5B1FA

Crystal structure of hen egg-white lysozyme
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of hen egg-white lysozyme
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5b1fA00
1T6VL 1LSGA 1WVVA 1VAUA 5LIOA 3HBHA 1LZCA 5KXKA 3TXGA 1IWTA 2YBIA 2D4KA 4H9BA 4KXIA 2DKVA 3AZ7A 2BQDA 4HJVA 1LSCA 2F4AA 3QY4A 1JTPL 4DD9A 4TSCA 2ZYCA 3A34A 134LA 4GLVA 1TBYA 1FLQA 1IP7A 1LHJA 1LJNA 1LMQA 1XSFA 4XADA 1OUBA 1YAMA 1LYOA 9LYZA 2CGIA 1VATA 4N9RA 1LHLA 4DT3A 4QY9A 4HP0A 5C6LA 4H9AA 3A3QA 1I20A 2A7FA 2CDSA 3M3UA 4LYOA 5KXOA 2Z38A 4GCDA 1IO5A 1Z55A 3EXDA 1RE2A 4CGEA 4XJHA 4H94A 4NFVA 4M6DA 4RDSA 1WQPA 3IWRA 4XJIA 2LZ2A 1WQOA 2BQCA 3IJVA 3A90A 4WM2A 2D6BA 4NG8A 1LJJA 2DQAA 1GF7A 3ZVQB 1GAYA 3TXKA 1BWIA 1HENA 1J1XY 1OQMA 1PS5A 4GCEA 1SLYA 5L3IA 1YKXX 1LZ6A 3CQLA 4N5RA 1DPWA 4DD2A 1RI8B 2FBBA 4ZEEA 1I1ZA 1QSWA 1BB5A 1EQ4A 3AW6A 5HMJA 1B9OA 2A7DA 1GE4A 4PPOA 4NHTA 5HMVA 4G4HA 1QTKA 4LFPA 2BAAA 3WU7A 2EIZC 4LYMA 1JISA 2HU3A 1VEDA 3LYZA 3LZ2A 1LZTA 4ANRA 3WMKA 4N0JA 3RNXA 2PC2A 5F14A 4NGIA 1HERA 4DDAA 5A3EA 4WL6A 1G7JC 1CKGA 1GB3A 1GAZA 1JJ0A 1GFTA 1IP2A 2BQKA 4YENA 208LA 4R6CA 1IWWA 1VFBC 5IELA 1DPXA 1LSFA 2F4GA 1IOTA 1WTMA 4HTQA 1IC7Y 4NGZA 3TMUA 2FYDA 1IOQA 5L9JA 3MGWA 1GFEA 1C43A 2ZNXY 4NSHA 5APFA 5KKIA 1GPQC 4NY5A 4ETAA 3CSRA 3TMXA 3HBEX 1B5WA 4NSJA 1UIAA 3IJUA 1LJIA 2GV0A 1LZ9A 1RCMA 4RLMA 1IR9A 1ZVYB 5DN4A 3BKVA 5M1YA 1BWJA 1OUIA 3AJNA 3TXIA 4HPIA 4H90A 4Z46A 2IHLA 2BQJA 2XTHA 1GFGA 2BQNA 4E3UA 2BQGA 5APEA 133LA 1GF8A 1UICA 3N9AA 1J1PY 1QIOA 1A2YC 3AGGG 1LMTA 4QEQA 1CJ9A 1JKCA 1D6PA 4XJBA 1EQ5A 3AZ4A 4CFPA 3FE0A 1LJFA 2ZWBA 1YAOA 4O34A 4QDNA 4YEMA 4LYCA 1DZBX 5I4WA 4DC4A 1OUJA 5APDA 1JWRA 2Z37A 1NHEA 1AM7A 1OUAA 4UWVA 1LSPA 2LYOA 4HTKA 1OUGA 4G9SA 1PZYA 4YM8A 1LSNA 1HMLA 1WQRA 2DQGY 4LT3A 4B0DA 3WH1A 1LZ8A 2DQJY 4OOOA 4DD1A 1B7PA 1LSZA 1HEPA 2MEDA 4GCFA 5APCA 5LVIA 5DM9A 4GN5C 1CKDA 2BQOA 4J0LA 2ZIJA 1TAYA 1UBZA 1JITA 1DXJA 1UCOA 4WG1A 1NF5A 1YQVY 3CT5A 5FHWA 4NGKA 1LJKA 3WXTA 5LVHA 5IDDA 4H9FA 1GDWA 4WM6A 1B5ZA 