 4DYGA 3A6BY 1B5VA 1IWVA 1GB0A 1W6ZA 2LZ2A 1OUEA 4LT0A 1WTMA 1B5WA 2LZTA 1GFTA 4FJRA 4R6CA 1LZBA 1IOTA 2W1MA 4LYCA 1GFUA 2F30A 5B1FA 1GFEA 1JSEA 2EQLA 1OUDA 3CQLA 2MEIA 3AGGG 4J0LA 3TXBA 1C10A 3W6BA 1LZ9A 2CDSA 1UIGA 4HPIA 3B0OA 3AW6A 4M4OA 1ZVYB 1GB3A 1T3PA 1YAPA 2DQCY 1JITA 1XEKA 5F9UA 4WM2A 1VDSA 2DKVA 1BWJA 3BKHA 2MEFA 1UIFA 5T3FA 1GD6A 1B5YA 4DD2A 2MEGA 1WTNA 3OK0A 1HNLA 3QNGA 1AKIA 1LJFA 5LXWA 1CJ6A 5DL9A 1NBZC 2C8PA 4LYMA 4G9SA 2XBSA 1FBIX 5KXSA 1JHLA 1G7HC 1VDQA 2MEEA 4HJYA 5A3ZA 4NWHA 1JKBA 4OOTA 2F4GA 5KKJA 1HSXA 1GAYA 1IP3A 1D6PA 2BQFA 5KY1A 1DKJA 2HEEA 2PC2A 3M18B 1XSFA 193LA 1IP4A 1IO5A 1EQ5A 4ML7A 1DI4A 4WL7A 1GFRA 3IJVA 3W6DA 1GBSA 4ZEEA 2CJLA 1HERA 1LSNA 3AZ4A 3TXIA 1JIYA 1GF6A 2H9KA 2DQEY 4N5RA 5C6IA 4TWSA 5KXOA 4WOAA 5HMJA 1LOZA 4CFPA 4DC4A 1IX0A 2HEAA 2EIZC 4HV1A 4PJ2C 4YEMA 1UA6Y 1D0MA 3N9EA 5LAGA 1FLYA 3OJPA 1B7PA 3WU8A 1YKZX 3J4GA 1RJCB 4CHXA 5ILFA 5FCPA 2MEHA 5APFA 1CKHA 1A2YC 1GB2A 1GB7A 3A93A 3AGIA 1G7IC 5DN5A 1GF5A 1EL1A 5E9RA 3A91A 5KXRA 1QTKA 4KPMA 4LT1A 5LVGA 1I20A 2GV0A 1WQMA 4X3BA 1JEFA 4GN4A 2NWDX 2ZNWY 3AYQA 1IIZA 2MEAA 1LSCA 4LYZA 6LYTA 4Z41A 4WO9A 3A34A 4ETEA 1H6MA 4QGZA 4XJGA 2ZYPA 2AUBA 5F16A 4DDCA 1WQRA 1IR8A 3A96A 4WG1A 4MSTA 3G3AB 4DD9A 3EO5A 4WLDA 4UWVA 3W6EA 4ETDA 1QUSA 5B59A 1GFJA 3GXKA 3LN2A 5KXTA 1LSEA 4HJVA 1B5XA 1KIQC 4XJHA 4NY5A 1UBZA 3WVXA 1GBXA 1YIKA 4IASA 3W3EA 3P68A 1LJGA 4M6DA 3WYHA 3CSRA 3ATNA 3A90A 1P2CC 5IHGA 1OUBA 1LZ1A 1GBZA 1GXV2 2ZIJA 4LZTA 4YOPA 2DBTA 3G3BB 4WLYA 2FYCA 3TMWA 1DI5A 4LT3A 2YBIA 4DT3A 4ETCA 1LPIA 4IATA 1VATA 4H91A 4HTQA 4LGKA 4N1EI 4NGYA 1AZFA 1LJJA 1LMTA 4XJIA 3HBHA 3RZ4A 1E8LA 2BLYA 3CT1A 4HTNA 1LZYA 3IJUA 2LYMA 4YF2A 1IP5A 4PHIA 1YKXX 3RW8A 4OWCA 2BQEA 4XJBA 1IWWA 1LKSA 3WPJA 2I6ZA 2X0AA 3AW7A 1BB5A 3LZTA 4J1BA 5F14A 4PGJB 1BHZA 1GAZA 3AGHA 4OWEA 4B1AA 1AT5A 4H1PA 4LFPA 1HELA 2H9JA 4YEOA 5KJ9A 4B4IA 5KKIA 1HSWA 1JKAA 4H9CA 2XBRA 1C45A 1CKCA 1OUAA 2BQDA 4H8ZA 4N8ZA 1LHJA 4HP0A 2BQMA 2YBJA 5L3IA 1BWIA 1YAMA 1LMQA 3AZ6A 1HFYA 2N5ZA 5LIOA 1RI8B 3P4ZA 1LCNA 4W94A 3RU5A 3WL2A 5KXMA 3WPLA 1WVVA 3W6AA 3ZEKA 2HECA 2Z2FA 1IP2A 1OUFA 2Y8PA 1FDLY 1I56A 4LT2A 1IP1A 2FBDA 4NG8A 4WM3A 5LVKA 4Z3MA 5IELA 1GF9A 4H9FA 3W6FA 1GF3A 1IOQA 2Z12A 4TUNA 1OUHA 1GF8A 1AT6A 2Z2EA 4ETBA 3EBAB 1BWHA 5LYMA 4WMGA 4MR1A 1LZ6A 5I54A 1LHIA 1UIDA 2XJWA 4KXIA 5DN4A 4DDBA 1Z55A 4NGIA 3EMSA 3BKVA 4GCBA 1TCYA 4NSIA 3VWOA 2DQHY 4NSHA 5LA8A 3N9CA 4NFVA 4NGLA 3CB7A 1REMA 5L3HA 1IWTA 1YQVY 3LYTA 1EQEA 1JTPL 1LZDA 1NWGA 2Z37A 2CWIA 1A4VA 1B7OA 2H5ZA 1NBYC 4WLTA 4G4HA 1RCMA 4L41A 4Z98A 3WXTA 4XN6A 3A92A 5HMVA 4NGVA 2C8OA 5LAFA 5B07A 5M1YA 2ZILA 2EKSC 2BQNA 3LYZA 4HPEA 3A95A 5J7CA 1GEVA 3CT5A 1HENA 1UUZC 4NGZA 4B49A 1XEJA 2W1YA 1HEWA 1UACY 4H90A 3WU9A 5II3A 2DQGY 1GB8A 1XGUC 5DLAA 3SP3A 1LJIA 2D91A 5C6JA 1DPXA 1JJ3A 1LMCA 5KXYA 4BADA 5K7OA 2IFFY 1TBYA 5IDDA 1T6VL 207LA 3AZ5A 2CGIA 3TXHA 1LJKA 5LA5A 1OUIA 5LINA 4H9HA 4ETAA 1CKFA 1XGQC 2B5ZA 2HU3A 1IP6A 4G49A 4RLNA 3IWRA 3A8ZA 5JENB 1F6SA 3HBDA 3WUMA 2HEBA 1LZNA 135LA 3A3RX 1B2KA 4BAFA 3K3TA 1LHHA 2G4NA 1BGIA 1FN5A 3WXUA 2LHMA 1DZBX 1OUJA 1J1XY 1GB9A 1GBYA 2A7DA 2DQAA 5KXWA 3TXFA 3P65A 4DDAA 4WO6A 3E3DA 3EXDA 1LSPA 1D0KA 3B6LA 3WULA 1B5UA 5AMYA 1CJ9A 2VB1A 4FDYA 3P66A 4GLVA 3WW6A 1VDPA 4LYBA 1ALCA 3CSZA 4XADA 153LA 4AGAA 1LMPA 1GEZA 2HU1A 1GF7A 5LVIA 3LYOA 4WM6A 4DD0A 1LYOA 4RDSA 5ILCA 4GN5C 1C08C 1UC0A 3FI7A 5FEKA 1FKVA 2BQAA 3B0KA 2DQJY 1FKQA 1F6RA 3MGWA 4GCCA 4R0FA 4TTDA 4GN3A 4E3UA 1B7RA 1GBOA 4LFXA 1CNSA 4WL6A 3TXEA 1GFGA 1YANA 4UWNA 2XTHA 1DI3A 5F9XA 5FELA 1IWUA 1IWZA 4C3WA 4GCFA 4BS7A 5A3EA 5LYZA 1GE3A 1NDMC 4TSCA 1VFBC 1GF0A 1LJ4A 1LSMA 1QDTA 4PRQA 1NHEA 1HMLA 1LZSA 1LMNA 1F0WA 1OUGA 1REYA 5D5CA 1IC4Y 1IVMA 2YBMA 3TMXA 1LHKA 3A67Y 4H9IA 1IOSA 4G4BA 1REZA 1HFZA 1DPWA 1GXXA 4CFOA 1B7QA 2Z19A 2Z39A 2ZNXY 5HNLA 1LAAA 2G4QA 1MELL 2YBLA 4XJFA 3AB6A 2FYDA 4NHIA 2MEDA 4ZIXA 4WG7A 1LJHA 1GB6A 2W1LA 5FHWA 1HFXA 2F4AA 1IC5Y 1IWYA 3WH1A 4U3XB 4WM5A 4KL7A 4H9EA 1IC7Y 2IHLA 1JISA 1H87A 1HHLA 2ZQ4A 154LA 4OWBA 4KT3A 4NHPA 1GBWA 4ET9A 1JUGA 1UIAA 1ZMYL 2BQBA 1OP9B 2D4JA 4CGEA 1QSWA 4OWAA 1GHLA 1XGPC 4H9BA 1WQNA 1BVKC 4XJDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2I25L 2RBOA 1D9WA 4ET8A 1DYEA 1LSBA 3A94A 4J1AA 1C6BA 133LA 3WW5A 1QTVA 255LA 1L15A 1BB7A 4OW1A 