1JIYA 1NKHA 2I6ZA 3P68A 4TTDA 1F10A 1GB0A 5AMYA 2G4QA 1ZMYL 4MR1A 3WL2A 1IWXA 5I4YA 1WQMA 5LYTA 1LZRA 1GB8A 5HNLA 3WU8A 3TXEA 1GBSA 135LA 3B0OA 2DQIY 4KL7A 4NGJA 4NIJA 1GDXA 3CT0A 4WL7A 1D6QA 4ETEA 4LT1A 1JTTL 1LMPA 1IP5A 1B5YA 3LYOA 4MSTA 4NWEA 4TWSA 2VB1A 3WU9A 3WUMA 2EKSC 1QUTA 3W6EA 4H8ZA 5C6JA 4NSGA 3A6CY 1LMAA 3A67Y 3E3DA 1O23A 1BB6A 4HSFA 1IP4A 4G49A 1H6MA 4B4IA 5LVJA 2AUBA 2C8PA 1BGIA 1YKZX 2YBLA 1HELA 4PHIA 4TUNA 3A8ZA 194LA 5B1GA 4LYZA 1ZV5L 4EOFA 1LHMA 1LMCA 2B5ZA 3W6BA 1FDLY 1WVUA 2H9KA 4CFOA 1AZFA 2G4NA 2W1LA 2NWDX 3AGIA 4WLYA 5B07A 1HNLA 5K7OA 1YIKA 4LT0A 4I0CA 2D4IA 6LYTA 1YAQA 3EO5A 1GEZA 4OWBA 5J7CA 1DKJA 2YVBA 5KY1A 1LSDA 5FELA 2Z18A 2ZQ4A 3K3TA 1B0DA 1GB5A 2BLYA 2HU1A 4NHSA 4PGJB 3EMSA 3TXHA 1LJEA 3A93A 2Z19A 5FDJA 3T36A 5DLAA 1D0MA 5L3HA 3WULA 1GXXA 3A3RX 4XJDA 4DD0A 4LGKA 3W6DA 5E9RA 1LOZA 1F6RA 1JKAA 1XGTC 3P66A 5DN5A 4NGLA 5C6IA 3WPJA 154LA 1IVMA 3HFMY 3J6KA 3N9EA 4NEBA 2X0AA 1GF0A 3N9CA 193LA 4WO9A 4YOPA 2XBSA 5D5FA 3ULRA 3WUNA 1GE3A 4WLXA 5LVGA 5KXLA 1DI3A 3CSQA 1IP3A 4RW1A 3TXJA 4N1CC 2ZIKA 1P2CC 4WO6A 5KXXA 1GF3A 1B7QA 3W6FA 1GXV2 1I56A 2BLXA 4TX7A 1HHLA 1LZSA 2EPEA 1GHLA 4WM5A 5LA8A 3RW8A 7LYZA 2BQHA 3RZ4A 4H92A 5KXSA 1XGUC 4HTNA 4RW2A 1GFKA 1F6SA 5HQ1A 1KXXA 3HBDA 3B72A 4U3XB 2DBTA 3TXFA 1MLCE 2LZTA 1T3PA 1LTMA 1GFAA 2H9JA 1OP9B 1CKHA 1UA6Y 207LA 2EQLA 3WYHA 3AW7A 1NBZC 5ILFA 1GEVA 6LYZA 2F30A 1UC0A 2LYZA 2W1MA 5B1FA 4CHXA 4NSIA 1LCNA 1OUFA 4DDBA 3WXUA 2CJLA 1FKVA 5LXWA 1XEIA 1DKKA 4WLDA 1C7PA 4WM3A 4XYYA 5KXNA 3W6AA 3TXBA 4B4EA 1LYZA 1CJ7A 5KXTA 3RU5A 2N5ZA 3TMWA 4H9IA 3T6UA 3VWOA 1D0LA 4BS7A 3TMVA 1REYA 1H87A 5B59A 1DQJC 2W1XA 3A92A 5KJ9A 1G7IC 1AT5A 3OK0A 3W6CA 5ILCA 4WM1A 5D5CA 1UUZC 4YEOA 4Z98A 1LPIA 4ETBA 1BVKC 3LZTA 2BQMA 3A94A 1JTOL 1XGQC 4ETCA 5KXYA 5LAFA 1GFHA 4LFXA 1GWDA 1MELL 4FJRA 5EBHA 3KAMA 1JUGA 4NHQA 1QSAA 1JSEA 1LHIA 5FEKA 1QTEA 3LYMA 2Z39A 3GXKA 2MEBA 1UIFA 2BQIA 3QE8A 4W94A 1BQLY 1GFUA 4NHPA 8LYZA 5FCPA 1BB4A 2RSCA 3B0KA 4QGZA 1VDSA 4TSBA 1B7MA 1UIDA 2ZYPA 4WMGA 4AGAA 1OUEA 3B0IA 1GFVA 4FDYA 2ZQ3A 4LYBA 1B7OA 1B7SA 1XFPL 1FBIX 1CNSA 1GFRA 1OUHA 2G4PA 5I53A 4EMNA 1JHLA 3WW6A 2D91A 5F9XA 3P4ZA 4H9CA 1GD6A 4ET8A 4H91A 4OWEA 1RFPA 1TDYA 1GBWA 1YL1X 4W96A 1LYYA 4XENA 1HMKA 5I5QA 3W3EA 5KXMA 1HFXA 5LYMA 1D0KA 1KXWA 5HLLA 1E8LA 4ZIXA 2MEEA 4ML7A 1NMMA 1DI5A 1GBZA 4WLTA 4B4JA 4OW1A 2LYMA 3WPKA 1W6ZA 1LKSA 4IASA 1IP1A 1NBYC 1B7NA 1B5XA 1IY4A 1KIPC 1LJGA 1LKRA 1VDTA 2LHMA 2XBRA 4UWUA 1FN5A 1N4FA 4PRUA 1IR7A 1TCYA 1WTNA 4WOAA 4HJYA 4KPMA 4A7DA 1GE1A 1REXA 3A96A 1AKIA 4PRQA 3ZEKA 2H5ZA 1GF5A 4N8ZA 1IOSA 1TEWA 4NGOA 2DQEY 4DYGA 1BB3A 2HEEA 1GB9A 4J7VA 1EQEA 1NWGA 2CWIA 1LSYA 2DQCY 5KXRA 1IEEA 3P64A 5KKJA 3WPLA 1HFZA 1KIRC 5I54A 2D4JA 3LN2A 4BAFA 1LZ1A 2F2NA 2BQFA 2Q0MX 3RT5X 4OWHA 4NGYA 5A3ZA 1C45A 1LZ5A 1YROA 3A6BY 3GXRA 1LAAA 1UIEA 4DWXA 4UWNA 2HEDA 1V7TA 4NGVA 2BQLA 3ATNA 1VDQA 1LYSA 1A4VA 1OUDA 2BQAA 1GE2A 2MEHA 2MECA 2YBHA 1GBOA 3BKHA 5LAGA 3D3DA 2FBDA 4G4CA 3OJPA 2MEIA 1GB2A 4MCKA 1LZEA 1GF9A 5B06A 2DQHY 4IATA 2BQEA 1JPOA 1C46A 1JKBA 2YBNA 4NWHA 153LA 1VDPA 1LZYA 3QNGA 3AGHA 1GE0A 2MEAA 1LZ4A 3AYQA 2XJWA 4GN4A 4ETDA 1GBXA 4M4OA 1LMNA 5DL9A 1IR8A 1ALCA 5F81A 1C10A 1FKQA 5F9UA 1IC4Y 3A91A 1IWZA 1D9UA 3CSZA 4DDCA 1UIHA 5JENB 2MEGA 1HSXA 1LJ4A 1QDRA 1WQNA 5KXWA 3AB6A 2MEFA 1BB7A 2BQBA 4ET9A 1LMOA 2HUBA 1IC5Y 4HPEA 1LZGA 1DI4A 3ZVQA 4D9ZA 4H8YA 3SP3A 4KT3A 4OWCA 5F16A 5LA5A 5LYZA 1LZNA 1GB6A 1KXYA 1IY3A 1NQIA 1OUCA 1YKYX 3LYTA 4NHIA 5FSTA 4B1AA 1F0WA 2HEBA 5IHGA 1UIGA 1LHKA 1GF6A 1W08A 4C5FA 1IP6A 3D9AC 4R0FA 4I8SA 2YBJA 4RLNA 4Z3MA 1AT6A 2YDGA 4HV2A 4LT2A 1B5VA 4IJ4A 1QQYA 5I4XA 1NDMC 4GCBA 1CJ6A 4BADA 3CT1A 1GFJA 2I26L 1LJ3A 132LA 1WQQA 3TXDA 2BPUA 2I25L 4J1BA 1GF4A 1QUSA 4Z41A 1JKDA 4ZFPA 1BHZA 4HJZA 2DQDY 5T3FA 1LZAA 4H93A 4CJ2A 3B6LA 4XJGA 1JJ1A 4PJ2C 1B7RA 5II3A 5HNCA 4GLAA 1LSAA 1QDTA 5LINA 4OWAA 1B7LA 1LZBA 3G3AB 1B2KA 1KIQC 1EL1A 1LSEA 1IORA 2Y8PA 3WVYA 3EBAB 1CKCA 4NGWA 1HEMA 1HF4A 1XGPC 3WUAA 4H1PA 4II8A 3WW5A 2HEAA 1GBYA 1UACY 1ZVHL 3ATOA 3CB7A 1HEQA 1JEFA 5KXZA 