2B70A 1SX7A 4NEBA 3FI5A 1SWYA 145LA 1WTHA 1DYCA 1LZ5A 5F81A 4TSBA 1KXWA 3C8SA 2HTXA 1N4FA 4QEQA 5KXZA 1K28A 4YENA 1RFPA 3UONA 1YROA 7LYZA 3WPKA 3PBLA 152LA 2D4KA 1L12A 4XENA 4DD7A 1NKHA 3FE0A 5I4WA 1YL1X 4EOFA 1MLCE 4I0CA 4UWUA 1UIHA 1DYAA 115LA 4NGJA 3NY9A 1TAYA 4P2EA 5HNCA 2HEDA 1C64A 2XQOA 3HFMY 4NSJA 4RLMA 4W55A 1EQ4A 1QQYA 1IR9A 4HV2A 2EPEA 1LMAA 1L84A 1L23A 3WUAA 3GUNA 134LA 1GE0A 2BAAA 3CSQA 1L76A 3B0IA 1GPQC 4ZFPA 2ZWBA 1WQOA 1YAOA 4H8XA 150LA 4OO9A 160LA 1OWZA 4WM4A 4H93A 4NWEA 5LYTA 2MEBA 2F2NA 7LZMA 1HEPA 4GLAA 3HBEX 3LZ2A 1BVXA 1G7LC 3HDFA 1IP7A 1BB6A 247LA 3J6KA 1REXA 4NGOA 1F10A 1CTWA 1C7PA 3HTDA 1FLWA 4DAJA 3F6ZA 4OWHA 3TXDA 2FBBA 2A4TA 1YILA 1L70A 1BQLY 2YVBA 1DQJC 1WVUA 1IWXA 1G7JC 1JJ1A 3SBBC 1SLYA 1CUQA 4TX7A 180LA 1J1PY 245LA 4H9AA 114LA 3FADA 1GDXA 4H94A 3KAMA 1LMOA 1DXJA 2HUMA 1OVKA 1PZYA 3GUIA 1LYFA 148LE 1B0DA 1T97A 1LKRA 3DMVA 1HC0A 4PPOA 2BQIA 2RAYX 3D3DA 3A6BY 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I25 L;  1W08 A;  4ET8 A;  1LZG A;  1YAQ A;  4H8Y A;  1AM7 A;  1LSB A;  4D9Z A;  4EMN A;  3P64 A;  3A94 A;  5C6L A;  5HQ1 A;  3M3U A;  4J1A A;  133L A;  3RT5 X;  1VDT A;  4GCE A;  3WW5 A;  1BB7 A;  1LSD A;  4OW1 A;  3QY4 A;  4NEB A;  1JWR A;  5FDJ A;  4DD3 A;  4B0D A;  4B4E A;  1OUC A;  4W96 A;  3ZVQ A;  1B9O A;  3A3Q A;  2LYO A;  3TXK A;  9LYZ A;  1JKC A;  4C5F A;  4RW1 A;  1IY4 A;  4J7V A;  1QDR A;  3AZ7 A;  4NHS A;  1LZ5 A;  5F81 A;  1NF5 A;  8LYZ A;  4TSB A;  1KXW A;  1INU A;  5KXL A;  1LSY A;  1GE1 A;  1FLU A;  1O23 A;  3ATO A;  4B4J A;  2HTX A;  1N4F A;  3D9A C;  1GFK A;  1TEW A;  3TXG A;  4DD1 A;  4QEQ A;  1CJ7 A;  5KXZ A;  3GXR A;  1LJ3 A;  4YEN A;  3RNX A;  1HMK A;  1QIO A;  4OOO A;  2D4I A;  4N1C C;  5LVJ A;  1JSF A;  1RFP A;  1SQ2 L;  5KXX A;  1QUT A;  1YRO A;  3B72 A;  2DQF C;  2YBN A;  7LYZ A;  3WPK A;  5I5Q A;  2D4K A;  1CJ8 A;  1B7M A;  1HEO A;  1V7T A;  3LHM A;  2I26 L;  4XEN A;  6LYZ A;  2HEF A;  4DD7 A;  3QE8 A;  1J1O Y;  5HLL A;  1ZVH L;  2BQJ A;  4I8S A;  1NKH A;  1XEI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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