1HSWA 1JSFA 1IWYA 2W1YA 1XEKA 5B05A 2DQFC 5E4PA 1CJ8A 2HECA 3P65A 3G3BB 4WG7A 4N1EI 4BAPA 2Z2FA 1G7HC 1FLUA 1GB7A 2YSSC 2FYCA 2HTXA 3LHMA 1J1OY 2C8OA 4WM4A 3M18B 5LVKA 2HEFA 4G4BA 3AZ5A 1SQ2L 1YAPA 2YBMA 3AZ6A 1FLYA 1YL0X 4GCCA 1XEJA 1B5UA 1IIZA 1REZA 3FI7A 4HV1A 1HEWA 3WVXA 1LJHA 1IX0A 1LSBA 2Z2EA 4LZTA 4B49A 1RJCB 4L41A 4AXTA 4DD7A 1V7SA 1YILA 4GN3A 4H9HA 1BWHA 1JJ3A 3F6ZA 2WARA 2IFFY 1IOCA 3J4GA 4NG1A 4P2EA 3A95A 4OOTA 1YANA 1XGRC 5KXPA 4H9EA 4C3WA 1UIBA 1LZDA 1HEOA 2ZNWY 2ZILA 4YF2A 1HC0A 4XJFA 1IWVA 4X3BA 4XN6A 1BVXA 1NDGC 1REMA 1G7LC 1LSMA 1INUA 4DD3A 1G7MC 4H8XA 1CKFA 4LYTA 1HFYA 1FLWA 4J1AA 2Z12A 1C08C 1LHHA 1IWUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
156LA 1IWTA 2YBIA 2D4KA 3AZ7A 2ANVA 134LA 3DKEX 1TBYA 168LA 1LHJA 2OU8A 1OUBA 240LA 9LYZA 4QY9A 2HUKA 5C6LA 1I6SA 2CDSA 2Z38A 1Z55A 1RE2A 4XJHA 4M6DA 4RDSA 1WQPA 3OE9A 4EXMA 1QTCA 2BQCA 233LA 1OV5A 1LJJA 2DQAA 3TXKA 162LA 1LYIA 1P5CA 1RI8B 2FBBA 1L22A 1L32A 1B9OA 4NHTA 4LFPA 2BAAA 3WU7A 2EIZC 4LYMA 1JISA 119LA 1L47A 3LYZA 2O79A 4EPIA 115LA 1LZTA 2Z6BA 1L23A 2PC2A 4DDAA 5A3EA 3K2RA 4YENA 208LA 4R6CA 3DN8A 1WTMA 1IC7Y 1P37A 1GFEA 3EMLA 4W55A 1C66A 3CSRA 3SBAA 1RCMA 4RLMA 1OUIA 128LA 141LA 4Z46A 1GFGA 133LA 2OTZX 1L53A 1J1PY 3AZ4A 4CFPA 1C6AA 1LJFA 3FE0A 4YEMA 1L99A 1L61A 2Z37A 1L16A 246LA 2LYOA 3HT6A 1DYAA 1L63A 1HMLA 1LZ8A 1P36A 186LA 1L71A 4DD1A 1B7PA 1LGXA 173LA 1HEPA 4GCFA 5APCA 5DM9A 1L18A 4WG1A 4NGKA 1QTZA 1EPYA 4ARLA 4H9FA 2B75A 1GB0A 1CV6A 1OV7A 2G4QA 3WU8A 4NIJA 4WL7A 1IP5A 1B5YA 1C63A 1L52A 3LYOA 4NWEA 1L88A 3W6EA 1L35A 1C61A 1P7SA 1LHMA 1LMCA 3W6BA 1DYCA 2B74A 1L36A 2NWDX 4WLYA 5B07A 1HNLA 5K7OA 1L10A 3EO5A 1GEZA 4PJZA 5J7CA 2YVBA 5KY1A 3C8RA 3K3TA 2BLYA 2Z19A 1L55A 3W6DA 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1LLHA 1LZGA 3ZVQA 5F16A 137LA 1B6IA 5LYZA 1DYGA 1GB6A 3SB8A 1OUCA 3LYTA 1GF6A 4I8SA 4LT2A 1L17A 4GCBA 3CT1A 1GFJA 132LA 184LA 1GF4A 4Z41A 1JKDA 146LA 4CJ2A 3PBLA 1B7RA 5II3A 1C67A 4GLAA 171LA 1QDTA 1EL1A 1LSEA 2NTHA 2Y8PA 3EBAB 4NGWA 1HF4A 1XGPC 150LA 3QAKA 1GBYA 1HEQA 1JSFA 1QTHA 1L73A 2DQFC 1CJ8A 2Z2FA 1L02A 3AZ5A 1YAPA 3HH5A 1XEJA 109LA 1IIZA 1REZA 218LA 2Z2EA 176LA 4LZTA 224LA 1L24A 4L41A 4AXTA 4GN3A 1L50A 1T8AA 253LA 1CU0A 1XGRC 3C7YA 1LZDA 2ZNWY 1HC0A 1L33A 3L64A 1G7MC 4H8XA 1D3MA 4H9BA 1IWUA 4DAJA 4AQNA 1CV0A 1VAUA 1LZCA 1CTWA 216LA 3CDOA 3QY4A 157LA 4TSCA 2ZYCA 3A34A 4GLVA 3HTGA 1FLQA 1IP7A 4N9RA 1LHLA 4DT3A 4H9AA 2A7FA 3DN3A 4H94A 4NFVA 2RAYX 3ZVQB 1BWIA 1OQMA 1PS5A 1SLYA 5L3IA 4N5RA 4DD2A 4ZEEA 1QSWA 1BB5A 2A7DA 4PPOA 180LA 2RBSA 2HU3A 1LGUA 4ANRA 3WMKA 1C6JA 2B73A 1G0KA 2BQKA 1VFBC 5IELA 1QT4A 149LA 3TMUA 3C8SA 4NGZA 7LZMA 1IOQA 237LA 5L9JA 1QUDA 1C43A 4ETAA 3TMXA 1B5WA 4NSJA 3BKVA 3AJNA 2XTHA 2BQNA 1LYJA 3ODUA 4E3UA 5APEA 4QEQA 1A2YC 1EQ5A 4EPFA 5APDA 1NHEA 1LSPA 4G9SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T6V L;  1LSG A;  1WVV A;  1VAU A;  5LIO A;  3HBH A;  1LZC A;  5KXK A;  3TXG A;  1IWT A;  2YBI A;  2D4K A;  4H9B A;  4KXI A;  2DKV A;  3AZ7 A;  2BQD A;  4HJV A;  1LSC A;  2F4A A;  3QY4 A;  1JTP L;  4DD9 A;  4TSC A;  2ZYC A;  3A34 A;  134L A;  4GLV A;  1TBY A;  1FLQ A;  1IP7 A;  1LHJ A;  1LJN A;  1LMQ A;  1XSF A;  4XAD A;  1OUB A;  1YAM A;  1LYO A;  9LYZ A;  2CGI A;  1VAT A;  4N9R A;  1LHL A;  4DT3 A;  4QY9 A;  4HP0 A;  5C6L A;  4H9A A;  3A3Q A;  1I20 A;  2A7F A;  2CDS A;  3M3U A;  4LYO A;  5KXO A;  2Z38 A;  4GCD A;  1IO5 A;  1Z55 A;  3EXD A;  1RE2 A;  4CGE A;  4XJH A;  4H94 A;  4NFV A;  4M6D A;  4RDS A;  1WQP A;  3IWR A;  4XJI A;  2LZ2 A;  1WQO A;  2BQC A;  3IJV A;  3A90 A;  4WM2 A;  2D6B A;  4NG8 A;  1LJJ A;  2DQA A;  1GF7 A;  3ZVQ B;  1GAY A;  3TXK A;  1BWI A;  1HEN A;  1J1X Y;  1OQM A;  1PS5 A;  4GCE A;  1SLY A;  5L3I A;  1YKX X;  1LZ6 A;  3CQL A;  4N5R A;  1DPW A;  4DD2 A;  1RI8 B;  2FBB A;  4ZEE A;  1I1Z A;  1QSW A;  1BB5 A;  1EQ4 A;  3AW6 A;  5HMJ A;  1B9O A;  2A7D A;  1GE4 A;  4PPO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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